Análise dos genes mitocondriais COI e 16S de populações de Chrysoperla externa (Hagen, 1861) (Neuroptera: Chrysopidae) de diferentes localidades geográficas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Mitochondrial DNA rearrangements of Podospora anserina are under the control of the nuclear gene grisea

Podospora anserina is a filamentous fungus with a limited life span. Life span is controlled by nuclear and extranuclear genetic traits. Herein we report the nature of four alterations in the nuclear gene grisea that lead to an altered morphology, a defect in the formation of female gametangia, and an increased life span. Three sequence changes are located in the 5′ upstream region of the grisea ORF. One mutation is a G → A transition at the 5′ splice site of the single intron of the gene, leading to a RNA splicing defect. This loss-of-function affects the amplification of the first intron of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) and the specific mitochondrial DNA rearrangements that occur during senescence of wild-type strains. Our results indicate that the nuclear gene grisea is part of a molecular machinery involved in the control of mitochondrial DNA reorganizations. These DNA instabilities accelerate but are not a prerequisite for the aging of P. anserina cultures.

Caracterização molecular de três espécies de Trachycephalus (Anura: Hylidae) : investigando potenciais híbridos interespecíficos

Animais híbridos representam um desafio à taxonomia e sistemática, pois correspondem a unidades evolutivas geralmente sem clara delimitação morfológica, comportamental e genética. Híbridos podem ser morfologicamente intermediários aos parentais ou, devido à introgressão e retrocruzamentos, suas características podem se misturar tornando difícil sua identificação. Uma das formas de identificação de híbridos é por meio de ferramentas de biologia molecular, que ao utilizarem marcadores de DNA mitocondrial (herança exclusiva materna) e DNA nuclear (herança materna e paterna), permitem a comparação entre informações genéticas. Além da hibridização existem outras fontes de conflito entre dados moleculares provenientes do DNA mitocondrial e DNA nuclear, como por exemplo a retenção de polimorfismos ancentrais. Em localidades do Espírito Santo, Brasil, foram coletados indivíduos de morfologia distinta de Trachycephalus mesophaeus e T. nigromaculatus, que são as únicas espécies do gênero conhecidas nesse estado. Porém, estudos piloto usando o gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI) agruparam esses espécimes com amostras de T. typhonius. Devido a estas incongruências, foram sequenciados fragmentos de dois genes mitocondriais - COI e Nicotinamida Desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um exon nuclear (tirosinase) de 173 indivíduos de Trachycephalus, de forma a esclarecer as identificações taxonômicas e investigar a correspondência entre caracteres morfológicos e genéticos nesta linhagem, na sua área de ocorrência As filogenias moleculares, divergências genéticas, redes de haplótipos e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) confirmaram as três espécies acima mencionadas como linhagens evolutivas distintas e revelaram mais sete indivíduos potencialmente híbridos, mas morfologicamente assinalados a T. mesophaeus, T. nigromaculatus ou T. typhonius.. Devido à taxa de evolução lenta da tirosinase, as espécies mais recentes T. typhonius e T. nigromaculatus parecem não terem sido sorteadas completamente nesse gene. Já T. mesophaeus, que é a espécie mais antiga das três, foi recuperada inequivocamente em todas as análises. De forma inédita, as análises moleculares evidenciaram a ocorrência de introgressão bidirecional entre T. nigromaculatus e T. typhonius e entre T. nigromaculatus e T. mesophaeus, sendo que há indícios de indivíduos F1 (cruzamentos entre espécies parentais puras gerando híbridos). A utilização do gene ND2 mostrou-se mais eficiente do que o gene COI nas filogenias e, apesar da tirosinase ser um gene nuclear de evolução lenta, contribuiu para a identificação de incongruências citonucleares. Nossos resultados mostram que a história filogenética de Trachycephalus é complexa e que o uso de marcadores nucleares de evolução mais rápida e ampliação dessas análises para outras espécies do gênero podem revelar mais eventos de hibridização.

A DNA barcode approach of the Laurencia complex (Ceramiales, Rodophyta) in the tropical and subtropical Atlantic ocean

10th International Phycological Congress, Orlando, Florida, USA, 4-10 de agosto 2013.

New mitochondrial and nuclear evidences support recent demographic expansion and an atypical phylogeographic pattern in the Spittlebug Philaenus spumarius (Hemiptera, Aphrophoridae)

Copyright: © 2014 Rodrigues et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Moluscos hospedeiros intermediários de tremátodes: Estudo molecular de helisoma sp. (Gastropoda: planorbidae) de diferentes áreas geográficas

Ao longo dos tempos a caracterização das diferentes espécies da classe Gastropoda baseava-se apenas em características fenotípicas (morfologia da concha e partes moles), as quais eram insuficientes para distinguir espécies e subespécies. Assim, a caracterização genética desenvolvida nos últimos anos, tem-se mostrado uma boa ferramenta aplicada á diferenciação molecular de espécies, permitindo uma melhor compreensão sobre moluscos com um importante papel como hospedeiros intermediários de tremátodes e qual a sua posição dentro da família Planorbidae. Os objectivos deste trabalho foram, por um lado fazer um estudo comparativo de populações de Helisoma sp., de Portugal e Cabo Verde, baseado num estudo molecular utilizando marcadores moleculares, nomeadamente o gene COI do DNA mitocondrial (mtDNA) e o gene 16S do RNA ribossomal (rRNA) e a região interna transcrita (ITS) do DNA ribossomal, e recorrendo à técnica PCR-RFLP, direccionada para a região ITS para a identificação de possíveis polimorfismos e, por outro lado estabelecer uma relação filogenética entre as populações portuguesas e cabo verdianas de Helisoma e outros planorbideos, hospedeiros intermediários de tremátodes. Os resultados obtidos, para os genes em análise permitiram a identificação de três regiões distintas: Cabo Verde, Madeira e Portugal Continental, esta última formada pelas amostras de Algarve e Coimbra, apesar da distante geográfica que separa cada umas destas duas áreas. Os resultados obtidos para os genes COI e 16S e para a região ITS, mostraram uma elevada homologia com as espécies Helisoma trivolvis e H. duryi.

Priming of a DNA metabarcoding approach for species identification and inventory in marine macrobenthic communities

Dissertação de mestrado em Molecular Genetics

Biblioteca de referência de DNA barcodes de bivalves (Mollusca: Bivalvia) e gastrópodes (Mollusca: Gastropoda) da costa Portuguesa

Dissertação de mestrado em Ecologia

Confirmation of Anopheles (Anopheles) calderoni Wilkerson, 1991 (Diptera: Culicidae) in Colombia and Ecuador through molecular and morphological correlation with topotypic material

The morphologically similar taxa Anopheles calderoni, Anopheles punctimacula, Anopheles malefactor and Anopheles guarao are commonly misidentified. Isofamilies collected in Valle de Cauca, Colombia, showed morphological characters most similar to An. calderoni, a species which has never previously been reported in Colombia. Although discontinuity of the postsubcostal pale spots on the costa (C) and first radial (R1) wing veins is purportedly diagnostic for An. calderoni, the degree of overlap of the distal postsubcostal spot on C and R1 were variable in Colombian specimens (0.003-0.024). In addition, in 98.2% of larvae, seta 1-X was located off the saddle and seta 3-C had 4-7 branches in 86.7% of specimens examined. Correlation of DNA sequences of the second internal transcribed spacer and mtDNA cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) barcodes (658 bp of the COI gene) generated from Colombian progeny material and wild-caught mosquitoes from Ecuador with those from the Peruvian type series of An. calderoni confirmed new country records. DNA barcodes generated for the closely related taxa, An. malefactor and An. punctimacula are also presented for the first time. Examination of museum specimens at the University of the Valle, Colombia, revealed the presence of An. calderoni in inland localities across Colombia and at elevations up to 1113 m.

Polimorfismos de DNA mitocondrial em populações naturais e filogeografia de duas espécies crípticas do grupo willistoni : Drosophila willistoni e D. paulistorum

A existência de polimorfismos de DNA mitocondrial analisados por um fragmento de 1413 nucleotídeos do gene COI (correspondente à 92% do gene) foi investigada em três populações de Drosophila willistoni e uma de Drosophila paulistorum. Este marcador foi utilizado para o estabelecimento de relações filogenéticas entre diferentes populações (naturais e de laboratório, bem como algumas das semi-espécies de Drosophila paulistorum). Para realizar este estudo foram feitas três coletas em três locais, de abril a setembro de 2002, nas cidades de Porto Alegre e Viamão. Surpreendentemente, com base em estudos anteriores, verificou-se uma queda expressiva na freqüência de aparecimento de D. paulistorum provavelmente como conseqüência da recente invasão das assembléias locais de drosofilídeos pela mosca africana Zaprionus indianus, que, desde 1999, tem se espalhado rapidamente pela América do Sul. A análise da diversidade nucleotídica revelou uma não estruturação das populações de D. willistoni de Porto Alegre e arredores. Este resultado vai de encontro com o que foi achado em estudos anteriores, utilizando marcadores nucleares, cromossômicos, morfométricos e comportamentais. Para explicar esta diferença, alguns testes para diferentes modelos seletivos foram realizados, e os resultados sugerem que estas seqüências estariam sofrendo seleção purificadora, evitando a diversificação destas populações neste nível Ao contrário do que se tem encontrado em outros drosofilídeos, o marcador por nós utilizado para D. willistoni e D. paulistorum, não foi sensível o suficiente para resolver a filogeografia do grupo. Apesar disto, este marcador mostrou-se útil para separar as espécies, podendo ser utilizado em estudos posteriores.

Variabilidade populacional de Plutella xylostella (L., 1758) (Lepidoptera: Plutellidae) e suscetibilidade a Bacillus thuringiensis Berliner

Pós-graduação em Agronomia (Entomologia Agrícola) - FCAV

Plutella xylostella: variabilidade populacional e suscetibilidade a Beauveria bassiana e a nematoides entomopatogênicos

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo do padrão de distribuição genético-haplotípico de Chrysoperla externa (Neuroptera: Chrysopidae) em áreas de citros no estado de São Paulo

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Zaprionus indianus: uma visão da espécie invasora sob o aspecto genético e evolutivo

Pós-graduação em Genética - IBILCE

Molecular identification, phylogeny and geographic distribution of Brazilian mangrove oysters (Crassostrea)

Oysters (Ostreidae) manifest a high degree of phenotypic plasticity, whereby morphology is of limited value for species identification and taxonomy. By using molecular data, the aim was to genetically characterize the species of Crassostrea occurring along the Brazilian coast, and phylogenetically relate these to other Crassostrea from different parts of the world. Sequencing of the partial cytochrome oxidase c subunit I gene (COI), revealed a total of three species of Crassostrea at 16 locations along the Brazilian coast. C. gasar was found from Curuçá (Pará state) to Santos (São Paulo state), and C. rhizophorae from Fortim (Ceará state) to Florianópolis (Santa Catarina state), although small individuals of the latter species were also found at Ajuruteua beach (municipality of Bragança, Pará state). An unidentified Crassostrea species was found only on Canela Island, Bragança. Crassostrea gasar and C. rhizophorae grouped with C. virginica, thereby forming a monophyletic Atlantic group, whereas Crassostrea sp. from Canela Island was shown to be more similar to Indo-Pacific oysters, and either arrived in the Atlantic Ocean before the convergence of the Isthmus of Panama or was accidentally brought to Brazil by ship.