Tecnología Nanopore para la secuenciación de DNA

Nanopore-based sequencer will open the path to the fourth-generation DNA sequencing technology. The main differences between this technique and the previous ones are: DNA molecule that will be sequenced does not need a previous amplification step, is not necessary any type of specific label both molecular adaptors, and it has been abolished enzymatic process in the nucleotide sequence identification event. These differences have as result a more economic method since don’t spend the necessary reagents for the previous techniques, furthermore it lets to sequence samples with a low DNA concentration. This technique is based in the use of a membrane with a biologic nanopore inserted in it whereby the molecule to analyze (analyte) it made to pass, this membrane is placed between two reservoirs containing ions, when an external volatage is applied in both sides this lead to an ion current through the nanopore. When an analyte cross the nanopore the ion current is modified, that modification in the amplitude and duration of ion current determine the physical and chemical properties of that analyte. By means of subsequent statistical analyzes it can be determined to what sequence own this ion current blockade patterns. More used nanopores are the biologic ones, although they are working to develop synthetic nanopores. The main biologic nanopores are: α-Hemolysin from Staphylococcus aureus (α-HL), Mycobacterium smegmatis porin A (MspA) and bacteriophage phi29 pore (phi29). Α-HL and MspA have in their narrowest point a diameter similar to nucleotide size, they are functional at high temperature both wide range of pH (2-12) but MspA is able to read four nucleotide at the same time while α- HL just can read one by one. Finally, phi29 present a bigger diameter what let to get information about DNA spatial conformation and their interaction with proteins (Feng et al., 2015). Nowaday Oxford Nanopore Technologies (ONT) is the only company which has developed Nanopore technology; they have two devices available to sequencing (PromethION and MinION). The MinION is a single-use DNA sequencing device with the size of a USB memory with a total of 3000 nanopores that can sequence until 200kb. The PrometheION is big size sequencer that own 48 different cells, what let to sequence different samples at the same time, with a total of 144.000 nanopores and reading of several megabases (https://www.nanoporetech.com/). The high processivity and low cost become this technique in a great option to massive- sequencing.

Marcadores tumorales (p53 y Ki67) en la secuencia metaplasia, displasia, adenocarcinoma en el esófago de Barrett

La Enfermedad de Reflujo Gastroesofágico (ERGE) constituye en gastroenterología, junto con el síndrome de intestino irritable y la dispepsia, la patología de más alta prevalencia. El reflujo gastroesofágico (RGE) crónico y severo puede conducir a lesiones de la mucosa del esófago distal, objetivables endoscópicamente, como Erosiones, Estenosis, Ulceras y Metaplasia Columnar. La Metaplasia Columnar (reemplazo del epitelio esofágico por epitelio columnar) puede ser del tipo Cardial (transicional), Gástrico Fúndico o Intestinal. La Metaplasia Intestinal (MI) se denomina Esófago de Barrett, y es una condición precancerosa con alta prevalencia (del 5 al 20%). En nuestra casuística de los últimos años gira siempre alrededor del 20%. La historia natural de la Enfermedad por Reflujo Gastroesofágico es la siguiente: RGE – metaplasia cardial del epitelio esofágico – carditis por reflujo - metaplasia intestinal – displasia – adenocarcinoma. ¿Cómo se podría modificar esta historia natural?. A través de la prevención, la detección precoz y el desarrollo de terapéuticas efectivas. La lesión histológica que aparece precediendo, y/o acompañando al adenocarcinoma (ACa) , es la displasia (D), definida como una alteración citoarquitectural de los tejidos y de las células, muchas veces imprecisa y subjetiva, y que puede ser de bajo (DBG) y de alto grado (DAG). Como acercamiento al diagnóstico temprano del ACa, además de la búsqueda de displasia, es posible detectar alteraciones moleculares o genéticas en los tejidos, mediante técnicas inmunohistoquímicas, utilizando ciertos tipos de Marcadores Tumorales (MT). El objetivo principal de este trabajo es la detección precoz (diagnóstico temprano del cáncer) en el esófago de Barrett en nuestro medio, mediante la utilización de los mencionados MT.

Sistema de información SIGARQ: desarrollo de un aplicativo S.I.G. para la gestión de la secuencia estratigráfica de una intervención arqueológica

El Sistema de Información Geográfica Arqueológico (SIGARQ), pretende ser una herramienta que permita integrar, gestionar y analizar todos aquellos datos procedentes de cualquier tipo de intervención arqueológica independientemente de la naturaleza del elemento patrimonial a estudiar y de la técnica de trabajo empleada en la intervención. Al mismo tiempo ha de permitir contextualizar cada una de las intervenciones y sus resultados en un marco geográfico más extenso. De esta manera, el proyecto actual también supone un avance de las potencialidades del sistema de cara a la gestión patrimonial del territorio y los estudios de carácter paisajístico.

Optimización de la secuencia de difusión en RM 3T con modelo multifactorial IVIM en el estudio de la próstata.

La utilització de la seqüència de difusió en RM 3T amb un model multifactorial IVIM (Intravoxel Incoherent Motion) ofereix la possibilitat d'estudiar per separat la caiguda del senyal deguda a la difusió pròpiament dita, de la deguda als nuclis d'H de l'aigua lliure que es mouen en la xarxa de microcapil•lars del volum estudiat. Mostrem la nostra experiència en la implementació del model IVIM en l'estudi de la pròstata, demostrant que pot resultar útil en la comparació del teixit prostàtic respecte al teixit patològic amb diferències inicials estadísticament significatives, sent superior al càlcul de l'ADC.

Especificación e implementación de una librería para el estudio de la secuencia de excentricidades de un grafo

Implementación de una librería en Java capaz de calcular grafos conexos, incluidos todos los grafos conexos no isomorfos a un orden dado y sus respectivas tablas de secuencias de excentricidades (para órdenes pequeños). Aparte se ha realizado un estudio del sistema Nauty y se han utilizado sus ficheros auxiliares.

La secuencia onírica y la construcción de la interioridad en la ficción serial contemporánea.

El presente trabajo trata sobre el imaginario de la interioridad en el contexto de la ficción serial contemporánea. Sin establecer una ruta definida por una variable formal determinada (autor, género, corriente estilísitca, etc.) enfocaré este estudio en el recurso expresivo de la secuencia onírica, entendiendo por tal no sólo la filmación de escenas pertenecientes al ámbito del sueño sino también a la recreación del delirio, la alucinación, las visiones, etc.En un sentido amplio, dada la naturaleza del tema escogido, se hará necesaria una reflexión sobre la relación entre vigilia, sueño, tiempo e identidad, así como una reflexión sobre el modo en que la redefinición de estos conceptos desencadena paralelamente una nueva relación de los componentes narrativos con el relato mismo.

Programación de la producción en un sistema flow shop híbrido sin esperas y tiempos de preparación dependientes de la secuencia.

Se estudia la programación de la producción en sistemas flow shop híbrido con tiempos depreparación dependientes de la secuencia de piezas a fabricar. Las piezas pueden pertenecer adiferentes familias y las máquinas requerirán un tiempo de preparación cada vez que se debacambiar de familia. Se han desarrollado procedimientos heurísticos para el caso monocriterio enel que el objetivo buscado en la programación de la producción es la minimización del retrasomedio, equivalente a minimizar la suma de retrasos de las piezas, y para el caso bicriterio en elque se tendrá en cuenta tanto la minimización de una función objetivo formada por la sumaponderada del retraso medio más la suma de los tiempos medios de proceso. Además se hanadaptado los métodos implementados para trabajar bajo la restricción nowait.

Programación de pedidos en una máquina de la vida real con tiempos de preparación dependientes de la secuencia

En este trabajo se evalúan algoritmos heurísticos de exploración de entornos(AED, ANED, SA, TS, GA y GRASP) en la programación de pedidos en unamáquina de la vida real, con el objetivo de minimizar la suma de retrasos . Elcaso estudiado se diferencia de los problemas convencionales en que lostiempos de preparación de las operaciones están separados de los tiempos deprocesamiento y son dependientes de la secuencia. Los resultadoscomputacionales revelan que la Búsqueda Tabú funciona mejor que los otrosalgoritmos aplicados.

Secuencia de procesamiento de aceros de maquinaria.

Tesis (Maestría en Ciencias de la Ingeniería Mecánica con Especialidad en Diseño Mecánico) UANL

Secuencia de procesamiento de aceros inoxidables martensíticos [por] Buenaventura Javier Flores Rodríguez

Tesis (Maestría en Ciencias de la Ingeniería Mecánica con Especialidad en Materiales) U.A.N.L.

Secuencia de procesamiento de aceros de herramientas [por] Paulino Flores Saavedra

Tesis (Maestría en Ciencias de la Ingeniería Mecánica con Especialidad en Materiales) - U.A.N.L, 1996

Reestructuración en la secuencia de los contenidos del programa de Biología II módulo IV con base en los supuestos teóricos del aprendizaje significativo : propuesta didáctica

[Tesis] ( Maestría en Enseñanza de las Ciencias con Especialidad en Biología ) U.A.N.L.

Una secuencia didáctica para un concepto unificador en un curso de álgebra lineal de un programa de formación a la ingeniería

L’introduction aux concepts unificateurs dans l’enseignement des mathématiques privilégie typiquement l’approche axiomatique. Il n’est pas surprenant de constater qu’une telle approche tend à une algorithmisation des tâches pour augmenter l’efficacité de leur résolution et favoriser la transparence du nouveau concept enseigné (Chevallard, 1991). Cette réponse classique fait néanmoins oublier le rôle unificateur du concept et n’encourage pas à l’utilisation de sa puissance. Afin d’améliorer l’apprentissage d’un concept unificateur, ce travail de thèse étudie la pertinence d’une séquence didactique dans la formation d’ingénieurs centrée sur un concept unificateur de l’algèbre linéaire: la transformation linéaire (TL). La notion d’unification et la question du sens de la linéarité sont abordées à travers l’acquisition de compétences en résolution de problèmes. La séquence des problèmes à résoudre a pour objet le processus de construction d’un concept abstrait (la TL) sur un domaine déjà mathématisé, avec l’intention de dégager l’aspect unificateur de la notion formelle (Astolfi y Drouin, 1992). À partir de résultats de travaux en didactique des sciences et des mathématiques (Dupin 1995; Sfard 1991), nous élaborons des situations didactiques sur la base d’éléments de modélisation, en cherchant à articuler deux façons de concevoir l’objet (« procédurale » et « structurale ») de façon à trouver une stratégie de résolution plus sûre, plus économique et réutilisable. En particulier, nous avons cherché à situer la notion dans différents domaines mathématiques où elle est applicable : arithmétique, géométrique, algébrique et analytique. La séquence vise à développer des liens entre différents cadres mathématiques, et entre différentes représentations de la TL dans les différents registres mathématiques, en s’inspirant notamment dans cette démarche du développement historique de la notion. De plus, la séquence didactique vise à maintenir un équilibre entre le côté applicable des tâches à la pratique professionnelle visée, et le côté théorique propice à la structuration des concepts. L’étude a été conduite avec des étudiants chiliens en formation au génie, dans le premier cours d’algèbre linéaire. Nous avons mené une analyse a priori détaillée afin de renforcer la robustesse de la séquence et de préparer à l’analyse des données. Par l’analyse des réponses au questionnaire d’entrée, des productions des équipes et des commentaires reçus en entrevus, nous avons pu identifier les compétences mathématiques et les niveaux d’explicitation (Caron, 2004) mis à contribution dans l’utilisation de la TL. Les résultats obtenus montrent l’émergence du rôle unificateur de la TL, même chez ceux dont les habitudes en résolution de problèmes mathématiques sont marquées par une orientation procédurale, tant dans l’apprentissage que dans l’enseignement. La séquence didactique a montré son efficacité pour la construction progressive chez les étudiants de la notion de transformation linéaire (TL), avec le sens et les propriétés qui lui sont propres : la TL apparaît ainsi comme un moyen économique de résoudre des problèmes extérieurs à l’algèbre linéaire, ce qui permet aux étudiants d’en abstraire les propriétés sous-jacentes. Par ailleurs, nous avons pu observer que certains concepts enseignés auparavant peuvent agir comme obstacles à l’unification visée. Cela peut ramener les étudiants à leur point de départ, et le rôle de la TL se résume dans ces conditions à révéler des connaissances partielles, plutôt qu’à guider la résolution.

Comportamiento creativo: efectos de la variabilidad y secuencia del entrenamiento

Diversos estudios han reportado que cuando existe variabilidad en las condiciones de entrenamiento el éxito en la transferencia de lo aprendido es mayor que cuando las condiciones de entrenamiento son constantes. Es viable suponer que exponer a los participantes a ambos tipos de entrenamiento y en diferente secuencia, se observarán efectos diferentes a los reportados hasta ahora. En el presente estudio participaron 10 estudiantes que fueron aleatoriamente asignados a uno de dos grupos experimentales: Grupo CC-VV y Grupo VV-CC. Los resultados muestran que durante el entrenamiento, al margen de la secuencia, los porcentajes de respuestas correctas más elevados se presentan bajo condiciones constantes. En pruebas de transferencia se observa que la transferencia de lo aprendido durante el entrenamiento es baja cuando CC es el primer entrenamiento recibido. Los resultados en pruebas de comportamiento creativo no arrojaron diferencias significativas entre los grupos aunque se observa mejor ejecución en el Grupo VV-CC. Los hallazgos amplían la información sobre la contribución de la variabilidad del entrenamiento sobre la emergencia de comportamiento creativo y adicionalmente se demuestra existencia de reversibilidad y efectos de secuenciación.

Secuencia acinesia/hipocinesia fetal

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