Pipeline for macro- and microarray analyses

The pipeline for macro- and microarray analyses (PMmA) is a set of scripts with a web interface developed to analyze DNA array data generated by array image quantification software. PMmA is designed for use with single- or double-color array data and to work as a pipeline in five classes (data format, normalization, data analysis, clustering, and array maps). It can also be used as a plugin in the BioArray Software Environment, an open-source database for array analysis, or used in a local version of the web service. All scripts in PMmA were developed in the PERL programming language and statistical analysis functions were implemented in the R statistical language. Consequently, our package is a platform-independent software. Our algorithms can correctly select almost 90% of the differentially expressed genes, showing a superior performance compared to other methods of analysis. The pipeline software has been applied to 1536 expressed sequence tags macroarray public data of sugarcane exposed to cold for 3 to 48 h. PMmA identified thirty cold-responsive genes previously unidentified in this public dataset. Fourteen genes were up-regulated, two had a variable expression and the other fourteen were down-regulated in the treatments. These new findings certainly were a consequence of using a superior statistical analysis approach, since the original study did not take into account the dependence of data variability on the average signal intensity of each gene. The web interface, supplementary information, and the package source code are available, free, to non-commercial users at http://ipe.cbmeg.unicamp.br/pub/PMmA.

Web banking in Brazil

This article will present a preliminary survey of the status of web banking in Brazil, preeeded by an explanation about some seeurity problems on the Internet and some advantages and impaets of banking serviees through the web. It will end with suggestions for further Web banking studies.

Web banking in usa

Este artigo apresenta uma pesquisa em Web sites de bancos norte-americanos. Ela foi produzida com o objetivo de aprofundar o conhecimento sobre modelos de Web banking que estão sendo utilizados nos Estados Unidos. Observamos que os bancos americanos utilizam a Web para explorar três diferentes categorias de serviços: distribuir informação, distribuir produtos e serviços bancários e melhorar o relacionamento com os clientes. Dividimos cada uma destas três categorias em três níveis de interação para classificar diferentes tipos de aplicações que são encontradas em cada um dos Web sites pesquisados.

Fatores-chave de sucesso no treinamento corporativo a distância via web

Treinamentos corporativos a distância via web vêm se tornando cada vez mais freqüentes, à medida que as empresas precisam continuamente capacitar seus profissionais a um custo acessível. No entanto, de um modo geral, as organizações não sabem quais são os fatores-chave de sucesso para iniciativas dessa natureza. Assim, este artigo investiga alguns fatores críticos de sucesso associados a esses empreendimentos digitais. Para tal, o método de estudo de casos múltiplos divergentes é utilizado, analisando-se dois treinamentos corporativos na web realizados por uma grande empresa multinacional - um considerado caso de sucesso e outro de fracasso. A partir da comparação dos resultados obtidos, pela análise quantitativa dos dados coletados usando-se regressões bi e multivariadas, assim como testes de comparação de médias, e vis-à-vis o frame teórico adotado para avaliação de treinamentos na web, pode-se concluir que "orientação dos objetivos", "motivação dos alunos" e "suporte metacognitivo" foram os três fatores críticos de sucesso encontrados.

Acessibilidade dos sítios web dos governos estaduais brasileiros: uma análise quantitativa entre 1996 e 2007

A utilização da web para a disponibilização de informações e serviços de órgãos governamentais para os cidadãos tem se tornado cada vez mais expressiva. Assim, a garantia de que esses conteúdos e serviços possam ser acessíveis a qualquer cidadão é imprescindível, independentemente de necessidades especiais ou de quaisquer outras barreiras. No Brasil, o Decreto-Lei nº5.296/2004 determinou que todos os órgãos governamentais deveriam adaptar seus sítios na web de acordo com critérios de acessibilidade até dezembro de 2005. Com o objetivo de verificar a evolução da acessibilidade ao longo dos anos e como foi o impacto dessa legislação, este artigo analisa a acessibilidade dos sítios dos governos estaduais brasileiros por meio de amostras coletadas entre 1996 e 2007. Foram efetuadas análises por meio de métricas, obtidas por avaliações com ferramentas automáticas. Os resultados indicam que a legislação teve pouco impacto para a melhoria real da acessibilidade dos sítios no período indicado, com uma melhora somente em 2007. Verifica-se que se faz necessário adotar políticas públicas mais efetivas para que as pessoas com necessidades especiais tenham os seus direitos para acesso a informações e aos serviços públicos na web assegurados mais amplamente.

Ranking dos tribunais de contas brasileiros: uma avaliação a partir dos padrões web em governo eletrônico

Nos últimos 10 anos, o governo federal tem coordenado e articulado ações visando a implementação de projetos com ênfase em iniciativas voltadas para o uso das tecnologias de informação e comunicação (TICs) em suas relações com os cidadãos, com o setor privado e com a sociedade em geral. Considerando um forte movimento em prol de inserir o cidadão no centro desse processo, este artigo busca, a partir de uma pesquisa quantitativa/qualitativa, verificar em qual estágio de evolução encontram-se os sites governamentais dos tribunais de contas brasileiros. A partir dessa análise, foi possível mapear pontos a serem melhorados bem como estabelecer um ranking dos sites, tendo em vista o direito de acesso, a disponibilização de informações, a participação e o acompanhamento na execução das políticas públicas.

Regulação médica em emergência pela plataforma web: um estudo piloto

OBJETIVO: Descrever um sistema gestor de regulação médica em emergência baseado na rede mundial de computadores. MÉTODOS: O Sistema de Regulação de Urgências e Emergências foi desenvolvido segundo modelo evolutivo de software de prototipação. A comunicação entre os usuários e o sistema foi implementada utilizando tecnologias web; o sistema foi desenvolvido em personal home page (PHP) e o banco de dados, em MySQL. O protótipo foi baseado no processo de regulação médica da Divisão Regional de Saúde XIII do Estado de São Paulo e aplicado a 26 municípios dessa regional durante quatro semanas consecutivas em setembro de 2009. O sistema possibilitou a documentação das solicitações em ordem cronológica, sem permitir edição de dados já inseridos e garantindo o acesso hierarquizado e sigiloso às informações para cada participante do sistema. RESULTADOS: O sistema apresentou 100% de disponibilidade, confiabilidade e integridade da informação. Foram realizadas 1.046 solicitações ao sistema, das quais 703 (68%) foram completadas. Os solicitantes apresentaram 98% de adesão ao sistema na primeira semana de aplicação, e a adesão dos prestadores de serviço foi gradativa (37% na quarta semana). Os municípios mais próximos de Ribeirão Preto que não possuem prestadores de alta complexidade foram os que mais utilizaram o sistema. CONCLUSÕES: A regulação médica de solicitações de emergência pela rede mundial de computadores mostrou-se exeqüível e confiável, possibilitando a transparência do processo e acesso direto às informações por parte dos gestores. Possibilitou a construção de indicadores para monitorizar e aprimorar o processo, na perspectiva da criação de uma regulação semi-automatizada e de avanços na organização do sistema.

Interface between Intellectual Disability and Mental Health: hermeneutic review

A literature review was conducted aiming to understand the interface between the Intellectual Disability and Mental Health fields and to contribute to mitigating the path of institutionalizing individuals with intellectual deficiencies. The so-called dual diagnosis phenomenon remains underestimated in Brazil but is the object of research and specific public policy internationally. This phenomenon alerts us to the prevalence of mental health problems in those with intellectual disabilities, limiting their social inclusion. The findings reinforce the importance of this theme and indicate possible diagnostic invisibility of the development of mental illness in those with intellectual disabilities in Brazil, which may contribute to sustaining psychiatric institutionalization of this population. 

Portal cd4+ and cd8+ t lymphocyte correlate to intensity of interface hepatitis in chronic hepatitis C

BACKGROUND: The pathogenesis of chronic hepatitis C is still a matter of debate. CD4+ and CD8+ T lymphocytes (TL) are typically observed within the portal and periportal spaces of affected livers, but their functional role in hepatitis C progression has not been fully elucidated. METHODS: CD4+ and CD8+ TL were quantified by immunohistochemistry in portal and periportal spaces of 39 liver biopsies from patients with chronic hepatitis C. They were associated to demographic data, histological parameters, laboratory findings of patients and hepatitis C genotypes. RESULTS: There was high numbers of CD4+ and CD8+ TL from which the density of CD4+ T was higher than CD8+ TL in portal and periportal spaces. CD4+ and CD8+ TL were directly correlated to intensity of interface hepatitis. CD8+ TL correlated to serum enzyme levels. CONCLUSION: The high numbers of CD4+ and CD8+ TL in portal and periportal spaces and their correlation to interface hepatitis suggest that hepatitis C evolution depends on the action of intrahepatic T lymphocytes, lending support to the notion of an immune-mediated mechanism in the pathogenesis of chronic hepatitis C.

Resposta da assembleia de formigas na interface solo-serapilheira a um gradiente de alteração ambiental

O estudo objetivou avaliar a resposta da assembleia de formigas que nidificam na interface solo-serapilheira a um gradiente de alteração ambiental. O estudo foi realizado em três ambientes com diferentes usos do solo: fragmento florestal, sistema agroflorestal (SAF) e pastagem situados em região de domínio da mata atlântica no sudeste do Brasil. Em cada ambiente foram demarcadas 10 parcelas de 1 m² e todos os ninhos de formigas encontrados foram registrados. Foram encontrados 215 ninhos (103 no fragmento florestal, 64 no sistema agroflorestal e 48 na pastagem), de 31 espécies. O número acumulado de espécies foi maior no fragmento florestal que na pastagem, mas não diferiu do SAF. A composição de espécies foi diferente entre o fragmento florestal e os outros dois ambientes. A riqueza média de espécies de formigas por parcela foi maior no fragmento florestal e menor na pastagem. A quantidade de serapilheira não foi um fator importante para as diferenças na riqueza de espécies. Atividades humanas que reduzam a heterogeneidade da vegetação alteram a composição e diminuem a riqueza de espécies das assembleias de formigas.

Histoarchitecture of schistosomal granuloma development and involution: morphogenetic and biomechanical approaches

The authors present morphogenetic and biomechanical approaches on the concept of the Schistosoma mansoni granulomas, considering them as organoid structures that depend on cellular adhesion and sorting, forming rearrangement into hierarchical concentric layers, creating tension-dependent structures, aiming to acquire round form, since this is the minimal energy form, in which opposing forces pull in equally from all directions and are in balance. From the morphogenetic point of view, the granulomas function as little organs, presenting maturative and involutional stages in their development with final disappearance (pre-granulomatous stages, subdivided in: weakly and/or initial reactive and exudative; granulomatous stages: exudative-productive, productive and involutional). A model for the development of granulomas was suggested, according to the following stages: encapsulating, focal histolysis, fiber production, orientation and compacting and involution and desintegration. The authors concluded that schistosomal granuloma is not a tangled web of individual cells and fibers, but an organized structure composed by host and parasite components, which is not formed to attack the miracidia, but functions as an hybrid interface between two different phylogenetic beings.

Influenza A virus infection of healthy piglets in an abattoir in Brazil: animal-human interface and risk for interspecies transmission

Asymptomatic influenza virus infections in pigs are frequent and the lack of measures for controlling viral spread facilitates the circulation of different virus strains between pigs. The goal of this study was to demonstrate the circulation of influenza A virus strains among asymptomatic piglets in an abattoir in Brazil and discuss the potential public health impacts. Tracheal samples (n = 330) were collected from asymptomatic animals by a veterinarian that also performed visual lung tissue examinations. No slaughtered animals presented with any noticeable macroscopic signs of influenza infection following examination of lung tissues. Samples were then analysed by reverse transcription-polymerase chain reaction that resulted in the identification of 30 (9%) influenza A positive samples. The presence of asymptomatic pig infections suggested that these animals could facilitate virus dissemination and act as a source of infection for the herd, thereby enabling the emergence of influenza outbreaks associated with significant economic losses. Furthermore, the continuous exposure of the farm and abattoir workers to the virus increases the risk for interspecies transmission. Monitoring measures of swine influenza virus infections and vaccination and monitoring of employees for influenza infection should also be considered. In addition regulatory agencies should consider the public health ramifications regarding the potential zoonotic viral transmission between humans and pigs.