Diversidade bacteriana em um latossolo sob cultivo intensivo e floresta através da análise metagenômica

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Dinâmica da comunidade de Anomura (Crustacea, Decapoda) no litoral paulista: uma análise análise comparativa em dois períodos distintos

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Similaridade genética pelo RAPD-PCR de cepas de Staphylococcus sp isolados de portadores humanos e de camas de uma unidade hospitalar

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O uso da Divergência de Kullback-Leibler e da Divergência Generalizada como medida de similaridade em sistemas CBIR

The content-based image retrieval is important for various purposes like disease diagnoses from computerized tomography, for example. The relevance, social and economic of image retrieval systems has created the necessity of its improvement. Within this context, the content-based image retrieval systems are composed of two stages, the feature extraction and similarity measurement. The stage of similarity is still a challenge due to the wide variety of similarity measurement functions, which can be combined with the different techniques present in the recovery process and return results that aren’t always the most satisfactory. The most common functions used to measure the similarity are the Euclidean and Cosine, but some researchers have noted some limitations in these functions conventional proximity, in the step of search by similarity. For that reason, the Bregman divergences (Kullback Leibler and I-Generalized) have attracted the attention of researchers, due to its flexibility in the similarity analysis. Thus, the aim of this research was to conduct a comparative study over the use of Bregman divergences in relation the Euclidean and Cosine functions, in the step similarity of content-based image retrieval, checking the advantages and disadvantages of each function. For this, it was created a content-based image retrieval system in two stages: offline and online, using approaches BSM, FISM, BoVW and BoVW-SPM. With this system was created three groups of experiments using databases: Caltech101, Oxford and UK-bench. The performance of content-based image retrieval system using the different functions of similarity was tested through of evaluation measures: Mean Average Precision, normalized Discounted Cumulative Gain, precision at k, precision x recall. Finally, this study shows that the use of Bregman divergences (Kullback Leibler and Generalized) obtains better results than the Euclidean and Cosine measures with significant gains for content-based image retrieval.

Construção, clonagem e expressão do fragmento B da toxina diftérica de Corynebacterium diphtheriae (cepa PW- 8) em Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau

A vacina anti-diftérica de uso corrente no Brasil (DTP), embora de alta eficácia na prevenção da difteria, está associada com episódios de toxicidade e reatogenicidade no recipiente vacinal, resultantes de proteínas residuais derivadas do processo de produção ou detoxificação. Estratégias para o desenvolvimento de vacinas menos reatogênicas e ao mesmo tempo mais eficazes e economicamente viáveis contra a difteria têm sido alvo de intensa investigação. A alternativa proposta por nosso grupo é a utilização da vacina contra a tuberculose (Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau), como vetor do gene que codifica o fragmento B da toxina diftérica (dtb) de 58,3 kDa. Neste trabalho o dtb foi clonado no vetor micobacteriano bifuncional (pUS977) de expressão citoplasmática e os clones recombinantes (pUS977dtbPW8), após a transformação do BCG, foram testados com relação a expressão do DTB em BCG e quanto a antigenicidade frente a anticorpos policlonais anti-toxóide diftérico por Immunobloting. A integridade do gene dtb e a identidade das sequências de DNA da construção plasmidial pUS977dtbPW8 foram confirmadas por sequenciamento de DNA e análise de similaridade. A imunogenicidade do BCGr pUS977dtbPW8 expressando o DTB foi investigada em camundongos BALB/c, os resultados obtidos revelaram uma soroconversão específica (IgG). A infectividade e atividade microbicida do BCGr pUS977dtbPW8 no ambiente intracelular foi avaliada através da infecção de linhagens de células de monócitos humano (THP-1), os dados obtidos indicaram que houve sobrevivência intracelular em até 12 dias. Nesse contexto, esplenócitos dos camundongos imunizados com 30 e 60 dias foram extraídos, mostrando que o BCGr pUS977dtbPW8 persistiu até 60 dias na ausência de pressão seletiva e a viabilidade celular não sofreu alteração significativa durante o período testado. Por outro lado, o BCGr pUS977dtbPW8, quando submetido a seis sub-cultivos consecutivos in vitro não apresentou diferença significativa na capacidade de expressar o DTB, demonstrando portanto a persistência da estabilidade funcional da linhagem recombinante. A estabilidade estrutural da construção pUS977dtbPW8 também foi avaliada por PCR confirmando a presença do gene dtb em colônias do BCGr pUS977dtbPW8 . Adicionalmente, foi possível avaliar preliminarmente in vitro a capacidade soroneutralizante dos soros de camundongos imunizados com BCGr pUS977dtbPW8 após 30 e 60 dias em células VERO. A ação citotóxica da toxina diftérica entre as diluições de 1/4 e 1/16 foram neutralizadas com o pool de soros imunes com 60 dias. Finalmente, em nosso estudo foi possível avaliar o potencial da vacina BCG como vetor de expressão de um antígeno de Corynebacterium diphtheriae in vitro e in vivo.

Bactérias diazotróficas associadas a raízes e colmos de cultivares de sorgo

Os danos ao ambiente, bem como os custos econômicos relacionados à adubação nitrogenada têm estimulado a busca por alternativas que possam diminuir a utilização deste fertilizante sem que haja diminuição na produtividade. Uma das possibilidades é a utilização de bactérias diazotróficas que podem se associar a plantas de sorgo para fixar nitrogênio gasoso (N2) e/ou produzir substâncias promotoras de crescimento de plantas (PCPs). Outra possibilidade é a seleção de genótipos eficientes na associação com bactérias diazotróficas, já que a eficiência na associação depende de características específicas das plantas. Deste modo, o presente estudo objetivou avaliar a ocorrência e a localização de bactérias diazotróficas associadas ao sorgo, selecionar cultivares eficientes na associação com bactérias diazotróficas, bem como identificar os isolados mais eficientes em fixar nitrogênio e produzir PCPs. A atividade experimental foi realizada em duas etapas. Na primeira etapa foram utilizados 14 cultivares de sorgo forrageiro em vasos e, na segunda, seis cultivares de sorgo granífero em campo. A seleção dos cultivares de sorgo foi baseada na eficiência de absorção de nitrogênio, através da quantificação de matéria seca e do teor de nitrogênio total da parte aérea das plantas. Para o isolamento das bactérias diazotróficas foi utilizado meio de enriquecimento semi-sólido. Após, quantificou-se a produção de PCPs e os níveis de N2 fixados pelos isolados, a fim de selecionar os mais eficientes. A matéria seca e o teor de N no tecido dos cultivares avaliados foram influenciados pela adubação nitrogenada. A presença de bactérias diazotróficas foi constatada em todos os cultivares de sorgo avaliados. Através da análise de similaridade, verificou-se que, em ambos experimentos, foram formados quatro grupos de isolados, sendo que três se agruparam com 100% de similaridade com as estirpes padrões Burkholderia tropica Ppe8 (ATCC BAA-831), Herbaspirillum seropedicae Z67 (ATCC 35892) e Azospirillum. brasilense Sp7 (ATCC 29145). A distribuição das bactérias isoladas em ambos experimentos foi influenciada pelo genótipo da planta. Além do genótipo, a localização das bactérias isoladas das plantas de sorgo granífero foi influenciada pela adubação nitrogenada, sendo que as raízes foram o sítio preferencial de colonização das bactérias nestes cultivares. Todos os isolados foram aptos em fixar nitrogênio e produzir ácido indol-acético in vitro.

Dinâmica espaço-temporal em uma guilda de borboletas frugívoras no limite norte da floresta atlântica nordestina

The extent of the Brazilian Atlantic rainforest, a global biodiversity hotspot, has been reduced to less than 7% of its original range. Yet, it contains one of the richest butterfly fauna in the world. Butterflies are commonly used as environmental indicators, mostly because of their strict association with host plants, microclimate and resource availability. This research describes diversity, composition and species richness of frugivorous butterflies in a forest fragment in the Brazilian Northeast. It compares communities in different physiognomies and seasons. The climate in the study area is classified as tropical rainy, with two well defined seasons. Butterfly captures were made with 60 Van Someren-Rydon traps, randomly located within six different habitat units (10 traps per unit) that varied from very open (e.g. coconut plantation) to forest interior. Sampling was made between January and December 2008, for five days each month. I captured 12090 individuals from 32 species. The most abundant species were Taygetis laches, Opsiphanes invirae and Hamadryas februa, which accounted for 70% of all captures. Similarity analysis identified two main groups, one of species associated with open or disturbed areas and a second by species associated with shaded areas. There was a strong seasonal component in species composition, with less species and lower abundance in the dry season and more species and higher abundance in the rainy season. K-means analysis indicates that choice of habitat units overestimated faunal perceptions, suggesting less distinct units. The species Taygetis virgilia, Hamadryas chloe, Callicore pygas e Morpho achilles were associated with less disturbed habitats, while Yphthimoides sp, Historis odius, H. acheronta, Hamadryas feronia e Siderone marthesia likey indicate open or disturbed habitats. This research brings important information for conservation of frugivorous butterflies, and will serve as baseline for future projects in environmental monitoring

Genetic similarity between staphylococcus sp isolated from human and hospital settings, and susceptibility to different antimicrobials

Foram coletadas 143 amostras de mãos de humanos e camas hospitalares, através de swabs no caldo BHI, em um hospital escola da cidade de Ribeirão Preto/SP. As amostras coletadas foram incubadas a 37ºC por 24 horas e após este período as culturas foram semeadas em placas de Petri contendo agar Staphylococcus Médium 110. As colônias típicas do gênero Staphylococcus foram colhidas e estocados a 4ºC até o momento de elaboração das provas de catalase, manitol, hemólise, DNAse e coagulase. As cepas isoladas foram analisadas através da técnica de RAPD-PCR para verificar o grau de similaridade. A sensibilidade das cepas isoladas foi testada frente a 10 diferentes antibióticos. Das 92 cepas de Staphylococcus sp isoladas, 67 (72,8%) foram identificados como Staphylococcus coagulase-negativas e 25 (27,2%) como Staphylococcus coagulase-positivas. A análise de similaridade mostrou uma grande heterogeneidade entre as cepas, entretanto foram isoladas algumas cepas com 100% de similaridade. Resistência a oxacilina foi encontrada em 39 (42%) cepas. Duas cepas de estafilococos coagulase-negativos mostraram-se resistentes a vancomicina. Onze cepas (12%) de estafilococos foram consideradas multirresistentes. Medidas de desinfecção das mãos de pessoal e dos leitos hospitalares e a racionalização do uso indiscriminado de antibióticos podem contribuir para a queda da transmissão de patógenos e diminuição da pressão de seleção, e conseqüentemente diminuindo a freqüência e letalidade das infecções nosocomiais.

Sistema de gestão ambiental na produção de água mineral

It s more and more evident the subject of the shortage of water, worsened by the accelerated urbanization, growth of the population, increase of the demand and of the costs of its treatment, factors that are also tied up to the increase of the consumption of mineral waters, whose chemical composition or physical-chemistries characteristics do with that are considered beneficial to the health. The growth accelerated all over the world in its consumption aims the concern with the waters quality, the health and the incentive to the consumption of natural products. However, in spite of quite valuable, that resource is explored, most of the time, without optimization of production or actions that avoid wastefulness. This research is justified for the need of minimizing the negative environmental impacts caused by the mineral water s production, mainly in what it say about the generation of effluents and wastes in the productive process, through the study, development and application of cleaner production tools for the environmental management, pertinent for that section. The applicability of Environmental Management System was determined by means of the characterization of the environmental aspects of productive process in a company of the section, in the state of Rio Grande do Norte and of the discussion of the panoramas that demonstrate the tendency for a sustainable development. Actions as a reforestation, optimization of energy and water uses, recycle of solid residues and water reuse were applied during the research, resulting in the considerable reduction of wastes of raw materials and inputs and consequent environmental and economic won. A specific methodology was proposed with concepts of Environmental Management, integrating with Quality Management. As foundations for the elaboration of the methodology, it was realized a similarity analysis among the systems and, mainly, an analysis of the experiences observed in the case study, including specificities, needs and difficulties of the company. With these results, the implantation of a EMS as a company strategy has environmental, economic and social benefits, and this research can be applied and adequate to others companies and sectors

Florística de uma Floresta Estacional Semidecidual, localizada em ecótono savânico-florestal, no município de Bauru, SP, Brasil

Informações florísticas escassas, referentes ao município de Bauru, e a elaboração de hipóteses sobre mecanismos de ocupação de fitocenoses florestais por espécies savânicas, representaram as principais questões motivadoras do presente estudo, desenvolvido em dois fragmentos de floresta estacional semidecidual (5 ha e 7 ha) mantidos pelo Jardim Botânico de Bauru, que abriga também savana florestada. O material botânico foi coletado a partir de caminhadas ao acaso e em parcelas implantadas durante estudo fitossociológico. Foram encontradas 264 espécies arbustivo-arbóreas, pertencentes a 58 famílias. Dessas espécies 126 foram coletadas apenas na fitocenose florestal, e 66 espécies foram coletadas em ambas as fitocenoses. As duas famílias com o maior número de espécies foram Rubiaceae (25 espécies) e Myrtaceae (21 espécies). Foi realizada análise de similaridade florística, a partir do índice de Jaccard (SJ), entre a floresta do JBMB e outros 11 remanescentes florestais, alguns dos quais, sob influência florística savânica. A riqueza florística dos fragmentos florestais do JBMB sofreu incremento, pela ocupação de espécies savânicas, oriundas da savana florestada contígua. Incêndios pretéritos, além da ocorrência de microambientes distintos, representaram prováveis fatores de facilitação para a invasão dessas espécies savânicas.

Diversidade e ocorrência de peixes na área de influência da UHE Mogi Guaçu e lagoas marginais, bacia do alto rio Paraná, São Paulo, Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Lianas da estação ecológica do Noroeste Paulista, São José do Rio Preto/Mirassol, SP, Brasil

Lianas são membros característicos das florestas tropicais, onde são abundantes e de grande importância ecológica. Entretanto, têm sido negligenciadas em estudos florísticos e fitossociológicos. Este trabalho apresenta as espécies de lianas da Estação Ecológica do Noroeste Paulista (EENP) e as compara àquelas encontradas em outros fragmentos florestais. A EENP (20º48'36'' S e 49º22'50'' W) está a 468 m de altitude e abrange área de 168,63 ha, composta de três fragmentos de vegetação descontínua, classificada como floresta estacional semidecidual, entremeadas por pastagens. As amostras de lianas foram coletadas realizando caminhadas na periferia e no interior da mata. Foram identificadas 105 espécies; delas, 99 são Magnoliopsida (60 gêneros e 22 famílias); e seis, Liliopsida (três gêneros e três famílias). As famílias mais ricas em espécies representaram 59% do total das lianas. A análise do dendrograma de similaridade mostrou que esta é baixa entre a Floresta Atlântica de São Paulo e aquelas localizadas no interior. Situação semelhante foi observada por outros autores na análise de similaridade com espécies de porte arbóreo, e também, entre florestas do interior e Floresta Atlântica.

Dança de salão, funções executivas e memória em idosos institucionalizados

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Ácaros associados a plantas da região Core do Cerrado e sua influência na acarofauna em cultivos de soja (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)