Identification of Human T-lymphotropic Virus Type I (HTLV-I) Subtypes Using Restrited Fragment Length Polymorphism in a Cohort of Asymptomatic Carriers and Patients with HTLV-I-associated Myelopathy/tropical Spastic Paraparesis from São Paulo, Brazil

Although human T-lymphotropic virus type I (HTLV-I) exhibits high genetic stability, as compared to other RNA viruses and particularly to human immunodeficiency virus (HIV), genotypic subtypes of this human retrovirus have been characterized in isolates from diverse geographical areas. These are currently believed not to be associated with different pathogenetic outcomes of infection. The present study aimed at characterizing genotypic subtypes of viral isolates from 70 HTLV-I-infected individuals from São Paulo, Brazil, including 42 asymptomatic carriers and 28 patients with HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP), using restricted fragment length polymorphism (RFLP) analysis of long terminal repeat (LTR) HTLV-I proviral DNA sequences. Peripheral blood mononuclear cell lysates were amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) and amplicons submitted to enzymatic digestion using a panel of endonucleases. Among HTLV-I asymptomatic carriers, viral cosmopolitan subtypes A, B, C and E were identified in 73.8%, 7.1%, 7.1% and 12% of tested samples, respectively, whereas among HAM/TSP patients, cosmopolitan A (89.3%), cosmopolitan C (7.1%) and cosmopolitan E (3.6%) subtypes were detected. HTLV-I subtypes were not statistically significant associated with patients' clinical status. We also conclude that RFLP analysis is a suitable tool for descriptive studies on the molecular epidemiology of HTLV-I infections in our environment.

Superoxide dismutase in Cryptococcus neoformans varieties gattii, grubi, and neoformans

Some clear dissimilarities occur among the varieties of Cryptococcus neoformans but there are few studies about the differences among individual yeast antioxidant enzymes. The total superoxide dismutase (SOD) activities and the copper, zinc-depend SOD (Cu,ZnSOD) and manganese-dependent SOD (MnSOD) isoenzymes of five reference C. neoformans strains belonged to A, B, C, AD and D serotypes (Table I) and other nine C. neoformans isolates (Table II) were determined. There were significant differences (p < 0.01 and p < 0.05) in total SOD activity among the varietie gattii (serotype C) and the other varieties. Cu,ZnSOD showed difference (p < 0.05) between A and D serotypes. These results point out a variety and serotype-independent SOD activity in C. neoformans reference strains and the other isolates that were evaluated.

Assessment of a two-step nucleic acid amplification assay for detection of Neisseria meningitidis followed by capsular genogrouping

Immediate prevention of meningococcal disease relies in part on the prompt treatment with antibiotics of household and other close contacts of cases; however intervention with effective vaccination relies on identification of serogroup-causing strains. Parenteral antibiotic for patient with suspected meningococcal disease before hospital admission is currently recommended. Laboratory standard methods are hindered by failure to detect bacteria by this medical approach to improve patient prognosis. We assessed two polymerase chain reaction (PCR) assays to detect (crgA) and define the serogroups (siaD, orf-2, and ctrA) of Neisseria meningitidis in 120 cerebrospinal fluid (CSF) samples from positive cases (culture or antigen detection or direct smear). The PCR sensitivity for the identification of N. meningitidis was 100% (95% confidence interval, CI, 96-100%) compared to a sensitivity of 46% for culture (95% CI 37-55%), 61% for latex agglutination test (95% CI 52-70%), and 68% for Gram stain (95% CI 59-76%); PCR specificity was 97% (95% CI 82-100%). PCR correctly identified the serogroups A, B, C, W135, Y, and X in CSF samples with a sensitivity of 88% (95% CI 80-93%); the primer sets were 100% specific. The introduction of PCR-based assays shall increase laboratory confirmed cases, consequently enhancing surveillance of meningococcal disease.

Resurrection of Anopheles goeldii from synonymy with Anopheles nuneztovari (Diptera, Culicidae) and a new record for Anopheles dunhami in the Brazilian Amazon

Nucleotide sequences of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) rDNA and partial sequences of the cytochrome coxidase subunit I (COI) mtDNA and white gene nDNA were obtained from specimens of Anopheles nuneztovari A collected in Macapá (state of Amapá), Óbidos, Prainha and Almeirim (state of Pará), Itacoatiara and Parintins (state of Amazonas), Brazil, and compared with previously published sequences of A. nuneztovari s.l. Results of the Bayesian phylogenetic analyses performed using either COI or combined ITS2, COI and white gene sequences suggest that An. nuneztovari B/C is distinct from specimens obtained in the Amazonas/Solimões River basin. Anopheles goeldii, currently in synonymy with An. nuneztovari, was described from individuals collected in Belterra (= Fordlândia) in the Tapajós River, state of Pará, Southern Amazonas River. Morphological comparisons of the characteristics of the male genitalia indicated that An. nuneztovari A and An. goeldii are similar but distinct from An. nuneztovariB/C by the apex of the aedeagus. In considering the results of the phylogenetic analyses and morphological comparisons, An. goeldii is resurrected from synonymy with An. nuneztovari. Additionally, Anopheles dunhamiis reported for the first time in Parintins. This species can be distinguished from An. goeldiiby characters of the male genitalia and molecular data.

Molecular characterization of adenoviruses from children presenting with acute respiratory disease in Uberlândia, Minas Gerais, Brazil, and detection of an isolate genetically related to feline adenovirus

Human adenoviruses (HAdV) are a major cause of acute respiratory diseases (ARD), gastroenteritis, conjunctivitis and urinary infections. Between November 2000-April 2007, a total of 468 nasopharyngeal aspirate samples were collected from children with ARD at the Clinics Hospital of Uberlândia. These samples were tested by immunofluorescence assay (IFA) and 3% (14/468) tested positive for the presence of HAdV. By performing polymerase chain reaction (PCR) to detect HAdV DNA in samples that tested negative or inconclusive for all viruses identifiable by IFA (respiratory syncytial virus, parainfluenza viruses 1, 2 and 3, influenza viruses A and B and HAdV), as well as negative for rhinoviruses by reverse transcription-PCR, additional 19 cases were detected, for a total of 33 (7.1%) HAdV-positive samples. Nucleotide sequences of 13 HAdV samples were analyzed, revealing that they belonged to species B, C and E. Further analyses showed that species C (HAdV-2) was the most prevalent among the sequenced samples. To our knowledge, this is the first report describing the presence of HAdV-4 in Brazil. We also detected an isolate that was 100% identical to a part of the feline adenovirus hexon gene sequence.

Distribution of sibling species of Anopheles culicifacies s.l. and Anopheles fluviatilis s.l. and their vectorial capacity in eight different malaria endemic districts of Orissa, India

The study was undertaken in eight endemic districts of Orissa, India, to find the members of the species complexes of Anopheles culicifacies and Anopheles fluviatilis and their distribution patterns. The study area included six forested districts (Keonjhar, Angul, Dhenkanal, Ganjam, Nayagarh and Khurda) and two non-forested coastal districts (Puri and Jagatsingpur) studied over a period of two years (June 2007-May 2009). An. culicifacies A, B, C and D and An. fluviatilis S and T sibling species were reported. The prevalence of An. culicifacies A ranged from 4.2-8.41%, B from 54.96-76.92%, C from 23.08-33.62% and D from 1.85-5.94% (D was reported for the first time in Orissa, except for occurrences in the Khurda and Nayagarh districts). The anthropophilic indices (AI) were 3.2-4.8%, 0.5-1.7%, 0.7-1.37% and 0.91-1.35% for A, B, C and D, respectively, whereas the sporozoite rates (SR) were 0.49-0.54%, 0%, 0.28-0.37% and 0.41-0.46% for A, B, C and D, respectively. An. fluviatilis showed a similarly varied distribution pattern in which S was predominant (84.3% overall); its AI and SR values ranged from 60.7-90.4% and 1.2-2.32%, respectively. The study observed that the co-existence of potential vector sibling species of An. culicifacies (A, C and D) and An. fluviatilis S (> 50%) was responsible for the high endemicity of malaria in forested districts such as Dhenkanal, Keonjhar, Angul, Ganjam, Nayagarh and Khurda (> 5% slide positivity rate). Thus, the epidemiological scenario for malaria is dependent on the distribution of the vector sibling species and their vectorial capacity.

Elytra colour polymorphism and randomness of matings in Chauliognathus fallax Germar 1824 from southern Brazil (Coleoptera, Cantharidae)

Beetles of the species Chauliognathus fallax Germar 1824 are polymorphic for elytron colouration with six morphs distinguished on the basis of black pigmentation on a yellow background. We investigated samples of C. fallax taken in eight consecutive weeks aiming to determine the frequency of the morphs which were grouped, for statistical analysis, into three classes according to elytra pigmentation as well as the possible occurrence of assortative mating. Our results showed a variation in the frequency of the classes throughout the season, both in males and females, with the maximum frequency of each class at the fourth and fifth week. The three classes (A, B, C) showed the same pattern of variation, and class B was always the more frequent. To test randomness of matings two approaches were taken: in the first, we compared the frequency of each class in copulating and non-copulating insects. In the second, the frequency of each class in the whole sample was taken as the probability of occurrence of the respective class; then, using the criterion of the probability of independent events we calculated the expected proportion of copulating insects for each pair of events. Both methods gave non-significant differences, suggesting that the matings were random.

Improvement of a test-chamber for behavioral studies on adult females of Aedes aegypti (Linnaeus) (Diptera, Culicidae)

A test-chamber (K&L-Chamber) made of cardboard and acrylic plastic, and consisting in four sections (A, B, C and D) was developed by Klowden & Lea (1978) for Aedes aegypti host-seeking behavior studies. Later, Foster & Lutes (1985) also used an identical chamber to successfully evaluate the efficacy of electronic repellers. It was described here a modified K&L-Chamber for behavioral studies of Ae. aegypti adults. The chamber was made in polystyrene, consisting of three sections (A, B and C) and using a human hand and a fluorescent lamp as stimulus to attract the mosquitoes. The suitability of the present test-chamber was validated assaying 80 replicates and releasing 10 Ae. aegypti females in each replicate. The females were released in the section A and allowed to fly to the section C. A mean of 96.0% (s.e. 0.213) Ae. aegypti females successfully reached section C. The present test-chamber is cheaper and easier to handle and as efficient as K&L-Chamber, when compared to Foster & Lutes (1978) that noticed 93.8% of Ae. aegypti reaching the trap section.

Harmonia axyridis: a threat to Brazilian Coccinellidae?

Harmonia axyridis (Pallas) (Coleoptera, Coccinellidae) is a polyphagous Asian species, well-known as a classical biological control agent of aphids around the world, introduced probably accidentally in Brazil, sampled for the first time in 2002. It is an important intraguild predator, competing for food with native coccinellids. It was studied H. axyridis alimentary sources and host plants, its abundance compared with native and established species, the influence of abiotic factors and the seasons over the abundance of H. axyridis throughout one year, and discussed the mechanisms which influence the displacement of species. Harmonia axyridis was found in 38 plant species, among them 20 were new records, feeding on 20 aphid species, eight of them new alimentary records. Between 2006/2007, eight Coccinellidae species were collected and H. axyridis was the most abundant (91.23%). Harmonia axyridis peak of abundance occurred in August and September 2007, probably influenced by the temperature and food availability. From 1999 to 2007 a reduction and variation in the diversity of collected species of Coccinellidae were observed with the predominance of H. axyridis, which may indicate their displacement.

Biomassa microbiana de carbono e de nitrogênio de solos sob diferentes coberturas florestais

O método da fumigação-extração foi utilizado para estimar a biomassa microbiana de carbono (BM-C) e de nitrogênio (BM-N) de um latossolo vermelho-amarelo, sob diferentes coberturas florestais, na região de Viçosa (MG), em amostras de solos coletadas em abril de 1994. Os solos sob eucalipto e pinheiro apresentaram valores maiores de BM-C (223,72 e 207,39 mg kg-1 de C no solo respectivamente) do que os solos sob angico e capoeira (82,94 e 79,47 mg kg-1 de C no solo respectivamen-te). Resultados semelhantes foram obtidos para a serapilheira acumulada. Por outro lado, a taxa de respiração específica da biomassa microbiana (TR-BM) foi maior no solo sob angico e capoeira. A BM-N variou de 8,05 a 16,08 mg kg-1 de N no solo entre as coberturas florestais. A TR-BM apresentou correlação negativa significativa com o N total do solo (r = -0,76**) e com a serapilheira acumulada (r = -0,68*). BM-N apresentou correlação negativa significativa com o N da serapilheira (r = -0,52*) e com o N mineral do solo (r = -0,71*). BM-C, BM-N e respiração acumulada (RA) foram positivamente correlacionadas com o C orgânico (r = 0,63*, r = 0,71* e r = 0,76* respectivamente). O N total correlacionou-se com BM-C e RA (r = 0,77* e r = 0,60* respectivamente). BM-C e BM-N, associadas aos teores de C orgânico, N-total e TR-BM, mostraram ser indicadores sensíveis para aferir a dinâmica desses elementos sob as coberturas vegetais estudadas, mostrando o menor potencial de decomposição da matéria orgânica nos solos sob eucalipto e pinheiro.

Dinâmica da agregação induzida pelo uso de plantas de inverno para cobertura do solo

O impacto de plantas de inverno sobre a estabilidade estrutural do solo, antecedendo a cultura do milho sob plantio direto, foi avaliado em Podzólico Vermelho-Amarelo. O experimento foi realizado no campus da Universidade Federal de Santa Maria, de maio de 1991 a maio de 1992. Os tratamentos utilizados constaram de: chícharo (Lathyrus sativus L.), tremoço azul (Lupinus angustifolius L.), ervilhaca (Vicia sativa L.), aveia preta (Avena strigosa Schieb) e pousio invernal. Em cada parcela, foram coletadas mensalmente, desde a implantação das plantas de inverno até a colheita do milho, totalizando treze coletas, amostras de solo parcialmente deformadas e indeformadas para as determinações. Foram usadas duas subamostras na profundidade de 0-5 cm, com pá de corte, compondo uma amostra para análise de agregados e carbono orgânico e cinco subamostras, na mesma profundidade, com uso de cilindro volumétrico, compondo amostra para análise da atividade microbiana e umidade do solo. As plantas de cobertura induziram variação temporal da estabilidade dos agregados no período de estudo. A aveia preta atingiu maiores valores de estabilidade estrutural durante o ciclo das culturas de inverno, enquanto o tremoço azul maiores valores durante o ciclo do milho. Isso pode ser atribuído ao sistema radicular da gramínea e à taxa de decomposição da leguminosa, criando ambiente favorável à agregação, pela ação de raízes, cobertura do solo, fornecimento de material orgânico e conservação da umidade favoráveis à ação de microrganismos. Tais fatores, provavelmente, favoreceram a formação e conservação dos agregados do solo.

Influência de diferentes sistemas de uso e manejo do solo sobre a flutuação populacional do Oligochaeta edáfico Amynthas spp.

Avaliou-se, mensalmente, a influência dos sistemas plantio direto (PD) e convencional (PC), mata nativa (MN) e campo nativo (CN) sobre a densidade populacional e biomassa do Oligochaeta gênero Amynthas spp., na região dos Campos Gerais (PR), no período de fevereiro de 1993 a janeiro de 1994. No PC e PD, as áreas foram cultivadas com milho, triticale e soja, enquanto, no campo nativo, a vegetação era composta de estepes de gramíneas baixas e de matas de galerias subtropicais para a mata nativa. A densidade populacional foi determinada pelo método do formol a 0,22% e a biomassa pela pesagem direta em balança analítica. A densidade populacional e a biomassa foram superiores no plantio direto e mata nativa, comparadas às do plantio convencional, enquanto, no campo nativo, não ocorreu a presença do gênero estudado. Os valores mais expressivos de densidade populacional e biomassa nos ecossistemas plantio direto e mata nativa foram observados no verão e primavera.

Teores de nutrientes e de matéria orgânica afetados pela rotação de culturas e sistema de preparo do solo

Este trabalho foi realizado na Embrapa Arroz e Feijão, em Santo Antônio de Goiás (GO), em Latossolo Vermelho perférrico, sob pivô central, por seis anos consecutivos, durante os quais se efetuaram 12 cultivos. Estudaram-se os efeitos de quatro sistemas de preparo do solo e seis rotações de culturas sobre o pH em água, Al e Ca + Mg trocáveis, teor de matéria orgânica, P extraível e K trocável . Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado, em parcelas subdivididas, com três repetições. As parcelas foram constituídas pelos sistemas de preparo: arado/grade, arado, grade e plantio direto; as subparcelas, pelas rotações: (a) arroz-feijão, (b) milho-feijão, (c) soja-trigo, (d) soja-trigo-soja-feijão-arroz-feijão, (e) arroz consorciado com calopogônio-feijão e (f) milho-feijão-milho-feijão-arroz-feijão. As rotações a, b, c e e foram anuais e as d e f, trienais. As diferenças observadas entre os sistemas de preparo do solo, quanto aos valores de pH, Al e Ca + Mg trocáveis, deveram-se à profundidade de mobilização do solo e à incorporação do calcário. A distribuição do K trocável e do P extraível no perfil do solo variou com a profundidade do solo mobilizada pelos diferentes sistemas de preparo, especialmente no caso do P, em que a menor mobilização causou maior concentração na camada superficial. Os sistemas de rotação que incluíram soja propiciaram maiores valores de pH e Ca + Mg trocáveis e menores de Al trocável. Os sistemas de preparo do solo e de rotação mantiveram, após 12 cultivos, teores de matéria orgânica do solo semelhantes aos iniciais.

Efeitos do sistema de preparo e da rotação de culturas na porosidade e densidade do solo

O trabalho foi realizado na Embrapa Arroz e Feijão, em Santo Antônio de Goiás (GO), em Latossolo Vermelho perférrico, sob pivô central, por seis anos consecutivos, durante os quais se efetuaram 12 cultivos. Estudaram-se os efeitos de quatro sistemas de preparo do solo e seis rotações de culturas sobre a densidade e porosidade do solo. Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado, em parcelas subdivididas, com três repetições. As parcelas foram constituídas pelos sistemas de preparo: arado/grade, arado, grade e plantio direto e as subparcelas pelas rotações: (a) arroz-feijão, (b) milho-feijão, (c) soja-trigo, (d) soja-trigo-soja-feijão-arroz-feijão, (e) arroz consorciado com calopogônio-feijão e (f) milho-feijão-milho-feijão-arroz-feijão. As rotações a, b, c e e foram anuais e as d e f, trienais. O plantio direto ocasionou maior valor de densidade do solo e menores de porosidade total e macroporosidade na camada superficial, enquanto o preparo do solo com grade aradora propiciou o menor valor de densidade e maior de porosidade total. Nas camadas mais profundas, o preparo do solo com arado de aiveca propiciou os menores valores de densidade do solo e maiores de porosidade total e macroporosidade. Na camada superficial do solo, os sistemas de rotação que incluíram soja e trigo levaram a maiores valores de densidade do solo e microporosidade e menores de macroporosidade, enquanto o sistema arroz consorciado com calopogônio-feijão propiciou maior valor de macroporosidade e menor de microporosidade.

Eficiência da fixação biológica de N2 por estirpes de Bradyrhizobium na soja em plantio direto

O presente trabalho foi realizado nas safras de 1994/95, 1996/97, 1997/98 e 1998/99, objetivando avaliar a eficiência das estirpes de Bradyrhizobium recomendadas pela pesquisa, pela determinação da capacidade competitiva e da eficiência na fixação do N2 na cultura da soja, sob o sistema plantio direto. Os experimentos foram instalados em áreas experimentais da FUNDACEP, Cruz Alta (RS), manejadas desde cinco até dez anos em plantio direto. Na safra de 1994/95, foram usados os seguintes tratamentos: testemunha sem inoculação; 200 kg ha-1 de N mineral, parcelados e sem inoculação; e as combinações das quatro estirpes recomendadas comercialmente, SEMIA 587 + SEMIA 5019; SEMIA 587 + SEMIA 5079; SEMIA 587 + SEMIA 5080; SEMIA 5019 + SEMIA 5079; SEMIA 5019 + SEMIA 5080; SEMIA 5079 + SEMIA 5080 e dois isolados do sorogrupo SEMIA 586. Em 1996/97, foi retirado o último tratamento e acrescidos os tratamentos CPAC 40 + CPAC 44 e CPAC 42 + CPAC 45. Na safra de 1997/98, foi acrescido o tratamento 20 kg ha-1 de N mineral na semeadura + inoculação com SEMIA 5079 + SEMIA 5080. A adubação nitrogenada reduziu a nodulação e não resultou em acréscimo na produção da soja. Na avaliação do rendimento de grãos, em cada uma das quatro safras e na análise conjunta, a testemunha sem inoculação não apresentou diferença significativa em relação aos demais tratamentos. A não-resposta da soja à prática da inoculação pode ser atribuída à população naturalizada de Bradyrhizobium, em número adequado e eficiente, e às condições favoráveis à fixação biológica do nitrogênio, como temperatura e umidade adequadas do solo, proporcionadas pelo sistema plantio direto.