The GATO gene annotation tool for research laboratories

Large-scale genome projects have generated a rapidly increasing number of DNA sequences. Therefore, development of computational methods to rapidly analyze these sequences is essential for progress in genomic research. Here we present an automatic annotation system for preliminary analysis of DNA sequences. The gene annotation tool (GATO) is a Bioinformatics pipeline designed to facilitate routine functional annotation and easy access to annotated genes. It was designed in view of the frequent need of genomic researchers to access data pertaining to a common set of genes. In the GATO system, annotation is generated by querying some of the Web-accessible resources and the information is stored in a local database, which keeps a record of all previous annotation results. GATO may be accessed from everywhere through the internet or may be run locally if a large number of sequences are going to be annotated. It is implemented in PHP and Perl and may be run on any suitable Web server. Usually, installation and application of annotation systems require experience and are time consuming, but GATO is simple and practical, allowing anyone with basic skills in informatics to access it without any special training. GATO can be downloaded at [http://mariwork.iq.usp.br/gato/]. Minimum computer free space required is 2 MB.

TcruziDB, an Integrated Database, and the WWW Information Server for the Trypanosoma cruzi Genome Project

Data analysis, presentation and distribution is of utmost importance to a genome project. A public domain software, ACeDB, has been chosen as the common basis for parasite genome databases, and a first release of TcruziDB, the Trypanosoma cruzi genome database, is available by ftp from ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/genomedb/TcruziDB as well as versions of the software for different operating systems (ftp://iris.dbbm.fiocruz.br/pub/unixsoft/). Moreover, data originated from the project are available from the WWW server at http://www.dbbm.fiocruz.br. It contains biological and parasitological data on CL Brener, its karyotype, all available T. cruzi sequences from Genbank, data on the EST-sequencing project and on available libraries, a T. cruzi codon table and a listing of activities and participating groups in the genome project, as well as meeting reports. T. cruzi discussion lists (tcruzi-l@iris.dbbm.fiocruz.br and tcgenics@iris.dbbm.fiocruz.br) are being maintained for communication and to promote collaboration in the genome project

Regulação médica em emergência pela plataforma web: um estudo piloto

OBJETIVO: Descrever um sistema gestor de regulação médica em emergência baseado na rede mundial de computadores. MÉTODOS: O Sistema de Regulação de Urgências e Emergências foi desenvolvido segundo modelo evolutivo de software de prototipação. A comunicação entre os usuários e o sistema foi implementada utilizando tecnologias web; o sistema foi desenvolvido em personal home page (PHP) e o banco de dados, em MySQL. O protótipo foi baseado no processo de regulação médica da Divisão Regional de Saúde XIII do Estado de São Paulo e aplicado a 26 municípios dessa regional durante quatro semanas consecutivas em setembro de 2009. O sistema possibilitou a documentação das solicitações em ordem cronológica, sem permitir edição de dados já inseridos e garantindo o acesso hierarquizado e sigiloso às informações para cada participante do sistema. RESULTADOS: O sistema apresentou 100% de disponibilidade, confiabilidade e integridade da informação. Foram realizadas 1.046 solicitações ao sistema, das quais 703 (68%) foram completadas. Os solicitantes apresentaram 98% de adesão ao sistema na primeira semana de aplicação, e a adesão dos prestadores de serviço foi gradativa (37% na quarta semana). Os municípios mais próximos de Ribeirão Preto que não possuem prestadores de alta complexidade foram os que mais utilizaram o sistema. CONCLUSÕES: A regulação médica de solicitações de emergência pela rede mundial de computadores mostrou-se exeqüível e confiável, possibilitando a transparência do processo e acesso direto às informações por parte dos gestores. Possibilitou a construção de indicadores para monitorizar e aprimorar o processo, na perspectiva da criação de uma regulação semi-automatizada e de avanços na organização do sistema.

Low prevalence of hepatitis B virus, hepatitis D virus and hepatitis C virus among patients with human immunodeficiency virus or acquired immunodeficiency syndrome in the Brazilian Amazon basin

Comorbidities in human immunodeficiency virus infection are of great interest due to their association with unfavorable outcomes and failure of antiretroviral therapy. This study evaluated the prevalence of coinfection by human immunodeficiency virus and viral hepatitis in an endemic area for hepatitis B in the Western Amazon basin. Serological markers for hepatitis B virus, hepatitis C virus and hepatitis D virus were tested in a consecutive sample of all patients referred for treatment of human immunodeficiency virus or acquired immunodeficiency syndrome. The variables sex, age, origin and exposure category were obtained from medical records and from the sexually transmitted diseases and acquired immunodeficiency syndrome surveillance database. Among 704 subjects, the prevalence of chronic hepatitis B carriage was 6.4% and past infection 40.2%. The presence of hepatitis B was associated with birth in hyperendemic areas of the Amazon basin, male sex and illegal drug use. The overall prevalence of hepatitis C was 5% and was associated with illegal drug use. The prevalence of hepatitis B and C among human immunodeficiency virus or acquired immunodeficiency syndrome patients in the Western Amazon basin was lower than seen elsewhere and is probably associated with the local epidemiology of these viruses and the degree of overlap of their shared risk factors. An opportunity presents itself to evaluate the prevention of hepatitis C through harm reduction policies and hepatitis B through vaccination programs among human immunodeficiency virus or acquired immunodeficiency syndrome patients.

Local Web Buckling in Tapered Composite Beams: A Parametric Study

Composite flooring systems supported by tapered (varying web depth) beams are very attractive from an economic point of view. However, the tapered beam sections are fabricated from plate by welding, and are susceptible to imperfection effects. These may interact with the localised compressive stress field that is generated in the web at a slope change in the lower flange to cause local web buckling. A substantial parametric study using a non-linear elasto-plastic finite element program and covering practical ranges of the important parameters including the area of the tension flange, taper slope and web thickness is reported. Moment-rotation relations, peak moments and failure mechanisms have been predicted. The validity of the work is supported by the good correlation obtained between the results of the parametric study and experimental data.

Hirsch's index: a case study conducted at the Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo

An analysis of scientific bibliographic productivity using the Hirsch h-index, information from the Institute of Scientific Information database and the Curriculum Lattes (CNPq, Brazil) was performed at the Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo (FFCLRP-USP) that has four departments in natural, biological and social sciences. Bibliometric evaluations of undergraduate programs showed a better performance of the departments of Chemistry (P < 0.001) and Biology (P < 0.001) when compared to the departments of Physics and Mathematics and Psychology and Education. We also analyzed the scientific output of the six graduate programs of FFCLRP: Psychology, Psychobiology, Chemistry, Physics Applied to Medicine and Biology, Comparative Biology, and Entomology. The graduate program in Psychology presented a lower h-index (P < 0.001) and had fewer papers indexed by the ISI web of science (P < 0.001) when compared to the other graduate programs. The poorer performance of the Psychology program may be associated with the limited coverage by the Thompson Institute of Scientific Information database.

Telemedicina: Desenvolvimento de um sistema para atendimento à distância de pacientes com doença renal crônica pré-dialítica

ResumoIntrodução:O foco no tratamento da doença renal crônica (DRC) é evitar a sua progressão com o uso do controle clínico otimizado. O uso de tecnologias leves apresenta-se como forma promissora de cuidado em saúde. A internet oferece a oportunidade de instrumentalizar o médico em seu contato profissional com o usuário.Objetivo:Desenvolver um sistema web para o atendimento a distância de pacientes com DRC nos estágios não dialíticos e clinicamente estáveis.Métodos:Desenvolvido um sistema utilizando a linguagem Java, banco de dados MySQL e framework PrimeFaces; disponibilizado em um servidor de aplicações Glassfish.Resultados:O acesso inicial é realizado pelo nefrologista, que cadastra os pacientes com suas informações pessoais e dados de acesso. Após ser cadastrado, o paciente (ou médico de família) pode inserir os dados de sua consulta e estes serão, na sequência, repassados ao nefrologista para avaliação. O formulário com os dados de interesse é pré-determinado, mas ainda há possibilidade de acrescentar informações de forma livre. O sistema possibilita, adicionalmente, que haja troca de mensagens entre os médicos e os pacientes. Além disso, os usuários recebem mensagens via e-mail alertando-os de suas tarefas. O sigilo é garantido por senhas individuais para médicos e pacientes.Conclusão:Essa ferramenta possibilitará aumentar a área de abrangência dos nefrologistas, diminuir os custos e aproximar o paciente ao seu médico da atenção básica, utilizando o Programa de Saúde de Família como interface entre o paciente e a atenção secundária nefrológica.

Efeito da mitomicina C em cultura de estroma de pólipos nasais eosinofílicos: indução de apoptose em eosinófilos

A polipose nasossinusal eosinofílica é uma afecção comum a várias doenças, determina acometimento extenso dos seios paranasais e possui grande tendência à recidiva após tratamento. Os eosinófilos exercem papel essencial na patogênese, relacionada a baixo índice de apoptose e a longa permanência destas células ativas nos tecidos. OBJETIVO: Este estudo teve por objetivo avaliar o efeito da mitomicina C na indução de apoptose em eosinófilos presentes no estroma de pólipos nasais eosinofílicos. FORMA DE ESTUDO: Caso controle. MATERIAL E MÉTODO: O estudo foi auto-pareado, com 9 amostras cultivadas em meio RPMI 1640 e avaliadas em zero, 12 e 24 horas. O grupo estudo recebeu mitomicina C numa concentração de 400µg/ml durante 5 minutos. Em cada tempo as duas culturas, controle e estudo, foram submetidas a estudo histopatológico para determinação do índice apoptótico. Utilizou-se a coloração hematoxilina-eosina com aumento microscópico de 1000x. RESULTADO: Pela análise de 674 campos digitalizados observou-se que as culturas tratadas com mitomicina C apresentaram índice apoptótico em 12 horas significativamente maior em relação ao grupo controle (p< 0,001). CONCLUSÃO: Concluiu-se que a mitomicina C é eficaz na indução de apoptose em eosinófilos presentes em estroma de pólipos nasais eosinofílicos.

Reabilitação vestibular personalizada: levantamento de prontuários dos pacientes atendidos no ambulatório de otoneurologia da I.S.C.M.S.P.

O OBJETIVO: o objetivo deste trabalho foi verificar a eficácia da reabilitação vestibular personalizada (RVP) em diferentes quadros otoneurológicos. FORMA DE ESTUDO: clínico retrospectivo. MATERIAL E MÉTODO: Foi realizado um estudo retrospectivo que constou de uma descrição do programa de reabilitação vestibular de 37 pacientes, com idade entre 21 a 87 anos, vinte e seis do sexo feminino, onze do sexo masculino, com quadros otoneurológicos variados, atendidos no Ambulatório de Otoneurologia do Departamento de Otorrinolaringologia da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo, no período de 2002 a 2003. Estes foram submetidos à avaliação otoneurológica e depois de realizado o diagnóstico pelo otorrinolaringologista, encaminhados para a reabilitação vestibular, realizada semanalmente no ambulatório, e em casa diariamente. Cada paciente seguiu programas específicos de exercícios, considerando-se os achados ao exame vestibular, o quadro clínico e, principalmente, os sintomas apresentados. Os exercícios foram baseados em diferentes protocolos descritos na literatura. Foi realizada uma análise individual da evolução clínica e em conjunto, a fim de verificar a eficácia da RVP em diferentes quadros clínicos. CONCLUSÃO: Pudemos concluir que o programa de RVP mostrou-se um recurso terapêutico efetivo na diminuição e extinção dos sintomas e conseqüente melhora na qualidade de vida de pacientes portadores de diferentes quadros clínicos.

Efeito da mitomicina C na secreção de fator estimulador de granulócitos macrófagos e interleucina-5 em cultura de estroma de pólipos nasais eosinofílicos

O estudo de fatores teciduais, como a concentração de fator estimulador de colônias de macrófagos (GM-CSF) e interleucina 5 (IL-5), aponta para os mecanismos envolvidos na manutenção da eosinofilia em pólipos nasossinusais eosinofílicos. A mitomicina C (MMC) tem sido utilizada com bons resultados em otorrinolaringologia. OBJETIVO: Este estudo teve como objetivo avaliar a ação da Mitomicina C sobre a secreção de GM-CSF e IL-5 em pólipos eosinofílicos. FORMA DE ESTUDO: caso-controle. MATERIAL E MÉTODO: O estudo foi comparativo experimental autopareado, com amostras de pólipos biopsiados de pacientes portadores de polipose nasossinusal eosinofílica. Os fragmentos semeados como grupo experimental receberam mitomicina C por 5 minutos na dosagem de 400microg/ml e então lavadas em meio RPMI. Nos tempos zero, 12 e 24 horas, o sobrenadante foi retirado para determinação dos níveis de GM-CSF em 22 pacientes e IL-5, em 19 pacientes, utilizando o método de ELISA. RESULTO: Diminuição de secreção de GM-CSF nos grupos tratados com mitomicina C no tempo 24h (p<= 0,05); no grupo tratado houve expressão significativa de GM-CSF entre zero e 12 horas (p=0,013) demonstrando a viabilidade da cultura igualmente ao grupo não tratado; tendência à queda dos níveis de IL-5 no grupo tratado em 24h. CONCLUSÃO: O estudo demonstrou que a mitomicina C foi capaz de inibir a síntese de GM-CSF em culturas de pólipos nasais eosinofílicos e com provável ação sobre a secreção de IL-5, necessitando de estudos complementares.

Efeito da mitomicina C em polipose nasossinusal eosinofílica, in vivo: dosagem de IL5 e GM-CSF, RT-PCR

A polipose nasossinusal eosinofílica (PNS) é manifestação de uma doença inflamatória crônica na mucosa do nariz e nos seios paranasais caracterizada por infiltração de granulócitos eosinófilos. O fator responsável pela eosinofilia e manutenção dessas células com a perpetuação do processo inflamatório e formação polipóide é objeto constante de estudos. As citocinas como IL5 (interleucina 5) e GM-CSF (fator estimulador de colônia granulócito macrófago) aumentam a sobrevida dos eosinófilos e prolongam a sua presença no tecido polipóide, diminuindo o índice de apoptose eosinofílica. OBJETIVO: Avaliar o efeito da mitomicina C - MMC - por meio de aplicação tópica em pacientes portadores de PNS eosinofílica quanto à presença de IL5 e GM-CSF. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Quinze pacientes portadores de PNS eosinofílica foram submetidos à aplicação tópica de MMC na concentração de 0,5mg/ml, 1ml, durante cinco minutos, na cavidade nasal direita, e submetidos à biópsia para RT-PCR 24hs após. O grupo-controle foi a cavidade nasal esquerda. O perfil de citocinas foi analisado para IL5 e GM-CSF. RESULTADOS: A comparação dos resultados de GM-CSF pré e pós-uso de MMC quando usamos o teste t pareado apresenta p=0,041. A comparação para IL5 resulta em p < 0,001. CONCLUSÃO: O uso de MMC em pacientes com PNS mostra redução com significância estatística par GM-CSF e importante significância para IL5.

Efeito da mitomicina C tópica na cicatrização de prega vocal em modelo suíno

Várias terapias adjuvantes à cirurgia vêm sendo usadas para modular o processo cicatricial nas pregas vocais, entre elas a Mitomicina tópica (MTC). OBJETIVOS: Avaliar os efeitos da MTC no processo de cicatrização de pregas vocais de suínos 30 dias após exérese de fragmento de mucosa com laser de CO2 mediante a mensuração da deposição de colágeno. FORMA DE ESTUDO: Experimental em suínos. MATERIAIS E MÉTODOS: Dois grupos de 6 suínos cada foram avaliados após exérese de fragmento de mucosa de prega vocal a laser de CO2 (grupo controle sem uso e grupo experimento com uso de MTC tópica). Após 30 dias os animais foram submetidos à eutanásia, sendo coletadas amostras das pregas vocais para análise histológica, a fim de quantificar a deposição de colágeno mediante coloração de Picrosirius Red. RESULTADOS: A média da área do colágeno total das pregas vocais do grupo controle foi de 2648,03 µm2, enquanto a média do colágeno total das pregas vocais do grupo experimento foi de 2200,30 µm2 (p = 0,0043). CONCLUSÃO: A MTC usada topicamente após a exérese de fragmento de mucosa da prega vocal a laser de CO2 em suínos, diminui, significativamente, a deposição do colágeno total.

Avaliação da cicatrização de feridas em dorso de ratos tratados com mitomicina C tópica e posterior reforço com injetável

Estudo experimental em animais. A mitomicina C vem sendo usada como inibidor de fibroblastos, acarretando, com isso, diminuição do processo cicatricial em feridas cirúrgicas. OBJETIVO: Este trabalho visa avaliar o uso de Mitomicina C para diminuir o processo cicatricial, através de seu uso tópico com reforços posteriores injetáveis. MATERIAL E MÉTODOS: Foi usado um modelo de feridas em dorso de ratos, com retirada circular da pele e cicatrização por segunda intenção. Foram usados 18 ratos, divididos em três grupos: controle; com uso tópico; e com reforço de mitomicina C injetável, mensalmente e por 2 meses. Após 3 meses os animais foram sacrificados e as cicatrizes retiradas cirurgicamente e submetidas a estudo histológico. RESULTADOS: Notou-se sob vários critérios que a cicatrização com o uso tópico é menos intensa, mas ao se usar o reforço injetável os parâmetros voltam a ser comparados ao do grupo controle. DISCUSSÃO: Acreditamos que a administração injetável de mitomicina C nas cicatrizes, pela sua elevada característica tóxica, acarreta destruição tecidual e neoformação cicatricial. CONCLUSÕES: A mitomicina C diminui o processo cicatricial quando usada topicamente, mas acarreta aumento da cicatrização quando nestas feridas são feitos reforços injetáveis.

Influência de temperatura, luz e giberelina na germinação de sementes de Thlaspi caerulescens J. Presl & C. Presl (Brassicaceae)

Thlaspi caerulescens é espécie hiperacumuladora de metais como Cd2+, Ni2+ e Zn2+, considerada como uma plantamodelo para estudar a acumulação e tolerância a metais pesados. No entanto, a baixa produção de sementes em nossas condições climáticas tornam necessária a determinação de condições que possam maximizar a germinação e o vigor de suas sementes. Para identificar as melhores condições para a germinação, sementes de T. caerulescens foram colocadas na presença (15 mmol.m-2.s-1, 8 h luz/16 h escuro) ou ausência de luz nas temperaturas de 10, 15, 20 e 25 ºC, em papel germitest previamente umedecido com solução de ácido giberélico (GA3) a 0,05% ou água destilada. Foram avaliados a porcentagem de germinação (%G) e o índice de velocidade de germinação (IVG). Maior porcentagem de germinação (66%) foi observada nos tratamentos com GA3 e temperaturas de 15 e 20 ºC, na presença de luz. Maiores valores do IVG foram obtidos com a utilização de GA3 nas temperaturas de 15 e 20 ºC, tanto na presença quanto na ausência de luz. Maiores germinação e IVG de T. caerulescens foram observados com uso de GA3 na presença de luz nas temperaturas de 15 e 20 ºC.

Propagação in vitro de orquídea: iodeto de potássio e cloreto de cobalto em meio de cultura Knudson C

Objetivou-se determinar modificações ao meio de cultura Knudson C, acrescendo-o de iodeto de potássio e cloreto de cobalto, para que proporcione maior crescimento em plântulas de Cattleya loddigesii. Plântulas de orquídea, oriundas de sementes germinadas in vitro, com, aproximadamente, 1,0 cm de comprimento, foram inoculadas em tubos de ensaio contendo 15 mL de meio de cultura Knudson C modificado, acrescido de iodeto de potássio (0; 0,45; 0,9 e 1,35 mg.L-1) e cloreto de cobalto (0; 0,015; 0,030 e 0,045 mg.L-1), em todas as combinações possíveis. O meio de cultura teve seu pH ajustado para 5,8 ± 0,1 e foi solidificado com 5 g.L-1 de ágar antes da autoclavagem a 121ºC e 1 atm por 20 minutos. Após a inoculação os tratamentos foram mantidos em sala de crescimento com irradiância de 35 µmol.m-2.s-1, temperatura de 25 ± 1ºC e fotoperíodo de 16 horas. Ao final de 120 dias, foram avaliados número de raízes, comprimento médio de raízes e da parte aérea e massa de matéria fresca de plântulas. O cloreto de cobalto, em sua maior concentração (0,045 mg L-1), adicionado ao meio Knudson C modificado, sem a suplementação de iodeto de potássio, proporciona melhores resultados quanto ao crescimento in vitro das plântulas de Cattleya loddigesii.