Morphologic and molecular characterization of Myrciaria spp species

A jabuticabeira é considerada uma das fruteiras mais típicas do Brasil. Entretanto, há poucos estudos sobre esta planta na literatura, e mesmo sua classificação botânica é muito controvertida. Este trabalho faz comparações entre as espécies de jabuticabeiras, usando as técnicas de marcadores morfológicos (organografia) e moleculares RAPD. As características morfológicas das plantas, usadas como marcadores morfológicos, foram comparadas com espécimes presentes nos herbários dos Estados de São Paulo e Minas Gerais e com as descrições obtidas em revisão de literatura especializada. As diferenças moleculares entre as espécies foram determinadas por meio do uso de marcadores RAPD. O experimento foi realizado nas cidades de Piracicaba, Jaboticabal e Ituverava do Estado de São Paulo, Brasil. Diferenças morfológicas e moleculares entre as plantas estudadas foram identificadas, e quatro grupos distintos de espécies foram definidos: Myrciaria cauliflora (Mart.) O. Berg, M. coronata Mattos, M. jaboticaba (Vell.) O. Berg. e M. phytrantha (Kiaersk.) Mattos. A técnica de marcadores moleculares, aliada à técnica de marcadores morfológicos, mostrou ser uma ferramenta importante na identificação de espécies de jabuticabeiras.

Caracterização molecular através da técnica fAFLP de isolados de Diaporthe citri

A citricultura é um mercado em expansão, principalmente no Estado de São Paulo, cuja importância na balança comercial já é reconhecida. Como em qualquer espécie cultivada, o crescimento das áreas de cultivo favorecem também o crescimento de problemas fitossanitários. Desta forma, as espécies de citros são afetadas por diversas doenças destacando-se entre elas a melanose, causada por Diaporthe citri (Wolf.), à qual a grande maioria das variedades comerciais são suscetíveis. O conhecimento da diversidade intra-específica é de grande importância, já que esta poderá auxiliar na seleção de variedades com resistência. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética em isolados de Diaporthe citri, originários de diferentes locais, variedades e partes da planta, utilizando marcadores moleculares. Marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) foram utilizados para caracterização de dez isolados do patógeno. Os DNAs genômicos extraídos da massa micelial foram utilizados nas reações de amplificação. A técnica fluorescent AFLP permitiu a distinção dos isolados estudados, tendo sido classificados em quatro grupos distintos. Contudo, estes grupos não foram formados em razão da região geográfica, parte da planta ou variedade.

Caracterização molecular e diversidade genética de diferentes variedades de abacate por marcadores microssatélites

Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18 alelos, com uma média de 3,6 alelos por lócus. O dendrograma gerado a partir de análise de agrupamento UPGMA agrupou, separadamente do resto dos genótipos, a cultivar Geada da raça Antilhana, possivelmente por esta variedade ser uma raça pura, e o restante foi agrupado em dois grandes grupos das raças, a Guatemalense e a Mexicana. Os genótipos das sete variedades de abacate apresentam diversidade genética nos cinco lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR) avaliados, o que indica que são materiais promissores para utilização em futuros programas de melhoramento.

Utilização de marcador molecular SCAR na identificação de Fusarium subglutinans, agente causal da malformação da mangueira

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic variations among passion fruit species using rapd markers

Foram avaliadas as variações genéticas através de marcadores moleculares RAPD, as seguintes espécies de maracujá: Passiflora amethystina, P. caerulea, P. cincinnata, P. coccinea, P. serrato digitata, P. foetida, P. maliformis, P. alata, P. giberti, P. laurifolia, P. macrocarpa, P. nitida, P. setacea, P. suberosa, P. ligularis, P. capsularis, P. edulis Sims e sua variedade botânica P. edulis Sims f. flavicarpa Deg. Neste estudo, a análise dos produtos da amplificação ao acaso do DNA polimórfico (RAPD) foi usada para estimar a diversidade genética e as relações taxonômicas entre as espécies. Foram utilizados 21 primers, que produziram um total de 270 bandas polimórficas. Verificou-se que as espécies de Passiflora apresentaram uma média de similaridade de 17,3%, e entre Passiflora edulis Sims e Passiflora edulis Sims f. flavicarpa, de 34,35%. Pode-se perceber que o valor de similaridade dentro da espécie edulis é baixo, ilustrando a grande variação entre a forma amarela e a roxa de Passiflora edulis.

Genetic diversity analysis in the section Caulorrhizae (genus Arachis) using microsatellite markers

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Assessment of GH1, CAPN1 and CAST polymorphisms as markers of carcass and meat traits in Bos indicus and Bos taurus-Bos indicus cross beef cattle

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Characterization and transferability of microsatellite markers of the cultivated peanut (Arachis hypogaea)

Background: the genus Arachis includes Arachis hypogaea (cultivated peanut) and wild species that are used in peanut breeding or as forage. Molecular markers have been employed in several studies of this genus, but microsatellite markers have only been used in few investigations. Microsatellites are very informative and are useful to assess genetic variability, analyze mating systems and in genetic mapping. The objectives of this study were to develop A. hypogaea microsatellite loci and to evaluate the transferability of these markers to other Arachis species.Results: Thirteen loci were isolated and characterized using 16 accessions of A. hypogaea. The level of variation found in A. hypogaea using microsatellites was higher than with other markers. Cross-transferability of the markers was also high. Sequencing of the fragments amplified using the primer pair AhII from 17 wild Arachis species showed that almost all wild species had similar repeated sequence to the one observed in A. hypogaea. Sequence data suggested that there is no correlation between taxonomic relationship of a wild species to A. hypogaea and the number of repeats found in its microsatellite loci.Conclusion: These results show that microsatellite primer pairs from A. hypogaea have multiple uses. A higher level of variation among A. hypogaea accessions can be detected using microsatellite markers in comparison to other markers, such as RFLP, RAPD and AFLP. The microsatellite primers of A. hypogaea showed a very high rate of transferability to other species of the genus. These primer pairs provide important tools to evaluate the genetic variability and to assess the mating system in Arachis species.

Novel polymorphic microsatellite markers in section Caulorrhizae (Arachis, Fabaceae)

This work reports the characterization of 11 polymorphic microsatellite loci in section Caulorrhizae. The primer pairs were designed from Arachis pintoi and showed full transferability to Arachis repens species. These new markers were used to evaluate the genetic diversity in germplasm (accessions and cultivars) of section Caulorrhizae. This new set of markers detected greater gene diversity than morphological and molecular markers such as AFLP (amplified fragment length polymorphism) and RAPD (rapid analysis of polymorphic DNA) previously used in this germplasm.

Isolation and characterization of microsatellite markers for Cascaria sylvestris Sw. (Salicaceae), a neotropical medicinal tree

Casearia sylvestris Sw. is a widespread neotropical tree utilized in popular medicine. Recent research ranked Casearia as one of the most promising genus in the search of drugs against cancer. Despite its wide distribution and pharmacological importance, no microsatellite markers have yet been developed for this genus. In this study, we provide 10 polymorphic microsatellite loci specifically designed for C. sylvestris, used to analyse 90 individuals distributed in two populations from São Paulo state, Brazil. on average, 12.3 alleles per locus were identified, showing the ability of the markers to detect microsatellite polymorphism in this species.

Molecular identification of hybrids between Neotropical catfish species Pseudoplatystoma corruscans and Pseudoplatystoma reticulatum

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Cytogenetic Markers in Wild Population of Curimbata (Prochilodus lineatus) from Mogi-Guacu River

Within the genus Prochilodus, the species Prochilodus lineatus is certainly the most studied one from a cytogenetic point of view. In this study, a cytogenetic characterization of specimens of P. lineatus from Mogi-Guacu River was performed in the period from 2003 to 2007, through utilization of cytogenetic markers, such as Giemsa, Ag-NOR, C-banding and cytogenetical-molecular markers (FISH) to detect both 5S and 18S ribosomal genes. All analyzed individuals presented 2n=54 meta/submetacentric chromosomes, besides bearing up to 7 supernumerary Microchromosomes. Polymorphic NORs were detected on a single chromosomal pair. The constitutive heterochromatin was distributed at centromeric region of all chromosomes in the A complement, while the microchromosomes were totally heterochromatic. A syntenic distribution of 5S and 18S ribosomal genes was detected, comprising the NOR-bearing chromosomal pair. No additional ribosomal clusters in other chromosomes were observed. Although the karyotype features are commonly conserved within the genus Prochilodus, the few differences on the distribution of both ribosomal genes and heterochromatin when compared to specimens of P lineatus from other localities can be associated to the evolutionary changes that these repetitive sequences have undergone through the years.

Molecular diagnostic methods for identifying Serrasalmid fish (Pacu, Pirapitinga, and Tambaqui) and their hybrids in the Brazilian aquaculture industry

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

New molecular variants of hypothalamus-pituitary-gonad axis genes and their association with early puberty phenotype in Bos taurus indicus (Nellore)

Endocrine system plays a major role in the control of reproductive functions which are regulated by the hypothalamus-pituitary-gonad axis and its interactions. FSH and LH receptor genes are expressed at the gonads and GnRH receptor gene is expressed at the anterior pituitary gland. Misense mutations of the FSH, LH or GnRH receptors, activating or inactivating their functions in mammals, are potentially useful to allow the understanding of the role of this group of gonadotropins in reproductive phenotypes as early puberty and birth interval length. In the present study, polymorphisms in bovine exon 11 and 3'UTR of LHR, exon 10 and 3'UTR of FSHR and GnRHR genes were characterized with some of them resulting in changes in the aminoacidic chain. These polymorphic sites were found in a Bos taurus indicus (Nellore) female population by means of PCR-SSCP and DNA sequencing. Association between nucleotidic/aminoacidic changes and early puberty were determined by Chi-square analysis. It was found association between FSHR 3'UTR polymorphisms at position 2181, 2248 and 2249 bp and early puberty phenotype (p < 0.05). The presence of these new molecular markers might be considered in further studies to validate its correlation with early puberty or other reproduction associated phenotypes in cattle breeds. (C) 2007 Published by Elsevier B.V.

Molecular systematics of Thorea (Rhodophyta, Thoreales) species in Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)