Integration of copy number and transcriptomics provides risk stratification in prostate cancer: A discovery and validation cohort study

BACKGROUND: Understanding the heterogeneous genotypes and phenotypes of prostate cancer is fundamental to improving the way we treat this disease. As yet, there are no validated descriptions of prostate cancer subgroups derived from integrated genomics linked with clinical outcome.

METHODS: In a study of 482 tumour, benign and germline samples from 259 men with primary prostate cancer, we used integrative analysis of copy number alterations (CNA) and array transcriptomics to identify genomic loci that affect expression levels of mRNA in an expression quantitative trait loci (eQTL) approach, to stratify patients into subgroups that we then associated with future clinical behaviour, and compared with either CNA or transcriptomics alone.

FINDINGS: We identified five separate patient subgroups with distinct genomic alterations and expression profiles based on 100 discriminating genes in our separate discovery and validation sets of 125 and 103 men. These subgroups were able to consistently predict biochemical relapse (p = 0.0017 and p = 0.016 respectively) and were further validated in a third cohort with long-term follow-up (p = 0.027). We show the relative contributions of gene expression and copy number data on phenotype, and demonstrate the improved power gained from integrative analyses. We confirm alterations in six genes previously associated with prostate cancer (MAP3K7, MELK, RCBTB2, ELAC2, TPD52, ZBTB4), and also identify 94 genes not previously linked to prostate cancer progression that would not have been detected using either transcript or copy number data alone. We confirm a number of previously published molecular changes associated with high risk disease, including MYC amplification, and NKX3-1, RB1 and PTEN deletions, as well as over-expression of PCA3 and AMACR, and loss of MSMB in tumour tissue. A subset of the 100 genes outperforms established clinical predictors of poor prognosis (PSA, Gleason score), as well as previously published gene signatures (p = 0.0001). We further show how our molecular profiles can be used for the early detection of aggressive cases in a clinical setting, and inform treatment decisions.

INTERPRETATION: For the first time in prostate cancer this study demonstrates the importance of integrated genomic analyses incorporating both benign and tumour tissue data in identifying molecular alterations leading to the generation of robust gene sets that are predictive of clinical outcome in independent patient cohorts.

Immunohistochemistry should undergo robust validation equivalent to that of molecular diagnostics

Immunohistochemistry (IHC) is a widely available and highly utilised tool in diagnostic histopathology and is used to guide treatment options as well as provide prognostic information. IHC is subjected to qualitative and subjective assessment, which has been criticised for a lack of stringency, while PCR-based molecular diagnostic validations by comparison are regarded as very rigorous. It is essential that IHC tests are validated through evidence-based procedures. With the move to ISO15189 (2012), not just of the accuracy, specificity and reproducibility of each test need to be determined and managed, but also the degree of uncertainty and the delivery of such tests. The recent update to ISO 15189 (2012) states that it is appropriate to consider the potential uncertainty of measurement of the value obtained in the laboratory and how that may impact on prognostic or predictive thresholds. In order to highlight the problems surrounding IHC validity, we reviewed the measurement of Ki67and p53 in the literature. Both of these biomarkers have been incorporated into clinical care by pathology laboratories worldwide. The variation seen appears excessive even when measuring centrally stained slides from the same cases. We therefore propose in this paper to establish the basis on which IHC laboratories can bring the same level of robust validation seen in the molecular pathology laboratories and the principles applied to all routine IHC tests.

Identification and validation of the dopamine agonist bromocriptine as a novel therapy for high-risk myelodysplastic syndromes and secondary acute myeloid leukemia

Myelodysplastic syndromes (MDS) represent a broad spectrum of diseases characterized by their clinical manifestation as one or more cytopenias, or a reduction in circulating blood cells. MDS is predominantly a disease of the elderly, with a median age in the UK of around 75. Approximately one third of MDS patients will develop secondary acute myeloid leukemia (sAML) that has a very poor prognosis. Unfortunately, most standard cytotoxic agents are often too toxic for older patients. This means there is a pressing unmet need for novel therapies that have fewer side effects to assist this vulnerable group. This challenge was tackled using bioinformatic analysis of available transcriptomic data to establish a gene-based signature of the development and progression of MDS. This signature was then used to identify novel therapeutic compounds via statistically-significant connectivity mapping. This approach suggested re-purposing an existing and widely-prescribed drug, bromocriptine as a novel potential therapy in these disease settings. This drug has shown selectivity for leukemic cells as well as synergy with current therapies.

Validation of night blindness reports among children and women in a vitamin A deficient population in rural Tanzania.

OBJECTIVE: This study validates different definitions of reported night blindness (XN) in a vitamin A deficient African population with no local term for XN. DESIGN: Case-control study with follow-up after treatment. SETTING: Eight primary schools and health centres in rural Tanzania. SUBJECTS: A total of 1214 participants were screened for reported XN and other eye signs of xerophthalmia: 461 children aged 24-71 months, 562 primary school-age children and 191 pregnant or breast-feeding women. All 152 cases of reported XN were selected for the validation study and group matched with 321 controls who did not complain of XN. XN reports were validated against serum retinol concentrations and pupillary dark adaptation measurements in cases and controls. INTERVENTION: All children and women who reported XN or had other signs of active xerophthalmia were treated with vitamin A and followed up 3-4 weeks later. Half of the untreated control group who had their serum retinol examined in the baseline examination were also followed up. RESULTS: The overall prevalence of reported XN was 12.5%. At baseline, mean pupillary threshold (-1.52 vs -1.55 log cd/m(2), P=0.501) and median serum retinol concentrations (0.95 vs 0.93 micromol/l, P=0.734) were not significantly different in cases and controls either overall or in each population group. More restricted case definitions reduced the prevalence of reported XN to 5.5% (P<0.001), but there was still no significant difference between cases and controls although the results were in the expected direction. After treatment, the median serum retinol concentration improved significantly only in the most deficient group, the young children. Dark adaptation improved in all the subgroups but the difference was only significant for young children and primary school-age children when the restricted case definitions were used. CONCLUSIONS: XN reports are a poor indicator of vitamin A deficiency in this population. SPONSORSHIP: Task Force Sight and Life, Basel, Switzerland.

Impact of Syncope on Quality of Life: Validation of a Measure in Patients Undergoing Tilt Testing

INTRODUCTION AND OBJECTIVES: Recurrent syncope has a significant impact on quality of life. The development of measurement scales to assess this impact that are easy to use in clinical settings is crucial. The objective of the present study is a preliminary validation of the Impact of Syncope on Quality of Life questionnaire for the Portuguese population. METHODS: The instrument underwent a process of translation, validation, analysis of cultural appropriateness and cognitive debriefing. A population of 39 patients with a history of recurrent syncope (>1 year) who underwent tilt testing, aged 52.1 ± 16.4 years (21-83), 43.5% male, most in active employment (n=18) or retired (n=13), constituted a convenience sample. The resulting Portuguese version is similar to the original, with 12 items in a single aggregate score, and underwent statistical validation, with assessment of reliability, validity and stability over time. RESULTS: With regard to reliability, the internal consistency of the scale is 0.9. Assessment of convergent and discriminant validity showed statistically significant results (p<0.01). Regarding stability over time, a test-retest of this instrument at six months after tilt testing with 22 patients of the sample who had not undergone any clinical intervention found no statistically significant changes in quality of life. CONCLUSIONS: The results indicate that this instrument is of value for assessing quality of life in patients with recurrent syncope in Portugal.

Scores to predict major bleeding risk during oral anticoagulation therapy: a prospective validation study.

BACKGROUND: Clinical scores may help physicians to better assess the individual risk/benefit of oral anticoagulant therapy. We aimed to externally validate and compare the prognostic performance of 7 clinical prediction scores for major bleeding events during oral anticoagulation therapy. METHODS: We followed 515 adult patients taking oral anticoagulants to measure the first major bleeding event over a 12-month follow-up period. The performance of each score to predict the risk of major bleeding and the physician's subjective assessment of bleeding risk were compared with the C statistic. RESULTS: The cumulative incidence of a first major bleeding event during follow-up was 6.8% (35/515). According to the 7 scoring systems, the proportions of major bleeding ranged from 3.0% to 5.7% for low-risk, 6.7% to 9.9% for intermediate-risk, and 7.4% to 15.4% for high-risk patients. The overall predictive accuracy of the scores was poor, with the C statistic ranging from 0.54 to 0.61 and not significantly different from each other (P=.84). Only the Anticoagulation and Risk Factors in Atrial Fibrillation score performed slightly better than would be expected by chance (C statistic, 0.61; 95% confidence interval, 0.52-0.70). The performance of the scores was not statistically better than physicians' subjective risk assessments (C statistic, 0.55; P=.94). CONCLUSION: The performance of 7 clinical scoring systems in predicting major bleeding events in patients receiving oral anticoagulation therapy was poor and not better than physicians' subjective assessments.

Validation of the IMPACT-III quality of life questionnaire in Swiss children with inflammatory bowel disease.

BACKGROUND AND AIMS: Inflammatory bowel disease (IBD) frequently manifests during childhood and adolescence. For providing and understanding a comprehensive picture of a patients' health status, health-related quality of life (HRQoL) instruments are an essential complement to clinical symptoms and functional limitations. Currently, the IMPACT-III questionnaire is one of the most frequently used disease-specific HRQoL instrument among patients with IBD. However, there is a lack of studies examining the validation and reliability of this instrument. METHODS: 146 paediatric IBD patients from the multicenter Swiss IBD paediatric cohort study database were included in the study. Medical and laboratory data were extracted from the hospital records. HRQoL data were assessed by means of standardized questionnaires filled out by the patients in a face-to-face interview. RESULTS: The original six IMPACT-III domain scales could not be replicated in the current sample. A principal component analysis with the extraction of four factor scores revealed the most robust solution. The four factors indicated good internal reliability (Cronbach's alpha=.64-.86), good concurrent validity measured by correlations with the generic KIDSCREEN-27 scales and excellent discriminant validity for the dimension of physical functioning measured by HRQoL differences for active and inactive severity groups (p<.001, d=1.04). CONCLUSIONS: This study with Swiss children with IBD indicates good validity and reliability for the IMPACT-III questionnaire. However, our findings suggest a slightly different factor structure than originally proposed. The IMPACT-III questionnaire can be recommended for its use in clinical practice. The factor structure should be further examined in other samples.

A simple, robust and rapid approach to detect carbapenemases in Gram-negative isolates by MALDI-TOF mass spectrometry: validation with triple quadripole tandem mass spectrometry, microarray and PCR.

Carbapenemases should be accurately and rapidly detected, given their possible epidemiological spread and their impact on treatment options. Here, we developed a simple, easy and rapid matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF)-based assay to detect carbapenemases and compared this innovative test with four other diagnostic approaches on 47 clinical isolates. Tandem mass spectrometry (MS-MS) was also used to determine accurately the amount of antibiotic present in the supernatant after 1 h of incubation and both MALDI-TOF and MS-MS approaches exhibited a 100% sensitivity and a 100% specificity. By comparison, molecular genetic techniques (Check-MDR Carba PCR and Check-MDR CT103 microarray) showed a 90.5% sensitivity and a 100% specificity, as two strains of Aeromonas were not detected because their chromosomal carbapenemase is not targeted by probes used in both kits. Altogether, this innovative MALDI-TOF-based approach that uses a stable 10-μg disk of ertapenem was highly efficient in detecting carbapenemase, with a sensitivity higher than that of PCR and microarray.

Validation des modèles de pharmacologie de sécurité et évaluation de la valeur thérapeutique de l'oxytocine dans le traitement de l'infarctus du myocarde

En février, 2009 un rapport de PHRMA (Pharmaceutical Research and Manufacturers of America) confirmait que plus de 300 médicaments pour le traitement des maladies cardiaques étaient en phase d’essais cliniques ou en révision par les agences règlementaires. Malgré cette abondance de nouvelles thérapies cardiovasculaires, le nombre de nouveaux médicaments approuvés chaque année (toutes indications confondues) est en déclin avec seulement 17 et 24 nouveaux médicaments approuvés en 2007 et 2008, respectivement. Seulement 1 médicament sur 5000 sera approuvé après 10 à 15 ans de développement au coût moyen de 800 millions $. De nombreuses initiatives ont été lancées par les agences règlementaires afin d’augmenter le taux de succès lors du développement des nouveaux médicaments mais les résultats tardent. Cette stagnation est attribuée au manque d’efficacité du nouveau médicament dans bien des cas mais les évaluations d’innocuité remportent la palme des causes d’arrêt de développement. Primum non nocere, la maxime d’Hippocrate, père de la médecine, demeure d’actualité en développement préclinique et clinique des médicaments. Environ 3% des médicaments approuvés au cours des 20 dernières années ont, par la suite, été retirés du marché suite à l’identification d’effets adverses. Les effets adverses cardiovasculaires représentent la plus fréquente cause d’arrêt de développement ou de retrait de médicament (27%) suivi par les effets sur le système nerveux. Après avoir défini le contexte des évaluations de pharmacologie de sécurité et l’utilisation des bio-marqueurs, nous avons validé des modèles d’évaluation de l’innocuité des nouveaux médicaments sur les systèmes cardiovasculaires, respiratoires et nerveux. Évoluant parmi les contraintes et les défis des programmes de développements des médicaments, nous avons évalué l’efficacité et l’innocuité de l’oxytocine (OT), un peptide endogène à des fins thérapeutiques. L’OT, une hormone historiquement associée à la reproduction, a démontré la capacité d’induire la différentiation in vitro de lignées cellulaires (P19) mais aussi de cellules souches embryonnaires en cardiomyocytes battants. Ces observations nous ont amené à considérer l’utilisation de l’OT dans le traitement de l’infarctus du myocarde. Afin d’arriver à cet objectif ultime, nous avons d’abord évalué la pharmacocinétique de l’OT dans un modèle de rat anesthésié. Ces études ont mis en évidence des caractéristiques uniques de l’OT dont une courte demi-vie et un profil pharmacocinétique non-linéaire en relation avec la dose administrée. Ensuite, nous avons évalué les effets cardiovasculaires de l’OT sur des animaux sains de différentes espèces. En recherche préclinique, l’utilisation de plusieurs espèces ainsi que de différents états (conscients et anesthésiés) est reconnue comme étant une des meilleures approches afin d’accroître la valeur prédictive des résultats obtenus chez les animaux à la réponse chez l’humain. Des modèles de rats anesthésiés et éveillés, de chiens anesthésiés et éveillés et de singes éveillés avec suivi cardiovasculaire par télémétrie ont été utilisés. L’OT s’est avéré être un agent ayant d’importants effets hémodynamiques présentant une réponse variable selon l’état (anesthésié ou éveillé), la dose, le mode d’administration (bolus ou infusion) et l’espèce utilisée. Ces études nous ont permis d’établir les doses et régimes de traitement n’ayant pas d’effets cardiovasculaires adverses et pouvant être utilisées dans le cadre des études d’efficacité subséquentes. Un modèle porcin d’infarctus du myocarde avec reperfusion a été utilisé afin d’évaluer les effets de l’OT dans le traitement de l’infarctus du myocarde. Dans le cadre d’un projet pilote, l’infusion continue d’OT initiée immédiatement au moment de la reperfusion coronarienne a induit des effets cardiovasculaires adverses chez tous les animaux traités incluant une réduction de la fraction de raccourcissement ventriculaire gauche et une aggravation de la cardiomyopathie dilatée suite à l’infarctus. Considérant ces observations, l’approche thérapeutique fût révisée afin d’éviter le traitement pendant la période d’inflammation aigüe considérée maximale autour du 3ième jour suite à l’ischémie. Lorsqu’initié 8 jours après l’ischémie myocardique, l’infusion d’OT a engendré des effets adverses chez les animaux ayant des niveaux endogènes d’OT élevés. Par ailleurs, aucun effet adverse (amélioration non-significative) ne fût observé chez les animaux ayant un faible niveau endogène d’OT. Chez les animaux du groupe placebo, une tendance à observer une meilleure récupération chez ceux ayant des niveaux endogènes initiaux élevés fût notée. Bien que la taille de la zone ischémique à risque soit comparable à celle rencontrée chez les patients atteints d’infarctus, l’utilisation d’animaux juvéniles et l’absence de maladies coronariennes sont des limitations importantes du modèle porcin utilisé. Le potentiel de l’OT pour le traitement de l’infarctus du myocarde demeure mais nos résultats suggèrent qu’une administration systémique à titre de thérapie de remplacement de l’OT devrait être considérée en fonction du niveau endogène. De plus amples évaluations de la sécurité du traitement avec l’OT dans des modèles animaux d’infarctus du myocarde seront nécessaires avant de considérer l’utilisation d’OT dans une population de patients atteint d’un infarctus du myocarde. En contre partie, les niveaux endogènes d’OT pourraient posséder une valeur pronostique et des études cliniques à cet égard pourraient être d’intérêt.

Évaluation de l'équilibre chez la population lésée médullaire: validation de l'échelle de Berg et étude des interrelations avec les données cliniques.

L'évolution des soins médicaux auprès de la population ayant une lésion médullaire (LM) s'est traduite par une amélioration du profil fonctionnel des personnes atteintes. Ainsi une proportion importante retrouve une capacité à se tenir debout et à marcher qu'il convient d'évaluer adéquatement. Si quelques outils spécifiques à la population lésée médullaire existent pour évaluer leur ambulation, aucune évaluation de l'équilibre debout n'a été validée auprès de cette clientèle. L'échelle de Berg est un outil recommandé auprès de diverses populations, entre autres celles possédant des pathologies d'origine neurologique; et le score obtenu semble lié au niveau d'autonomie à la marche ainsi qu'aux aides techniques utilisées. L'objectif de ce projet de recherche était donc d'établir la validité concomitante de l'échelle de Berg auprès de la population LM et d'explorer les liens entre le score Berg et l'aide technique utilisée. Pour ce faire, trente-deux sujets BM ASIA D ont été recrutés parmi la clientèle hospitalisée de l'Institut de réadaptation Gingras-Lindsay de Montréal. L'évaluation de l'équilibre debout a été réalisée à l'aide de l'échelle de Berg ainsi que des tests statiques, dynamiques et des limites de stabilité du Balance Master. Le Walking Index for Spinal Cord Injury (WISCI), le Spinal Cord Injury Functional Ambulation Inventory (SCI-FAI), la vitesse de marche sur 10m et le Timed up and go ont été utilisés pour évaluer l'ambulation. Des analyses descriptives et corrélatives ont été effectuées sur les données obtenues. Une corrélation forte (0.714

Développement et validation d’un outil clinique pour l’analyse quantitative de la posture auprès de personnes atteintes d’une scoliose idiopathique

La scoliose idiopathique (SI) est une déformation tridimensionnelle (3D) de la colonne vertébrale et de la cage thoracique à potentiel évolutif pendant la croissance. Cette déformation 3D entraîne des asymétries de la posture. La correction de la posture est un des objectifs du traitement en physiothérapie chez les jeunes atteints d’une SI afin d’éviter la progression de la scoliose, de réduire les déformations morphologiques et leurs impacts sur la qualité de vie. Les outils cliniques actuels ne permettent pas de quantifier globalement les changements de la posture attribuables à la progression de la scoliose ou à l’efficacité des interventions thérapeutiques. L’objectif de cette thèse consiste donc au développement et à la validation d’un nouvel outil clinique permettant l’analyse quantitative de la posture auprès de personnes atteintes d’une SI. Ce projet vise plus spécifiquement à déterminer la fidélité et la validité des indices de posture (IP) de ce nouvel outil clinique et à vérifier leur capacité à détecter des changements entre les positions debout et assise. Suite à une recension de la littérature, 34 IP représentant l’alignement frontal et sagittal des différents segments corporels ont été sélectionnés. L’outil quantitatif clinique d’évaluation de la posture (outil 2D) construit dans ce projet consiste en un logiciel qui permet de calculer les différents IP (mesures angulaires et linéaires). L’interface graphique de cet outil est conviviale et permet de sélectionner interactivement des marqueurs sur les photographies digitales. Afin de vérifier la fidélité et la validité des IP de cet outil, la posture debout de 70 participants âgés entre 10 et 20 ans atteints d'une SI (angle de Cobb: 15º à 60º) a été évaluée à deux occasions par deux physiothérapeutes. Des marqueurs placés sur plusieurs repères anatomiques, ainsi que des points de référence anatomique (yeux, lobes des oreilles, etc.), ont permis de mesurer les IP 2D en utilisant des photographies. Ces mêmes marqueurs et points de référence ont également servi au calcul d’IP 3D obtenus par des reconstructions du tronc avec un système de topographie de surface. Les angles de Cobb frontaux et sagittaux et le déjettement C7-S1 ont été mesurés sur des radiographies. La théorie de la généralisabilité a été utilisée pour déterminer la fidélité et l’erreur standard de la mesure (ESM) des IP de l’outil 2D. Des coefficients de Pearson ont servi à déterminer la validité concomitante des IP du tronc de l’outil 2D avec les IP 3D et les mesures radiographiques correspondantes. Cinquante participants ont été également évalués en position assise « membres inférieurs allongés » pour l’étude comparative de la posture debout et assise. Des tests de t pour échantillons appariés ont été utilisés pour détecter les différences entre les positions debout et assise. Nos résultats indiquent un bon niveau de fidélité pour la majorité des IP de l’outil 2D. La corrélation entre les IP 2D et 3D est bonne pour les épaules, les omoplates, le déjettement C7-S1, les angles de taille, la scoliose thoracique et le bassin. Elle est faible à modérée pour la cyphose thoracique, la lordose lombaire et la scoliose thoraco-lombaire ou lombaire. La corrélation entre les IP 2D et les mesures radiographiques est bonne pour le déjettement C7-S1, la scoliose et la cyphose thoracique. L’outil est suffisamment discriminant pour détecter des différences entre la posture debout et assise pour dix des treize IP. Certaines recommandations spécifiques résultents de ce projet : la hauteur de la caméra devrait être ajustée en fonction de la taille des personnes; la formation des juges est importante pour maximiser la précision de la pose des marqueurs; et des marqueurs montés sur des tiges devraient faciliter l’évaluation des courbures vertébrales sagittales. En conclusion, l’outil développé dans le cadre de cette thèse possède de bonnes propriétés psychométriques et permet une évaluation globale de la posture. Cet outil devrait contribuer à l’amélioration de la pratique clinique en facilitant l’analyse de la posture debout et assise. Cet outil s’avère une alternative clinique pour suivre l’évolution de la scoliose thoracique et diminuer la fréquence des radiographies au cours du suivi de jeunes atteints d’une SI thoracique. Cet outil pourrait aussi être utile pour vérifier l’efficacité des interventions thérapeutiques sur la posture.

Développement et validation d'un instrument non-invasifde caractérisation du comportement musculaire respiratoire

Réalisé en cotutelle avec l'Université Joseph Fourier École Doctorale Ingénierie pour la Santé,la Cognition et l'Environnement (France)

Élaboration et validation empirique d'un modèle de consultation individuelle auprès des enseignants afin de favoriser l'inclusion scolaire des enfants ayant un TDAH

Les interventions proactives ou comportementales en classe sont reconnues empiriquement pour leur efficacité à améliorer le comportement ou le rendement scolaire des enfants ayant un TDAH (DuPaul & Eckert, 1997; Hoza, Kaiser, & Hurt, 2008; Pelham & Fabiano, 2008; Zentall, 2005). Or, l’écart entre les interventions probantes et celles retrouvées dans le milieu général de l’éducation souligne l’importance de répliquer les résultats d’études obtenus dans un environnement contrôlé dans un format de livraison réaliste. L’objectif principal de cette thèse est d’élaborer et d’évaluer un programme de consultation individuelle (PCI) fondé sur une démarche de résolution de problème et d’évaluation fonctionnelle, pour soutenir les enseignants du primaire dans la planification et la mise en œuvre cohérente des interventions privilégiées pour aider les enfants ayant un TDAH. D’abord, une recension des principales modalités d’intervention auprès des enfants ayant un TDAH est effectuée afin d’identifier les interventions à inclure lors du développement du programme. Par la suite, des solutions favorisant le transfert des interventions probantes à la classe ordinaire sont détaillées par la proposition du PCI ayant lieu entre un intervenant psychosocial et l’enseignant. Enfin, l’évaluation du PCI auprès de trente-sept paires enfant-enseignant est présentée. Tous les enfants ont un diagnostic de TDAH et prennent une médication (M). Les parents de certains enfants ont participé à un programme d’entraînement aux habiletés parentales (PEHP). L’échantillon final est: M (n = 4), M et PEHP (n = 11), M et PCI (n = 11), M, PEHP et PCI (n = 11). Les résultats confirment l’efficacité du PCI au-delà de M et M + PEHP pour éviter une aggravation des comportements inappropriés et améliorer le rendement scolaire des enfants ayant un TDAH. Par ailleurs, une augmentation de l’utilisation des stratégies efficaces par l’enseignant est observable lorsqu’il a à la fois participé au PCI et reçu une formation continue sur le TDAH en cours d’emploi. Les implications cliniques de l’intervention pour l’enfant ayant un TDAH et son enseignant de classe ordinaire sont discutées.

Optimization and validation of a new 3D-US imaging robot to detect, localize and quantify lower limb arterial stenoses

L’athérosclérose est une maladie qui cause, par l’accumulation de plaques lipidiques, le durcissement de la paroi des artères et le rétrécissement de la lumière. Ces lésions sont généralement localisées sur les segments artériels coronariens, carotidiens, aortiques, rénaux, digestifs et périphériques. En ce qui concerne l’atteinte périphérique, celle des membres inférieurs est particulièrement fréquente. En effet, la sévérité de ces lésions artérielles est souvent évaluée par le degré d’une sténose (réduction >50 % du diamètre de la lumière) en angiographie, imagerie par résonnance magnétique (IRM), tomodensitométrie ou échographie. Cependant, pour planifier une intervention chirurgicale, une représentation géométrique artérielle 3D est notamment préférable. Les méthodes d’imagerie par coupe (IRM et tomodensitométrie) sont très performantes pour générer une imagerie tridimensionnelle de bonne qualité mais leurs utilisations sont dispendieuses et invasives pour les patients. L’échographie 3D peut constituer une avenue très prometteuse en imagerie pour la localisation et la quantification des sténoses. Cette modalité d’imagerie offre des avantages distincts tels la commodité, des coûts peu élevés pour un diagnostic non invasif (sans irradiation ni agent de contraste néphrotoxique) et aussi l’option d’analyse en Doppler pour quantifier le flux sanguin. Étant donné que les robots médicaux ont déjà été utilisés avec succès en chirurgie et en orthopédie, notre équipe a conçu un nouveau système robotique d’échographie 3D pour détecter et quantifier les sténoses des membres inférieurs. Avec cette nouvelle technologie, un radiologue fait l’apprentissage manuel au robot d’un balayage échographique du vaisseau concerné. Par la suite, le robot répète à très haute précision la trajectoire apprise, contrôle simultanément le processus d’acquisition d’images échographiques à un pas d’échantillonnage constant et conserve de façon sécuritaire la force appliquée par la sonde sur la peau du patient. Par conséquent, la reconstruction d’une géométrie artérielle 3D des membres inférieurs à partir de ce système pourrait permettre une localisation et une quantification des sténoses à très grande fiabilité. L’objectif de ce projet de recherche consistait donc à valider et optimiser ce système robotisé d’imagerie échographique 3D. La fiabilité d’une géométrie reconstruite en 3D à partir d’un système référentiel robotique dépend beaucoup de la précision du positionnement et de la procédure de calibration. De ce fait, la précision pour le positionnement du bras robotique fut évaluée à travers son espace de travail avec un fantôme spécialement conçu pour simuler la configuration des artères des membres inférieurs (article 1 - chapitre 3). De plus, un fantôme de fils croisés en forme de Z a été conçu pour assurer une calibration précise du système robotique (article 2 - chapitre 4). Ces méthodes optimales ont été utilisées pour valider le système pour l’application clinique et trouver la transformation qui convertit les coordonnées de l’image échographique 2D dans le référentiel cartésien du bras robotisé. À partir de ces résultats, tout objet balayé par le système robotique peut être caractérisé pour une reconstruction 3D adéquate. Des fantômes vasculaires compatibles avec plusieurs modalités d’imagerie ont été utilisés pour simuler différentes représentations artérielles des membres inférieurs (article 2 - chapitre 4, article 3 - chapitre 5). La validation des géométries reconstruites a été effectuée à l`aide d`analyses comparatives. La précision pour localiser et quantifier les sténoses avec ce système robotisé d’imagerie échographique 3D a aussi été déterminée. Ces évaluations ont été réalisées in vivo pour percevoir le potentiel de l’utilisation d’un tel système en clinique (article 3- chapitre 5).

Validation d’une situation de stimulation suscitant des comportements stéréotypés et des intérêts restreints chez le jeune enfant autiste

Les comportements stéréotypés et les intérêts restreints sont des comportements à valeur diagnostique dans l’autisme. Pourtant, il y a des lacunes en clinique, dans la façon de détecter ces comportements, considérant l’absence d’instruments standardisés les suscitant et en recherche, dans la façon de documenter ces comportements pour arriver à les définir de façon opérationnelle. Cette thèse a pour objectif de mieux documenter, par une situation d’observation, les comportements stéréotypés et les intérêts restreints en bas âge dans l’autisme, et de permettre l’utilisation de cette situation en clinique. Deux étapes préliminaires ont permis de documenter les comportements stéréotypés et les intérêts restreints en bas âge dans l’autisme. La première, l’élaboration d’un questionnaire sur les comportements stéréotypés et les intérêts restreints et les objets qui les déclenchent complété par des experts dans le domaine. Ce questionnaire a permis de construire la grille de cotation et la situation de stimulation. La seconde la construction d’une grille de cotation qui apporte une définition opérationnelle des comportements stéréotypés et des intérêts restreints en bas âge dans l’autisme et vise à les colliger. L’étape principale de la présente recherche consiste en l’élaboration d’une situation de stimulation suscitant des comportements stéréotypés et des intérêts restreints par l’exposition à des objets qui les déclenchent. Cette situation a permis de documenter, par observation, les comportements stéréotypés et les intérêts restreints en bas âge dans l’autisme. La validation de la situation de stimulation a été appliquée auprès de deux groupes d’enfants âgés de 24 à 72 mois appariés en âge chronologique, 21 enfants portant un diagnostic d’autisme et 24 enfants au développement typique Les résultats montrent que la situation de stimulation est un instrument suffisamment sensible pour détecter des comportements stéréotypés et des intérêts restreints en bas âge dans l’autisme et d’identifier des objets d’intérêt. En effet, lors de l’exposition à la situation de stimulation, les enfants autistes se distinguent des enfants typiques sur la base du nombre et de la durée des comportements stéréotypés et des intérêts restreints qu’ils présentent. Les enfants autistes montrent une fréquence significativement plus élevé pour les CSIR suivants: maniérismes des mains et des doigts, crispation des doigts, sautillement, doigts dans la bouche, objets dans la bouche, exploration visuelle: regard rapproché, met les objets en mouvement non circulaire. Les enfants autistes se distinguent également des enfants typiques sur la base de l’exploration des objets, en fréquence et en durée, significativement, pour les objets: Bateau: marteau et balles et lettres et chiffres. Cette étude est la première qui passe par un protocole d’observation systématique, pour documenter les comportements stéréotypés et les intérêts restreints, ainsi que les objets qui les déclenchent, des objets d’intérêt, en bas âge dans l’autisme. Cette situation pourrait ultimement faire partie du processus d’évaluation diagnostique ou de dépistage de l’autisme permettant d’identifier en bas âge des enfants autistes ou à risque d’autisme.