Séries temporais de NDVI do sensor SPOT Vegetation e algoritmo SAM aplicados ao mapeamento de cana‑de‑açúcar

O objetivo deste trabalho foi avaliar o mapeamento de área de cana‑de‑açúcar por meio de série temporal, de seis anos de dados do índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), oriundos do sensor Vegetation, a bordo do satélite "système pour l'observation de la Terre" (SPOT). Três classes de cobertura do solo (cana‑de‑açúcar, pasto e floresta), do Estado de São Paulo, foram selecionadas como assinaturas espectro‑temporais de referência, que serviram como membros extremos ("endmembers") para classificação com o algoritmo "spectral angle mapper" (SAM). A partir desta classificação, o mapeamento da área de cana‑de‑açúcar foi realizado com uso de limiares na imagem-regra do SAM, gerados a partir dos valores dos espectros de referência. Os resultados mostram que o algoritmo SAM pode ser aplicado a séries de dados multitemporais de resolução moderada, o que permite eficiente mapeamento de alvo agrícola em escala mesorregional. Dados oficiais de áreas de cana‑de‑açúcar, para as microrregiões paulistas, apresentam boa correlação (r² = 0,8) com os dados obtidos pelo método avaliado. A aplicação do algoritmo SAM mostrou ser útil em análises temporais. As séries temporais de NDVI do sensor SPOT Vegetation podem ser utilizadas para mapeamento da área de cana‑de‑açúcar em baixa resolução.

Análise de agrupamento de diferentes densidades de marcadores no mapeamento genético por varredura genômica

A simulação tem contribuído para o avanço da genômica nas diversas áreas do melhoramento genético. Foram simulados mapeamentos genéticos utilizando diferentes densidades de marcadores para estimar os valores fenotípicos na seleção assistida por marcadores (SAM), em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40; e 0,70. Procedeu-se a análise de agrupamento com os desempenhos fenotípicos, cuja finalidade foi obter estruturas de classificação entre as densidades visando à otimização na detecção de QTL. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para três genomas (cada qual constituído de uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade) e para as populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas, em que os genitores selecionados acasalavam-se seletivamente entre os melhores e os piores. O mapeamento empregando de média a alta densidade de marcadores assinalou eficiência nos progressos fenotípicos obtidos com a SAM. Menores quantidades de marcadores são requeridas para manter determinado poder de detecção de QTL à medida que se eleva a magnitude da herdabilidade. A análise de agrupamento indicou otimização e correspondência nos incrementos fenotípicos ao admitir as densidades de 4 e 6 cM; 4, 6, 8 e 10 cM; e 6 e 8 cM para as herdabilidades de 0,10; 0,40; e 0,70, respectivamente.

Imunodiagnóstico da leptospirose humana através do teste ELISA-IgM, empregando-se diferentes preparações antigênicas a partir de sorotipos prevalentes de Leptospira interrogans

Realizou-se estudo comparativo de diferentes sorotipos de Leptospira interrogans utilizados na preparação de antígenos empregados no teste ELISA, para a detecção de anticorpos da classe IgM, em amostras de soro na fase precoce e tardia da leptospirose humana. Foram utilizados dez sorotipos, escolhidos entre os que apresentaram maior reatividade na soroaglutinação microscópica (SAM), na cidade de São Paulo. Os cinco sorotipos que apresentaram melhores resultados individualmente no teste ELISA-IgM (canicola, hebdomadis, icterohaemorrhagiae, cynopteri e brasiliensis), foram também estudados em mistura antigênica. Os antígenos não tratados apresentaram maior reatividade do que os antígenos tratados com Triton X - 100 (4%) à temperatura de 50ºC, durante 4 horas. O teste ELISA-IgM empregando os sorotipos não tratados, isoladamente, e em mistura antigênica, mostrou-se altamente sensível, podendo ser empregado como teste de triagem para o diagnóstico precoce da leptospirose humana. Outra aplicação do teste é permitir a detecção do início de situações epidêmicas ou de surtos, possibilitando acionar medidas de vigilância epidemiológica.

Avaliação da contraimunoeletroforese com antígenos dos sorovars icterohaemorrhagiae E patoc no diagnóstico sorológico da leptospirose humana

Avaliou-se o desempenho da contraimunoeletroforese (CIE) no diagnóstico sorológico da leptospirose humana utilizando três tipos de antígenos derivados da L. interrogans sorovar icterohaemorrhagiae e do sorovar patoc da L. biflexa. Comparou-se os resultados obtidos na CIE com a prova de referência a soroaglutinação microscópica (SAM). Soros pareados de 135 pacientes com leptospirose foram subdivididos em 4 grupos de acordo com os resultados da SAM. Como controle coletou-se sangue de 69 indivíduos sadios. A concordância entre as duas técnicas variou de 92,64 a 94,11%. Os resultados obtidos pela CIE com os antígenos do sorovar icterohaemorrhagiae foram mais favoráveis do que aqueles derivados do patoc. Ressaltam-se as características de elevada sensibilidade detectando anticorpos antileptospiras mais precocemente do que a microaglutinação. As características encontradas no presente estudo credenciam o emprego da CIE como um método útil e prático para o diagnóstico da leptospirose humana na fase aguda da doença.

Occurrence of antibodies against Leptospira spp. in horses of the urban area of Londrina, Paraná, Brazil

A total of 320 horses were studied in this paper, both male and female, between two and 17 years of age, which were used for traction of wagons in the urban area of the municipality of Londrina (PR). These animals were kept, after their daily work, in abandoned areas or plots, in the outskirts of the urban area of the city. When these animals were attended by the veterinarians, between 1996 and 2005, none of them presented symptoms suggesting leptospirosis. The most frequent reasons for the visit were loss of weight, unwillingness for work, parasitism, laminess, and wounds. Microscopic Seroagglutination Test (SAM), with 22 Leptospira serovars, was performed in sera sample from all these animals. The aim of this study was to investigate the occurrence of antibodies against Leptospira spp. in horses from the urban area of Londrina (PR). From the samples tested, 214 (66.88%) were considered positive, with titers between 100 and 3200, being that 49 (22.90%) presented antibodies against a single serovar of Leptospira, and 165 (77.10%) samples presented antibodies against two or more serovars simultaneously, where in 88 (53.33%) it was possible to characterize the most likely probable serovar. Antibodies against the serovar Icterohaemorrhagiae were detected in 32 (23.36%) animals.

Sorovares de Leptospira spp. predominantes em exames sorológicos de caninos e humanos no município de Uberlândia, Estado de Minas Gerais

INTRODUÇÃO: O objetivo desta pesquisa foi verificar a ocorrência dos principais sorovares de Leptospira spp. em cães domésticos e humanos, notificados no ano de 2008, bem como os principais fatores de riscos em uma abordagem geográfica relacionados à doença no município de Uberlândia, Estado de Minas Gerais, Brasil. MÉTODOS: Foram examinadas 268 amostras de soro sanguíneo de cães de diferentes bairros pertencentes aos distritos sanitários norte, sul, leste, oeste e central deste município, colhidas durante a campanha de vacinação antirrábica animal, em agosto de 2008. Foi realizada uma abordagem geográfica do município e avaliada a localização de áreas periféricas, aterro sanitário, coleta de lixo, notificação de roedores, casos de leptospirose humana e áreas de alagamento decorrente de enchentes, durante o ano de 2008. A leptospirose foi diagnosticada pela técnica de soroaglutinação microscópica (SAM), padrão-ouro para diagnóstico da leptospirose animal e humana. RESULTADOS: Os cães reagiram principalmente aos sorovares Autumnalis (34,2%) e Tarassovi (23,7%), sendo este, também detectado em humanos em 2008. A ocorrência destes sorovares pode estar relacionada com uma fonte de infecção comum as duas espécies, ou a hipótese de que o cão possa ser a fonte de infecção para o ser humano. O distrito sanitário leste apresentou um maior número de cães reagentes. CONCLUSÕES: A leptospirose ocorreu nos cães e humanos no município de Uberlândia no ano de 2008. Esta doença muitas vezes negligenciada deve ser prevenida por representar risco à saúde pública e se parecer com outras doenças também endêmicas como a dengue.

Brazilian norms for the International Affective Picture System (IAPS): comparison of the affective ratings for new stimuli between Brazilian and North-American subjects

OBJECTIVE: The study presents the Brazilian norms for 240 new stimuli from International Affective Picture System (IAPS), a database of affective images widely used in research, compared to the North-American normative ratings. METHODS: The participants were 448 Brazilian university students from several courses (269 women and 179 men) with mean age of 24.2 (SD = 7.8), that evaluated the IAPS pictures in the valence, arousal and dominance dimensions by the Self-Assessment Manikin (SAM) scales. Data were compared across the populations by Pearson linear correlation and Student's t-tests. RESULTS: Correlations were highly significant for all dimensions; however, Brazilians' averages for arousal were higher than North-Americans'. CONCLUSIONS: The results show stability in relation to the first part of the Brazilian standardization and they are also consistent with the North-American standards, despite minor differences relating to interpretation of the arousal dimension, demonstrating that IAPS is a reliable instrument for experimental studies in the Brazilian population.

Whole genome sequence of Klebsiella pneumoniae U25, a hypermucoviscous, multidrug resistant, biofilm producing isolate from India

Klebsiella pneumoniae U25 is a multidrug resistant strain isolated from a tertiary care hospital in Chennai, India. Here, we report the complete annotated genome sequence of strain U25 obtained using PacBio RSII. This is the first report of the whole genome of K. pneumoniaespecies from Chennai. It consists of a single circular chromosome of size 5,491,870-bp and two plasmids of size 211,813 and 172,619-bp. The genes associated with multidrug resistance were identified. The chromosome of U25 was found to have eight antibiotic resistant genes [blaOXA-1,blaSHV-28, aac(6’)1b-cr,catB3, oqxAB, dfrA1]. The plasmid pMGRU25-001 was found to have only one resistant gene (catA1) while plasmid pMGRU25-002 had 20 resistant genes [strAB, aadA1,aac(6’)-Ib, aac(3)-IId,sul1,2, blaTEM-1A,1B,blaOXA-9, blaCTX-M-15,blaSHV-11, cmlA1, erm(B),mph(A)]. A mutation in the porin OmpK36 was identified which is likely to be associated with the intermediate resistance to carbapenems in the absence of carbapenemase genes. U25 is one of the few K. pneumoniaestrains to harbour clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) systems. Two CRISPR arrays corresponding to Cas3 family helicase were identified in the genome. When compared to K. pneumoniaeNTUHK2044, a transposase gene InsH of IS5-13 was found inserted.

Identificação e validação de marcadores microssatélites ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-asiática-da-soja

O objetivo deste trabalho foi identificar novos marcadores microssatélites, ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-da-soja, e validar os marcadores previamente mapeados, para que possam ser utilizados em programas de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para tanto, uma população F2 com 100 indivíduos, derivada do cruzamento entre a PI 200526 e a cultivar Coodetec 208, suscetível à ferrugem, foi artificialmente infectada e avaliada quanto à sua reação de resistência à ferrugem. Marcadores microssatélites foram testados nos genitores e em dois "bulks" contrastantes, para a identificação de marcadores ligados. Dois novos marcadores, potencialmente associados à resistência, foram testados em plantas individuais, e se constatou que eles estão ligados ao gene Rpp5 e estão presentes no grupo de ligação N da soja. A eficiência de seleção foi determinada em relação a todos os marcadores ligados ao gene Rpp5, e a combinação entre os marcadores Sat_275+Sat_280 foi de 100%.

Seleção fenotípica e assistida por marcadores moleculares de famílias de feijoeiro-comum com alta produtividade

O objetivo deste trabalho foi selecionar famílias de feijoeiro-comum, com alta produtividade de grãos, por meio de seleção fenotípica e de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Foram avaliadas 394 famílias, de quatro populações, e seus seis genitores, no Município de Lavras, em dois experimentos: um na geração F3:4, na safra das águas de 2005/2006, em látice simples 20x20; e outro na geração F3:5, na safra da seca de 2006, em látice triplo 20x20. Foram estimados parâmetros genéticos e fenotípicos, e foi realizada a genotipagem das famílias, com marcadores microssatélites associados a QTL controladores da produção de grãos, previamente identificados. Também foram realizadas análises de associação por marcas simples, entre os marcadores e a produção de grãos, e foi obtido um índice para a SAM. A ampla variabilidade entre famílias e as altas estimativas de herdabilidade possibilitaram obter elevados ganhos com a seleção fenotípica. Os marcadores explicaram pequena percentagem da variação fenotípica e apresentaram alta interação QTL x ambiente e QTL x população. A SAM gerou baixos ganhos e a coincidência de famílias selecionadas pelas duas metodologias foi baixa, o que evidencia, neste caso, a ineficiência da SAM, principalmente pela pouca disponibilidade de marcadores ligados a QTL.

DNA barcodes for soil animal taxonomy

The biodiversity of soil communities remains very poorly known and understood. Soil biological sciences are strongly affected by the taxonomic crisis, and most groups of animals in that biota suffer from a strong taxonomic impediment. The objective of this work was to investigate how DNA barcoding - a novel method using a microgenomic tag for species identification and discrimination - permits better evaluation of the taxonomy of soil biota. A total of 1,152 barcode sequences were analyzed for two major groups of animals, collembolans and earthworms, which presented broad taxonomic and geographic sampling. Besides strongly reflecting the taxonomic impediment for both groups, with a large number of species-level divergent lineages remaining unnamed so far, the results also highlight a high level (15%) of cryptic diversity within known species of both earthworms and collembolans. These results are supportive of recent local studies using a similar approach. Within an impeded taxonomic system for soil animals, DNA-assisted identification tools can facilitate and improve biodiversity exploration and description. DNA-barcoding campaigns are rapidly developing in soil animals and the community of soil biologists is urged to embrace these methods.

Multispectral remote sensing for site-specific nitrogen fertilizer management

The objective of this work was to evaluate the use of multispectral remote sensing for site-specific nitrogen fertilizer management. Satellite imagery from the advanced spaceborne thermal emission and reflection radiometer (Aster) was acquired in a 23 ha corn-planted area in Iran. For the collection of field samples, a total of 53 pixels were selected by systematic randomized sampling. The total nitrogen content in corn leaf tissues in these pixels was evaluated. To predict corn canopy nitrogen content, different vegetation indices, such as normalized difference vegetation index (NDVI), soil-adjusted vegetation index (Savi), optimized soil-adjusted vegetation index (Osavi), modified chlorophyll absorption ratio index 2 (MCARI2), and modified triangle vegetation index 2 (MTVI2), were investigated. The supervised classification technique using the spectral angle mapper classifier (SAM) was performed to generate a nitrogen fertilization map. The MTVI2 presented the highest correlation (R²=0.87) and is a good predictor of corn canopy nitrogen content in the V13 stage, at 60 days after cultivating. Aster imagery can be used to predict nitrogen status in corn canopy. Classification results indicate three levels of required nitrogen per pixel: low (0-2.5 kg), medium (2.5-3 kg), and high (3-3.3 kg).

Validação de marcadores moleculares para resistência à giberela em genótipos brasileiros de trigo

O objetivo deste trabalho foi validar 19 marcadores microssatélites para resistência do trigo à giberela, em uma população não estruturada. Foram utilizados marcadores moleculares descritos na literatura como flanqueando QTLs de resistência à giberela em trigo, nos cromossomos 3B, 5A e 6B. Foram avaliadas 96 linhagens e cultivares de trigo quanto à severidade da infecção por giberela, em dois anos de avaliação. As linhagens e as cultivares foram genotipadas com 19 marcadores microssatélites. Os dados obtidos foram analisados pelo teste de Tukey e pelas análises de correlação, regressão linear simples e regressão múltipla; também foi estimada a eficiência de seleção dos marcadores moleculares. A severidade da doença variou de 1,95 a 41,3%, na média dos dois anos. Foram validados os QTLs nos três cromossomos avaliados. Os marcadores Xgwm389, Xgwm533, Xbarc180, Xbarc24, Wmc397, Xbarc101 e Wmc398 foram associados significativamente à resistência do trigo à giberela, tendo sido identificados alelos de resistência e de suscetibilidade. Os marcadores Wmc397, Xbarc101 (cromossomo 6B) e Xbarc180 (cromossomo 5A) têm potencial para uso na seleção assistida por marcadores moleculares, para resistência do trigo à giberela.

Determinação direta de crômio em açúcar e leite por espectrometria de absorção atômica com atomização eletrotérmica em forno de grafite

A fast and direct method for the determination of Cr in milk and cane sugar suspensions using graphite furnace atomic absorption spectrometry with Zeeman-effect background correction is described. No sample pre-treatment was necessary, minimizing the risk of contamination. The concentration of chromium in cane sugar was evaluated using Cr reference solutions prepared in 1% v/v HNO3 solution. The milk samples were introduced into the furnace with a mixture of amines for avoiding the autosampler blockage and foaming of milk. Chromium determination in milk was based on the standard additions method (SAM). The limit of detection and characteristic mass for cane sugar sample (30 muL) were 0,13 ng/ml and 4,3 pg, and for milk sample (10 muL) were 0,23 ng/ml and 7,8 pg, respectively. The graphite tube lifetime was 300 firings for sugar-cane sample and 100 firings for milk sample. The heating program was implemented in 68 s.