Classification of Protein Kinases on the Basis of Both Kinase and Non-Kinase Regions

Background: Protein phosphorylation is a generic way to regulate signal transduction pathways in all kingdoms of life. In many organisms, it is achieved by the large family of Ser/Thr/Tyr protein kinases which are traditionally classified into groups and subfamilies on the basis of the amino acid sequence of their catalytic domains. Many protein kinases are multidomain in nature but the diversity of the accessory domains and their organization are usually not taken into account while classifying kinases into groups or subfamilies. Methodology: Here, we present an approach which considers amino acid sequences of complete gene products, in order to suggest refinements in sets of pre-classified sequences. The strategy is based on alignment-free similarity scores and iterative Area Under the Curve (AUC) computation. Similarity scores are computed by detecting common patterns between two sequences and scoring them using a substitution matrix, with a consistent normalization scheme. This allows us to handle full-length sequences, and implicitly takes into account domain diversity and domain shuffling. We quantitatively validate our approach on a subset of 212 human protein kinases. We then employ it on the complete repertoire of human protein kinases and suggest few qualitative refinements in the subfamily assignment stored in the KinG database, which is based on catalytic domains only. Based on our new measure, we delineate 37 cases of potential hybrid kinases: sequences for which classical classification based entirely on catalytic domains is inconsistent with the full-length similarity scores computed here, which implicitly consider multi-domain nature and regions outside the catalytic kinase domain. We also provide some examples of hybrid kinases of the protozoan parasite Entamoeba histolytica. Conclusions: The implicit consideration of multi-domain architectures is a valuable inclusion to complement other classification schemes. The proposed algorithm may also be employed to classify other families of enzymes with multidomain architecture.

Synthesis of workspaces of planar manipulators with arbitrary topology using shape representation and simulated annealing

This paper presents a general methodology for the synthesis of the external boundary of the workspaces of a planar manipulator with arbitrary topology. Both the desired workspace and the manipulator workspaces are identified by their boundaries and are treated as simple closed polygons. The paper introduces the concept of best match configuration and shows that the corresponding transformation can be obtained by using the concept of shape normalization available in image processing literature. Introduction of the concept of shape in workspace synthesis allows highly accurate synthesis with fewer numbers of design variables. This paper uses a new global property based vector representation for the shape of the workspaces which is computationally efficient because six out of the seven elements of this vector are obtained as a by-product of the shape normalization procedure. The synthesis of workspaces is formulated as an optimization problem where the distance between the shape vector of the desired workspace and that of the workspace of the manipulator at hand are minimized by changing the dimensional parameters of the manipulator. In view of the irregular nature of the error manifold, the statistical optimization procedure of simulated annealing has been used. A number of worked-out examples illustrate the generality and efficiency of the present method. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Reduced Rate Ultra Low Delay Audio Coder using Multistage Vector Quantization

Communication applications are usually delay restricted, especially for the instance of musicians playing over the Internet. This requires a one-way delay of maximum 25 msec and also a high audio quality is desired at feasible bit rates. The ultra low delay (ULD) audio coding structure is well suited to this application and we investigate further the application of multistage vector quantization (MSVQ) to reach a bit rate range below 64 Kb/s, in a scalable manner. Results at 32 Kb/s and 64 Kb/s show that the trained codebook MSVQ performs best, better than KLT normalization followed by a simulated Gaussian MSVQ or simulated Gaussian MSVQ alone. The results also show that there is only a weak dependence on the training data, and that we indeed converge to the perceptual quality of our previous ULD coder at 64 Kb/s.

Model independent bounds on the modulus of the pion form factor on the unitarity cut below the omega pi threshold

We calculate upper and lower bounds on the modulus of the pion electromagnetic form factor on the unitarity cut below the omega pi inelastic threshold, using as input the phase in the elastic region known via the Fermi-Watson theorem from the pi pi P-wave phase shift, and a suitably weighted integral of the modulus squared above the inelastic threshold. The normalization at t = 0, the pion charge radius and experimental values at spacelike momenta are used as additional input information. The bounds are model independent, in the sense that they do not rely on specific parametrizations and do not require assumptions on the phase of the form factor above the inelastic threshold. The results provide nontrivial consistency checks on the recent experimental data on the modulus available below the omega pi threshold from e(+)e(-) annihilation and tau-decay experiments. In particular, at low energies the calculated bounds offer a more precise description of the modulus than the experimental data.

Recognition of Kannada characters extracted from scene images

In this paper, we describe a method for feature extraction and classification of characters manually isolated from scene or natural images. Characters in a scene image may be affected by low resolution, uneven illumination or occlusion. We propose a novel method to perform binarization on gray scale images by minimizing energy functional. Discrete Cosine Transform and Angular Radial Transform are used to extract the features from characters after normalization for scale and translation. We have evaluated our method on the complete test set of Chars74k dataset for English and Kannada scripts consisting of handwritten and synthesized characters, as well as characters extracted from camera captured images. We utilize only synthesized and handwritten characters from this dataset as training set. Nearest neighbor classification is used in our experiments.

Improved subject-independent acoustic-to-articulatory inversion

In subject-independent acoustic-to-articulatory inversion, the articulatory kinematics of a test subject are estimated assuming that the training corpus does not include data from the test subject. The training corpus in subject-independent inversion (SII) is formed with acoustic and articulatory kinematics data and the acoustic mismatch between training and test subjects is then estimated by an acoustic normalization using acoustic data drawn from a large pool of speakers called generic acoustic space (GAS). In this work, we focus on improving the SII performance through better acoustic normalization and adaptation. We propose unsupervised and several supervised ways of clustering GAS for acoustic normalization. We perform an adaptation of acoustic models of GAS using the acoustic data of the training and test subjects in SII. It is found that SII performance significantly improves (similar to 25% relative on average) over the subject-dependent inversion when the acoustic clusters in GAS correspond to phonetic units (or states of 3-state phonetic HMMs) and when the acoustic model built on GAS is adapted to training and test subjects while optimizing the inversion criterion. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.

Multispectral Bayesian reconstruction technique for real-time two color fluorescence microscopy

We have developed a real-time imaging method for two-color wide-field fluorescence microscopy using a combined approach that integrates multi-spectral imaging and Bayesian image reconstruction technique. To enable simultaneous observation of two dyes (primary and secondary), we exploit their spectral properties that allow parallel recording in both the channels. The key advantage of this technique is the use of a single wavelength of light to excite both the primary dye and the secondary dye. The primary and secondary dyes respectively give rise to fluorescence and bleed-through signal, which after normalization were merged to obtain two-color 3D images. To realize real-time imaging, we employed maximum likelihood (ML) and maximum a posteriori (MAP) techniques on a high-performance computing platform (GPU). The results show two-fold improvement in contrast while the signal-to-background ratio (SBR) is improved by a factor of 4. We report a speed boost of 52 and 350 for 2D and 3D images respectively. Using this system, we have studied the real-time protein aggregation in yeast cells and HeLa cells that exhibits dot-like protein distribution. The proposed technique has the ability to temporally resolve rapidly occurring biological events.

Multivariate juggling probabilities

We consider refined versions of Markov chains related to juggling introduced by Warrington. We further generalize the construction to juggling with arbitrary heights as well as infinitely many balls, which are expressed more succinctly in terms of Markov chains on integer partitions. In all cases, we give explicit product formulas for the stationary probabilities. The normalization factor in one case can be explicitly written as a homogeneous symmetric polynomial. We also refine and generalize enriched Markov chains on set partitions. Lastly, we prove that in one case, the stationary distribution is attained in bounded time.

On the curvature ODE associated to the Ricci flow

In the vector space of algebraic curvature operators we study the reaction ODE which is associated to the evolution equation of the Riemann curvature operator along the Ricci flow. More precisely, we give a partial classification of the zeros of this ODE up to suitable normalization and analyze the stability of a special class of zeros of the same. In particular, we show that the ODE is unstable near the curvature operators of the Riemannian product spaces where is an Einstein (locally) symmetric space of compact type and not a spherical space form when .

Automatic transcription of conversational telephone speech

This paper discusses the Cambridge University HTK (CU-HTK) system for the automatic transcription of conversational telephone speech. A detailed discussion of the most important techniques in front-end processing, acoustic modeling and model training, language and pronunciation modeling are presented. These include the use of conversation side based cepstral normalization, vocal tract length normalization, heteroscedastic linear discriminant analysis for feature projection, minimum phone error training and speaker adaptive training, lattice-based model adaptation, confusion network based decoding and confidence score estimation, pronunciation selection, language model interpolation, and class based language models. The transcription system developed for participation in the 2002 NIST Rich Transcription evaluations of English conversational telephone speech data is presented in detail. In this evaluation the CU-HTK system gave an overall word error rate of 23.9%, which was the best performance by a statistically significant margin. Further details on the derivation of faster systems with moderate performance degradation are discussed in the context of the 2002 CU-HTK 10 × RT conversational speech transcription system. © 2005 IEEE.

Accuracy in Copy Number Calling by qPCR and PRT : A Matter of DNA

7 p.

O acesso aos documentos sigilosos : um estudo das comissões permanentes de avaliação e de acesso nos arquivos brasileiros

Estudo sobre o acesso legal aos documentos de arquivo de caráter sigiloso, mediante mapeamento dos arquivos públicos que, no âmbito federal e estadual, instalaram comissões permanentes de acesso/avaliação de documentos sigilosos e/ou outros instrumentos normativos ou informais, que permitem ou dificultam o acesso aos documentos classificados. A legislação arquivística nacional referente aos documentos sigilosos foi sistematizada em quadros, a partir dos assuntos selecionados previamente. Dois modelos de questionário foram elaborados e aplicados nos arquivos públicos ou instituições afins que recolheram documentos de caráter sigiloso. A literatura, no que se refere ao direito à informação, é abundante, mas a abordagem específica sobre acesso aos documentos de caráter sigiloso ainda é incipiente. Na legislação há uma ênfase na normalização de classificação aos documentos de caráter sigiloso em detrimento aos dispositivos de acesso. Os principais autores referenciados nesta pesquisa concordam que o direito à informação situa-se no âmbito dos direitos civis, políticos e sociais, ou seja, o Estado deve comunicar suas atividades e o impacto que estas produzem na sociedade civil, à qual, por sua vez, deve ser assegurado o livre acesso a tais informações. Os limites a este acesso são a segurança do Estado e da sociedade e a proteção à vida privada - temas sempre polêmicos e centrais no debate democrático. A ausência de resposta de algumas instituições deixou lacunas na dissertação e evidencia que a questão do acesso aos documentos sigilosos ainda é uma questão delicada.

Relaciones amorosas de pareja en las trayectorias vitales de las mujeres encarceladas

[ES]La tesis doctoral analiza las experiencias amorosas de pareja de mujeres encarceladas, con el doble objetivo de visibilizar a las mujeres presas en el ámbito de las ciencias sociales y de introducir las especificidades de las mujeres encarceladas en los debates sociológicos y feministas acerca del amor. Las escasas aproximaciones al amor entre las mujeres presas han tendido a explicar sus relaciones de pareja desde el concepto de “dependencia emocional”, que, como se muestra en la tesis, presenta dos debilidades básicas, de un lado la tendencia a la psicologización y patologización de cuestiones de claro sustrato social; de otro la homogeneización de experiencias que presentan gran diversidad. Otra debilidad de ciertos análisis sobre las mujeres presas y aquellas excluidas socialmente, es que se han basado en concepciones sexistas acerca de las mujeres transgresoras como “malas mujeres”, por considerar que no cumplen con las expectativas culturales y sociales asociadas a los supuestos atributos de género. Esta tesis doctoral adopta una epistemología basada en la crítica feminista que busca modelos analíticos alejados de los estereotipos y la estigmatización de las mujeres transgresoras. Desde una perspectiva metodológica cualitativa, el trabajo de campo fue desarrollado en la cárcel de Nanclares de Oca (País Vasco) durante el 2008. Desarrollé un trabajo etnográfico de observación participante y entrevistas en profundidad semiestructuradas que elaboraban información sobre aspectos relativos a sus trayectorias de vida (familia de origen, vivienda, empleo, nivel educativo, situación penal y penitenciaria, estado de salud, etc.) y sus experiencias amorosas de pareja. En mi análisis, he rastreado la diversidad y variabilidad de las experiencias amorosas de las mujeres presas, el impacto del encarcelamiento en sus trayectorias amorosas y en la configuración de su intimidad, los elementos que hacen para estas mujeres del amor un “cautiverio”, y al mismo tiempo, las estrategias “liberadoras” que despliegan en sus desarrollos afectivos. El amor puede constituir un cautiverio para las mujeres ya que favorece la acomodación a unos roles de género que definen a las mujeres como dependientes y carentes de libertad. Al mismo tiempo, el amor se puede entender como una “estrategia emocional”, una forma de superar las consecuencias del encierro y de lograr ciertos estándares de “normalización” social, en un contexto en que se encuentran excluidas socialmente y fuertemente estigmatizadas.

A regulação política da sexualidade no âmbito da família por saberes e instituições médicas brasileiras : 1838-1940

Esta tese tem como objeto a regulação política da sexualidade no âmbito da família por saberes e instituições médicas brasileiras (1838-1940). Orienta-se pelo interesse em analisar continuidades e descontinuidades na construção de objetos, estratégias e táticas políticas direcionados para a regulação higiênica e eugênica do casamento e da sexualidade infantil. De inspiração foucaultiana, inscreve-se no campo da história dos saberes e está subsidiada por um conjunto heterogêneo de documentos (teses, artigos de periódicos, livros, anais etc.) circunscritos, majoritariamente, ao campo da medicina. Analisa a constituição de uma defesa higiênica dos casamentos no pensamento médico novecentista, voltada para remanejamentos das figuras de esposa e marido na nova configuração de família que começava a se esboçar no Brasil, contrastando-a com a regulação católica da moral sexual colonial. Em seguida, descreve a visibilidade higiênica que a medicina dará a infância no século XIX, problematizando especificamente o interesse pelo tema da masturbação, que articula simultaneamente a família, centrada na figura da mãe, e a escola na convocação de zelar pela criança. Partindo das contradições sociais que se apresentaram na construção do projeto liberal nacional a partir da década de 1870, discute a apropriação do discurso da degenerescência pelo saber médico-psiquiátrico brasileiro, que propiciou uma leitura da brasilidade marcada pelo excesso sexual e pela condição degenerada da miscigenação, a fim de pensar as condições de possibilidade para a emergência do projeto de eugenia matrimonial institucionalizado nas primeiras décadas do século XX e toma como táticas a campanha pela compulsoriedade do exame pré-nupcial, o combate aos casamentos consanguíneos, o controle do contágio venéreo e o aconselhamento sexual dos casais. Analisa a campanha de educação sexual, cuja pretensão de instituir uma sciencia sexual no Brasil, de legitimidade controversa, tinha como horizonte viabilizar uma profilaxia sexual que mitigasse a produção da criminalidade, das perversões sexuais e das doenças nervosas, bem como os desajustes familiares, a partir da fabricação de um novo objeto, qual seja, a sexualidade infantil, no qual incidirá uma nova pedagogia. Nesse particular, aponta particularidades discursivas da difusão das idéias freudianas entre higienistas brasileiros. Finalmente, sinaliza a constituição da higiene mental da criança como um novo domínio para a psiquiatria brasileira, que tomou a intensa circulação afetiva intrafamiliar como ponto de ancoragem para um projeto de normalização social, ainda centrado na eugenia, mas já atravessado por uma psicologia da adaptação.

Bareback: reflexões sobre a normalização das condutas sexuais

Refletindo sobre homossexualidade, Aids e seus desdobramentos sociais e subjetivos nos últimos 30 anos, procuramos nesta dissertação discutir o fenômeno bareback sexo sem camisinha - nomeado nos Estados Unidos na segunda metade da década de 1990. Sua disseminação na mídia tem causado, com frequência, reações que reconectam a homossexualidade a loucura, doença e morte. Devido à restrita produção acadêmica no Brasil, objetivamos contribuir por meio deste trabalho com algumas considerações essenciais ao debate. Percorremos alguns deslocamentos historicamente importantes relativos à homossexualidade, a condução das condutas - práticas de governo, risco, Aids e ao próprio bareback. Neste sentido, o trabalho associa um estudo teórico sobre este objeto a entrevistas realizadas na cidade do Rio de Janeiro. A pesquisa empírica exploratoria recolheu dados e discursos sobre este fenômeno em nossa realidade e contexto, tendo como terreno a Associação Brasileira Interdisciplinar de Aids (ABIA) e o Grupo Pela Vidda-RJ, duas organizações não-governamentais que trabalham com a Aids, e no Grupo Arco-íris, ONG integrante do Movimento LGBT. Duas pessoas de cada uma destas ONGs foram entrevistadas. Buscamos entender como essas instituições, locais privilegiados de nossa incursão, vêm abordando o fenômeno, quais suas posições e impressões. Paralelamente, contactamos alguns voluntários adeptos do sexo bareback, por considerarmos seus discursos indispensáveis e capazes de tornar este trabalho mais rico e diverso, no entendimento do bareback, a partir de suas experiências individuais. Para tal, utilizamos dois sites de bareback internacionais (barebackrt.com e bareback.com) que hospedam perfis de brasileiros, alguns residentes na cidade do Rio de Janeiro, onde três praticantes foram integrados à pesquisa. Nossa hipótese é que as tentativas em decifrar o bareback, dar-lhe um sentido, uma verdade, acabam percorrendo trilhas normativas que têm seus limites expostos à medida que percebemos que a diversidade das práticas erótico-sexuais, da singularidade e subjetividade dos sujeitos transcendem qualquer tentativa de normatização / normalização. Assim, acreditamos que o que chamamos de bareback, seja fenômeno, subcultura, prática ou comportamento, não pode ser definido enquanto conjunto coeso de discursos, fantasias e práticas erótico-sexuais, mas pelo contrário, apresenta-se por meio de múltiplas faces ainda mais variadas, restando apenas à alusão que lhe é característica: o sexo sem camisinha, que nem sempre significará sexo sem proteção. Desta forma, tendo como perspectiva a noção de condução das condutas e cuidado de si proposta por Michel Foucault, discutimos o significado das práticas sexuais dissidentes e as questões referentes a normalização, patologização e formas de resistência.