Entire set of working mu-specific plugins for WP3.1.3

Entire set of working mu-specific plugins to create a structured/secure/LDAP-authenticated WP-multisite environment in WP3.1.3

Extended depth from focus reconstruction using NIH ImageJ plugins: Quality and resolution of elevation maps

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Development of a framework to create plugins in Android Apps

The present work aims to allow developers to implement small features on a certain Android application in a fast and easy manner, as well as provide their users to install them ondemand, i.e., they can install the ones they are interested in. These small packages of features are called plugins, and the chosen development language to develop these in was JavaScript. In order to achieve that, an Android framework was developed that enables the host application to install, manage and run these plugins at runtime. This framework was designed to have a very clean and almost readable API, which allowed for better code organization and maintainability. The implementation used the Google’s engine “V8” to interpret the JavaScript code and through a set of JNI calls made that code call certain Android methods previously registered in the runtime. In order to test the framework, it was integrated with the client’s communication application RCS+ using two plugins developed alongside the framework. Although these plugins had only the more common requirements, they were proven to work successfully as intended. Concluding, the framework although successful made it clear that this kind of development through a non-native API has its set of difficulties especially regarding the implementation of complex features.

Sistemas de informação: message integration bus

O trabalho apresentado por este documento aborda os problemas que advêm da necessidade de integração de aplicações, desenvolvidas em diferentes instantes no tempo, por diferentes equipas de trabalho, que para enriquecer os processos de negócio necessitam de comunicar entre si. A integração das aplicações tem de ser feita de forma opaca para estas, sendo disponibilizada por uma peça de software genérica, robusta e sem custos para as equipas desenvolvimento, na altura da integração. Esta integração tem de permitir que as aplicações comuniquem utilizando os protocolos que desejarem. Este trabalho propõe um middleware orientado a mensagens como solução para o problema identificado. A solução apresentada por este trabalho disponibiliza a comunicação entre aplicações que utilizam diferentes protocolos, permite ainda o desacoplamento temporal, espacial e de sincronismo na comunicação das aplicações. A implementação da solução tem base num sistema publish/subscribe orientado ao conteúdo e tem de lidar com as maiores exigências computacionais que este tipo de sistema acarta, sendo que a utilização deste se justifica com o enriquecimento da semântica de subscrição de eventos. Esta implementação utiliza uma arquitectura semi-distribuída, com o objectivo de aumentar a escalabilidade do sistema. A utilização da arquitectura semi-distribuída implica que a implementação da solução tem de lidar com o encaminhamento de eventos e divulgação das subscrições, pelos vários servidores de eventos. A implementação da solução disponibiliza garantias de persistência, processamento transaccional e tolerância a falhas, assim como transformação de eventos entre os diversos protocolos. A extensibilidade da solução é conseguida à custa de um sistema de pluggins que permite a adição de suporte a novos protocolos de comunicação. Os protocolos suportados pela implementação final do trabalho são RestMS e TCP.

Uma Linguagem específica do domínio para uma abordagem orientada aos objectivos baseada em KAOS

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Integration of repositories in Moodle

Current Learning Management Systems focus on the management of students, keeping track of their progress across all types of training activities. This type of systems lacks integration with other e-Learning systems. For instance, learning objects stored in a centralized repository are unavailable throughout an organization for potential reuse. In this paper we present the interoperability features of crimsonHex - a service oriented repository of learning objects - highlighting the use of XML languages. Its nteroperability features are compliant with the existing standards and we propose extensions to the IMS interoperability recommendation, adding new functions, formalizing an XML message interchange and providing also a REST interface. To validate the proposed extensions and its implementation in crimsonHex we designed two repository plugins for Moodle 2.0, the first of which is already implemented and is expected to be included in the next release of this popular learning management system.

Verificação prática de anomalias em programas de memória transaccional

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Reconfiguração e novas funcionalidades para um servidor REST ONVIF: serviço de IO e configuração de descoberta

Dissertação de mestrado em Engenharia de Telecomunicações e Informática

SwissSidechain: a molecular and structural database of non-natural sidechains.

Amino acids form the building blocks of all proteins. Naturally occurring amino acids are restricted to a few tens of sidechains, even when considering post-translational modifications and rare amino acids such as selenocysteine and pyrrolysine. However, the potential chemical diversity of amino acid sidechains is nearly infinite. Exploiting this diversity by using non-natural sidechains to expand the building blocks of proteins and peptides has recently found widespread applications in biochemistry, protein engineering and drug design. Despite these applications, there is currently no unified online bioinformatics resource for non-natural sidechains. With the SwissSidechain database (http://www.swisssidechain.ch), we offer a central and curated platform about non-natural sidechains for researchers in biochemistry, medicinal chemistry, protein engineering and molecular modeling. SwissSidechain provides biophysical, structural and molecular data for hundreds of commercially available non-natural amino acid sidechains, both in l- and d-configurations. The database can be easily browsed by sidechain names, families or physico-chemical properties. We also provide plugins to seamlessly insert non-natural sidechains into peptides and proteins using molecular visualization software, as well as topologies and parameters compatible with molecular mechanics software.

Treball Final de Master - Servidor de Comunicacions Unificades

L'objectiu d'aquest projecte és la creació d'una prova de concepte de comunicacions unificades utilitzant productes de programari lliure existents. Aquesta prova de concepte servirà per poder fer demostracions del funcionament general del programari implicat amb el mínim de preparacions, instal·lacions i configuracions prèvies possibles. El projecte es dividirà en dos appliances o LiveCD, creats a traves de Suse Studio, anomenats Comunicacions Unificades i Comunicacions Unificades 2.Els productes de programari lliure que composen el Servidor de Comunicacions Unificades els podem classificar en productes principals, plugins o addons dels productes i productes secundaris.Com a productes principals tenim els següents servidors que cobreixen les necessitats principals del Servidor de Comunicacions Unificades:Asterisk v1.8.3 : Servidor de telefonia amb veu sobre IP (VoIP).FreePBX v2.9.0beta2 : GUI de control i administració d'Asterisk.Openfire v3.7.0 : Servidor de IM basat en el protocol XMPP.BigBlueButton v0.71a : Sistema de conferència web. Pendent finalitzar-ne l'implementació.I els seguents productes principals que cobreixen les necessitats del servidor de Comunicacions Unificades 2:Zimbra v7.0.1 : Servidor de correu electrònic i de calendari. Pendent resoldre conflicte inicialització LDAP.Funambol v9.0.0 : Sincronització Zimbra amb mòbils.Com a plugins o addons del productes tenim, classificats segons el producte:Asterisk addons: chan_jingle i chan_gtalkZimlets: Asterisk, Google Translator, Funambol i SocialsOpenfire pugins: Asterisk, Facebook i GmailCom a productes secundaris tenim els clients necessaris per poder utilitzar l'appliance:Firefox: Navegador web que servirà com a interfície d'usuari per les diferents eines d'administració i la demostració.Pigdin o Spark: Clients de missatgeria instantània, per l'appliance Comunicacions Unificades.A més d'instal·lar aquests productes, s'implementa una interfície web, mitjançant Drupal, en format HTML per enllaçar les diferents eines d'administració dels productes, per a cadascun dels dos appliances i es realitzara un Kiosk appliance per a familiaritzar-se amb l'entorn SuseStudio.

A 2D/3D image analysis system to track fluorescently labeled structures in rod-shaped cells: application to measure spindle pole asymmetry during mitosis.

BACKGROUND: The yeast Schizosaccharomyces pombe is frequently used as a model for studying the cell cycle. The cells are rod-shaped and divide by medial fission. The process of cell division, or cytokinesis, is controlled by a network of signaling proteins called the Septation Initiation Network (SIN); SIN proteins associate with the SPBs during nuclear division (mitosis). Some SIN proteins associate with both SPBs early in mitosis, and then display strongly asymmetric signal intensity at the SPBs in late mitosis, just before cytokinesis. This asymmetry is thought to be important for correct regulation of SIN signaling, and coordination of cytokinesis and mitosis. In order to study the dynamics of organelles or large protein complexes such as the spindle pole body (SPB), which have been labeled with a fluorescent protein tag in living cells, a number of the image analysis problems must be solved; the cell outline must be detected automatically, and the position and signal intensity associated with the structures of interest within the cell must be determined. RESULTS: We present a new 2D and 3D image analysis system that permits versatile and robust analysis of motile, fluorescently labeled structures in rod-shaped cells. We have designed an image analysis system that we have implemented as a user-friendly software package allowing the fast and robust image-analysis of large numbers of rod-shaped cells. We have developed new robust algorithms, which we combined with existing methodologies to facilitate fast and accurate analysis. Our software permits the detection and segmentation of rod-shaped cells in either static or dynamic (i.e. time lapse) multi-channel images. It enables tracking of two structures (for example SPBs) in two different image channels. For 2D or 3D static images, the locations of the structures are identified, and then intensity values are extracted together with several quantitative parameters, such as length, width, cell orientation, background fluorescence and the distance between the structures of interest. Furthermore, two kinds of kymographs of the tracked structures can be established, one representing the migration with respect to their relative position, the other representing their individual trajectories inside the cell. This software package, called "RodCellJ", allowed us to analyze a large number of S. pombe cells to understand the rules that govern SIN protein asymmetry. CONCLUSIONS: "RodCell" is freely available to the community as a package of several ImageJ plugins to simultaneously analyze the behavior of a large number of rod-shaped cells in an extensive manner. The integration of different image-processing techniques in a single package, as well as the development of novel algorithms does not only allow to speed up the analysis with respect to the usage of existing tools, but also accounts for higher accuracy. Its utility was demonstrated on both 2D and 3D static and dynamic images to study the septation initiation network of the yeast Schizosaccharomyces pombe. More generally, it can be used in any kind of biological context where fluorescent-protein labeled structures need to be analyzed in rod-shaped cells. AVAILABILITY: RodCellJ is freely available under http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html, (after acceptance of the publication).

StopFlu: Sistema BI d'anàlisi predictiu contra la grip

Vivim, cada cop més, en un món tecnològic, on la vida diària es comparteix a les xarxes socials quasi sense adonar-nos-en. En aquest context, es generen quantitats ingents d'informació que, un cop tractades, poden ésser útils en estudis ben diversos com són la detecció de terratrèmols o la detecció prematura d'una epidèmia. En relació a aquest últim, el virus de la grip és un greu problema de salut pública ja que es destinen part dels recursos sanitaris durant un període de temps considerable i disminueix la productivitat laboral dels afectats que la pateixen. Davant d'aquesta situació, es planteja la realització d'un sistema de Business Intelligence que analitzi les dades extretes dels tweets de la plataforma Twitter en relació a les hospitalitzacions produïdes a un hospital de Catalunya, per tal de tenir un anàlisi predictiu de l'aparició d'un brot d'aquestes característiques. El treball va més enllà al emprar una tecnologia no convencional per la implementació del sistema BI. S'escull la dupla Elasticsearch i Kibana per tal d'aconseguir un sistema robust, distribuït, escalable i, sobretot, totalment personalitzable. Després d'un estudi d'aquestes dos solucions, incloent els plugins de monitoratge i càrrega de dades, s'ha elaborat un data warehouse complet i un quadre de comandament introductori. Es deixa, per futures línies de treball, l'anàlisi profund de les dades i la conseqüent extracció d'uns resultats que ens ajudin a predir amb una major antelació l'aparició d'un nou brot del virus de la grip.

StopFlu : Sistema BI d'anàlisi predictiva contra la grip

Realització d'un sistema de Business Intelligence que analitzi les dades extretes dels tweets de la plataforma Twitter en relació a les hospitalitzacions produïdes a un hospital de Catalunya, per tal de tenir una anàlisi predictiva de l'aparició d'un brot de grip. El treball va més enllà a l'emprar una tecnologia no convencional per la implementació del sistema BI. S'escull la dupla ElasticSearch i Kibana per tal d'aconseguir un sistema robust, distribuït, escalable i, sobretot, totalment personalitzable. Després d'un estudi d'aquestes dos solucions, incloent els plugins de monitoratge i càrrega de dades, s'ha elaborat un data warehouse complet i un quadre de comandament introductori.

Desenvolvimento de um ambiente virtual de ensino em histologia para estudantes da saúde

As tecnologias da informação e da comunicação (TICs) têm sido amplamente utilizadas no ensino da saúde. As plataformas usadas para o desenvolvimento do ambiente virtual de ensino (AVE) geralmente apresentam uma linguagem de informática complexa. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um AVE em Histologia voltado para estudantes da área da saúde, disponibilizado na internet com o uso de uma plataforma de uso gratuito e livre. O material elaborado utilizou diferentes TICs, como: animações, vídeos, atlas virtual, aulas virtuais, simulados online e chat. Foi desenvolvido um AVE com uso da plataforma online wordpress.org, que apresentou as seguintes vantagens: fácil manipulação, gerenciamento e atualização do site; interface simples; ampla quantidade de plugins disponíveis, que supriram as necessidades primárias do AVE; e utilização gratuita e livre. Embora esse recurso possa facilitar o aprendizado em Histologia, é preciso avaliar sua efetividade.

Useamman monitorin web-sovellukset: tekniset haasteet ja mahdollisuudet

Työssä tutkikaan, miten web-teknologiat soveltuvat usean monitorin sovelluksiin web-ympäristössä, ja todeta tähän liittyvät ongelmat sekä niiden mahdolliset ratkaisut teknisellä tasolla. Tutkituista teknologioista valitaan parhaiten soveltuva ratkaisu ja sen avulla luodaan usean monitorin sovellus, jonka avulla pureudutaan teknillisiin mahdollisuuksiin ja rajoitteisiin. Työn tuloksena nähdään, että usean monitorin web-sovellukset sisältävät monia ohjelmistoteknillisiä ongelmia ja ne sopivat lähinnä järjestelmiin, joiden ympäristö, esimerkiksi käyttöjärjestelmä tai selain, tiedetään. Tällöin voidaan turvautua käyttökokemusta parantaviin selaimen laajennuksiin tai ulkopuolisiin liitännäisiin, jotka toimivat kyseisessä ympäristössä.