Antibacterial activity of root canal filling materials for primary teeth: zinc oxide and eugenol cement, Calen paste thickened with zinc oxide, Sealapex and EndoREZ

This study evaluated in vitro the antibacterial activity of 4 root canal filling materials for primary teeth - zinc oxide and eugenol cement (ZOE), Calen paste thickened with zinc oxide (Calen/ZO), Sealapex sealer and EndoREZ sealer - against 5 bacterial strains commonly found in endodontic infections (Kocuria rhizophila, Enterococcus faecalis, Streptococcus mutans, Escherichia coli and Staphylococcus aureus) using the agar diffusion test (agar-well technique). Calen paste, 1% chlorhexidine digluconate (CHX) and distilled water served as controls. Seven wells per dish were made at equidistant points and immediately filled with the test and control materials. After incubation of the plates at 37oC for 24 h, the diameter of the zones of bacterial growth inhibition produced around the wells was measured (in mm) with a digital caliper under reflected light. Data were analyzed statistically by analysis of variance and Tukey's post-hoc test (?=0.05). There were statistically significant differences (p<0.0001) among the zones of bacterial growth inhibition produced by the different materials against all target microorganisms. K. rhizophila was inhibited more effectively (p<0.05) by ZOE, while Calen/ZO had its highest antibacterial activity against E. faecalis (p<0.05). S. mutans was inhibited by Calen/ZO, Sealapex and ZOE in the same intensity (p>0.05). E. coli was inhibited more effectively (p<0.05) by ZOE, followed by Calen/ZO and Sealapex. Calen/ZO and ZOE were equally effective (p>0.05) against S. aureus, while Sealapex had the lowest antibacterial efficacy (p<0.05) against this microorganism. EndoREZ presented antibacterial activity only against K. rhizophila and S. aureus. The Calen paste and Calen/ZO produced larger zones of inhibition than 1% CHX when the marker microorganism was E faecalis. In conclusion, the in vitro antibacterial activity of the 4 root canal filling materials for primary teeth against bacterial strains commonly found in endodontic infections can be presented in a decreasing order of efficacy as follows: ZOE>Calen/ZO>Sealapex>EndoREZ.

Distribution of biotypes and leukotoxic activity of Aggregatibacter actinomycetemcomitans isolated from Brazilian patients with chronic periodontitis

Aggregatibacter actinomycetemcomitans is an important etiologic agent of the periodontitis and is associated with extra-oral infections. In this study, the detection of the ltxA gene as well as the ltx promoter region from leukotoxic A. actinomycetemcomitans isolated from 50 Brazilian patients with periodontitis and 50 healthy subjects was performed. The leukotoxic activity on HL-60 cells was also evaluated. Leukotoxic activity was determined using a trypan blue exclusion method. The 530 bp deletion in the promoter region was evaluated by PCR using a PRO primer pair. A. actinomycetemcomitans was detected by culture and directly from crude subgingival biofilm by PCR using specific primers. By culture, A. actinomycetemcomitans was detected in nine (18%) of the periodontal patients and one (2%) healthy subject. However, by PCR, this organism was detected in 44% of the periodontal patients and in 16% of the healthy subjects. It was verified a great discrepancy between PCR detection of the ltx operon promoter directly from crude subgingival biofilm and from bacterial DNA. Only one periodontal sample harbored highly leukotoxic A. actinomycetemcomitans. Moreover, biotype II was the most prevalent and no correlation between biotypes and leukotoxic activity was observed. The diversity of leukotoxin expression by A. actinomycetemcomitans suggests a role of this toxin in the pathogenesis of periodontal disease and other infectious diseases.

Nuclear and mitochondrial DNA markers in traceability of retail beef samples

Several characteristics are important in a traceability system of animal products, such as age at slaughter, breed composition, besides information of the productive chain. In general, the certification agent records information about the animals and the system which it came from, although cannot guarantee that the slaughtering, meat processing and distribution are error proof. Besides, there is a differential price, at least at the international market, based on sex and breed composition of the animals. Genetic markers allow identification of characteristics controlled in the beef cattle traceability program, as sex and breed composition, in order to correctly identify and appraise the final product for the consumer. The hypothesis of this study was that the majority beef samples retailed in the local market originate from female with a great participation of zebu breeds. Therefore, the objective of this work was to characterize retail beef samples with DNA markers that identify cattle sex and breed composition. Within 10 beef shops localized in Pirassununga, SP, Brazil, 61 samples were collected, all were genotyped as harboring Bos taurus mitochondrial DNA and 18 were positive for the Y chromosome amplification (male). For the marker sat1711b-Msp I the frequency of the allele A was 0.278 and for the marker Lhr-Hha I the frequency of the allele T was 0.417. The results of sat1711b-Msp I and Lhr-Hha I allelic frequencies are suggestive that the proportion of indicus genome compared with the taurine genome in the market meat is smaller than the observed in the Nellore breed. The procedure described in this study identified sex and subspecies characteristics of beef meat samples, with potential application in meat products certification in special as an auxiliary tool in beef cattle traceability programs.

Antibiosis and dark-pigments secretion by the phytopathogenic and environmental fungal species after interaction in vitro with a Bacillus subtilis isolate

In this work, different reactions in vitro between an environmental bacterial isolate and fungal species were related. The Gram-positive bacteria had terminal and subterminal endospores, presented metabolic characteristics of mesophilic and acidophilic growth, halotolerance, positive to nitrate reduction and enzyme production, as caseinase and catalase. The analysis of partial sequences containing 400 to 700 bases of the 16S ribosomal RNA gene showed identity with the genus Bacillus. However, its identity as B. subtilis was confirmed after analyses of the rpoB, gyrA, and 16S rRNA near-full-length sequences. Strong inhibitory activity of environmental microorganisms, such as Penicillium sp, Aspergillus flavus, A. niger, and phytopathogens, such as Colletotrichum sp, Alternaria alternata, Fusarium solani and F. oxysporum f.sp vasinfectum, was shown on co-cultures with B. subtilis strain, particularly on Sabouraud dextrose agar (SDA) and DNase media. Red and red-ochre color pigments, probably phaeomelanins, were secreted by A. alternata and A. niger respectively after seven days of co-culture.

Non-coding RNAs in schistosomes: an unexplored world

Non-coding RNAs (ncRNAs) were recently given much higher attention due to technical advances in sequencing which expanded the characterization of transcriptomes in different organisms. ncRNAs have different lengths (22 nt to >1, 000 nt) and mechanisms of action that essentially comprise a sophisticated gene expression regulation network. Recent publication of schistosome genomes and transcriptomes has increased the description and characterization of a large number of parasite genes. Here we review the number of predicted genes and the coverage of genomic bases in face of the public ESTs dataset available, including a critical appraisal of the evidence and characterization of ncRNAs in schistosomes. We show expression data for ncRNAs in Schistosoma mansoni. We analyze three different microarray experiment datasets: (1) adult worms' large-scale expression measurements; (2) differentially expressed S. mansoni genes regulated by a human cytokine (TNF-α) in a parasite culture; and (3) a stage-specific expression of ncRNAs. All these data point to ncRNAs involved in different biological processes and physiological responses that suggest functionality of these new players in the parasite's biology. Exploring this world is a challenge for the scientists under a new molecular perspective of host-parasite interactions and parasite development.

Rapid detection of bovine coronavirus by a semi-nested RT-PCR

Bovine coronavirus (BCoV) is a member of the group 2 of the Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) and the causative agent of enteritis in both calves and adult bovine, as well as respiratory disease in calves. The present study aimed to develop a semi-nested RT-PCR for the detection of BCoV based on representative up-to-date sequences of the nucleocapsid gene, a conserved region of coronavirus genome. Three primers were designed, the first round with a 463bp and the second (semi-nested) with a 306bp predicted fragment. The analytical sensitivity was determined by 10-fold serial dilutions of the BCoV Kakegawa strain (HA titre: 256) in DEPC treated ultra-pure water, in fetal bovine serum (FBS) and in a BCoV-free fecal suspension, when positive results were found up to the 10-2, 10-3 and 10-7 dilutions, respectively, which suggests that the total amount of RNA in the sample influence the precipitation of pellets by the method of extraction used. When fecal samples was used, a large quantity of total RNA serves as carrier of BCoV RNA, demonstrating a high analytical sensitivity and lack of possible substances inhibiting the PCR. The final semi-nested RT-PCR protocol was applied to 25 fecal samples from adult cows, previously tested by a nested RT-PCR RdRp used as a reference test, resulting in 20 and 17 positives for the first and second tests, respectively, and a substantial agreement was found by kappa statistics (0.694). The high sensitivity and specificity of the new proposed method and the fact that primers were designed based on current BCoV sequences give basis to a more accurate diagnosis of BCoV-caused diseases, as well as to further insights on protocols for the detection of other Coronavirus representatives of both Animal and Public Health importance.

The mitochondrial genome of the phytopathogenic basidiomycete Moniliophthora perniciosa is 109 kb in size and contains a stable integrated plasmid

We present here the sequence of the mitochondrial genome of the basidiomycete phytopathogenic hemibiotrophic fungus Moniliophthora perniciosa, causal agent of the Witches` Broom Disease in Theobroma cacao. The DNA is a circular molecule of 109103 base pairs, with 31.9 % GC, and is the largest sequenced so far. This size is due essentially to the presence of numerous non-conserved hypothetical ORFs. It contains the 14 genes coding for proteins involved in the oxidative phosphorylation, the two rRNA genes, one ORF coding for a ribosomal protein (rps3), and a set of 26 tRNA genes that recognize codons for all amino acids. Seven homing endonucleases are located inside introns. Except atp8, all conserved known genes are in the same orientation. Phylogenetic analysis based on the cox genes agrees with the commonly accepted fungal taxonomy. An uncommon feature of this mitochondrial genome is the presence of a region that contains a set of four, relatively small, nested, inverted repeats enclosing two genes coding for polymerases with an invertron-type structure and three conserved hypothetical genes interpreted as the stable integration of a mitochondrial linear plasmid. The integration of this plasmid seems to be a recent evolutionary event that could have implications in fungal biology. This sequence is available under GenBank accession number AY376688. (c) 2008 The British Mycological Society. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Detecção do vírus Epstein-Barr em tonsilites recorrentes

As tonsilites recorrentes têm sido objeto de muitos estudos. Eventos considerados na predisposição e causa incluem a utilização errônea de antibióticos em crises agudas, alterações da microflora, mudanças estruturais nas criptas epiteliais tonsilares e infecções virais. A infecção pelo vírus Epstein-Barr (EBV) ocorre freqüentemente na infância persistindo em linfócitos de tonsilas, podendo causar tonsilites recorrentes. Pouco se conhece sobre a persistência e reativação do EBV em pacientes imunocompetentes. Alguns métodos como a hibridização in situ, a reação em cadeia da polimerase (PCR) e a imuno-histoquímica têm sido utilizados no estudo da patogenia do vírus. OBJETIVO: Para caracterizar a associação do vírus Epstein-Barr com tonsilites recorrentes examinamos a presença do EBV pela PCR e por imuno-histoquímica usando como alvo a proteína viral LMP-1. FORMA DE ESTUDO: Estudo transversal com análise de prevalência amostral. MATERIAL E MÉTODOS: Foram selecionados 24 blocos parafinados de tonsilas, provenientes do Serviço de Anatomia Patológica, removidas de crianças de 2 a 12 anos com diagnóstico de tonsilite recorrente. Resultados: O genoma do EBV foi detectado em 13 (54,1%) e a LMP-1 em 9 (37,5%) dos casos. CONCLUSÃO: As tonsilas das crianças podem ser colonizadas pelo EBV e este pode estar associado à patogenia das tonsilites recorrentes.

Uso de biofertilizante na produção de mudas de repolho

RESUMOA utilização de produtos biofertilizantes, como fermentados bacterianos, contendo aminoácidos, é pouco estudada na produção de mudas de hortaliças, especialmente no sistema orgânico. Neste trabalho, o objetivo foi avaliar o efeito da aplicação foliar de um fermentado bacteriano do melaço da cana, contendo 30% do aminoácido ácido L-glutâmico, no desenvolvimento de mudas de repolho. Os tratamentos, constituídos por quatro repetições, eram compostos por concentrações do fermentado (0; 0,1; 0,2; 0,4 e 0,8 mL L-1)aplicadas nas folhas, em intervalos de sete ou de 14 dias. Aos 35 dias após a semeadura, foram determinados o índice relativo de clorofila, a área foliar e o volume do sistema radicular. O fermentado bacteriano promoveu incrementos do índice relativo de clorofila, da área foliar e do volume radicular, quando aplicado com intervalos de 14 dias, e incremento do volume radicular, quando aplicado com intervalos de sete dias. Ocorreu redução da área foliar, quando aplicado em concentrações superiores a 0,2 ml L-1, com intervalos de sete dias. O biofertilizante incrementa o desenvolvimento de mudas de repolho.

Doenças mitocondriais: síndrome da depleção do mtDNA

As citopatias mitocondriais constituem um importante grupo de doenças metabólicas de expressão clínica heterogénea, para as quais não existe uma terapia eficaz. A maioria destas doenças é causada por uma disfunção ao nível da fosforilação oxidativa (OXPHOS), originando consequentemente uma deficiente produção de energia. O correto funcionamento da OXPHOS resulta de uma interação coordenada entre o genoma nuclear e mitocondrial. Assim, as doenças mitocondriais podem ser causadas por defeitos moleculares no genoma mitocondrial, no nuclear, ou em ambos, originando as doenças da comunicação intergenómica, que resultam na perda ou na instabilidade do DNA mitocondrial (mtDNA), e podem causar quer deleções múltiplas, quer depleção do genoma mitocondrial. A síndrome da depleção do mtDNA constitui um grupo de doenças raras, autossómicas recessivas, que se manifestam maioritariamente após o nascimento, causando a morte de muitos doentes durante a infância ou início da adolescência devido a uma redução acentuada do número de cópias do mtDNA. Trata-se de uma síndrome fenotipicamente heterogénea, apresentando-se sob três apresentações clínicas: hepatocerebral, miopática e encefalomiopática. A caracterização molecular destes doentes é importante não só para permitir a realização de aconselhamento genético e diagnóstico pré-natal adequados, mas também para melhorar a compreensão da fisiopatologia da doença e as opções terapêuticas.

Problemas na padronização da reação em cadeia da polimerase para diagnóstico da tuberculose pulmonar

OBJETIVO: Padronizar reação em cadeia da polimerase para diagnóstico de tuberculose pulmonar, comparando os resultados obtidos com as técnicas microbiológicas clássicas, e analisar seu uso numa região de alta prevalência da tuberculose. MÉTODOS: Foram descontaminadas, após a baciloscopia, 42 amostras de escarro de pacientes. Em seguida, procedeu-se ao cultivo em Lowenstein-Jensen e à reação em cadeia da polimerase com "primers" que amplificam um fragmento de 123 pares de base do genoma do Mycobacterium tuberculosis. RESULTADOS: Das 42 amostras de escarro, 10 apresentaram cultura positiva para M. tuberculosis. Dez foram positivas à baciloscopia e 16 mostraram-se positivas na reação em cadeia da polimerase. A sensibilidade e especificidade do teste em relação à cultura foi de 90% e 81%, respectivamente. CONCLUSÕES: A reação em cadeia da polimerase tem sensibilidade comparável à da cultura e pode ser realizada em apenas um dia, resultando em tratamento precoce e melhor controle da doença. A padronização e avaliação de técnicas de biologia molecular no diagnóstico da tuberculose no Brasil é imprescindível na discussão da implantação deste exame na rotina diagnóstica em centros de referência.

O pensamento epidemiológico evolutivo sobre as infecções

O objetivo do trabalho é analisar os principais aspectos dos conhecimentos epidemiológicos atuais sobre o estado evolutivo das infecções. Os organismos que constituem a biosfera formam sistemas dinâmicos que abrangem todo o planeta. Tais relacionamentos podem ser variáveis em intensidade. Alguns limitam-se à superfície orgânica, enquanto outros chegam à intimidade do genoma. Portanto, há de se concluir que o parasitismo constitui fenômeno muito comum na natureza. Os parasitos infectantes comunicam-se mediante mecanismos variados. Entre eles, reconhece-se a existência de intercâmbio gênico mediante a troca de segmentos de DNA. Assim, as comunidades parasitárias não vivem isoladamente, mas estabelecem interconexões. O processo de internação objetiva a entrada do parasito no meio intracelular. E isso dá-se desde a fagocitose, manipulada pelos agentes infecciosos, até meios mais sofisticados como a elaboração de pilli. Para abandonar esse ambiente intracelular, alguns recorrem à apoptose. Este fenômeno, de comando genético, chega à especialização de destruir os macrófagos. Aceita-se, atualmente, que o DNA, sob a forma molecular, poderá circular na corrente sangüínea constituindo os denominados infectrons. Isso permite criar a hipótese sobre a existência de redes que, formadas principalmente por estes elementos, permitem a co-adaptabilidade entre o parasito e o organismo parasitado. Concluiu-se que há uma co-evolução entre o organismo hospedeiro e o do parasito, propiciando o surgimento de novas entidades mórbidas.

Efeito da combinação de antibióticos e sinvastatina sobre microrganismos de interesse endodôntico e na expressão de marcadores odontoblásticos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Immune responses in Bathymodiolus azoricus upon Vibrio challenges : approaches to characterize mussel survival strategies and physiological adaptations in deep sea extreme environments

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 18 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Prevalência, fatores de risco e genótipos da hepatite C entre usuários de drogas

OBJETIVO: Estimar a prevalência e fatores associados à infecção pelo vírus da hepatite C em usuários de drogas e identificar os genótipos e subtipos virais circulantes. MÉTODOS: Estudo realizado com 691 usuários de drogas de 26 centros de tratamento de uso de drogas filantrópicos, particulares e públicos de Goiânia (GO) e Campo Grande (MS), entre 2005 e 2006. Dados sociodemográficos e fatores de risco para infecção pelo HCV foram obtidos por meio de entrevistas. Amostras sangüíneas foram testadas para a detecção de anticorpos para o HCV. As amostras positivas foram submetidas à detecção do RNA-HCV pela reação em cadeia da polimerase com iniciadores complementares às regiões 5' NC e NS5B do genoma viral e genotipadas pelo line probe assay (LiPA) e por seqüenciamento direto, seguido de análise filogenética. Prevalência e odds ratio foram calculados com intervalo de 95% de confiança. Os fatores de risco com p<0,10 pela análise univariada foram analisados por regressão logística hierárquica. Valores de p<0,05 foram considerados estatisticamente significantes. RESULTADOS: A prevalência para anti-HCV foi 6,9% (IC 95%: 5,2;9,2). A análise multivariada de fatores de risco indicou que idade superior a 30 anos e uso injetável de drogas se mostraram associados à infecção pelo HCV. O RNA-HCV foi detectado em 85,4% (41/48) das amostras anti-HCV positivas. Trinta e três amostras foram do genótipo 1 pelo LiPA, subtipos 1a (63,4%) e 1b (17,1%), e 8 (19,5%) do genótipo 3, subtipo 3a. A análise filogenética da região NS5B mostrou que 17 (68%), 5 (20%) e 3 (12%) amostras foram dos subtipos 1a, 3a e 1b, respectivamente. CONCLUSÕES: Os resultados mostram uma prevalência elevada da infecção e do subtipo 1a do HCV em usuários de drogas, sendo o uso injetável de drogas o principal fator de risco para essa infecção.