Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

L'apport de la trace matérielle dans l'enquête criminelle: évaluation de la contribution des liens chimiques issus du profilage de produits stupéfiants par l'analyse des réseaux sociaux

La trace matérielle dispose d'un potentiel incomparable pour mettre en relation des indices et occupe souvent une place centrale lors du procès pénal (Ribaux et Margot, 2008). Au delà de son rôle élémentaire en tant qu'élément de preuve, la trace matérielle véhicule de nombreuses autres informations encore trop peu exploitées en matière d'investigation ou pour servir de base au renseignement criminel. C'est particulièrement le cas des liens chimiques découverts grâce au profilage physico-chimique de produits stupéfiants saisis par les autorités. Le but de ce travail est d'estimer l'apport de ces liens chimiques à la perception de la structure des réseaux criminels. Pour ce faire, nous nous appuyons sur des modèles d'analyse des réseaux sociaux (SNA, Social Network Analysis). Ces modèles sont toujours plus utilisés pour traiter des affaires qui relèvent de la criminalité organisée, notamment pour comprendre la structure et la dynamique de ces réseaux d'acteurs. L'analyse des réseaux sociaux (SNA) procède par le calcul de différents indicateurs pour mettre en évidence des éléments pertinents de leur structure et leurs acteurs clés. Par exemple, l'identification des vulnérabilités de l'organisation et des mécanismes mis en place par les acteurs pourra orienter les actions policières. Cette recherche se base sur une enquête concernant un réseau international de trafic de produits stupéfiants. En plus des autres informations d'enquête traditionnellement disponibles, des liens chimiques ont été mis en évidence par le profilage de l'héroïne saisie à différents endroits et périodes, puis utilisés par les enquêteurs. Cette recherche consiste à utiliser les indicateurs SNA pour évaluer l'influence de ces liens chimiques sur la structure de ce réseau construit à partir des autres indices. Les premiers résultats montrent que les liens chimiques sont cohérents avec les autres types de relations, et qu'ils tendent, à eux seuls, à mettre en évidence les positions centrales de certains acteurs clés. De plus, l'intégration de ces liens renforce les centralités de certains acteurs et permet ainsi de les considérer de manière plus centrale qu'ils ne l'étaient auparavant. Enfin, ces premiers résultats laissent entrevoir des perspectives intéressantes notamment au travers de la pondération de ces relations afin d'évaluer de manière plus globale l'apport du potentiel informatif de ce type de renseignement.

Segmentation automatique de la matière grise et de la matière blanche par un algorithme génétique : une étude de validation

Résumé Objectif: l'observation des variations de volume de la matière grise (MG), de la matière blanche (MB), et du liquide céphalo-rachidien (LCR) est particulièrement utile dans l'étude de nombreux processus physiopathologiques, la mesure quantitative 'in vivo' de ces volumes présente un intérêt considérable tant en recherche qu'en pratique clinique. Cette étude présente et valide une méthode de segmentation automatique du cerveau avec mesure des volumes de MG et MB sur des images de résonance magnétique. Matériel et Méthode: nous utilisons un algorithme génétique automatique pour segmenter le cerveau en MG, MB et LCR à partir d'images tri-dimensionnelles de résonance magnétique en pondération Ti. Une étude morphométrique a été conduite sur 136 sujets hommes et femmes de 15 à 74 ans. L'algorithme a ensuite été validé par 5 approches différentes: I. Comparaison de mesures de volume sur un cerveau de cadavre par méthode automatique et par mesure de déplacement d'eau selon la méthode d'Archimède. 2. Comparaison de mesures surfaces sur des images bidimensionnelles segmentées soit par un traçage manuel soit par la méthode automatique. 3. Evaluation de la fiabilité de la segmentation par acquisitions et segmentations itératives du même cerveau. 4. Les volumes de MG, MB et LCR ont été utilisés pour une étude du vieillissement normal de la population. 5. Comparaison avec les données existantes de la littérature. Résultats: nous avons pu observer une variation de la mesure de 4.17% supplémentaire entre le volume d'un cerveau de cadavre mesuré par la méthode d'Archimède, en majeure partie due à la persistance de tissus après dissection_ La comparaison des méthodes de comptage manuel de surface avec la méthode automatique n'a pas montré de variation significative. L'épreuve du repositionnement du même sujet à diverses reprises montre une très bonne fiabilité avec une déviation standard de 0.46% pour la MG, 1.02% pour la MB et 3.59% pour le LCR, soit 0.19% pour le volume intracrânien total (VICT). L'étude morphométrique corrobore les résultats des études anatomiques et radiologiques existantes. Conclusion: la segmentation du cerveau par un algorithme génétique permet une mesure 100% automatique, fiable et rapide des volumes cérébraux in vivo chez l'individu normal.

Arthro-IRM du poignet à 3-T en traction axiale : impact sur la caractérisation des lésions ligamentaires.

Objectifs: Déterminer l'impact de la traction axiale en arthro-IRM du poignet sur la largeur des espaces interosseux et la caractérisation des lésions ligamentairesintrinsèques du carpe. Matériels et méthodes: Etude prospective incluant 34 patients entre septembre et décembre 2010. Arthro-IRM du poignet réalisées sur une machine 3-Tesla et incluant des séquencescoronales isotropiques haute résolution en pondération T1-VIBE avec suppression de graisse, sans et avec traction axiale (4kg). Lecture consensuelle par 2radiologues avec mesure des espaces scapho-lunaire, luno-triquétral et ulna-TFC, sans et avec traction. Evaluation semi-quantitative des déchiruresligamentaires: 0=absente, 1=partielle, 2=transfixiante avec moignon, 3=transfixiante sans moignon. Résultats: Augmentation significative, en traction axiale, des espaces interosseux scapho-lunaire (Delta=0.21mm, p=0.0016) et luno-triquétral (Delta=0.17mm, p=0.0002)ainsi que de l'espace ulna-TFC (Delta=0.17, p=0.0071). Meilleure caractérisation des lésions dans 5 cas, avec une amélioration significative pour la portioncentrale du ligament scapho-lunaire (p=0.0313). Conclusion: L'arthro-IRM du poignet à 3-Tesla en traction axiale augmente significativement la largeur des espaces scapho -lunaire, luno-triquétral et ulna-TFC et améliore lacaractérisation des lésions de la portion centrale du ligament scapho-lunaire.

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La triangulation des données sur la vie nocturne fait partie du projet de Safer Nightlife Suisse (SNS) en accord avec l'Office fédéral de la santé publique. Cette année, c'est la première fois qu'un état des lieux est disponible pour un projet de triangulation des données. L'idée d'une triangulation des données complémentaire sur la base des chiffres pertinents de la prévalence de la consommation de substances dans la vie nocturne en Suisse, dont les sources divergent beaucoup, vise à estimer la réalité de la consommation. Dans ce premier rapport de triangulation, il s'agit d'une intégration des différentes données nationales disponibles sur la consommation de substances ainsi que de leur pondération selon leur pertinence. On trouvera la description du processus, la présentation des données disponibles ainsi qu'une première synthèse des évaluations de la tendance de la consommation de substances en Suisse.

Do youths gamble? You bet! A Swiss population-based study

Cette recherche sur les jeux d'argent et de hasard au sein de la population des jeunes résidents Suisses avait trois objectifs. Pour avoir des données de base, nous nous sommes d'une part intéressés à la prévalence de ce comportement et, basé sur des critères de fréquence, avons mis en évidence une population plus à risque de subir des conséquences néfastes du jeu;à savoir ceux qui jouent au minimum une fois par semaine. Le deuxième objectif était de déterminer s'il existait une association entre la fréquence du jeu et 1) l'utilisation de substances, 2) une mauvaise santé mentale et/ou 3) un faible support social, comme cela a été décrit dans la littérature pour les joueurs pathologiques. Finalement, pour savoir si les joueurs fréquents étaient «fixés» sur un seul type de jeu ou au contraire jouaient de manière non-sélective, nous avons effectué la corrélation entre la fréquence de jeu et le nombre de jeux différents dans lesquels les jeunes étaient impliqués.Pour ces analyses, nous avons utilisé la base de données de l'Enquête Suisse sur la Santé 2007, une étude transversale interrogeant des résidents suisses âgés de 15 ans ou plus. Cette enquête a été menée en deux étapes: 1) un questionnaire téléphonique (taux de réponse: 66.3%) puis 2) un questionnaire écrit (taux de réponse: 80.5% de ceux qui ont répondu à l'interview téléphonique). En tenant compte de la pondération pour l'échantillon de participants ayant répondu aux deux types d'interviews, nous avons considéré uniquement les personnes âgées de 15 à 24 ans. Au total 1116 (582 hommes) participants ont été retenus pour notre étude.Pour répondre au second objectif, nous avons comparé trois groupes. Les non-joueurs (NJ, n=577), les joueurs occasionnels (JO, n=388) et les joueurs fréquents (JF, n=151) ont été étudiés d'abord grâce à des analyses bivariées, puis à une régression multinomiale permettant de tenir compte des facteurs confondants. La sélection des variables pour la régression a été basée sur une méthode «bootstrap» permettant de produire des résultats représentatifs de la population entière et pas uniquement de l'échantillon analysé.Nous avons procédé de manière similaire pour répondre à la troisième question de recherche, mais en comparant uniquement les joueurs occasionnels et les joueurs fréquents.Les résultats ont mis en évidence que 48.3% des jeunes résidents suisses étaient impliqués dans au moins un type de jeu dans l'année précédente. Par ailleurs, 13.5% (n=151) des 15 à 24 ans jouaient au minimum une fois par semaine.Au niveau bivarié, la fréquence de jeu était associée à des facteurs sociodémographiques comme le sexe masculin, l'âge (les JO étant les plus âgés), et le revenu personnel. La fréquence de jeu était également significativement associée au fait de fumer du tabac quotidiennement, d'être actuellement fumeur de cannabis et d'avoir une consommation d'alcool à risque (beuveries). La mauvaise santé mentale (épisode de dépression majeure ou détresse psychologique) et le faible support relationnel (personne de confiance dans l'entourage ou activités de loisirs) n'étaient pas associés à la fréquence de jeu de manière significative, bien qu'une nette tendance en faveur des NJ ait pu être mise en évidence. Au niveau multivarié, les JO et JF étaient plus âgés, plus souvent de sexe masculin et habitaient plus souvent en Suisse romande que les NJ. Les JO étaient plus à risque que les NJ de se soumettre à des beuveries de manière occasionnelle et les JF étaient plus à risque que les NJ d'être des fumeurs de tabac quotidiens.En comparant les JO et les JF, nous avons obtenu une correlation élevée (r=0.85;p<0.0001) entre la fréquence de jeu et le nombre de jeux dans lesquels les jeunes étaient impliqués. Ceci indiquant que les JF ne semblent pas très sélectifs quant au type de jeu auquel ils jouent.Dans la mesure où le jeu est un comportement très prévalent au sein de la population des jeunes résidents suisses, il doit probablement être vu comme une conduite faisant partie des comportements exploratoires de l'adolescence. Néanmoins, au vu des comportements à risque qui y sont associés, la question du jeu devrait être soulevée par les médecins s'occupant de jeunes adultes à des fins de prévention.

"Les homosexuels sont un danger absolu" : homosexualité masculine en Suisse durant la Seconde Guerre mondiale

Axes et clés de lecture. Ce travail est structuré sur trois axes de recherche qui sont restitués par chacune des parties proposées. Ces parties ont une structure narrative permettant une lecture relativement indépendante des autres, et contenant des renvois indiqués au cas par cas. A chacune de celle-ci, des introductions contextuelles plus spécifiques sont proposées. D'autre part, les citations originales sont signalées par des chiffres romains qui renvoient en fin d'ouvrage après la bibliographie. Enfin, la bibliographie ne contient que les références citées et prioritairement exploitées dans ce travail, en jugeant inutile d'y mentionner l'ensemble des lectures exploratoires. La première approche consiste à mettre en évidence une homosexualité «sociale », en envisageant le «milieu» homosexuel suisse au cours des années de guerre dans sa pluralité. Le premier chapitre s'attache à visibiliser la «scène homosexuelle», associative, commerciale et de rencontres entre hommes. Il fait ressortir la place éminente de Zurich, mais aussi éclaire d'autres aspects moins connus. Ainsi, l'association «Der Kreis - Le Cercle», par son existence unique au monde durant les années de guerre, mérite une analyse de son fonctionnement, de la forme de son militantisme et de l'influence de ses acteurs clés sur le développement de ce regroupement d'«homoérotes». Les données proviennent essentiellement des fonds conservés aux Archives gaies à Zurich, et sont complétées par des informations inédites provenant de certains dossiers militaires. Cependant, la scène homosexuelle ne se limite pas à l'association, et les publicités parues dans le «Kreis», les études contemporaines et les données contenues dans les dossiers de la justice militaire permettent de reconstituer, en partie, les formes de possibilité de rencontre entre homosexuels et les lieux fréquentés sur l'ensemble du pays. Le deuxième chapitre propose une étude résolument inédite sur les termes et les vécus de, et sur, les homosexualités, en se plaçant au niveau des hommes poursuivis par la justice militaire. Par leurs aveux ou leurs dénis, les prévenus se définissent comme étant «homosexuels », «bisexuels », «normaux » ou ne savent pas comment qualifier leurs actes. En outre, les témoins et les lésés emploient des termes plus ou moins grossiers pour qualifier l'homosexualité, tout comme la police et la justice optent pour des termes en apparence plus neutres. L'ensemble de ces termes relevés dans les dossiers de la justice militaire ouvre un champ d'analyse unique et précieux pour pouvoir mettre en évidence des variations symboliques sur l'homosexualité, et porteuses de significations différentes de part et d'autre de la Sarine. Enfin, la richesse des dossiers de la justice militaire permet d'explorer, au-delà des arguments conservateurs de l'époque, une infime partie de la réalité de la prostitution homosexuelle, en reprenant les catégories employées par Michel Dorais dans son étude sur les travailleurs du sexe masculins en Amérique du Nord au début du XXIe siècle.as Le deuxième axe développe l'aspect des normes pénales sur l'homosexualité, depuis leur élaboration par les chambres fédérales jusqu'aux applications concrètes et interprétations jurisprudentielles par la justice militaire. Le troisième chapitre, reprenant la chronologie des débats en commissions ad hoc et parlementaires, retrace l'adoption du droit pénal militaire, puis du droit pénal civil, en analysant les processus politiques à la base d'articles pénaux distincts sur la question de la pénalisation de l'homosexualité entre adultes consentants. En apparence, les articles pénaux sont contradictoires, mais ils se rejoignent profondément par leurs reprises des conceptions allemandes du droit, classique pour l'un et réformateur pour l'autre, et leurs interprétations s'interpénètrent durant les années de guerre. L'accès aux dossiers de la justice militaire permet de voir plus précisément la manière dont l'article pénal est appliqué et quels actes sont considérés comme étant «homosexuels ». Aussi, le quatrième chapitre retrace-t-il les affaires à l'origine des recours adressés au Tribunal Militaire de~ Cassation et motivant les principes jurisprudentiels de la primauté du pouvoir appréciateur des juges de première instance, du lien entre l'homosexualité et la «pédophilie » lorsque les victimes sont des garçons mineurs, de la pondération des conclusions d'un expert psychiatre dans les verdicts ou encore de la non automaticité de l'octroi d'un sursis en cas d'irresponsabilité ou d'une bonne conduite. En ratifiant le plus souvent les décisions des tribunaux de première instance, la cour de cassation valide les interprétations sur les actes commis et leur gravité. En peu d'année, il se produit une extension des actes tombant sous le coup de la «débauche contre nature », et les tentatives d'actes, les exhibitions, les attouchements plus ou moins brutaux des parties génitales d'un autre homme et la masturbation mutuelle deviennent punissables. Ces interprétations .marquent une convergence des logiques juridiques conservatrices françaises et allemandes, et la pénalisation de la masturbation mutuelle est également adoptée pour les civils. Le concours des droits français et allemand est ensuite envisagé sous l'angle de l'outrage public aux moeurs, ce qui permet de voir que le «vice» / «Unzucht», héritier du droit canonique, est transféré dans le droit «positif» comme une loi sociale en considérant l'outrage comme une notion objective en soi. La dernière partie propose une lecture sur les liens complexes entre la psychiatrie et l'homosexualité. Le cinquième chapitre débute en relatant la formation d'une psychiatrie militaire comme corps sanitaire distinct dans l'armée suisse. Avant la Seconde Guerre mondiale, les procédures de collaboration entre l'armée et la psychiatrie civile sont peu formalisées, et des directives instituant des services de consultation psychiatriques et des procédures d'appel à des psychiatres, en fonction de leur incorporation dans l'armée, sont introduites quelques mois après l'entrée en guerre. Ces ordres ont pour base les Instructions sur l'appréciation sanitaire des militaires, un livret contenant les diagnostics sur les maladies pouvant se rencontrer chez des militaires, les conditions de leur réforme sanitaire du service militaire, ainsi que des instructions de prise en charge des patients. Parmi les neuf codes diagnostics sur les pathologies psychiatriques, la procédure pour le chiffre 250/71 («perversion sexuelle») prévoit une exclusion de l'armée par la voie sanitaire. La non-conservation des dossiers sanitaires ne permet pas de mener une étude des liens entre l'homosexualité et la psychiatrie militaire en dehors des demandes de la justice militaire. Par contre -aspect tout à fait exceptionnel - 47 expertises psychiatriques sont accessibles, et permettent d'analyser en profondeur .les conceptions théoriques et les registres discursifs sur l'homosexualité. La période de la guerre se caractérise par une absence complète d'unité théorique sur la question. En effet, des variations théoriques significatives peuvent s'observer chez un même psychiatre, en fonction de la formulation de la demande par des juges d'instruction ou du grade et de la classe sociale de l'expertisé. Aussi, ce chapitre propose-t il d'explorer les différentes catégories d'homosexualité identifiées -innée, latente, bisexuelle, commise avec des mineurs ou en relation avec la consommation d'alcool - en ne reprenant que les expertises de quatre officiers psychiatres, et en les joignant de trois autres à fin de comparaison. Le sixième chapitre poursuit et rompt partiellement le rapport entre l'homosexualité et la psychiatrie, en envisageant les apports de la médecine somatique. Un unique cas de castration découvert dans les dossiers de la justice militaire permet de poursuivre l'analyse, essentiellement par les publications médicales de l'époque sur la castration «thérapeutique » des délinquants sexuels. En Suisse, la castration ne peut se faire que sur le consentement «éclairé », mais celui-ci apparaît fortement contraint dans les faits, et cette «thérapeutique » permet d'aborder une face sombre de la psychiatrie institutionnelle civile. Par la théorie des hormones sexuelle, la médecine somatique apparaît subitement comme une rivale sur la question de l'étiologie des déviances sexuelles. Toutefois, dans un accord médical dominant sur les bienfaits de la castration, ces deux sciences se confortent pour déterminer, tantôt à cause d'un surplus de testostérone, tantôt en raison d'une force psychique supérieure à la moyenne, une libido plus impérieuse chez les homosexuels délinquants. Enfin, quatre expertises menées par des médecins somaticiens en Suisse romande s'éloignent plus nettement de la psychiatrie et permettent d'entrevoir un dernier aspect complémentaire du rapport entre la médecine et l'homosexualité. Ces expertises démontrent la survivance d'une pratique médico-légale de l'homosexualité par l'examination des pénis et des anus, qui est ensuite mise en relation avec la moralité et la responsabilité des prévenus. Cette influence de la France sur la Suisse romande apparaît toutefois minime, et montre a contrario que l'objet juridique de la responsabilité pénale de l'homosexualité est devenu de la compétence de la psychiatrie sur l'ensemble du pays.

Développement et validation d'une méthode de calcul indépendant des unités moniteur basée sur les simulations Monte Carlo pour la vérification des traitements IMRT

Résumé : La radiothérapie par modulation d'intensité (IMRT) est une technique de traitement qui utilise des faisceaux dont la fluence de rayonnement est modulée. L'IMRT, largement utilisée dans les pays industrialisés, permet d'atteindre une meilleure homogénéité de la dose à l'intérieur du volume cible et de réduire la dose aux organes à risque. Une méthode usuelle pour réaliser pratiquement la modulation des faisceaux est de sommer de petits faisceaux (segments) qui ont la même incidence. Cette technique est appelée IMRT step-and-shoot. Dans le contexte clinique, il est nécessaire de vérifier les plans de traitement des patients avant la première irradiation. Cette question n'est toujours pas résolue de manière satisfaisante. En effet, un calcul indépendant des unités moniteur (représentatif de la pondération des chaque segment) ne peut pas être réalisé pour les traitements IMRT step-and-shoot, car les poids des segments ne sont pas connus à priori, mais calculés au moment de la planification inverse. Par ailleurs, la vérification des plans de traitement par comparaison avec des mesures prend du temps et ne restitue pas la géométrie exacte du traitement. Dans ce travail, une méthode indépendante de calcul des plans de traitement IMRT step-and-shoot est décrite. Cette méthode est basée sur le code Monte Carlo EGSnrc/BEAMnrc, dont la modélisation de la tête de l'accélérateur linéaire a été validée dans une large gamme de situations. Les segments d'un plan de traitement IMRT sont simulés individuellement dans la géométrie exacte du traitement. Ensuite, les distributions de dose sont converties en dose absorbée dans l'eau par unité moniteur. La dose totale du traitement dans chaque élément de volume du patient (voxel) peut être exprimée comme une équation matricielle linéaire des unités moniteur et de la dose par unité moniteur de chacun des faisceaux. La résolution de cette équation est effectuée par l'inversion d'une matrice à l'aide de l'algorithme dit Non-Negative Least Square fit (NNLS). L'ensemble des voxels contenus dans le volume patient ne pouvant être utilisés dans le calcul pour des raisons de limitations informatiques, plusieurs possibilités de sélection ont été testées. Le meilleur choix consiste à utiliser les voxels contenus dans le Volume Cible de Planification (PTV). La méthode proposée dans ce travail a été testée avec huit cas cliniques représentatifs des traitements habituels de radiothérapie. Les unités moniteur obtenues conduisent à des distributions de dose globale cliniquement équivalentes à celles issues du logiciel de planification des traitements. Ainsi, cette méthode indépendante de calcul des unités moniteur pour l'IMRT step-andshootest validée pour une utilisation clinique. Par analogie, il serait possible d'envisager d'appliquer une méthode similaire pour d'autres modalités de traitement comme par exemple la tomothérapie. Abstract : Intensity Modulated RadioTherapy (IMRT) is a treatment technique that uses modulated beam fluence. IMRT is now widespread in more advanced countries, due to its improvement of dose conformation around target volume, and its ability to lower doses to organs at risk in complex clinical cases. One way to carry out beam modulation is to sum smaller beams (beamlets) with the same incidence. This technique is called step-and-shoot IMRT. In a clinical context, it is necessary to verify treatment plans before the first irradiation. IMRT Plan verification is still an issue for this technique. Independent monitor unit calculation (representative of the weight of each beamlet) can indeed not be performed for IMRT step-and-shoot, because beamlet weights are not known a priori, but calculated by inverse planning. Besides, treatment plan verification by comparison with measured data is time consuming and performed in a simple geometry, usually in a cubic water phantom with all machine angles set to zero. In this work, an independent method for monitor unit calculation for step-and-shoot IMRT is described. This method is based on the Monte Carlo code EGSnrc/BEAMnrc. The Monte Carlo model of the head of the linear accelerator is validated by comparison of simulated and measured dose distributions in a large range of situations. The beamlets of an IMRT treatment plan are calculated individually by Monte Carlo, in the exact geometry of the treatment. Then, the dose distributions of the beamlets are converted in absorbed dose to water per monitor unit. The dose of the whole treatment in each volume element (voxel) can be expressed through a linear matrix equation of the monitor units and dose per monitor unit of every beamlets. This equation is solved by a Non-Negative Least Sqvare fif algorithm (NNLS). However, not every voxels inside the patient volume can be used in order to solve this equation, because of computer limitations. Several ways of voxel selection have been tested and the best choice consists in using voxels inside the Planning Target Volume (PTV). The method presented in this work was tested with eight clinical cases, which were representative of usual radiotherapy treatments. The monitor units obtained lead to clinically equivalent global dose distributions. Thus, this independent monitor unit calculation method for step-and-shoot IMRT is validated and can therefore be used in a clinical routine. It would be possible to consider applying a similar method for other treatment modalities, such as for instance tomotherapy or volumetric modulated arc therapy.

Prévention et dépistage du cancer en Suisse : fréquence et déterminants

Contexte : Après les maladies cardiovasculaires, le cancer est la deuxième cause de mortalité en Suisse. Les cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et le mélanome cutané représentent, en termes d'incidence et de mortalité, la moitié du fardeau du cancer en Suisse. Des moyens de prévention primaire et/ou secondaire contribuent à réduire la fréquence et la mortalité due à ces cinq cancers. Cependant, l'attitude face à la prévention diffère selon les individus et dépend de multiples facteurs socio-économiques, environnementaux, culturels et comportementaux. Objectif : Évaluer la fréquence et identifier les déterminants des pratiques de dépistage des cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et du mélanome cutané en Suisse. Matériel et méthode : Les données utilisées sont issues de l'Enquête suisse sur la santé 2007. Une pondération statistique permet d'extrapoler les résultats à la population générale. Des modèles de régression logistique multivariée ont été construits afin de décrire l'association entre pratique du dépistage et facteurs sociodémographiques, style de vie, état de santé, recours aux prestations de santé et soutien social. Résultats : En 2007, selon les méthodes et fréquences recommandées en Suisse et dans les tranches d'âge concernées, 49% des hommes ont effectué un dépistage du cancer prostatique, 13% du cancer colorectal et 33,7% du mélanome cutané. Chez les femmes, 17,9% ont réalisé un dépistage du cancer du sein, 8,7% du cancer colorectal, 36,8% du mélanome cutané et 50,2% du cancer du col utérin. Globalement et pour les deux sexes, l'âge, le lieu de résidence, le niveau de formation, la classe socioprofessionnelle, le revenu d'équivalence du ménage, la pratique d'autres dépistages des cancers, le nombre de visites médicales et de jours d'hospitalisation au cours des 12 mois précédents déterminent le recours au dépistage des cancers d'intérêt. Chez les hommes, la présence d'un médecin de famille et, chez les femmes, la franchise annuelle, influencent aussi la pratique du dépistage. Conclusion : Les prévalences du dépistage varient notablement selon le type de cancer. Le recours aux dépistages des cancers dépend de facteurs sociodémographiques, de l'utilisation des services de santé et de la pratique d'autres dépistages, mais peu, voire pas, du style de vie, de l'état de santé et de la sécurité et du soutien sociaux. Les facteurs identifiés sont souvent communs aux différents types de cancer et rendent possible l'établissement d'un profil général d'utilisateurs du dépistage des cancers. Les stratégies visant à améliorer la compliance aux examens de dépistage devraient considérer les facteurs qui en déterminent le recours et mieux cibler les segments de la population qui les sous-utilisent.

Inflation Targeting Under Asymmetric Preferences

This paper develops and estimates a game-theoretical model of inflation targeting where the central banker's preferences are asymmetric around the targeted rate. In particular, positive deviations from the target can be weighted more, or less, severely than negative ones in the central banker's loss function. It is shown that some of the previous results derived under the assumption of symmetry are not robust to the generalization of preferences. Estimates of the central banker's preference parameters for Canada, Sweden, and the United Kingdom are statistically different from the ones implied by the commonly used quadratic loss function. Econometric results are robust to different forecasting models for the rate of unemployment but not to the use of measures of inflation broader than the one targeted.

A Prudent Central Banker

This paper studies monetary policy in an economy where the central banker's preferences are asymmetric around optimal inflation. In particular, positive deviations from the optimum can be weighted more, or less, severely than negative deviations in the policy maker's loss function. It is shown that under asymmetric preferences, uncertainty can induce a prudent behavior on the part of the central banker. Since the prudence motive can be large enough to override the inflation bias, optimal monetary policy could be implemented even in the absence of rules, reputation, or contractual mechanisms. For certain parameter values, a deflationary bias can arise in equilibrium.

La transformation du rôle de représentante d’aidantes familiales pendant l’hébergement de leur parent atteint de démence : une théorisation ancrée

RÉSUMÉ L‘hébergement en centre de soins de longue durée d'un parent âgé atteint de démence marque une transition pour les personnes qui occupent un rôle d’aidant familial principal. Ces personnes, principalement des femmes, poursuivent leur engagement après l’hébergement et souhaitent être impliquées dans les décisions concernant les soins offerts à leur parent. Souvent l'hébergement survient au moment où la personne âgée n'est plus en mesure, compte tenu de ses déficiences cognitives, d'exprimer clairement ses besoins; les aidantes accordent alors une place centrale au rôle de représentante de leur proche hébergé. Cette étude avait pour but d’expliquer la transformation du rôle de représentante chez des aidantes familiales dont le parent atteint de démence vit dans un centre d’hébergement et de soins de longue durée (CHSLD). La méthode qualitative de la théorisation ancrée a été retenue pour expliquer ce processus social. Les résultats obtenus reposent sur 14 entrevues en profondeur réalisées auprès de filles dont le parent atteint de démence était hébergé depuis plus de six mois dans un CHSLD. Ces aidantes ont été sélectionnées selon une procédure d’échantillonnage théorique et l’analyse des données a été réalisée à partir de la transcription intégrale des entrevues en suivant trois niveaux d'analyse, soit la codification ouverte, axiale et sélective. Une proposition théorique, générée par voie inductive, met en lumière trois processus intermédiaires interreliés expliquant la transformation du rôle de représentante pendant l’hébergement du proche : 1) l’intégration dans le milieu ; 2) l’évaluation de la qualité des soins et 3) le développement de la confiance envers le milieu d’hébergement. Plus précisément, les aidantes déploient différentes stratégies d’intégration dans le milieu d’hébergement, soit l’établissement de relations de réciprocité et d’une collaboration avec le personnel soignant, ainsi que l’utilisation d’un style de communication diplomatique. Parallèlement, elles évaluent la qualité des soins en trois étapes : jugement, pondération et action. Finalement, une relation de confiance avec les membres du personnel de l’établissement se développe en lien avec cinq facteurs spécifiques, soit les premières impressions, la comparaison avec d’autres CHSLD, l’intérêt démontré par le personnel envers le proche, le fait d’être entendue et prise au sérieux et la transparence du milieu d’hébergement. Ces trois processus contribuent au bien-être du parent hébergé et à celui de l’aidante. Le développement de la confiance étant associé aux deux autres processus intermédiaires ainsi qu’au bien-être de l’aidante, il est le processus central de la théorie contextuelle qui émerge de cette recherche. Cette étude contribue au développement des connaissances, notamment en fournissant plusieurs éléments inédits de compréhension du processus de transformation du rôle de représentante des aidantes familiales, de même que des pistes pour soutenir ces aidantes dont le parent, souffrant de démence, n’est plus en mesure de prendre des décisions. La théorie contextuelle proposée dans le cadre de cette étude constitue les prémices d’une théorie de niveau intermédiaire portant sur le rôle de représentant des aidants familiaux dans le contexte plus général du système de santé. Des études réalisées dans d’autres contextes de soins et auprès d’aidants de proches vulnérables ayant d’autres types d’affections sont ainsi recommandées.

A phylogenomics approach to resolving fungal evolution, and phylogenetic method development

Bien que les champignons soient régulièrement utilisés comme modèle d'étude des systèmes eucaryotes, leurs relations phylogénétiques soulèvent encore des questions controversées. Parmi celles-ci, la classification des zygomycètes reste inconsistante. Ils sont potentiellement paraphylétiques, i.e. regroupent de lignées fongiques non directement affiliées. La position phylogénétique du genre Schizosaccharomyces est aussi controversée: appartient-il aux Taphrinomycotina (précédemment connus comme archiascomycetes) comme prédit par l'analyse de gènes nucléaires, ou est-il plutôt relié aux Saccharomycotina (levures bourgeonnantes) tel que le suggère la phylogénie mitochondriale? Une autre question concerne la position phylogénétique des nucléariides, un groupe d'eucaryotes amiboïdes que l'on suppose étroitement relié aux champignons. Des analyses multi-gènes réalisées antérieurement n'ont pu conclure, étant donné le choix d'un nombre réduit de taxons et l'utilisation de six gènes nucléaires seulement. Nous avons abordé ces questions par le biais d'inférences phylogénétiques et tests statistiques appliqués à des assemblages de données phylogénomiques nucléaires et mitochondriales. D'après nos résultats, les zygomycètes sont paraphylétiques (Chapitre 2) bien que le signal phylogénétique issu du jeu de données mitochondriales disponibles est insuffisant pour résoudre l'ordre de cet embranchement avec une confiance statistique significative. Dans le Chapitre 3, nous montrons à l'aide d'un jeu de données nucléaires important (plus de cent protéines) et avec supports statistiques concluants, que le genre Schizosaccharomyces appartient aux Taphrinomycotina. De plus, nous démontrons que le regroupement conflictuel des Schizosaccharomyces avec les Saccharomycotina, venant des données mitochondriales, est le résultat d'un type d'erreur phylogénétique connu: l'attraction des longues branches (ALB), un artéfact menant au regroupement d'espèces dont le taux d'évolution rapide n'est pas représentatif de leur véritable position dans l'arbre phylogénétique. Dans le Chapitre 4, en utilisant encore un important jeu de données nucléaires, nous démontrons avec support statistique significatif que les nucleariides constituent le groupe lié de plus près aux champignons. Nous confirmons aussi la paraphylie des zygomycètes traditionnels tel que suggéré précédemment, avec support statistique significatif, bien que ne pouvant placer tous les membres du groupe avec confiance. Nos résultats remettent en cause des aspects d'une récente reclassification taxonomique des zygomycètes et de leurs voisins, les chytridiomycètes. Contrer ou minimiser les artéfacts phylogénétiques telle l'attraction des longues branches (ALB) constitue une question récurrente majeure. Dans ce sens, nous avons développé une nouvelle méthode (Chapitre 5) qui identifie et élimine dans une séquence les sites présentant une grande variation du taux d'évolution (sites fortement hétérotaches - sites HH); ces sites sont connus comme contribuant significativement au phénomène d'ALB. Notre méthode est basée sur un test de rapport de vraisemblance (likelihood ratio test, LRT). Deux jeux de données publiés précédemment sont utilisés pour démontrer que le retrait graduel des sites HH chez les espèces à évolution accélérée (sensibles à l'ALB) augmente significativement le support pour la topologie « vraie » attendue, et ce, de façon plus efficace comparée à d'autres méthodes publiées de retrait de sites de séquences. Néanmoins, et de façon générale, la manipulation de données préalable à l'analyse est loin d’être idéale. Les développements futurs devront viser l'intégration de l'identification et la pondération des sites HH au processus d'inférence phylogénétique lui-même.

Comparaison de quatre méthodes pour le traitement des données manquantes au sein d’un modèle multiniveau paramétrique visant l’estimation de l’effet d’une intervention

Les données manquantes sont fréquentes dans les enquêtes et peuvent entraîner d’importantes erreurs d’estimation de paramètres. Ce mémoire méthodologique en sociologie porte sur l’influence des données manquantes sur l’estimation de l’effet d’un programme de prévention. Les deux premières sections exposent les possibilités de biais engendrées par les données manquantes et présentent les approches théoriques permettant de les décrire. La troisième section porte sur les méthodes de traitement des données manquantes. Les méthodes classiques sont décrites ainsi que trois méthodes récentes. La quatrième section contient une présentation de l’Enquête longitudinale et expérimentale de Montréal (ELEM) et une description des données utilisées. La cinquième expose les analyses effectuées, elle contient : la méthode d’analyse de l’effet d’une intervention à partir de données longitudinales, une description approfondie des données manquantes de l’ELEM ainsi qu’un diagnostic des schémas et du mécanisme. La sixième section contient les résultats de l’estimation de l’effet du programme selon différents postulats concernant le mécanisme des données manquantes et selon quatre méthodes : l’analyse des cas complets, le maximum de vraisemblance, la pondération et l’imputation multiple. Ils indiquent (I) que le postulat sur le type de mécanisme MAR des données manquantes semble influencer l’estimation de l’effet du programme et que (II) les estimations obtenues par différentes méthodes d’estimation mènent à des conclusions similaires sur l’effet de l’intervention.