In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences

Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) infections are responsible for significant losses in the poultry industry worldwide. A zoonotic risk has been attributed to APEC strains because they present similarities to extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) associated with illness in humans, mainly urinary tract infections and neonatal meningitis. Here, we present in silico analyses with pathogenic E. coli genome sequences, including recently available APEC genomes. The phylogenetic tree, based on multi-locus sequence typing (MLST) of seven housekeeping genes, revealed high diversity in the allelic composition. Nevertheless, despite this diversity, the phylogenetic tree was able to cluster the different pathotypes together. An in silico virulence gene profile was also determined for each of these strains, through the presence or absence of 83 well-known virulence genes/traits described in pathogenic E. coli strains. The MLST phylogeny and the virulence gene profiles demonstrated a certain genetic similarity between Brazilian APEC strains, APEC isolated in the United States, UPEC (uropathogenic E. coli) and diarrheagenic strains isolated from humans. This correlation corroborates and reinforces the zoonotic potential hypothesis proposed to APEC.

Caracterização comparativa do intestino das espécies da Ordem Xenarthra

Resumo: O sucesso na manutenção de uma espécie depende de vários fatores entre eles a eficiência digestiva, sendo assim parâmetros morfométricos do tubo digestório são necessários para o conhecimento dos processos digestivos dos alimentos no organismo animal além de indicar a preferência alimentar de uma espécie. Este trabalho visou descrever morfologicamente os intestinos delgado e grosso, órgãos do sistema digestório de representantes da ordem Xenarthra a fim de fornecer subsídios para a avaliação da dieta e realização de procedimentos clínicos nestes animais, sejam eles de vida livre ou de cativeiro. Foram utilizados 7 espécimes entre preguiças-de-coleira (Bradypus torquatus), tatu-verdadeiro (Dasypus novemcinctus) e tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla). Todos as amostras foram processadas seguindo procedimentos de rotina efetuados nos laboratórios de Anatomia Animal e Histologia da FZEA/USP. Os intestinos de B. torquatus se apresentaram curtos e simples, enquanto que nos exemplares de D. novemcintus e M. tridactyla o intestino era longo e com algumas peculiaridades. No duodeno de todos os espécimes notamos a presença das glândulas de Brünner e estruturas para aumentar a superfície de absorção. Apenas em preguiças, o mesentério mantém o jejuno preso à parede dorsal da cavidade abdominal. O íleo representou a menor porção nas preguiças e tatus, exceto em tamanduáque apresentava o íleo como a maior parte depois do jejuno. O ceco em tatus e tamanduás apresentavam tamanho considerável e a presença de glândulas na mucosa, nestas espécies destacamos a funcionalidade do ceco, uma vez que este se apresentou repleto de restos alimentares. Na mucosa do cólon de todos os espécimes, haviam criptas de Lieberkühn, sendo mais numerosas em D. novemcinctus e M. tridactyla. Apenas em B. torquatus, o reto apresentou maior diâmetro e rigidez em relação ao cólon. No reto de todas as espécies estudadas, a superfície glandular era numerosa e com grande quantidade de células caliciformes, que produzem muco, para facilitar a defecação. Nossos resultados demonstram que a conformação e estruturas do sistema digestório reflete mais o tipo de alimentação e necessidades digestórias do animal do que à família que ele pertence.

Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis

Group A Rotavirus (RVA) is one of the most common causes of diarrhea in humans and several animal species. A SYBR-Green Real-Time polymerase chain reaction (PCR) was developed to diagnose RVA from porcine fecal samples, targeting amplification of a 137-bp fragment of nonstructural protein 5 (NSP5) gene using mRNA of bovine NADH-desidrogenase-5 as exogenous internal control. Sixty-five samples were tested (25 tested positive for conventional PCR and genetic sequencing). The overall agreement (kappa) was 0.843, indicating 'very good' concordance between tests, presenting 100% of relative sensitivity (25+ Real Time PCR/25+ Conventional PCR) and 87.5% of relative sensitivity (35- Real Time PCR/40- Conventional PCR). The results also demonstrated high intra- and inter-assay reproducibility (coefficient of variation ≤1.42%); thus, this method proved to be a fast and sensitive approach for the diagnosis of RVA in pigs.

Monitoring and molecular characterization of group Drotavirus in Brazilian poultry farms

Abstract: Rotaviruses are etiological agents of diarrhea both in humans and in several animal species. Data on avian Group D rotaviruses (RVD) are scarce, especially in Brazil. We detected RVD in 4 pools of intestinal contents of broilers, layer and broiler breeders out of a total of 111 pools from 8 Brazilian states, representing an occurrence of 3.6%, by a specific RVD RT-PCR targeting the VP6 gene. Phylogenetic tree confirmed that the Brazilian strains belong to group D and 3 of the sequences were identical in terms of amino acid whereas one showed 99.5% identity with the others. The sequences described in this study are similar to other sequences previously detected in Brazil, confirming the conserved nature of the VP6 protein.

Efeitos de fontes orgânicas de cobre e enxofre sobre os parâmetros bioquímicos no soro de ovinos

RESUMO: Minerais são componentes essenciais na dieta, exercendo diversas funções no organismo animal onde o uso de sais orgânicos visa aumentar a disponibilidade dos inerais no trato digestório. O perfil metabólico auxilia na avaliação de índices produtivos, para tanto, se faz análises de componentes bioquímicos do sangue. O objetivo foi estudar os efeitos que fontes orgânicas e inorgânicas de cobre e enxofre possuem nos parâmetros bioquímicos. O experimento foi realizado na FZEA/USP, para tanto 40 ovinos foram distribuídos em 10tratamentos: 1) dieta basal; 2) dieta contendo Mo; 3) dieta basal+ Cu inorg + S inorg; 4) dieta basal + Cu inorg + S org; 5) dieta basal + Cu org + S inorg; 6) dieta basal + Cu org + S org; 7) dieta com Mo + Cu inorg + S inorg; 8) dieta com Mo + Cu inorg + S org; 9) dieta com Mo + Cu org + S inorg; 10) dieta com Mo + Cu org + S org. De acordo com cada tratamento houve a inclusão de 10mgkg-1 de MS de Cu inorgânico ou orgânico ou 10 mg kg-1 de MS de Mo ou 0,2% de S inorgânico ou orgânico. Os animais receberam dieta única duas vezes ao dia com inclusão de volumoso num total de 3% do peso vivo. O experimento teve duração de 84 dias, com coletas a cada 28 dias para estudo de glicose, ureia, albumina, colesterol, triglicerídeos. Os parâmetros foram analisados com estrutura fatorial 2 x 2 x 2 (com e sem Mo, Cu orgânico e inorgânico e S orgânico e inorgânico) e uma dieta basal e uma basal mais molibdênio, em delineamento inteiramente casualizado, com um nível de significância de 5%. Os teores séricos de glicose, ureia, albumina e colesterol não apresentaram diferença significativa entre tratamentos e tempo, tão pouco foram influenciados (p>0.05) pelos tratamentos, sendo as médias 64,8mg dl-1; 30,0mg dl-1; 2,78mg L-1; 72,2mg dl-1respectivamente, apresentando-se dentro da normalidade. Os teores de triglicerídeos nos tratamentos (28.8; 34.8; 30.8; 36.9; 34.3; 27.0; 31.6; 32.1; 34.6; 31.1mg dl-1) foram influenciados pela interação Cu x S.

Características do sêmen a fresco e descongelado de garanhões da raça Nordestina

RESUMO: Este estudo descreveu as características seminais, da membrana plasmática e do acrossoma de espermatozoide congelado/descongelado de 19 ejaculados de garanhões da raça Nordestina. Os aspectos analisados incluíram os parâmetros físicos do sêmen fresco; a motilidade e a longevidade do sêmen diluído e descongelado; a morfologia espermática, integridade funcional e estrutural da membrana plasmática do espermatozoide e a habilidade de ligação do espermatozoide à membrana perivitelina da gema do ovo de galinha do sêmen descongelado. As variáveis foram avaliadas pela ANOVA com post hoc teste de Student Newman-Keuls (P<0,05). A MT e a MP foram maiores (P<0,05) no sêmen diluído do que no descongelado. A percentagem média de defeitos maiores, menores e totais foi muito inferior ao limite recomendado pelo CBRA. A porcentagem de reativos ao HOST foi de 14,21±1,12% e a porcentagem média de membranas íntegras detectadas pelo teste supravital de 62,22±9,06% e pela sonda SYBR-14 de 81,47±26,90. O número médio de espermatozoides ligados à MPV após a descongelação do sêmen foi de 230,39±57,09. A MT e MP no tempo 0 min do TTR foi superior (P<0,05) em relação a 150 min, não diferindo nos tempos 10 min e 30 min. Os resultados demonstram que a utilização dos testes laboratoriais adicionais ajudam no processo de avaliação das amostras, possibilitando a obtenção de informações mais confiáveis e precisas. Embora a criopreservação tenha provocado queda na motilidade seminal, o uso de diluidor contendo amidas minimizou os danos osmóticos nas células espermáticas e manteve a integridade morfológica, funcional e estrutural da membrana plasmática do espermatozoide. Estes resultados são um referencial em estudos futuros uma vez que, inexistem dados comparativos nesta raça.

Local Web Buckling in Tapered Composite Beams: A Parametric Study

Composite flooring systems supported by tapered (varying web depth) beams are very attractive from an economic point of view. However, the tapered beam sections are fabricated from plate by welding, and are susceptible to imperfection effects. These may interact with the localised compressive stress field that is generated in the web at a slope change in the lower flange to cause local web buckling. A substantial parametric study using a non-linear elasto-plastic finite element program and covering practical ranges of the important parameters including the area of the tension flange, taper slope and web thickness is reported. Moment-rotation relations, peak moments and failure mechanisms have been predicted. The validity of the work is supported by the good correlation obtained between the results of the parametric study and experimental data.

Efeito da profundidade da lâmina de água sobre a incidência de plantas daninhas na cultura do arroz

Este trabalho foi conduzido no campo experimental da UEPAE de Penedo, Alagoas, no ano agrícola 76/77, com o objetivo de estudar os efeitos da profundidade da lamina de água sobre a incidência de plantas daninhas na cultura do arroz. Testaram-se em delineamento experimental de blocos casualizados com parcelas subdivididas, 6 laminas de água (0, 5, 10, 15, 20 e 25 cm) e três cultivares de arroz (SML-5/65, Suvale-1-70 e seleção- 10). As laminas ocuparam as parcelas, e as cultivares as subparcelas. Avaliaram -se a qualidade e a quantidade de plantas daninhas. Verificou-se que a irrigação por inundação contínua estática reduz significativamente a incidência de plantas daninhas, obtendo-se um bom controle quando a lamina foi maior de 10 cm. A principal planta daninha foi uma ciperácea conhecida como «cabeça de fôsforo» (Fimbristylis sp), sendo controlada através de submergência superior a 15 cm. O tipo de planta daninha dominante variou com a profundidade da lamina de água usada. Até 15 cm predominava a ciperácéa, e acima desse nível, plantas aquáticas.

Comportamento germinativo de sementes de leiteiro (Peschiera fuchsiaefolia): efeito da temperatura e luz

O leiteiro é uma planta daninha que ocorre em pastagens, de importância crescente no Brasil e que reproduz-se por sementes. Com o objetivo de conhecer o comportamento germinativo dessa espécie, as sementes foram colocadas para germinar sobre papel, em temperaturas constantes de 15, 20, 25, 30, 35 e 40ºC, sem ou com luz (78 µmol s-1m-2/8h). Para a avaliação dos tratamentos, foram contabilizadas, semanalmente, o número de sementes germinadas (G), considerando-se a protrusão de 1cm de raiz primária, até que cessasse a germinação em todos os tratamentos (63 dias após a semeadura) e, determinou-se o índice de velocidade de germinação (IVG). Após esse período, as sementesforam transferidas para a temperatura de 30ºC com luz (condição favorável detectada na etapa anterior) e realizou-se contagem semanal até que a germinação cessasse novamente, em todos os tratamentos (91 dias após a semeadura), quando foram contabilizadas as sementes mortas (M) e as sementes quiescentes (Q). Os resultados indicaram que as sementes de leiteiro foram indiferentes à luz. A temperatura ótima de germinação para a espécie situou-se entre 25 e 30ºC (G=85%, M=15% e IVG=34). Nas temperaturas extremas de 15ºC (G=0%; Q=78%; M=22%) e 40 ºC (G=0%; Q=0% e M=100%) não houve a germinação das sementes.

Distribuição volumétrica de calda produzidas pelas pontas pulverização XR, TP e TJ sob diferentes condições operacionais

Foram avaliados os perfis de distribuição volumétrica das pontas de pulverização de jato plano "Extended Range" XR 8004, "Teejet" TP 8004 e "TwinJet" TJ60-8004, em mesa de teste construída segundo a norma ISO 5.682-1:1996, sendo as pontas de pulverização posicionadas a 30, 40 e 50 cm de altura da mesa coletora, submetidas à pressão de 200 e 300 kPa, e posicionadas com ângulos de 30 e 45º nos sentidos horário e anti-horário e na posição vertical (0º). As pontas TJ60-8004 foram analisadas nas mesmas alturas, porém somente na posição vertical. Avaliaram-se 10 unidades de cada tipo de ponta, instaladas isoladamente na mesa. A distribuição média do volume pulverizado, coletado nas provetas, foi inserida em programa computacional, que permitiu a simulação do perfil de distribuição de uma barra pulverizadora com 24 bicos, em espaçamentos variáveis, obtendo-se ao final o coeficiente de variação, o desvio-padrão e a média do volume. Os resultados mostraram que a uniformidade de distribuição é menos influenciada pela variação da altura da barra quando o espaçamento entre bicos é reduzido e que há necessidade de adequação do espaçamento quando se utiliza ângulo na barra pulverizadora.

Levantamento do banco de sementes em dois sistemas de manejo de solo irrigados por pivô central

Os objetivos desta pesquisa foram fazer o levantamento da população vegetativa e determinar o número de sementes viáveis e sua distribuição no perfil do solo em área sob dois sistemas de manejo de solo. Para isso, foram realizados no Departamento de Produção Vegetal da ESALQ/USP dois ensaios condicionados a dois tipos de preparo de solo: convencional e pousio. Para análise estatística foram retiradas 28 amostras de cada tipo de solo (convencional e pousio), sendo as médias comparadas pelo teste t a 5% de probabilidade. A identificação da população vegetativa e a quantidade de sementes viáveis e sua distribuição no perfil do solo foram determinadas pela retirada de 20 amostras simples de solo nas profundidades de 0,0-2,5; 2,5-5,0; 5,0-10,0; 10,0-15,0; e 15,0-20,0 cm, sendo acondicionadas em bandejas de alumínio e avaliadas em quatro épocas: aos 15, 30, 60 e 90 dias em casa de vegetação. Na área de pousio ocorreu menor número de espécies e sementes viáveis no solo. As famílias dominantes foram Compositae e Amaranthacea e as sementes concentraram-se nas camadas superficiais do solo (0-2,5 cm). Na área convencional, as famílias dominantes foram Compositae e Cruciferaceae e as sementes viáveis encontraram-se dispersas no perfil do solo.

Seletividade de formulações de glyphosate a Trichogramma pretiosum (Hymenoptera: Trichogrammatidae)

O estudo foi conduzido para avaliar a seletividade de oito formulações de glyphosate (Roundup®, Roundup® WG, Roundup® Transorb, Polaris®, Gliz® 480 CS, Glifosato Nortox®, Glifosato 480 Agripec® e Zapp® Qi) registradas no Brasil sobre o parasitóide de ovos Trichogramma pretiosum (Hym., Trichogrammatidae). Os experimentos consistiram na exposição de adultos do parasitóide a resíduos secos das formulações pulverizadas sobre placas de vidro, na concentração de 14,4 mg L-1 de equivalente ácido de glyphosate. O tratamento controle recebeu água destilada. Ovos do hospedeiro alternativo Anagasta kuehniella (Lep., Pyralidae) foram ofertados para parasitismo. A capacidade de parasitismo por fêmea de T. pretiosum e a redução na capacidade, comparada com o tratamento controle, foram utilizadas para estimar a toxicidade do produto. As formulações foram classificadas em quatro categorias, conforme a redução no parasitismo: inócuo (<30%); levemente nocivo (30-79%); moderadamente nocivo (80-99%); e nocivo (>99%). Os produtos fitossanitários afetaram diferentemente a capacidade de parasitismo de T. pretiosum. A seletividade das formulações de glyphosate foi dependente do tipo de sal. Aquelas à base de sal potássico (Zapp® Qi) e de sal de amônio (Roundup® WG) foram levemente nocivas a adultos do parasitóide. As demais à base de sal isopropilamina (Roundup®, Polaris®, Gliz® 480 CS, Glifosato Nortox®, Glifosato 480 Agripec® e Roundup® Transorb) foram moderadamente nocivas a adultos de T. pretiosum.

Impacto da temperatura, irradiância e profundidade das sementes na emergência e germinação de Conyza bonariensis e Conyza canadensis resistentes ao glyphosate

O uso intenso de glyphosate em sistemas de produção de frutíferas e soja - em especial no sistema de semeadura direta da soja - favoreceu a seleção de biótipos resistentes ao glyphosate em Conyza bonariensis e C. canadensis (buva). Estudos da biologia destas espécies subsidiariam a proposição de estratégias visando o seu manejo integrado. Um programa de pesquisa foi desenvolvido com o objetivo de avaliar como a germinação das duas espécies foi influenciada pelas populações, composição do substrato de semeadura, profundidade da semente no perfil do substrato, temperatura e luz. Num primeiro experimento, os tratamentos foram organizados em esquema fatorial, em que o fator A consistiu das populações (duas de cada espécie), o fator B foi atribuído à composição do substrato (terra, areia e terra:areia) e o fator C foram as profundidades no perfil do substrato (0, 0,5, 1, 2 e 5 cm). No segundo experimento, foram testados o fator A; o fator B, que foi a temperatura (constante de 20, 25 ou 30 ºC, e alternada: 20/30 ºC); e o fator C, a condição luminosa (luz, escuro). No terceiro experimento, os fatores consistiram de espécies e temperatura (10, 15, 20, 25 e 30 ºC). Avaliaram-se a emergência de plântulas ou a germinação de sementes aos 12 dias após a instalação do experimento. De acordo com os resultados, chegou-se às seguintes conclusões: todos os biótipos das duas espécies tiveram emergência semelhante em relação ao perfil do solo; o aumento da profundidade da semente no perfil do solo reduziu a emergência de plântulas; o substrato arenoso favoreceu a germinação de sementes posicionadas a 0,5 e a 1,0 cm de profundidade; as duas espécies são fotoblásticas positivas; a temperatura ótima para germinação das espécies foi de 20 ºC, mas C. canadensis apresentou germinação melhor em temperaturas inferiores à ótima e C. bonariensis germinou melhor em temperaturas superiores a esta.

Controle de capim-annoni-2 (Eragrostis plana) com herbicidas pré-emergentes em associação com diferentes métodos de manejo do campo nativo

A planta daninha capim-annoni-2 (Eragrostis plana) é um dos principais limitantes ao desenvolvimento da pecuária extensiva no Sul do Brasil. Vários fatores dificultam o controle dessa espécie em condições de pastagem natural. O objetivo deste trabalho foi avaliar o controle de capim-annoni-2 por meio de herbicidas aplicados em pré-emergência que possam apresentar seletividade de posição no solo à pastagem nativa. Dois experimentos foram realizados neste estudo. O primeiro foi conduzido em casa de vegetação, onde sementes de capim-annoni-2 foram semeadas em vasos. O delineamento utilizado foi o completamente casualizado com seis repetições. Os herbicidas avaliados foram alachlor, ametryne, ametryne + tebuthiuron, atrazine, clomazone, diuron, flumioxazin, imazaquin, mesotrione, metribuzin, oxadiazon, S-metolachlor, sulfentrazone, terbuthylazine e trifluralin. Todos os produtos controlaram satisfatoriamente o capim-annoni-2. O segundo experimento foi conduzido em campo nativo com alta infestação de capim-annoni-2, em delineamento de blocos completamente casualizados, em esquema de parcelas subsubdivididas. Nas parcelas principais foram alocados os tratamentos de manejo da vegetação em antecedência a aplicação dos herbicidas: fogo técnico e roçada em altura alta e baixa; nas subparcelas, as doses dos herbicidas: 75 e 100% da dose de rótulo; e, nas subsubparcelas, os herbicidas atrazine, flumioxazin, mesotrione, S-metolachlor, sulfentrazone, trifluralin e testemunha não tratada. Nenhum dos herbicidas testados controlou efetivamente o capim-annoni-2 em campo, provavelmente devido à grande presença de plantas perenizadas. No entanto, os efeitos dos herbicidas foram mais pronunciados quando associados a fogo técnico e roçada baixa.

Arroz-vermelho (Oryza sativa) resistente aos herbicidas imidazolinonas

O desenvolvimento de genótipos comerciais de arroz resistentes a herbicidas do grupo químico das imidazolinonas proporcionou uma ferramenta eficaz para o controle seletivo do arroz-vermelho (Oryza sativa) em cultivo de arroz irrigado. Contudo, o uso contínuo dessa tecnologia pode favorecer o desenvolvimento de populações de arroz-vermelho resistentes aos herbicidas utilizados para o seu controle. Objetivou-se com este trabalho avaliar a ocorrência de populações de arroz-vermelho resistentes aos herbicidas imidazolinonas, por meio de curvas de dose-resposta, através do fator de resistência (FR). Populações de arroz-vermelho não controladas (escapes) advindas de lavouras de arroz cultivado no sistema Clearfield® no Estado do Rio Grande do Sul foram avaliadas em casa de vegetação na sua sensibilidade ao herbicida Only (imazethapyr + imazapic - 75 + 25 g L-1). O resultado de resposta às doses do herbicida confirma a resistência em 56% das populações de arroz-vermelho, as quais podem ser agrupadas em baixo (FR = 5,2) e alto (FR = 11,6) níveis de resistência às imidazolinonas.