eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Spontaneous Emergence of Chirality in the Limited Enantioselectivity Model: Autocatalytic Cycle Driven by an External Reagent

The emergence of chirality in enantioselective autocatalysis for compounds unable to transform according to the Frank-like reaction network is discussed with respect to the controversial limited enantioselectivity (LES) model composed of coupled enantioselective and non-enantioselective autocatalyses. The LES model cannot lead to spontaneous mirror symmetry breaking (SMSB) either in closed systems with a homogeneous temperature distribution or in closed systems with a stationary non-uniform temperature distribution. However, simulations of chemical kinetics in a two-compartment model demonstrate that SMSB may occur if both autocatalytic reactions are spatially separated at different temperatures in different compartments but coupled under the action of a continuous internal flow. In such conditions, the system can evolve, for certain reaction and system parameters, toward a chiral stationary state; that is, the system is able to reach a bifurcation point leading to SMSB. Numerical simulations in which reasonable chemical parameters have been used suggest that an adequate scenario for such a SMSB would be that of abyssal hydrothermal vents, by virtue of the typical temperature gradients found there and the role of inorganic solids mediating chemical reactions in an enzyme-like role.

Real-time Linux in electric drive systems

Reaaliaikaisten käyttöjärjestelmien käyttö sulautetuissa järjestelmissä on kasvamassa koko ajan. Sulautettuja tietokoneita käytetään yhä useammassa kohteessa kuten sähkökäyttöjen ohjauksessa. Sähkökäyttöjen ohjaus hoidetaan nykyisin yleensä nopealla digitaalisella signaaliprosessorilla (DSP), jolloin ohjelmointi ja päivittäminen on hidasta ja vaikeaa johtuen käytettävästä matalan tason Assembler-kielestä. Ratkaisuna yleiskäyttöisten prosessorien ja reaaliaikakäyttöjärjestelmien käyttö. Kaupalliset reaaliaikakäyttöjärjestelmät ovat kalliita ja lähdekoodin saaminen omaan käyttöön jopa mahdotonta. Linux on ei-kaupallinen avoimen lähdekoodin käyttöjärjestelmä, joten sen käyttö on ilmaista ja sitä voi muokata vapaasti. Linux:iin on saatavana useita laajennuksia, jotka tekevät siitä reaaliaikaisen käyttöjärjestelmän. Vaihtoehtoina joko kova (hard) tai pehmeä (soft) reaaliaikaisuus. Linux:iin on olemassa valmiita kehitysympäristöjä mutta ne kaipaavat parannusta ennen kuin niitä voidaan käyttää suuressa mittakaavassa teollisuudessa. Reaaliaika Linux ei sovellus nopeisiin ohjauslooppeihin (<100 ms) koska nopeus ei riitä vielä mutta nopeus kasvaa samalla kun prosessorit kehittyvät. Linux soveltuu hyvin rajapinnaksi nopean ohjauksen ja käyttäjän välille ja hitaampaan ohjaukseen.

Aplicação de espectroscopias raman e infravermelho na identificação e quantificação de plastificantes em filmes comerciais de PVC esticável

This paper reports the use of Raman and infrared techniques for the qualitative and quantitative analysis of plasticizers in polyvinylchloride (PVC) commercial films. FT-Raman marker bands were indentified for di-2-ethyl-hexyl adipate (DEHA) and di-2-ethyl-hexyl phthalate (DEHP), allowing for the rapid identification of these species in the commercial film. Quantitative analysis by FT-IR resulted in plasticizers concentrations ranging from 11 to 27% (w/w). Considering the little sample preparation and the low cost of the techniques, FT-IR and FT-Raman are viable techniques for a first assessment of plasticizers in commercial samples.

Implementing gateway monitoring service for infrastructure sensor networks

Wireless sensor networks and its applications have been widely researched and implemented in both commercial and non commercial areas. The usage of wireless sensor network has developed its market from military usage to daily use of human livings. Wireless sensor network applications from monitoring prospect are used in home monitoring, farm fields and habitant monitoring to buildings structural monitoring. As the usage boundaries of wireless sensor networks and its applications are emerging there are definite ongoing research, such as lifetime for wireless sensor network, security of sensor nodes and expanding the applications with modern day scenarios of applications as web services. The main focus in this thesis work is to study and implement monitoring application for infrastructure based sensor network and expand its usability as web service to facilitate mobile clients. The developed application is implemented for wireless sensor nodes information collection and monitoring purpose enabling home or office environment remote monitoring for a user.

Teknologiasta liiketoimintaa. Julkisen tutkimuksen kaupallistaminen - Case VTT

Tässä tutkielmassa perehdyttiin julkisen tutkimuksen kaupallistamiseen tutkimusorganisaatio VTT:n tapauksen kautta. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, kuinka julkista tutkimusta voidaan yleensä kaupallistaa, mitkä ovat kaupallistamisprosessin vaiheet, haasteet sekä kriittiset onnistumistekijät. Tutkimus on luonteeltaan laadullinen ja se toteutettiin henkilöhaastatteluina, joita täydennettiin kirjallisilla lähteillä. Tutkimuksessa ilmeni, että VTT:llä julkisrahoitteisen tutkimuksen tuloksia kaupallistetaan lisensoimalla, toimeksianto- eli sopimustutkimuksen kautta, spin-off toimilla, allianssien ja erilaisten palvelujen, kuten valmistus-, testaus-, ja analyysipalvelujen kautta. VTT:n näkökulmasta katsottuna merkittävin kaupallistamiskanava on sopimus- eli toimeksiantotutkimus, jota seuraavat lisensointi sekä spin-off toiminta. Kaupallistamistavan valinta riippuu lukuisista tekijöistä, kuten organisaation kaupallistamisstrategiasta, innovaatiotyypistä, teknologian kypsyydestä, tiedon luonteesta, toimialojen ja markkinoiden ominaisuuksista, innovaation hyödynnettävyydestä ja suojauksesta, arvonmuodostuspotentiaalista kuin yksittäisten henkilöiden motivaatiostakin.Valinta onkin tehtävä tapauskohtaisesti. Julkisesta tutkimuksesta lähtöisin olevien teknologioiden tie markkinoille voi olla haastava, sillä teknologiat ovat kehitetty ei-kaupallisessa ympäristössä. Tutkimuksessa kävi ilmi, että kriittisimmiksi koetut kaupallistamisen onnistumistekijät liittyivät organisaatioon, teknologiaan, markkina- ja asiakastarpeeseen, aineettoman omaisuuden suojaukseen sekä markkinoille menon nopeuteen.

Pipeline for macro- and microarray analyses

The pipeline for macro- and microarray analyses (PMmA) is a set of scripts with a web interface developed to analyze DNA array data generated by array image quantification software. PMmA is designed for use with single- or double-color array data and to work as a pipeline in five classes (data format, normalization, data analysis, clustering, and array maps). It can also be used as a plugin in the BioArray Software Environment, an open-source database for array analysis, or used in a local version of the web service. All scripts in PMmA were developed in the PERL programming language and statistical analysis functions were implemented in the R statistical language. Consequently, our package is a platform-independent software. Our algorithms can correctly select almost 90% of the differentially expressed genes, showing a superior performance compared to other methods of analysis. The pipeline software has been applied to 1536 expressed sequence tags macroarray public data of sugarcane exposed to cold for 3 to 48 h. PMmA identified thirty cold-responsive genes previously unidentified in this public dataset. Fourteen genes were up-regulated, two had a variable expression and the other fourteen were down-regulated in the treatments. These new findings certainly were a consequence of using a superior statistical analysis approach, since the original study did not take into account the dependence of data variability on the average signal intensity of each gene. The web interface, supplementary information, and the package source code are available, free, to non-commercial users at http://ipe.cbmeg.unicamp.br/pub/PMmA.

Antimicrobial properties of lactic acid bacteria isolated from uruguayan artisan cheese

Uruguayan artisan cheese is elaborated with raw milk and non-commercial starters. The associated native microbiota may include lactic acid bacteria and also potentially pathogenic bacteria. Lactic acid bacteria were isolated from artisan cheese, raw milk, and non-commercial starter cultures, and their potential bacteriocin production was assessed. A culture collection of 509 isolates was obtained, and five isolates were bacteriocin-producers and were identified as Enterococcus durans,Lactobacillus casei, and Lactococcus lactis. No evidence of potential virulence factors were found in E. durans strains. These are promising results in terms of using these native strains for cheese manufacture and to obtain safe products.

The ambivalent identity of Wong Kar-wai's cinema

Ayant réalisé neuf longs-métrages entre 1988 et 2007, aussi que plusieurs campagnes publicitaires, vidéo-clips, courts-métrages et projets collectifs, Wong Kar-wai est un des réalisateurs contemporains les plus importants actuellement. Issu de l'industrie cinématographique fortement commerciale de Hong Kong, Wong est parvenu à attirer l'attention du circuit international des festivals de cinéma avec son style visuel unique et son récit fragmenté. Considéré par plusieurs critiques comme le poète de la recherche d’identité de Hong Kong après 1997, Wong Kar-wai défie toutes les tentatives de catégorisation. L’étude qui se poursuivit ici a donc pour objet essentiel de fournir une analyse attentive et complète de son oeuvre, tout en se concentrant sur les traits stylistiques qui donnent à ses films une unité. Ces caractéristiques correspondent à une certaine façon de raconter des histoires, de composer des personnages et des récits, de manipuler le temps et d'utiliser des ressources techniques de sorte que ses films offrent une identité cohérente. L'objectif est d'analyser les différents composants de ses images pour découvrir comment ses films communiquent les uns avec les autres afin de créer une identité unique. Pour atteindre cet objectif, je pose comme hypothèse de travail que le cinéma de Wong est marqué par une structure dualiste qui permet à ses films de présenter des qualités contradictoires simultanément. La plupart de mes arguments se concentrent sur le travail du philosophe français Gilles Deleuze, qui a proposé une théorie du cinéma divisé entre l’image-mouvement et l’image-temps. Je considère que sa théorie fournit un cadre valide sur lequel les films de Wong peuvent être projetés. Tandis que ma recherche se concentre sur l’interprétation textuelle des films, je profiterais également d’une analyse comparative.

Apprentissage dans une communauté de pratique : fansubbing et compétence linguistique

Fansub consiste à traduire et à sous-titrer les produits médiatiques étrangers tels que des films, des feuilletons ou des animes par des internautes bénévoles. Ce phénomène est aujourd’hui très répandu en Chine. Les amateurs s’organisent en groupes de fansub pour accomplir ce travail en collaboration. Les groupes de fansub se caractérisent par la virtualisation du lieu de travail, l’hétérogénéité des membres, la liberté de participation, la collaboration et la non-commercialité. Leur processus de travail et organisation est aussi particulier. Dans ce mémoire, je me suis intéressée à l’apprentissage des fansubbers, un aspect peu étudié dans la littérature sur le fansub. Le fansub a été abordé sous l’angle d’une communauté de pratiques pour comprendre comment les fansubbers acquièrent de nouvelles connaissances et améliorent leur compétence linguistique en sous-titrant les films de langue étrangère. L’étude est basée sur l’observation participative dans un groupe de fansub chinois-français, Fansub Yueyue. J’ai fait de l’observation participante auprès de ce groupe de fansub pour recueillir des traces du travail et des interactions entre les membres. Dix fansubbers du groupe ont aussi été interrogés. Les analyses ont indiqué que le groupe de fansub démontre les trois caractéristiques essentielles d’une communauté de pratique : l’entreprise commune, l’engagement mutuel et un répertoire partagé. Cet ensemble favorise l’existence du groupe ainsi que l’apprentissage des membres. Aussi, par l’analyse des erreurs fréquentes des fansubbers et leur autoévaluation, nous concluons que les pratiques de fansub aident les membres à améliorer leur compétence linguistique. L’apprentissage a lieu pendant le processus de travail de sous-titrage ainsi qu’à travers les interactions entre les membres ou avec des personnes hors de ce groupe.

L’immunothérapie orale pour le traitement des allergies alimentaires multiples

La prévalence des allergies alimentaires IgE-médiées aurait triplé au cours de la dernière décennie avec des études Nord-Américaines atteignant les 8% chez les enfants. Quoiqu’il n’y ait à ce jour aucun traitement curatif pour les allergies alimentaires, l’immunothérapie oral (OIT) constitue une nouvelle approche expérimentale prometteuse. Cette dernière consiste en l’administration de doses progressive d’allergènes par voie orale sur une période prolongée dans le but d’instaurer un état de désensibilisation et possiblement une tolérance orale soutenue. Cette approche a été démontrée sécuritaire et permettrait la désensibilisation à haute dose de plus de 80% des participants allergiques aux arachides, lait ou œufs. Dans cette thèse, nous présentons 2 études de phase 1 portant sur des protocoles d’OIT, destinés à optimiser l’efficience du traitement chez les sujets avec allergies alimentaires multiples. Près de 30% des enfants avec allergie alimentaire sont allergiques à plus d’un aliment, une proportion qui augmente à 70% lorsqu’on considère les cas les plus sévères. Ces enfants sont à risque augmenté de réactions accidentelles et souffrent d’un impact plus grand sur leur qualité de vie. Dans la première étude, en créant un mélange individualisé avec un ratio stochiométrique 1:1 entre les protéines des aliments allergiques de l’enfant, nous démontrons qu’il est possible de désensibiliser jusqu’à 5 aliments simultanément avec un profil d’innocuité similaire à une monothérapie. Dans la seconde étude, nous utilisons un traitement à l’omalizumab, un anticorps monoclonal anti-IgE, pour permettre une désensibilisation orale multi-allergénique fortement accélérée. Lorsque comparé à l’approche sans omalizumab, ce protocole s’associe à une nette diminution du temps requis pour atteindre les doses d’entretien, passant d’une médiane de 21 à 4 mois, sans affecter le profil d’innocuité. Alors que ces études fournissent des approches cliniques raisonnables pour désensibiliser la population multi-allergique, plusieurs questions persistent, notamment en ce qui a trait à l’induction de tolérance permanente. Une barrière majeure à cet égard réside dans notre piètre compréhension des mécanismes sous-jacents à l’immunothérapie. Prenant avantage d’échantillons cliniques bien caractérisés provenant des essais cliniques ci-haut mentionnés, nous utilisons les nouvelles technologies de séquençage TCR pour suivre la distribution clonale des lymphocytes T spécifiques aux arachides durant une immunothérapie orale. Nous démontrons que l’OIT s’associe à des changements significatifs dans les fréquences des clones spécifiques, suggérant un processus d’épuisement clonal et de remplacement. Nous démontrons par ailleurs que le test de prolifération lymphocytaire, traditionnellement utilisé pour évaluer la réponse cellulaire allergique, est dominé par une distribution polyclonale hautement non-spécifique. Cette observation a des implications majeures considérant que la plupart de la littérature actuelle sur la réponse T se base sur cette technique. En somme, cette thèse jette les bases pour des programmes de recherche translationnelle pour optimiser et personnaliser les protocoles cliniques actuels et développer de nouvelles avenues d’investigation et de traitement pour améliorer la prise en charge des sujets avec allergies alimentaires.

Creative Commons Quiz/Lecture notes/Lecture slides(group 22)

The resource set of info2009 coursework 2 is produced by group22. it contains: 1. poster 2. internet link of a set of multiple questions 3. a pdf file of a set of multiple questions 4. reference list 5. lecture slides 6. lecture notes ps: Edward Payne (ejp1x07@ecs.soton.ac.uk) has not contributed to any part of the activities.

Comparison of sample size formulae for 2x2 cross-over designs applied to bioequivalence studies

We consider the comparison of two formulations in terms of average bioequivalence using the 2 × 2 cross-over design. In a bioequivalence study, the primary outcome is a pharmacokinetic measure, such as the area under the plasma concentration by time curve, which is usually assumed to have a lognormal distribution. The criterion typically used for claiming bioequivalence is that the 90% confidence interval for the ratio of the means should lie within the interval (0.80, 1.25), or equivalently the 90% confidence interval for the differences in the means on the natural log scale should be within the interval (-0.2231, 0.2231). We compare the gold standard method for calculation of the sample size based on the non-central t distribution with those based on the central t and normal distributions. In practice, the differences between the various approaches are likely to be small. Further approximations to the power function are sometimes used to simplify the calculations. These approximations should be used with caution, because the sample size required for a desirable level of power might be under- or overestimated compared to the gold standard method. However, in some situations the approximate methods produce very similar sample sizes to the gold standard method. Copyright © 2005 John Wiley & Sons, Ltd.

Geostatistical analysis of rainfall

Rainfall can be modeled as a spatially correlated random field superimposed on a background mean value; therefore, geostatistical methods are appropriate for the analysis of rain gauge data. Nevertheless, there are certain typical features of these data that must be taken into account to produce useful results, including the generally non-Gaussian mixed distribution, the inhomogeneity and low density of observations, and the temporal and spatial variability of spatial correlation patterns. Many studies show that rigorous geostatistical analysis performs better than other available interpolation techniques for rain gauge data. Important elements are the use of climatological variograms and the appropriate treatment of rainy and nonrainy areas. Benefits of geostatistical analysis for rainfall include ease of estimating areal averages, estimation of uncertainties, and the possibility of using secondary information (e.g., topography). Geostatistical analysis also facilitates the generation of ensembles of rainfall fields that are consistent with a given set of observations, allowing for a more realistic exploration of errors and their propagation in downstream models, such as those used for agricultural or hydrological forecasting. This article provides a review of geostatistical methods used for kriging, exemplified where appropriate by daily rain gauge data from Ethiopia.