In silico analysis identifies a C3HC4-RING finger domain of a putative E3 ubiquitin-protein ligase located at the C-terminus of a polyglutamine-containing protein

Almost identical polyglutamine-containing proteins with unknown structures have been found in human, mouse and rat genomes (GenBank AJ277365, AF525300, AY879229). We infer that an identical new gene (RING) finger domain of real interest is located in each C-terminal segment. A three-dimensional (3-D) model was generated by remote homology modeling and the functional implications are discussed. The model consists of 65 residues from terminal position 707 to 772 of the human protein with a total length of 796 residues. The 3-D model predicts a ubiquitin-protein ligase (E3) as a binding site for ubiquitin-conjugating enzyme (E2). Both enzymes are part of the ubiquitin pathway to label unwanted proteins for subsequent enzymatic degradation. The molecular contact specificities are suggested for both the substrate recognition and the residues at the possible E2-binding surface. The predicted structure, of a ubiquitin-protein ligase (E3, enzyme class number 6.3.2.19, CATH code 3.30.40.10.4) may contribute to explain the process of ubiquitination. The 3-D model supports the idea of a C3HC4-RING finger with a partially new pattern. The putative E2-binding site is formed by a shallow hydrophobic groove on the surface adjacent to the helix and one zinc finger (L722, C739, P740, P741, R744). Solvent-exposed hydrophobic amino acids lie around both zinc fingers (I717, L722, F738, or P765, L766, V767, V733, P734). The 3-D structure was deposited in the protein databank theoretical model repository (2B9G, RCSB Protein Data Bank, NJ).

Cloning and Molecular Characterization of the Schistosoma mansoni Genes RbAp48 and Histone H4

The human nuclear protein RbAp48 is a member of the tryptophan/aspartate (WD) repeat family, which binds to the retinoblastoma (Rb) protein. It also corresponds to the smallest subunit of the chromatin assembly factor and is able to bind to the helix 1 of histone H4, taking it to the DNA in replication. A cDNA homologous to the human gene RbAp48 was isolated from a Schistosoma mansoni adult worm library and named SmRbAp48. The full length sequence of SmRbAp48 cDNA is 1036 bp long, encoding a protein of 308 amino acids. The transcript of SmRbAp48 was detected in egg, cercariae and schistosomulum stages. The protein shows 84% similarity with the human RbAp48, possessing four WD repeats on its C-terminus. A hypothetical tridimensional structure for the SmRbAp48 C-terminal domain was constructed by computational molecular modeling using the b-subunit of the G protein as a model. To further verify a possible interaction between SmRbAp48 and S. mansoni histone H4, the histone H4 gene was amplified from adult worm genomic DNA using degenerated primers. The gene fragment of SmH4 is 294 bp long, encoding a protein of 98 amino acids which is 100% identical to histone H4 from Drosophila melanogaster.

Regulation of gap junctions by protein phosphorylation

Gap junctions are constituted by intercellular channels and provide a pathway for transfer of ions and small molecules between adjacent cells of most tissues. The degree of intercellular coupling mediated by gap junctions depends on the number of gap junction channels and their activity may be a function of the state of phosphorylation of connexins, the structural subunit of gap junction channels. Protein phosphorylation has been proposed to control intercellular gap junctional communication at several steps from gene expression to protein degradation, including translational and post-translational modification of connexins (i.e., phosphorylation of the assembled channel acting as a gating mechanism) and assembly into and removal from the plasma membrane. Several connexins contain sites for phosphorylation for more than one protein kinase. These consensus sites vary between connexins and have been preferentially identified in the C-terminus. Changes in intercellular communication mediated by protein phosphorylation are believed to control various physiological tissue and cell functions as well as to be altered under pathological conditions.

Snake venom metalloproteinases and disintegrins: interactions with cells

Metalloproteinases and disintegrins are important components of most viperid and crotalid venoms. Large metalloproteinases referred to as MDC enzymes are composed of an N-terminal Metalloproteinase domain, a Disintegrin-like domain and a Cys-rich C-terminus. In contrast, disintegrins are small non-enzymatic RGD-containing cysteine-rich polypeptides. However, the disintegrin region of MDC enzymes bears a high degree of structural homology to that of the disintegrins, although it lacks the RGD motif. Despite these differences, both components share the property of being able to recognize integrin cell surface receptors and thereby to inhibit integrin-dependent cell reactions. Recently, several membrane-bound MDC enzymes, closely related to soluble venom MDC enzymes, have been described in mammalian cells. This group of membrane-anchored mammalian enzymes is also called the ADAM family of proteins due to the structure revealing A Disintegrin And Metalloproteinase domains. ADAMs are involved in the shedding of molecules from the cell surface, a property which is also shared by some venom MDC enzymes.

The 42-kDa coat protein of Andean potato mottle virus acts as a transcriptional activator in yeast

Interactions of viral proteins play an important role in the virus life cycle, especially in capsid assembly. Andean potato mottle comovirus (APMoV) is a plant RNA virus with a virion formed by two coat proteins (CP42 and CP22). Both APMoV coat protein open reading frames were cloned into pGBT9 and pGAD10, two-hybrid system vectors. HF7c yeast cells transformed with the p9CP42 construct grew on yeast dropout selection media lacking tryptophan and histidine. Clones also exhibited ß-galactosidase activity in both qualitative and quantitative assays. These results suggest that CP42 protein contains an amino acid motif able to activate transcription of His3 and lacZ reporter genes in Saccharomyces cerevisiae. Several deletions of the CP42 gene were cloned into the pGBT9 vector to locate the region involved in this activation. CP42 constructions lacking 12 residues from the C-terminal region and another one with 267 residues deleted from the N-terminus are still able to activate transcription of reporter genes. However, transcription activation was not observed with construction p9CP42deltaC57, which does not contain the last 57 amino acid residues. These results demonstrate that a transcription activation domain is present at the C-terminus of CP42 between residues 267 and 374.

Myocardial ischemic preconditioning upregulated protein 1(Mipu1):zinc finger protein 667 - a multifunctional KRAB/C2H2 zinc finger protein

Myocardial ischemic preconditioning upregulated protein 1 (Mipu1) is a newly discovered upregulated gene produced in rats during the myocardial ischemic preconditioning process. Mipu1 cDNA contains a 1824-base pair open reading frame and encodes a 608 amino acid protein with an N-terminal Krüppel-associated box (KRAB) domain and classical zinc finger C2H2 motifs in the C-terminus. Mipu1 protein is located in the cell nucleus. Recent studies found that Mipu1 has a protective effect on the ischemia-reperfusion injury of heart, brain, and other organs. As a nuclear factor, Mipu1 may perform its protective function through directly transcribing and repressing the expression of proapoptotic genes to repress cell apoptosis. In addition, Mipu1 also plays an important role in regulating the gene expression of downstream inflammatory mediators by inhibiting the activation of activator protein-1 and serum response element.

Efeito da mitomicina C em cultura de estroma de pólipos nasais eosinofílicos: indução de apoptose em eosinófilos

A polipose nasossinusal eosinofílica é uma afecção comum a várias doenças, determina acometimento extenso dos seios paranasais e possui grande tendência à recidiva após tratamento. Os eosinófilos exercem papel essencial na patogênese, relacionada a baixo índice de apoptose e a longa permanência destas células ativas nos tecidos. OBJETIVO: Este estudo teve por objetivo avaliar o efeito da mitomicina C na indução de apoptose em eosinófilos presentes no estroma de pólipos nasais eosinofílicos. FORMA DE ESTUDO: Caso controle. MATERIAL E MÉTODO: O estudo foi auto-pareado, com 9 amostras cultivadas em meio RPMI 1640 e avaliadas em zero, 12 e 24 horas. O grupo estudo recebeu mitomicina C numa concentração de 400µg/ml durante 5 minutos. Em cada tempo as duas culturas, controle e estudo, foram submetidas a estudo histopatológico para determinação do índice apoptótico. Utilizou-se a coloração hematoxilina-eosina com aumento microscópico de 1000x. RESULTADO: Pela análise de 674 campos digitalizados observou-se que as culturas tratadas com mitomicina C apresentaram índice apoptótico em 12 horas significativamente maior em relação ao grupo controle (p< 0,001). CONCLUSÃO: Concluiu-se que a mitomicina C é eficaz na indução de apoptose em eosinófilos presentes em estroma de pólipos nasais eosinofílicos.

Reabilitação vestibular personalizada: levantamento de prontuários dos pacientes atendidos no ambulatório de otoneurologia da I.S.C.M.S.P.

O OBJETIVO: o objetivo deste trabalho foi verificar a eficácia da reabilitação vestibular personalizada (RVP) em diferentes quadros otoneurológicos. FORMA DE ESTUDO: clínico retrospectivo. MATERIAL E MÉTODO: Foi realizado um estudo retrospectivo que constou de uma descrição do programa de reabilitação vestibular de 37 pacientes, com idade entre 21 a 87 anos, vinte e seis do sexo feminino, onze do sexo masculino, com quadros otoneurológicos variados, atendidos no Ambulatório de Otoneurologia do Departamento de Otorrinolaringologia da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo, no período de 2002 a 2003. Estes foram submetidos à avaliação otoneurológica e depois de realizado o diagnóstico pelo otorrinolaringologista, encaminhados para a reabilitação vestibular, realizada semanalmente no ambulatório, e em casa diariamente. Cada paciente seguiu programas específicos de exercícios, considerando-se os achados ao exame vestibular, o quadro clínico e, principalmente, os sintomas apresentados. Os exercícios foram baseados em diferentes protocolos descritos na literatura. Foi realizada uma análise individual da evolução clínica e em conjunto, a fim de verificar a eficácia da RVP em diferentes quadros clínicos. CONCLUSÃO: Pudemos concluir que o programa de RVP mostrou-se um recurso terapêutico efetivo na diminuição e extinção dos sintomas e conseqüente melhora na qualidade de vida de pacientes portadores de diferentes quadros clínicos.

Efeito da mitomicina C na secreção de fator estimulador de granulócitos macrófagos e interleucina-5 em cultura de estroma de pólipos nasais eosinofílicos

O estudo de fatores teciduais, como a concentração de fator estimulador de colônias de macrófagos (GM-CSF) e interleucina 5 (IL-5), aponta para os mecanismos envolvidos na manutenção da eosinofilia em pólipos nasossinusais eosinofílicos. A mitomicina C (MMC) tem sido utilizada com bons resultados em otorrinolaringologia. OBJETIVO: Este estudo teve como objetivo avaliar a ação da Mitomicina C sobre a secreção de GM-CSF e IL-5 em pólipos eosinofílicos. FORMA DE ESTUDO: caso-controle. MATERIAL E MÉTODO: O estudo foi comparativo experimental autopareado, com amostras de pólipos biopsiados de pacientes portadores de polipose nasossinusal eosinofílica. Os fragmentos semeados como grupo experimental receberam mitomicina C por 5 minutos na dosagem de 400microg/ml e então lavadas em meio RPMI. Nos tempos zero, 12 e 24 horas, o sobrenadante foi retirado para determinação dos níveis de GM-CSF em 22 pacientes e IL-5, em 19 pacientes, utilizando o método de ELISA. RESULTO: Diminuição de secreção de GM-CSF nos grupos tratados com mitomicina C no tempo 24h (p<= 0,05); no grupo tratado houve expressão significativa de GM-CSF entre zero e 12 horas (p=0,013) demonstrando a viabilidade da cultura igualmente ao grupo não tratado; tendência à queda dos níveis de IL-5 no grupo tratado em 24h. CONCLUSÃO: O estudo demonstrou que a mitomicina C foi capaz de inibir a síntese de GM-CSF em culturas de pólipos nasais eosinofílicos e com provável ação sobre a secreção de IL-5, necessitando de estudos complementares.

Efeito da mitomicina C em polipose nasossinusal eosinofílica, in vivo: dosagem de IL5 e GM-CSF, RT-PCR

A polipose nasossinusal eosinofílica (PNS) é manifestação de uma doença inflamatória crônica na mucosa do nariz e nos seios paranasais caracterizada por infiltração de granulócitos eosinófilos. O fator responsável pela eosinofilia e manutenção dessas células com a perpetuação do processo inflamatório e formação polipóide é objeto constante de estudos. As citocinas como IL5 (interleucina 5) e GM-CSF (fator estimulador de colônia granulócito macrófago) aumentam a sobrevida dos eosinófilos e prolongam a sua presença no tecido polipóide, diminuindo o índice de apoptose eosinofílica. OBJETIVO: Avaliar o efeito da mitomicina C - MMC - por meio de aplicação tópica em pacientes portadores de PNS eosinofílica quanto à presença de IL5 e GM-CSF. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Quinze pacientes portadores de PNS eosinofílica foram submetidos à aplicação tópica de MMC na concentração de 0,5mg/ml, 1ml, durante cinco minutos, na cavidade nasal direita, e submetidos à biópsia para RT-PCR 24hs após. O grupo-controle foi a cavidade nasal esquerda. O perfil de citocinas foi analisado para IL5 e GM-CSF. RESULTADOS: A comparação dos resultados de GM-CSF pré e pós-uso de MMC quando usamos o teste t pareado apresenta p=0,041. A comparação para IL5 resulta em p < 0,001. CONCLUSÃO: O uso de MMC em pacientes com PNS mostra redução com significância estatística par GM-CSF e importante significância para IL5.

Efeito da mitomicina C tópica na cicatrização de prega vocal em modelo suíno

Várias terapias adjuvantes à cirurgia vêm sendo usadas para modular o processo cicatricial nas pregas vocais, entre elas a Mitomicina tópica (MTC). OBJETIVOS: Avaliar os efeitos da MTC no processo de cicatrização de pregas vocais de suínos 30 dias após exérese de fragmento de mucosa com laser de CO2 mediante a mensuração da deposição de colágeno. FORMA DE ESTUDO: Experimental em suínos. MATERIAIS E MÉTODOS: Dois grupos de 6 suínos cada foram avaliados após exérese de fragmento de mucosa de prega vocal a laser de CO2 (grupo controle sem uso e grupo experimento com uso de MTC tópica). Após 30 dias os animais foram submetidos à eutanásia, sendo coletadas amostras das pregas vocais para análise histológica, a fim de quantificar a deposição de colágeno mediante coloração de Picrosirius Red. RESULTADOS: A média da área do colágeno total das pregas vocais do grupo controle foi de 2648,03 µm2, enquanto a média do colágeno total das pregas vocais do grupo experimento foi de 2200,30 µm2 (p = 0,0043). CONCLUSÃO: A MTC usada topicamente após a exérese de fragmento de mucosa da prega vocal a laser de CO2 em suínos, diminui, significativamente, a deposição do colágeno total.

Avaliação da cicatrização de feridas em dorso de ratos tratados com mitomicina C tópica e posterior reforço com injetável

Estudo experimental em animais. A mitomicina C vem sendo usada como inibidor de fibroblastos, acarretando, com isso, diminuição do processo cicatricial em feridas cirúrgicas. OBJETIVO: Este trabalho visa avaliar o uso de Mitomicina C para diminuir o processo cicatricial, através de seu uso tópico com reforços posteriores injetáveis. MATERIAL E MÉTODOS: Foi usado um modelo de feridas em dorso de ratos, com retirada circular da pele e cicatrização por segunda intenção. Foram usados 18 ratos, divididos em três grupos: controle; com uso tópico; e com reforço de mitomicina C injetável, mensalmente e por 2 meses. Após 3 meses os animais foram sacrificados e as cicatrizes retiradas cirurgicamente e submetidas a estudo histológico. RESULTADOS: Notou-se sob vários critérios que a cicatrização com o uso tópico é menos intensa, mas ao se usar o reforço injetável os parâmetros voltam a ser comparados ao do grupo controle. DISCUSSÃO: Acreditamos que a administração injetável de mitomicina C nas cicatrizes, pela sua elevada característica tóxica, acarreta destruição tecidual e neoformação cicatricial. CONCLUSÕES: A mitomicina C diminui o processo cicatricial quando usada topicamente, mas acarreta aumento da cicatrização quando nestas feridas são feitos reforços injetáveis.

Influência de temperatura, luz e giberelina na germinação de sementes de Thlaspi caerulescens J. Presl & C. Presl (Brassicaceae)

Thlaspi caerulescens é espécie hiperacumuladora de metais como Cd2+, Ni2+ e Zn2+, considerada como uma plantamodelo para estudar a acumulação e tolerância a metais pesados. No entanto, a baixa produção de sementes em nossas condições climáticas tornam necessária a determinação de condições que possam maximizar a germinação e o vigor de suas sementes. Para identificar as melhores condições para a germinação, sementes de T. caerulescens foram colocadas na presença (15 mmol.m-2.s-1, 8 h luz/16 h escuro) ou ausência de luz nas temperaturas de 10, 15, 20 e 25 ºC, em papel germitest previamente umedecido com solução de ácido giberélico (GA3) a 0,05% ou água destilada. Foram avaliados a porcentagem de germinação (%G) e o índice de velocidade de germinação (IVG). Maior porcentagem de germinação (66%) foi observada nos tratamentos com GA3 e temperaturas de 15 e 20 ºC, na presença de luz. Maiores valores do IVG foram obtidos com a utilização de GA3 nas temperaturas de 15 e 20 ºC, tanto na presença quanto na ausência de luz. Maiores germinação e IVG de T. caerulescens foram observados com uso de GA3 na presença de luz nas temperaturas de 15 e 20 ºC.

Propagação in vitro de orquídea: iodeto de potássio e cloreto de cobalto em meio de cultura Knudson C

Objetivou-se determinar modificações ao meio de cultura Knudson C, acrescendo-o de iodeto de potássio e cloreto de cobalto, para que proporcione maior crescimento em plântulas de Cattleya loddigesii. Plântulas de orquídea, oriundas de sementes germinadas in vitro, com, aproximadamente, 1,0 cm de comprimento, foram inoculadas em tubos de ensaio contendo 15 mL de meio de cultura Knudson C modificado, acrescido de iodeto de potássio (0; 0,45; 0,9 e 1,35 mg.L-1) e cloreto de cobalto (0; 0,015; 0,030 e 0,045 mg.L-1), em todas as combinações possíveis. O meio de cultura teve seu pH ajustado para 5,8 ± 0,1 e foi solidificado com 5 g.L-1 de ágar antes da autoclavagem a 121ºC e 1 atm por 20 minutos. Após a inoculação os tratamentos foram mantidos em sala de crescimento com irradiância de 35 µmol.m-2.s-1, temperatura de 25 ± 1ºC e fotoperíodo de 16 horas. Ao final de 120 dias, foram avaliados número de raízes, comprimento médio de raízes e da parte aérea e massa de matéria fresca de plântulas. O cloreto de cobalto, em sua maior concentração (0,045 mg L-1), adicionado ao meio Knudson C modificado, sem a suplementação de iodeto de potássio, proporciona melhores resultados quanto ao crescimento in vitro das plântulas de Cattleya loddigesii.