Cloning and molecular characterization of Trypanosoma cruzi U2, U4, U5, and U6 small nuclear RNAs

Small nuclear RNAs (snRNAs) are important factors in the functioning of eukaryotic cells that form several small complexes with proteins; these ribonucleoprotein particles (U snRNPs) have an essential role in the pre-mRNA processing, particularly in splicing, catalyzed by spliceosomes, large RNA-protein complexes composed of various snRNPs. Even though they are well defined in mammals, snRNPs are still not totally characterized in certain trypanosomatids as Trypanosoma cruzi. For this reason we subjected snRNAs (U2, U4, U5, and U6) from T. cruzi epimastigotes to molecular characterization by polymerase chain reaction (PCR) and reverse transcription-PCR. These amplified sequences were cloned, sequenced, and compared with those other of trypanosomatids. Among these snRNAs, U5 was less conserved and U6 the most conserved. Their respective secondary structures were predicted and compared with known T. brucei structures. In addition, the copy number of each snRNA in the T. cruzi genome was characterized by Southern blotting.

New insights into trypanosomatid U5 small nuclear ribonucleoproteins

Several protozoan parasites exist in the Trypanosomatidae family, including various agents of human diseases. Multiple lines of evidence suggest that important differences are present between the translational and mRNA processing (trans splicing) systems of trypanosomatids and other eukaryotes. In this context, certain small complexes of RNA and protein, which are named small nuclear ribonucleoproteins (U snRNPs), have an essential role in pre-mRNA processing, mainly during splicing. Even though they are well defined in mammals, snRNPs are still not well characterized in trypanosomatids. This study shows that a U5-15K protein is highly conserved among various trypanosomatid species. Tandem affinity pull-down assays revealed that this protein interacts with a novel U5-102K protein, which suggests the presence of a sub-complex that is potentially involved in the assembly of U4/U6-U5 tri-snRNPs. Functional analyses showed that U5-15K is essential for cell viability and is somehow involved with the trans and cis splicing machinery. Similar tandem affinity experiments with a trypanonosomatid U5-Cwc21 protein led to the purification of four U5 snRNP specific proteins and a Sm core, suggesting U5-Cwc-21 participation in the 35S U5 snRNP particle. Of these proteins, U5-200K was molecularly characterized. U5-200K has conserved domains, such as the DEAD/DEAH box helicase and Sec63 domains and displays a strong interaction with U5 snRNA.

Desfolha artificial simulando danos de pragas na cultura do girassol (Helianthus annuus L., Asteraceae)

O girassol está sujeito às perdas de área foliar por diferentes fatores, dentre eles os insetos desfolhadores, contra aos quais geralmente são dirigidas aplicações de inseticidas na cultura. A desfolha artificial em plantas de importância econômica é uma metodologia útil na simulação de ataques dessas pragas em lavouras na determinação dos níveis de dano econômico. O objetivo deste estudo foi avaliar componentes de produção das plantas de girassol submetidas a níveis crescentes de desfolha de 0, 10, 25, 50, 75 e 100%, realizada em três distintos estádios fenológicos da cultura, a saber: V6 (seis folhas com no mínimo 4,0 cm de comprimento), R1 (quando a inflorescência circundada pela bráctea imatura torna-se visível) e R5.5 (50% das flores do disco estão fertilizadas ou em antese), perfazendo um total de 18 tratamentos, os quais foram dispostos em blocos ao acaso, com quatro repetições. Para todos os componentes de produção avaliados (diâmetro do capítulo, biomassa total de sementes da planta e biomassa de 100 aquênios) houve efeito significativo da interação dos tratamentos, evidenciando que o efeito da desfolha será dependente do estágio fenológico da planta. O estádio R5.5 foi mais sensível à desfolha, ocasionando perdas em todos os componentes de produção avaliados.

Crescimento de dois cultivares de soja submetidos a aplicações de herbicidas e fungicidas

Existem relatos de que a aplicação de fungicidas do grupo das estrobilurinas na cultura da soja tem trazido aumento de produtividade mesmo em locais sem incidência de doenças, indicando que as alterações de ordem fisiológica devem ser quantificadas. Este estudo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar o crescimento de dois cultivares de soja (MG/BR46 Conquista e BRS Valiosa RR) submetidos a aplicações de herbicidas e fungicidas (estrobilurinas e/ou triazóis). Dois experimentos foram desenvolvidos em campo com esquema de tratamentos em parcelas subdivididas no tempo (5 x 12), em que nas parcelas foram alocadas cinco combinações de herbicidas (glyphosate a 720 g ha-1 ou sethoxydim (230 g ha-1) + bentazon + chlorimuron-ethyl (480 + 11,25 g ha-1)) e fungicidas (pyraclostrobin a 75 g ha-1, epoxiconazole a 50 g ha-1 ou pyraclostrobin + epoxiconazole (66,5 + 25 g ha-1)); e como subparcelas foram consideradas as datas de avaliação entre 30 e 120 dias após semeadura. A aplicação de herbicidas não alterou o crescimento dos cultivares de soja. A aplicação de fungicidas do grupo das estrobilurinas associado a triazóis promoveu maior acúmulo de massa de matéria seca e área foliar. Ainda a aplicação desses fungicidas em R2 (pleno florescimento) e R5.1 (enchimento de grãos) resultou em maiores valores de taxas de crescimentos absoluto e relativo, assimilatória líquida e de crescimento da cultura em período próximo ao final do ciclo da cultura, diferenciando, inclusive, dos tratamentos com aplicação somente de triazóis.

Adubação foliar de boro em diferentes estádios fenológicos da cultura do amendoim

A adubação boratada foliar, na cultura do amendoim, pode ser uma estratégia viável para fornecimento desse elemento à planta; porém, são poucos os conhecimentos sobre dosagens, épocas e efeitos de parcelamento das doses. O objetivo deste trabalho foi avaliar as características de produção e a composição mineral foliar em diferentes doses, épocas de aplicação e parcelamentos da adubação boratada. O experimento foi conduzido na safra de verão 2010/2011, em Latossolo Vermelho distroférrico, em Rubiácea (SP). Foram estudadas as doses de zero; 0,5; 1,0; 1,5 e 2,0 kg ha-1 de boro (B), aplicadas por via foliar, utilizando-se como fonte o ácido bórico. Os efeitos da adubação boratada foram testados em doses únicas nos estádios V1 ou R5, além do parcelamento da dose de 1,0 kg ha-1 (0,5 kg ha-1 em V1 e R5), de 1,5 (0,75 kg ha-1 em V1 e R5; 0,5 kg ha-1 em V1, R1 e R5) e de 2,0 kg ha-1 (1,0 kg ha-1 em V1 e R5; 0,5 kg ha-1 em V1, R1, R3 e R5). O aumento na produtividade de amendoim em casca ocorreu apenas com a dose de 1,5 kg ha-1, parcelada em três aplicações de 0,5 kg ha-1 em V1, R1 e R5. A utilização de 2,0 kg ha-1 de B foliar no amendoim causou efeito depressivo na produtividade, rendimento e número de vagens por planta.

Lignification of the plant and seed quality of RR soybeans sprayed with herbicide glyphosate

Differences in levels of lignin in the plant between conventional and transgenic cultivars RR has been reported by several authors, however, there are few studies evaluating the influence of spraying of glyphosate on the lignin in the plant and RR soybean seeds. The aim of this study was to evaluate the physiological quality of RR transgenic soybean seeds and the lignin contents of plants sprayed with the herbicide glyphosate. The assays were conducted both in greenhouse and field in the municipality of Lavras, MG, in the agricultural year 2007/08. The experiment was arranged in a splitplot design with four replicates, considering the treatments hand weeding and herbicide glyphosate as plots, and five RR soybean cultivars (BRS 245 RR, BRS 247 RR, Valiosa RR, Silvânia RR and Baliza RR) as splitplots. In the greenhouse, the cultivars tested were BRS 245 RR and Valiosa RR in a randomized block design with four replicates. The sprayings were carried out at stages V3, V7 and early R5 (3L/ha). The 1000 seed weight, mechanical injury, germination and germination velocity index, emergence velocity index, accelerated aging, electrical conductivity and water soaking seed test, lignin content in the seed coat, in the stem and legumes were determined. The spraying of glyphosate herbicide, in greenhouse and field, did not alter the physiological quality of seeds and the lignin contents in the plant.

Efeito do nitrogênio suplementar sobre os componentes de rendimento da soja em condição de estresse hídrico

O nitrogênio é o nutriente exigido em maior quantidade pela soja. Sua limitação pode comprometer a produtividade final da cultura. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do nitrogênio suplementar nos componentes de rendimento da soja, com o uso de diferentes fontes, doses e épocas de aplicação. O ensaio foi realizado em área de lavoura, em Arroio Grande, RS. Os estádios reprodutivos em que se aplicou nitrogênio foram: R1, R3, R5.1, R5.2, R5.3, R5.4, R5.5, R6, e R7, com as fontes nitrato de amônio e amídica, nas doses de 0, 30, 60, 90 e 120 kg ha-1. Analisaram-se o número de vagens, o de grãos por vagem e a massa de mil grãos, dos terços inferior, médio, superior e o total na planta, bem como a produtividade. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, com três repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância e posterior análise de regressão. As variáveis que não apresentaram interação com doses foram analisadas separadamente, pelo teste de médias, utilizando-se Tukey, a 5 % de probabilidade. A aplicação de nitrogênio na fase reprodutiva da soja influenciou positivamente alguns componentes de rendimento. No entanto, não houve aumento de produtividade, possivelmente, por causa do estresse hídrico, no qual a cultura encontrava-se.

DETERMINATION OF VIRAL TROPISM BY GENOTYPING AND PHENOTYPING ASSAYS IN BRAZILIAN HIV-1-INFECTED PATIENTS

The clinical application of CCR5 antagonists involves first determining the coreceptor usage by the infecting viral strain. Bioinformatics programs that predict coreceptor usage could provide an alternative method to screen candidates for treatment with CCR5 antagonists, particularly in countries with limited financial resources. Thus, the present study aims to identify the best approach using bioinformatics tools for determining HIV-1 coreceptor usage in clinical practice. Proviral DNA sequences and Trofile results from 99 HIV-1-infected subjects under clinical monitoring were analyzed in this study. Based on the Trofile results, the viral variants present were 81.1% R5, 21.4% R5X4 and 1.8% X4. Determination of tropism using a Geno2pheno[coreceptor] analysis with a false positive rate of 10% gave the most suitable performance in this sampling: the R5 and X4 strains were found at frequencies of 78.5% and 28.4%, respectively, and there was 78.6% concordance between the phenotypic and genotypic results. Further studies are needed to clarify how genetic diversity amongst virus strains affects bioinformatics-driven approaches for determining tropism. Although this strategy could be useful for screening patients in developing countries, some limitations remain that restrict the wider application of coreceptor usage tests in clinical practice.

Anti-leishmanial and structure-activity relationship of ring substituted 3-phenyl-1-(1,4-di-N-oxide quinoxalin-2-yl)-2-propen-1-one derivatives

A series of ring substituted 3-phenyl-1-(1,4-di-N-oxide quinoxalin-2-yl)-2-propen-1-one derivatives were synthesized and tested for in vitro leishmanicidal activity against amastigotes of Leishmania amazonensis in axenical cultures and murine infected macrophages. Structure-activity relationships demonstrated the importance of a radical methoxy at position R3', R4' and R5'. (2E)-3-(3,4,5-trimethoxy-phenyl)-1-(3,6,7-trimethyl-1,4-dioxy-quinoxalin-2-yl)-propenone was the most active. Cytotoxicity on macrophages revealed that this product was almost six times more active than toxic.

HIV-1 tropism and CD4 T lymphocyte recovery in a prospective cohort of patients initiating HAART in Ribeirão Preto, Brazil

While human immunodeficiency virus (HIV)-1 chemokine co-receptors 5 tropism and the GWGR motif in the envelope third variable region (V3 loop) have been associated with a slower disease progression, their influence on antiretroviral response remains unclear. The impact of baseline V3 characteristics on treatment response was evaluated in a randomised, double blind, prospective cohort study with patients initiating highly active antiretroviral therapy with lopinavir or efavirenz plus azithothymidine/3TC (1:1) over 48 weeks. Similar virological and immunological responses were observed for both treatment regimens. The 43 individuals had a mean baseline CD4 T cell count of 119 cells/mm³ [standard deviation (SD) = 99] and a mean viral load of 5.09 log10 copies/mL (SD = 0.49). The GWGR motif was not associated with a CD4 T cell response, but predicted R5 tropism by the geno2pheno[clinical20%] algorithm correlated with higher CD4 T cell levels at all monitoring points (p < 0.05). Moreover, higher false-positive rates (FPR) values from this analysis revealed a strong correlation with CD4 T cell recovery (p < 0.0001). Transmitted drug resistance mutations, documented in 3/41 (7.3%) cases, were unrelated to the assigned antiretroviral regimen and had no impact on patient outcomes. In conclusion, naÏve HIV-1 R5 infected patients exhibited higher CD4 T cell counts at baseline; this difference was sustained throughout therapy. The geno2pheno[clinical] option FPR positively correlated with CD4 T cell gain and may be useful in predicting CD4 T cell recovery.

Seleção inicial e caracterização parcial de rizóbios de tabuleiros costeiros quando associados ao guandu

O objetivo deste trabalho foi selecionar e caracterizar parcialmente rizóbios de tabuleiros costeiros com alta capacidade de fixação biológica do N, quando associados ao guandu. Dezesseis isolados de rizóbios de diferentes regiões desse ecossistema foram avaliados em casa de vegetação da Embrapa Tabuleiros Costeiros (Aracaju, SE). Quatro isolados destacaram-se quanto ao N acumulado (Nac), matéria seca da parte aérea (MSPA), área foliar (AF) e matéria seca de nódulos (MSN). A MSN correlacionou-se com a MSPA, AF e Nac. A relação N-ureído/N-total na seiva xilemática correlacionou-se com Nac e MSN. Três desses isolados foram caracterizados (R1, R5 e R11) e apresentaram crescimento rápido e acidificaram o meio de cultura com manitol. Comparado ao R1 e R5, o isolado R11 foi o mais sensível aos antibióticos e o menos tolerante ao Al e às temperaturas elevadas.

Produtividade e qualidade dos grãos de feijão em função da aplicação de nitrogênio em cobertura e via foliar

A adequada disponibilidade de N durante do ciclo do feijoeiro é fundamental para garantir elevada produtividade e qualidade dos grãos produzidos. Esse nutriente pode ser absorvido pelas raízes e folhas da planta. Contudo, ainda existem dúvidas sobre a eficiência da aplicação via foliar de N no feijoeiro e sobre a influência dessa prática na qualidade dos grãos. Objetivou-se neste trabalho avaliar o efeito da adubação nitrogenada em cobertura e via foliar sobre a produtividade e qualidade dos grãos da cultura do feijão. O experimento foi conduzido durante a safra "da seca", em um Latossolo Vermelho distroférrico, no município de Botucatu-SP. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro repetições, num esquema fatorial 3 x 4, constituído por três doses de N (0, 45 e 90 kg ha-1) em cobertura e quatro épocas de aplicação de N via foliar (1 - sem aplicação de N via foliar, 2 - pulverização estádio R5 (pré-floração), 3 - pulverização no estádio R7 (início da formação das vagens) e 4 - pulverizações nos estádios R5 e R7). Em cada aplicação de N via foliar foram utilizados 200 L ha-1 de uma solução com 10 % de ureia. Quando foi realizada a adubação nitrogenada de cobertura, a aplicação de N via foliar, independentemente da época, não alterou os componentes da produção, a produtividade e a qualidade dos grãos do feijoeiro. Na ausência da adubação nitrogenada de cobertura, a aplicação de N via foliar na fase reprodutiva aumentou a massa e o tamanho dos grãos, a produtividade de grãos e o teor de proteínas nos grãos do feijoeiro. A aplicação de N via foliar no estádio R5 foi mais eficiente em aumentar a produtividade de grãos do feijoeiro que a aplicação em R7.

Avaliação nutricional de feijoeiro irrigado pelos métodos CND, DRIS e faixas de suficiência

A cultura do feijoeiro tem grande importância para o Estado de Goiás, Brasil. No entanto, informações relacionadas aos padrões nutricionais para condições irrigadas são carentes na região. Os objetivos deste trabalho foram estabelecer padrões foliares, avaliar o estado nutricional do feijoeiro irrigado na região do Vale do Rio dos Bois, no Estado de Goiás, pelos métodos da faixa de suficiência (FS), da diagnose da composição nutricional (CND) e do sistema integrado de diagnose e recomendação (DRIS), bem como comparar os procedimentos de diagnóstico por meio de padrões nutricionais locais. Avaliaram-se a produtividade e a concentração foliar de 55 lavouras de feijoeiro na região do Vale do Rio dos Bois, entre 2010 e 2012. As amostras foram coletadas no estádio R5 (período de floração) e analisadas quanto aos teores totais de N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn e Zn. As 55 amostras foram divididas em dois grupos, sendo o primeiro de baixa produtividade, com rendimento abaixo de 2.700 kg ha-1; e o segundo de alta produtividade, com rendimento igual ou acima de 2.700 kg ha-1, este último originando os padrões nutricionais. Normas CND e DRIS são mais indicadas para avaliação nutricional do feijoeiro irrigado comparativamente a FS estimada neste trabalho. Manganês, P e B são os elementos que mais limitam a produção nas lavouras de baixa produtividade na região do Vale do Rio dos Bois.

Potencial de rendimento da soja em razão da disponibilidade de fósforo no solo e dos espaçamentos

O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial produtivo de grãos da soja nos estádios fenológicos R2 (florescimento), R5 (início de enchimento de grãos) e R8 (maturação). O experimento foi conduzido durante o ano agrícola 1994/95 na EEA/UFRGS, Eldorado do Sul, RS, em solo Podzólico Vermelho-Escuro (Paleudult). O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados, com quatro repetições, com os tratamentos arranjados em parcelas subdivididas. Os tratamentos originaram-se da combinação de dois níveis de P no solo (3 e 15 ppm), e dois espaçamentos entre linhas (20 e 40 cm). Foi utilizada a cultivar precoce, determinada, OCEPAR 14. Na média dos tratamentos, o potencial de rendimento alcançado em R2 foi de 18 t/ha e de 10 t/ha em R5, sendo o rendimento obtido em R8 de 4,6 t/ha. O tratamento com 15 ppm de P apresentou maior potencial de rendimento, nos três estádios fenológicos, em decorrência do menor aborto de flores e de legumes. O espaçamento de 20 cm entre linhas apresentou maior potencial que o de 40 cm nos três estádios fenológicos avaliados, mas os valores percentuais de diminuição do rendimento pelo aborto de flores e de legumes foram similares.

Effect of soil interacting herbicides on soybean nodulation in Balcarce, Argentina

Two trials were performed in Balcarce, Argentina (37° 45' LS; 58° 18' LW) during 1993-94, to assess the effect of eight herbicides applied individually or in tank mixtures, on nodule number, nodule dry weight, seed yield and N percent in seed in soybean Asgrow 3205, inoculated with Bradyrhizobium japonicum CB 1809. Individual herbicides and doses in kg ha-1 of a.i. were metribuzin (0.48), acetochlor (0.90), metolachlor (1), flumioxazin (0.075), trifluralin (0.96), imazaquin (0.20), imazethapyr (0.10) and chlorimuron ethyl (0.0125). The mixtures were metribuzin+acetochlor (0.48+0.9), flumioxazin+acetochlor (0.075+0.9), imazaquin+acetochlor (0.2+0.9), metribuzin+metolachlor (0.48+1.92), and flumioxazin+ metolachlor (0.075+1.92). A control treatment without herbicides was included. Both trials were laid out as randomized complete blocks with four replicates, on a loam illitic thermic petrocalcic Paleudoll, 5.7% organic matter (OM), 25% clay, 30.4 cmol kg-1 CEC. Nodules were sampled at V2 (second node), V6 (sixth node) and R5 (beginning seed) growth stages. Herbicides did not significantly affect the beginning of nodulation or nodule number and mass at R5, not either grain yield or N accumulation. This indicates lack of interference between soil interacting herbicides and N fixation in the high organic matter, loam soils of SE Buenos Aires province, even though a tendency in less number and dry weight of nodules was evident at the two latter growth stages.