Towards the Physical Map of the Trypanosoma cruzi Nuclear Genome: Construction of YAC and BAC Libraries of the Reference Clone T. cruzi CL-Brener

Strategies to construct the physical map of the Trypanosoma cruzi nuclear genome have to capitalize on three main advantages of the parasite genome, namely (a) its small size, (b) the fact that all chromosomes can be defined, and many of them can be isolated by pulse field gel electrophoresis, and (c) the fact that simple Southern blots of electrophoretic karyotypes can be used to map sequence tagged sites and expressed sequence tags to chromosomal bands. A major drawback to cope with is the complexity of T. cruzi genetics, that hinders the construction of a comprehensive genetic map. As a first step towards physical mapping, we report the construction and partial characterization of a T. cruzi CL-Brener genomic library in yeast artificial chromosomes (YACs) that consists of 2,770 individual YACs with a mean insert size of 365 kb encompassing around 10 genomic equivalents. Two libraries in bacterial artificial chromosomes (BACs) have been constructed, BACI and BACII. Both libraries represent about three genome equivalents. A third BAC library (BAC III) is being constructed. YACs and BACs are invaluable tools for physical mapping. More generally, they have to be considered as a common resource for research in Chagas disease

Characterization of new Schistosoma mansoni microsatellite loci in sequences obtained from public DNA databases and microsatellite enriched genomic libraries

In the last decade microsatellites have become one of the most useful genetic markers used in a large number of organisms due to their abundance and high level of polymorphism. Microsatellites have been used for individual identification, paternity tests, forensic studies and population genetics. Data on microsatellite abundance comes preferentially from microsatellite enriched libraries and DNA sequence databases. We have conducted a search in GenBank of more than 16,000 Schistosoma mansoni ESTs and 42,000 BAC sequences. In addition, we obtained 300 sequences from CA and AT microsatellite enriched genomic libraries. The sequences were searched for simple repeats using the RepeatMasker software. Of 16,022 ESTs, we detected 481 (3%) sequences that contained 622 microsatellites (434 perfect, 164 imperfect and 24 compounds). Of the 481 ESTs, 194 were grouped in 63 clusters containing 2 to 15 ESTs per cluster. Polymorphisms were observed in 16 clusters. The 287 remaining ESTs were orphan sequences. Of the 42,017 BAC end sequences, 1,598 (3.8%) contained microsatellites (2,335 perfect, 287 imperfect and 79 compounds). The 1,598 BAC end sequences 80 were grouped into 17 clusters containing 3 to 17 BAC end sequences per cluster. Microsatellites were present in 67 out of 300 sequences from microsatellite enriched libraries (55 perfect, 38 imperfect and 15 compounds). From all of the observed loci 55 were selected for having the longest perfect repeats and flanking regions that allowed the design of primers for PCR amplification. Additionally we describe two new polymorphic microsatellite loci.

Reverse transcription-polymerase chain reaction construction of plasmid-based, full-length cDNA libraries from Leishmania infantum for in vitro expression screening

We describe a streamlined reverse transcription-polymerase chain reaction methodology for constructing full-length cDNA libraries of trypanosomatids on the basis of conserved sequences located at the 5' and 3'ends of trans-spliced mRNAs. The amplified cDNA corresponded to full-length messengers and was amenable to in vitro expression. Fractionated libraries could be rapidly constructed in a plasmid vector by the TA cloning method (Invitrogen). We believe this is useful when there are concerns over the use of restriction enzymes and phage technology as well as in cases where expression of proteins in their native conformation is desired.

Avaliação da função diastólica por meio de Doppler tecidual pulsado e colorido em gatos da raça Maine Coon geneticamente testados para a mutação no gene MyBPC-A31P

A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é a principal cardiopatia dos felinos e é caracterizada por hipertrofia miocárdica concêntrica, sem dilatação ventricular. Disfunções miocárdicas ocorrem em gatos com CMH, mas pouco se conhece a respeito destas alterações nos estágios iniciais da afecção. Em gatos da raça Maine Coon, a mutação no gene MyBPC-A31P está relacionada com a CMH de origem familial, porém, a correlação exata entre o genótipo e o fenótipo ainda é inconclusiva. A ecocardiografia tecidual é uma modalidade não invasiva que permite avaliação da função miocárdica e é mais sensível que a ecocardiografia convencional. Para avaliar as funções sistólica e diastólica, antes ou após a ocorrência de hipertrofia ventricular, gatos da raça Maine Coon (n=57), geneticamente testados para a mutação, foram avaliados por meio de ecocardiografias convencional e tecidual (nas modalidades Doppler tecidual pulsado e Doppler tecidual colorido). Posteriormente, foram fenotipicamente classificados em: normais (n=45), suspeitos (n=7) e acometidos pela CMH (n=5); e genotipicamente classificados em: negativos (n=28), heterozigotos (n=26) e homozigotos para a mutação (n=3). Valores de velocidades miocárdicas (Doppler tecidual pulsado e colorido) medidos na região basal e média do septo interventricular (SIV), da parede livre do ventrículo esquerdo (PVE), da parede anterior do ventrículo esquerdo (PAVE), da parede posterior do ventrículo esquerdo (PPVE) e do segmento radial da PVE, foram comparados nos diferentes grupos. Observou-se que as velocidades longitudinais Em (Doppler tecidual pulsado) na região média da PVE foram menores nos gatos com CMH quando comparados com suspeitos e normais. Os valores de Em/Am (Doppler tecidual colorido), na região basal do SIV, foram inferiores nos gatos com CMH quando comparados com suspeitos e normais. A relação E/Em (Doppler tecidual colorido), na região basal do SIV, foi maior nos gatos com CMH em relação aos suspeitos e normais, enquanto que os valores de Sm (Doppler tecidual colorido), em região basal da PVE, foram menores nos gatos heterozigotos quando comparados com os negativos, ambos sem hipertrofia ventricular. Observou-se correlação positiva entre a ocorrência de fusão das ondas Em e Am e a frequência cardíaca, assim como correlação positiva entre valores de Sm e Em e a frequência cardíaca (Doppler tecidual pulsado e colorido). A ecocardiografia tecidual é uma nova modalidade ecocardiográfica reprodutível em gatos que, isoladamente, não permite diferenciar gatos portadores da mutação antes do desenvolvimento de hipertrofia ventricular. Apresenta utilidade como auxílio no diagnóstico em fases iniciais, mas, apesar da expectativa para a identificação precoce de indivíduos portadores da CMH, ainda há necessidade de estudos mais extensos e com maior número de indivíduos.