Hierarchical clustering with multiple-height branch-cut applied to short time-series gene expression data.

Rigid adherence to pre-specified thresholds and static graphical representations can lead to incorrect decisions on merging of clusters. As an alternative to existing automated or semi-automated methods, we developed a visual analytics approach for performing hierarchical clustering analysis of short time-series gene expression data. Dynamic sliders control parameters such as the similarity threshold at which clusters are merged and the level of relative intra-cluster distinctiveness, which can be used to identify "weak-edges" within clusters. An expert user can drill down to further explore the dendrogram and detect nested clusters and outliers. This is done by using the sliders and by pointing and clicking on the representation to cut the branches of the tree in multiple-heights. A prototype of this tool has been developed in collaboration with a small group of biologists for analysing their own datasets. Initial feedback on the tool has been positive.

MLCut: exploring multi-level cuts in dendrograms for biological data.

Choosing a single similarity threshold for cutting dendrograms is not sufficient for performing hierarchical clustering analysis of heterogeneous data sets. In addition, alternative automated or semi-automated methods that cut dendrograms in multiple levels make assumptions about the data in hand. In an attempt to help the user to find patterns in the data and resolve ambiguities in cluster assignments, we developed MLCut: a tool that provides visual support for exploring dendrograms of heterogeneous data sets in different levels of detail. The interactive exploration of the dendrogram is coordinated with a representation of the original data, shown as parallel coordinates. The tool supports three analysis steps. Firstly, a single-height similarity threshold can be applied using a dynamic slider to identify the main clusters. Secondly, a distinctiveness threshold can be applied using a second dynamic slider to identify “weak-edges” that indicate heterogeneity within clusters. Thirdly, the user can drill-down to further explore the dendrogram structure - always in relation to the original data - and cut the branches of the tree at multiple levels. Interactive drill-down is supported using mouse events such as hovering, pointing and clicking on elements of the dendrogram. Two prototypes of this tool have been developed in collaboration with a group of biologists for analysing their own data sets. We found that enabling the users to cut the tree at multiple levels, while viewing the effect in the original data, is a promising method for clustering which could lead to scientific discoveries.

THE NEW WORLD (DIS)ORDER AND THE CONFLICTS EVOLUTION

The World Order is a concept in constant mutation that has lost a lot of what characterized it when it was established with the Peace of Westphalia. The conflicts also went through changes. They lost its State distinctiveness and became dispersed and chaotic due to multipolarization. These two concepts share some connections and both dissociated from their traditional definition. This paper aims to establish a connection between the contemporary World Order and the conflicts evolution. The threats to the stability of the World Order contribute to the current disorder and reflects how the conflicts distanced themselves from the clausewitzian battles. To understand how these threats impact the World Order stability and evince the conflicts evolution two cases of study were selected: the nuclear proliferation in Iran and the crisis in Ukraine. These two examples will help establishing the link between the contemporary World Disorder and the conflicts evolution.

Stratégies pédagogiques et leur effet sur la motivation et l’engagement des étudiants en sciences au collégial

Résumé : Cette recherche descriptive a pour origine une question de praticienne-chercheure : Quels sont les stratégies et les actes pédagogiques à privilégier par un enseignant en sciences au collégial, afin de stimuler la motivation des étudiants à s’engager dans leurs activités d’apprentissage? Les enjeux pédagogiques au niveau collégial sont d’importance. Les études scientifiques sont caractérisées par un grand nombre d’abandons, un faible niveau de motivation et d’engagement des étudiants dans leurs études et un taux de réussite sous les seuils visés. L’enseignant peut jouer un rôle-clef pour stimuler l’engagement des étudiants, tant par ses stratégies pédagogiques ou ses choix d’activité d’apprentissage que par le support qu’il peut apporter à l’apprenant. La particularité du milieu collégial, où se côtoient formation pré-universitaire et formation technique, n’a pas encore été étudiée, dans une perspective comparative sur la dynamique motivationnelle, en lien avec l’engagement dans une formation scientifique. L’objectif général de cette recherche est de décrire les perceptions des étudiants quant à leur motivation, selon différents actes et stratégies pédagogiques mis en place par les enseignants de deux programmes scientifiques au niveau collégial, soit le programme pré-universitaire Sciences de la nature et pour le programme Techniques de laboratoire, profil Biotechnologies. Chacun des 16 enseignants participants de biologie ou de physique des deux programmes ont été observés durant une ou deux séances de cours totalisant 58 heures d’enseignement, pour 29 groupes d’étudiants, de façon à identifier la stratégie pédagogique générale de la séance et les actes pédagogiques qui ont été concrétisés en classe. Les étudiants ont ensuite complété un questionnaire en ligne sur leurs perceptions en lien avec la motivation concernant ces stratégies et actes pédagogiques. Les questionnaires de 272 répondants ont été traité, analysés et interprétés, de façon à dresser un portrait de la dynamique motivationnelle par groupes de comparaison, par analyses statistiques et analyse qualitative des commentaires spontanés des répondants. Les étudiantes et étudiants de Biotechnologies ont des perceptions plus favorables à la motivation en accordant plus de valeur aux activités d’apprentissage que les répondants de Sciences de la nature. Ils ont également un désir d’engagement plus élevé. Les hommes de Biotechnologies se sentent significativement plus compétents que les femmes du même programme et les répondants des deux genres en Sciences de la nature, ils ont une plus grande facilité à participer aux activités d’apprentissage en classe et ne mentionnent que très peu d’émotions négatives en lien avec les activités de leurs séances de cours. Les étudiantes et étudiants des deux programmes ont des perceptions très diversifiées sur les activités d’apprentissage et stratégies pédagogiques; elles sont même opposées entre certains étudiants pour une même séance de cours, ce qui indique que d’offrir une bonne variété d’actes pédagogiques à chaque séance de cours est à privilégier pour stimuler la motivation du plus grand nombre.

Identification with the neighborhood: Discrimination and neighborhood size

This paper analyzes the impact of a geographical social grouping (neighborhood) and its relative perceived size in the spontaneous group’s identiication level and place satisfaction, as well as the intensity of and motives for discrimination against inhabitants of other places. Two studies are presented: an experimental one using the minimal group categorization paradigm and an onsite investigation of a city neighborhood. Consistent with the predictions, the results showed that smaller neighborhoods reported higher identiication and satisfaction with the place of residence, as well as higher discrimination of other neighborhoods. In line with the optimal distinctiveness theory (ODT), the indings showed that the motivation for discrimination varies as a function of the in-group size. Thus, the members of larger groups discriminate by increasing the diferentiation between the in-group and the out-group, whereas the members of smaller groups increased the value of the in-group. Furthermore, the results were consistent with a social identity theory and ODT explanation of diverse research that shows the non-trivial nature of geographical bounded social grouping and its importance in a diverse set of contexts and its impact in inter-neighborhood relationships.