Pipeline for macro- and microarray analyses

The pipeline for macro- and microarray analyses (PMmA) is a set of scripts with a web interface developed to analyze DNA array data generated by array image quantification software. PMmA is designed for use with single- or double-color array data and to work as a pipeline in five classes (data format, normalization, data analysis, clustering, and array maps). It can also be used as a plugin in the BioArray Software Environment, an open-source database for array analysis, or used in a local version of the web service. All scripts in PMmA were developed in the PERL programming language and statistical analysis functions were implemented in the R statistical language. Consequently, our package is a platform-independent software. Our algorithms can correctly select almost 90% of the differentially expressed genes, showing a superior performance compared to other methods of analysis. The pipeline software has been applied to 1536 expressed sequence tags macroarray public data of sugarcane exposed to cold for 3 to 48 h. PMmA identified thirty cold-responsive genes previously unidentified in this public dataset. Fourteen genes were up-regulated, two had a variable expression and the other fourteen were down-regulated in the treatments. These new findings certainly were a consequence of using a superior statistical analysis approach, since the original study did not take into account the dependence of data variability on the average signal intensity of each gene. The web interface, supplementary information, and the package source code are available, free, to non-commercial users at http://ipe.cbmeg.unicamp.br/pub/PMmA.

Regulação médica em emergência pela plataforma web: um estudo piloto

OBJETIVO: Descrever um sistema gestor de regulação médica em emergência baseado na rede mundial de computadores. MÉTODOS: O Sistema de Regulação de Urgências e Emergências foi desenvolvido segundo modelo evolutivo de software de prototipação. A comunicação entre os usuários e o sistema foi implementada utilizando tecnologias web; o sistema foi desenvolvido em personal home page (PHP) e o banco de dados, em MySQL. O protótipo foi baseado no processo de regulação médica da Divisão Regional de Saúde XIII do Estado de São Paulo e aplicado a 26 municípios dessa regional durante quatro semanas consecutivas em setembro de 2009. O sistema possibilitou a documentação das solicitações em ordem cronológica, sem permitir edição de dados já inseridos e garantindo o acesso hierarquizado e sigiloso às informações para cada participante do sistema. RESULTADOS: O sistema apresentou 100% de disponibilidade, confiabilidade e integridade da informação. Foram realizadas 1.046 solicitações ao sistema, das quais 703 (68%) foram completadas. Os solicitantes apresentaram 98% de adesão ao sistema na primeira semana de aplicação, e a adesão dos prestadores de serviço foi gradativa (37% na quarta semana). Os municípios mais próximos de Ribeirão Preto que não possuem prestadores de alta complexidade foram os que mais utilizaram o sistema. CONCLUSÕES: A regulação médica de solicitações de emergência pela rede mundial de computadores mostrou-se exeqüível e confiável, possibilitando a transparência do processo e acesso direto às informações por parte dos gestores. Possibilitou a construção de indicadores para monitorizar e aprimorar o processo, na perspectiva da criação de uma regulação semi-automatizada e de avanços na organização do sistema.

Antecedentes da intenção de uso de sistemas de home broker sob a ótica dos investidores do mercado acionário

Na pesquisa aqui relatada, visa-se investigar os antecedentes da intenção de uso de sistemas de home broker sob a ótica dos investidores do mercado acionário. Para atingir esse objetivo, por meio de referencial teórico baseado em teorias de aceitação de sistemas de informação, difusão da inovação, confiança em ambientes virtuais e satisfação do usuário, foi elaborado um modelo teórico e foram propostas hipóteses de pesquisa. Por meio de técnicas de equações estruturais baseadas em Partial Least Squares (PLS), a partir de 152 questionários válidos, coletados via web survey junto a investidores do mercado acionário brasileiro, foram testados o modelo proposto e as hipóteses de pesquisa. Identificaram-se, assim, os fatores compatibilidade, utilidade percebida e facilidade de uso percebida como antecedentes estatisticamente significantes do fator satisfação do usuário com o sistema de home broker, o qual, por sua vez, teve efeito estatisticamente significante na intenção de uso do sistema. São apresentadas, ainda, as implicações acadêmicas e gerenciais do trabalho, assim como suas limitações e uma agenda de pesquisa para essa importante área do conhecimento.

Fatores motivadores de uso de site web: um estudo de caso

A partir da adaptação de um conjunto de critérios de avaliação de sites web centrados no usuário, foram identificados fatores motivadores de uso de site de governo eletrônico. O site web selecionado para análise foi o Comprasnet. O objetivo geral da pesquisa foi identificar os critérios determinantes na tomada de decisão pela opção de uso do Comprasnet. Para tanto, foram realizadas entrevistas por telefone, em âmbito nacional, com os usuários do Comprasnet. Concluiu-se com a apresentação e discussão dos fatores motivadores de uso do Comprasnet, e foram apresentadas as limitações e recomendações para estudos posteriores.

A Web Semântica e suas contribuições para a ciência da informação

O presente artigo apresenta o processo de atualização por que passa a World Wide Web na sua transição para o que tem sido chamado de "Web Semântica". Neste sentido, busca-se identificar as tecnologias, as organizações associadas e o embasamento filosófico e conceitual subjacentes a esta nova web. O artigo também procura apresentar as imbricações existentes com a ciência da informação e as possibilidades de ampliação de escopo dos seus objetos tradicionais de pesquisa com o aporte dos novos padrões e tecnologias que estão sendo desenvolvidos no âmbito da Web Semântica.

Redes neurais e sua aplicação em sistemas de recuperação de informação

Redes neurais constituem um campo da ciência da computação ligado à inteligência artificial, buscando implementar modelos matemáticos que se assemelhem às estruturas neurais biológicas. Nesse sentido, apresentam capacidade de adaptar os seus parâmetros como resultado da interação com o meio externo, melhorando gradativamente o seu desempenho na solução de um determinado problema. A utilização de redes neurais em sistemas computacionais de recuperação de informação permite atribuir um caráter dinâmico a tais sistemas, dado que as representações dos documentos podem ser reavaliadas e alteradas de acordo com a especificação de relevância atribuída pelos usuários aos documentos recuperados. O presente trabalho apresenta as principais iniciativas de se aplicarem os conceitos de redes neurais aos sistemas de recuperação de informação e avalia sua aplicabilidade em grandes bases documentais, como é o caso da Web.

Modelagem e avaliação de um sistema modular para gerenciamento de informação na Web

O gerenciamento de informação pode ser identificado como desafio crucial, sobretudo no tocante aos conteúdos de websites e sistemas de informação em ambiente web. Assim, o desenvolvimento de meios e métodos para gerenciamento de conteúdos é tema deste artigo, o qual objetiva, através de um relato de aplicação de pesquisa participativa, apresentar a descrição funcional de um sistema modular para gerenciamento de conteúdos em ambiente web. São discutidos aspectos relacionados com o desenvolvimento do sistema e sua aplicação em 28 websites. Adicionalmente, é apresentada uma avaliação quantitativa com base na satisfação, facilidade de uso percebida, freqüência de uso e importância dos módulos que o compõem. Entre os principais resultados, aponta-se a evidência da flexibilidade da proposta modular e a constatação de que os gestores se mostraram satisfeitos com o sistema, não apresentando dificuldade de uso e obtendo resultados positivos com o uso da ferramenta.

Integração RIS/PACS no Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto: uma solução baseada em "web"

OBJETIVO: Integração dos Sistemas de Informação em Radiologia (RIS - "Radiology Information System") e de Arquivamento e Comunicação de Imagens (PACS - "Picture Archiving and Communication System") no Serviço de Radiodiagnóstico do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, para possibilitar a consulta remota de laudos e imagens associadas. MATERIAIS E MÉTODOS: A integração RIS/PACS implementada é feita em tempo real, no momento da consulta, utilizando tecnologias "web" e técnicas de programação para "intranet/internet". RESULTADOS: A aplicação "web" permite a consulta pela "intranet" do hospital dos laudos de exames e imagens associadas através de nome, sobrenome, número de registro hospitalar dos pacientes ou por modalidade, dentro de um determinado período. O visualizador possibilita que o usuário navegue pelas imagens, podendo realizar algumas funções básicas como "zoom", controle de brilho e contraste e visualização de imagens lado a lado. CONCLUSÃO: A integração RIS/PACS diminui o risco de inconsistências, através da redução do número de interfaces entre bases de dados com grande redundância de informação, proporcionando um ambiente de trabalho rápido e seguro para consulta de laudos radiológicos e visualização de imagens associadas.

Remoção de chumbo(II) em sistemas contínuos por carvão ativado com vapor

Fixed-bed column studies were undertaken to evaluate the performance of a commercial Brazilian activated carbon in removing Pb(II) from aqueous environment. Breakthrough points were found out for the metal adsorption by varying different operating parameters like feed concentrations (10 and 20 mg L-1) and bed heights (0.5, 1.5 and 2.8 cm). A good agreement was observed between the experimental data and the values predicted by the bed depth service time (BDST) model. Regeneration of the exhausted columns was possible with HCl, and the adsorption capacity was maintained after three adsorption-desorption cycles.