Biofilm production by multiresistant Corynebacterium striatumassociated with nosocomial outbreak

Corynebacterium striatum is a potentially pathogenic microorganism that causes nosocomial outbreaks. However, little is known about its virulence factors that may contribute to healthcare-associated infections (HAIs). We investigated the biofilm production on abiotic surfaces of multidrug-resistant (MDR) and multidrug-susceptible (MDS) strains of C. striatum of pulsed-field gel electrophoresis types I-MDR, II-MDR, III-MDS and IV-MDS isolated during a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil. The results showed that C. striatum was able to adhere to hydrophilic and hydrophobic abiotic surfaces. The C. striatum1987/I-MDR strain, predominantly isolated from patients undergoing endotracheal intubation procedures, showed the greatest ability to adhere to all surfaces. C. striatumbound fibrinogen to its surface, which contributed to biofilm formation. Scanning electron microscopy showed the production of mature biofilms on polyurethane catheters by all pulsotypes. In conclusion, biofilm production may contribute to the establishment of HAIs caused by C. striatum.

Mapeamento digital de solos por redes neurais artificiais com base na relação solo-paisagem

Técnicas de mapeamento digital podem contribuir para agilizar a realização de levantamentos pedológicos detalhados. Objetivou-se com este trabalho obter um mapa digital de solos (MDS) com uso de redes neurais artificiais (RNA), utilizando correlações entre unidades de mapeamento (UM) e covariáveis ambientais. A área utilizada compreendeu aproximadamente 12.000 ha localizados no município de Barra Bonita, SP. A partir do resultado de uma análise de agrupamento das covariáveis ambientais, foram escolhidas cinco áreas de referência para realizar o mapeamento convencional. As UM identificadas subsidiaram a aplicação da técnica de RNA. Utilizaram-se o simulador de redes neurais JavaNNS e o algoritmo de aprendizado backpropagation. Pontos de referência foram coletados para avaliar o desempenho do mapa digital produzido. A posição na paisagem e o material de origem subjacente foram determinantes para o reconhecimento dos delineamentos das UM. Houve boa concordância entre as UM delineadas pelo MDS e pelo método convencional. A comparação entre os pontos de referência e o mapa de solos digital evidenciou exatidão de 72 %. O uso da abordagem MDS utilizada pode contribuir para diminuir a falta de informações semidetalhadas de solos em locais ainda não mapeados, tomando-se como base informações pedológicas obtidas de áreas de referência adjacentes.

Comparação do uso de modelos digitais de elevação em mapeamento digital de solos em Dois Irmãos, RS, Brasil

Os modelos digitais de elevação (MDEs) são fontes fundamentais para correlacionar a ocorrência e distribuição de solos com a paisagem pelo mapeamento digital de solos (MDS). A influência dos tipos e das resoluções dos MDEs na capacidade de predição dos modelos preditores de classes de solo ainda é pouco estudada. Neste estudo, foram avaliados e comparados os efeitos de diferentes MDEs na predição de ocorrência de unidades de mapeamento de solo (UM). Foram correlacionados 12 atributos do terreno derivados de diferentes MDEs com a ocorrência de UM. Os MDEs utilizados foram os oriundos dos projetos SRTM v4.1, ASTER GDEM v2, TOPODATA e Brasil em Relevo, e os MDEs gerados a partir de curvas de nível na escala de 1:50.000, com resoluções de 30 e 90 m. Os modelos preditores foram treinados por árvore de decisão (Simple Cart) com dados amostrados em 4.280 pontos aleatórios contendo informações dos solos extraídos de um mapa convencional de solos na escala 1:20.000 e 12 atributos do terreno derivados de seis MDEs com tamanhos de pixel de 30 e 90 m. A validação dos modelos preditores de UM foi realizada com a totalidade dos dados da área. Os atributos do terreno que melhor explicaram a ocorrência das UM foram elevação, declividade, comprimento de fluxo e orientação das vertentes. Os MDEs com tamanho de pixel de 30 m geraram correlações solo-paisagem menos acuradas. Os modelos preditores mais acurados e com maior número de UM estimadas foram os gerados a partir dos MDEs com resolução espacial de 90 m (SRTM v4.1 e CN90), sendo esses os MDEs mais indicados para o MDS, quando predominarem relevos plano e suave ondulado.

COMPARAÇÃO DE ESQUEMAS DE AMOSTRAGEM PARA TREINAMENTO DE MODELOS PREDITORES NO MAPEAMENTO DIGITAL DE CLASSES DE SOLOS

Os modelos preditores usados no mapeamento digital de solos (MDS) precisam ser treinados com dados que captem ao máximo a variação dos atributos do terreno e dos solos, a fim de gerar correlações adequadas entre as variáveis ambientais e a ocorrência dos solos. Para avaliar a acurácia desses modelos, tem sido constatado o uso de diferentes métodos de avaliação da acurácia no MDS. Os objetivos deste estudo foram comparar o uso de três esquemas de amostragem para treinar algoritmo de árvore de classificação (CART) e avaliar a capacidade de predição dos modelos gerados por meio de quatro métodos. Foram utilizados os esquemas de amostragem: aleatório simples; proporcional à área de cada unidade de mapeamento de solos (UM); e estratificado pelo número de UM. Os métodos de avaliação testados foram: aparente, divisão percentual, validação cruzada com 10 subconjuntos e reamostragem com sete conjuntos de dados independentes. As acurácias dos modelos estimadas pelos métodos foram comparadas com as acurácias mensuradas obtidas pela comparação dos mapas gerados, a partir de cada esquema de amostragem, com o mapa convencional de solos na escala 1:50.000. Os esquemas de amostragem influenciaram na quantidade de UMs preditas e na acurácia dos modelos e dos mapas gerados. Os esquemas de amostragem proporcional e estratificada resultaram mapas digitais menos acurados, e a acurácia dos modelos variou conforme o método de avaliação empregado. A amostragem aleatória resultou no mapa digital mais acurado e apresentou valores da acurácia semelhantes para todos os métodos de avaliação testados.

PRODUÇÃO DE UM MAPA PEDOLÓGICO ASSOCIANDO TÉCNICAS COMUNS AOS MAPEAMENTOS DIGITAIS DE SOLOS COM DELINEAMENTO MANUAL DE UNIDADES DE MAPEAMENTO

A produção de mapas pedológicos por meio de técnicas do mapeamento digital de solos (MDS) pode ser dificultada pela falta de mapas pedológicos tradicionais de referência. Nessas situações, o conhecimento tácito do mapeador pode ser usado para o delineamento manual das unidades de mapeamento (UMs) a partir de geração de um mapa de ocorrência de tipos de solos preditos pelo MDS. Os objetivos deste estudo foram avaliar e comparar mapas de solos gerados por dois métodos, um denominado “MDS direto”, em que foi gerado um mapa preditor de UMs com base no modelo estabelecido com informações provenientes de um mapa pedológico convencional de referência preexistente, e outro em que o modelo preditor foi estabelecido a partir do exame de atributos morfológicos de 193 perfis de solo para identificar os tipos de solos, gerando-se um mapa com a indicação de ocorrência de tipos de solos sobre o qual foi realizado o delineamento manual das UMs, com base em mudanças das feições da superfície do solo. As predições foram feitas usando árvores de classificação Simple Cart,correlacionando oito variáveis do terreno com a ocorrência de UMs identificadas com nomes de classes de solos do Sistema Brasileiro de Classificação de Solos. A acurácia dos mapas foi avaliada pela “verdade de campo” (verificação em campo do tipo de solo ocorrente e comparação com o previsto no mapa) e pela concordância dos mapas gerados com o mapa de referência. Quando avaliado pela “verdade de campo”, a acurácia do mapa gerado pelo método MDS direto foi de 74 %, enquanto a acurácia do mapa de MDS com delineamento manual foi de 79 %. Os dois métodos apresentaram resultados satisfatórios; o método que usou o delineamento manual e a identificação em alguns locais dos tipos de solo no campo apresentou a vantagem de não necessitar de mapas pedológicos de referência para o treinamento dos modelos preditores.

SELEÇÃO DE DENSIDADE DE AMOSTRAGEM COM BASE EM DADOS DE ÁREAS JÁ MAPEADAS PARA TREINAMENTO DE MODELOS DE ÁRVORE DE DECISÃO NO MAPEAMENTO DIGITAL DE SOLOS

Para estudar técnicas de amostragem, úteis ao mapeamento digital de solos (MDS), objetivou-se avaliar o efeito da variação da densidade de pontos amostrais com base em dados de áreas já mapeadas por métodos tradicionais na acurácia dos modelos de árvores de decisão (AD) para a geração de mapas de solos por MDS. Em duas bacias hidrográficas no noroeste do Rio Grande do Sul, usou-se, como referência, antigos mapas convencionais de solos na escala 1:50.000. A partir do modelo digital de elevação do terreno e da rede hidrográfica, foram gerados mapas das variáveis preditoras: elevação, declividade, curvatura, comprimento de fluxo, acúmulo de fluxo, índice de umidade topográfica e distância euclideana de rios. A escolha dos locais dos pontos amostrais foi aleatória e testaram-se densidades amostrais que variaram de 0,1 a 4 pontos/ha. O treinamento dos modelos foi realizado no software Weka, gerando-se modelos preditores usando diferentes tamanhos do nó final da AD para obter AD com tamanhos distintos. Quando não se controlou o tamanho das AD, o aumento da densidade de amostragem resultou no aumento da concordância com os mapas básicos de referências e no aumento do número de unidades de mapeamento preditas. Nas AD com tamanho controlado, o aumento da densidade de amostragem não influenciou a concordância com os mapas de referência e interferiu muito pouco no número de unidades de mapeamento preditas.

Espectros Vis-NIR do Solo e Fuzzy K-Médias Aplicados na Delimitação de Unidades de Mapeamento de Solos em Topossequências

RESUMO O conhecimento dos solos é cada vez mais importante para que o uso dele seja realizado corretamente na agropecuária, no crescimento urbano, na conservação dos recursos naturais, entre outros. Entretanto, verifica-se carência de profissionais qualificados para a caracterização e os mapeamentos pedológicos, particularmente em escalas de maior detalhamento. Essa carência, aliada aos avanços das ferramentas computacionais e do sensoriamento remoto, promoveu o surgimento do Mapeamento Digital de Solos (MDS), que busca auxiliar e agilizar as atividades de levantamento pedológico. Assim, este trabalho objetivou desenvolver uma metodologia de delimitaçao de unidades de solos em topossequências por meio do comportamento espectral dos solos no comprimento de onda do Visível-Infravermelho Próximo (Vis-NIR). A metodologia espectral consistiu na obtenção das curvas espectrais dos solos por meio do espectrorradiômetro FieldSpecPro e da redução do número de informações espectrais por meio da análise de Componentes Principais, seguida de agrupamento das amostras mediante método fuzzy k-médias. Foram selecionadas cinco topossequências com pontos equidistantes de 30 m para caracterizar as classes de solos e amostragens. Foram descritas oito classes de solos distintas, que tiveram caracterização detalhada e classificação em perfis pedológicos. No restante dos pontos, a caracterização das classes de solos foi feita com base na classificação dos solos realizada nos perfis pedológicos, com coleta de amostras por meio de tradagens nas profundidades de 0,00-0,20 e 0,80-1,00 m, perfazendo o total de 162 amostras ao longo das cinco topossequências. As amostras foram analisadas pelas metodologias convencional e espectral, para que os resultados pudessem ser comparados e avaliados. Dessa forma, foram realizadas análises morfológicas, físicas (textura) e químicas nas amostras de solo. Das cinco topossequências estudadas, os resultados foram satisfatoriamente semelhantes; alguns solos não foram perfeitamente individualizados pela metodologia espectral, em razão da grande semelhança em seus comportamentos espectrais, como demonstrado pelo Latossolo Vermelho Férrico e Nitossolo Vermelho Férrico. A metodologia espectral foi capaz de diferenciar solos com resposta espectral distinta e estabelecer limites nas topossequências, apresentando grande potencial para ser implementada em levantamentos pedológicos.

Mapas "geopolíticos" de internet: aplicación de las nuevas técnicas de representación de la información

Analizando los sitios web de universidades de diferentes países es posible construir mapas que reflejen gráficamente las relaciones que se establecen entre ellas, utilizando para ello nuevas técnicas de representación de la información como el análisis de cocitación de sitios web (análisis de cositación) y el escalamiento multidimensional (MDS). Pretendemos demostrar que estas relaciones no son ajenas al mundo real, y que siguen un patrón político, en lugar de un patrón académico, permitiéndonos construir auténticos "mapas geopolíticos" de Internet. Proponemos utilizar este tipo de representaciones como una herramienta para el análisis sociopolítico de la realidad, ya que con estos mapas obtenemos una instantánea de una región geográfica y un momento determinado, de la que es posible extraer nueva y valiosa información.

Variabilidade genética do umbuzeiro no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP

O objetivo deste trabalho foi avaliar a distribuição da variabilidade genética do umbuzeiro (Spondias tuberosa), no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP, para subsidiar estratégias de prospecção e conservação da espécie. Foram analisados 68 indivíduos de umbuzeiro de 15 ecorregiões, pelo dendrograma UPGMA e pela dispersão em escala multidimensional (MDS), com o coeficiente de Jaccard de 141 bandas polimórficas de AFLP. A análise da variância molecular foi realizada pela decomposição total entre e dentro das regiões ecogeográficas. O dendrograma apresentou valor cofenético de 0,96, e o gráfico MDS apresentou 0,25 para a falta de ajustamento. A variabilidade genética do umbuzeiro foi estimada em 0,3138, o que indica grande variação entre os grupos de indivíduos. Agrupamentos específicos foram observados em seis regiões ecogeográficas, enquanto nas demais regiões observaram-se pares entre alguns indivíduos, sem formação de agrupamentos específicos por local de amostragem, o que indica que a variabilidade genética do umbuzeironão está uniformemente distribuída no Semi-Árido. Sugerem-se estratégias para o estabelecimento de maior número de áreas para conservação in situ ou amostragens de menor número de indivíduos, em várias unidades de paisagens, para conservação ex situ da variabilidade genética do umbuzeiro.

Efficiency in inventories of ants in a forest reservein Central Amazonia

The objective of this work was to evaluate an inventory method efficiency for ants. We used subsamples collected in 24 transects of 100 m, distributed in 6 plots of 600 ha each in primary forest, as part of a long-term project. Ten litter subsamples were extracted per transect using Winkler extractors. Ants were identified to genus level, and Crematogaster, Gnamptogenys and Pachycondyla genera to species/morphospecies level. To evaluate the consequences of reduced sampling on the retention of ecological information, we estimated the lowest number of subsamples needed to detect the effects of environmental variables. Multidimensional scaling (MDS) was used to generate dissimilarity matrices, and Mantel correlations between each reduced-sampling effort and maximum effort were used as an index of how much information was maintained and could still be used in multivariate analyses. Lower p-values was observed on the effect of soil pH in the community of genera, and on the effect of the litter volume for the community of Crematogaster. The trend was still detectable in the analysis based on reduced-sampling. The number of subsamples can be reduced, and the cost-efficiency of the protocol can be improved with little loss of information.

Mapeamento digital de solos com base na extrapolação de mapas entre áreas fisiograficamente semelhantes

O objetivo deste trabalho foi testar metodologias de mapeamento digital de solos (MDS) e avaliar a possibilidade de extrapolação de mapas entre áreas fisiograficamente semelhantes. A área de referência para o treinamento do modelo localizou-se no Município de Sentinela do Sul, RS, e a extrapolação foi feita para o Município Cerro Grande do Sul, RS. Desenvolveram-se pelo MDS modelos com o uso de variáveis ambientais, como preditoras, e as classes de solos - obtidas de um levantamento convencional na escala 1:50.000 - como variáveis dependentes. Testou-se o uso combinado de dois modelos de árvore de decisão (AD), treinados em duas paisagens com diferentes classes de drenagem. Para Sentinela do Sul, a concordância dos mapas preditos com os produzidos pelo levantamento convencional foi avaliada por matrizes de erro. Como a importância dos erros de mapeamento é variável, criou-se uma matriz ponderada, para atribuir diferentes importâncias aos erros específicos de mapeamento entre as distintas unidades de mapeamento. A acurácia do mapa de Cerro Grande do Sul foi avaliada pela verdade de campo. A extrapolação dos mapas gera resultados satisfatórios, com acurácia maior do que 75%. O uso de modelos com duas AD separadas por paisagens homogêneas gera mapas extrapolados com maior acurácia, avaliada pela verdade de campo.

Investigating the spontaneous formation of SDS micelle in aqueous solution using a coarse-grained force field

A 1µs Molecular Dynamic simulation was performed with a realistic model system of Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) micelles in aqueous solution, comprising of 360 DS-, 360 Na+ and 90000 water particles. After 300 ns three different micellar shapes and sizes 41, 68 and 95 monomers, were observed. The process led to stabilization in the total number of SDS clusters and an increase in the micellar radius to 2.23 nm, in agreement with experimental results. An important conclusion, is be aware that simulations employed in one aggregate, should be considered as a constraint. Size and shape distribution must be analyzed.

FORMAÇÕES FLORESTAIS DE RESTINGA E RELAÇÕES ECOLÓGICAS COM LIANAS

Objetivou-se conhecer a composição florística das lianas em duas formações florestais do litoral amazônico paraense. O estudo foi realizado na APA Algodoal-Maiandeua, no Município de Maracanã, Pará, onde foram demarcadas duas parcelas de 50 x 50 m na floresta seca e duas parcelas na floresta inundável. Para análise da composição, riqueza e diversidade, foram identificadas e quantificadas todas as espécies, enquanto para verificar a diferença entre as comunidades de trepadeiras foram sorteadas aleatoriamente 80 árvores-suporte em cada formação florestal e utilizada uma análise de MDS. A diversidade foi verificada pelos índices de Shannon-Weaver (H’) e o inverso, pelo índice de Simpson (1/D). Nas duas formações foram registrados 177 indivíduos, em 15 famílias, 21 gêneros e 27 espécies. Dilleniaceae foi a família com o maior número de espécies e Smilax syphilitica Humb. & Bonpl. ex Willd. e Odontadenia nitida (Vahl) Müll. Arg., com o maior número de indivíduos na floresta seca e na floresta inundável, respectivamente. A análise de MDS não separou as florestas de acordo com a composição florística das lianas. A diversidade na floresta inundável foi de H’ = 1,08 e 1/D = 8,3 e na floresta seca, de H’ = 0,98 e 1/D = 7,2. As formações florestais analisadas não apresentaram diferenças significativas quanto à diversidade, riqueza e composição de lianas.

Different pathways in the larval development of the crab Ucides cordatus (Decapoda, Ocypodidae) and their relation with high mortality rates by the end of massive larvicultures

One of the most limiting factors affecting the larval rearing of Ucides cordatus in the laboratory is a period of high mortality, which usually occurs late in the course of the larviculture during the metamorphosis from the zoeal to the megalopal phase. The objective of the present research was to analyze the post-embryonic development of U. cordatus on an individual basis and, in particular, to search for patterns linking disturbances in the molting process to the high larval death rates observed in massive larvicultures. A total of 50 larvae were individually reared from hatching to metamorphosis into the megalopal phase under controlled conditions, fed a combination of microalgae and rotifers. The survivorship rate was 70% until zoea V. The 35 surviving zoea V larvae followed two different pathways. Eleven underwent metamorphosis directly to megalopa, eighteen molted to zoea VI and six died as zoea V. In the last molting event, only two zoea VI larvae reached the megalopal stage, while the remaining sixteen died. In further observation under microscope, 13 of the dead zoea VI showed characteristics of the pre-molt stage and pereiopods disproportionably large in relation to the carapace. The observed pattern resembles the Molt Death Syndrome (MDS) described for other decapod species, in which larvae die in the late pre-molt phase of the molting cycle. We suggest that U. cordatus larvae develop disturbances in the molting process similar to the MDS described for other species and that these disturbances are related to a more complex pathway involving the emergence of larval stage zoea VI.

Association of loss of heterozygosity with cytogenetic abnormalities in acute myeloid leukemia and myelodysplastic syndrome

Deletions on chromosomes 5 and 7 are frequently seen in myelodysplastic syndrome (MDS) and acute myeloid leukemia (AML). It is assumed that these deletions indicate loss of tumor suppressor genes on these chromosomes and until these tumor suppressor genes are identified, the functional consequences of these deletions and the molecular basis of these myeloid disorders cannot be completely understood. We evaluated loss of heterozygosity (LOH) in 44 patients (18 MDS and 26 AML, diagnosed according to WHO classification criteria) at diagnosis, using a four-microsatellite marker panel: an intragenic marker on the 7th intron of gene IRF-1 of the 5q31.1 region and three markers located inside the 7q31.1 region and correlated the LOH with karyotype abnormalities. The microsatellites chosen corresponded to chromosome regions frequently deleted in MDS/AML. The samples with Q (peak area) less than or equal to 0.50 were indicative of LOH. The percent of informative samples (i.e., heterozygous) for the intragenic microsatellite in gene IRF-1 and in loci D7S486, D7S515 and D7S522 were 66.6, 73.7, 75.5, and 48.8%, respectively. Cytogenetic abnormalities by G-banding were found in 36% (16/44) of the patients (2 of 18 MDS and 14 of 26 AML patients). We found a significantly positive association of the occurrence of LOH with abnormal karyotype (P < 0.05; chi-square test) and there were cases with LOH but the karyotype was normal (by G-banding). These data indicate that LOH in different microsatellite markers is possibly an event previous to chromosomal abnormalities in these myeloid neoplasias.