A closer look at multiple-clone Plasmodium vivax infections: detection methods, prevalence and consequences

The naturally occurring clonal diversity among field isolates of the major human malaria parasite Plasmodium vivax remained unexplored until the early 1990s, when improved molecular methods allowed the use of blood samples obtained directly from patients, without prior in vitro culture, for genotyping purposes. Here we briefly review the molecular strategies currently used to detect genetically distinct clones in patient-derived P. vivax samples, present evidence that multiple-clone P. vivax infections are commonly detected in areas with different levels of malaria transmission and discuss possible evolutionary and epidemiological consequences of the competition between genetically distinct clones in natural human infections. We suggest that, when two or more genetically distinct clones are present in the same host, intra-host competition for limited resources may select for P. vivax traits that represent major public health challenges, such as increased virulence, increased transmissibility and antimalarial drug resistance.

Uso do coeficiente de repetibilidade na seleção de clones de pessegueiro para o litoral sul de Santa Catarina

O presente trabalho teve como objetivo estimar os coeficientes de repetibilidade de caracteres relacionados à produtividade do pessegueiro, além de identificar e selecionar clones promissores para o Litoral Sul de Santa Catarina. Foram selecionadas plantas híbridas que apresentavam boa adaptação ao clima, produção, tamanho, sabor e firmeza dos frutos. Essas seleções foram enxertadas sobre o porta -enxerto Okinawa e plantadas no ano de 2005, em três diferentes locais: 1- Estação Experimental de Urussanga, situada a 40 metros de altitude; 2- Propriedade de fruticultor, situada a 200 metros de altitude; 3 - Propriedade de fruticultor, situada a 350 metros de altitude. As mudas foram plantadas no espaçamento de 6 x 1 metros e conduzidas no sistema de V . As avaliações foram realizadas durante os anos de 2007 e 2008. Os coeficientes de repetibilidade foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), e a predição dos valores fenotípicos e genotípicos, pela melhor predição linear não viciada (BLUP), por meio do software Selegen-REML/BLUP. Todos os caracteres apresentaram considerável variabilidade genética, com estimativas de coeficientes de repetibilidade (r) variando de média a alta magnitude (0,54 a 0,74) para o caráter massa média dos frutos (MMF) e de baixa a média magnitude (0,22 a 0,39) para o caráter produção de frutos/planta (PTF). Os clones 1770 e 1443 apresentaram bom desempenho na média de todos os locais, enquanto os clones 0470 e 1307 se destacaram no local 1, o clone 1444 no local 2, os clones 0740 e 0926 no local 3 e o clone 1770 nos locais 1 e 2 de avaliação.

Hardcopy quality parameters to ensure structures detection at digital mammography

Objective To develop procedures to ensure consistency of printing quality of digital images, by means of hardcopy quantitative analysis based on a standard image. Materials and Methods Characteristics of mammography DI-ML and general purpose DI-HL films were studied through the QC-Test utilizing different processing techniques in a FujiFilm®-DryPix4000 printer. A software was developed for sensitometric evaluation, generating a digital image including a gray scale and a bar pattern to evaluate contrast and spatial resolution. Results Mammography films showed maximum optical density of 4.11 and general purpose films, 3.22. The digital image was developed with a 33-step wedge scale and a high-contrast bar pattern (1 to 30 lp/cm) for spatial resolution evaluation. Conclusion Mammographic films presented higher values for maximum optical density and contrast resolution as compared with general purpose films. The utilized digital processing technique could only change the image pixels matrix values and did not affect the printing standard. The proposed digital image standard allows greater control of the relationship between pixels values and optical density obtained in the analysis of films quality and printing systems.

CHEMOSTAT, UM SOFTWARE GRATUITO PARA ANÁLISE EXPLORATÓRIA DE DADOS MULTIVARIADOS

The objective of this work was to develop a free access exploratory data analysis software application for academic use that is easy to install and can be handled without user-level programming due to extensive use of chemometrics and its association with applications that require purchased licenses or routines. The developed software, called Chemostat, employs Hierarchical Cluster Analysis (HCA), Principal Component Analysis (PCA), intervals Principal Component Analysis (iPCA), as well as correction methods, data transformation and outlier detection. The data can be imported from the clipboard, text files, ASCII or FT-IR Perkin-Elmer “.sp” files. It generates a variety of charts and tables that allow the analysis of results that can be exported in several formats. The main features of the software were tested using midinfrared and near-infrared spectra in vegetable oils and digital images obtained from different types of commercial diesel. In order to validate the software results, the same sets of data were analyzed using Matlab© and the results in both applications matched in various combinations. In addition to the desktop version, the reuse of algorithms allowed an online version to be provided that offers a unique experience on the web. Both applications are available in English.

JUVENILE-MATURE GENETIC CORRELATIONS IN Pinus taeda CLONES PROPAGATED VIA SOMATIC EMBRYOGENESIS

ABSTRACT This study aimed to estimate the genetic correlation among selection ages (juvenile - adult) and efficiency of early selection for the height, diameter, and volume traits of individuals from Pinus taeda families propagated via somatic embryogenesis. This study was carried out by genetic-statistical analysis, estimation procedure of variance (Reml), and prediction components of breeding values (Blup), using the Selegen-Reml/Blup software. Genetic correlations among juvenile ages and rotation age were performed by applying the linear model developed by Lambeth (1980). In accordance with results of the established model, the early selection can be performed in clones of Pinus taeda with high selection efficiency. Ages from 4 to 6 years old are enough to select Pinus taeda clones propagated via somatic embryogenesis for harvesting at 8 and 12 years old; and 6 to 10 years old are enough to select them for harvesting at 20 years old. On the basis of the genetic correlations estimates from the environments, the clones' selection of Pinus taeda propagated via somatic embryogenesis should be developed specifically for each environment. The clones' selection can be performed considering the diameter due to the high correlation between volume and diameter.

Canine distemper virus detection in asymptomatic and non vaccinated dogs

A quantitative real time polymerase chain reaction (PCR) revealed canine distemper virus presence in peripheral blood samples from asymptomatic and non vaccinated dogs. Samples from eleven domestic dogs with no signs of canine distemper and not vaccinated at the month of collection were used. Canine distemper virus vaccine samples in VERO cells were used as positive controls. RNA was isolated with Trizol®, and treated with a TURBO DNA-free kit. Primers were designed for canine distemper virus nucleocapsid protein coding region fragment amplification (84 bp). Canine b-actin (93 bp) was utilized as the endogenous control for normalization. Quantitative results of real time PCR generated by ABI Prism 7000 SDS Software showed that 54.5% of dogs with asymptomatic canine distemper were positive for canine distemper virus. Dissociation curves confirmed the specificity of the real time PCR fragments. This technique could detect even a few copies of viral RNA and identificate subclinically infected dogs providing accurate diagnosis of this disease at an early stage.

Rapid and sensitive detection of Bordetella bronchiseptica by loop-mediated isothermal amplification (LAMP)

Bordetella bronchiseptica causes acute and chronic respiratory infections in diverse animal species and occasionally in humans. In this study, we described the establishment of a simple, sensitive and cost-efficient loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of B. bronchiseptica. A set of primers towards a 235 bp region within the flagellum gene of B. bronchiseptica was designed with online software.. The specificity of the LAMP assay was examined by using 6 porcine pathogens and 100 nasal swabs collected from healthy pigs and suspect infected pigs. The results indicated that positive reactions were confirmed for all B. bronchiseptica and no cross-reactivity was observed from other non-B. bronchiseptica. In sensitivity evaluations, the technique successfully detected a serial dilutions of extracted B. bronchiseptica DNA with a detection limit of 9 copies, which was 10 times more sensitive than that of PCR. Compared with conventional PCR, the higher sensitivity of LAMP method and no need for the complex instrumentation make this LAMP assay a promising alternative for the diagnosis of B. bronchiseptica in rural areas and developing countries where there lacks of complex laboratory services.

A cost-effective melting temperature assay for the detection of single-nucleotide polymorphism in the MBL2 gene of HIV-1-infected children

We report a fast (less than 3 h) and cost-effective melting temperature assay method for the detection of single-nucleotide polymorphisms in the MBL2 gene. The protocol, which is based on the Corbett Rotor Gene real time PCR platform and SYBR Green I chemistry, yielded, in the cohorts studied, sensitive (100%) and specific (100%) PCR amplification without the use of costly fluorophore-labeled probes or post-PCR manipulation. At the end of the PCR, the dissociation protocol included a slow heating from 60º to 95ºC in 0.2ºC steps, with an 8-s interval between steps. Melting curve profiles were obtained using the dissociation software of the Rotor Gene-3000 apparatus. Samples were analyzed in duplicate and in different PCR runs to test the reproducibility of this technique. No supplementary data handling is required to determine the MBL2 genotype. MBL2 genotyping performed on a cohort of 164 HIV-1-positive Brazilian children and 150 healthy controls, matched for age and sex and ethnic origin, yielded reproducible results confirmed by direct sequencing of the amplicon performed in blind. The three MBL2 variants (Arg52Cys, Gly54Asp, Gly57Glu) were grouped together and called allele 0, while the combination of three wild-type alleles was called allele A. The frequency of the A/A homozygotes was significantly higher among healthy controls (0.68) than in HIV-infected children (0.55; P = 0.0234) and the frequency of MBL2 0/0 homozygotes was higher among HIV-1-infected children than healthy controls (P = 0.0296). The 0 allele was significantly more frequent among the 164 HIV-1-infected children (0.29) than among the 150 healthy controls (0.18; P = 0.0032). Our data confirm the association between the presence of the mutated MBL2 allele (allele 0) and HIV-1 infection in perinatally exposed children. Our results are in agreement with the literature data which indicate that the presence of the allele 0 confers a relative risk of 1.37 for HIV-1 infection through vertical transmission.

Correlações e análise de trilha em clones de seringueira

O conhecimento das características presentes nos genótipos é de extrema importância na condução de trabalhos de seleção e melhoramento. O objetivo foi avaliar as relações entre os caracteres agronômicos e anatômicos da casca, bem como seus efeitos diretos e indiretos sobre a produção de borracha seca da seringueira, mediante análise de trilha. Avaliaram-se seis clones de seringueira no delineamento experimental em blocos casualizados com quatro repetições, no Pólo Regional de Desenvolvimento Tecnológico dos Agronegócios do Centro Norte da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios, município de Pindorama, São Paulo, Brasil, no ano de 2005. Valor de correlação positivo e significativo foi observado apenas entre a produção de borracha seca e o número de anéis de vasos laticíferos (r = 0,88). Os caracteres perímetro do caule e número de anéis de vasos laticíferos apresentaram os maiores efeitos diretos sobre a produção de borracha seca. Por outro lado, a espessura da casca e o diâmetro dos anéis de vasos laticíferos mostraram efeitos diretos negativos e com altas magnitudes. A seleção indireta via número de anéis de vasos laticíferos proporcionará ganhos durante o processo de seleção em programas de melhoramento da seringueira.

Uso do software Estradas para determinação do espaçamento entre desaguadouros em estradas não pavimentadas do interior de Goiás

Estradas não pavimentadas correspondem a aproximadamente 90% da malha rodoviária brasileira. Estas, na maioria das vezes, são construídas sem a realização de estudos prévios, estando sujeitas a vários tipos de problemas. Um dos principais fatores de deterioração dessas vias é a ineficiência do sistema de drenagem. Neste trabalho simulou-se o espaçamento entre desaguadouros em estradas não pavimentadas, utilizando-se um software desenvolvido com base num modelo matemático de dimensionamento de sistemas de drenagem em estradas não pavimentadas. Utilizaram-se valores de erodibilidade, tensão crítica de cisalhamento e massa específica para diferentes solos de estradas, localizadas no Estado de Goiás. Simularam-se cenários considerando alterações na declividade (1, 5, 10 e 15%) e na seção transversal do canal com relações entre altura e largura de 1:1, 1:2, 1:5 e 1:10. O modelo respondeu sensivelmente às alterações na declividade, na seção transversal do canal e nas de resistência do solo. Os espaçamentos obtidos indicaram que, estradas com declividades inferiores a 5%, mesmo com elevados valores de erodibilidade permitiram espaçamentos viáveis em aspectos construtivos. No entanto, para as declividades de 10 e 15%, os espaçamentos, na maioria dos casos, apresentaram dimensões reduzidas, tornando-se impraticáveis, sendo necessário, nestes casos, proteção do canal ou alteração de suas características hidráulicas.

Comparação entre folhas sombreadas de sete clones adultos de seringueira

Nas seringueiras, o substrato para a síntese do látex provém, em curto prazo, do processo fotossintético, realizado em sua maioria por folhas dos estratos sujeitos à radiação sub-saturante. Neste estudo, foram avaliados e comparados (1) os teores de pigmentos fotossintéticos (clorofilas a, b e carotenóides totais); (2) a espessura foliolar total e dos parênquimas clorofilianos; e (3) a área e peso da matéria seca foliar de folhas sombreadas, para seis clones de seringueira selecionados pelo Instituto Agronômico de Campinas (IAC), comparativamente ao tradicional clone RRIM 600. Em média, os teores de clorofila total (a+b) e de carotenóides totais foram, respectivamente, de 3,14 e 1,04 mg g-1 de peso fresco, sempre superiores ou iguais ao da testemunha. A espessura foliolar média foi de 119,62 µm e mostrou grande variação entre os clones IAC, e destes quanto à testemunha. A área foliar média, de 219,17 cm², foi quase equivalente para todos os clones. A área foliar específica foi, em média, de 198,08 cm² g-1, e neste caso, o maior valor foi observado para o IAC 56, sendo os demais, inferiores ou equivalentes ao da testemunha. Os clones IAC 302 e IAC 303 mostraram-se estatisticamente similares ao RRIM 600 para todos os caracteres analisados, e uma relação com a produtividade foi sugerida para o clone IAC 303.

Efficiency and response of conilon coffee clones to phosphorus fertilization

Studies on nutritional efficiency of phosphorus in conilon coffee plants are important tools to unravel the high limitation that natural low levels of this nutrient in soil impose to these species cultivars. Therefore, this study aimed at evaluating the nutritional efficiency and the response to phosphorus of conilon coffee clones. Plants were managed during 150 days in pots containing 10 dm³ of soil, in greenhouse. A factorial scheme 13 x 2 was used, with three replications, being the factors: 13 clones constituting the clonal cultivar "Vitória Incaper 8142" and two levels of phosphate fertilization (0% and 150% of the P2O5 usualy recommended), in a completely randomized design (CRD). The results indicate a differentiated response of dry matter production and of phosphorus content on each level of phosphate fertilization for the conilon coffee clones and that CV-04, CV-05 and CV-08 clones are nutritionally efficient and responsive to the phosphate fertilization.

Seleção de clones de batata para fritura com base em índices de seleção

O objetivo deste trabalho foi verificar a possibilidade de seleção de clones de batata para fritura, com base em índices de seleção. Os experimentos foram realizados em Pelotas, RS, e em Canoinhas, SC. Foi avaliado um conjunto de clones-elite, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético de Batata, da Embrapa (F53-01-06, F85-01-06, F7426-06, F81-01-06, F63-01-06, F52-02-06, F74-23-06, F79-01-06, F68-04-06, F80-03-06), e as testemunhas Ágata e Asterix. O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com três repetições e parcelas compostas por duas linhas de dez plantas. Foram avaliados os caracteres ciclo vegetativo, massa de tubérculos comerciais, número de tubérculos comerciais, percentagem de massa de tubérculos comerciais, massa média de tubérculos, peso específico e cor de palitos fritos. Os dados foram submetidos a análises de variância individual e conjunta. Foram estimados os ganhos diretos e por índices de seleção de Smith e Hazel, Pesek e Baker e Williams e as distâncias ao ideótipo. Foi verificado que é possível a utilização de índices de seleção, com base no desvio padrão genotípico, na seleção de clones de batata para fritura. O índice da distância ao ideótipo foi superior aos demais, indicando ganhos positivos, para todos os caracteres, em ambos os locais.

Desempenho de clones elite de batata para caracteres agronômicos e de qualidade industrial

O objetivo deste trabalho foi verificar o desempenho de clones elite de batata, em relação a caracteres agronômicos e de qualidade industrial. Os experimentos foram realizados em Pelotas, RS, Canoinhas, SC, e Londrina, PR. Foi avaliado um conjunto de clones elite, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético de Batata, da Embrapa. O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com três repetições para Pelotas e Londrina e quatro para Canoinhas. Foram avaliados os caracteres massa total de tubérculos, massa comercial de tubérculos, número de tubérculos comerciais, percentagem de massa de tubérculos comerciais, massa média de tubérculos comerciais, peso específico, cor de fritura e ciclo vegetativo. A partir dos dados obtidos foram realizadas as análises de variância para cada local e teste de agrupamento de médias para cada caráter. Para identificação de clones apropriados ao mercado 'in natura', em que é fundamental o elevado potencial produtivo e precocidade, os clones mais promissores foram F80-03-06 e CL02-05, quando comparados à cultivar testemunha Ágata. Para o processamento industrial, em que o peso específico, a cor de fritura e o rendimento de tubérculo são caracteres importantes, destacou-se o clone F81-01-06, que apesar de não apresentar os maiores rendimentos totais, apresentou tubérculos grandes, ciclo vegetativo intermediário e boa aptidão para fritura, quando comparando-se ao cultivar testemunha Asterix.

Avaliação de clones de seringueira para a região noroeste do Estado de São Paulo

RESUMOSão Paulo é o Estado no qual clones de seringueira (Hevea brasiliensisWilld. ex Adr. de Juss.) Muell. Arg. têm apresentado maior produtividade de borracha, no Brasil. O objetivo deste estudo foi avaliar a produção de borracha e o vigor de 14 clones de seringueira, implantados na região de Votuporanga, além de averiguar mudanças na tendência da correlação anual, para analisar a possibilidade de uma seleção precoce, com base nos caracteres estudados. Para isso, a produção de borracha, em gramas árvore-1sangria-1, foi avaliada, utilizando-se o sistema de sangria 1/2S d/4 5d/7 11m/y ET 2,5%. O período de avaliação da produção de borracha foi de oito anos. O vigor, também, foi analisado, medindo-se o perímetro do caule por 16 anos. Os clones IRCA 111 e PB 235 tiveram os melhores desempenhos de produção de borracha. Os clones IAC 15 e IAC 44 apresentaram os melhores resultados de vigor. As correlações genéticas e fenotípicas foram significativas e positivas entre todos os anos de produção. Para o vigor, a significância dos coeficientes de correlação genotípica e fenotípica diferiram na pré-sangria e na pós-sangria. Pelos valores de produção de borracha observados, os clones IRCA 111 e PB 235 são considerados favoráveis à recomendação em pequena escala para a região de Votuporanga. Com base nos resultados obtidos, é possível realizar uma seleção precoce para o caráter de produtividade, usando-se os dados obtidos no primeiro ano de avaliação. Por causa das diferenças observadas entre os períodos de pré-sangria e pós-sangria, não é aconselhável realizar uma seleção precoce no período de pré-sangria, visando ao caráter de vigor.