Investigación en recuperación de información bibliotecológica por computación en La Plata

Fil: Archuby, César Orlando. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación; Argentina.

Investigación en recuperación de información bibliotecológica por computación en La Plata

Fil: Archuby, César Orlando. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación; Argentina.

Modelos de computación lógica con ADN

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos como las enzimas que cortan el ADN o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo más que signi�cativamente a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. En 1994, Leonard Adleman logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton Dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos similares al de �fuerza bruta� utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos (por ejemplo, el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT). Pronto se comprendió que la computación con biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas biológicos con aplicación biomédica, dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la Polimerasa, autómatas que funcionan con enzimas de restricción o con deoxiribozimas, circuitos de hibridación competitiva. Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos escalables, sensibles al tiempo y energéticamente e�cientes, capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando el fenómeno de la hibridación competitiva del ADN. La capacidad implícita de estos dispositivos para aplicar reglas de inferencia como modus ponens, modus tollens, resolución o el silogismo hipotético tiene un gran potencial. Entre otras funciones, permiten representar implicaciones lógicas (o reglas del tipo SI/ENTONCES), como por ejemplo, �si se da el síntoma 1 y el síntoma 2, entonces estamos ante la enfermedad A�, o �si estamos ante la enfermedad B, entonces deben manifestarse los síntomas 2 y 3�. Utilizando estos módulos lógicos como bloques básicos de construcción, se pretende desarrollar sistemas in vitro basados en sensores de ADN, capaces de trabajar de manera conjunta para detectar un conjunto de síntomas de entrada y producir un diagnóstico de salida. La reciente publicación en la revista Science de un autómata biomolecular de diagnóstico, capaz de tratar las células cancerígenas sin afectar a las células sanas, es un buen ejemplo de la relevancia cientí�ca que este tipo de autómatas tienen en la actualidad. Además de las recién mencionadas aplicaciones en el diagnóstico in vitro, los modelos presentados también tienen utilidad en el diseño de biosensores inteligentes y la construcción de bases de datos con registros en formato biomolecular que faciliten el análisis genómico. El estudio sobre el estado de la cuestión en computación biomolecular que se presenta en esta tesis está basado en un artículo recientemente publicado en la revista Current Bioinformatics. Los nuevos dispositivos presentados en la tesis forman parte de una solicitud de patente de la que la UPM es titular, y han sido presentados en congresos internacionales como Unconventional Computation 2010 en Tokio o Synthetic Biology 2010 en París.

Experiencias del uso de laboratorios remotos en la enseñanza de la automática

Los laboratorios remotos han tenido un gran desarrollo en los últimos años. Su integración en el ámbito académico ofrece muchas ventajas. En este artículo se presenta la implementación de prácticas de laboratorio remotas para el desarrollo del proyecto integrado en la asignatura Regulación Automática I de la Universidad Politécnica de Madrid usando el Sistema de Laboratorios a Distancia (SLD).

Desarrollo de una aplicación software para laboratorios remotos

Las prácticas en laboratorios forman una parte muy importante de la formación en todos los programas docentes. A pesar de esta importancia, la creación de un laboratorio no es una tarea fácil, ya que el hecho de equipar un laboratorio puede suponer un gran gasto económico, tanto inicial como posterior. Como solución, surge la educación a distancia, y en concreto los laboratorios virtuales, es decir, simulaciones de un laboratorio real utilizando modelos matemáticos. Por sus características y flexibilidad se han ido desarrollando laboratorios virtuales en el ámbito docente, pero no todas las áreas cuentan con tantas posibilidades o facilidades como en la electrónica. La mayoría de los laboratorios accesibles desde Internet que hay en la actualidad dentro de la enseñanza a distancia o formación online, son virtuales. El laboratorio que se ha desarrollado tiene como principal ventaja la realización de prácticas controlando instrumentos y circuitos reales de forma remota. El proyecto consiste en realizar un sistema software para implementar un laboratorio remoto en el área de la electrónica analógica, que pueda ser utilizado como complemento a las actividades formativas que se realizan en los laboratorios de los centros de enseñanza. El sistema completo también consta de un hardware controlado mediante buses de comunicación estándar, que permite la implementación de distintos circuitos analógicos, de tal forma que se pueda realizar prácticas sobre circuitos físicos reales. Para desarrollar un laboratorio lo más real posible, la aplicación que maneja el estudiante es un visor 3D. Con la utilización de un visor 3D lo que se pretende es tener un aumento de la realidad a la hora de realizar las prácticas de laboratorio remotamente. El sistema desarrollado cuenta con un sistema de comunicación basado en un modelo cliente-servidor: • Servidor: se encarga de procesar las acciones que realiza el cliente y controla y monitoriza los instrumentos y dispositivos del sistema hardware. • Cliente: sería el usuario final, que mediante un visor 3D comunica las acciones a realizar al servidor para que éste las procese. Practices in laboratories are a very important part of training in all educational programs. Despite this importance, the establishment of a laboratory is not an easy task, since the fact of equipping a laboratory can be a great economic budget, both initial and subsequent spending. As a solution, appears the education at distance (online), and in particular the virtual labs, namely simulations of a real laboratory by using mathematical models. Virtual laboratories in the field of teaching have been developed for its features and flexibility, but not all areas have so many possibilities or facilities as in electronics. The most accessible laboratories from the Internet that are currently accessible within the distance or e-learning (on-line) are virtual. The laboratory which has been developed has as a main advantage to make practices or exercises in the fact of controlling instruments and real circuits remotely. The project consists of making a software system in order to implement a remote laboratory in the area of analog electronics that can be used as a complement to the others training activities to be carried out. The complete system also consists of a controlled hardware by standard communication buses that allow the implementation of several analog circuits, in such a way that practices can control real physical circuits. To develop a laboratory as more realistic as possible, the application that manages the student is a 3D viewer. With the use of a 3D viewer, is intended to have an increase in reality when any student wants to access to laboratory practices remotely. The developed system has a communication system based on a model Client/Server: • Server: The system that handles actions provided by the client and controls and monitors the instruments and devices in the hardware system. • Client: The end user, which using a 3D viewer, communicates the actions to be performed at the server so that it will process them.

Algoritmos de distribución de cargas de proceso en computación con membranas

Con el surgir de los problemas irresolubles de forma eficiente en tiempo polinomial en base al dato de entrada, surge la Computación Natural como alternativa a la computación clásica. En esta disciplina se trata de o bien utilizar la naturaleza como base de cómputo o bien, simular su comportamiento para obtener mejores soluciones a los problemas que los encontrados por la computación clásica. Dentro de la computación natural, y como una representación a nivel celular, surge la Computación con Membranas. La primera abstracción de las membranas que se encuentran en las células, da como resultado los P sistemas de transición. Estos sistemas, que podrían ser implementados en medios biológicos o electrónicos, son la base de estudio de esta Tesis. En primer lugar, se estudian las implementaciones que se han realizado, con el fin de centrarse en las implementaciones distribuidas, que son las que pueden aprovechar las características intrínsecas de paralelismo y no determinismo. Tras un correcto estudio del estado actual de las distintas etapas que engloban a la evolución del sistema, se concluye con que las distribuciones que buscan un equilibrio entre las dos etapas (aplicación y comunicación), son las que mejores resultados presentan. Para definir estas distribuciones, es necesario definir completamente el sistema, y cada una de las partes que influyen en su transición. Además de los trabajos de otros investigadores, y junto a ellos, se realizan variaciones a los proxies y arquitecturas de distribución, para tener completamente definidos el comportamiento dinámico de los P sistemas. A partir del conocimiento estático –configuración inicial– del P sistema, se pueden realizar distribuciones de membranas en los procesadores de un clúster para obtener buenos tiempos de evolución, con el fin de que la computación del P sistema sea realizada en el menor tiempo posible. Para realizar estas distribuciones, hay que tener presente las arquitecturas –o forma de conexión– de los procesadores del clúster. La existencia de 4 arquitecturas, hace que el proceso de distribución sea dependiente de la arquitectura a utilizar, y por tanto, aunque con significativas semejanzas, los algoritmos de distribución deben ser realizados también 4 veces. Aunque los propulsores de las arquitecturas han estudiado el tiempo óptimo de cada arquitectura, la inexistencia de distribuciones para estas arquitecturas ha llevado a que en esta Tesis se probaran las 4, hasta que sea posible determinar que en la práctica, ocurre lo mismo que en los estudios teóricos. Para realizar la distribución, no existe ningún algoritmo determinista que consiga una distribución que satisfaga las necesidades de la arquitectura para cualquier P sistema. Por ello, debido a la complejidad de dicho problema, se propone el uso de metaheurísticas de Computación Natural. En primer lugar, se propone utilizar Algoritmos Genéticos, ya que es posible realizar alguna distribución, y basada en la premisa de que con la evolución, los individuos mejoran, con la evolución de dichos algoritmos, las distribuciones también mejorarán obteniéndose tiempos cercanos al óptimo teórico. Para las arquitecturas que preservan la topología arbórea del P sistema, han sido necesarias realizar nuevas representaciones, y nuevos algoritmos de cruzamiento y mutación. A partir de un estudio más detallado de las membranas y las comunicaciones entre procesadores, se ha comprobado que los tiempos totales que se han utilizado para la distribución pueden ser mejorados e individualizados para cada membrana. Así, se han probado los mismos algoritmos, obteniendo otras distribuciones que mejoran los tiempos. De igual forma, se han planteado el uso de Optimización por Enjambres de Partículas y Evolución Gramatical con reescritura de gramáticas (variante de Evolución Gramatical que se presenta en esta Tesis), para resolver el mismo cometido, obteniendo otro tipo de distribuciones, y pudiendo realizar una comparativa de las arquitecturas. Por último, el uso de estimadores para el tiempo de aplicación y comunicación, y las variaciones en la topología de árbol de membranas que pueden producirse de forma no determinista con la evolución del P sistema, hace que se deba de monitorizar el mismo, y en caso necesario, realizar redistribuciones de membranas en procesadores, para seguir obteniendo tiempos de evolución razonables. Se explica, cómo, cuándo y dónde se deben realizar estas modificaciones y redistribuciones; y cómo es posible realizar este recálculo. Abstract Natural Computing is becoming a useful alternative to classical computational models since it its able to solve, in an efficient way, hard problems in polynomial time. This discipline is based on biological behaviour of living organisms, using nature as a basis of computation or simulating nature behaviour to obtain better solutions to problems solved by the classical computational models. Membrane Computing is a sub discipline of Natural Computing in which only the cellular representation and behaviour of nature is taken into account. Transition P Systems are the first abstract representation of membranes belonging to cells. These systems, which can be implemented in biological organisms or in electronic devices, are the main topic studied in this thesis. Implementations developed in this field so far have been studied, just to focus on distributed implementations. Such distributions are really important since they can exploit the intrinsic parallelism and non-determinism behaviour of living cells, only membranes in this case study. After a detailed survey of the current state of the art of membranes evolution and proposed algorithms, this work concludes that best results are obtained using an equal assignment of communication and rules application inside the Transition P System architecture. In order to define such optimal distribution, it is necessary to fully define the system, and each one of the elements that influence in its transition. Some changes have been made in the work of other authors: load distribution architectures, proxies definition, etc., in order to completely define the dynamic behaviour of the Transition P System. Starting from the static representation –initial configuration– of the Transition P System, distributions of membranes in several physical processors of a cluster is algorithmically done in order to get a better performance of evolution so that the computational complexity of the Transition P System is done in less time as possible. To build these distributions, the cluster architecture –or connection links– must be considered. The existence of 4 architectures, makes that the process of distribution depends on the chosen architecture, and therefore, although with significant similarities, the distribution algorithms must be implemented 4 times. Authors who proposed such architectures have studied the optimal time of each one. The non existence of membrane distributions for these architectures has led us to implement a dynamic distribution for the 4. Simulations performed in this work fix with the theoretical studies. There is not any deterministic algorithm that gets a distribution that meets the needs of the architecture for any Transition P System. Therefore, due to the complexity of the problem, the use of meta-heuristics of Natural Computing is proposed. First, Genetic Algorithm heuristic is proposed since it is possible to make a distribution based on the premise that along with evolution the individuals improve, and with the improvement of these individuals, also distributions enhance, obtaining complexity times close to theoretical optimum time. For architectures that preserve the tree topology of the Transition P System, it has been necessary to make new representations of individuals and new algorithms of crossover and mutation operations. From a more detailed study of the membranes and the communications among processors, it has been proof that the total time used for the distribution can be improved and individualized for each membrane. Thus, the same algorithms have been tested, obtaining other distributions that improve the complexity time. In the same way, using Particle Swarm Optimization and Grammatical Evolution by rewriting grammars (Grammatical Evolution variant presented in this thesis), to solve the same distribution task. New types of distributions have been obtained, and a comparison of such genetic and particle architectures has been done. Finally, the use of estimators for the time of rules application and communication, and variations in tree topology of membranes that can occur in a non-deterministic way with evolution of the Transition P System, has been done to monitor the system, and if necessary, perform a membrane redistribution on processors to obtain reasonable evolution time. How, when and where to make these changes and redistributions, and how it can perform this recalculation, is explained.

Algunos retos de la protección de datos en la sociedad del conocimiento. Especial detenimiento en la computación en la nube (cloud computing).

Los continuos avances tecnológicos están trayendo consigo nuevas formas de almacenar, tratar y comunicar datos personales. Es necesario repensar el derecho fundamental a la protección de datos, y arbitrar mecanismos para adaptarlo a las nuevas formas de tratamiento. a nivel europeo se está trabajando en una nueva propuesta de regulación que consideramos, en general, muy apropiada para afrontar los nuevos retos en esta materia. para ejemplificar todo esto, en el presente estudio se plantea de forma detallada el caso de la computación en nube, sus principales características y algunas preocupaciones acerca de los riesgos potenciales que su utilización trae consigo. Abstract: Rapid technological developments are bringing new ways to store, process and communicate personal data. We need to rethink the fundamental right to data protection and adapt it to new forms of treatment. there is a new «european» proposal for a regulation on the protection of individuals with regard to the processing of personal data, well suited to meet the new challenges. this study offers one example of this: the cloud computing, its main characteristics and some concerns about the potential risks that its use entails.

Capacidades y potencialidades endógenas, de los centros y laboratorios de investigación y desarrollo tecnológico, en las áreas de materiales y mecánica de Ciudad Guayana, Venezuela

El Estado Bolívar cuenta con una superficie de 238.000 Kms2 se encuentra ubicado al sur-este de Venezuela y su capital es Ciudad Bolívar. La región se ha caracterizado a nivel mundial por poseer una gran riqueza que se manifiesta en las reservas de los principales recursos minerales tales como oro, diamante, manganeso, hierro y bauxita, estos dos últimos han permitido la instalación de empresas básicas para el desarrollo de la industria siderúrgica y del aluminio, ubicados en Ciudad Guayana, Además cuenta con el parque industrial metalmecánico más grande del país concentrando un gran numero de Pequeñas y Medianas Industrias (PYMIS). En tal sentido el sector productivo de Guayana no se ha desarrollado integralmente, debido a que no ha orientando sus esfuerzos, en desarrollar e innovar en nuevos productos o mejoras de procesos debido a la poca capacidad y baja inversión en Investigación y Desarrollo Tecnológico (I&DT), para transformar nuestras materias primas y generar productos competitivo con un alto valor agregado. El presente proyecto se planteo como objetivo principal Diseñar Estrategias para Desarrollar las Capacidades y Potencialidades Endógenas, de los Centros y Laboratorios de Investigación y Desarrollo, para la Vinculación y Fortalecimiento de las PYMIS de Manufacturas en las Áreas de Materiales y Mecánica.

Panorámica global de la computación óptica. Una visión parcial

En el presente artículo se ofrece una visión panorámica de la situación actual de la Computación Óptica, dándose unas breves ideas de algunos de los temas fundamentales que abarca. Se pone especial énfasis en el aspecto de continuidad con tecnologías ya sobradamente conocidas desde hace varias décadas y se intenta pronosticar cuál será su posible futuro en los próximos años.

Las enseñanzas de sistemas en los currículos relacionados con la computación: una experiencia acumulada

Este texto propone la incorporación de las ideas de sistemas como elemento indispensable en los currículos universitarios relacionados con computación. Con este objetivo,se presenta la experiencia acumulada en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Telecomunicación de Madrid desde 1978. Más concretamente, se muestran los objetivos,metodología y resultados obtenidos dentro de una asignatura denominada Ingeniería de Sistemas, integrada en el último curso de una especialización en Ingeniería Telemática (Informática y Comunicaciones).

La teoría de la computación en las encrucijada de las teorías de autómatas y de la información

Este artículo de síntesis es la transposición de los dos primeros puntos de nuestra memoria de solicitud para la obtención de una de las becas del Fondo IBM del Centro de Cálculo de la Universidad de Madrid en su primera convocatoria (noviembre de 1968). El artículo representa un punto de vista personal sobre relaciones poco conocidas o discutidas entre diferentes aspectos de las teorías de los sistemas cibernéticos. Un año después (diciembre de 1969) el fruto de nuestro trabajo ha sido recogido en. una extensa memoria donde, junto a una presentación de origen bibliográfico, de la teoría de códigos lineales desde un ángulo matemático y en especial de los códigos cíclicos, se publica un conjunto de resultados originales en el campo de la detección y corrección de errores