Detection and differentiation of Cryptosporidium by real-time polymerase chain reaction in stool samples from patients in Rio de Janeiro, Brazil

This study reports the first genetic characterisation of Cryptosporidium isolates in Brazil using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). A total of 1,197 faecal specimens from children and 10 specimens from human immunodeficiency virus-infected patients were collected between 1999-2010 and screened using microscopy. Forty-eight Cryptosporidium oocyst-positive isolates were identified and analysed using a generic TaqMan assay targeting the 18S rRNA to detect Cryptosporidium species and two other TaqMan assays to identify Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium parvum. The 18S rRNA assay detected Cryptosporidium species in all 48 of the stool specimens. The C. parvum TaqMan assay correctly identified five/48 stool samples, while 37/48 stool specimens were correctly amplified in the C. hominis TaqMan assay. The results obtained in this study support previous findings showing that C. hominis infections are more prevalent than C. parvum infections in Brazil and they demonstrate that the TaqMan RT-PCR procedure is a simple, fast and valuable tool for the detection and differentiation of Cryptosporidium species.

Fast test for assessing the susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to isoniazid and rifampin by real-time PCR

Mycobacterium tuberculosis is the bacterium that causes tuberculosis (TB), a leading cause of death from infectious disease worldwide. Rapid diagnosis of resistant strains is important for the control of TB. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) assays may detect all of the mutations that occur in the M. tuberculosis 81-bp core region of the rpoB gene, which is responsible for resistance to rifampin (RIF) and codon 315 of the katG gene and the inhA ribosomal binding site, which are responsible for isoniazid (INH). The goal of this study was to assess the performance of RT-PCR compared to traditional culture-based methods for determining the drug susceptibility of M. tuberculosis. BACTEC TM MGIT TM 960 was used as the gold standard method for phenotypic drug susceptibility testing. Susceptibilities to INH and RIF were also determined by genotyping of katG, inhA and rpoB genes. RT-PCR based on molecular beacons probes was used to detect specific point mutations associated with resistance. The sensitivities of RT-PCR in detecting INH resistance using katG and inhA targets individually were 55% and 25%, respectively and 73% when combined. The sensitivity of the RT-PCR assay in detecting RIF resistance was 99%. The median time to complete the RT-PCR assay was three-four hours. The specificities for tests were both 100%. Our results confirm that RT-PCR can detect INH and RIF resistance in less than four hours with high sensitivity.

Detection of replication-defective hepatitis A virus based on the correlation between real-time polymerase chain reaction and ELISA in situ results

ELISA in situ can be used to titrate hepatitis A virus (HAV) particles and real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) has been shown to be a fast method to quantify the HAV genome. Precise quantification of viral concentration is necessary to distinguish between infectious and non-infectious particles. The purpose of this study was to compare cell culture and RT-PCR quantification results and determine whether HAV genome quantification can be correlated with infectivity. For this purpose, three stocks of undiluted, five-fold diluted and 10-fold diluted HAV were prepared to inoculate cells in a 96-well plate. Monolayers were then incubated for seven, 10 and 14 days and the correlation between the ELISA in situ and RT-PCR results was evaluated. At 10 days post-incubation, the highest viral load was observed in all stocks of HAV via RT-PCR (10(5) copies/mL) (p = 0.0002), while ELISA revealed the highest quantity of particles after 14 days (optical density = 0.24, p < 0.001). At seven days post-infection, there was a significant statistical correlation between the results of the two methods, indicating equivalents titres of particles and HAV genome during this period of infection. The results reported here indicate that the duration of growth of HAV in cell culture must be taken into account to correlate genome quantification with infectivity.

Use of sodC versus ctrA for real-time polymerase chain reaction-based detection of Neisseria meningitidis in sterile body fluids

We evaluated the use of a newly described sodC-based real-time-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for detecting Neisseria meningitidis in normally sterile sites, such as cerebrospinal fluid and serum. The sodC-based RT-PCR assay has an advantage over ctrA for detecting nongroupable N. meningitidis isolates, which are commonly present in asymptomatic pharyngeal carriage. However, in our study, sodC-based RT-PCR was 7.5% less sensitive than ctrA. Given the public health impact of possible false-negative results due to the use of the sodC target gene alone, sodC-based RT-PCR for the diagnosis of meningococcal meningitis should be used with caution.

Detection of respiratory viruses by real-time polymerase chain reaction in outpatients with acute respiratory infection

Viruses are the major contributors to the morbidity and mortality of upper and lower acute respiratory infections (ARIs) for all age groups. The aim of this study was to determine the frequencies for a large range of respiratory viruses using a sensitive molecular detection technique in specimens from outpatients of all ages with ARIs. Nasopharyngeal aspirates were obtained from 162 individuals between August 2007-August 2009. Twenty-three pathogenic respiratory agents, 18 respiratory viruses and five bacteria were investigated using multiplex real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and indirect immunofluorescence assay (IIF). Through IIF, 33 (20.4%) specimens with respiratory virus were recognised, with influenza virus representing over half of the positive samples. Through a multiplex real-time RT-PCR assay, 88 (54.3%) positive samples were detected; the most prevalent respiratory viral pathogens were influenza, human rhinovirus and respiratory syncytial virus (RSV). Six cases of viral co-detection were observed, mainly involving RSV. The use of multiplex real-time RT-PCR increased the viral detection by 33.9% and revealed a larger number of respiratory viruses implicated in ARI cases, including the most recently described respiratory viruses [human bocavirus, human metapneumovirus, influenza A (H1N1) pdm09 virus, human coronavirus (HCoV) NL63 and HCoV HKU1].

Molecular diagnosis of strongyloidiasis in tropical areas: a comparison of conventional and real-time polymerase chain reaction with parasitological methods

This study aimed to evaluate the use of conventional polymerase chain reaction (cPCR) and real-time quantitative PCR (qPCR) in the diagnosis of human strongyloidiasis from stool samples in tropical areas. Stool samples were collected from individuals and were determined to be positive for Strongyloides stercoralis (group I), negative for S. stercoralis (group II) and positive for other enteroparasite species (group III). DNA specific to S. stercoralis was found in 76.7% of group I samples by cPCR and in 90% of group I samples by qPCR. The results show that molecular methods can be used as alternative tools for detecting S. stercoralis in human stool samples in tropical areas.

A sensitive, specific and reproducible real-time polymerase chain reaction method for detection of Plasmodium vivaxandPlasmodium falciparum infection in field-collected anophelines

We describe a simple method for detection of Plasmodium vivaxand Plasmodium falciparum infection in anophelines using a triplex TaqMan real-time polymerase chain reaction (PCR) assay (18S rRNA). We tested the assay on Anopheles darlingi and Anopheles stephensi colony mosquitoes fed withPlasmodium-infected blood meals and in duplicate on field collected An. darlingi. We compared the real-time PCR results of colony-infected and field collected An. darlingi, separately, to a conventional PCR method. We determined that a cytochromeb-PCR method was only 3.33% as sensitive and 93.38% as specific as our real-time PCR assay with field-collected samples. We demonstrate that this assay is sensitive, specific and reproducible.

An in-house real-time polymerase chain reaction: standardisation and comparison with the Cobas Amplicor HBV monitor and Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV tests for the quantification of hepatitis B virus DNA

This study aimed to standardise an in-house real-time polymerase chain reaction (rtPCR) to allow quantification of hepatitis B virus (HBV) DNA in serum or plasma samples, and to compare this method with two commercial assays, the Cobas Amplicor HBV monitor and the Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV test. Samples from 397 patients from the state of São Paulo were analysed by all three methods. Fifty-two samples were from patients who were human immunodeficiency virus and hepatitis C virus positive, but HBV negative. Genotypes were characterised, and the viral load was measure in each sample. The in-house rtPCR showed an excellent success rate compared with commercial tests; inter-assay and intra-assay coefficients correlated with commercial tests (r = 0.96 and r = 0.913, p < 0.001) and the in-house test showed no genotype-dependent differences in detection and quantification rates. The in-house assay tested in this study could be used for screening and quantifying HBV DNA in order to monitor patients during therapy.

Governança de tecnologia da informação: uma investigação sobre a representação do conceito

Neste trabalho, investiga-se o que é preconizado pela Governança de Tecnologia da Informação (GTI) e o que de fato é implementado nas organizações. Utiliza-se a Teoria da Representação Social (TRS) para verificar qual a representação da GTI, pois, segundo essa teoria, é em função das representações que as pessoas fazem de determinado objeto social, ou conceito, que os indivíduos realizam suas ações cotidianas de uma maneira ou de outra. Neste estudo, de natureza interpretativa, a estratégia de pesquisa adotada foi o estudo de multicasos em duas empresas multinacionais de grande porte, que atuam em setores distintos. Em ambas as organizações, o foco está voltado para o ambiente interno da TI. Por influência da história da implementação da GTI nas organizações e na representação que os técnicos fazem dela, estão ausentes mecanismos relacionados à estrutura organizacional, e pouco presentes mecanismos de relacionamento com as áreas de negócio. Conclui-se que a GTI está fortemente ancorada em mecanismos de processos e controle de TI, os quais fazem com que perca valor na prática profissional e na atuação dos profissionais de TI.

A representação social da mãe acerca da criança com síndrome de down

Desenvolvido à luz da Teoria das Representações Sociais, o estudo buscou compreender a representação social da mãe acerca da criança com Síndrome de Down. Participaram nove mães, cujos filhos tinham idade escolar e frequentavam um serviço especializado no município de São Paulo. Os dados, obtidos por entrevista semi-estruturada e individual, foram analisados por meio do método de análise de conteúdo, especificamente a análise temática. Os resultados apontaram para urna representação da criança na qual predominaram elementos negativos, levando a mãe a experimentar sentimentos ambivalentes em relação ao filho e comportar-se de modo superprotetor.

Dimensionamento de pessoal de enfermagem em uma unidade especializada em transplante de fígado: comparação do real com o preconizado

O estudo foi desenvolvido em uma clínica cirúrgica de um hospital público universitário, onde, dentre as modalidades terapêuticas oferecidas, são realizados transplantes de fígado. Nessa clínica são internados pacientes que necessitam de cuidados de enfermagem de diferentes complexidades, desde intermediários até os intensivos. Teve-se como objetivo comparar o quadro de pessoal de enfermagem existente na unidade coin o preconizado pela Resolução COFEN nº 189/ 96, onde ficou demonstrado que o quadro da unidade respeita essa Resolução.

Representação social da criança sobre o câncer

Esta pesquisa foi inspirada na necessidade de aprofundar conhecimentos acerca da assistência à criança com câncer. O objetivo do trabalho foi de desvendar as representações sociais da criança com câncer. Realizamos 10 entrevistas do tipo aberta, com crianças e adolescentes de 9 a 15 anos. Os núcleos de análise emergentes giraram em torno da doença, do tratamento, dos profissionais da área da saúde e relações familiares. Este trabalho traz as representações sociais pertencentes ao núcleo doença, objetivando a melhor compreensão sobre o tema e possibilitando o direcionamento da assistência de enfermagem com vistas a diminuição dos traumas que este processo desencadeia na criança.

O professor real e o ideal na visão de um grupo de graduandos de enfermagem

O presente estudo constituiu-se em uma pesquisa não experimental, do tipo "survey". Busca contribuir para o crescimento do conhecimento sobre o ensino de enfermagem caracterizando o professor real e o idealizado por um grupo de graduandos de enfermagem, identificando a área mais valorizada pelo aluno de enfermagem no desempenho docente: afetiva ou relacionada ao domínio teórico-prático do conhecimento específico e aos aspectos didático-pedagógicos, bem como identificando diferenças de atitudes entre os graduandos em relação à essa valorização. Os dados foram obtidos pela aplicação de um questionário a 69 graduandos de duas escolas distintas. Concluiu-se que os aspectos afetivos da relação professor-aluno são mediadores para que, através do domínio tanto do conteúdo da disciplina, como dos aspectos didático-pedagógicos pelos docentes, o processo ensino-aprendizagem se concretize com sucesso.

Estudo da estrutura da representação social da autonomia profissional em enfermagem

Buscou-se analisar a estrutura da representação social da autonomia profissional construída por enfermeiros na cidade de Petrópolis. Adotou-se como referencial a Teoria das Representações Sociais, de acordo com a abordagem estrutural. A coleta de dados foi realizada através da técnica de evocação livre ao termo autonomia profissional com 83 enfermeiros, 42 da rede básica e 41 da rede hospitalar. Os dados foram analisados através da construção do quadro de quatro casas. Os resultados indicam como possíveis elementos centrais da representação os termos conhecimento, conquista e responsabilidade e como elementos periféricos limitada, pouca e utopia.

Representação de gestantes tabagistas sobre o uso do cigarro: estudo realizado em hospital do interior paulista

Este estudo objetivou apreender as representações de gestantes tabagistas sobre o uso de cigarro. Utilizou-se como referencial teórico a Teoria das Representações Sociais. Para análise dos dados, construiu-se o Discurso do Sujeito Coletivo. Das 27 mulheres entrevistadas, 18 possuíam primeiro grau completo, oito, o segundo grau completo e uma, ensino superior; 14 tinham união estável, seis eram casadas. Quatro temas emergiram: 1) o início do hábito de fumar: prática social e natural; 2) satisfação versus culpa; 3) uma bomba: efeitos do cigarro na gestação; 4) cessação: entre o querer e o poder. Apreendeu-se representação negativa do cigarro, considerado o pior dos vícios e potencial causador de complicações feto-maternas. O tabagismo foi representado de maneira preconceituosa, desconsiderando a existência e necessidade de tratamento. Emergiram dificuldades relativas à cessação, trazendo a necessidade de ajuda profissional, para informações, abordagem e tratamento adequados e apoio para que se alcance êxito.