SSPBE: um programa para solução numérica da equação de Poisson-Boltzmann em simetria esférica com modelo de adsorção

A Fortran77 program, SSPBE, designed to solve the spherically symmetric Poisson-Boltzmann equation using cell model for ionic macromolecular aggregates or macroions is presented. The program includes an adsorption model for ions at the aggregate surface. The working algorithm solves the Poisson-Boltzmann equation in the integral representation using the Picard iteration method. Input parameters are introduced via an ASCII file, sspbe.txt. Output files yield the radial distances versus mean field potentials and average molar ion concentrations, the molar concentration of ions at the cell boundary, the self-consistent degree of ion adsorption from the surface and other related data. Ion binding to ionic, zwitterionic and reverse micelles are presented as representative examples of the applications of the SSPBE program.

Aplicação da equação de Poisson-Boltzmann ao cálculo de propriedades dependentes do pH em proteínas

The ability of biomolecules to catalyze chemical reactions is due chiefly to their sensitivity to variations of the pH in the surrounding environment. The reason for this is that they are made up of chemical groups whose ionization states are modulated by pH changes that are of the order of 0.4 units. The determination of the protonation states of such chemical groups as a function of conformation of the biomolecule and the pH of the environment can be useful in the elucidation of important biological processes from enzymatic catalysis to protein folding and molecular recognition. In the past 15 years, the theory of Poisson-Boltzmann has been successfully used to estimate the pKa of ionizable sites in proteins yielding results, which may differ by 0.1 unit from the experimental values. In this study, we review the theory of Poisson-Boltzmann under the perspective of its application to the calculation of pKa in proteins.

La classificazione aristotelica delle scienze in Pietro d'Abano

La classificazione delle scienze di Pietro d'Abano costituisce un'interessante riformulazione della classificazione analoga, proposta da Aristotele in Metaph. VI, e della teoria degli abiti dianoetici, proposta da Aristotele in Eth. Nic. VI. Come risulta dal Conciliator per quanto concerne la medicina e dal Lucidator per quanto concerne l'astronomia, Pietro segue la classificazione aristotelica e le interpretazioni che di essa erano state date nel medioevo (dottrina dei tre gradi di astrazione e distinzione tra methodus compositiva e methodus resolutiva), aggiungendovi come contributo originale l'introduzione di una parte pratica sia nella medicina che nell'astronomia (astronomia iudicialis), dove quest'ultima deriva da Tolomeo e dagli Arabi.

Associação entre marcadores inflamatórios e fatores de risco cardiovascular em mulheres de Kolkata, W.B, Índia

FUNDAMENTO: Recentes pesquisas tem se concentrado no uso de biomarcadores inflamatórios na previsão de risco cardiovascular. Entretanto, a informação é escassa em relação à associação entre esses marcadores inflamatórios com outros fatores de risco cardiovasculares em indianos asiáticos, particularmente em mulheres. OBJETIVO: Explorar a associação entre marcadores inflamatórios tais como proteína C-reativa de alta sensibilidade (PCR-as) e contagem de leucócitos (LEU) e fatores de risco cardiovascular tais como adiposidade geral e central, pressão arterial, variáveis lipídicas e lipoproteicas e glicemia de jejum. MÉTODOS: Conduzimos uma análise transversal de 100 mulheres com idade entre 35-80 anos. As participantes foram selecionadas através da metodologia de amostragem por cluster, de 12 distritos urbanos selecionadas ao acaso na Corporação Municipal de Kolkata, Índia. RESULTADOS: A PCR-as apresentou uma associação significante com o índice de massa corporal (IMC) (p < 0,001) e circunferência da cintura (CC) (p = 0,002). Associações significantes inversas foram observadas entre a lipoproteína de alta densidade colesterol (HDL-c) e ambos marcadores inflamatórios PCR-as (p = 0,031) e LEU (p = 0,014). A apo-lipoproteína A1 (Apo A1) também estava negativamente associada com a PCR-as. A contagem de leucócitos apresentou uma correlação significante com a glicemia de jejum e a razão colesterol total (CT) /HDL-C. Usando regressão logística ajustada para idade, IMC (odds ratio/OR, 1,186; intervalo de confiança/IC, 1,046-1,345; p=0,008) e LEU (OR, 1,045; IC, 1,005-1,087; p=0,027) foram as covariantes significantemente associadas com a PCR-as. CONCLUSÃO: No presente estudo, os fatores de risco tais como IMC, CC e HDL-c e Apo-A1 mostraram uma associação significante com PCR-as. A contagem de leucócitos estava significantemente associada com os níveis de HDL-c, glicemia de jejum, razão CT/HDL-c em mulheres.

Colapso da equipartição da energia

This paper discuss the consequences of the equipartition principle when used to calculate the heat capacity of atoms and molecules, a discussion that appeared at the end of XIX century and beginning of the XX century. Classical molecular thermodynamics prediction of the heat capacity is introduced, followed by a presentation of the degrees of freedom of a system. The historical discussion that appeared at the time, by Dulong, Petit, Maxwell, Boltzmann, Rayleigh and Kelvin is discussed afterwards. The necessity of a new theory is also presented as a direct consequence of the equipartition principle collapse.

Estudo de reações químicas homogêneas via método de Monte Carlo

By using the Monte Carlo simulation platform with probabilistic mathematical functions of the Boltzmann type, , having activation energy and temperature as parameters, it was possible to assess important dynamic aspects of homogeneous chemical reactions of the types A → B and A B. The protocol proved a useful tool in work with the basic concepts of Kinetics and Thermodynamics allowing its application both in class activities and for assisting experimental procedures.

Período de interferência de plantas daninhas em mandioca (Manihot esculenta) no noroeste do Paraná

A mandioca é uma exploração agrícola importante no Estado do Paraná. No entanto, há limitadas informações relacionadas à interferência das plantas daninhas nessa cultura. Objetivou-se com este trabalho estimar o período crítico de prevenção à interferência (PCPI) na cultura da mandioca (variedade Fécula Branca), nas condições edafoclimáticas do noroeste do Paraná. O experimento foi dividido em dois grupos de tratamentos: com períodos crescentes na presença de plantas daninhas (PAI); e com períodos crescentes na ausência de plantas daninhas (PTPI). Foram identificadas as espécies de plantas daninhas e densidades de infestação na área e calculada a importância relativa (IR), avaliando-se também o estande da cultura e a produtividade de raízes comerciais. As principais plantas daninhas presentes na área e que apresentaram os maiores valores de IR foram Cenchrus echinatus e Brachiaria decumbens. Aceitando-se uma tolerância de redução de produtividade de 5%, o PAI ajustado foi de 18 dias após o plantio da cultura, e o PTPI, de 100 dias. Concluiu-se que o PCPI da cultura para as condições edafoclimáticas do noroeste do Paraná situa-se entre 18 e 100 dias após o plantio.

PREDICTING DIFFUSIVITIES IN DENSE FLUIDS

In this work the Weeks-Chandler-Andersen (WCA) perturbation theory coupled with the Enskog’s solution of the Boltzmann equation for dense hard-sphere fluids is employed for estimating diffusion coefficients in compressed pure liquids and fluids and dense fluid mixtures. The effect of density correction on the estimation of diffusivities is analyzed using the Carnahan-Starling pair correlation function and the correlation of Speedy and Harris which have been proposed as models of self-diffusion coefficient of hard-sphere fluids. The approach presented here is based on the smooth hard-sphere theory without any binary adjustable parameters and can be readily used for estimating diffusivities in multicomponent fluid mixtures. It is shown that the correlated and the predicted diffusivities are in good agreement with the experimental data and much better than estimates of Wilke-Chang equation.