Búsqueda de ancentros comunes entre genomas de diferentes especies

La cerca de similituds entre regions de diferents genomes ofereix molta informació sobre les relaciones entre les especies d’aquest genomes. Es molt útil per a l’estudi de la conservació de gens d’una especia a un altre, de com les propietats d’un gen son assignades a un altre gen o de com es creen variacions en genomes diferents durant l’evolució d’aquestes especies. La finalitat d’aquest projecte es la creació d’una eina per a la cerca d’ancestres comuns de diferents especies basada en la comparació de la conservació entre regions dels genomes d’aquestes especies. Per a una comparació entre genomes mes eficaç una part important del projecte es destinarà a la creació d’una nova unitat de comparació. Aquestes noves unitats seran superestructures basades en agrupació dels MUMs existent per la mateixa comparació que anomenarem superMUMs. La aplicació final estarà disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es

Desenvolupament d'un memetracker - rastrejador de notícies

El projecte es centra en el desenvolupament d'un recol·lector de notícies publicades a una llarga llista de blocs ampliada contínuament pel desenvolupador i pels usuaris, afegint els seus blocs preferits. L'aplicació desenvolupada realitza una recol·lecció contínua de notícies consultant les possibles novetats que apareguin en cada un dels blocs inscrits a l'aplicació. Se'ls hi aplica un classificador per idioma i per temàtica i es relaciona amb les altres notícies existents si aquestes parlen sobre el mateix tema. En l'aplicació desenvolupada hi ha la possibilitat d'escollir entre les temàtiques ofertes i en l'idioma que ha estat publicada la notícia. Pel desenvolupament del projecte s'ha desitjat que la plataforma sigui el més compatible possible amb la tecnologia actual fent servir diversos llenguatges de programació que han permès desenvolupar cada un dels algorismes necessaris pel desenvolupament global de l'aplicació; en ordre d'ús he fet servir Php, Matlab, Html, MySql, CSS3, Javascript i XML. s'ha de destacar que el projecte aporta una comoditat per tots aquells lectors de blocs que es troben tantes vegades amb notícies ja llegides en els diferents blocs que consulten.

Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs)

Las herramientas de análisis de secuencias genómicas permiten a los biólogos identificar y entender regiones fundamentales que tienen implicación en enfermedades genéticas. Actualmente existe una necesidad de dotar al ámbito científico de herramientas de análisis eficientes. Este proyecto lleva a cabo una caracterización y análisis del rendimiento de algoritmos utilizados en la comparación de secuencias genómicas completas, y ejecutadas en arquitecturas MultiCore y ManyCore. A partir del análisis se evalúa la idoneidad de este tipo de arquitecturas para resolver el problema de comparar secuencias genómicas. Finalmente se propone una serie de modificaciones en las implementaciones de estos algoritmos con el objetivo de mejorar el rendimiento.

Optimització d'una aplicacio bioinformàtica d'alineament de seqüències executada en processadors multi-core i many-core (GPUs)

Las aplicaciones de alineamiento de secuencias son una herramienta importante para la comunidad científica. Estas aplicaciones bioinformáticas son usadas en muchos campos distintos como pueden ser la medicina, la biología, la farmacología, la genética, etc. A día de hoy los algoritmos de alineamiento de secuencias tienen una complejidad elevada y cada día tienen que manejar un volumen de datos más grande. Por esta razón se deben buscar alternativas para que estas aplicaciones sean capaces de manejar el aumento de tamaño que los bancos de secuencias están sufriendo día a día. En este proyecto se estudian y se investigan mejoras en este tipo de aplicaciones como puede ser el uso de sistemas paralelos que pueden mejorar el rendimiento notablemente.

Acceleració d'operacions SQL en GPU

L'objectiu principal d'aquest projecte és avaluar la tecnologia GPU per determinar si pot ser útil en el sector de les bases de dades. En concret s'utilitza el problema específic de les consultes analítiques amb la finalitat de intentar obtenir un temps de resposta més ràpid. Per aconseguir-ho s'executa el benchmark estàndard TCP-H per poder realitzar la comparació entre tres sistemes de gestió de bases de dades CPU amb un altre implementat per GPU.

Integración de Hadoop con planificadores batch

Cada vez es mayor el número de aplicaciones desarrolladas en el ámbito científico, como en la Bioinformática o en las Geociencias, escritas bajo el modelo MapReduce, empleando herramientas de código abierto como Apache Hadoop. De la necesidad de integrar Hadoop en entornos HPC, para posibilitar la ejecutar aplicaciones desarrolladas bajo el paradigma MapReduce, nace el presente proyecto. Se analizan dos frameworks diseñados para facilitar dicha integración a los desarrolladores: HoD y myHadoop. En este proyecto se analiza, tanto las posibilidades en cuanto a entornos que ofrecen dichos frameworks para la ejecución de aplicaciones MapReduce, como el rendimiento de los clúster Hadoop generados con HoD o myHadoop respecto a un clúster Hadoop físico.

La representació de la dona en les pintures de Goya : Reflexe d'una realitat social?

Treball de recerca que pretén respondre les següents preguntes: La visió de Goya sobre l'univers femení, i que plasma en les seves pintures, correspon amb la realitat social de les dones de la seva època? Es diu que el segle XVIII va ésser el segle de les dones, però és això realment cert? Va ser el segle de les dones o bé el segle d'algunes dones? A través de dos itineraris paral·lels: la literatura d'una banda i les arts plàstiques de l'altra, s'explorarà la naturalesa d'aquest segle. La comparació de l'anàlisi documental i de dades iconogràfiques potser ens podran donar una resposta.

Sistema per protegir la privadesa dels usuaris dels motors de cerca d'Internet

Actualment seria impensable la existència d'una xarxa d'informació com Internet sense la existència dels motors de cerca. Gràcies a ells, qualsevol usuari tenim al nostre abast la possibilitat d'obtenir informació sobre qualsevol tema només enviant una consulta des dels nostres ordinadors i rebent una resposta en qüestió de segons. Entre els usuaris dels cercadors d'Internet és molt habitual que les consultes facin referència a la empresa on treballem, la ciutat on vivim, els llocs que visitem, o inclús sobre problemes que tenim o malalties que patim amb l'objectiu de trobar opinions, consells o solucions. En resum, els usuaris, a través de les nostres consultes, proporcionem a diari als motors de cerca informació sobre nosaltres mateixos i sobre la nostra identitat que, juntament amb la adreça IP de la màquina des d'on fem les nostres consultes, ens fa perdre l'anonimat dins dels seus sistemes. Sobre aquesta problemàtica és del que tracta el present Projecte de Final de Carrera. En ell s'ha implementat una solució de la proposta especificada per Alexandre Viejo i Jordi Castellà-Roca en la seva publicació "Using social networks to disort users' profiles generated by web search engines", en la qual es documenten una sèrie de protocols de seguretat i d'algorismes de protecció i distribució que garanteixen la privacitat de la identitat dels usuaris dins dels motors de cerca aprofitant per aquest fi la relació existent entre aquests usuaris a través de les xarxes socials.

Brain aging in the oldest-old.

Nonagenarians and centenarians represent a quickly growing age group worldwide. In parallel, the prevalence of dementia increases substantially, but how to define dementia in this oldest-old age segment remains unclear. Although the idea that the risk of Alzheimer's disease (AD) decreases after age 90 has now been questioned, the oldest-old still represent a population relatively resistant to degenerative brain processes. Brain aging is characterised by the formation of neurofibrillary tangles (NFTs) and senile plaques (SPs) as well as neuronal and synaptic loss in both cognitively intact individuals and patients with AD. In nondemented cases NFTs are usually restricted to the hippocampal formation, whereas the progressive involvement of the association areas in the temporal neocortex parallels the development of overt clinical signs of dementia. In contrast, there is little correlation between the quantitative distribution of SP and AD severity. The pattern of lesion distribution and neuronal loss changes in extreme aging relative to the younger-old. In contrast to younger cases where dementia is mainly related to severe NFT formation within adjacent components of the medial and inferior aspects of the temporal cortex, oldest-old individuals display a preferential involvement of the anterior part of the CA1 field of the hippocampus whereas the inferior temporal and frontal association areas are relatively spared. This pattern suggests that both the extent of NFT development in the hippocampus as well as a displacement of subregional NFT distribution within the Cornu ammonis (CA) fields may be key determinants of dementia in the very old. Cortical association areas are relatively preserved. The progression of NFT formation across increasing cognitive impairment was significantly slower in nonagenarians and centenarians compared to younger cases in the CA1 field and entorhinal cortex. The total amount of amyloid and the neuronal loss in these regions were also significantly lower than those reported in younger AD cases. Overall, there is evidence that pathological substrates of cognitive deterioration in the oldest-old are different from those observed in the younger-old. Microvascular parameters such as mean capillary diameters may be key factors to consider for the prediction of cognitive decline in the oldest-old. Neuropathological particularities of the oldest-old may be related to "longevity-enabling" genes although little or nothing is known in this promising field of future research.

Generación automática de código con WebRatio

L'aportació d'aquest PFC consistirà en el desenvolupament d'un programa informàtic que verifiqui els fonaments teòrics i els algorismes proposats pels seus autors i proporcionar una eina per a l'experimentació.

Estructura de datos avanzadas : clases disjuntas, montículos, árboles de búsqueda

En aquest treball s'amplia la implementació en Java de les estructures de dades iniciada per Esteve Mariné, utilitzant el seu disseny bàsic. Concretament, s'ha fet la programació de les estructures de a) classes disjuntes, utilitzant els algorismes de llistes encadenades i amb estructura d'arbre, b) monticles, amb els algorismes binari, binomial i de Fibonacci, i c) arbres de recerca basats en l'algorisme d'arbre binari vermell-negre, el qual complementa els dos ja existents amb algorismes d'encadenaments i AVL. Per a examinar l'evolució de les estructures, s'ha preparat un visualitzador gràfic interactiu amb l'usuari que permet fer les operacions bàsiques de l'estructura. Amb aquest entorn és possible desar les estructures, tornar a reproduir-les i desfer i tornar a repetir les operacions fetes sobre l'estructura. Finalment, aporta una metodologia, amb visualització mitjançant gràfics, de l'avaluació comparativa dels algorismes implementats, que permet modificar els paràmetres d'avaluació com ara nombre d'elements que s'han de tractar, algorismes que s'han de comparar i nombre de repeticions. Les dades obtingudes es poden exportar per a analitzar-les posteriorment.

Bingo Segur

L'aplicació 'Bingo Segur' ha estat una implementació pel cas del joc del bingo, del recurs de les cadenes hash esteses amb compromís de bit, que ens garanteix confidencialitat i autenticació de les dades.

The eusociality continuum

Eusocial societies are traditionally characterized by a reproductive division of labor, an overlap of generations, and cooperative care of the breeders' young. Eusociality was once thought to occur only in termites, ants, and some bee and wasp species, but striking evolutionary convergences have recently become apparent between the societies of these insects and those of cooperatively breeding birds and mammals. These parallels have blurred distinctions between cooperative breeding and eusociality, leading to calls for either drastically restricting or expanding wage of these terms. We favor the latter approach. Cooperative breeding and eusociality are not discrete phenomena, but rather form a continuum of fundamentally similar social systems whose main differences lie in the distribution of lifetime reproductive success among group members. Therefore we propose to array vertebrate and invertebrate cooperative breeders along a common axis, representing a standardized measure of reproductive variance, and to drop such (loaded) terms as ''primitive'' and ''advanced'' eusociality. The terminology we propose unites all occurrences of alloparental helping of kin under a single theoretical umbrella (e.g., Hamilton's rule). Thus, cooperatively breeding vertebrates can be regarded as eusocial, just as eusocial inverbrates are cooperative breeders. We believe this integrated approach will foster potentially revealing cross-taxon comparisons, which are essential to understanding social evolution in birds, mammals, and in sects.

Aplicació INERCIPHER

El programa INERCIPHER és una aplicació per realitzar el xifrat i desxifrat dels arxius i per verificar la integritat dels documents. Com a base per desenvolupar aquestes funcionalitats han estat utilitzats dos tipus de xifrat de clau compartida: xifrat en flux i xifrat en bloc.