Global distribution of Y-chromosome haplogroup C reveals the prehistoric migration routes of African exodus and early settlement in East Asia

The regional distribution of an ancient Y-chromosome haplogroup C-M130 (Hg C) in Asia provides an ideal tool of dissecting prehistoric migration events. We identified 465 Hg C individuals out of 4284 males from 140 East and Southeast Asian populations. We genotyped these Hg C individuals using 12 Y-chromosome biallelic markers and 8 commonly used Y-short tandem repeats (Y-STRs), and performed phylogeographic analysis in combination with the published data. The results show that most of the Hg C subhaplogroups have distinct geographical distribution and have undergone long-time isolation, although Hg C individuals are distributed widely across Eurasia. Furthermore, a general south-to-north and east-to-west cline of Y-STR diversity is observed with the highest diversity in Southeast Asia. The phylogeographic distribution pattern of Hg C supports a single coastal 'Out-of-Africa' route by way of the Indian subcontinent, which eventually led to the early settlement of modern humans in mainland Southeast Asia. The northward expansion of Hg C in East Asia started similar to 40 thousand of years ago (KYA) along the coastline of mainland China and reached Siberia similar to 15 KYA and finally made its way to the Americas. Journal of Human Genetics (2010) 55, 428-435; doi:10.1038/jhg.2010.40; published online 7 May 2010

Biomasas de las especies pelágicas de mayor abundancia en primavera 1999. Crucero BICs José Olaya Balandra y SNP-2 9911-12 de Punta Aguja a Punta Caballas

Se registra la biomasa de diez especies palágicas: anchoveta, sardina, jurel, caballa, samasa, falso volador, bagre, vinciguerria, múnida y pota

Distribución de los recursos pelágicos de mayo abundancia en la primavera 1999. Crucero BICs José Olaya Balandra y SNP-2 911-12 de Punta Aguja a Punta Caballas

El crucero realizado entre el 23 de noviembre y el 15 de diciembre de 1999, se observó la distribución de diez especies pelágicas.

La anchoveta y otros recursos pelágicos en el mar peruano a fines de 1999. Crucero BICs José Olaya Balandra y SNP-2 9911-12

Se observaron los cambios en la distribución, estructura poblacional y biomasa de los principales recursos pelágicos.

Male-specific contributions to the Brazilian population of Espirito Santo

Y chromosome markers have been widely studied due to their various applications in the fields of forensic and evolutionary genetics. In this study, 35 Y-SNPs and 17 Y-STRs were genotyped in 253 males from the State of Espirito Santo, Brazil. A total of 18 haplogroups and 243 haplotypes were detected; the haplogroup and haplotype diversities were 0.7794 and 0.9997, respectively. Genetic distance analysis using the Y-STR data showed no statistically significant differences between Espirito Santo and other admixed populations from Brazil. The classification of paternal lineages based on haplogroups showed a predominant European contribution (85.88 %), followed by African (11.37 %) and Amerindian (2.75 %) contributions.

Y-chromosome evidence of southern origin of the East Asian - Specific haplogroup O3-M122

The prehistoric peopling of East Asia by modern humans remains controversial with respect to early population migrations. Here, we present a systematic sampling and genetic screening of an East Asian-specific Y-chromosome haplogroup (O3-M122) in 2,332 individuals from diverse East Asian populations. Our results indicate that the O3-M122 lineage is dominant in East Asian populations, with an average frequency of 44.3%. The microsatellite data show that the O3-M122 haplotypes in southern East Asia are more diverse than those in northern East Asia, suggesting a southern origin of the O3-M122 mutation. It was estimated that the early northward migration of the O3-M122 lineages in East Asia occurred similar to 25,000-30,000 years ago, consistent with the fossil records of modern humans in East Asia.

Estudo da ancestralidade paterna em amostras de populações do Estado do Rio de Janeiro e do Oeste Africano: uma dinâmica populacional

O uso de marcadores do tipo STR e SNP tem se revelado de grande importância na discriminação entre indivíduos de uma mesma população, assim como para estudos evolutivos. A utilização de um conjunto de 17 STRs e 46 SNPs específicos de cromossomo Y permitiu a caracterização de um conjunto de amostras representativas das populações do Rio de Janeiro e do oeste africano, com uma avaliação mais ampla sobre a ancestralidade de origem paterna. Na primeira parte deste estudo foram analisados 605 indivíduos do sexo masculino do estado do Rio de Janeiro. Como resultado, não foram observadas diferenças significativas entre as populações do sudeste e do Rio de Janeiro, que apresentou uma alta diversidade de haplótipos (0,9999 0,0001) e de haplogrupos (0,7589 0,0171). A comparação da população miscigenada do Rio de Janeiro com diferentes grupos étnicos ou populacionais mostrou que a frequência de indivíduos com marcadores tipicamente Europeus é de 77%, africanos é de 14,87% e em ameríndios é de 2,31%. A segunda parte do estudo revelou uma grande diversidade haplotípica (1,0000 0,0018) numa amostra do Oeste africano. Quanto ao valor da diversidade de haplogrupos (0,6895 0,0200), este foi similar aos observados em populações de origem Bantu do oeste e centro africanos, principalmente de Benin, Nigéria e Costa do Marfim. A terceira parte deste estudo mostrou que não existem diferenças significativas entre o componente africano da amostra do Rio de Janeiro e as populações africanas do sudeste, oeste e centro oeste. Por outro lado, observamos diferenças significativas quando comparamos o componente africano do Rio de Janeiro e o oeste africano com populações de Uganda, Quênia e África do Sul. A ampliação de estudos genéticos nas populações da África se fazem necessários para o entendimento da diversidade genética no mundo. Este trabalho contribuiu para fornecer mais alguns dados genéticos, que podem ser somados aos estudos mundiais que estão sendo realizados, ampliando os nossos conhecimentos sobre a formação das populações que também foram influenciadas pelo fenômeno da Diáspora Africana.

Molecular markers and human history: A tale of two haplogroup systems

To chronicle demographic movement across African Asian corridors, a variety of molecular (sequence analysis, restriction mapping and denaturing high performance liquid chromatography etc.) and statistical (correspondence analysis, AMOVA, calculation of diversity indices and phylogenetic inference, etc.) techniques were employed to assess the phylogeographic patterns of mtDNA control region and Y chromosomal variation among 14 sub-Saharan, North African and Middle Eastern populations. The patterns of genetic diversity revealed evidence of multiple migrations across several African Asian passageways as well within the African continent itself. The two-part analysis uncovered several interesting results which include the following: (1) a north (Egypt and Middle East Asia) to south (sub-Saharan Africa) partitioning of both mtDNA and Y chromosomal haplogroup diversity, (2) a genetic diversity gradient in sub-Saharan Africa from east to west, (3) evidence in favor of the Levantine Corridor over the Horn of Africa as the major genetic conduit since the Last Glacial Maximum, (4) a substantially higher mtDNA versus Y chromosomal sub-Saharan component in the Middle East collections, (5) a higher representation of East versus West African mtDNA haplotypes in the Arabian Peninsula populations versus no such bias in the Levant groups and lastly, (6) genetic remnants of the Bantu demographic expansion in sub-Saharan Africa. ^

Condiciones oceanográficas frente a las costas del Perú en mayo 2000

Se analizan las condiciones oceanográficas observadas durante el III Crucero Regional Conjunto de Investigación Oceanografía en el Pacifico Sudeste, Perú, realizado a bordo de los BICs Humboldt (12 - 25 mayo) y SNP-2 (15 mayo - I junio 2000).

Fitoplancton del mar peruano en la primavera austral 2002

El Crucero de Evaluación de Recursos Pelágicos 0209-11 de los BIC’s Humboldt, Olaya y SNP-2 abarcó de Paita a IIo; se colectó 158 muestras de fitoplancton, 126 para análisis semi cuantitativo y 32 para análisis cuantitativos. El promedio de biomasa planctónica fue 1,01 mL.m-3, con núcleos de alta concentración al norte (5–6 y 7-8°S) dentro de las 30 mn. El fitoplancton fue predominante en el 37% del área evaluada con dominancia de Coscinodiscus perforatus, C. excentricus, Actinocyclus sp., Thalassiosira rotula, Pseudonitzschia pungens, Detonula confervacea, Pleurosigma sp. y Ditylum brightwellii, asociadas a especies de fase temprana en sucesión (Chaetoceros spp.). Las mayores concentraciones celulares (500x103 cel.L-1) se localizaron en los perfiles de Atico con abundancia de fitoflagelados y en Paita de diatomeas. Ceratium breve, indicador de AES se localizó al norte de los 8°S y por fuera de las 100 mn; y un pequeño núcleo frente a Huacho y Chancay por el desplazamiento de esa masa de agua. Ceratium praelongum, indicador de ASS presentó un ligero acercamiento en Callao a 30 mn y en San Juan a 60 mn. Protoperidinium obtusum, indicador de ACF amplió su distribución debido a la intensificación de los afloramientos.

Evaluación de los recursos pelágicos: anchoveta, sardina, jurel y caballa en primavera 1989 : Crucero de evaluacion acustica BIC/SNP-1 8911-12 (Chicama - Punta Doña Maria)

Describe los principales resultados obtenidos en el Crucero evaluación de recursos pelágicos, efectuado a bordo del BIC/SNP-1 del 14 de noviembre de 1989, entre Chicama y Punta Doña María, constituyendo la segunda prospección planificada dentro del marco del proyecto Evaluación de los recursos: anchoveta, sardina, jurel y caballa, auspiciado por el Instituto del mar del Perú y la Comunidad económica europea.

Biomasa desovante de la anchoveta y condiciones oceanográficas. Crucero 9408- 10 BIC SNP-1 y bolicheras

Describe las actividades realizadas en el crucero de evaluación de biomasa desovante de anchoveta y sardina, realizadas desde el 11 de agosto al 4 de octubre de 1994, con el objetivo de evaluar a las poblaciones desovantes de la anchoveta y sardina del litoral, para lo cual exploró el área comprendida entre los 10°00 'S y 17°30 'S, llegando hasta las 102 mm de la costa. Los registros acústicos mostraron que la distribución de la anchoveta fue amplia, desde las 02 hasta las 102 millas de la costa, formando grandes áreas de concentración, principalmente frente a Chimbote, Salaverry, Chicama y Pimentel y en menor densidad entre Huarmey y Pisco. La sardina en cambio se presentó en pequeñas áreas dispersas entre Pimentel y Paita, desde las 15mn hasta las 102 millas de distancia de la costa. Las concentraciones y distribución de la especie no permitieron realizar el estimado de biomasa desovante. La Biomasa desovante estimada para ala anchoveta mediante el Método de Producción de huevos es de 6,9 millones de toneladas, con una producción de 15,12 E + 13 huevos por día. La temperatura superficial del mar fluctuó entre 15.0 y 20,4° C. En general, en todo el litoral se observó una tendencia homogénea, con algunos incrementos de carácter temporal al inicio de la primavera.

Las comunidades benticas entre los 03º y 09º S en mayo de 1995 (Cr. BIC SNP-1, 9505-06)

Estudio de la estructura de las comunidades bentónicas sublitorales de fondo blando mediante el análisis de 11 muestras de draga colectadas entre los 03°38 ' y 09°16 'S, entre el 12 y 19 de mayo de 1995. Se determinó la biodiversidad a nivel de especies de macrobentos para las subáreas A, B, C, D. Se evaluó el nivel de similaridad entre las 11 estaciones analizadas a nivel de grupos taxonómicos (Polychaeta, Crustacea, Mollusca, Nemertinea y otros), así como la relación entre el nivel de estrés de las comunidades de las subáreas latitudinales A, B, C, D y la agremiación en el grupo dominante (Polychaeta). Fueron diferenciadas un total de 73 especies macrobénticas de las cuales el 64,38% pertenece a la clase Polychaeta. El patrón de distribución de las biomasas totales del macrobentos es más simple que el de las abundancias, con una tendencia a la ubicación de los valores máximos al norte de los 04° S. Se comprueba una relación inversa entre el grado de agremiación y el nivel de estrés medido con el índice SEP.