379 resultados para Análise de seqüência com séries de oligonucleotídeos
em Scielo Saúde Pública - SP
Resumo:
O Apple stem pitting virus (ASPV) foi detectado por RT-PCR em amostras de cultivares de pereiras européias (Pyrus communis L.) cvs. Starkrimson e Abate Fetel, e asiáticas (P. pyrifolia var. culta) cvs. Kousui e Housui coletadas no início do outono de 2003 em pomar da Estação Experimental da Embrapa Uva e Vinho, Vacaria, RS. Utilizando várias combinações de oligonucleotídeos, foram amplificados fragmentos de DNA de 269 e 1554 pb, este último contendo o gene completo (1131 nt) da proteína capsidial do ASPV. Outro fragmento amplificado de 291 pb compreende parte do gene da polimerase viral. Estes fragmentos constituem-se em um excelente instrumento de diagnóstico do ASPV em pereiras. A comparação das seqüências de nucleotídeos do gene da proteína capsidial do ASPV com seqüências do banco de dados GenBank, revelou identidades de 89% com seqüências de um isolado alemão de macieira e de 85 a 88% com isolados poloneses, de pereiras. A indicadora herbácea Nicotiana occidentalis cv. 37B, inoculada mecanicamente com extrato foliar da cv. Housui, apresentou lesões locais necróticas, necrose foliar marginal e das nervuras. O ASPV também foi detectado por dot-ELISA nas cvs. Abate Fetel e Kousui, na cv. Starkrimson por imunoblot, e em Pyronia veitchii (Trabut) Guill. por enxertia de borbulhas da cv. Abate Fetel infetada.
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O carcinoma de mama é a neoplasia maligna mais comum em mulheres. Estudos moleculares do carcinoma de mama, baseados na identificação do perfil de expressão gênica por meio do cDNA microarray, permitiram definir pelo menos cinco sub-grupos distintos: luminal A, luminal B, superexpressão do HER2, basal e normal breast-like. A técnica de tissue microarray (TMA), descrita pela primeira vez em 1998, permitiu estudar, em várias amostras de carcinoma, os perfis de expressão protéica de diferentes neoplasias. No carcinoma de mama, os TMAs têm sido utilizados para validar os achados dos estudos preliminares, identificando, desta forma, os novos subtipos fenotípicos do carcinoma de mama. Dentre os subtipos classicamente descritos, o grupo basal constitui um dos mais intrigantes subtipos tumorais e é freqüentemente associado com pior prognóstico e ausência de alvos terapêuticos definidos. A classificação histopatológica do carcinoma de mama tem pobre valor preditivo. Portanto, a associação entre o diagnóstico histológico com técnicas moleculares nos laboratórios de anatomia patológica, por meio do estudo imunoistoquímico, pode determinar o perfil molecular do carcinoma de mama, buscando melhorar a resposta terapêutica. Este estudo visou resumir os mais recentes conhecimentos em que se baseiam os novos conceitos da classificação do carcinoma de mama.
Resumo:
O ácido desoxiribunocléico ribossomal (rDNA) é utilizado como uma ferramenta importante para caracterizar o polimorfismo entre os fungos. Existem muitas cópias de rDNA as quais são arranjadas por espaços não codificados. Essas cópias são altamente conservadas entre espécies de fungos. O objetivo deste trabalho foi estudar a região do Espaço Interno Transcrito (ITS) e analisar as diferenças no polimorfismo da seqüência dessa região no fungo Scleroderma UFSMSc1 com seqüências dos isolados de Scleroderma e Pisolithus do banco de dados GenBank. O DNA do isolado de Scleroderma UFSMSc1 foi extraído por meio da solução de extração à base de CTAB. A partir do DNA, foram feitas reações de PCR com os oligonucleotídeos iniciadores universais ITS1 e ITS4, cujo produto amplificado foi purificado e seqüenciado. A região do ITS do fungo mostrou uma banda simples de aproximadamente 650 pares de base. Na análise da seqüência dessa região em comparação com algumas depositadas no GenBank, observou-se a formação de agrupamento com espécies de Scleroderma. Os resultados mostraram que essa técnica favorece a identificação de espécies de Scleroderma, visto que tais fungos são difíceis de ser identificados apenas por seus caracteres morfológicos.
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O presente trabalho teve como objetivo estudar a diversidade fenotípica e patogênica de 40 isolados de Colletotrichum obtidos de mangueira no Nordeste do Brasil e identificar diferentes espécies desse fitopatógeno, agente causal de antracnose, através da análise da seqüência da região ITS do rDNA. Quanto à caracterização morfológica e cultural, as colônias dos isolados apresentaram diversidade em relação à cor e aspecto, sendo mais comum à cor branco-cinza, característica de Colletotrichum gloeosporioides. Não foram observadas variações expressivas na morfologia dos 40 isolados. Os conídios apresentaram-se, predominantemente, hialinos e unicelulares, com formato variando de bastonete para cilíndrico. Todos os isolados produziram apressórios variados em formato e quantidade e apenas 10 isolados apresentaram setas. Para efeito do crescimento micelial e taxa de crescimento foi possível classificar os isolados em sete grupos. Vinte e dois isolados exibiram taxa de crescimento >10mm/dia, considerada típica da espécie C. gloeosporioides. Os isolados foram patogênicos em folhas destacadas de mangueira, induzindo sintomas de antracnose, na forma de manchas escuras levemente deprimidas, e apresentando variações quanto à agressividade. Na identificação específica, baseada na análise da seqüência ITS do DNA ribossomal, 36 isolados amplificaram com o oligonucleotídeos CgInt, específico para C. gloeosporioides e o ITS4, Os isolados CM1, CM4, CM5 e CM10, não amplificaram produtos para nenhum dos oligonucleotídeos específicos, sendo identificados como Colletotrichum spp. Os resultados desse trabalho demonstraram que isolados de Colletotrichum, obtidos de mangueira, apresentam ampla variabilidade morfofisiológica e patogênica. E que, possivelmente, existe mais de uma espécie de Colletotrichum que causa antracnose em mangueira no Nordeste do Brasil.
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O objetivo deste trabalho foi estudar a dinâmica populacional da mariposa oriental [Grapholita molesta (Busk)] em pomares de pessegueiro e ameixeira. Os adultos foram monitorados em dois pomares de pessegueiro e um de ameixeira por cinco anos. Séries temporais equivalentes de temperaturas máximas e mínimas foram correlacionadas aos dados de flutuação populacional para se aferir a correspondência entre a ocorrência da praga e as flutuações de temperatura. A análise de Fourier das séries temporais das armadilhas de coleta de mariposas revelou dinâmicas cíclicas, com período principal médio de 53,91 semanas. Um período menor médio, de 7,45 semanas, também ficou evidente e se aproxima do tempo médio de geração do inseto. A análise do espectro de potência das séries temporais, com e sem periodicidade, revelou que a dinâmica populacional de G. molesta possui um componente regular, caracterizado pelos períodos observados, e outro componente irregular, reminiscente de ruído 1/f, caracterizado pelas variações de amplitude, aparentemente irregulares, na ocorrência do inseto. A combinação desses dois componentes ocasiona um processo com domínio de baixas freqüências, próprio das dinâmicas periódicas ruidosas. Os ciclos de aparecimento da praga ocorrem em fase com os ciclos de flutuação de temperaturas máximas e mínimas.
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O objetivo desse trabalho foi caracterizar os padrões temporal e espacial do Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV) em tomatais cultivados em condições de campo, no município de Sumaré, e de estufa plástica, na região de Elias Fausto, Estado de São Paulo. No ensaio de campo, plantado com a variedade Alambra, foram avaliadas 4.032 plantas, distribuídas em oito blocos. Em oito estufas plásticas, com plantios escalonados da variedade Ikram, foram avaliadas 6.016 plantas. As avaliações foram feitas com base nos sintomas característicos induzidos por esse vírus. A confirmação da identidade do vírus foi feita por meio da análise da seqüência de nucleotídeos de parte do DNA-A viral (genes AV1 e AC3). No ensaio em condições de campo, a incidência da doença evoluiu lentamente, desde um mínimo de 0,002 (proporção de plantas sintomáticas) até um máximo de 0,0497. Mesmo assim, foi possível constatar um efeito de borda, pois a incidência média de plantas doentes nos blocos situados nos bordos da área foi 2,1 vezes maior do que naqueles internos. O progresso da incidência da doença foi linear, o que indica que novas infecções foram devidas principalmente a um influxo constante de vetores virulíferos de fora para dentro da área avaliada. Nos plantios em estufas plásticas, os níveis finais de doença foram fortemente dependentes da época de plantio, com médias variando de 4,8% a 69,3%. A distribuição espacial de plantas sintomáticas nesses plantios foi fortemente agregada. Essa agregação provavelmente não se deve a infecções secundárias dentro das estufas plásticas, mas sim à concentração de plantas sintomáticas nos bordos das estufas, conseqüência da migração de vetores virulíferos a partir de áreas externas à estufa. Com base nesses resultados, sugere-se a eliminação de fontes de inóculo representadas por plantios mais velhos de tomateiro e por hospedeiras do vírus na vegetação espontânea como uma das principais medidas para o manejo da doença.
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RESUMOO Estado de São Paulo é um dos maiores produtores de frutas no Brasil. A competitividade no comércio internacional de frutas demanda a minimização de danos pós-colheita, especialmente os causados pela antracnose. Para o controle eficaz da antracnose em uma região é necessário conhecer quais espécies estão associadas a cada hospedeiro e qual a variabilidade dos agentes causais. Este trabalho objetivou caracterizar e identificar isolados de Colletotrichum de frutíferas cultivadas no Estado de São Paulo, Brasil. Foram analisados 93 isolados obtidos de abacate, manga, maracujá e pêssego, por meio de morfometria de conídios e colônias e análise molecular (amplificação por PCR com oligonucleotídeos espécie-específicos e análise de sequências de nucleotídeos das regiões ITS e β-tubulina). Alta variabilidade morfométrica foi observada entre os isolados. A análise molecular indicou que, no Estado de São Paulo, as antracnoses do abacate, manga, maracujá e pêssego podem ser causadas por diferentes espécies do complexo C. gloeosporoides, revelando também a presença de C. boninense associada à antracnose do maracujá e de espécies não identificadas dos complexos C. acutatum e C. gloeosporioides causando antracnose em pêssego.
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OBJETIVO: Analisar as tendências do risco de morte por doenças isquêmicas do coração e cerebrovasculares, nas regiões Norte, Nordeste, Centro-Oeste, Sudeste e Sul do Brasil, no período de 1981 a 2001. MÉTODOS: Dados de mortalidade por doenças isquêmicas do coração e cerebrovasculares nas cinco regiões brasileiras foram obtidos através do Ministério da Saúde. A fonte de dados foi o Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM), do Departamento de Análise da Informação de Saúde - Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde. A população das regiões e estados teve por fonte o IBGE, censos 1991 e 2000, contagem populacional de 1996 e estimativas populacionais, disponibilizado pelo Datasus. Os dados do SIM foram relativos às seguintes causas de morte: doença cerebrovascular (Código Internacional de Doenças CID-9 430-438, CID-10 I60-I69) e a doença isquêmica do coração (CID-9 410-414, CID-10 I21-I25). O estudo estatístico utilizou-se para as análises inferenciais de modelos lineares generalizados ajustados. RESULTADOS: A tendência da mortalidade por doença cerebrovascular mostrou declínio nas regiões Sudeste, Sul e Centro-Oeste em todas as faixas etárias e sexo. Também a mortalidade por doença isquêmica do coração declinou nas regiões Sudeste e Sul, com estabilização do risco na região Centro-Oeste e aumento na região Nordeste. CONCLUSÃO: O risco de morte para as doenças circulatórias, cerebrovasculares e isquêmicas do coração diminuiu no Sul e no Sudeste, regiões mais desenvolvidas do país, e aumentou nas menos desenvolvidas, principalmente no Nordeste.
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O objetivo deste trabalho foi obter um modelo de previsão de produtividade para a cultura do café, em sete municípios do Estado de Minas Gerais. Submeteram-se à análise harmônica por séries de Fourier, séries de produtividades representativas de cada município, das quais se extraíram os coeficientes até o sétimo harmônico, submetendo-os à regressão linear múltipla nos três primeiros componentes principais de um conjunto de 33 variáveis inerentes à produção cafeeira. Essas variáveis foram médias de 15 anos correspondentes aos mesmos anos das produtividades e subdivididos em quatro períodos trimestrais, ao longo do ciclo produtivo da cultura (julho a junho). O modelo mostrou-se inconsistente, apresentando erros das estimativas bastante discrepantes, evidenciando a complexidade de modelagem de previsão de safras para a cultura do café.
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A miringoesclerose é uma alteração cicatricial da lâmina própria da membrana timpânica caracterizada por proliferação de fibras colágenas, seguida de hialinização, deposição de cálcio e fósforo, seguindo uma seqüência semelhante ao que ocorre em outros tipos de calcificação patológica comuns em pacientes com doença renal crônica. OBJETIVO: Verificar a influencia da insuficiência renal crônica (IRC) na prevalência da miringoesclerose. MÉTODO: Foi realizada otoscopia em 341 pacientes com IRC em hemodiálise e em 356 indivíduos de um grupo controle. Foi comparada a freqüência de otoscopia positiva entre os dois grupos, procurando-se relacionar com variáveis pessoais e relacionadas a IRC. RESULTADOS: O grupo de pacientes apresentou 11,7% de otoscopia positiva contra 5,1% do grupo controle. Não houve influência do sexo ou cor na freqüência da miringoesclerose. Porém, os grupos foram heterogêneos em relação à faixa etária. Também não houve diferença importante no tempo de diálise nem nos níveis séricos de minerais e do PTH entre os pacientes do grupo de estudo que apresentavam otoscopia positiva ou negativa. CONCLUSÃO: Os achados, embora apontem para uma maior ocorrência da miringoesclerose nos pacientes renais crônicos, não nos permitem concluir com certeza que exista alguma relação entre a IRC e as alterações timpânicas.
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Resumo: A dívida pública é um importante elemento das finanças públicas e sua sustentabilidade é o indicativo da boa gestão da política fiscal de um governo. Este estudo tem o objetivo de verificar a sustentabilidade da dívida estadual, de forma agregada, a partir da análise de cointegração e da reação fiscal entre o resultado primário e a dívida líquida estadual, usando dados mensais de dezembro/2001 a maio/2014. Os resultados apontam a existência de cointegração entre as séries de resultado primário e de dívida líquida estadual e, além disso, revelam que os governos estaduais geraram superávits primários em face do crescimento da dívida. Assim, tem-se a indicação de que existiu sustentabilidade para a dívida dos estados no período estudado. Contudo, desafios recentes como o afrouxamento fiscal e a redução da atividade econômica colocam em dúvida a sustentabilidade futura.
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Apesar da existência de contatos entre planalto e litoral brasileiros ser atualmente quase um consenso entre os arqueólogos nacionais, não há muita certeza de como teria se dado tal contato e qual seria o fluxo entre interior e costa. O vale do Ribeira de Iguape (SP) é uma das raras regiões do Sul-Sudeste do país onde tal comunicação seria bastante facilitada devido a peculiaridades de sua geomorfologia. Neste trabalho, apresentamos os resultados de uma análise craniométrica comparativa entre 12 esqueletos provenientes de sambaquis fluviais do vale do Ribeira datados entre 6.000 e 1.200 anos AP e 225 esqueletos oriundos de diversas séries pré-históricas brasileiras do interior e do litoral. Ao contrário do que se observa no início do Holoceno nesse vale, não há qualquer afinidade biológica entre os ribeirinhos mais tardios e os paleoíndios de Lagoa Santa ou qualquer outra série interiorana. Os grupos fluviais (ambos os sexos) associam-se aos sambaquis da costa de São Paulo e do Paraná, mostrando que houve realmente um contato considerável entre a planície costeira e o planalto, ao menos no estado de São Paulo a partir da segunda metade do Holoceno.
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OBJETIVO Analisar a tendência da mortalidade por acidentes de motocicleta no Brasil. MÉTODOS Estudo descritivo de séries temporais sobre a taxa de mortalidade de acidentes de motocicleta no Brasil, segundo unidades federativas e faixas etárias entre 1996 e 2009. Os dados de óbitos foram obtidos no Sistema de Informação sobre Mortalidade do Ministério da Saúde e da população no Instituto Brasileiro de Geografia Estatística. Taxas de mortalidade padronizadas foram calculadas no período para o Brasil como um todo e Unidades Federativas. Variações anuais das taxas de mortalidade foram estimadas pelo método de Prais-Winsten de regressão linear. RESULTADOS A taxa de mortalidade por acidentes de motocicleta aumentou de 0,5 para 4,5/100.000 habitantes de 1996 a 2009 (aumento de 800% no período e 19% ao ano). Estados com maiores taxas em 2009 foram: Piauí, Tocantins, Sergipe e Mato Grosso. As maiores taxas de crescimento foram observadas nos Estados das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. CONCLUSÕES Houve grande aumento das taxas de mortalidade por acidente de motocicleta em todo o Brasil no período, principalmente nos Estados do Nordeste.
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Este trabalho foi realizado utilizando dados coletados em uma Floresta de Transição, em uma área pertencente à Fazenda Maracaí no Noroeste de Sinop, MT, com dados micrometeorológicos obtidos com o sistema de correlação de vórtices turbulentos (Eddy Covarience) instalado numa torre de 40 metros. Teve como objetivo principal estudar as potencialidades da análise de Fourier aplicada a dados de fluxo de Calor Latente (LE), Calor Sensível (H) e Temperatura (T). Para os cálculos foram feitas médias de 3 em 3 horas para cada mês, ao longo do período de 1999 a 2005, para as variáveis estudadas. Os períodos dominantes encontrados foram de 24; 12; 4 e 3,4 horas. Os dois primeiros são atribuíveis ao movimento de rotação da Terra, ou seja, à periodicidade dia/noite. Quanto aos dois períodos menores, há indícios que estão relacionados com a dinâmica de abertura dos estômatos. Assim sendo, os resultados deste trabalho indicam que os fatores que influenciam predominantemente as variáveis microclimatológicas durante o dia (freqüências entre 10-5 a 10-4 Hz) são a radiação solar e a dinâmica de abertura dos estômatos, um resultado que destaca as potencialidades da aplicação do método de Fourier no estudo da dinâmica de microclimas em ecossistemas.
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OBJETIVO: Avaliar a redução do volume de hiperplasia intimal após angioplastia com stents com sirolimus (Cypher®) comparados com os stents não-recobertos de estrutura metálica fina (Pixel®) em pacientes com vasos pequenos. MÉTODOS: Oitenta pacientes com doença arterial coronariana foram prospectivamente incluídos em duas séries consecutivas de tratamento, sendo a primeira empregando stents com sirolimus (50) e a segunda stents não-recobertos de estrutura metálica fina (30). RESULTADOS: Os resultados foram: menor porcentual de obstrução da prótese através do ultra-som intracoronário [5,0% (EP = 0,77) x 39,0% (EP = 4,72), p < 0,001], menor perda tardia intra-stent [0,25 mm (EP = 0,03) x 1,11 mm (EP = 0,13), p < 0,001] e no segmento do vaso [0,30 mm (EP = 0,04) x 0,83 mm (EP = 0,11), p < 0,001], e também menor reestenose intra-stent (0% x 33,3%, p < 0,001) e no segmento do vaso (4% x 36,7%, p < 0,001) com os stents com sirolimus. A sobrevivência livre de eventos foi de 96% com os stents com sirolimus x 86,7% com os stents não-recobertos (p = 0,190). CONCLUSÃO: Os pacientes com vasos de pequeno calibre após o implante de stents com sirolimus evoluem com menor hiperplasia intimal (menor porcentual de obstrução intra-stent e menor perda tardia) do que quando são utilizados stents não-recobertos de estrutura metálica fina. Isto resultou em redução significativa da reestenose angiográfica aos oito meses de evolução.