Human rhinovirus in the lower respiratory tract infections of young children and the possible involvement of a secondary respiratory viral agent

Human rhinoviruses (HRV) are usually associated with mild respiratory symptoms in children. However, some studies have found that HRV can cause severe disease, especially when the patient is co-infected with a second virus. In this study, 532 nasopharyngeal aspirates (NPAs) were collected over a nine-year period from children at the Clinics Hospital of Uberlândia. The collected NPAs were then tested for HRV RNA using the reverse transcription-polymerase chain reaction. Eighty-three specimens from children diagnosed with lower respiratory tract illness (LRTI) were positive for HRV RNA and were then tested for the presence of eight other respiratory viruses. A second virus was detected in 37.3% (31/83) of the samples. The most frequent clinical diagnosis was bronchiolitis, followed by other LRTI and then pneumonia. The frequency of severe disease in children infected with more than one virus was not significantly different from the frequency of severe disease in children infected with HRV alone. Children infected with both HRV and parainfluenza virus (1.5 m.o.) were significantly younger than those infected by HRV alone (5.0 m.o.) (p = 0.0454). Overall, these results suggest that infection with a second virus does not lead to a higher frequency of severe syndromes in children presenting with LRTI.

A RT-PCR method for selective amplification and phenotypic characterization of all three serotypes of Sabin-related polioviruses from viral mixtures

Outbreaks caused by vaccine-derived polioviruses are challenging the final eradication of paralytic poliomyelitis. Therefore, the surveillance of the acute flaccid paralysis cases based on poliovirus isolation and characterization remains an essential activity. Due to the use of trivalent oral poliovirus vaccine (OPV), mixtures containing more than one serotype of Sabin-related polioviruses are frequently isolated from clinical samples. Because each poliovirus isolate needs to be individually analyzed, we designed polymerase chain reaction primers that can selectively distinguish and amplify a genomic segment of the three Sabin-related poliovirus serotypes present in mixtures, thus, optimizing the diagnosis and providing prompt information to support epidemiologic actions.

A single nucleotide polymorphism, rs129679860, in the IL28B locus is associated with the viral kinetics and a sustained virological response in a chronic, monoinfected hepatitis C virus genotype-1 Brazilian population treated with pegylated interferon-ribavirin

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the interleukin (IL)28B locus have been associated with a sustained virological response (SVR) in interferon-ribavirin (IFN-RBV)-treated chronic hepatitis C virus (HCV)-infected patients in European and African populations. In this study, the genotype frequency of two IL28B SNPs (rs129679860 and rs8099917) in a cohort of chronic HCV-monoinfected patients in Brazil was evaluated and the SNP sufficient to predict the treatment response outcome was determined. A total of 66 naïve genotype-1 chronic HCV-infected patients were genotyped and the associated viral kinetics and SVR were assessed. The overall SVR was 38%. Both the viral kinetics and SVR were associated with rs129679860 genotypes (CC = 62% vs. CT = 33% vs. TT = 18%, p = 0.016). However, rs8099917 genotypes were only associated with SVR (TT = 53% vs. TG = 33% vs. GG = 18%; p = 0.032). In this population, the analysis of a single SNP, rs12979860, successfully predicts SVR in the IFN-RBV treatment of HCV.

Inferences about the global scenario of human T-cell lymphotropic virus type 1 infection using data mining of viral sequences

Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is mainly associated with two diseases: tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (TSP/HAM) and adult T-cell leukaemia/lymphoma. This retrovirus infects five-10 million individuals throughout the world. Previously, we developed a database that annotates sequence data from GenBank and the present study aimed to describe the clinical, molecular and epidemiological scenarios of HTLV-1 infection through the stored sequences in this database. A total of 2,545 registered complete and partial sequences of HTLV-1 were collected and 1,967 (77.3%) of those sequences represented unique isolates. Among these isolates, 93% contained geographic origin information and only 39% were related to any clinical status. A total of 1,091 sequences contained information about the geographic origin and viral subtype and 93% of these sequences were identified as subtype “a”. Ethnicity data are very scarce. Regarding clinical status data, 29% of the sequences were generated from TSP/HAM and 67.8% from healthy carrier individuals. Although the data mining enabled some inferences about specific aspects of HTLV-1 infection to be made, due to the relative scarcity of data of available sequences, it was not possible to delineate a global scenario of HTLV-1 infection.

Prevalence of human papillomavirus infection, distribution of viral types and risk factors in cervical samples from human immunodeficiency virus-positive women attending three human immunodeficiency virus-acquired immune deficiency syndrome reference centres in northeastern Brazil

Human immunodeficiency virus (HIV)-positive patients have a greater prevalence of coinfection with human papillomavirus (HPV) is of high oncogenic risk. Indeed, the presence of the virus favours intraepithelial squamous cell lesion progression and may induce cancer. The aim of this study was to evaluate the prevalence of HPV infection, distribution of HPV types and risk factors among HIV-positive patients. Cervical samples from 450 HIV-positive patients were analysed with regard to oncotic cytology, colposcopy and HPV presence and type by means of polymerase chain reaction and sequencing. The results were analysed by comparing demographic data and data relating to HPV and HIV infection. The prevalence of HPV was 47.5%. Among the HPV-positive samples, 59% included viral types of high oncogenic risk. Multivariate analysis showed an association between HPV infection and the presence of cytological alterations (p = 0.003), age greater than or equal to 35 years (p = 0.002), number of partners greater than three (p = 0.002), CD4+ lymphocyte count < 200/mm3 (p = 0.041) and alcohol abuse (p = 0.004). Although high-risk HPV was present in the majority of the lesions studied, the low frequency of HPV 16 (3.3%), low occurrence of cervical lesions and preserved immunological state in most of the HIV-positive patients were factors that may explain the low occurrence of precancerous cervical lesions in this population.

Spontaneous hepatitis C viral clearance and hepatitis C chronic infection are associated with distinct cytokine profiles in Mexican patients

The mechanisms related to the spontaneous clearance of hepatitis C virus (HCV) have been primarily studied in regions where the infection is endemic. Results of prior studies have been extrapolated to populations with low endemicity, such as Mexico. Herein, we determined the cytokine profiles in serum samples from Mexican patients who spontaneously cleared HCV and patients chronically infected with HCV genotype 1a. Chronic HCV-infected patients displayed increased interleukin (IL)-8 and regulated upon activation, normal T-cell expressed and secreted (CCL-5) secretion, whereas patients who spontaneously cleared HCV showed augmented levels of IL-1 alpha, tumour necrosis factor-alpha, transforming growth factor-beta, monocyte chemoattractant protein-2 (CCL-8), IL-13 and IL-15. Our study suggeststhat cytokine profiles may predict disease outcome during HCV infection.

Viral aetiology of common colds of outpatient children at primary care level and the use of antibiotics

Although antibiotics are ineffective against viral respiratory infections, studies have shown high rates of prescriptions worldwide. We conducted a study in Brazil to determine the viral aetiologies of common colds in children and to describe the use of antibiotics for these patients. Children up to 12 years with common colds were enrolled from March 2008-February 2009 at a primary care level facility and followed by regular telephone calls and medical consultations. A nasopharyngeal wash was obtained at enrollment and studied by direct fluorescence assay and polymerase chain reaction for nine different types of virus. A sample of 134 patients was obtained, median age 2.9 years (0.1-11.2 y). Respiratory viruses were detected in 73.9% (99/134) with a coinfection rate of 30.3% (30/99). Rhinovirus was the most frequent virus (53/134; 39.6%), followed by influenza (33/134; 24.6%) and respiratory syncytial virus (8/134; 13.4%). Antibiotic prescription rate was 39.6% (53/134) and 69.8% (37/53) were considered inappropriate. Patients with influenza infection received antibiotics inappropriately in a greater proportion of cases when compared to respiratory syncytial virus and rhinovirus infections (p = 0.016). The rate of inappropriate use of antibiotics was very high and patients with influenza virus infection were prescribed antibiotics inappropriately in a greater proportion of cases.

Estudo do estresse do enfermeiro com dupla jornada de trabalho em um hospital de oncologia pediátrica de Campinas

Trata-se de um estudo que teve como objetivo investigar a presença e o nível de estresse emocional, os sintomas físicos e psicológicos, a intensidade do estresse e enfermeiros que fazem dupla jornada de trabalho comparados aos que não fazem, num hospital de oncologia pediátrica de Campinas. A população foi composta por 33 enfermeiros, sendo 24 em regime de dupla jornada e 9 em jornada única. Na metodologia foi utilizado o Inventario de Sintoma de Stress LIPP e a Escala Analógica Visual. Os resultados permitiram constatar que os enfermeiros classificados quanto as fases de estresse encontravam-se na fase de resistência, com referencia aos níveis de estresse os mesmos encontravam-se no nível médio de estresse, houve predominância dos sintomas psicológicos e os enfermeiros com dupla jornada estavam mais estressados em relação aos com jornada única.

Estudo da deformação de um Vertissolo por meio da tomografia computadorizada de dupla energia simultânea

Utilizando o método da tomografia de duplo feixe de raios gama, foi estudada a variação da densidade de um Vertissolo com a umidade em experimentos de laboratório. Para tanto, foram utilizadas imagens tomográficas de amostras de solo provenientes da atenuação de dois feixes de radiação gama, um de 137Cs e outro de 241Am, os quais forneceram duas equações de atenuação que permitiram determinar duas incógnitas: densidade do solo e umidade. As amostras foram montadas com um mesmo valor inicial de densidade do solo e submetidas a diferentes graus de hidratação. Os resultados mostraram que: (1) o sistema permitiu a determinação da umidade e densidade do solo satisfatoriamente; (2) houve uma variação de aproximadamente 23% no volume das amostras desestruturadas entre a condição seca e saturada; (3) possibilitou a análise da expansividade das amostras deformadas pelo modelo das três retas, o qual permitiu verificar a variação do volume específico do solo durante todo o intervalo de umidade estudado, bem como o conhecimento de alguns pontos característicos importantes da curva de deformação do solo.

Sequence similarity between the viral cp gene and the transgene in transgenic papayas

The Papaya ringspot virus (PRSV) coat protein transgene present in 'Rainbow' and 'SunUp' papayas disclose high sequence similarity (>89%) to the cp gene from PRSV BR and TH. Despite this, both isolates are able to break down the resistance in 'Rainbow', while only the latter is able to do so in 'SunUp'. The objective of this work was to evaluate the degree of sequence similarity between the cp gene in the challenge isolate and the cp transgene in transgenic papayas resistant to PRSV. The production of a hybrid virus containing the genome backbone of PRSV HA up to the Apa I site in the NIb gene, and downstream from there, the sequence of PRSV TH was undertaken. This hybrid virus, PRSV HA/TH, was obtained and used to challenge 'Rainbow', 'SunUp', and an R2 population derived from line 63-1, all resistant to PRSV HA. PRSV HA/TH broke down the resistance in both papaya varieties and in the 63-1 population, demonstrating that sequence similarity is a major factor in the mechanism of resistance used by transgenic papayas expressing the cp gene. A comparative analysis of the cp gene present in line 55-1 and 63-1-derived transgenic plants and in PRSV HA, BR, and TH was also performed.

Mudas de pera produzidas por dupla enxertia em marmeleiro utilizando o porta-enxerto 'Japonês'

O objetivo deste trabalho foi avaliar a viabilidade do uso do marmeleiro 'Japonês' como porta-enxerto para cultivares de pereira com interenxertos de outras cultivares de marmeleiro em dupla enxertia. Pereiras 'Seleta' e 'Triunfo' foram enxertadas pelo processo de borbulhia e garfagem em garfos de 15 cm dos marmeleiros 'Portugal', 'Provence', 'Mendoza Inta-37' e 'Smyrna de Harcy'. Os garfos enxertados foram armazenados em câmara fria (4ºC) por 24 horas e, em seguida, foram enxertados pelo processo de garfagem tipo fenda cheia em porta-enxertos do marmeleiro 'Japonês'. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado em arranjo fatorial 2x2x4. Após 60 e 120 dias, foram mensurados a percentagem de brotação dos enxertos e dos interenxertos, o diâmetro e o comprimento médio e a massa de matéria seca dos enxertos. Não houve interação tripla e dupla entre os fatores estudados, apenas diferença entre os fatores isolados. Houve diferença na percentagem de brotação apenas entre os métodos de enxertia e as cultivares de marmeleiro utilizadas como interenxertos. A dupla enxertia é viável na produção de mudas interenxertadas de pereira no porta-enxerto 'Japonês' com interenxerto do marmeleiro de gênero Cydonia.

Imputação múltipla livre de distribuição em tabelas incompletas de dupla entrada

O objetivo deste trabalho foi propor um novo algoritmo de imputação múltipla livre de distribuição, por meio de modificações no método de imputação simples recentemente desenvolvido por Yan para contornar o problema de desbalanceamento de experimentos. O método utiliza a decomposição por valores singulares de uma matriz e foi testado por meio de simulações baseadas em duas matrizes de dados reais completos, provenientes de ensaios com eucalipto e cana-de-açúcar, com retiradas aleatórias de valores em diferentes percentagens. A qualidade das imputações foi avaliada por uma medida de acurácia geral que combina a variância entre imputações e o viés quadrático médio delas em relação aos valores retirados. A melhor alternativa para imputação múltipla é um modelo multiplicativo que inclui pesos próximos a 1 para os autovalores calculados com a decomposição. A metodologia proposta não depende de pressuposições distribucionais ou estruturais e não tem restrições quanto ao padrão ou ao mecanismo de ausência dos dados.

Século XXI: nova cultivar de goiabeira de dupla finalidade

A goiabeira (Psidium guajava L.) é uma espécie que vem se tornando de grande importância em diversas regiões do Brasil, principalmente no Estado de São Paulo, maior produtor nacional. Desde 1985, a UNESP/FCAV, Câmpus de Jaboticabal, vem desenvolvendo um programa de melhoramento genético da goiabeira, com o objetivo de obter plantas com boas características agronômicas e com frutos que possam ser destinados tanto à industrialização quanto ao consumo na forma de fruta fresca. Partindo-se de 219 plantas, oriundas de diversos cruzamentos, e após dez anos de avaliação, chegou-se à cultivar Século XXI, cujas principais características são: planta muito produtiva com ciclo precoce (130 dias da floração à colheita), frutos grandes, com polpa espessa, róseo-avermelhada, ótimo sabor e com poucas e pequenas sementes.

Estabelecimento e multiplicação in vitro de Pyrus calleryana D-6 em sistema de cultura 'dupla-fase'

Este trabalho objetivou estabelecer e propagar in vitro o porta-enxerto de pereira Pyrus calleryana D-6. Os explantes foram retirados de plantas-matrizes e submetidos à desinfestação com imersão em álcool a 70% por dois minutos, seguido de solução de hipoclorito de sódio a 1,5% + Tween 20 por 20 minutos, e após inoculados em meio MS com BAP (4,4 µM), AG3 (0,3 µM) e ANA (0,05 µM). Na fase de multiplicação, as microestacas caulinares, contendo 2-3 gemas, foram transferidas para frascos com 50 mL de meios MS e MS1 modificado com (NH4NO3)/2 e (CaCl2.2H2O)*2, suplementados com sacarose (30 gL-1), ágar (7 gL-1) e diferentes concentrações de BAP (0 e 6,7 µM), AIB (0 e 0,5 µM), AG3 (0 e 0,3µM). Para o sistema 'dupla-fase' (líquido-geleificado), os tratamentos receberam, aos 30 dias de cultura in vitro, 10 mL de meio MS líquido, sem fitorreguladores, e foram avaliados após 60 dias de cultura. Os resultados mostraram que 23,5% das gemas introduzidas obtiveram proliferação, sendo que o maior problema no estabelecimento in vitro foi a oxidação que afetou 44,8% das gemas introduzidas. O sistema 'dupla-fase' demonstrou ser muito efetivo para multiplicação in vitro do porta-enxerto de pereira Pyrus calleryana D-6. A maior taxa de multiplicação (16,8 brotos/explante) e o maior comprimento dos brotos (33 mm) foram obtidos no meio MS contendo BAP (6,7µM) e AIB (0,5 µM).

Composição da produção e qualidade da uva em videira cultivada sob dupla poda e regime microclimático estacional constrastante

Em São Paulo, destaca-se a viticultura como atividade familiar de caráter artesanal. Nas bacias de maior concentração atual da vitivinicultura, ocorre um período chuvoso que se estende de novembro a fevereiro, que alcança grande parte das variedades da região em fase de crescimento e maturação da baga, o que afeta negativamente a qualidade da uva e do vinho artesanal, na maioria das safras. Por outro lado, nas mesmas regiões, ocorre um período mais favorável, que é o outono/inverno com potencial de soma térmica adequado ao crescimento da videira e com incidência de um longo período de baixa pluviometria, entre os meses de abril e outubro. Um experimento foi conduzido em Jundiaí (SP), região de média altitude (700 m), com variedades de uvas híbridas e fina, no qual, objetivou-se estudar os impactos ecofisiológicos do cultivo da videira conduzida sob dupla poda, forçando-se a condução das plantas por quatro estações de cultivo sequenciais de verão e inverno; analisaram-se aspectos da ecofiosologia da cultura e a composição quali-quantitativa do rendimento. Os resultados mostram que a estação de outono-inverno apresenta condições mais favoráveis à maturação fenólica das bagas, com chuvas mais bem distribuídas e desconcentradas no período do estabelecimento do fruto à colheita. A uva colhida na estação de outono-inverno apresentou maiores índices de pigmentação fenólica em relação à estação de cultivo tradicional, sendo que o controle do nível de reservas da planta revelou influência da dupla poda sequencial sobre esta variável, o que inspira práticas de manejo específicas para este tipo de exploração da videira.