Detecção do gene de peroxidase em sementes de soja pela reação da polimerase em cadeia (PCR)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Reação de polimerização em cadeia

Apresenta a técnica da Reação de Polimerização em Cadeia (PCR), método de rotina para isolar rapidamente sequências específicas a partir de uma mistura complexa de sequências genômicas ou de cDNAs, com sua evolução desde a primeira apresentação em um encontro científico até a metodologia atual. Lista os sete componentes básicos para o PCR e as três fases que ocorrem no termociclador, desnaturação do DNA, anelamento do primer e extensão da coenzima. Por meio de uma animação, indica o que ocorre com o DNA dentro do termociclador, até o trigésimo ciclo, com a formação de aproximadamente 1 bilhão da sequência alvo desejada. Em um laboratório, realiza toda a metodologia e análise do PCR e ensina como visualizar o DNA usando a técnica de eletroforese em gel e corantes, analisando o resultado e indicando a aplicação do PCR no setor sucroalcooleiro.

Extração de DNA de materiais de arquivo e fontes escassas para utilização em reação de polimerização em cadeia (PCR)

Este trabalho visou a comparação de cinco métodos diferentes de extração de DNA de materiais de arquivo (tecidos incluídos em parafina, esfregaços de sangue periférico - corados e não corados com Leishman, lâminas com mielogramas, gotas de sangue em Guthrie Card) e de fontes escassas (células bucais, um e três bulbos capilares e 2 mL de urina), para que fossem avaliadas a facilidade de aplicação e a facilidade de amplificação deste DNA pela técnica da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os métodos incluíram digestão por proteinase K, seguida ou não por purificação com fenol/clorofórmio; Chelex 100® (BioRad); Insta Gene® (BioRad) e fervura em água estéril. O DNA obtido foi testado para amplificação de três fragmentos gênicos: Brain-derived neutrophic factor (764 pb), Factor V Leiden (220 pb) e Abelson (106 pb). de acordo com o comprimento do fragmento gênico estudado, da fonte potencial de DNA e do método de extração utilizado, os resultados caracterizaram o melhor caminho para padronização de procedimentos técnicos a serem incluídos no manual de Procedimentos Operacionais Padrão do Laboratório de Biologia Molecular do Hemocentro - HC - Unesp - Botucatu.

Extração de DNA de material de arquivo e fontes escassas para utilização em reação de polimerização em cadeia (PCR)

Pós-graduação em Fisiopatologia em Clínica Médica - FMB

Leishmania spp. parasite isolation through inoculation of patient biopsy macerates in interferon gamma knockout mice

Isolation of Leishmania parasite and species identification are important for confirmation and to help define the epidemiology of the leishmaniasis. Mice are often used to isolate pathogens, but the most common mouse strains are resistant to infection with parasites from the Leishmania (Viannia) subgenus. In this study we tested the inoculation of interferon gamma knockout (IFNγ KO) mice with biopsy macerates from Leishmania-infected patients to increase the possibility of isolating parasites. Biopsies from twenty five patients with clinical signs of leishmaniasis were taken and tested for the presence of parasites. Immunohistochemical assay (IHC) and conventional histopathology detected the parasite in 88% and 83% of the patients, respectively. Leishmania sp. were isolated in biopsy macerates from 52% of the patients by culture in Grace's insect medium, but 13% of isolates were lost due to contamination. Inoculation of macerates in IFNγ KO mice provides isolation of parasites in 31.8% of the biopsies. Most isolates belong to L. (Viannia) subgenus, as confirmed by PCR, except one that belongs to L. (Leishmania) subgenus. Our preliminary results support the use of IFNγ KO mice to improve the possibility to isolate New World Leishmania species.

Prevalência de achados sugestivos de papilomavírus humano (HPV) em biópsias de carcinoma espinocelular de cavidade oral e orofaringe: estudo preliminar

O papilomavírus humano (HPV) é universalmente aceito como agente causal do câncer de colo uterino e, recentemente, vem se especulando sobre sua possível relação com câncer oral e de orofaringe. O carcinoma espinocelular (CEC) oral representa 90% de todos os tumores malignos que afetam a cavidade bucal. Estudos sobre a prevalência de HPV em pacientes com CEC variam de 0 a 100%. O efeito citopático viral mais conhecido é a coilocitose, considerado "critério maior" na infecção pelo HPV do ponto de vista histopatológico. OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi verificar a prevalência de achados sugestivos de HPV - coilocitose - em CEC oral e de orofaringe. FORMA DE ESTUDO: coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: Foram examinadas no microscópio 20 lâminas com o diagnóstico de CEC de cavidade oral ou orofaringe sendo que em 15 delas foi encontrada coilocitose, correspondendo a 75%. RESULTADO: Apesar de termos conhecimento que o método com maior sensibilidade atual para pesquisa de HPV ser a reação de polimerase em cadeia (PCR), iniciamos esta pesquisa com a investigação de coilocitose, o que é muito sugestivo de infecção por HPV. CONCLUSÃO: O estudo em questão trata-se de um projeto-piloto pois será dada continuidade a esta pesquisa através da realização de PCR a fim de confirmar a alta prevalência de infecção por HPV em CEC oral e de orofaringe.

Pesquisa do vírus herpes simples na saliva de pacientes com paralisia facial periférica de Bell

Os primeiros herpes-vírus a serem descritos foram os tipos 1 e 2, cuja denominação é herpes simplex 1 e 2 ou HSV-1 e HSV-2. Estes vírus possuem características biológicas particulares, tais como a capacidade de causar diferentes tipos de doenças, assim como estabelecer infecções latentes ou persistentes por toda a vida dos hospedeiros e de serem reativados causando lesões que podem se localizar no sítio da infecção primária inicial ou próxima a ele. Postula-se que a reativação deste vírus no gânglio geniculado esteja relacionada com a paralisia de Bell. Nesta situação, os vírus, que estariam latentes neste gânglio, sofreriam reativação e replicação difundindo-se pelo nervo facial e seus ramos, dentre eles o nervo corda do tímpano, que ao estimular a secreção salivar possibilitaria a identificação do DNA viral na saliva dos pacientes. Até recentemente, um grande número de pacientes eram diagnosticados como portadores de uma forma desta paralisia, chamada de idiopática ou de paralisia de Bell. Com o advento da técnica de estudo do DNA viral pelo método da reação da polimerase em cadeia (PCR), diversos autores encontraram DNA do vírus herpes simplex tipo I no líquido cefalorraquidiano, na secreção lacrimal, na saliva e nos gânglios geniculados de pacientes com paralisia de Bell. OBJETIVO: observar a prevalência do vírus herpes simplex tipo I pela técnica de PCR, na saliva de pacientes com PFP de Bell, relacionando-a com a evolução clínica destes casos. METODOLOGIA: Avaliamos 38 pacientes portadores de Paralisia Facial Periférica de Bell, que foram submetidos a anamnese, exame médico geral e otorrinolaringológico e coleta de saliva para detecção do DNA viral pela técnica de PCR. O grupo controle correspondeu a 10 adultos normais. RESULTADOS: Obtivemos positividade para o DNA viral em 11 casos dos 38 avaliados, o que corresponde a 29% da amostra. Este resultado foi estatisticamente significante se comparado ao grupo controle, no qual não foi obtido nenhum caso de positividade. CONCLUSÃO: Concluiu-se que a presença do HSV-1 na saliva de pacientes portadores de PFP de Bell indica que a reativação viral pode ser a etiologia desta doença. A detecção do vírus na saliva destes pacientes não influencia o prognóstico da doença.

Hepatite C: prevalência e fatores de risco entre portadores do VIH/SIDA em Belém, Pará, na Amazônia brasileira

Este trabalho objetivou investigar a prevalência de infecção pelo vírus da hepatite C e identificar possíveis fatores de risco para sua transmissão, em 406 indivíduos portadores do vírus da imunodeficiência humana, maiores de dezoito anos de idade, atendidos na rede pública de saúde da cidade de Belém, Pará, situada na Amazônia brasileira. Os exames referentes ao anti-VHC foram realizados pelo método de Elisa e a pesquisa do VHC RNA através da reação de polimerase em cadeia. A prevalência de infecção, atual ou pregressa, pelo vírus da hepatite C foi de 16% (IC: 12,4 - 19,6). A análise multivariada mostrou associação do vírus C com as variáveis idade, cujo risco significante recaiu no grupo com cinqüenta ou mais anos (OR=9,75), antecedente de transfusão de sangue (OR=4,74) e uso de droga ilícita injetável (OR=149,28). A prevalência do vírus da hepatite C entre os usuários de drogas injetáveis foi de 83,7% e de 22,1% na população de transfundidos. Estes resultados indicam a efetiva transmissão do vírus C através da exposição percutânea e reafirmam o grande potencial de risco para hepatite C contido no uso injetável de drogas ilícitas.

Detecção e tipagem de vírus dengue em Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) na Cidade de Manaus, Estado do Amazonas

O estudo teve por objetivo a detecção e tipagem do vírus dengue, nos vetores Aedes aegypti. Durante o período de dezembro de 2005 a dezembro de 2006, foram coletados 8.984 mosquitos, em 46 bairros da Cidade de Manaus abrangendo todas as zonas geográficas da cidade. Destes, 819 eram Aedes aegypti (414 fêmeas e 405 machos). As fêmeas de Aedes aegypti foram agrupadas em pools de 1 a 10 mosquitos totalizando 138 pools, sendo que 111 pools foram positivos para DENV 3. Porém, um pool mostrou-se positivo para dois sorotipos, DENV 1 e DENV 3. A prevalência de Aedes aegypti infectados com DENV 3, na Cidade de Manaus foi de 53%. Entretanto, a prevalência por zona foi de 70% no Centro-oeste, 60% no Sul, 53% no Oeste, 47% no Centro-Sul, 30% no Norte e 23% na zona Leste. O monitoramento da circulação viral em mosquitos com o uso da técnica da transcrição reversa-reação da polimerase em cadeia que permite o conhecimento prévio dos níveis de disseminação viral em determinadas áreas contribuindo para determinar os locais para aplicar as medidas de prevenção e controle.

Sobrevivência de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis em manipueira sob condições ambientais

O objetivo deste trabalho foi avaliar a sobrevivência de um isolado de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam), resistente ao sulfato de estreptomicina, em manipueira incubada em condições ambientais, em três épocas (março, julho e outubro de 2000). Foram utilizados um meio de cultura semi-seletivo para o isolamento de X. axonopodis pv. manihotis e a técnica de reação de polimerase em cadeia (PCR) ou de amplificação biológica (BIO-PCR). Foram determinados o pH e a acidez total da manipueira durante o período de incubação estudado. O isolado sobreviveu por um período inferior a 24 horas, nas três épocas do ano. A técnica de PCR ou BIO-PCR não foi eficaz em monitorar a sobrevivência do isolado em manipueira, pois apresentou resultados contraditórios e não confiáveis. Observou-se queda do pH e aumento da acidez total da manipueira incubada nas condições estudadas, que pode explicar o comportamento da sobrevivência de Xam em manipueira.

Caracterização morfológica e identificação molecular de isolados de Fusarium graminearum associados à giberela do trigo e triticale no sul do Brasil

A giberela ou fusariose da espiga é uma das principais doenças do trigo e triticale no sul do Brasil. A espécie de fungo Fusarium graminearum é citada como agente causal da doença, muito embora, em outros países, outras espécies de Fusarium também estejam associadas à doença. No País, não existem relatos de levantamentos de espécies associadas à doença. O objetivo deste trabalho foi identificar espécies de Fusarium associados à giberela do trigo e triticale procedentes do sul do Brasil, com base na morfologia e no emprego da reação da polimerase em cadeia (PCR) baseada em oligonucletídeos específicos para espécies de Fusarium. A patogenicidade dos isolados em trigo foi avaliada em espigas de plantas cultivadas em casa de vegetação. Os 20 isolados monospóricos analisados, obtidos de espigas doentes e sementes, foram identificados como F. graminearum.

Infecção latente de Didymella bryoniae em meloeiro nobre

Didymella bryoniae, agente causal da podridão gomosa, é um importante patógeno em meloeiro nobre, em cultivo protegido e recentemente, resultados de alguns trabalhos têm evidenciado a ocorrência de infecção latente de D. bryoniae em meloeiro, sem, no entanto, registrar a comprovação. Objetivou-se com este trabalho constatar a ocorrência de infecção latente de D. bryoniae, em plantas dos híbridos de meloeiro nobre Sunrise, Bônus II e Prince Hakucho assintomáticas. Empregou-se a técnica de reação da polimerase em cadeia (PCR), com o conjunto de 'primers' D7S, D6 e UNLO28822, que amplificam regiões do DNA e distinguem D. bryoniae de outras espécies similares e de outros microrganismos comuns. Em todos os híbridos testados, constatou-se a presença de D. bryoniae no caule de plantas assintomáticas, através da amplificação das regiões específicas delimitadas pelos 'primers' utilizados.

Caracterização de isolados de Diplodia pinea da região Sul do Brasil por meio da compatibilidade micelial e de marcadores RAPD

RESUMO O objetivo do trabalho foi caracterizar quatro isolados de Diplodiapinea da região Sul do Brasil e estimar sua variabilidade genética, baseados na compatibilidade vegetativa e marcadores RAPD. Na compatibilidade vegetativa, os isolados foram pareados em placas de Petri com meio BDA e formaram linhas escuras quando incompatíveis e linhas claras cotonosas quando incompatíveis. Para a caracterização molecular dos isolados, a extração de DNA foi realizada em amostras obtidas de micélio cultivado em meio BDA dos isolados originais e os monospóricos derivados. O DNA das amostras foi avaliado em reação de polimerase em cadeia (PCR), utilizando onze sequências diferentes de primers RAPD inespecíficos. O agrupamento dos morfotipos foi realizado pelo método UPGMA e coeficiente de similaridade de Jaccard. Somente um marcador RAPD mostrou polimorfismo, indicando que os isolados apresentam pequena divergência genética, porém suficiente para indicar mais de morfotipo presente.

Avaliação da expressão do gene MGMT nos tecidos normal e neoplásico de doentes com câncer colorretal

OBJETIVO: Avaliar a expressão tecidual do gene de reparo MGMT comparando a mucosa cólica normal e neoplásica em doentes com câncer colorretal. MÉTODOS: Foram estudados 44 portadores de adenocarcinoma colorretal confirmado por estudo histopatológico. Foram excluídos doentes suspeitos de pertencerem a famílias com câncer colorretal hereditário (HNPCC e PAF) e os portadores de câncer do reto médio e inferior submetidos a tratamento quimioradioterápico neoadjuvante. A expressão do gene MGMT foi avaliada pela técnica da reação de polimerase em cadeia em tempo real (RT-PCR). A comparação dos resultados encontrados para expressão do gene MGMT entre tecidos normais e neoplásicos foi feita pelo teste t de Student pareado, adotando-se nível de significância de 5% (p <0,05). RESULTADOS: A expressão tecidual do gene MGMT em todos os doentes foi menor no tecido neoplásico quando comparada a do tecido normal (p=0,002). CONCLUSÃO: O gene de reparo MGMT encontra-se menos expresso no tecido neoplásico quando comparados aos tecidos normais em portadores de CCR esporádico.