Data analysis tools and methods for DNA microarray and high-throughput sequencing data

The recent rapid development of biotechnological approaches has enabled the production of large whole genome level biological data sets. In order to handle thesedata sets, reliable and efficient automated tools and methods for data processingand result interpretation are required. Bioinformatics, as the field of studying andprocessing biological data, tries to answer this need by combining methods and approaches across computer science, statistics, mathematics and engineering to studyand process biological data. The need is also increasing for tools that can be used by the biological researchers themselves who may not have a strong statistical or computational background, which requires creating tools and pipelines with intuitive user interfaces, robust analysis workflows and strong emphasis on result reportingand visualization. Within this thesis, several data analysis tools and methods have been developed for analyzing high-throughput biological data sets. These approaches, coveringseveral aspects of high-throughput data analysis, are specifically aimed for gene expression and genotyping data although in principle they are suitable for analyzing other data types as well. Coherent handling of the data across the various data analysis steps is highly important in order to ensure robust and reliable results. Thus,robust data analysis workflows are also described, putting the developed tools andmethods into a wider context. The choice of the correct analysis method may also depend on the properties of the specific data setandthereforeguidelinesforchoosing an optimal method are given. The data analysis tools, methods and workflows developed within this thesis have been applied to several research studies, of which two representative examplesare included in the thesis. The first study focuses on spermatogenesis in murinetestis and the second one examines cell lineage specification in mouse embryonicstem cells.

Valuation models and Simon's bounded rationality

This paper aims at reconciling the evidence that sophisticated valuation models are increasingly used by companies in their investment appraisal with the literature of bounded rationality, according to which objective optimization is impracticable in the real world because it would demand an immense level of sophistication of the analytical and computational processes of human beings. We show how normative valuation models should rather be viewed as forms of reality representation, frameworks according to which the real world is perceived, fragmented for a better understanding, and recomposed, providing an orderly method for undertaking a task as complex as the investment decision.

Industrial Adjustment: Context, Causes, Impacts and Methods for Analysis

Adjustement is an ongoing process by which factors of reallocated to equalize their returns in different uses. Adjustment occurs though market mechanisms or intrafirm reallocation of resources as a result of changes in terms of trade, government policies, resource availability, technological change, etc. These changes alter production opportunities and production, transaction and information costs, and consequently modify production functions, organizational design, etc. In this paper we define adjustment (section 2); review empirical estimates of the extent of adjustment in Canada and abroad (section 3); review selected features of the trade policy and adjustment context of relevance for policy formulation among which: slow growth, a shift to services, a shift to the Pacific Rim, the internationalization of production, investment distribution communications the growing use of NTB's, changes in foreign direct investment patterns, intrafirm and intraindustry trade, interregional trade flows, differences in micro economic adjustment processes of adjustment as between subsidiaries and Canadian companies (section 4); examine methodologies and results of studies of the impact of trade liberalization on jobs (section 5); and review the R. Harris general equilibrium model (section 6). Our conclusion emphasizes the importance of harmonizing commercial and domestic policies dealing with adjustment (section 7). We close with a bibliography of relevant publications.

Models and algorithms for transit network planning.

Tesis (Doctor en Ingeniería con Especialidad en Ingeniería de Sistemas) UANL, 2012.

Models and algorithms for the capacitated location-routing problem

Le problème de localisation-routage avec capacités (PLRC) apparaît comme un problème clé dans la conception de réseaux de distribution de marchandises. Il généralisele problème de localisation avec capacités (PLC) ainsi que le problème de tournées de véhicules à multiples dépôts (PTVMD), le premier en ajoutant des décisions liées au routage et le deuxième en ajoutant des décisions liées à la localisation des dépôts. Dans cette thèse on dévelope des outils pour résoudre le PLRC à l’aide de la programmation mathématique. Dans le chapitre 3, on introduit trois nouveaux modèles pour le PLRC basés sur des flots de véhicules et des flots de commodités, et on montre comment ceux-ci dominent, en termes de la qualité de la borne inférieure, la formulation originale à deux indices [19]. Des nouvelles inégalités valides ont été dévelopées et ajoutées aux modèles, de même que des inégalités connues. De nouveaux algorithmes de séparation ont aussi été dévelopés qui dans la plupart de cas généralisent ceux trouvés dans la litterature. Les résultats numériques montrent que ces modèles de flot sont en fait utiles pour résoudre des instances de petite à moyenne taille. Dans le chapitre 4, on présente une nouvelle méthode de génération de colonnes basée sur une formulation de partition d’ensemble. Le sous-problème consiste en un problème de plus court chemin avec capacités (PCCC). En particulier, on utilise une relaxation de ce problème dans laquelle il est possible de produire des routes avec des cycles de longueur trois ou plus. Ceci est complété par des nouvelles coupes qui permettent de réduire encore davantage le saut d’intégralité en même temps que de défavoriser l’apparition de cycles dans les routes. Ces résultats suggèrent que cette méthode fournit la meilleure méthode exacte pour le PLRC. Dans le chapitre 5, on introduit une nouvelle méthode heuristique pour le PLRC. Premièrement, on démarre une méthode randomisée de type GRASP pour trouver un premier ensemble de solutions de bonne qualité. Les solutions de cet ensemble sont alors combinées de façon à les améliorer. Finalement, on démarre une méthode de type détruir et réparer basée sur la résolution d’un nouveau modèle de localisation et réaffectation qui généralise le problème de réaffectaction [48].

Essays on numerically efficient inference in nonlinear and non-Gaussian state space models, and commodity market analysis.

The first two articles build procedures to simulate vector of univariate states and estimate parameters in nonlinear and non Gaussian state space models. We propose state space speci fications that offer more flexibility in modeling dynamic relationship with latent variables. Our procedures are extension of the HESSIAN method of McCausland[2012]. Thus, they use approximation of the posterior density of the vector of states that allow to : simulate directly from the state vector posterior distribution, to simulate the states vector in one bloc and jointly with the vector of parameters, and to not allow data augmentation. These properties allow to build posterior simulators with very high relative numerical efficiency. Generic, they open a new path in nonlinear and non Gaussian state space analysis with limited contribution of the modeler. The third article is an essay in commodity market analysis. Private firms coexist with farmers' cooperatives in commodity markets in subsaharan african countries. The private firms have the biggest market share while some theoretical models predict they disappearance once confronted to farmers cooperatives. Elsewhere, some empirical studies and observations link cooperative incidence in a region with interpersonal trust, and thus to farmers trust toward cooperatives. We propose a model that sustain these empirical facts. A model where the cooperative reputation is a leading factor determining the market equilibrium of a price competition between a cooperative and a private firm

Studies on bag models and properties of hadrons

This thesis is devoted to theoretical studies on the properties of hadrons on the basis of bag models. It contains some applications of the traditional.HIT bag model to the spectroscopy and decay of hadrons. The inadequacies of the model are brought out and a new version of the model, called the variable pressure bag model, is developed. Some of the Phenomenological applications of this model are discussed and the predictions are compared with experiment.

"Strictly models and objects first" - Unterrichtskonzept und -methodik für objektorientierte Modellierung im Informatikunterricht

Objektorientierte Modellierung (OOM) im Unterricht ist immer noch ein breit diskutiertes Thema - in der Didaktik akzeptiert und gewünscht, von der Praxis oft als unnötiger Overhead oder als schlicht zu komplex empfunden. Ich werde in dieser Arbeit zeigen, wie ein Unterrichtskonzept aufgebaut sein kann, das die lerntheoretischen Vorteile der OOM nutzt und dabei die berichteten Schwierigkeiten größtenteils vermeidet. Ausgehend von den in der Literatur dokumentierten Konzepten zur OOM und ihren Kritikpunkten habe ich ein Unterrichtskonzept entwickelt, das aus Erkenntnissen der Lernpsychologie, allgemeiner Didaktik, Fachdidaktik und auch der Softwaretechnik Unterrichtsmethoden herleitet, um den berichteten Schwierigkeiten wie z.B. dem "Lernen auf Vorrat" zu begegnen. Mein Konzept folgt vier Leitideen: models first, strictly objects first, Nachvollziehbarkeit und Ausführbarkeit. Die strikte Umsetzung dieser Ideen führte zu einem Unterrichtskonzept, das einerseits von Beginn an das Ziel der Modellierung berücksichtigt und oft von der dynamischen Sicht des Problems ausgeht. Da es weitgehend auf der grafischen Modellierungsebene verbleibt, werden viele Probleme eines Programmierkurses vermieden und dennoch entstehen als Ergebnis der Modellierung ausführbare Programme.

The Control of Human Arm Movement Models and Mechanical Constraints

A serial-link manipulator may form a mobile closed kinematic chain when interacting with the environment, if it is redundant with respect to the task degrees of freedom (DOFs) at the endpoint. If the mobile closed chain assumes a number of configurations, then loop consistency equations permit the manipulator and task kinematics to be calibrated simultaneously using only the joint angle readings; endpoint sensing is not required. Example tasks include a fixed endpoint (0 DOF task), the opening of a door (1 DOF task), and point contact (3 DOF task). Identifiability conditions are derived for these various tasks.

Teaching and learning geometry : issues and methods in mathematical education.

Recurso para la evaluación de la enseñanza y el aprendizaje de la geometría en la enseñanza secundaria desde la perspectiva de los nuevos docentes y de los que tienen más experiencia. Está diseñado para ampliar y profundizar el conocimiento de la materia y ofrecer consejos prácticos e ideas para el aula en el contexto de la práctica y la investigación actual. Hace especial hincapié en: comprender las ideas fundamentales del currículo de geometría; el aprendizaje de la geometría de manera efectiva; la investigación y la práctica actual; las ideas erróneas y los errores; el razonamiento de la geometría; la solución de problemas; el papel de la tecnología en el aprendizaje de la geometría.

Approaches and methods in language teaching.

Analiza los enfoques y métodos sobre teoría y aprendizaje del lenguaje, metas, programas de estudios, práctica docente, los papeles del profesor y del estudiante, materiales y técnicas para la clase. Esta nueva edición incluye entre otros, temas como la lengua en su totalidad, las inteligencias múltiples, la programación neurolingüística, aprendizaje del lenguaje en cooperación y el léxico. Asimismo, busca aclarar no solo los supuestos que hay detrás de estos métodos, sus similitudes y diferencias, sino también ayudar a los profesores a investigar sus propias opiniones y prácticas en la enseñanza de la lengua.