Traitement de données issues d'un corpus écrit multilingue. Approche agile pour l'analyse du discours eurorégional

L'article présente quelques éléments de la procédure mise en place pour traiter un corpus écrit comportant 617 textes (près de 500 000 mots) relatifs aux eurorégions. Complexe et hétérogène à plusieurs titres (technique, linguistique, éditorial, générique, énonciatif), le corpus pose la difficulté majeure de l’appréhension de données multilingues (français, italien, espagnol, anglais, allemand, néerlandais). Sa manipulation a nécessité une réflexion adaptée et une démarche de modélisation que nous qualifions d’« agile » en raison de son caractère souple et itératif. La plateforme d’analyse élaborée permet de disposer de résultats utiles à l’analyse qualitative ultérieure du discours eurorégional. Elle articule un logiciel d'analyse morphosyntaxique éprouvé (TreeTagger) à des programmes (Perl) et à une base de données (SQLite) développés pour optimiser les requêtes multilingues simultanées et l’exportation automatique des résultats. Les fonctionnalités liées à la localisation contextualisée de mots- pivots, au recueil de dénominations et à la détection de segments répétés nous servent ici de guides pour exprimer les besoins de la recherche, les problèmes rencontrés et les solutions proposées. L'analyse d'observables récurrents, à savoir les notions de décision et de responsabilité, illustre le propos.

Analyse du profil d’expression de la protéine pro-apoptotique Dap-3 dans les vésicules extracellulaires produites dans le contexte de l’infection au VIH-1

L’immunopathogenèse de l’infection au VIH-1 est principalement causée par la déplétion des LT CD4 (lymphocytes T-CD4). Cette mort des LT CD4 dépend de plusieurs facteurs comme la lyse des LT CD4 infectés et la présence de vésicules extracellulaires et d’exosomes libérées par les cellules dendritiques et les LT CD4 infectés au VIH-1. L’analyse protéomique des exosomes issus des cellules dendritiques mises en culture avec le VIH-1 a révélé la présence de molécules pro-apoptotiques comme le Dap-3 (Death Associated Protein 3). Nous avons proposé comme hypothèse que le Dap-3 puisse être contenu dans d’autres types de vésicules extracellulaires et que le Dap-3 vésiculaire contribue à la déplétion des LT CD4. Après avoir optimisé l’immunobuvardage avec l’anti-Dap-3, nous avons déterminé la présence de Dap-3 dans les vésicules extracellulaires issues des cellules RAJI-CD4-DCIR infectées au VIH-1. L’utilisation de gradients de vélocité nous a permis d’observer la présence de Dap-3 dans les fractions du gradient contenant les exosomes issus des cellules RAJI-CD4-DCIR infectées, mais également dans d’autres fractions du gradient de vélocité encore non caractérisées. Chez les patients, nous avons montré une hétérogénéité des vésicules extracellulaires dans les fractions du gradient de vélocité issues des plasmas des patients VIH-1+. Ces résultats indiquent la présence de plusieurs populations de vésicules extracellulaires séparées par la méthode du gradient de vélocité. Enfin, la transfection des cellules RAJI-CD4-DCIR et des cellules dendritiques a été mise au point avec les ARN anti-sens de Dap-3 afin de produire éventuellement des vésicules Dap-3 négatives. Ce projet de recherche aura permis de valider les outils nécessaires à la poursuite de l’étude du rôle de Dap-3 dans la pathogenèse de l’infection au VIH-1.