Inferences about the global scenario of human T-cell lymphotropic virus type 1 infection using data mining of viral sequences

Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is mainly associated with two diseases: tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (TSP/HAM) and adult T-cell leukaemia/lymphoma. This retrovirus infects five-10 million individuals throughout the world. Previously, we developed a database that annotates sequence data from GenBank and the present study aimed to describe the clinical, molecular and epidemiological scenarios of HTLV-1 infection through the stored sequences in this database. A total of 2,545 registered complete and partial sequences of HTLV-1 were collected and 1,967 (77.3%) of those sequences represented unique isolates. Among these isolates, 93% contained geographic origin information and only 39% were related to any clinical status. A total of 1,091 sequences contained information about the geographic origin and viral subtype and 93% of these sequences were identified as subtype “a”. Ethnicity data are very scarce. Regarding clinical status data, 29% of the sequences were generated from TSP/HAM and 67.8% from healthy carrier individuals. Although the data mining enabled some inferences about specific aspects of HTLV-1 infection to be made, due to the relative scarcity of data of available sequences, it was not possible to delineate a global scenario of HTLV-1 infection.

Prevalence of human papillomavirus infection, distribution of viral types and risk factors in cervical samples from human immunodeficiency virus-positive women attending three human immunodeficiency virus-acquired immune deficiency syndrome reference centres in northeastern Brazil

Human immunodeficiency virus (HIV)-positive patients have a greater prevalence of coinfection with human papillomavirus (HPV) is of high oncogenic risk. Indeed, the presence of the virus favours intraepithelial squamous cell lesion progression and may induce cancer. The aim of this study was to evaluate the prevalence of HPV infection, distribution of HPV types and risk factors among HIV-positive patients. Cervical samples from 450 HIV-positive patients were analysed with regard to oncotic cytology, colposcopy and HPV presence and type by means of polymerase chain reaction and sequencing. The results were analysed by comparing demographic data and data relating to HPV and HIV infection. The prevalence of HPV was 47.5%. Among the HPV-positive samples, 59% included viral types of high oncogenic risk. Multivariate analysis showed an association between HPV infection and the presence of cytological alterations (p = 0.003), age greater than or equal to 35 years (p = 0.002), number of partners greater than three (p = 0.002), CD4+ lymphocyte count < 200/mm3 (p = 0.041) and alcohol abuse (p = 0.004). Although high-risk HPV was present in the majority of the lesions studied, the low frequency of HPV 16 (3.3%), low occurrence of cervical lesions and preserved immunological state in most of the HIV-positive patients were factors that may explain the low occurrence of precancerous cervical lesions in this population.

Spontaneous hepatitis C viral clearance and hepatitis C chronic infection are associated with distinct cytokine profiles in Mexican patients

The mechanisms related to the spontaneous clearance of hepatitis C virus (HCV) have been primarily studied in regions where the infection is endemic. Results of prior studies have been extrapolated to populations with low endemicity, such as Mexico. Herein, we determined the cytokine profiles in serum samples from Mexican patients who spontaneously cleared HCV and patients chronically infected with HCV genotype 1a. Chronic HCV-infected patients displayed increased interleukin (IL)-8 and regulated upon activation, normal T-cell expressed and secreted (CCL-5) secretion, whereas patients who spontaneously cleared HCV showed augmented levels of IL-1 alpha, tumour necrosis factor-alpha, transforming growth factor-beta, monocyte chemoattractant protein-2 (CCL-8), IL-13 and IL-15. Our study suggeststhat cytokine profiles may predict disease outcome during HCV infection.

Viral aetiology of common colds of outpatient children at primary care level and the use of antibiotics

Although antibiotics are ineffective against viral respiratory infections, studies have shown high rates of prescriptions worldwide. We conducted a study in Brazil to determine the viral aetiologies of common colds in children and to describe the use of antibiotics for these patients. Children up to 12 years with common colds were enrolled from March 2008-February 2009 at a primary care level facility and followed by regular telephone calls and medical consultations. A nasopharyngeal wash was obtained at enrollment and studied by direct fluorescence assay and polymerase chain reaction for nine different types of virus. A sample of 134 patients was obtained, median age 2.9 years (0.1-11.2 y). Respiratory viruses were detected in 73.9% (99/134) with a coinfection rate of 30.3% (30/99). Rhinovirus was the most frequent virus (53/134; 39.6%), followed by influenza (33/134; 24.6%) and respiratory syncytial virus (8/134; 13.4%). Antibiotic prescription rate was 39.6% (53/134) and 69.8% (37/53) were considered inappropriate. Patients with influenza infection received antibiotics inappropriately in a greater proportion of cases when compared to respiratory syncytial virus and rhinovirus infections (p = 0.016). The rate of inappropriate use of antibiotics was very high and patients with influenza virus infection were prescribed antibiotics inappropriately in a greater proportion of cases.

Sequence similarity between the viral cp gene and the transgene in transgenic papayas

The Papaya ringspot virus (PRSV) coat protein transgene present in 'Rainbow' and 'SunUp' papayas disclose high sequence similarity (>89%) to the cp gene from PRSV BR and TH. Despite this, both isolates are able to break down the resistance in 'Rainbow', while only the latter is able to do so in 'SunUp'. The objective of this work was to evaluate the degree of sequence similarity between the cp gene in the challenge isolate and the cp transgene in transgenic papayas resistant to PRSV. The production of a hybrid virus containing the genome backbone of PRSV HA up to the Apa I site in the NIb gene, and downstream from there, the sequence of PRSV TH was undertaken. This hybrid virus, PRSV HA/TH, was obtained and used to challenge 'Rainbow', 'SunUp', and an R2 population derived from line 63-1, all resistant to PRSV HA. PRSV HA/TH broke down the resistance in both papaya varieties and in the 63-1 population, demonstrating that sequence similarity is a major factor in the mechanism of resistance used by transgenic papayas expressing the cp gene. A comparative analysis of the cp gene present in line 55-1 and 63-1-derived transgenic plants and in PRSV HA, BR, and TH was also performed.

Garlic viral complex: identification of Potyviruses and Carlavirus in Central Brazil

Garlic viruses often occur in complex infections in nature. In this study, a garlic virus complex, collected in fields in Brazil, was purified. RT-PCR was performed using specific primers designed from the consensus regions of the coat protein genes of Onion yellow dwarf virus, a garlic strain (OYDV-G) and Leek yellow stripe virus (LYSV). cDNA of Garlic common latent virus (GCLV) was synthesized using oligo-dT and random primers. By these procedures individual garlic virus genomes were isolated and sequenced. The nucleotide sequence analysis associated with serological data reveals the presence of two Potyvirus OYDV-G and LYSV, and GCLV, a Carlavirus, simultaneously infecting garlic plants. Deduced amino acid sequences of the Brazilian isolates were compared with related viruses reported in different geographical regions of the world. The analysis showed closed relations considering the Brazilian isolates of OYDV-G and GCLV, and large divergence considering LYSV isolate. The detection of these virus species was confirmed by specific reactions observed when coat protein genes of the Brazilian isolates were used as probes in dot-blot and Southern blot hybridization assays. In field natural viral re-infection of virus-free garlic was evaluated.

Carga viral do papilomavirus humano na predição da gravidade de lesões cervicais em mulheres com atipias celulares na colpocitologia oncológica

OBJETIVO: avaliar o desempenho da carga viral do HPV por captura de híbridos II (CHII) na predição da gravidade das lesões cervicais. MÉTODOS: foram incluídas 309 mulheres admitidas por resultado anormal da colpocitologia oncológica (CO) entre agosto de 200 e novembro de 2002. Todas foram submetidas a avaliação histológica, sendo que a presença de neoplasia intra-epitelial cervical (NIC) grau 2 ou mais (NIC 3, carcinoma invasor) foi considerada doença grave. A CHII foi realizada para tipos de HPV de alto risco oncogênico e a carga viral medida em unidades relativas de luz (URL). O desempenho da CHII foi avaliado por curva receiver operating characteristics (ROC). RESULTADOS: na avaliação histológica, 140 (45,3%) mulheres apresentavam cervicite ou NIC 1 e 199 (54,7%), NIC 2/3, adenocarcinoma in situ ou câncer invasor. O melhor ponto de corte da CHII para a detecção de doença grave foi 35 URL, com sensibilidade de 69% e especificidade de 70%. O valor preditivo positivo das alterações compatíveis com lesão de alto grau na CO associado a CHII de 35 URL (unidades relativas de luz) foi de 88,2% para a detecção de NIC 2 ou mais. Já 95,7% das mulheres com lesões de baixo grau na CO e CHII menor que 1 URL não apresentaram lesões histológicas graves. CONCLUSÃO: o melhor desempenho da CHII no diagnóstico de NIC 2 ou lesão mais grave foi encontrado com 35 URL. A associação da CO com a CHII em diferentes cargas virais mostrou valores preditivos positivos e negativos muito altos.

Relação entre diagnóstico citopatológico de neoplasia intra-epitelial cervical e índices de células CD4+ e de carga viral em pacientes HIV-soropositivas

OBJETIVVO: relacionar a gravidade de lesão cervical diagnosticada por exame citopatológico à contagem de células CD4+ e à carga viral de RNA-HIV em pacientes HIV-soropositivas. MÉTODOS: foram avaliadas retrospectivamente, por meio de revisão de prontuários, 115 pacientes HIV-positivas atendidas em ambulatório de hospital universitário, no período de janeiro de 2002 até abril de 2003. Oitenta e três casos apresentaram diagnóstico de neoplasia intra-epitelial cervical (NIC) ao exame citopatológico, e trinta e dois, exames sem alterações. Todas as pacientes apresentavam contagem de células CD4+ e carga viral à época do exame. Os casos foram distribuídos quanto ao índice de células CD4+ em três grupos: CD4 acima de 500 cel/mm³, entre 200 e 500 cel/mm³ ou abaixo de 200 cel/mm³, e, em outros três grupos, quanto à carga viral de HIV: menor do que 10.000 cópias RNA-HIV/mL, entre 10.000 e 100.000 cópias RNA-HIV/mL ou maior do que 100.000 cópias RNA-HIV/mL. A verificação da hipótese de associação foi realizada por meio do teste exato de Fisher. RESULTADOS: das 83 pacientes com NIC citopatológico, 73% apresentaram contagem de células CD4+ abaixo de 500 células/mm³. Em qualquer das faixas de contagem de células CD4+, mais da metade das pacientes apresentavam NIC I citopatológico. Quanto à carga viral de HIV, 71,7% das pacientes com menor carga viral de HIV apresentaram NIC I, ao passo que 11,3% revelaram NIC III. Já no grupo com maior carga viral (100.000 cópias/mL), em 61,5% do total de pacientes o exame citopatológico foi compatível com NIC I, e 30,8% com NIC III. CONCLUSÃO: houve evidência de associação entre carga viral e NIC (p=0.013), não sendo observado o mesmo em relação à contagem de linfócitos CD4+. A presença de infecção secundária cervicovaginal foi considerada possível fator confundidor.

Associação entre a carga viral e os linfócitos T CD4+ com as lesões intra-epiteliais do colo uterino em mulheres infectadas pelo vírus da imunodeficiência humana

OBJETIVOS: verificar se a contagem de linfócitos T CD4+ e a carga viral do HIV têm influência na presença de lesões intra-epiteliais cervicais (SIL). MÉTODOS: estudo transversal, no qual foram selecionadas 134 mulheres HIV-positivas, todas submetidas à biópsia do colo uterino, quantificação da carga viral do HIV e contagem de linfócitos T CD4+. Os valores laboratoriais da quantificação da carga viral e da contagem de linfócitos T CD4+ foram obtidos antes da realização da biópsia, tendo sido estabelecidos cortes para o estudo da carga viral (<400 cópias/mL; 401 a 50.000 cópias/mL; >50.000 cópias/mL) e contagem de linfócitos T CD4+ (<200 células/mm³; 200 a 350 células/mm³; >350 células/mm³). Foram realizados os testes chi2, chi2 de tendência linear, chi2 de Mantel-Haenszel e análise de variância. Estabeleceu-se significância estatística para p<0,05 e intervalo de confiança a 95%. RESULTADOS: não houve tendência de risco para as mulheres HIV-positivas apresentarem SIL com o aumento da carga viral ou diminuição dos linfócitos T CD4+. Comparando-se a carga viral com a presença ou ausência de SIL, estratificada pelo tempo em que foi quantificada, houve diferença significante para valores acima de 400 cópias/mL (OR: 3,17; IC 95%: 1,02-9,93; p=0,048). Nenhuma associação foi encontrada para a contagem de linfócitos T CD4+ com a presença da SIL. CONCLUSÃO: as pacientes com carga viral do HIV maior que 400 cópias/mL, quantificada antes da biópsia do colo uterino, apresentaram chance 3,17 vezes maior de desencadear SIL. A contagem de linfócitos T CD4+ não influenciou no aparecimento da SIL.

Infecção cervical por papilomavírus humano: genotipagem viral e fatores de risco para lesão intraepitelial de alto grau e câncer de colo do útero

OBJETIVO: analisar, em mulheres com HPV em colo do útero, as características da infecção viral e os fatores de risco para lesão intraepitelial de alto grau e carcinoma cervical. MÉTODOS: realizou-se um estudo caso-controle com mulheres com HPV em colo do útero atendidas em serviço de Ginecologia de referência vinculado ao SUS, em Recife, Nordeste do Brasil. No grupo de casos (72 mulheres com lesão intraepitelial de alto grau ou carcinoma cervical) e de controles (176 mulheres com colpocitologia normal ou com alterações benignas), foram pesquisados seis genótipos virais (HPV 16, 18, 31, 33, 6 e 11) em material da ecto- e endocérvice com primers MY09/MY11. As variáveis independentes foram hierarquizadas em três níveis de determinação: distal (sociodemográficas), intermediário (comportamentais) e proximal (realização anterior de colpocitologia). A homogeneidade das proporções foi testada (χ2). Obtiveram-se ORs não ajustadas e, na modelagem final, realizou-se regressão logística hierarquizada com o ajuste do efeito de cada variável sobre o desfecho pelas variáveis do mesmo nível e de níveis anteriores de causalidade. RESULTADOS: em 76,6% das 248 mulheres participantes do estudo, o genótipo viral da infecção cervical foi identificado. Predominaram genótipos de alto risco oncogênico (83,4% nos casos e 67,1% nos controles), principalmente HPV 16 e 31. Foram identificados como fatores de risco (a) distais: residir em zona rural (OR=2,7; IC95%: 1,1-6,2), menos de três anos de estudo (OR=3,9; IC95%: 2,0-7,5) e renda familiar inferior a dois salários mínimos (OR=3,3; IC95%: 1,0-10,5); (b) intermediário: número de gestações igual ou superior a quatro (OR=2,0; IC95%: 1,0-3,7); (c) proximal: ausência de colpocitologia anterior (OR=9,7; IC95%: 2,4-38,2). CONCLUSÕES: em mulheres usuárias do SUS do Nordeste do Brasil predominam os genótipos virais 16 e 31 em infecções cervicais por HPV, sendo que fatores socioeconômicos, reprodutivos e relacionados à ausência de rastreamento citológico representam risco para lesão intraepitelial de alto grau e câncer cervical.

Caracterização preliminar de amostras do vírus da Diarréia Viral Bovina (BVDV) isoladas no Brasil

O presente artigo relata a caracterização inicial de 19 amostras do vírus da Diarréia Viral Bovina (BVDV) isoladas no Brasil, com relação a aspectos biológicos, antigênicos e moleculares. Onze amostras foram isoladas de fetos bovinos, seis foram obtidas do sangue de animais clinicamente saudáveis de rebanhos com problemas reprodutivos e duas amostras foram isoladas de casos clínicos de enfermidade gastrentérica. Os casos de doença entérica afetaram animais jovens e cursaram com diarréia, às vezes sanguinolenta, erosões e ulcerações na mucosa oronasal e do trato digestivo, e eventualmente hemorragias digestivas e petéquias na vulva. Dezesseis amostras (84,2%), incluindo aquelas isoladas de fetos e dos casos clínicos, pertencem ao biotipo não-citopático (ncp). A replicação de outras três amostras (15,8%), foi caracterizada pelo aparecimento de vacuolização e destruição progressiva do tapete celular. A análise das amostras que produziram citopatologia, após clonagem, revelou tratar-se de populações mistas composta de vírus citopáticos (cp) e não-citopáticos. A análise de polipeptídeos virais através de SDS-PAGE seguida de "Western-immunoblot" revelou a produção da proteína não-estrutural NS3/p80 em células infectadas com as amostras cp. Em contraste, não se evidenciou a geração da NS3/p80 em células infectadas com as amostras ncp que produziram apenas o polipeptídeo precursor NS23/p125. A subsequente análise de reatividade frente a um painel de 15 anticorpos monoclonais (AcMs) revelou uma diversidade antigênica marcante entre os isolados, sobretudo na glicoproteína E2/gp53. Embora um AcM contra essa glicoproteína reagiu com 18 isolados (94,7%), outros nove AcMs anti-E2/gp53 reconheceram entre zero e 57,9% das amostras brasileiras. A grande variabilidade antigênica detectada entre as amostras brasileiras do BVDV pode ter importantes implicações para o diagnóstico e estratégias de controle e imunização contra o vírus.

Identificação do vírus da Diarréia Viral Bovina tipo 2 (BVDV-2) no sul do Brasil

Amostras do vírus da Diarréia Viral Bovina (BVDV), denominadas de BVDV tipo 2 (BVDV-2), foram inicialmente identificadas em surtos de BVD aguda e enfermidade hemorrágica e têm sido isoladas predominantemente na América do Norte. O presente artigo descreve dois casos de enfermidade gastroentérica/respiratória seguidos de isolamento e identificação de amostras de BVDV tipo 2 no sul do Brasil. Os vírus foram isolados de duas novilhas de diferentes rebanhos. Um dos animais apresentou enfermidade aguda, cursando com anorexia, atonia ruminal, diarréia escura ou muco-sanguinolenta, tenesmo e descarga nasal muco-purulenta. O outro animal desenvolveu enfermidade de longa duração (7 meses), caracterizada por crescimento retardado, anorexia, quadros recorrentes de diarréia, dermatite interdigital, hemorragias digestivas e genitais ocasionais, conjuntivite, artrite e pneumonia crônica. Congestão disseminada das mucosas, ulcerações extensivas e profundas na língua, palato e esôfago, áreas necróticas na mucosa do rúmen, áreas de congestão e ulcerações cobertas com fibrina no intestino delgado foram os achados mais proeminentes. Antígenos do BVDV foram demonstrados por imunohistoquí-mica no epitélio da língua, nos pulmões e em linfonodos mesentéricos. Amostras não-citopáticas do BVDV foram isoladas em cultivo celular a partir de leucócitos e do baço dos animais afetados e identificadas por imunofluorescência. Caracterização antigênica e análise filogenética desses isolados, e de outras duas amostras de BVDV isoladas de fetos coletados em matadouros, revelou tratar-se de BVDV tipo 2. A presença do BVDV tipo 2 na população bovina do Brasil possui um significado epidemiológico importante e pode ter conseqüências para o diagnóstico, estratégias de imunização e produção de vacinas.

Técnica rápida de neutralização viral para a detecção de anticorpos contra o vírus da Diarréia Viral Bovina (BVDV) no leite

A identificação de rebanhos positivos para o vírus da Diarréia Viral Bovina (BVDV) através de detecção de anticorpos no leite pode viabilizar programas de controle em larga escala. Com esse objetivo, a técnica de soro-neutralização (SN) foi adaptada para a pesquisa de anticorpos em amostras de leite. A adaptação consistiu na redução do tempo de incubação do teste, seguida da detecção de antígenos virais por imunofluorescência. A redução do tempo de incubação minimizou os efeitos tóxicos do leite sobre as células de cultivo, além de permitir a obtenção dos resultados em 24 horas. A técnica rápida (SNR) foi inicialmente testada em 1.335 amostras de soro bovino, apresentando sensibilidade de 93,7% e concordância de 91,1% em relação à SN tradicional. A SNR foi também utilizada para testar 423 amostras de soro bovino que apresentaram toxicidade para as células na SN tradicional, detectando 316 (74,7%) amostras positivas. O teste de amostras de soro e leite de 520 vacas em lactação demonstrou que a SNR pode detectar anticorpos no leite de vacas com títulos séricos a partir de 10. Atividade neutralizante anti-BVDV no leite foi detectada em 97,4% (191/196) de vacas com títulos séricos ³ 320; em 92,9% (79/85) de vacas com títulos de 160; em 88% (59/67) de vacas títulos de 80. A freqüência de animais positivos na SNR foi de 76,9% (40/52) para animais com títulos séricos de 40; 61,3% (19/31) com títulos de 20 e de 33,3% (10/30) para vacas com títulos de 10. Esses resultados demonstram que a técnica de SNR é adequada para a pesquisa de anticorpos anti-BVDV no leite, principalmente em animais com títulos moderados e altos de anticorpos. Essa técnica pode ser utilizada para testar amostras coletivas de leite e identificar rebanhos com atividade viral. A utilização dessa técnica pode viabilizar programas regionais de combate à infecção, pois permite testar um grande número de amostras e identificar rebanhos positivos através do leite enviado rotineiramente para contagem de células somáticas (CCS), reduzindo significativamente os custos com a coleta individual, transporte e teste de amostras.