Polymorphisms and DNA methylation of gene TP53 associated with extra-axial brain tumors

The p53 tumor suppressor gene is the most frequently mutated gene in human cancer; this gene is mutated in up to 50% of human tumors. It has a critical role in the cell cycle, apoptosis and cell senescence, and it participates in many crucial physiological and pathological processes. Polymorphisms of p53 have been suggested to be associated with genetically determined susceptibility in various types of cancer. Another process involved with the development and progression of tumors is DNA hypermethylation. Aberrant methylation of the promoter is an alternative epigenetic change in genetic mechanisms, leading to tumor suppressor gene inactivation. In the present study, we examined the TP53 Arg72Pro and Pro47Ser polymorphisms using PCR-RFLP and the pattern of methylation of the p53 gene by methylation-specific PCR in 90 extra-axial brain tumor samples. Patients who had the allele Pro of the TP53 Arg72Pro polymorphism had an increased risk of tumor development ( odds ratio, OR = 3.23; confidence interval at 95%, 95% CI = 1.71-6.08; P = 0.003), as did the allele Ser of TP53 Pro47Ser polymorphism (OR = 1.28; 95% CI = 0.03-2.10; P = 0.01). Comparison of overall survival of patients did not show significant differences. In the analysis of DNA methylation, we observed that 37.5% of meningiomas, 30% of schwannomas and 52.6% of metastases were hypermethylated, suggesting that methylation is important for tumor progression. We suggest that TP53 Pro47Ser and Arg72Pro polymorphisms and DNA hypermethylation are involved in susceptibility for developing extra-axial brain tumors.

Análise do polimorfismo no códon 72 do gene TP53 em mulheres inférteis com e sem endometriose

OBJETIVO: avaliar a frequência do polimorfismo no códon 72 do gene TP53 em mulheres inférteis com endometriose, mulheres com infertilidade idiopática, Grupo Controle e sua associação com a doença. MÉTODOS: estudo caso-controle que incluiu 198 mulheres inférteis com endometriose, 70 mulheres com infertilidade idiopática e 169 mulheres férteis sem endometriose como controles. O polimorfismo no códon 72 do gene TP53 (rs1042522, Arg/C:Pro/G), que promove uma troca de C/G na sequência codante, foi identificado pela reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real, por meio da utilização de sistema TaqMan de primers, flanqueando a região em questão e sondas marcadas com fluoróforos diferentes, uma para o alelo C, outra para o alelo G. Na observação de dois fluoróforos, o paciente foi considerado heterozigoto para o polimorfismo. Na presença de apenas um fluoróforo, o paciente foi considerado homozigoto CC ou GG. O teste do χ2 foi utilizado para comparar as frequências dos genótipos e alelos entre os grupos. Todos os valores de p foram bicaudais, e o nível de significância considerado foi 0,05 (α <0,05). RESULTADOS: não foi encontrada diferença significativa na frequência dos genótipos CC, CG e GG (p=0,7) e alelos C e G (p=0,4) do polimorfismo no códon 72 do gene TP53 entre pacientes inférteis com endometriose em relação aos controles, independentemente do estágio da doença. Em relação à infertilidade, não houve diferença significativa quanto às mulheres inférteis sem endometriose em relação aos controles na distribuição dos genótipos e alelos (p=1,0 e p=0,8, respectivamente). Considerando o modelo de herança dominante, não houve diferença estatística significante tanto no grupo de endometriose (p=0,5) como no grupo de infertilidade idiopática (p=0,9) em relação aos controles. Observando o modelo recessivo, também não houve diferença significante (p=0,6 e p=1,0, respectivamente) para os grupos de endometriose e infertilidade idiopática. CONCLUSÃO: o estudo mostrou que o polimorfismo no códon 72 do gene TP53 não confere risco genético associado ao desenvolvimento de infertilidade e/ou endometriose, nem mesmo na forma grave da doença, na população brasileira.

Avaliação da superexpressão da proteína p53 e das mutações no éxon 8 do gene TP53 em carcinomas mamários caninos e glândulas normais

Este estudo foi realizado com o objetivo de avaliar a expressão da proteína p53, pela técnica de imuno-histoquímica, em neoplasmas mamários malignos em cadelas, além de investigar mutações no éxon 8 do gene supressor Tp53 por meio do padrão de bandas obtidas por PCR-RFLP. Dezenove mamas de cadelas saudáveis foram usadas como controle (Grupo 1). Amostras de 18 casos de tumores malignos (Grupo 2) e suas glândulas mamárias contralaterais (Grupo 3) foram obtidas na rotina do Hospital Veterinário da UFRPE. Os tumores foram identificados histologicamente e classificados em graus de malignidade. O método da estreptoavidina-biotina peroxidase foi utilizado para a análise da expressão de p53 por imuno-histoquímica, de acordo com a localização e intensidade da coloração. A expressão da proteína p53 não foi observada nas amostras do Grupo 1, mas foi encontrada em todas as amostras de tumores malignos (Grupo 2) seja só no núcleo, ou também no citoplasma. No Grupo 3, a expressão foi observada em quatro amostras normais e em duas que apresentavam tumor. Para a análise molecular, o DNA genômico foi extraído e submetido à PCR-RFLP com as seguintes endonucleases: AluI, BsoBI, DdeI e SmaI. O padrão de bandas foi polimórfico entre os grupos, mas não entre as variantes tumorais. Esse polimorfismo detectou mutações no fragmento estudado - éxon 8 do gene Tp53 - que podem resultar em alterações nos nucleotídeos, localizados nos sítios de restrição das enzimas. Esses achados levam a conclusão de que a imunoexpressão da p53 não tem relação com o subtipo histológico ou grau de malignidade do tumor, mas sim com a presença dos tumores no tecido mamário de cadelas. A PCR-RFLP pode ser usada como importante ferramenta para o estudo da carcinogênese mamária na cadela, possibilitando gerar diagnósticos precoces através do polimorfismo obtido com endonucleases de restrição pré-selecionadas.

Imunorreatividade da p53 associada à ausência de mutações no gene TP53 em linfomas caninos

Sabendo-se da influência das mutações no gene TP53 no desenvolvimento das neoplasias e da discrepância entre os resultados obtidos pelas técnicas de sequenciamento e imunoistoquímica, esta pesquisa teve como objetivo relacionar a sequência do TP53 com a imunorreatividade da p53. Foram obtidas amostras de linfoma de 12 cães. O diagnóstico histopatológico foi determinado pela classificação de Kiel. O imunofenótipo e a imunomarcação da p53 foram determinados por imunoistoquímica. Para reação com a p53, utilizou-se anticorpo policlonal anti-p53 (CM1) na diluição de 1:500. A região do gene TP53 compreendida entre os exons quatro e nove foi amplificada por PCR e submetida ao sequenciamento. Apesar dos resultados obtidos pela imunoistoquímica, nenhuma mutação foi encontrada nas sequências analisadas. Conclui-se que a imunorreatividade da p53 pela imunoistoquímica não pode ser atribuída à presença de mutações no domínio central do gene TP53.

Microdissecção e captura a laser na investigação do gene TP53 em tecidos incluídos em parafina

INTRODUÇÃO: Microdissecção e captura a laser (MCL) é uma técnica de desenvolvimento recente que permite a coleta de células individuais ou pequeno conjunto de células para análise molecular. Atualmente, no Brasil, há raros microscópios para MCL, de modo que a divulgação dos procedimentos inerentes a essa técnica é oportuna para destacar seu amplo potencial para diagnóstico e investigação. OBJETIVO: Este trabalho descreve a padronização dos procedimentos de MCL e de extração de DNA de material fixado em formalina e incluído em parafina. MATERIAL E MÉTODOS: Foram estudados o éxon 8 do gene TP53 e o gene da ciclofilina em amostras de tecido normal e de neoplasias de fígado e rim provenientes de modelo de carcinogênese química induzida em rato. A extração do DNA foi comprovada por reação em cadeia da polimerase (nested-PCR). RESULTADOS: Foram padronizados os procedimentos de preparo dos cortes histológicos, de microdissecção e captura a laser e de obtenção de seqüências gênicas pela reação de nested-PCR para tecidos incluídos em parafina. Obtivemos amplificação de 48,3% das amostras para o éxon 8 do gene TP53 e 51,7% para o gene da ciclofilina. Considerando pelo menos um dos dois segmentos gênicos, foram amplificadas 79,3% das amostras. DISCUSSÃO E CONCLUSÃO: A extração de DNA de tecidos fixados em formalina e incluídos em parafina e a técnica de nested-PCR foram adequadamente padronizadas para produtos gênicos de interesse, obtidos de material coletado por MCL. Esses procedimentos podem ser úteis para a obtenção de seqüências de DNA de arquivos para análise molecular.

Detecção de gene TP53 e expressão das proteínas p53, Bcl-2 e p63 no tumor venéreo transmissível canino

Pós-graduação em Ciência Animal - FMVA

Papilomavírus humano e polimorfismo do gene TP53 no carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

O papel da proteina p53 e do gene TP53 na carcinogênese bucal quimicamente induzida pela 4NQO em ratos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Screening de polimorfismos e análise comparativa de alterações no número de copias do gene tp53 em gliomas

As neoplasias astrocitárias correspondem a cerca de (60%) dos tumores do sistema nervoso central, sendo que atingem principalmente adultos numa fase altamente produtiva da vida e com evoluções pouco satisfatórias apesar dos tratamentos disponíveis. Um melhor entendimento de sua biologia molecular se faz necessário na tentativa de compreender sua evolução e melhor planejar e tratamento, assim como na busca de novas terapias. Este trabalho teve como objetivo analisar modificações no gene TP53 com relação ao número de cópias e polimorfismos nos éxons de 4 a 11, considerados hotspots para mutações. Um total de 14 amostras de diferentes graus de malignidade foram analisadas por experimentos de FISH interfásico com sondas loco-específicas do gene TP53 e centroméricas para o cromossomo 17, e também pela técnica de SSCP para o screening de polimorfismos dos éxons 4-10. Foram comparados os resultados obtidos entre tumores de graus I e II (benignos) com aqueles de graus III e IV (malignos). Os resultados referentes às sondas loco-específicas (gene TP53 e centrômero do cromossomo 17) mostraram que a ocorrência de deleções ou amplificações, apesar de importantes estatisticamente em relação aos núcleos com número de marcações normais, não apresentou correlação com idade, sexo ou grau de malignação. Entretanto, as alterações foram encontradas com maior freqüência nos paciente portadores de astrocitomas de grau intermediário (III). A técnica de SSCP revelou polimorfismos nos éxons 5, 7 e 10, e apesar de não estarem associados à malignidade tumoral, os casos polimórficos corresponderam aos pacientes com menor sobrevida após tratamentos, sugerindo, uma associação entre mutações nesses éxons e uma maior agressividade tumoral.

Detection of the tumour suppressor gene TP53 and expression of p53, Bcl-2 and p63 proteins in canine transmissible venereal tumour

Canine transmissible venereal tumour (CTVT) is a neoplasm transmitted among healthy dogs by direct contact with injured skin and/or mucous tissue. This study aimed to identify the TP53 gene, messenger RNA (mRNA) as well as the expression of p53, Bcl-2 and p63 proteins in histological sections of 13 CTVT samples at different stages of evolution. The in situ hybridization (ISH) and in situ reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assays were used, which showed the DNA homologous to TP53 and its respective mRNA in 92.3% of the samples. We detected p53, p63 and Bcl-2 proteins in most of the cell samples in different grades of intensity. In addition, 46% of the samples were in the progressive and 54% in the regression phase. This is the first description of these proteins and a detailed study of their role in CTVT cells needs to be addressed in or to verify how these cells undergo apoptosis.

Investigation of single-strand conformational polymorphism of the TP53 gene in women with a family history of breast cancer

Breast cancer in families with germ line mutations in the TP53 gene has been described in the medical literature. Mutation screening for susceptibility genes should allow effective prophylactic and preventive measures. Using single-strand conformational polymorphism, we screened for mutations in exons 5, 6, 7 and 8 of gene TP53 in the peripheral blood of 8 young non-affected members (17 to 36 years old) of families with a history of breast cancer. Studies of this type on young patients (mean age, 25 years) are very rare in the literature. The identification of these mutations would contribute to genetic counseling of members of families with predisposition to breast cancer. The results obtained did not show any polymorphism indicating mutation. In our sample, the familial tumorigenesis is probably related to other gene etiologies.

Análise mutacional do gene supressor de tumor TP53 e imunorreatividade da p53 em linfomas caninos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Investigation of single-strand conformational polymorphism of the TP53 gene in women with a family history of breast cancer

Breast cancer in families with germ line mutations in the TP53 gene has been described in the medical literature. Mutation screening for susceptibility genes should allow effective prophylactic and preventive measures. Using single-strand conformational polymorphism, we screened for mutations in exons 5, 6, 7 and 8 of gene TP53 in the peripheral blood of 8 young non-affected members (17 to 36 years old) of families with a history of breast cancer. Studies of this type on young patients (mean age, 25 years) are very rare in the literature. The identification of these mutations would contribute to genetic counseling of members of families with predisposition to breast cancer. The results obtained did not show any polymorphism indicating mutation. In our sample, the familial tumorigenesis is probably related to other gene etiologies.

Mutational Status of the TP53 Gene As a Predictor of Response and Survival in Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia: Results From the LRF CLL4 Trial

PurposeTP53 mutations have been described in chronic lymphocytic leukemia (CLL) and have been associated with poor prognosis in retrospective studies. We aimed to address the frequency and prognostic value of TP53 abnormalities in patients with CLL in the context of a prospective randomized trial.Patients and MethodsWe analyzed 529 CLL samples from the LRF CLL4 (Leukaemia Research Foundation Chronic Lymphocytic Leukemia 4) trial (chlorambucil v fludarabine with or without cyclophosphamide) at the time of random assignment for mutations in the TP53 gene. TP53 mutation status was correlated with response and survival data.ResultsMutations of TP53 were found in 40 patients (7.6%), including 25 (76%) of 33 with 17p deletion and 13 (3%) of 487 without that deletion. There was no significant correlation between TP53 mutations and age, stage, IGHV gene mutations, CD38 and ZAP-70 expression, or any other chromosomal abnormality other than 17p deletion, in which concordance was high (96%). TP53 mutations were significantly associated with poorer overall response rates (27% v 83%; P <.001) and shorter progression-free survival (PFS) and overall survival (OS; 5-year PFS: 5% v 17%; 5-year OS: 20% v 59%; P <.001 for both). Multivariate analysis that included baseline clinical variables, treatment, and known adverse genetic factors confirmed that TP53 mutations have added prognostic value.ConclusionTP53 mutations are associated with impaired response and shorter survival in patients with CLL. Analysis of TP53 mutations should be performed in patients with CLL who have progressive disease before starting first-line treatment, and those with mutations should be selected for novel experimental therapies. J Clin Oncol 29: 2223-2229. (C) 2011 by American Society of Clinical Oncology