Variability of the 3' terminal of the polymerase gene of Grapevine leafroll-associated virus 3 isolates from Vale do São Francisco, Brazil

Many viral diseases, including leafroll, which is of great economic importance, affect grapevines (Vitis spp.). A complex of eight viruses [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 to 8] is associated with this disease. The objective of this study was to compare the variability of the 3' terminal region of the polymerase gene of three isolates of GLRaV-3 (Grapevine leafroll-associated virus-3), from Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina-PE) with that of other isolates available at the GenBank, including an isolate from North America and another from Southern Brazil. The viral RNA was extracted from three infected ELISA reactive plants and a fragment of 340 bp was amplified, by RT-PCR, using primers that recognize that portion of the polymerase gene found between nucleotides 8267 and 8606. The three isolates from Vale do Rio São Francisco named Pet-1, Pet-2 and Pet-3, showed similarities ranging from 98% and 94%, respectively to the isolates from North America (AF037268) and Southern Brazilian (AF438411). Considering the whole genome, the main variation found was one amino acid change at position 2766 (F2766Y). These preliminary data indicate the existence of a natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines. This could be due to the vegetative propagation and long cycle of the plant, associated with the error-prone nature of RNA-dependent RNA polymerase.

Avaliação da qualidade das águas do Rio São Francisco Falso, tributário do reservatório de Itaipu, Paraná

uma avaliação do impacto das espécies do nitrogênio e do fósforo foi conduzida nas águas do Rio São Francisco Falso, afluente do Reservatório de Itaipu. Os resultados de quatro campanhas revelam que o estado trófico destas águas oscila de oligotróficas a mesotróficos, sendo que o ultimo estado foi observado em campanhas sobre influência de chuvas. Das espécies do nitrogênio, o NO2 apresentou valores acima dos recomendados pela agência ambiental canadense, representando um risco à vida aquática. Em comparação ao Rio Ocoí, outro afluente do Reservatório de Itaipu, as águas do Rio São Francisco Falso apresentam melhor qualidade.

Riparian vegetation affected by bank erosion in the Lower São Francisco River, Northeastern Brazil

Changes in the hydrological regime of the Lower São Francisco River, located in Northeastern Brazil have brought negative environmental impacts, jeopardizing the flora and fauna of a global biodiversity hotspot, due to implementation of hydroelectric power dams and surface water withdrawal for irrigation in public and private perimeters. Remnants of the riparian stratum associated to the riverbank destabilization in six fragments were studied by surveying trees, shrubs, herbs, and aquatic species. The calculation of the Factor of Safety (FS) was performed in order to understand the riverbank's stability related to soil texture and vegetation cover. An overall number of 51 botanic families distributed in 71 genera and 79 species were recorded, predominantly from the families Mimosaceae, Myrtaceae, and Fabaceae. The fragmented riparian vegetation is mostly covered by secondary species under a strong anthropogenic impact such as deforestation, mining and irrigation, with an advanced erosion process in the river margins. Strong species that withstand the waves present in the river flow are needed to reduce the constant landslides that are mainly responsible for the river sedimentation and loss of productive lands. A lack of preservation attitude among the local landholders was identified, and constitutes a continuing threat to the riparian ecosystem biodiversity.

Diversidade genética de Enterolobium contortisiliquum (Vell.) Morong. no Baixo Rio São Francisco, por meio de marcadores RAPD

Enterolobium contortisiliquum Vell. Morong (Leguminosae-Mimosoideae) é uma espécie muito utilizada em programas de recuperação de matas ciliares no Baixo Rio São Francisco, devido ao seu rápido crescimento inicial. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar, por meio de marcadores moleculares RAPD, a diversidade genética de oito indivíduos de uma população remanescente dessa espécie, visando contribuir para a definição de estratégias de coleta de sementes. Os indivíduos estão situados em uma área de 100 ha de mata ciliar do Baixo Rio São Francisco. Para a extração do DNA, pelo método CTAB 2%, foram utilizadas folhas tenras dos indivíduos. Testaram-se 20 oligonucleotídios de 10 bases de seqüência arbitrária, cujos produtos foram separados em gel de agarose 0,8%, submetidos à eletroforese horizontal, corados com brometo-de-etídio e visualizados em luz ultravioleta. A similaridade genética entre os indivíduos foi calculada pelo Coeficiente de Similaridade de Jaccard e a construção do dendrograma, realizada utilizando-se o método UPGMA. O valor médio de diversidade genética entre as matrizes foi de 49%, variando de 33 a 85%. Os indivíduos 6 e 7 apresentaram relativa proximidade genética (67%), não sendo indicado o plantio de suas mudas ou semeadura direta para recuperação de área ciliar em locais muito próximos. A partir dos resultados observados, podem-se desenvolver estratégias para a coleta de sementes e produção de mudas, auxiliando, assim, programas de restauração ambiental.

Propagation through cutting technique of species ocurring in the Lower São Francisco River in Sergipe State with different concentrations of indolbutiric acid

The objective of this work was to evaluate the feasibility of vegetative propagation through cutting technique of seven tree species with strong occurrence in the riparian forest of the Lower São Francisco River in Sergipe State, under different concentrations of indolbutiric acid at 0, 2500, and 5000 mg.L-1, for potentialization of its use in soil bioengineering technique. It was used a complete random block design with three replicates, and a total of twenty-one treatments. The evaluation period was 120 days for each species, and the data collection was made in intervals of fifteen days, in a total of eight evaluations for each species. The evaluated parameters were: Survival Rate, callus formation, and Root Dry matter Weight. Among the studied species, Schinus terebinthifolius Raddi presented the best results related to cutting technique mainly under the indolbutiric acid concentration of 2500 mg.L-1.

Variabilidade genética de Genipa americana L. pertencente ao baixo curso do rio São Francisco

A utilização de marcadores genéticos em estudos de caracterização de ecossistemas florestais permite avanços no entendimento genético das populações naturais, bem como auxilia na definição de estratégias de recuperação ou restauração florestal. Este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a diversidade genética entre 18 indivíduos de Jenipapo (Genipa americana L.) procedentes da região do Baixo São Francisco sergipano por meio de marcadores RAPD. Para a amplificação do material genético foram utilizados 12 oligonucleotídeos para análise da diversidade. Pelo índice de Jaccard, a similaridade genética média (Sgm) entre os indivíduos foi de 60,4% sendo que, a maior obtida foi identificada entre os indivíduos G11 e G12 (83,6%±0,03) e a menor entre os indivíduos G4 e G18 (36,5%, ±0,02). Com base na Sgm (78,4%), sete pares indivíduos foram considerados geneticamente semelhantes. A partir destas análises, os indivíduos podem ser utilizados como matrizes fornecedoras de sementes em combinação com outros indivíduos em programas de restauração de áreas degradadas, porém devem compor áreas distantes.

Produção de frutos e características morfofisiológicas de Schinus terebinthifolius Raddi., na região do baixo São Francisco, Brasil

Espécies florestais com potencial econômico, como é o caso da aroeira (Schinus terebinthifolius Raddi.), requerem a seleção de indivíduos com características superiores para uso em projetos de restauração florestal e para o estabelecimento de plantios comerciais. Estas plantações podem contribuir para a sustentabilidade de populações naturais de espécies nos fragmentos florestais remanescentes, em áreas de preservação permanente, reservas legais ou outras áreas de importância ecológica. Foi avaliada a produção de frutos, morfometria e viabilidade de sementes de 15 indivíduos de aroeira, em diferentes fragmentos, na região do Baixo São Francisco sergipano. A produção de frutos foi estimada pelo índice de intensidade de Fournier e as características morfométricas foram obtidas com paquímetro e balança analítica digital. A viabilidade e o vigor foram avaliados por meio da porcentagem de germinação e índice de velocidade de germinação (IVG), sob condições controladas. Os resultados da produção de frutos foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo teste de Tukey (p <0,05). Para as demais variáveis foi utilizado o teste de Scott-Knott (p <0,05). Os indivíduos diferiram em índices de Fournier (índices 1, 2, 3 e 4) e no tamanho de frutos e sementes. A germinação variou de 0 a 83% e o IVG de 0,00 a 0,98. As diferenças fenotípicas observadas entre os indivíduos para a produção de frutos e características morfofisiológicas podem ser exploradas em restauração florestal e estabelecimento de testes de procedências/progênies, visando à discriminação de material superior para futuros plantios comerciais.

Diversidade genética entre indivíduos de Spondias lutea L. procedentes do baixo são francisco sergipano, por meio de marcadores rapd

A recuperação de matas ciliares com mudas que apresentam o máximo de diversidade genética possível é de suma importância para a conservação das espécies. Assim, este estudo foi realizado com o objetivo de caracterizar geneticamente, por meio de marcadores RAPD, indivíduos de Spondias lutea L. (cajá), com a finalidade de elaborar estratégias de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar. O estudo foi realizado em uma área de mata ciliar no Baixo São Francisco sergipano, onde foi coletado material foliar de 17 indivíduos para a análise de RAPD. A extração de DNA foi realizada por meio de tampão CTAB 2%, e para a geração de polimorfismo foram empregados 17 oligonucleotídios. A matriz binária construída com presença (1) e ausência de bandas (0) foi usada para o cálculo da estimativa de similaridade genética e, a partir desta, foi feita a representação simplificada das similaridades, pelo método de agrupamento UPGMA, e a estabilidade dos agrupamentos foi testada pela análise "bootstrap". Para visualização da divergência entre os indivíduos, realizou-se o agrupamento dos indivíduos pelo método de Tocher. A matriz de distância genética foi comparada com a matriz de distância geográfica pelo teste de Mantel, com a finalidade de verificar se há correlação entre as mesmas. A similaridade genética média entre os indivíduos foi de 46,8%, e a amplitude das similaridades variou de 21 a 78%. Não houve associação entre as distâncias genéticas e geográficas (r = 0,08). Com o método de agrupamento de Tocher, houve a formação de cinco grupos e o valor mínimo de similaridade calculado, acima do qual os indivíduos são considerados geneticamente iguais, foi igual a 91%. Assim, os indivíduos analisados são considerados divergentes e podem ser utilizados como matrizes porta-sementes em programas de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar.

Variação espacial e temporal dos fatores limnológicos em riachos da microbacia do rio São Francisco Verdadeiro

Com objetivo de caracterizar espacial e temporalmente os riachos da microbacia do rio São Francisco Verdadeiro, Marechal Cândido Rondon - PR, em função de fatores limnológicos, foram estabelecidas seis estações de coleta em três riachos (Curvado, Ajuricaba e Arroio Fundo), sendo uma estação na foz e outra na nascente. As coletas de água foram obtidas entre junho de 2005 e maio de 2006, totalizando 72 amostras. Foram analisadas as seguintes variáveis: temperatura, pH, condutividade elétrica, oxigênio dissolvido, turbidez, material em suspensão, fósforo total dissolvido, ortofosfato, nitrogênio total e nitrogênio amoniacal. De acordo com a análise de variância, houve baixa variabilidade entre as estações de coleta, porém a variação temporal demonstrou a influência do ciclo hidrológico. A análise de componentes principais (ACP) discriminou o sistema com base nos maiores valores registrados para as variáveis limnológicas, ficando separados os períodos influenciados pelas secas e pelas chuvas. A maior parte das variáveis está associada com o período de chuvas, no entanto há concentrações esporádicas de nutrientes na seca e menores valores de oxigênio dissolvido, demonstrando a dificuldade de diluição nesse período, causada pela diminuição da chuva e, consequentemente, do volume de água dos riachos.

Water transfer from São Francisco river to semiarid northeast of Brazil: technical data, environmental impacts, survey of opinion about the amount to be transferred

The transposition of the São Francisco River is considered one of the greatest engineering works in Brazil of all time since it will cross an extensive agricultural region of continental dimensions, involving environmental impacts, water, soil, irrigation, water payment and other multidisciplinary themes. Taking into account its importance, this subject was incorporated into a discipline of UFSCar (Federal University of São Carlos - Brazil) named "Pollution and Environmental Impacts". It was noted strong reaction against the project, even before the presentation. To allow a critical analysis, the first objective was to compile the main technical data and environmental impacts. The second objective was to detect the three most important aspects that cause reaction, concluding for the following reasons: assumption that the volume of water to be transferred was much greater than it actually is proposed in the project; lack of knowledge about similar project already done in Brazil; the idea that the artificial canal to be built was much broader than that proposed by the project. The participants' opinion about "volume to be transferred" was raised quantitatively four times: 2-undergraduate students; 1-graduate; 1-outside community. The average resulted 14 times larger than that proposed in the project, significant according to t-test. It was concluded that the reaction to water transfer project is due in part to the ignorance combined with a preconceived idea that tend to overestimate the magnitude of environmental impacts.

Mathematical modeling applied to the growth of tilapia in net cages in the sub middle of the São Francisco river

This study aimed to apply mathematical models to the growth of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) reared in net cages in the lower São Francisco basin and choose the model(s) that best represents the conditions of rearing for the region. Nonlinear models of Brody, Bertalanffy, Logistic, Gompertz, and Richards were tested. The models were adjusted to the series of weight for age according to the methods of Gauss, Newton, Gradiente and Marquardt. It was used the procedure "NLIN" of the System SAS® (2003) to obtain estimates of the parameters from the available data. The best adjustment of the data were performed by the Bertalanffy, Gompertz and Logistic models which are equivalent to explain the growth of the animals up to 270 days of rearing. From the commercial point of view, it is recommended that commercialization of tilapia from at least 600 g, which is estimated in the Bertalanffy, Gompertz and Logistic models for creating over 183, 181 and 184 days, and up to 1 Kg of mass , it is suggested the suspension of the rearing up to 244, 244 and 243 days, respectively.

Internal ambience of beehives Apis mellifera with different colors and roofing materials in the sub middle of the São Francisco Valley

ABSTRACTThe current study aimed to evaluate the influence of three colors and two types of roofing materials under the internal temperature of bee colonies Apis mellifera. The experiment was conducted at the Agricultural Sciences Campus at the Federal University of Sao Francisco Valley located in Petrolina-PE, in November and December 2013, using 24 colonies housed in Langstroth hives. The experiment was a completely randomized factorial design (3x2) with three colors of box (blue, white, and traditional) and two types of cover (with and without the use of plaster) with six treatments and four replications. The internal temperature dates of the colonies were hourly recorded, during 24 hours, and surface temperatures were hourly recorded between 08h00 and 17h00. The highest values for surface and internal temperature were registered in the blue painted boxes without the use of plasterboard, and the blue painted boxes covered with plasterboard respectively. However, the lowest values ​​were found in the white painted hives and hives that have not received the plasterboard. It is recommended to paint boxes with bright colors, and the use of plasterboard had no effect in reducing the internal temperature.

Análise dos fatores preditivos de complicações após trauma hepático penetrante

Com o objetivo de analisar, na amostra, fatores que influenciaram a morbidade pós-operatória após trauma hepático penetrante, realizou-se um estudo prospectivo com 61 pacientes submetidos a cirurgia por trauma hepático penetrante no Hospital de Pronto Socorro (HPS) durante 12 meses. Foram excluídos os óbitos ocorridos nas primeiras 24 horas após o trauma. As seguintes variáveis foram estudadas: idade, mecanismo de trauma, choque, grau de lesão hepática, lesões intra- abdominais associadas, técnica cirúrgica e drenagem peri-hepática. Utilizou-se um modelo de regressão logística múltipla para avaliar a correlação entre esses fatores e a ocorrência de complicações pós-operatórias. A média de idade foi de 26± 3,49 anos, variando entre 17 e 63 anos. Trauma por arma de fogo ocorreu em 34 casos (55,7%) e por arma branca em 27 (44,3%). O choque esteve presente em 37 casos (60,7%). As lesões hepáticas de grau II e III (42,6% e 41 %) foram as mais comuns, e as lesões intra-abdominais associadas mais freqüentes foram de estômago (18 casos - 29,5% ) e cólon (nove casos - 14,7% ). O ATI médio foi 20,5 ±17. As complicações pós-operatórias mais comuns foram broncopneumonia (dez casos - 25%) e abscesso intra-abdominal (seis casos - 9,8%). Houve dois óbitos na série. Foram fatores preditivos de complicações, nessa amostra, o choque, os ferimentos por projetis de arma de fogo e a complexidade da cirurgia hepática.

Fatores preditivos de infecção no trauma de cólon

Este trabalho procurou avaliar fatores preditivos de infecção no trauma de cólon e sua validade epidemiológica. Durante 24 meses, 160 pacientes com trauma de cólon foram estudados prospectivamente em um centro de trauma, onde foram analisados possíveis fatores de risco para complicações infecciosas como a idade, o mecanismo de trauma, a topografia da lesão, o Colon Organ Injury Scale (CIS), o Abdominal Trauma Index (ATI), a presença de choque, a técnica cirúrgica empregada, o grau de contaminação e o intervalo de tempo entre o trauma e a cirurgia. Como complicações infecciosas foram consideradas: infecção da ferida cirúrgica, abscesso intra-abdominal, abscesso retroperitoneal, peritonite e deiscência de sutura colônica. A análise estatística dos dados foi feita por Regressão Logística Múltipla. No grupo estudado, 152 pacientes eram do sexo masculino, a idade média foi de 27,8 ± 12 anos, 104 ferimentos foram produzidos por arma de fogo, 38 por arma branca e 18 foram contusos, sendo de 18 ± 9 o ATI médio. A análise dos fatores de risco para infecção mostrou que o grau de contaminação fecal, o escore CIS, o tempo decorrido entre o trauma e a cirurgia e a faixa etária correlacionaram-se com complicações infecciosas neste estudo. Com base nesses resultados foi traçado um perfil do paciente de risco para infecção no grupo estudado: homem, mais de 35 anos, com trauma abdominal penetrante, com Cis > 3 e contaminação fecal moderada ou grande, submetido à cirurgia após mais de três horas do trauma.

Avaliação diagnóstica da laparoscopia associada à análise do líquido intraperitoneal nas lesões intra-abdominais provocadas por arma de ar comprimido: estudo experimental em cães

Avaliação de eficácia da laparoscopia, associada à análise bacteriológica do líquido intraperitoneal pela coloração de Gram., no diagnóstico de lesões intra-abdominais provocadas em cães com arma de ar comprimido. A alta incidência de óbitos como resultado de ferimentos por arma de fogo tem contribuído para implantação de novas técnicas diagnósticas. O uso crescente de laparoscopia diagnóstica em urgências torna necessário aprimorar qualidade e fidedignidade dos resultados obtidos. Este experimento avalia acurácia, sensibilidade e especificidade da laparoscopia, incluindo 20 cães submetidos a trauma abdominal, com disparo do tipo encostado, e cinco cães como grupo de controle. Na laparoscopia, foram feitos inventário sistemático da cavidade abdominal, conferido por laparotomia, e coleta de líquido intraperitoneal para análise bacteriológica. A laparoscopia apresentou acurácia de 88,29%, sensibilidade de 88,29% e especificidade de 100%. O valor preditivo positivo da coloração de Gram foi 100%. Concluiu-se que a laparoscopia é eficaz no diagnóstico de lesões intra-abdominais provocadas por arma de ar comprimido, em cães hemodinamicamente estáveis. Mas, algumas lesões, evidenciadas na laparotomia, passaram despercebidas na laparoscopia. Realização concomitante de análise bacteriológica pela coloração de Gram pode aumentar a eficácia e diminuir a possibilidade de erros no diagnóstico de lesões. Laparoscopia associada à análise bacteriológica possibilita melhores resultados com mínimo dano ao paciente