Sox genes and cancer

Sox genes encode transcription factors belonging to the HMG ( High Mobility Group) superfamily. They are conserved across species and involved in a number of developmental processes. In vitro studies have shown at least one Sox gene to be capable of inducing oncogenic transformation of fibroblast cells. In addition, overexpression and/or amplification of Sox genes are associated with a large number of tumour types in vivo. We review here the available evidence linking Sox gene expression and cancer, and show that this link is supported by extensive EST database analysis. This work provides a basis for further studies aimed at investigating the possible role of Sox genes in the oncogenic process. Copyright (C) 2004 S. Karger AG, Basel.

High mobility group I(Y)-like DNA-binding domains on a bacterial transcription factor.

The bacterium Myxococcus xanthus responds to blue light by producing carotenoids. It also responds to starvation conditions by developing fruiting bodies, where the cells differentiate into myxospores. Each response entails the transcriptional activation of a separate set of genes. However, a single gene, carD, is required for the activation of both light- and starvation-inducible genes. Gene carD has now been sequenced. Its predicted amino acid sequence includes four repeats of a DNA-binding domain present in mammalian high mobility group I(Y) proteins and other nuclear proteins from animals and plants. Other peptide stretches on CarD also resemble functional domains typical of eukaryotic transcription factors, including a very acidic region and a leucine zipper. High mobility group yI(Y) proteins are known to bind the minor groove of A+T-rich DNA. CarD binds in vitro an A+T-rich element that is required for the proper operation of a carD-dependent promoter in vivo.

Análisis de la expresión de las moléculas relacionadas con el complejo principal de histocompatibilidad de clase I y de NKG2D como respuesta al daño oxidativo del DNA en el cáncer urotelial de vejiga. Relación con las características clínico patológicas y supervivencia

Es tracta d'un estudi retrospectiu de casos de 280 pacients diagnosticats de tumor vesical primari amb un seguiment mínim de 8 anys. S'ha construït un Tissue microarray i mitjançant mètodes semiquantitatius d’inmunohistoquímica es determinarà l'expressió de les molècules MICA (MHC class I chain-related gene A) i del seu receptor NKG2D (Natural-Killer group 2-member D) a nivell tissular, relacionant-lo amb variables anatomopatològiques segons els grups de risc, hàbit tabàquic i sexe. Finalment valorarem l'expressió de MICA/NKG2D com a factor independent de recidiva / progressió tumoral. En la literatura només existeixen 2 treballs que relacionin MICA amb el càncer vesical.

Specific binding of the mammalian high mobility group protein AT-hook 2 to the minor groove of AT -rich DNAs: Thermodynamic and specificity studies

The mammalian high mobility group protein AT-hook 2 (HMGA2) is a small transcriptional factor involved in cell development and oncogenesis. It contains three "AT-hook" DNA binding domains, which specifically recognize the minor groove of AT-rich DNA sequences. It also has an acidic C-terminal motif. Previous studies showed that HMGA2 mediates all its biological effects through interactions with AT-rich DNA sequences in the promoter regions. In this dissertation, I used a variety of biochemical and biophysical methods to examine the physical properties of HMGA2 and to further investigate HMGA2's interactions with AT-rich DNA sequences. The following are three avenues perused in this study: (1) due to the asymmetrical charge distribution of HMGA2, I have developed a rapid procedure to purify HMGA2 in the milligram range. Preparation of large amounts of HMGA2 makes biophysical studies possible; (2) Since HMGA2 binds to different AT-rich sequences in the promoter regions, I used a combination of isothermal titration calorimetry (ITC) and DNA UV melting experiment to characterize interactions of HMGA2 with poly(dA-dT) 2 and poly(dA)poly(dT). My results demonstrated that (i) each HMGA2 molecule binds to 15 AT bp; (ii) HMGA2 binds to both AT DNAs with very high affinity. However, the binding reaction of HMGA2 to poly(dA-dT) 2 is enthalpy-driven and the binding reaction of HMGA2 with poly(dA)poly(dT) is entropy-driven; (iii) the binding reactions are strongly depended on salt concentrations; (3) Previous studies showed that HMGA2 may have sequence specificity. In this study, I used a PCR-based SELEX procedure to examine the DNA binding specificity of HMGA2. Two consensus sequences for HMGA2 have been identified: 5'-ATATTCGCGAWWATT-3' and 5'-ATATTGCGCAWWATT-3', where W represents A or T. These consensus sequences have a unique feature: the first five base pairs are AT-rich, the middle four to five base pairs are GC-rich, and the last five to six base pairs are AT-rich. All three segments are critical for high affinity binding. Replacing either one of the AT-rich sequences to a non-AT-rich sequence causes at least 100-fold decrease in the binding affinity. Intriguingly, if the GC-segment is substituted by an AT-rich segment, the binding affinity of HMGA2 is reduced approximately 5-fold. Identification of the consensus sequences for HMGA2 represents an important step towards finding its binding sites within the genome.

Frecuencia de aislamiento de los géneros Clostridium y Staphylococcus de leche cruda bovina y leches en polvo

El uso del término Intoxicaciones Alimentarias está aplicado en forma genérica a todas aquellas enfermedades que se adquieren por consumo de alimentos o aguas contaminadas. Este término incluye las intoxicaciones causadas, entre otras, por toxinas elaboradas por proliferación bacteriana por S. aureus; C. perfringens; V. parahaemolyticus; E. coli; C. botulinum entre otras. La intoxicación alimentaria tiene una etiología predominante en su frecuencia de aislamiento. Generalmente se deben a cepas de estafilococos enterotóxicos, transmitida por consumo de leche cruda o productos lácteos. En cambio no existe mucha información relacionada con aquellas intoxicaciones alimentarias producidas por C. perfringens. De acuerdo a las observaciones preliminares es posible aislar C. perfringens de leche cruda bovina. (...) Este proyecto tiene como Objetivo General observar, desde el punto de vista epidemiológico, la frecuencia de aislamiento de los géneros Clostridium y Staphylococcus de dos productos lácteos importantes en la alimentación humana como son leche cruda de vaca y leche en polvo, expendida en forma comercial en los supermercados.

Quimiotaxonomía en especies de la Tribu Heliantheae y la Familia Umbeliferas: Probable actividad biológica

La conjugación interdisciplinaria entre la Química y la Taxonomía Vegetal ha dado origen a una nueva disciplina, la Quimiotaxonomía. Esta nueva forma de estudio consiste en aplicar a la clasificación de las plantas los resultados de su análisis químico. Así, la información derivada de los compuestos presentes en los vegetales aporta evidencias que permiten ubicar o reubicar distintos taxones críticos. La evolución de los compuestos químicos y de los aspectos morfológicos está interrelacionada y muchos metabolitos secundarios sirven para confirmar las clasificaciones morfológicas. Sin embargo, en los casos en que las relaciones morfológicas son poco claras, los metabolitos secundarios o marcadores a menudo son pruebas de considerable valor. (...) Para que un compuesto pueda ser utilizado como marcador quimiotaxonómico debe estar presente en el taxón bajo estudio, como así también debe quedar claro su ausencia fuera del mismo. (...) El proyecto tiene dos objetivos fundamentales: a) El aislamiento e identificación de los metabolitos secundarios de especies de la tribu Heliantheae (Asteraceae) con énfasis en los géneros Helianthus y Viguiera y en especies de la familia Umbeliferas , género Eryngium . En ambas familias se ha demostrado que las relaciones morfológicas son poco claras, por lo que la información derivada de los compuestos presentes en los vegetales pueden aportarnos evidencias que permitan ubicar o reubicar distintos taxones críticos. (...) b) La determinación de la bioactividad de los metabolitos secundarios presentes en las especies mencionadas precedentemente. En trabajos anteriores hemos determinado que algunos compuestos obtenidos e identificados pueden ser repelentes de insectos o inhibir el crecimiento de plantas. Por esta razón, se proseguirá con el ensayo sobre los extractos completos y sobre compuestos puros. En algunos casos la purificación será guiada por la mayor o menor actividad biológica de los extractos y fracciones obtenidas. También se recurrirá a su modificación estructural con el objetivo de establecer una relación estructura-actividad.

Polimorfismos genéticos y plasticidad fenotípica en Eragrostis, Festuca y Amaranthus

La existencia de variabilidad genética y plasticidad fenotípica entre y dentro de los genotipos de Eragrostis curvula (Schrad.) Nees s. Latinoamericana y Amaranthus spp., permitirá cuantificar la asociación entre ambos descriptores poblacionales proporcionando conocimientos de interés teórico y práctico relacionados con el mejoramiento genético y la conservación del germoplasma de ambas especies. Un manejo eficiente de un banco de germoplasma depende del conocimiento que se tenga sobre la magnitud y la distribución intra e inter poblacional de la diversidad genética, conocimiento que además resulta imprescindible para desarrollar programas de mejoramiento. La caracterización de las colecciones consiste en el registro de caracteres altamente heredables que se expresan en todos los ambientes. Los caracteres morfológicos y las isoenzimas han sido ampliamente usados en estudios taxonómicos, genéticos y evolutivos. Actualmente utilizando los RAPDs obtenidos con el PCR se puede estudiar con más detalle la diversidad genética y conocer algunos genes que están implicados en caracteres agronómicos más complejos o loci de caracteres cuantitativos (QTLs). La magnitud de la respuesta de los genotipos a las condiciones ambientales puede ser considerada en términos de plasticidad fenotípica. La plasticidad fenotípica es un fenómeno poco estudiados en plantas, aunque existen evidencias que indican que es una respuesta rápida del individuo a cambios ambientales transcurridos en períodos de tiempo cortos. Este tipo de respuesta está directamente relacionada con procesos de adaptación de las plantas a la heterogeneidad ambiental y aparentemente estaría bajo control genético. (...) Objetivos Generales: - Determinar la asociación entre la diversidad observada en los caracteres cualitativos y la plasticidad fenotípica de los caracteres cuantitativos. Objetivos Específicos: - Caracterizar los diferentes genotipos de una colección de Amaranthus spp. mediante marcadores morfológicos y bioquímicos. - Aplicar y comparar distintas metodologías para el análisis de la interacción genotipo-ambiente y la plasticidad fenotípica en Festuca arundinacea scheb. - Evaluar la interacción genético-ambiental en Eragrostis curvula (Schrad.) Nees s. Latinoamericana. y en Amaranthus spp. y cuantificar la plasticidad fenotípica utilizando la metodología óptima seleccionada en base a los resultados de Festuca arudinacea.

Tizón (Sclerotinia sclerotiorum, S. minor) y Marchitamiento (Sclerotium rolfsii) del maní

En Argentina, el cultivo de maní Arachis hypogaea L. se realiza casi exclusivamente en la provincia de Córdoba (98 % del total), significando su exportación alrededor del 10 % del total de las estimadas para esta provincia en 1996. En las áreas productoras de maní del mundo los hongos patógenos presentes en el suelo causan enfermedades que producen significativas disminuciones en los rendimientos. En Argentina las pérdidas han sido calculadas entre 14 y 18 millones de dólares, siendo las enfermedades más importantes el tizón (Sclerotinia sclerotiorum, S. minor) y el marchitamiento (Sclerotium rolfsii). (...) En nuestro país, los estudios efectuados comprenden esencialmente la identificación de los agentes causales, distribución espacial y cuantificación de las pérdidas, faltando completar los estudios sobre su biología y epidemiología. La hipótesis de este proyecto es: A partir de estudios biológicos y epidemiológicos se contribuirá a desarrollar estrategias de manejo de tizón y el marchitamiento del maní. Objetivo General Identificar y definir los principios fundamentales a partir de los cuales diseñar estrategias de manejo integradas al sistema productivo. Objetivos Específicos 1. Conocer la biología de los patógenos causantes del tizón y el marchitamiento y 2. Comprender la epidemiología de estas enfermedades.

Estudios cariosistemáticos en Solanáceas sudamericanas, con especial referencia a Capsicum y Nierembergia

Solanaceae , aunque cosmopolita, presenta la mayor concentración de géneros y especies en Sudamérica, donde se habría originado. Esta familia tiene gran interés ya que incluye especies económicamente importantes por su valor alimenticio (por ejemplo ajíes, papa, tomate), de consumo (tabaco) o como medicinales y ornamentales; comprende también plantas tóxicas y malezas. Fuera de representantes del hemisferio boreal, los estudios cariológicos existentes se concentran en algunas especies de gran utilidad económica. De este modo, la gran diversidad de Solanáceas presente en nuestro subcontinente apenas ha sido considerada en lo que se refiere a aspectos cariológicos básicos como el estudio del cariotipo y del contenido de ADN nuclear. Además, en el caso de las contribuciones referidas a cromosomas generalmente se emplean técnicas convencionales de tinción. En particular, los datos citológicos en Solanaceae de Argentina se refieren sobre todo a cromosomas meióticos. En consecuencia, se propone estudiar los cromosomas de entidades sudamericanas de Solanáceas, poniendo énfasis en el análisis cariotípico mediante el empleo de técnicas de bandeo cromosómico; dicho método posibilitan un análisis cariotípico más preciso y completo, ya que permiten individualizar los cromosomas no sólo por la forma sino por su estructura interna. (...) El estudio se centra en dos géneros: Capsicum L. y Nierembergia R. et P. Los objetivos generales son: 1. Contribuir a un mejor conocimiento de las relaciones entre los taxones y con ello, posibilitar un eventual mejoramiento del sistema clasificatorio de la familia, especialmente en Capsicum y Nierembergia . 2. Trazar las posibles tendencias evolutivas en dichos géneros. 3. En Capsicum , acrecentar el conocimiento de los recursos genéticos tanto en las especies cultivadas como de las silvestres.

Utilización de técnicas de Biología Molecular en el diagnóstico clínico: detección de Trypanosoma cruzi y su relación con el compromiso cardiovascular en pacientes chagásicos

La enfermedad de Chagas, que afecta en Latinoamérica a unos 20 millones de personas, presenta una fase inicial aguda con niveles altos de parasitemia y a continuación el período intermedio y la fase crónica con baja parasitemia que pueden durar varias décadas. Un importante porcentaje de infectados con Trypanosoma cruzi desarrolla la miocardiopatía chagásica, cuya fisiopatología plantea actualmente numerosos interrogantes. (...) La dificultad en la comprensión de los mecanismos fisiopatológicos de esta enfermedad se acrecienta con la ausencia de métodos diagnósticos certeros. Actualmente éste se basa en la sospecha clínica-epidemiológica y en pruebas serológicas que sólo indican la memoria inmunológica de la exposición al parásito. La disparidad de resultados entre los diferentes métodos de diagnóstico directo, cultivos anatomopatológicos y hemocultivos puede deberse a que sólo en una proporción de pacientes con serología positiva el parásito está presente o bien a que su presencia sea transitoria y periódica, o bien a la ausencia de un método suficientemente sensible para detectarlo. (...) En nuestro laboratorio hemos demostrado que es posible detectar T. cruzi en sangre de pacientes con Chagas crónico, mediante la amplificación de un fragmento de ADN de T. cruzi de 220 pb. Este fragmento es específico de T. Cruzi y no produce reacciones cruzadas con ADN humano ni Leishmania. En resumen, distintos autores afirman que la presencia del parásito es un factor importante en la generación y mantenimiento de la inflamación miocárdica. Es posible, por lo tanto, que la detección de parasitemia en chagásicos crónicos, tengan o no signos de cardiopatía, sirva como un dato pronóstico sobre la evolución futura de la enfermedad. En el presente proyecto nos proponemos detectar parasitemia en pacientes chagásicos serológicamente positivos que se hallan en las etapas intermedia y crónica de la enfermedad. Este dato se correlacionará con el grado de compromiso cardiovascular para determinar su posible valor pronóstico de la aparición y evolución de la miocardiopatía chagásica. Objetivo general Determinar parasitemia en pacientes chagásicos de fase intermedia y crónicos y correlacionarlo con el grado de compromiso cardíaco, en función del timpo de evolución y el número de parásitos circulantes. Objetivos específicos 1. Identificar parasitemia en pacientes chagásicos crónicos por medio de PCR y correlacionarlo con el grado de compromiso cardíaco determinado según la clasificación de la Sociedad Argentina de Cardiología. 2. Cuantificar los parásitos por medio de PCR cuantitativa para establecer una posible correlación con el tipo clínico de las miocardiopatías.

Tizón (Sclerotinia sclerotiorum, S. minor) y Marchitamiento (Sclerotium rolfsii) del maní

En Argentina, el cultivo de maní Arachis hypogaea L. se realiza casi exclusivamente en la provincia de Córdoba (98 % del total), significando su exportación alrededor del 10 % del total de las estimadas para esta provincia en 1996. En las áreas productoras de maní del mundo los hongos patógenos presentes en el suelo causan enfermedades que producen significativas disminuciones en los rendimientos. En Argentina las pérdidas han sido calculadas entre 14 y 18 millones de dólares, siendo las enfermedades más importantes el tizón (Sclerotinia sclerotiorum, S. minor) y el marchitamiento (Sclerotium rolfsii). (...) En nuestro país, los estudios efectuados comprenden esencialmente la identificación de los agentes causales, distribución espacial y cuantificación de las pérdidas, faltando completar los estudios sobre su biología y epidemiología. La hipótesis de este proyecto es: A partir de estudios biológicos y epidemiológicos se contribuirá a desarrollar estrategias de manejo de tizón y el marchitamiento del maní. Objetivo General Identificar y definir los principios fundamentales a partir de los cuales diseñar estrategias de manejo integradas al sistema productivo. Objetivos Específicos 1. Conocer la biología de los patógenos causantes del tizón y el marchitamiento y 2. Comprender la epidemiología de estas enfermedades.

Aproximación al manejo de Nemátodos Fitófagos de los genéros nacobbus y meloidogyne en la Provincia de Córdoba: cultivos hortícolas y aromáticos. Approach to the management of phytophagous nematodes of de genera nacobbus and meloidogyne in the province of Córdoba: horticultural and aromatic crops.

El proyecto que se propone es continuación de investigaciones relacionadas con dos géneros de nematodos fitófagos de interés para cultivos hortícolas (Nacobbus y Meloidogyne) y plantas aromáticas (Meloidogyne) en la Provincia de Córdoba. Hasta el momento, los conocimientos sobre estos parásitos son limitados, de allí la justificación del tema propuesto. Se realizarán muestreos de los citados cultivos, desarrollados a campo y bajo cubierta, para identificar poblaciones de esos nematodos perjudiciales. Se caracterizará morfológicamente poblaciones de N. aberrans con el objeto de consolidar criterios que permitan su reconocimiento. Se llevarán a cabo estudios de relaciones nematodo-hospedador poniendo énfasis en aspectos para los cuales no existen antecedentes en el país. Por un lado, se evaluará el grado de susceptibilidad de diferentes cultivares de pimiento a la agresión de poblaciones de N. aberrans de reconocida patogenicidad para el cultivo. Por otro, se estudiará el efecto de la colonización de micorrizas arbusculares en raíces de tomate y pimiento, como agente que brindaría resistencia al ataque de N. aberrans. Cabe hacer notar que con respecto a la interacción del complejo representado por N. aberrans-planta-micorrizas no ha sido publicada información alguna a nivel mundial. La importancia del proyecto reside en la posibilidad de obtener datos originales, transferibles al sector de producción agrícola. Al mismo tiempo, contribuirá a definir estrategias alternativas de manejo de problemas ocasionados por nematodos fitófagos, basadas en aspectos biológicos y no en la utilización sistemática de agroquímicos contaminantes.

Desarrollo tecnológico de germoplasma a partir de plantas nativas ornamentales: los casos de Glandularia y Solidago. Technological development of native ornamental germoplasm: the cases of Solidago and Glandularia genera.

Un importante número de especies ornamentales que se cultivan en el mundo derivan de germoplasma Sudamericano. El uso de Recursos Genéticos nativos para el desarrollo de plantas ornamentales ha sido escasamente explotado en Argentina, por lo que el país no ha tenido beneficio alguno. El sector depende de variedades desarrolladas en el exterior lo que implica el pago de regalías inclusive para el caso de variedades derivadas de especies nativas argentinas. Las poblaciones naturales (distintas especies de Glandularia, distintos ecotipos de Solidago) presentan, una considerable variabilidad en distintos caracteres vegetativos y reproductivos que les permiten sobrevivir en ambientes con distintas condiciones climáticas, edáficas, bióticas, etc. Es por ello que, a partir de dicha variabilidad existente en las poblaciones naturales, será posible seleccionar individuos con caracteres de alto valor ornamental. Si bien el valor ornamental de los géneros Glandularia y Solidago es reconocido, no se han realizado avances en el conocimiento de su biología floral o su potencialidad para generar variabilidad en el país, aunque se conoce el éxito económico de las variedades comerciales desarrolladas en el exterior. Los objetivos del presente proyecto serán lograr avances en la obtención de variedades ornamentales o clones noveles a partir de especies nativas a través de la selección de genotipos superiores e hibridaciones interespecíficas en Glandularia y la domesticación, caracterización y selección de clones superiores y/o noveles en Solidago. La metodología para lograr dichos objetivos será: recolección de germoplasma en zonas de distribución, identificación taxonómica, domesticación, caracterización y mejoramiento genético clásico. Los resultados obtenidos permitirán determinar la aptitud combinatoria de las especies del género Glandularia, como así también aportar elementos científicos básicos para encarar futuros trabajos de mejoramiento, entre ellos, se deberá poder identificar las barreras a la hibridación interespecífica (pre o post cigóticas). Estos conocimientos resultan básicos e indispensables en el momento de establecer estrategias racionales para la superación de las barreras a la hibridación. En el género Solidago, los resultados obtenidos son permitirán establecer una base genética lo suficientemente amplia como para establecer los lineamientos necesario para el logro de nuevas variedades ornamentales. A partir de este proyecto se podrá disponer de material con distintos grados de desarrollo: colecciones de los géneros Glandularia y Solidago caracterizadas, domesticadas y materiales avanzados en el mejoramiento. Estos productos contribuirán al mayor conocimiento de la flora nativa ornamental, colaborarán con la sustentabilidad del sistema agroecológico, permitirán la formación de recursos humanos, el fortalecimiento del grupo y su integración con el sector productivo.

New prognostic factors and calculators for outcome prediction in patients with recurrent glioblastoma: A pooled analysis of EORTC Brain Tumour Group phase I and II clinical trials.

BACKGROUND: Prognostic models have been developed to predict survival of patients with newly diagnosed glioblastoma (GBM). To improve predictions, models should be updated with information at the recurrence. We performed a pooled analysis of European Organization for Research and Treatment of Cancer (EORTC) trials on recurrent glioblastoma to validate existing clinical prognostic factors, identify new markers, and derive new predictions for overall survival (OS) and progression free survival (PFS).¦METHODS: Data from 300 patients with recurrent GBM recruited in eight phase I or II trials conducted by the EORTC Brain Tumour Group were used to evaluate patient's age, sex, World Health Organisation (WHO) performance status (PS), presence of neurological deficits, disease history, use of steroids or anti-epileptics and disease characteristics to predict PFS and OS. Prognostic calculators were developed in patients initially treated by chemoradiation with temozolomide.¦RESULTS: Poor PS and more than one target lesion had a significant negative prognostic impact for both PFS and OS. Patients with large tumours measured by the maximum diameter of the largest lesion (⩾42mm) and treated with steroids at baseline had shorter OS. Tumours with predominant frontal location had better survival. Age and sex did not show independent prognostic values for PFS or OS.¦CONCLUSIONS: This analysis confirms performance status but not age as a major prognostic factor for PFS and OS in recurrent GBM. Patients with multiple and large lesions have an increased risk of death. With these data prognostic calculators with confidence intervals for both medians and fixed time probabilities of survival were derived.