Kokemäenjoen vesistöalueen tulvariskien hallintasuunnitelma vuosille 2016 – 2021

Kokemäenjoen vesistöalueella sijaitsevat Pori ja Huittinen ovat valtakunnallisesti merkittäviä tulvariskialueita. Varsinais-Suomen Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus on laatinut tämän tulvariskien hallintasuunnitelman Kokemäenjoen vesistöalueen tulvaryhmän ohjauksessa. Suunnitelmassa esitetään alueelle asetetut tulvariskien hallinnan tavoitteet ja toimenpiteet niiden saavuttamiseksi, viranomaisten toiminnan kuvaus tulvatilanteessa sekä suunnitelman ympäristöselostus. Toimenpiteet ovat tiivistettyinä seuraavat: Tulvariskien vähentäminen - Tulvien huomioon ottaminen kaavoituksessa, rakennuslupapäätöksissä ja ympäristölupapäätöksissä - Sähkön- ja lämmönjakelulaitteiden sekä vesihuollon ja tietoliikenteen laitteiden sijoitus poistulva-alueelta tai suojaus Valmiustoimet - Tarkistus ja päivitys ympäristölle vaarallisia aineita käsittelevien laitosten turvallisuussuunnitelmiin - Tulvakarttojen päivitykset sekä vesistö- ja tulvaennusteiden sekä varoitusjärjestelmien kehittäminen - Pelastustoimen ja kuntien valmiussuunnitelmien laatiminen ja päivittäminen sekä koko vesistön tulvatilannetoimintamallin laatiminen - Tulvainfopaketin kokoaminen ja jakelu tulva-alueen asukkaille, kiinteistöjen omistajille ja työpaikoille Tulvasuojelu - Vedenpidätyskyvyn parantaminen valuma-alueilla ja luonnonmukainen valuma-aluekohtainen vesivarojen hallinta - Säpilän oikaisu-uoman rakentaminen - Porin lisäuoma ja harjunpäänjoen alaosan järjestelyt - Olemassa olevien uomien ruoppaukset ja suiston niitto ja ruoppaus Porissa - Kiinteistökohtainen tulvasuojelu Porissa ja Huittisissa Toiminta tulvavaara- ja tulvatilanteissa - Jäiden hallinta sekä hyyde- ja jääpatojen ehkäiseminen - Padotus- ja juoksutusselvitys keskeisille vesistösäännöstelyille - Porin patoturvallisuustoiminta

Gender-toiminta osana sotilaallista kriisinhallintaa : rekrytointi, koulutus ja operatiivinen toiminta

Kansainväliset sotilaalliset kriisinhallintaoperaatiot ovat muuttuneet yhä vaativammiksi, ja kriisinhallinnan tehtäväkenttä on laajentunut ja monipuolistunut. Operaatioalueella olevilta kriisinhallintahenkilöiltä odotetaan yhä enemmän kykyä yhteistyöhön kaikkien toimijoiden kanssa yhteiskunnan vakauden ja turvallisuuden palauttamiseksi ja säilyttämiseksi. Yhdistyneiden kansakuntien päätöslauselman 1325 ”Naiset, rauha ja turvallisuus” täytäntöönpanolla halutaankin hyödyttää koko yhteiskunnan vakautta ja kehitystä. Suomen kansallisen toimintaohjelman ja Pääesikunnan normin mukaan Suomi tukee naisten kouluttautumista kohti vaativimpia tehtäviä ja esittää naisia kansainvälisiin johtotehtäviin. Suomi varmistaa, että kaikilla kriisinhallintatehtäviin lähtevillä on ihmisoikeus- ja tasa-arvokysymysten asiantuntemus sekä kyky tehdä yhteistyötä sisällyttämällä YK:n päätöslauselma 1325, kansainvälinen oikeus, kansainvälinen humanitaarinen oikeus sekä ihmisoikeusvelvoitteet kaikkeen kriisinhallintakoulutukseen. Suomi sisällyttää gender-näkökulman osak-si kriisinhallintajoukkojen operatiivista toimintaa huomioimalla gender-näkökulman operaatioiden suunnittelussa, toimeenpanossa ja raportoinnissa YK:n päätöslauselman 1325 ja operaatiokohtaisten määräysten mukaisesti. Tutkielman tarkoituksena oli tutkia puolustusvoimien virassa olevien naisupseerien motiiveja hakeutua kriisinhallintatehtäviin, naisten osallistumisen vaikutuksia kriisinhallintaoperaatioihin sekä gender-näkökulman huomioimista koulutuksessa ja kriisinhallintajoukon operatiivisessa toiminnassa. Tutkimusongelmana oli vähäinen aiempi tiedon määrä Suomen kansallisessa toimintaohjelmassa ja Pääesikunnassa määritetyn gender-toiminnan toteutumisesta. Päätutkimuskysymyksen avulla pyrittiinkin selvittämään, miten gender-toiminta on toteutu-nut sotilaallisen kriisinhallinnan rekrytoinnissa, koulutuksessa ja operatiivisessa toiminnassa. Tutkimusstrategiana sovellettiin monimenetelmäistä tiedonkeruutapaa määrällisen ja laadullisen aineiston saamiseksi. Tutkimusmenetelminä käytettiin survey-tutkimusta ja sisällönanalyysiä, joiden avulla pyrittiin kuvaamaan naisupseerien, operaatioista kotiutuneiden rauhanturvaajien sekä Afganistanin kriisinhallintaoperaatiossa (ISAF) palvelleiden SKJA:n komentajien ja naisupseerien käsityksiä, mielipiteitä ja asenteita tutkittavasta aiheesta. Tutkielman empiirinen osuus perustuu naisupseereille suunnattuun kyselyyn sekä SKJA:n komentajien ja naisupseerien sähköpostihaastatteluun. Tutkielmassa hyödynnettiin lisäksi Porin prikaatin kotiutuneille rauhanturvaajille teettämän tasa-arvokyselyn tuloksia. Tutkielman tuloksena ilmeni, että naisrauhanturvaajien kriisinhallintatehtäviin osallistumisen vaikutuksista merkittävimpiä olivat yhteyden saaminen paikalliseen naisväestöön. Myös miesten ja naisten työskentely yhdessä samoissa tehtävissä nähtiin tärkeänä esimerkkinä sukupuolten tasa-arvosta. Sukupuolen liiallinen korostaminen nähtiin haitalliseksi, ja tehtävän vaatimukset tuleekin asettaa tehtävässä tarvittavien ominaisuuksien, tietojen ja taitojen mukaisesti. Positiivisten vaikutusten saavuttamiseksi naisten määrän kriisinhallintatehtävissä tulisi kasvaa nykyisestä, mutta sen ei tule olla itseisarvo. Merkittävimmät naisupseerien kriisinhallintatehtäviin hakeutumattomuuden syyt olivat perheen perustamiseen liittyvät sosiaaliset syyt. Kriisinhallintatehtäviin hakeutumisen motivaatiota kasvattavista tekijöistä tärkeimpiä olivat ammattitaidon ja itsensä kehittäminen. Gender-koulutuksen osalta ilmeni, että Suomessa annetaan gender-peruskoulutus mutta operaatioalueella ei täydennyskoulutusta annettu. Gender-näkökulman huomioon ottaminen kriisinhallintajoukon operatiivisessa suunnittelussa, toimeenpanossa ja raportoinnissa ei myöskään tulosten perusteella toteutunut. Tutkielman johtopäätöksenä todetaan, että naisupseerit ovat pääosin halukkaita palvelemaan kriisinhallintatehtävissä, vaikka osallistuminen onkin henkilömäärältään vähäistä. Naisten mahdollisuuteen hakeutua kriisinhallintatehtäviin voidaan vaikuttaa laatimalla urasuunnitelma varhaisemmassa vaiheessa ja lisäämällä naisupseereille kohdennettua tietoa kriisinhallintatehtävistä. Kriisinhallintatehtäviin halukkaita naisia on enemmän kuin näyttäisi olevan mahdollista irrottaa kotimaan tehtävistä. Gender-koulutuksen todettiin olevan liian yleisellä tasolla eikä sitä kyetty konkreettisesti huomioimaan ja soveltamaan joukon operatiivisessa toiminnassa. Koulutuksen pääpainon tulisikin olla operatiivisessa vaikuttavuudessa osana kaikkea koulutusta. Gender-näkökulma tulisi saada integroitua osaksi kaikkea kriisinhallintajoukon toimintaa operaation vaikuttavuuden ja tavoitteiden täyttymisen näkökulmaa. Operaation tavoitteita asetettaessa tulisi muistaa, että kriisinhallintaoperaatioilla pyritään kokonaisvaltaisesti turvallisuusympäristön parantamiseen ja normaaliyhteiskunnan toimintojen ja palvelujen palauttamiseen. Gender-toiminnan kehittämisessä tärkeää onkin ymmärtää sen vaikutus ja kytkeminen nimenomaan paikallisväestön eri ihmisryhmien huomioimiseen ja tasavertaisuuteen ihmisoikeuksien näkökulmasta. Tutkielman tulosten mukaan kehityskohteita gender-toiminnan parantamiseksi on olemassa, ja mikäli kriisinhallintaoperaatioiden vaikuttavuutta halutaan tehostaa, näyttäisi siihen myös olevan keinoja.

Muistitieto menneisyyden kertojana ‒ sotalapsuuden muistot vuosikymmenten takaa

Tämä pro gradu -tutkielma on kaksiosainen ja koostuu soveltavasta osiosta sekä sitä arvioivasta teoriaosasta. Soveltava osuus sisältää kaksi sotalapsuutta käsittelevää julkaistua artikkelia. Sotalasten kohtaloista vaiettiin vuosikaudet, niitä on alettu tutkia vasta viime vuosikymmeninä. Väestön ikääntyessä huomattiin myös muistitietohaastattelujen merkitys. Muistitieto mahdollistaa tutkittavien oman historian tavoittamisen ja tuottamisen, joka tuottaa vaietulle menneisyydelle myös moniäänisyyden. Artikkeleissa muistitietoa käytetään sekä lähteenä että metodina. ”Karjalaista lapsuutta ‒ kotopaikasta sotalapsiksi” -artikkelissa muistellaan lapsuutta Karjalassa, vaarallisia ja pelottavia evakkomatkoja sekä sopeutumista Kanta-Suomeen. Jo kohta lapset revittiin uudelleen asuinsijoiltaan lappu kaulassa kohti Ruotsia. Ajan kuluessa lapset etääntyivät vanhemmistaan ja olot Ruotsissa olivat monesti Suomen kotia mukavammat. Paluu Suomeen oli vaikeaa, sillä lapset palasivat sodan jälkeiseen aineelliseen puutteeseen. Tunteina olivat jälleen niin henkinen kodittomuus kuin myös paikattomuus. Juuristaan kiinni saaneet karjalaiset vaalivat tapoja ja perinteitä yhdessä Porin Karjala-Seurassa. Nuorisotoiminta elää edelleen kerhomuotoisena.

Kävelyn ja pyöräilyn hyvät ja turvalliset käytännöt : Opintomatka Tanskaan 1.–2.6.2015

Valtakunnallisessa kävelyn ja pyöräilyn strategiassa kyseiset kulkutavat tunnistetaan tulevaisuuden liikennejärjestelmän kulkutapoina. Kävelyä ja pyöräilyä edistämällä vähennetään liikennejärjestelmän hiilidioksidipäästöjä ja tehdään jokapäiväinen liikkumisympäristö viihtyisäksi, terveelliseksi ja turvalliseksi. Nostamalla kävely ja pyöräily samalle tasolle muiden liikennejärjestelmän kulkumuotojen kanssa tavoitellaan kävelyn ja pyöräilyn 20 prosentin kulkutapaosuuden nostoa. Strategialinjauksen toteutuminen edellyttää eri organisaatioiden ja hallinnon eri tasojen yhteistä tahtoa ja tiivistä yhteistyötä. Osana kävelyn ja pyöräilyn hyvät ja turvallisen käytännöt -hanketta järjestettiin opintomatka Tanskaan alkukesästä 2015, jonka tarkoituksena oli hakea evästystä kävelyn ja pyöräilyn valtakunnallisen strategian edistämiseen Suomessa. Opintomatka tehtiin yhteistyössä Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen, Uudenkaupungin ja Porin kaupungin sekä Utajärven kunnan kanssa. Tanskassa on pitkät perinteet kävelyn ja pyöräilyn hyvistä ja turvallisista käytännöistä. Pitkät perinteet tekevät Tanskasta hyvän mallimaan, josta voidaan hakea ideoida ja inspiraatioita Suomeen sovellettavaksi. Opintomatkan aikana vierailtiin Kööpenhaminan ja Odensen kaupungeissa, joissa asiantuntijat esittelivät paikallisia ja valtakunnallisia kävelyn ja pyöräilyn edistämisen keinoja Tanskassa. Kävelyä ja pyöräilyä on muun muassa edistetty tehokkaalla kampanjoinnilla ja tiedon jakamisella, joista on Suomessa paljon opittavaa. Lisäksi Tanskan kestävän liikkumisen edistämisen keskiössä on ihminen eikä ajoneuvo. Ihmislähtöisellä suunnittelulla Tanskassa on onnistuttu luomaan sellaiset olosuhteet, jotka itsessään edistävät kävelyn ja pyöräilyn kulttuuria. Kyseiset olosuhteet luovat samalla edellytyksiä laadukkaan infrastruktuurin aktiiviselle toteuttamiselle. Kööpenhaminassa esitysten aiheina olivat pyöräilijöiden kaupunki, pyöräilijöiden liikenneturvallisuus, Kööpenhaminan pyöräilystrategia sekä kestävän liikkumisen toimintasuunnitelma. Odensessa aiheina olivat liikkumisen ohjauksen suunnitelma, pyöräilyn edistämissuunnitelma ja liikenneturvallisuus. Molemmissa kaupungeissa käytiin esitysten jälkeen pyöräillen tutustumassa paikallisiin pyöräilyn olosuhteisiin paikallisten isäntien opastamana. Kööpenhaminassa tutustuttiin tuoreisiin infran parantamiskohteisiin sekä kohteisiin, joissa oli toteutettu liikenneturvallisuutta ja liikenteellistä toimivuutta parantavia toimenpiteitä. Odensen pyöräilykierroksella tutustuttiin Odensen keskustan ja kantakaupungin liikennejärjestelyihin.

Ympäristö- ja turvallisuustoiminnan kehittäminen kemikaaleja käyttävissä konepajoissa

Tämä diplomityö tehtiin Sampo-Rosenlewin Porin tehtaan toimeksiannosta. Työn tavoitteena oli kehittää ympäristö- ja turvallisuustoimintaa tehtaalla. Ympäristö- ja turvallisuustoimintaa kehitettiin luomalla toimintajärjestelmä sekä valitsemalla riskienhallintamenetelmä POA. Uusien työkalujen tuonti mukaan toimintakulttuuriin todettiin haastavaksi, sillä turvallisuus- ja ympäristökulttuuri on vielä matalalla tasolla. Ympäristö- ja turvallisuustoiminnan tasoa ja hallintakeinoja tutkittiin benchmarkkaamalla kolmea saman kokoluokan teollisuusyritystä ja keräämällä hyväksi todettuja metodeja toimintajärjestelmään. Sampo-Rosenlew on Porissa sijaitseva konepaja, joka valmistaa leikkuupuimureita ja metsäkoneita. Sampo-Rosenlew käyttää konepajana paljon kemikaaleja johtuen kolmesta maalaamostaan. Työn tavoitteena oli parantaa Sampo-Rosenlewin ympäristö- ja turvallisuusasioiden nykyistä tilaa erilaisten työkalujen avulla, joita yritykselle luotiin. Työssä kehitettiin Sampo-Rosenlewille toimintajärjestelmä ISO 14001 ympäristöjärjestelmästandardia ja OHSAS 18001 TTT- järjestelmästandardia mukaillen. Luotu toimintajärjestelmä on tulevaisuudessa tavoitteena sertifioida. Valittua riskianalyysimenetelmä POA:aa tullaan pilottivaiheessa testaamaan aluksi yrityksen maalaamoissa. Toimintajärjestelmä ja riskienhallintamenetelmä pyrittiin luomaan mahdollisimman yksinkertaiseksi, selkeäksi ja helpoksi kehittää. Näiden menetelmien käyttöönoton onnistumiseen vaikuttavat nykyinen toimintakulttuuri ja ylimmän johdon sitoutuminen asiaan. Järjestelmän käyttöönoton myötä on tavoitteena Sampo-Rosenlewin dokumentoinnin tason parantaminen ja kilpailukyvyn tehostaminen.

Valtatien 2 liikenneturvallisuustarkastus välillä Loimaa–Pori

Valtatie 2 Helsingistä Poriin toimii Satakunnan maakunnan pääliikenneyhteytenä pääkaupunkiseudulle ja se kuuluu EU:n päättämään TEN-T-verkkoon. Yhteysvälin pituudesta puolet sijaitsee Varsinais-Suomen ELY-keskuksen alueella ulottuen Loimaan, Huittisten, Kokemäen, Harjavallan, Nakkilan, Ulvilan ja Porin alueelle. Valtatietä on vuosien saatossa parannettu kohteittain pienempinä kokonaisuuksina: on porrastettu liittymiä, on rakennettu eritasoliittymiä ja vilkkaimmille osuuksille on tehty nelikaistaistuksia ja ohituskaistoja. Nykyisen tien liikennemäärät ja palvelutaso vaihtelevat kuitenkin osuuksittain merkittävästi. Valtatien parantamiseksi on laadittu erillissuunnitelmia ja valtatien parantamista on sivuttu sekä liikennejärjestelmä- että kunnittaisissa liikenneturvallisuussuunnitelmissa. Koko valtatien 2 parantamiseksi on käynnistymässä vuonna 2016 palvelutasolähtöinen kehittämisselvitys. Nykytilanteen analyysin, maastokäyntien ja työryhmätyöskentelyn pohjalta valtatielle 2 on määritetty yhteensä yli 90 parantamiskohdetta, joihin on esitetty noin 250 toimenpidettä. Toimenpiteet on jaettu kolmeen kategoriaan: A) Ajoratamaalaukset, B) Liikennemerkkijärjestelyt ja C) Infratoimenpiteet. Suurin osa toimenpiteistä on pieniä, kustannustehokkaita ja nopeasti toteutettavissa olevia. Toimenpiteet on jaettu kahteen kiireellisyysluokkaan ja jokaiselle toimenpiteelle on esitetty vastuutaho ja karkea yksikkökustannusarvio. Kaikkien hankkeiden yhteenlaskettu kustannusarvio on 9,9 miljoonaa euroa (osa kustannusarvioista puuttuu, koska toimenpiteet vaativat jatkosuunnittelua). Selvityksessä esitettyjen toimenpiteiden yhteenlaskettu laskennallinen henkilövahinko-onnettomuuksien vähenemä on 1,6 henkilövahinkoon johtanutta onnettomuutta vuodessa (nykyisin 22 heva-onnettomuutta vuodessa). Varsinais-Suomen ELY-keskus pyrkii resurssiensa rajoissa toteuttamaan tulevina vuosina esitettyjä toimenpiteitä. Toimenpiteiden toteutusta tullaan seuraamaan ja ensimmäinen seurantapalaveri järjestetään kahden vuoden kuluttua vuoden 2018 lopussa.

Wiikingit vs. bobrikoffilaiset – Aatehistoriallinen tutkimus kielitaisteluista porilaisten lehtien sivuilla 1863–1917

Pro gradu -tutkielmassani tarkastelen porilaisissa sanomalehdissä käytyjä keskusteluja suomen ja ruotsin kielestä ajanjaksolla 1863–1917. Kyseisellä aikavälillä suomen kielen asema vahvistui, minkä vuoden 1863 kieliasetus laittoi alulle. Tutkielman rajaus on vuoteen 1917, jolloin Suomi itsenäistyi ja kieliolot muuttuivat jälleen. Tutkimusaineistona käytän pääasiassa Porissa ilmestyneitä sanomalehtiä Björneborgs Tidningiä ja Satakuntaa. Tutkin lähdeaineistoni kautta, miten lehdissä käsiteltiin suomen ja ruotsin kielten välisiä kielikiistoja ja millaisen kuvan paikallinen media välitti yleisölle kielen asemasta. Lisäksi tutkin lehtikirjoituksista, miten suomen- ja ruotsinkieliset toimivat Venäjän sortovuosien aikana ja miten he suhtautuvat venäjän kieleen. Tutkimukseni on aatehistoriallinen, joten olen keskittynyt seuraamaan lehtikeskusteluiden ilmaisuja ja huomioinut lehtien suuntautumisen suomen- ja ruotsinmielisyyteen. Aatehistoriallinen tutkimus suo minulle mahdollisuuden pohtia asettamiani tutkimuskysymyksiä ja kontekstoimaan keskustelut aikakauteen. Tavoitteeni on tuoda tietoa Porin kaupungin asukkaista ja aikalaismediasta, sillä lehdissä saivat äänensä kuuluviin paitsi toimittajat myös lukijat. Tutkielma tuo oman näkökulmansa siihen, miten Porista on tullut kaupunki, jossa aiemmin hallinneet ruotsinkieliset ovat nyt sulautuneet valtaväestöön lähes näkymättömiin. Porissa kielitaistelut olivat rauhanomaisia, vaikka lehtien sivuilla välillä tunteet kuohuivat. Kielikiistoja käytiin 1900-luvun alkuvuosiin saakka. Välillä ne olivat tauolla, kun Venäjän sortotoimenpiteitä käytiin yhdessä vastustamaan. Myös sosiaalidemokraattien tuleminen mukaan politiikkaan vähensi huomiota kielikiistoihin. Lehtiartikkelien perusteella ruotsinkieliset luottivat kielensä säilyvän, vaikka Porin hallinnon kielenä siitä luovuttiinkin vuonna 1905. Suomenkieliset pelkäsivät ensin ruotsin, myöhemmin venäjän, syrjäyttävän oman kielensä. Ennen Suomen itsenäistymistä Suomalainen puolue läheni perustuslaillisia niin, että yhteistyö oli mahdollista. Porissa on edelleen hyvä henki suomen- ja ruotsinkielisten kesken. Ruotsinkielisyys ei tosin kaupungissa kovinkaan paljon näy valtaväestölle. Varsinkin ruotsalaisen koulun ansiosta sekä ruotsin- että suomenkieliset pitävät huolen, ettei kieli pääse kuihtumaan kaupungista.

Mechanism of tocopherol transfer by human α-tocopherol transfer protein (α-hTTP)

Vitamin E is a well known fat soluble chain breaking antioxidant. It is a general tenn used to describe a family of eight stereoisomers of tocopherols. Selective retention of a-tocopherol in the human circulation system is regulated by the a -Tocopherol Transfer Protein (a-TIP). Using a fluorescently labelled a-tocopherol (NBD-a-Toc) synthesized in our laboratory, a fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay was developed to monitor the kinetics of ligand transfer by a-hTTP in lipid vesicles. Preliminary results implied that NBD-a-Toe simply diffused from 6-His-a-hTTP to acceptor membranes since the kinetics of transfer were not responsive to a variety of conditions tested. After a series of trouble shooting experiments, we identified a minor contaminant, E coli. outer membrane porin F (OmpF) that co-purified with 6-His-a-hTTP from the metal affinity column as the source of the problem. In order to completely avoid OmpF contamination, a GST -a-hTTP fusion protein was purified from a glutathione agarose column followed by an on-column thrombin digestion to remove the GST tag. We then demonstrated that a-hTTP utilizes a collisional mechanism to deliver its ligand. Furthennore, a higher rate of a-tocopherol transfer to small unilamellar vesicles (SUV s) versus large unilamellar vesicles (LUV s) indicated that transfer is sensitive to membrane curvature. These findings suggest that ahTTP mediated a-Toc transfer is dominated by the hydrophobic nature of a-hTTP and the packing density of phospholipid head groups within acceptor membranes. Based on the calculated free energy change (dG) when a protein is transferred from water to the lipid bilayer, a model was generated to predict the orientation of a-hTTP when it interacts with lipid membranes. Guided by this model, several hydrophobic residues expected to penetrate deeply into the bilayer hydrophobic core, were mutated to either aspartate or alanine. Utilizing dual polarization interferometry and size exclusion vesicle binding assays, we identified the key residues for membrane binding to be F 165, F 169 and 1202. In addition, the rates of ligand transfer of the u-TTP mutants were directly correlated to their membrane binding capabilities, indicating that membrane binding was likely the rate limiting step in u-TTP mediated transfer of u-Toc. The propensity of u-TTP for highly curved membrane provides a connection to its colocalization with u-Toc in late endosomes.

Juvenile-mature wood transition in pine: correlation between wood properties and candidate gene expression profiles

There is a strong desire to exploit transcriptomics data from model species for the genetic improvement of non-model crops. Here, we use gene expression profiles from the commercial model Pinus taeda to identify candidate genes implicated in juvenile-mature wood transition in the non-model relative, P. sylvestris. Re-analysis of 'public domain' SAGE data from xylem tissues of P. taeda revealed 283 mature-abundant and 396 juvenile-abundant tags (P < 0.01), of which 70 and 137, respectively matched to genes with known function. Based on sequence similarity, we then isolated 16 putative homologues of genes that in P. taeda exhibited widest divergence in expression between juvenile and mature samples. Candidate expression levels in P. sylvestris were almost invariably differential between juvenile and mature woody tissue samples among two cohorts of five trees collected from the same seed source and selected for genetic uniformity by genetic distance analysis. However, the direction of differential expression was not always consistent with that described in the original P. taeda SAGE data. Correlation was observed between gene expression and juvenile-mature wood anatomical characteristics by OPLS analysis. Four candidates (alpha-tubulin, porin MIP1, lipid transfer protein and aquaporin like protein) apparently had greatest influence on the wood traits measured. Speculative function of these genes in relation to juvenile-mature wood transition is briefly explored. Thus, we demonstrate the feasibility of exploiting SAGE data from a model species to identify consistently differentially expressed candidates in a related non-model species.

Combined affinity labelling and mass spectrometry analysis of differential cell surface protein expression in normal and prostate cancer cells

Differences in the expression of cell surface proteins between a normal prostate epithelial (1542-NP2TX) and a prostate cancer cell line (1542-CP3TX) derived from the same patient were investigated. A combination of affinity chromatographic purification of biotin-tagged surface proteins with mass spectrometry analysis identified 26 integral membrane proteins and 14 peripheral surface proteins. The findings confirm earlier reports of altered expression in prostate cancer for several cell surface proteins, including ALCAM/CD166, the Ephrin type A receptor, EGFR and the prostaglandin F2 receptor regulatory protein. In addition, several novel findings of differential expression were made, including the voltage-dependent anion selective channel proteins Porin 1 and 2, ecto-5'-nucleotidase (CD73) and Scavenger receptor B1. Cell surface protein expression changed both qualitatively and quantitatively when the cells were grown in the presence of either or both interferon INFalpha and INFgamma. Costimulation with type I and II interferons had additive or synergistic effects on the membrane density of several, mainly peripherally attached surface proteins. Concerted upregulation of surface exposed antigens may be of benefit in immuno-adjuvant-based treatment of interferon-responsive prostate cancer. In conclusion, this study demonstrates that differences in the expression of membrane proteins between normal and prostate cancer cells are reproducibly detectable following vectorial labelling with biotin, and that detailed analysis of extracellular-induced surface changes can be achieved by combining surface-specific labelling with high-resolution two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry.

Combined affinity labelling and mass spectrometry analysis of differential cell surface protein expression in normal and prostate cancer cells

Differences in the expression of cell surface proteins between a normal prostate epithelial (1542-NP2TX) and a prostate cancer cell line (1542-CP3TX) derived from the same patient were investigated. A combination of affinity chromatographic purification of biotin-tagged surface proteins with mass spectrometry analysis identified 26 integral membrane proteins and 14 peripheral surface proteins. The findings confirm earlier reports of altered expression in prostate cancer for several cell surface proteins, including ALCAM/CD166, the Ephrin type A receptor, EGFR and the prostaglandin F2 receptor regulatory protein. In addition, several novel findings of differential expression were made, including the voltage-dependent anion selective channel proteins Porin 1 and 2, ecto-5'-nucleotidase (CD73) and Scavenger receptor B1. Cell surface protein expression changed both qualitatively and quantitatively when the cells were grown in the presence of either or both interferon INF alpha and INF gamma. Costimulation with type I and II interferons had additive or synergistic effects on the membrane density of several, mainly peripherally attached surface proteins. Concerted upregulation of surface exposed antigens may be of benefit in immuno-adjuvant-based treatment of interferon-responsive prostate cancer. In conclusion, this study demonstrates that differences in the expression of membrane proteins between normal and prostate cancer cells are reproducibly detectable following vectorial labelling with biotin, and that detailed analysis of extracellular-induced surface changes can be achieved by combining surface-specific labelling with high-resolution two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry.

A 96-well plate fluorescence assay for assessment of cellular permeability and active efflux in Salmonella enterica serovar Typhimurium and Escherichia coli

Multiply antibiotic-resistant (MAR) mutants of Escherichia coli and Salmonella enterica are characterized by reduced susceptibility to several unrelated antibiotics, biocides and other xenobiotics. Porin loss and/or active efflux have been identified as a key mechanisms of MAR. A single rapid test was developed for MAR. The intracellular accumulation of the fluorescent probe Hoechst (H) 33342 (bisbenzimide) by MAR mutants and those with defined disruptions in efflux pump and porin genes was determined in 96-well plate format. The accumulation of H33342 was significantly (P < 0.0001) reduced in MAR mutants of S. enterica serovar Typhimurium (n = 4) and E. coli (n = 3) by 41 +/- 8% and 17.3 +/- 7.2%, respectively, compared with their parental strains, which was reversed by the transmembrane proton gradient-collapsing agent carbonyl cyanide-m-chlorophenyl hydrazone (CCCP) and the efflux pump inhibitor phenylalanine-arginine-beta-naphthylamide (PA beta N). The accumulation of H33342 was significantly reduced in mutants of Salmonella Typhimurium with defined disruptions in genes encoding the porins OmpC, OmpF, OmpX and OmpW, but increased in those with disruptions in efflux pump components TolC, AcrB and AcrF. Reduced accumulation of H33342 in three other MAR mutants of Salmonella Typhimurium correlated with the expression of porin and efflux pump proteins. The intracellular accumulation of H33342 provided a sensitive and specific test for MAR that is cheap and relatively rapid. Differential sensitivity to CCCP and PA beta N provided a further means to phenotypically identify MAR mutants and the role of active efflux in each strain.

Blockade of ActRIIB signaling triggers muscle fatigability and metabolic myopathy

Myostatin regulates skeletal muscle size via the activin receptor IIB (ActRIIB). However, its effect on muscle energy metabolism and energy dependent muscle function remains largely unexplored. This question needs to be solved urgently since various therapies for neuromuscular diseases based on blockade of ActRIIB signaling are being developed. Here we show in mice that four months of pharmacological abrogation of ActRIIB signaling by treatment with soluble ActRIIB-Fc triggers extreme muscle fatigability. This is associated with elevated serum lactate levels and a severe metabolic myopathy in the mdx mouse, an animal model of Duchenne muscular dystrophy. Blockade of ActRIIB signaling down-regulates Porin, a crucial ADP/ATP shuttle between cytosol and mitochondrial matrix leading to a consecutive deficiency of oxidative phosphorylation as measured by in vivo Phophorus Magnetic Resonance Spectroscopy (31P-MRS). Further, ActRIIB blockade reduces muscle capillarization, which further compounds the metabolic stress. We show that ActRIIB regulates key determinants of muscle metabolism, such as Pparβ, Pgc1α, and Pdk4 thereby optimizing different components of muscle energy metabolism. In conclusion, ActRIIB signaling endows skeletal muscle with high oxidative capacity and low fatigability. The severe metabolic side effects following ActRIIB blockade caution against deploying this strategy, at least in isolation, for treatment of neuromuscular disorders.