Mapping Bias Overestimates Reference Allele Frequencies at the HLA Genes in the 1000 Genomes Project Phase I Data.

Next-generation sequencing (NGS) technologies have become the standard for data generation in studies of population genomics, as the 1000 Genomes Project (1000G). However, these techniques are known to be problematic when applied to highly polymorphic genomic regions, such as the human leukocyte antigen (HLA) genes. Because accurate genotype calls and allele frequency estimations are crucial to population genomics analyses, it is important to assess the reliability of NGS data. Here, we evaluate the reliability of genotype calls and allele frequency estimates of the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) reported by 1000G (phase I) at five HLA genes (HLA-A, -B, -C, -DRB1, and -DQB1). We take advantage of the availability of HLA Sanger sequencing of 930 of the 1092 1000G samples and use this as a gold standard to benchmark the 1000G data. We document that 18.6% of SNP genotype calls in HLA genes are incorrect and that allele frequencies are estimated with an error greater than ±0.1 at approximately 25% of the SNPs in HLA genes. We found a bias toward overestimation of reference allele frequency for the 1000G data, indicating mapping bias is an important cause of error in frequency estimation in this dataset. We provide a list of sites that have poor allele frequency estimates and discuss the outcomes of including those sites in different kinds of analyses. Because the HLA region is the most polymorphic in the human genome, our results provide insights into the challenges of using of NGS data at other genomic regions of high diversity.

Souvenirs et fragments pour servir aux Mémoires de ma vie et de mon temps. T. I, 1769-mai 1792 / par le Marquis de Bouillé (Louis-Joseph-Amour), 1769-1812 ; publiés, pour la Société d'histoire contemporaine, par P.-L. de Kermaingant

Collection : Publications de la Société d'histoire contemporaine ; 35, 41, 51

[Archives de la parole]. , Poésies et proses / [Alexandre] Sakellinos [i. e. Sakellionos], voix. Conversation en grec / [Alexandre] Sakellinos [i. e. Sakellionos], [Georges] Tsocanakis, voix

Enregistrement : Paris, Université de Paris, La Sorbonne, 19-05-1914

[Archives de la parole]. , Langue Cuambi / Kakumbi [i. e. Kakuambi], voix. Langue Kimbundu / Mohongo, voix

[Traditions. Afrique. Angola]

Una página de la vida histórica del Batallón de Zapadores durante la primera campaña de Texas : La toma del fuerte de Alamos, 6 de marzo de 1836

UANL

Exposiciones dirigidas al soberano Congreso General de la Nación

UANL

I Seminario de Escuela Rural al Día : la organización escolar en el medio rural.

Resumen basado en la publicación

La Participació dels i de les estudiants en l'organització de la 2a edició de la Fira de la Ciència: una reflexió centrada en la tutorització i el voluntariat

Aquesta comunicació té com a objectiu exposar una experiència docent innovadora en els estudis de mestre de la Universitat de Girona basada en la participació dels estudiants en el disseny, realització i avaluació de tallers de ciència per a nens i nenes d’Infantil i Primària en el marc del projecte d'educació científica 'Pol·len', concretament en la 2a edició de la Fira de la Ciència. Aquesta experiència es basa per una banda en el treball pràctic inclòs dins de dues assignatures dels estudis de mestre en educació infantil i d'educació primària. Per altra banda, una part essencial de l'experiència rau en la col·laboració voluntària d'estudiants de 2n i 3r curs dels estudis de mestre en educació infantil, desenvolupant tasques molt diverses durant tot el curs acadèmic i més específicament i de manera concreta en la Fira de la Ciència. L’objectiu principal de la innovació docent i del programa de voluntariat que es presenten és doble, per una banda es volen potenciar algunes competències que creiem indispensables pels futurs mestres (autogestió de l’aprenentatge, treball en equip i competència científica) i per altra banda es pretén enfortir el lligam entre la Universitat i la comunitat educativa de les etapes d’educació infantil i primària, creant espais comuns d’intercanvi i treball col·laboratiu. La descripció i la reflexió que segueixen a continuació es centren en el primer objectiu de l’experiència. Concretament, l’anàlisi realitzat posa l’èmfasi en l’acció tutorial i en l'autogestió dels estudiants i es realitza des dels dos punts de vista implicats de manera prioritària: el del professorat i el de l'estudiantat. Per aquesta raó, s’han utilitzat diferents instruments per recollir les dades que són objecte d’anàlisi i també volem destacar que entre els autors de la comunicació, a més a més del professor i professores implicades en la innovació, també ha participat de manera molt activa un estudiant del grup de voluntaris de 2n curs d’educació infantil

Escola i entorn. 'Escuela y entorno'

'Escola i entorn' es un programa de ambientalizaci??n con varias experiencias que pretenden formar y sensibilizar a sus alumnos hacia las caracter??sticas y problem??tica de nuestro entorno. Para ello los ejes fundamentales sobre los que se configuran las intervenciones son tratar conocimientos de los principios ecol??gicos, la contextualizaci??n e integraci??n de la educaci??n ambiental al proyecto educativo, a los proyectos curriculares, a las programaciones de aula y a la din??mica general del centro, la resoluci??n de problemas que se van detectando, resoluci??n de problemas que impliquen un cambio de conducta (mediante exposiciones, concursos, salidas, medio inform??ticos, talleres.) y la interrelaci??n que se establece entre diferentes entidades y la comunidad escolar. Se describen actividades llevadas a cabo en este proyecto como un tabl??n de anuncios, meriendas saludables, escuela solidaria, camino seguro hacia la escuela, huerto escolar, plantas naturales en ventanas y pasillos, menos residuos, para ser buenos consumidores, salidas y visitas al entorno y jornadas escuela y entorno..

Reforma educativa. Quina educació i per a qui : obligatorietat i qualitat.'Reforma educativa. Qué educación y para quién : obligatoriedad y calidad'.

Se resumen las ideas básicas tratadas en un curso organizado por el STEI-i durante el mes de octubre de 2006. Se trataba la reforma educativa des de diferentes perspectivas, destacando los siguientes bloques de contenidos: la estructura del sistema educativo, el currículum, el profesorado, la autonomía de centros y el alumnado. La metodología utilizada durante el curso fue variada, des de exposiciones de varios especialistas, así como un coloquio a través de preguntas del moderador y la intervención de varios asistentes. Finalmente, los participantes trabajaron en pequeños grupos para extraer conclusiones de los temas tratados durante el curso.

Catolicisme social i educació obrera en la Mallorca de la Restauració : les escoles nocturnes de Sant Josep. 'Catolicismo social y educación obrera en la Mallorca de la Restauración : las escuelas nocturnas de Sant Josep'.

Estas Jornadas tuvieron lugar en Punta Prima, Menorca, en mayo de 1986 y fueron editadas por el ICE de la UIB. Resumen tomado de la propia publicación. Contiene la transcripción de una conferencia pronunciada por Gabriel Alomar en 1911, en el centro de la Federación Obrera Balear de Palma y publicado posteriormente en el Ideal, bajo el título de La escuela laica