TcruziDB, an Integrated Database, and the WWW Information Server for the Trypanosoma cruzi Genome Project

Data analysis, presentation and distribution is of utmost importance to a genome project. A public domain software, ACeDB, has been chosen as the common basis for parasite genome databases, and a first release of TcruziDB, the Trypanosoma cruzi genome database, is available by ftp from ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/genomedb/TcruziDB as well as versions of the software for different operating systems (ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/unixsoft/). Moreover, data originated from the project are available from the WWW server at http://www.dbbm.fiocruz.br. It contains biological and parasitological data on CL Brener, its karyotype, all available T. cruzi sequences from Genbank, data on the EST-sequencing project and on available libraries, a T. cruzi codon table and a listing of activities and participating groups in the genome project, as well as meeting reports. T. cruzi discussion lists (tcruzi-l@iris.dbbm.fiocruz.br and tcgenics@iris.dbbm.fiocruz.br) are being maintained for communication and to promote collaboration in the genome project

Glutamatergic transmission in the nucleus tractus solitarii: from server to peripherals in the cardiovascular information superhighway

Afferent nerves carrying signals from mechanoreceptors in the aortic arch and carotid sinus terminate predominantly in the nucleus tractus solitarii (NTS). Signal transduction and neurotransmission in the NTS are critical for central cardiovascular reflex control, but little was known about either until the late 1970's. None of the numerous neuroactive chemicals found in the NTS had met strict criteria as a neurotransmitter in the baroreflex arc until data suggested that the excitatory amino acid L-glutamate (GLU) might be released from baroreceptor afferent terminals in the NTS. In anesthetized animals microinjection into the NTS of GLU, which can be demonstrated in terminals in the NTS, produces cardiovascular responses like those seen with activation of the baroreceptor reflex. Similar responses occur in awake animals if the chemoreceptor reflex is eliminated; otherwise, in conscious animals responses mimic those of chemoreceptor reflex activation. GLU is released in the NTS upon selective activation of the baroreceptor, and possibly the chemoreceptor, reflex. Responses to selective agonists as well as baroreflex responses are eliminated by GLU antagonists microinjected into the NTS. Non-NMDA (N-methyl-D-aspartic acid) receptors seem to predominate at primary baroreceptor synapses in the NTS while NMDA receptors may be involved at later synapses. Although inhibition of soluble guanylate cyclase attenuates responses to ionotropic glutamate agonists in the NTS, nitric oxide does not seem to play a role in glutamate transmission in the NTS. GLU may also participate in transmission at cardiovascular neurons beyond the NTS. For example, a role has been suggested for GLU in the ventrolateral medulla and spinal cord. Work continues concerning GLU signal transduction and mechanisms that modulate that transduction both at the NTS and at other cardiovascular nuclei

Contribuição para o conhecimento da intoxicação pelo veneno dos "escorpiões"

Nous avons travaillé à Bello Horizonte, Etat de Minas, avec le venin de 4 espèces de Scorpions: Tityus bahiensis (C. L. KOCK, 1836). Tityus serrulatus (LUTZ-MELLO, 1922). Tityus dorsomaculatus (LUTZ – MELLO, 1922). Bothriurus (espèce em étude), sur un total de 13.640 individus. Nous avons essayé et observe l’action du venin sur 97 espèces differentes d’êtres vivants – depuis les chlamydozoaires jusqu’à l’«Homo sapiens». Nous avons cherché à déterminer une unité toxique «plus précise, plus régulierè». Les étalons dits «unité vésicule», «unité morsure» sont inconstants et sans rigueur. Tout au plus, peuvent ils server à l’étude de l’action générale du venin, et cela meme, dans certains cas seulement. Nous avons employé la pesée pour determiner l’unité toxique. Ce qui est important pour qui étudie ces sujets ce n’est pás lê nombre de vésicules, mais bien la quantité de venin humide ou desséché qu’elles contiennent. La balance, pour notre travail, est um moyen indicateur de bien plus grande précision que la «vésicule» ou la «morsure». Nous sommes parvenus à prouver qu’il existe une relation constante entre le poid brut des vésicules et la quantité de venin humide ou desséché qu’elles contiennent dans leur intérieur. Donc em pesant les vésicules, nous pesons indirectement le venin. Peu nous importe qu’il y ait 10 ou 100 vésicules. Il nous importe seulement de savoir combien elles pèsent, et de déterminer par ce fait, la quantité proportionnelle de vain pur. La technique générale est la suivante: Nous pesons um certain nombre de vésicules. Nous triturons ensuite, dans um mortier stérilisé et nous emulsionnons, par l’addition consécutive d’eau distillée, stérilisée. Nous filtrons l’émulsion sur le papier filtre employé em chimie, préalablement taré et desséché dans une atmosphere de chlorure de calcium. Après le filtrage on sèche à nouveau les papiers filtre employés d'abord à l'étuve et ensuite dans la même atmosphère de chlorure de calcium. Nous pesons plusieurs fois et on obtient la moyenne de ces pesées. On soustrait de cette dernière pesée le taux des substances non venimeuses, glandulaires, également dissoutes et calculées à 23 du poids brut et celles retenues par les papiers,-on obtient ainsi la moyenne réelle du venin pur contenu dans les vésicules utilisèés. Une simple divisiôn suffit pour fixer la moyenne de chacune. Ces données ont été vérifiées par les expériences faites avec du venin pur, largement obtenu dans notre Laboratoire. Nous avons trouvé de la sorte pour une vésicule de Tityus serrulatus: 0,gr.000,386 de T. bahiensis: 0,gr.001.261.24 de venin pur ce qui donne. 7/15,96 pour la 1ère. 1/8,36 pour la 2ème du poids sec de chaque vésicule. Le poids sec, pour une moyenne obtenue de 1.000 vésicules, fut de 0,gr.008,236 pour Tityus bahiensis. Maximum 0,gr.011. Minimum 0,gr.004.4 pour chacun. Pour Tityus serrulatus, en 1.049 vésicules le poids fut de 0,gr.006,08. Maximum 0,gr.014.03. Minimum 0,gr.003,1 pour chacun. C'est pour cette raison que l'unité-vésicule est incertaine. 2 poules A et B.; l'une, A, pesant 2 K.030 gr. reçoit dans une veinè, une émulsion en sèrum physiologique à 8,50/%, stérilisé, de 19 vésicules totales de Tityus serrulatus, et présence de légers phénomènes toxiques. L'autre, B, pesant 2 K.320 gr. meurt avec tous les phénomènes classiques de l'empoisonnement, par l'injection endoveineuse del'émulsion de 16 vésicules totales de venin de Tityus serrulatus! Les premières 19 vésicules pesaient 0,gr.58; les 16 derniéres-84 milligrammes. Les premières contenaient 0,gr.003. 634 et les secondes 0,gr.005.263 de venin pur! La moyenne obtenue de 6346 scorpions, (entre T. bahiensis et T. serrulatus) nous a fourni pour chacun: 0,gr.000,131,53 de venin pur, par piqûre. Si l'on spécifie: Pour 5.197 T. bahiensis. La moyenne pour une piqûre est 0,gr.000.106.15. Pour 1.149 T. serrulatus, la moyenne pour une piqûre est.......0,gr.000.246.30. La quantité a varié, selon les individus, de 0,gr.000.035.71, à 0,gr.000.436.01 de venin pur, pour une piqûre. D'après ce qui vient d'étre dit, on peut voir combien la quantité de venin éjaculé varie, chaque fois, chez les scorpions. L'unité-piqûre ne peut done pas ètre utiliseé pour des expériences dèlicates. Le mieux est de se servir de venin pur, et c'est ce que nous avons fait pour les expériences minutieuses. Quand on n'en possède pas, on peut établir pour chaque série des expériences à tenter-la dose minima mortelle en poids (grammes et fractions) de vésicules. D'après les bases ici consignées, et avec une trés petite erreur, on peut calculer la quantité de venin pur de cette dóse. Ce calcul est d'ailleurs dispensable. On peut s'en rapporter simplement au poids sec des vésicules totales et dire que la D. m. m. est de tant de milligr. secs. Comme le venin se conserve mal dans les vésicules, il faut, dans ce procédé, doser la D. m. m. toutes les fois que l'on veut procéder á une sériê d'expériences. Le venin desséché rappelle, d'après le temps de conservations au Laboratoire, celui de Crotatus terrificus et celui des Lachesis (quand il est vieux). Il est retenu au passage en partie, par les bougies Berkfeld et Chamberland. La conservation en état de dessication est la meilleure. Ainsi gardé, à l'abri de la lumierè, aux approches de 0,gr., pendant 8 mois, il perd à peine 1,2 à 1,4 de sa valeur primitive. L'echauffement à 100 gr. trouble une dissolution de venin dans l'eau distilleé; sans atteindre toutefois son pouvoir toxique, quand on l'injecte par la voie intra-cérébrale. Nous avons fait l'experience par 11 voies diverses. Sur des animaux sensibles, nous n'avons pas obtenu de phénomènes toxiques, apparemment, par les voies suivantes: 1) buccale; 2) gastrique; 3) rectale; 4) chambre oculaire antérieure; 5) cornéenne; 6) trachéenne; 7) meningée {sur; intra; 8) simple contact, bien que direct, avec le systemè nerveux central. La gravité des phènomènes décroît suivant l'échelle ci-dessous: 1) intra-cérébrale...

The GATO gene annotation tool for research laboratories

Large-scale genome projects have generated a rapidly increasing number of DNA sequences. Therefore, development of computational methods to rapidly analyze these sequences is essential for progress in genomic research. Here we present an automatic annotation system for preliminary analysis of DNA sequences. The gene annotation tool (GATO) is a Bioinformatics pipeline designed to facilitate routine functional annotation and easy access to annotated genes. It was designed in view of the frequent need of genomic researchers to access data pertaining to a common set of genes. In the GATO system, annotation is generated by querying some of the Web-accessible resources and the information is stored in a local database, which keeps a record of all previous annotation results. GATO may be accessed from everywhere through the internet or may be run locally if a large number of sequences are going to be annotated. It is implemented in PHP and Perl and may be run on any suitable Web server. Usually, installation and application of annotation systems require experience and are time consuming, but GATO is simple and practical, allowing anyone with basic skills in informatics to access it without any special training. GATO can be downloaded at [http://mariwork.iq.usp.br/gato/]. Minimum computer free space required is 2 MB.

Cloning, sequence analysis, and expression of cDNA coding for the major house dust mite allergen, Der f 1, in Escherichia coli

Our objective was to clone, express and characterize adult Dermatophagoides farinae group 1 (Der f 1) allergens to further produce recombinant allergens for future clinical applications in order to eliminate side reactions from crude extracts of mites. Based on GenBank data, we designed primers and amplified the cDNA fragment coding for Der f 1 by nested-PCR. After purification and recovery, the cDNA fragment was cloned into the pMD19-T vector. The fragment was then sequenced, subcloned into the plasmid pET28a(+), expressed in Escherichia coli BL21 and identified by Western blotting. The cDNA coding for Der f 1 was cloned, sequenced and expressed successfully. Sequence analysis showed the presence of an open reading frame containing 966 bp that encodes a protein of 321 amino acids. Interestingly, homology analysis showed that the Der p 1 shared more than 87% identity in amino acid sequence with Eur m 1 but only 80% with Der f 1. Furthermore, phylogenetic analyses suggested that D. pteronyssinus was evolutionarily closer to Euroglyphus maynei than to D. farinae, even though D. pteronyssinus and D. farinae belong to the same Dermatophagoides genus. A total of three cysteine peptidase active sites were found in the predicted amino acid sequence, including 127-138 (QGGCGSCWAFSG), 267-277 (NYHAVNIVGYG) and 284-303 (YWIVRNSWDTTWGDSGYGYF). Moreover, secondary structure analysis revealed that Der f 1 contained an a helix (33.96%), an extended strand (17.13%), a ß turn (5.61%), and a random coil (43.30%). A simple three-dimensional model of this protein was constructed using a Swiss-model server. The cDNA coding for Der f 1 was cloned, sequenced and expressed successfully. Alignment and phylogenetic analysis suggests that D. pteronyssinus is evolutionarily more similar to E. maynei than to D. farinae.