Candida parapsilosis complex water isolates from a haemodialysis unit: biofilm production and in vitro evaluation of the use of clinical antifungals

Candida parapsilosis, currently divided into three distinct species, proliferates in glucose-rich solutions and has been associated with infections resulting from the use of medical devices made of plastic, an environment common in dialysis centres. The aims of this study were (i) to screen for Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis (100 environmental isolates previously identified as C. parapsilosis), (ii) to test the ability of these isolates to form biofilm and (iii) to investigate the in vitro susceptibility of Candida spp biofilms to the antifungal agents, fluconazole (FLC) and amphotericin B (AMB). Isolates were obtained from a hydraulic circuit collected from a haemodialysis unit. Based on molecular criteria, 47 strains were re-identified as C. orthopsilosis and 53 as C. parapsilosis. Analyses using a formazan salt reduction assay and total viable count, together with microscopy studies, revealed that 72 strains were able to form biofilm that was structurally similar, but with minor differences in morphology. A microtitre-based colorimetric assay used to test the susceptibility of fungal biofilms to AMB and FLC demonstrated that the C. parapsilosis complex displayed an increased resistance to these antifungal agents. The results from these analyses may provide a basis for implementing quality controls and monitoring to ensure the microbiological purity of dialysis water, including the presence of yeast.

A comparative study of fat body morphology in five mosquito species

The insect fat body plays major roles in the intermediary metabolism, in the storage and transport of haemolymph compounds and in the innate immunity. Here, the overall structure of the fat body of five species of mosquitoes (Aedes albopictus, Aedes fluviatilis, Culex quinquefasciatus, Anopheles aquasalis and Anopheles darlingi) was compared through light, scanning and transmission electron microscopy. Generally for mosquitoes, the fat body consists of lobes projecting into the haemocoel and is formed by great cell masses consisting of trophocytes and oenocytes. Trophocytes are rich in lipid droplets and protein granules. Interestingly, brown pigment granules, likely ommochromes, were found exclusively in the trophocytes located within the thorax and near the dorsal integument of Anopheles, which is suggestive of the role these cells play in detoxification via ommochrome storage. This study provides a detailed comparative analysis of the fat body in five different mosquito species and represents a significant contribution towards the understanding of the structural-functional relationships associated with this organ.

Elimination of Rhodnius prolixus in El Salvador, Central America

Epidemiological studies performed in El Salvador between 1955-1972 demonstrated a high frequency of two triatomine vectors (Triatoma dimidiata and Rhodnius prolixus). However, the frequency of R. prolixus decreased by 1976 and this species has not been found since 1995. The main factors influencing the elimination of R. prolixus in El Salvador are discussed in this paper.

Acute Chagas disease in El Salvador 2000-2012 - Need for surveillance and control

Several parasitological studies carried out in El Salvador between 2000-2012 showed a higher frequency of acute cases of Chagas disease than that in other Central American countries. There is an urgent need for improved Chagas disease surveillance and vector control programs in the provinces where acute Chagas disease occurs and throughout El Salvador as a whole.

An in-house real-time polymerase chain reaction: standardisation and comparison with the Cobas Amplicor HBV monitor and Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV tests for the quantification of hepatitis B virus DNA

This study aimed to standardise an in-house real-time polymerase chain reaction (rtPCR) to allow quantification of hepatitis B virus (HBV) DNA in serum or plasma samples, and to compare this method with two commercial assays, the Cobas Amplicor HBV monitor and the Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV test. Samples from 397 patients from the state of São Paulo were analysed by all three methods. Fifty-two samples were from patients who were human immunodeficiency virus and hepatitis C virus positive, but HBV negative. Genotypes were characterised, and the viral load was measure in each sample. The in-house rtPCR showed an excellent success rate compared with commercial tests; inter-assay and intra-assay coefficients correlated with commercial tests (r = 0.96 and r = 0.913, p < 0.001) and the in-house test showed no genotype-dependent differences in detection and quantification rates. The in-house assay tested in this study could be used for screening and quantifying HBV DNA in order to monitor patients during therapy.

Uso da krigagem indicatriz na avaliação de indicadores de fertilidade do solo

Este trabalho teve como objetivo identificar zonas diferenciadas de manejo por meio de indicadores de fertilidade em Latossolos cultivados com cana-de-açúcar, utilizando-se a técnica de krigagem indicatriz, com vistas em buscar um aprimoramento na utilização de técnicas de agricultura de precisão. O estudo foi realizado em uma área de 90 ha pertencente a uma área maior de 1.900 ha, localizada em Jaboticabal, Estado de São Paulo, Brasil (21 ° 15 ' S e 48 ° 18 ' W). Na área experimental, foi estabelecida uma malha de amostragem regular de 50 m, com 420 pontos. Em cada ponto, coletou-se uma amostra de solo, na qual foram determinados os teores de matéria orgânica, P, K disponíveis e o valor de V. Os dados obtidos para estas características do solo, assim como as combinações entre elas, foram codificados em valores indicadores 0 ou 1, conforme as variáveis apresentassem valores acima ou abaixo do valor de corte estabelecido, escolhido para cada variável, respectivamente. Os resultados propiciaram a confecção de mapas de probabilidade de cada variável (individual e combinada), o que possibilitou identificar regiões com diferentes níveis de fertilidade do solo na área experimental.

Adição de areia para dispersão de solos na análise granulométrica

A acurácia da análise granulométrica depende da obtenção de suspensões de solo completamente dispersas e estáveis para possibilitar a separação das suas frações granulométricas. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a eficácia da adição de quantidades e tamanhos de grãos de areia na fase de dispersão da análise granulométrica de solos, visando à maior acurácia na obtenção dos resultados da análise granulométrica. Os solos utilizados foram: Latossolo Vermelho eutroférrico (LVef), LatossoloVermelho acriférrico (LVwf), Latossolo Vermelho eutrófico (LVe), Argissolo Vermelho-Amarelo eutrófico (PVAe) e Nitossolo Vermelho eutroférrico (NVef). A dispersão das amostras dos solos foi realizada por meio da adição de hidróxido de sódio e agitação rotativa (60 rpm) por 16 h. O delineamento experimental adotado foi o inteiramente casualizado, com esquema fatorial 6 x 2, com três repetições. Os tratamentos foram constituídos por seis quantidades (0, 5, 10, 15, 20 e 25 g) e dois diâmetros (2,0-1,0 e 1,0-0,5 mm) de areia, adicionados na fase de dispersão da análise granulométrica dos solos. De acordo com as equações ajustadas, a adição de areia com diâmetro entre 1,0 e 0,5 mm nas quantidades de 21,4 g para LVef, 19,6 g para LVwf e 25,8 g para NVef proporciona, respectivamente para esses solos, aumentos de 50, 38 e 14,5 % nos teores de argila. No LVe e no PVAe não se justifica a adição de areia na análise granulométrica, pois esses solos não apresentaram problemas de dispersão. Os resultados demonstram que a adição de 25 g de areia, com diâmetro entre 1,0 e 0,5 mm, na fase de dispersão da análise granulométrica de solos argilosos com altos teores de óxidos de Fe e com dificuldades de dispersão, é eficiente para promover efetiva dispersão das partículas primárias do solo.

Crop sequences in no-tillage system: effects on soil fertility and soybean, maize and rice yield

Decomposing crop residues in no-tillage system can alter soil chemical properties, which may consequently influence the productivity of succession crops. The objective of this study was to evaluate soil chemical properties and soybean, maize and rice yield, grown in the summer, after winter crops in a no-tillage system. The experiment was carried out in Jaboticabal, SP, Brazil (21 ° 15 ' 22 '' S; 48 ° 18 ' 58 '' W) on a Red Latosol (Oxisol), in a completely randomized block design, in strip plots with three replications. The treatments consisted of four summer crop sequences (maize monocrop, soybean monocrop, soybean/maize rotation and rice/bean/cotton rotation) combined with seven winter crops (maize, sunflower, oilseed radish, pearl millet, pigeon pea, grain sorghum and sunn hemp). The experiment began in September 2002. After the winter crops in the 2005/2006 growing season and before the sowing of summer crops in the 2006/2007 season, soil samples were collected in the layers 0-2.5; 2.5-5.0; 5-10; 10-20; and 20-30 cm. Organic matter, pH, P, K+, Ca2+, Mg2+, and H + Al were determined in each soil sample. In the summer soybean/maize rotation and in maize the organic matter contents and P levels were lower, in the layers 0-10 cm and 0-20 cm, respectively. Summer rice/bean/cotton rotation increased soil K levels at 0-10 cm depth when sunn hemp and oilseed radish had previously been grown in the winter, and in the 0-2.5 cm layer for millet. Sunn hemp, millet, oilseed radish and sorghum grown in the winter increased organic matter contents in the soil down to 30 cm. Higher P levels were found at the depths 0-2.5 cm and 0-5 cm, respectively, when sunn hemp and oilseed radish were grown in the winter. Highest grain yields for soybean in monoculture were obtained in succession to winter oilseed radish and sunn hemp and in rotation with maize, after oilseed radish, sunn hemp and millet. Maize yields were highest in succession to winter oilseed radish, millet and pigeon pea. Rice yields were lowest when grown after sorghum.

Número mínimo de tensões para determinação da curva característica de retenção de água de um latossolo vermelho eutrófico sob sistema de semeadura direta

Para o conhecimento do comportamento físico-hídrico do solo, é fundamental a determinação da curva de retenção de água (CRA). A aquisição de dados para obtenção da CRA envolve processos demorados e custos elevados. A hipótese deste estudo foi a de que é possível determinar a CRA com menor número de tensões, reduzindo seu tempo de obtenção, sem, contudo, comprometer a acurácia dos resultados. Assim, o objetivo deste trabalho foi determinar quais tensões podem ser utilizadas para determinação da CRA de Latossolo Vermelho eutrófico de maneira acurada e em menor tempo. Foram determinados os conteúdos de água retidos em amostras de um Latossolo Vermelho eutrófico sob sistema de semeadura direta (SSD). As tensões utilizadas na determinação dos conteúdos de água foram: 0, 10, 20, 40, 60, 80, 100, 200, 300, 500, 700, 1.000, 3.000, 5.000 e 15.000 hPa. Os dados foram combinados e determinaram-se 450 CRAs ajustadas pelo modelo de van Genuchten. Os parâmetros α, m, n e Ug res, gerados pelo modelo, foram submetidos à análise de variância (teste F) e as médias comparadas pelo teste de Scott-Knott (p = 0,05). A hipótese deste estudo foi confirmada, ou seja, é possível determinar a CRA com menor número de tensões, reduzindo seu tempo de obtenção em até cinco vezes, sem, contudo, comprometer a acurácia dos resultados. A tensão de 15.000 hPa deve estar contida na combinação de tensões a serem utilizadas para determinação da curva característica de retenção de água, quando se emprega o modelo matemático de van Genuchten para ajuste dos dados. As curvas características de retenção de água do solo, definidas com as combinações de tensões (0, 60, 700 e 15.000 hPa), (0, 80, 700 e 15.000 hPa), (0, 100, 1.000 e 15.000 hPa), (0, 20, 60, 100, 700 e 15.000 hPa), (0, 80, 300, 700 e 15.000 hPa) e (0, 100, 300, 1.000 e 15.000 hPa), sendo os dados ajustados ao modelo de van Genuchten, proporcionaram estimativas dos conteúdos de água, retidos no Latossolo Vermelho eutrófico sob sistema de semeadura direta, com a mesma acurácia, quando comparada à curva de referência partindo-se de um conjunto de 15 valores de tensões.

Influence of liming on residual soil respiration and chemical properties in a tropical no-tillage system

Because of the climate changes occurring across the planet, especially global warming, the different forms of agricultural soil use have attracted researchers´ attention. Changes in soil management may influence soil respiration and, consequently, C sequestration. The objectives of this study were to evaluate the long-term influence of liming on soil respiration and correlate it with soil chemical properties after two years of liming in a no-tillage system. A randomized complete block design was used with six replications. The experimental treatments consisted of four lime rates and a control treatment without lime. Two years after liming, soil CO2 emission was measured and the soil sampled (layers 0-5, 5-10, 10-20, and 20-30 cm). The P, Ca2+ e Mg2+ soil contents and pH and base saturation were determined. CO2 emission from soil limed at the recommended rate was 24.1 % higher, and at twice the recommended rate, 47.4 % higher than from unlimed soil. Liming improved the chemical properties, and the linear increase in soil respiration rate correlated positively with the P, Ca2+ and Mg2+ soil contents, pH and base saturation, and negatively with H + Al and Al3+ contents. The correlation coefficient between soil respiration rate and chemical properties was highest in the 10-20 cm layer.

Soil uses in the sugarcane fallow period to improve chemical and physical properties of two latosols (oxisols)

Sugarcane production should be integrated with crop diversification with a view to competitive and sustainable results in economic, social and environmental aspects. The purpose of this study was to assess the influence of different soil uses during the sugarcane fallow period on the chemical and physical properties of eutroferric Red Latosol - LVef (Oxisol) and Acric Latosol - LVw (Acric Oxisol), in Jaboticabal, São Paulo State, Brazil (21º14'05'' S, 48º17'09'' W, 600 m asl). A randomized block design was used with five replications and four treatments, consisting of different soil uses (crops) in the sugarcane fallow period: soybean only, soybean/fallow/soybean, soybean/millet/soybean, and soybean/sunn hemp/soybean. After two soybean crops, the LVef chemical properties remained at intermediate to high levels; while those of the LVw, classified as intermediate to high in the beginning, increased to high levels. Thus, the different soil uses during the sugarcane fallow period allowed the maintenance of LVef fertility levels and the improvement of those of the LVw. Two soybean crops increased macroporosity in the 0.0-0.1 m layer of the LVef; reduced soil aggregates in the 0.0-0.1 and 0.1-0.2 m layers of both soils, and reduced aggregate stability in these two layers of the LVw. Planting pearl millet or sunn hemp between the two soybean growing seasons promoted the formation of larger soil aggregates in the surface layer (0.0-0.1 m) of the LVw.

Spatial relationships between soil attributes and corn yield in no-tillage system

Soil properties play an important role in spatial variability of crop yield. However, a low spatial correlation has generally been observed between maps of crop yield and of soil properties. The objectives of the present investigation were to assess the spatial pattern variability of soil properties and of corn yield at the same sampling intensity, and evaluate its cause-and-effect relationships. The experimental site was structured in a grid of 100 referenced points, spaced at 10 m intervals along four parallel 250 m long rows spaced 4.5 m apart. Thus, points formed a rectangle containing four columns and 25 rows. Therefore, each sampling cell encompassed an area of 45 m² and consisted of five 10 m long crop rows, in which the referenced points represented the center. Samples were taken from the layers 0-0.1 m and 0.1-0.2 m. Soil physical and chemical properties were evaluated. Statistical analyses consisted of data description and geostatistics. The spatial dependence of corn yield and soil properties was confirmed. The hypothesis of this study was confirmed, i.e., when sampling the soil to determine the values of soil characteristics at similar to sampling intensity as for crop yield assessments, correlations between the spatial distribution of soil characteristics and crop yield were observed. The spatial distribution pattern of soil properties explained 65 % of the spatial distribution pattern of corn yield. The spatial distribution pattern of clay content and percentage of soil base saturation explained most of the spatial distribution pattern of corn yield.

Sequências de culturas em sistema de semeadura direta: I - produção de matéria seca e acúmulo de nutrientes

Em sistema de semeadura direta, os resíduos das culturas de entressafra são utilizados com as finalidades de proteger a superfície do solo dos agentes erosivos e de promover a ciclagem de nutrientes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a produção de matéria seca e o acúmulo de nutrientes nos resíduos vegetais provenientes de diferentes sequências de culturas em semeadura direta. O experimento foi conduzido em Jaboticabal-SP (48° 18' W e 21° 15' S), em um Latossolo Vermelho eutrófico. O delineamento experimental foi em faixas, com três repetições. Os tratamentos foram constituídos pela combinação de três sequências de culturas de verão (rotação soja-milho e monoculturas de milho e de soja) com sete culturas de entressafra (milho, sorgo, girassol, crotalária, guandu, nabo forrageiro e milheto). O experimento iniciou-se em 2002, e o presente estudo refere-se aos anos agrícolas 2007/2008 e 2008/2009. Avaliaram-se as quantidades de matéria seca e o acúmulo de nutrientes pelas culturas. As culturas com colheita de grãos na entressafra (milho, sorgo e girassol) produziram resíduos com menor quantidade de nutrientes acumulados e em menor quantidade de matéria seca, quando comparadas às culturas com trituração no florescimento (crotalária, guandu, nabo forrageiro e milheto). Milheto e crotalária apresentaram as maiores produções de matéria seca e os maiores acúmulos de nutrientes. O milheto mostrou os maiores acúmulos de K e Mg, e a crotalária, maiores acúmulos de N e P. As gramíneas cultivadas na entressafra apresentaram maior desenvolvimento quando em sucessão ao cultivo de soja no verão anterior, com maior produção de matéria seca de milheto e, também, maior produtividade de grãos de milho e sorgo.

Sequências de culturas em sistema de semeadura direta: II - decomposição e liberação de nutrientes na entressafra

Os nutrientes acumulados nos resíduos das culturas, ao serem liberados no processo de decomposição, retornam ao solo e podem ficar disponíveis às culturas em sucessão. O objetivo deste trabalho foi avaliar a decomposição e liberação de nutrientes de resíduos vegetais de espécies utilizadas na entressafra em diferentes sequências de culturas em sistema de semeadura direta. O experimento foi conduzido em Jaboticabal-SP (48° 18' W e 21° 15' S), em um Latossolo Vermelho eutrófico. O delineamento experimental foi em faixas, com três repetições. Os tratamentos constituíram da combinação de três sequências de culturas de verão (rotação soja-milho e monoculturas de milho e de soja) com sete culturas de entressafra (milho, sorgo, girassol, crotalária, guandu, nabo forrageiro e milheto). O experimento foi iniciado em 2002, e o presente estudo refere-se aos anos agrícolas 2007/2008 e 2008/2009. Avaliaram-se a decomposição e a liberação de nutrientes utilizando sacolas de decomposição, com coletas aos 15, 30, 60, 120 e 180 dias após a trituração das culturas. A cobertura do solo foi avaliada após a trituração das culturas e ao final do ano agrícola. Os resíduos de crotalária, milho, sorgo, girassol apresentaram menores taxas de decomposição. Crotalária, guandu, nabo forrageiro e milheto proporcionaram resíduos que liberaram maior quantidade de nutrientes quando comparados ao milho, sorgo e girassol. Crotalária e milheto destacaram-se como as culturas mais adequadas para cultivo na entressafra, em especial a crotalária, devido à baixa taxa de decomposição e à elevada quantidade de nutrientes liberados na decomposição, e o milheto, em razão da elevada quantidade de nutrientes remanescentes nos resíduos no final do ano agrícola. Sequências de culturas que envolveram cultivo de girassol na entressafra proporcionaram menor cobertura do solo pelos resíduos vegetais.

Atributos bioquímicos e químicos do solo rizosférico e não rizosférico de culturas em rotação no sistema de semeadura direta

Sistemas autossustentáveis favorecem as populações microbianas devido à conservação e ao aumento da matéria orgânica no solo. Além disso, as plantas que fazem parte desses sistemas promovem o efeito rizosférico, por meio da zona de influência das raízes, que resulta no aumento da atividade e na modificação da população microbiana. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da rotação de culturas de inverno sobre sequências de verão, em sistema de semeadura direta, nos atributos bioquímicos (amilase, urease, celulase e protease) e químicos (carbono orgânico total - COT, carboidratos totais e proteínas totais) em solo rizosférico (SR) e não rizosférico (SNR). Este estudo foi constituído de três culturas de inverno: milho (Zea mays L.), girassol (Helianthus anuus L.) e guandu (Cajanus cajan (L.) Millsp), que estavam em rotação sobre três sequências de verão: soja/soja (Glycine max L.), milho/milho e soja/milho, e duas posições no solo: solo aderido às raízes das plantas (SR) e solo da entrelinha de plantio (SNR). As atividades da amilase, celulase, protease e urease no SR foram 16, 85, 62 e 100 % maiores do que no SNR; para COT e proteínas totais a diferença foi de 21 %. Das culturas de inverno, o milho foi a que mais estimulou as atividades das enzimas amilase, celulase, urease e protease no SR, bem como a atividade das enzimas amilase, urease e protease no SNR. De modo geral, os teores de proteínas totais não foram influenciados pelas culturas de inverno e pelas sequências de verão; os carboidratos totais foram influenciados pelas culturas de inverno milho e girassol. Para o COT houve influência apenas da sequência de verão milho/milho. Os atributos bioquímicos e químicos avaliados neste estudo podem ser utilizados como indicadores das alterações no solo promovidas pelas culturas de inverno e pelas sequências de verão.