Serodiagnosis of Trypanosoma cruzi Infection Using the New Particle Gel Immunoassay - ID-PaGIA Chagas

The ID-Chagas test is a particle gel immunoassay (PaGIA). Red coloured particles are sensitised with three different synthetic peptides representing antigen sequences of Trypanosoma cruzi: Ag2, TcD and TcE. When these particles are mixed with serum containing specific antibodies, they agglutinate. The reaction mixture is centrifuged through a gel filtration matrix allowing free agglutinated particles to remain trapped on the top or distributed within the gel. The result can be read visually. In order to investigate the ability of the ID-PaGIA to discriminate negative and positive sera, 111 negative and 119 positive, collected in four different Brazilian institutions, were tested by each of the participants. All sera were previously classified as positive or negative according to results obtained with three conventional tests (indirect immunofluorescence, indirect hemaglutination, and enzime linked immunosorbent assay). Sensitivity rates of ID-PaGIA varied from 95.7% to 97.4% with mean sensitivity of 96.8% and specificity rates varied from 93.8 to 98.8% with mean specificity of 94.6%. The overall Kappa test was 0.94. The assay presents as advantages the simplicity of operation and the reaction time of 20 min. In this study, ID-PaGIA showed to be highly sensitive and specific.

Analysis of genetic diversity of Trypanosoma cruzi: an application of riboprinting and gradient gel electrophoresis methods

Analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) profiles derived from digestion of polymerase chain reaction (PCR) products of the ribosomal 18S from Trypanosoma cruzi yields a typical `riboprint' profile that can vary intraspecifically. A selection of 21 stocks of T. cruzi and three outgroup taxa: T. rangeli, T. conorhini and Leishmania braziliensis were analysed by riboprinting to assess divergence within and between taxa. T. rangeli, T. conorhini and L. braziliensis could be easily differentiated from each other and from T. cruzi. Phenetic analysis of PCR-RFLP profiles indicated that, with one or two exceptions, stocks of T. cruzi could be broadly partitioned into two groups that formally corresponded to T. cruzi I and T. cruzi II respectively. To test if ribosomal 18S sequences were homogeneous within each taxon, gradient gel electrophoresis methods were employed utilising either chemical or temperature gradients. Upon interpretation of the melting profiles of riboprints and a section of the 18S independently amplified by PCR, there would appear to be at least two divergent 18S types present within T. cruzi. Heterogeneity within copies of the ribosomal 18S within a single genome has therefore been demonstrated and interestingly, this dimorphic arrangement was also present in the outgroup taxa. Presumably the ancestral duplicative event that led to the divergent 18S types preceded that of speciation within this group. These divergent 18S paralogues may have, or had, different functional pressures or rates of molecular evolution. Whether or not these divergent types are equally transcriptionally active throughout the life cycle, remain to be assessed.

Inhibition of the polymerase chain reaction by sputum samples from tuberculosis patients after processing using a silica-guanidiniumthiocyanate DNA isolation procedure

With the objective to evaluate PCR-mediated detection of Mycobacterium tuberculosis DNA as a diagnostic procedure for diagnosis of tuberculosis in individuals attending ambulatory services in Primary Health Units of the City Tuberculosis Program in Rio de Janeiro, Brazil, their sputum samples were collected and treated with a DNA extraction procedure using silica-guanidiniumthiocyanate. This procedure has been described to be highly efficient for extraction of different kind of nucleic acids from bacteria and clinical samples. Upon comparing PCR results with the number of acid-fast bacilli, no direct relation was observed between the number of bacilli present in the sample and PCR positivity. Part of the processed samples was therefore spiked with pure DNA of M. tuberculosis and inhibition of the PCR reaction was verified in 22 out of 36 (61%) of the samples, demonstrating that the extraction procedure as originally described should not be used for PCR analysis of sputum samples.

Characterization of Sm14 related components in different helminths by sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis and Western blotting analysis

Sm14 was the first fatty acid-binding protein homologue identified in helminths. Thereafter, members of the same family were identified in several helminth species, with high aminoacid sequence homology between them. In addition, immune crossprotection was also reported against Fasciola hepatica infection, in animals previously immunized with the Schistosoma mansoni vaccine candidate, r-Sm14. In the present study, data on preliminary sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis and Western blotting analysis of nine different helminth extracts focusing the identification of Sm14 related proteins, is reported. Out of these, three extracts - Ascaris suum (males and females), Echinostoma paraensei, and Taenia saginata - presented components that comigrated with Sm14 in SDS-PAGE, and that were recognized by anti-rSm14 policlonal serum, in Western blotting tests.

Hospitalization due to norovirus and genotypes of rotavirus in pediatric patients, state of Espírito Santo

Viruses are the leading cause for hospitalization due to gastroenteritis worldwide. Group A rotaviruses (RV) are the most prevalent and are assorted in glycoproteins (G) and protease sensitive (P) dual genotypes based on polymorphic genes that encode the external VP7 and VP4 capsid proteins, respectively. Noroviruses (NoV) have increasingly answered by sporadic gastroenteritis. This study aimed to determine the prevalence of NoV and RV in 68 hospitalized children, between July 2004 and November 2006, at a pediatric hospital in Vitória city, state of Espírito Santo, Southeastern Brazil. Nucleic acid was extracted from fecal suspension following the guanidine-silica procedure. Reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and polyacrylamide gel electrophoresis were employed for NoV and RV detection, respectively. RV genotyping was accomplished using RT-PCR followed by heminested multiplex PCR with specific primers for the most prevalent types of G and P. Fecal samples were positive for NoV and RV in 39.7% (27/68) and 20.5% (14/68), respectively and together were responsible for 60% (41/68) of the cases. RV genotypes were: 50% G9P[8], 28.7% G2P[4], 7.1% G1P[8], G2P[8] and G?P[8]. Vomit was a prominent manifestation observed in 92% and 85% of the NoV and RV cases, respectively. The median hospitalization was 5 and 5.5 days for the patients infected with NoV and RV, respectively. The data showed that NoV prevailed over RV and it also corroborated the emergence of RV G9 genotype followed by G2P[4], reinforcing the need for RV genotype surveillance.

Pulsed-field gel electrophoresis, virulence determinants and antimicrobial susceptibility profiles of type Ia group B streptococci isolated from humans in Brazil

Group B streptococci (GBS) infections occur worldwide. Although serotyping has been used for epidemiologic purposes, this does not accurately characterize enough members of a genetically heterogeneous bacterial population. The aims of this work were to evaluate the genetic diversity of 45 type Ia GBS strains isolated in Brazil by pulsed-field gel electrophoresis as well as to evaluate antimicrobial susceptibility profiles and identify virulence genes. Twenty-four strains were assigned to cluster A. All strains under study contained the hylB and scpB genes. The bca gene was detected in only 10 strains and none of the streptococci carried the bac gene. Thirty-nine strains were resistant to tetracycline.

Time-based distribution of Staphylococcus saprophyticus pulsed field gel-electrophoresis clusters in community-acquired urinary tract infections

The epidemiology of urinary tract infections (UTI) by Staphylococcus saprophyticus has not been fully characterised and strain typing methods have not been validated for this agent. To evaluate whether epidemiological relationships exist between clusters of pulsed field gel-electrophoresis (PFGE) genotypes of S. saprophyticus from community-acquired UTI, a cross-sectional surveillance study was conducted in the city of Rio de Janeiro, Brazil. In total, 32 (16%) female patients attending two walk-in clinics were culture-positive for S. saprophyticus. Five PFGE clusters were defined and evaluated against epidemiological data. The PFGE clusters were grouped in time, suggesting the existence of community point sources of S. saprophyticus. From these point sources, S. saprophyticus strains may spread among individuals.

Calibração e validação da equação universal de perda de solos modificada (MUSLE) utilizando dados hidrossedimentológicos locais

Modelos hidrossedimentológicos são úteis na análise ambiental de bacias hidrográficas não monitoradas. Entretanto, para que as suas predições sejam confiáveis, é necessário que os modelos sejam adequadamente calibrados e validados para as condições locais. O objetivo do presente trabalho foi calibrar o coeficiente a da MUSLE para as condições da bacia do ribeirão Pipiripau, usando dados hidrossedimentológicos locais, bem como validar a equação calibrada, com uma série de dados diferente da usada na calibração. O coeficiente a da MUSLE foi calibrado por meio do ajuste entre os valores observados e calculados de aporte de sedimento de eventos individuais, correspondentes ao período entre 1999 e 2005, usando dados hidrológicos (Q e q p) observados. Para validação do modelo calibrado, a série usada correspondeu aos anos de 1998 e 2006-2009 (N.A.: dados corretos, ver p. 12), onde apenas os dados pluviométricos locais e os fatores CN, K, L, S, C e P da bacia, previamente obtidos, foram usados. Os resultados indicam que a MUSLE calibrada apresenta melhor acurácia na estimativa do aporte de sedimento total anual (R² = 0,68 e E = 0,61) do que em nível mensal (R² = 0,44 e E = 0,43). Como o coeficiente de ajuste a da MUSLE foi proporcional ao volume de precipitação pluvial anual, este poderá ser usado para melhorar as predições do modelo.

Utilização de atmosfera modificada na conservação de morangos em pós-colheita

Foram realizados dois experimentos com o objetivo de testar a utilização de três composições iniciais de atmosferas (3 kPa O2 + 10 kPa CO2, 5 kPa O2 + 15 kPa CO2 e do ar ambiente) com dois tempos de armazenagem (7 e 14 dias) a 0ºC, para a conservação de morangos (Fragaria x ananassa Duch.) cv. Oso Grande. Os frutos eram provenientes de uma lavoura comercial do Município de Farroupilha, RS. No primeiro experimento, utilizaram-se vidros de 1.700 mL de capacidade para a armazenagem, e no segundo, empregaramse sacos de polietileno, de 53 cm x 90 cm e 90 mim de espessura. As atmosferas com 3 kPa O2 + 10 kPa CO2 ou 5 kPa O2 + 15 kPa CO2 apresentaram bom potencial para a conservação dos frutos por até 7 dias. A modificação da atmosfera em embalagens de polietileno empregando concentrações iniciais de ar ambiente aumentou o período de conservação e manteve a qualidade dos frutos por até 7 dias. Os benefícios decorrentes da utilização dessas atmosferas foram a manutenção da firmeza da polpa, da coloração dos frutos, dos teores de açúcares totais, e de ácido ascórbico.

Fluxo gênico em soja geneticamente modificada e método para sua detecção

O objetivo deste trabalho foi avaliar métodos para detecção de sementes de soja tolerante ao glifosato e o fluxo gênico de uma cultivar transgênica para uma convencional, em Florestal e Viçosa, MG. Para adequar método de detecção, foi conduzido experimento comparativo entre cinco bioensaios, dos quais se destacou o teste de germinação em substrato umedecido com solução do glifosato. O experimento de fluxo gênico foi instalado em campo, no esquema de quadrados concêntricos. No centro, foi plantada a cultivar tolerante ao glifosato (fonte de pólen). À sua volta, foi semeada a cultivar sensível (receptora do pólen). No estádio R8, foram colhidas sementes das laterais dos quadrados, em distâncias variadas da fonte de pólen: 0,5, 1, 2, 4 e 8 m. Amostras de 900 sementes, por fileira, foram avaliadas pelo teste de germinação em substrato umedecido com solução de glifosato a 0,06%. Plântulas tolerantes ao glifosato indicaram fecundação cruzada. As maiores porcentagens de hibridação - 1,27% em Florestal e 0,25% em Viçosa - ocorreram a 0,5 m de distância, entre fonte e receptor de pólen, e essas taxas aproximaram-se de zero às distâncias de 2,26 e 1,16 m, para Florestal e Viçosa, respectivamente.

Variabilidade genética em cultivares de soja determinada com marcadores microssatélites em gel de agarose

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de cultivares de soja com marcadores microssatélites selecionados e caracterizados quanto à informatividade para uso em gel de agarose. O DNA de 23 cultivares de soja foi amplificado com 283 marcadores microssatélites em gel de agarose a 3%. Posteriormente, 53 marcadores que apresentaram polimorfismo facilmente detectável nos géis de agarose foram utilizados na caracterização de 53 cultivares. Nessas cultivares foram detectados 124 alelos, com média de 2,34 alelos por loco, e os valores de conteúdo de informação polimórfica variaram entre 0,16 e 0,66, com média de 0,47. As frequências alélicas variaram de 0,02 a 0,91, com média de 0,43. A distância genética calculada variou de 0,02 a 0,73, com média de 0,47. A menor distância observada foi entre as cultivares CD201 e CD208, e a maior distância entre CD210 e BRSMT Uirapuru. Os marcadores utilizados possibilitaram a identificação das 53 cultivares avaliadas. Os locos microssatélites de soja, avaliados em gel de agarose, apresentam elevada informatividade. É possível detectar variabilidade significativa no germoplasma brasileiro de soja avaliado, mesmo entre cultivares elite, quando se usa marcadores moleculares microssatélites selecionados por sua informatividade.

Atmosfera modificada e refrigeração para conservação pós-colheita de uva 'Niagara Rosada'

O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da atmosfera modificada na conservação pós-colheita da uva 'Niagara Rosada' armazenada sob refrigeração, em dois experimentos. No primeiro experimento avaliou-se o acondicionamento de cachos nas seguintes embalagens: papelão ondulado (testemunha); tereftalato de polietileno (PET); cloreto de polivinila (PVC) 17 μm; polietileno linear de baixa densidade (PELBD) 25 μm; e PELBD 50 μm. Em outro experimento, avaliaram-se os sistemas de acondicionamento: sacolas de plástico abertas (testemunha); polietileno de baixa densidade (PEBD) 25 μm; PEBD 25 μm, com injeção de mistura gasosa (21% O2/5% CO2); PEBD 25 μm (21% O2/10% CO2); PEBD 25 μm (21% O2/20% CO2). Os cachos foram armazenados a 1±1°C e 90±5% de umidade relativa (UR) por 28 dias, seguido de armazenamento em condições do ambiente (25±2°C e 80±5% UR). Os cachos foram avaliados quanto à perda de massa de matéria fresca, firmeza, cor das bagas, esbagoamento, sólidos solúveis totais (SST), acidez titulável (AT), relação SST/AT e incidência de podridões. O filme PELBD 50 μm, a partir do 14º dia a 1°C, seguido por mais três dias a 25°C, causou a fermentação dos cachos. As embalagens PELBD 25 μm, com ou sem injeção de mistura gasosa, e PVC 17 μm reduzem a perda de massa de matéria fresca dos cachos, mas não reduzem o esbagoamento e a incidência de podridões.

Preservação de sêmen refrigerado de cioba com diluentes e atmosfera modificada

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes diluentes, em atmosfera normal e modificada, na preservação de sêmen refrigerado da cioba - Lutjanus analis. Amostras de sêmen de 30 peixes foram avaliadas quanto à taxa de motilidade, duração da motilidade, concentração espermática e espermatócrito. Para a refrigeração a 4ºC, três diferentes diluentes, com distintas composições iônicas e valores de pH distintos, foram testados em atmosfera normal e atmosfera modificada (100% oxigênio). Posteriormente, um teste de fertilização foi realizado para avaliar a viabilidade do sêmen refrigerado. No experimento de refrigeração, a taxa de motilidade e a duração da motilidade foram adequadas, durante 72 horas, para os diluentes A (48±7%; 190±26 s) e B (41±4%; 160±22 s) em atmosfera normal. Na atmosfera modificada, a qualidade do sêmen caiu drasticamente durante as primeiras 24 horas, independentemente do diluente utilizado, e não houve vantagem em sua utilização. A taxa de fertilização com sêmen refrigerado por 24 horas, tratado com diluente A, não diferiu daquela com sêmen fresco, e ambas foram superiores à obtida com sêmen refrigerado por 48 horas.

Fluxo gênico recíproco entre cultivares de soja convencional e geneticamente modificada

O objetivo deste trabalho foi determinar o fluxo gênico recíproco entre duas cultivares de soja, uma tolerante e outra sensível ao glifosato, além de aplicar estimadores para determinar a taxa de fecundação cruzada na população e o número de sementes híbridas na progênie. O experimento compôs-se de quatro blocos com 40 fileiras de soja, com 20 fileiras de cada cultivar (CD217 e CD219RR). No estádio R8, cinco fileiras, distantes 0, 5, 1, 2, 4 e 8 m da cultivar adjacente, foram colhidas, trilhadas e analisadas quanto à ocorrência de fluxo gênico. Como características marcadoras, foram utilizadas as cores da flor, hipocótilo e pubescência, e a tolerância ao glifosato. As cultivares contrastam quanto às características analisadas, cada uma condicionada por um gene com dois alelos, em interação de dominância completa. Na progênie da cultivar tolerante, a maior taxa de híbridos encontrada foi 0, 27% e, na progênie da cultivar sensível, identificou-se 0, 83%; pela hipótese do efeito diluição, as taxas de hibridação natural populacional seriam 0, 104 e 0, 388%, respectivamente. O fluxo gênico recíproco entre as cultivares CD217 e CD219RR não é o mesmo em ambas as direções. Os estimadores propostos são úteis para determinar a taxa de híbridos em amostras de sementes.

Alterações fisiológicas e bioquímicas em sementes de café secas em sílica gel e soluções salinas saturadas

O objetivo deste trabalho foi avaliar alterações fisiológicas e bioquímicas em sementes de café submetidas à secagem rápida, em sílica gel, e à secagem lenta, em soluções salinas saturadas. As sementes foram secas até que atingissem os seguintes teores de água: 40, 30, 20, 15, 10 e 5% (base úmida). Após a secagem, uma parte das sementes foi imediatamente avaliada quanto ao desempenho fisiológico e ao perfil de enzimas do processo oxidativo, e outra parte foi avaliada após armazenagem em condição hermética, em câmara fria e seca, por quatro meses. A velocidade de secagem e o teor final de água tiveram efeito significativo sobre a qualidade fisiológica das sementes. Após a secagem rápida em sílica gel, as sementes toleraram teores finais de água mais baixos. No entanto, após a secagem lenta, as sementes com teores finais de água mais elevados apresentaram maior qualidade. O período de armazenamento não afetou a germinação, mas prejudicou o vigor das sementes. A secagem rápida apresenta maior potencial de dano ao endosperma do que aos embriões. O perfil enzimático das sementes de café é afetado pelo teor final de água e pela velocidade de secagem.