Fast test for assessing the susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to isoniazid and rifampin by real-time PCR

Mycobacterium tuberculosis is the bacterium that causes tuberculosis (TB), a leading cause of death from infectious disease worldwide. Rapid diagnosis of resistant strains is important for the control of TB. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) assays may detect all of the mutations that occur in the M. tuberculosis 81-bp core region of the rpoB gene, which is responsible for resistance to rifampin (RIF) and codon 315 of the katG gene and the inhA ribosomal binding site, which are responsible for isoniazid (INH). The goal of this study was to assess the performance of RT-PCR compared to traditional culture-based methods for determining the drug susceptibility of M. tuberculosis. BACTEC TM MGIT TM 960 was used as the gold standard method for phenotypic drug susceptibility testing. Susceptibilities to INH and RIF were also determined by genotyping of katG, inhA and rpoB genes. RT-PCR based on molecular beacons probes was used to detect specific point mutations associated with resistance. The sensitivities of RT-PCR in detecting INH resistance using katG and inhA targets individually were 55% and 25%, respectively and 73% when combined. The sensitivity of the RT-PCR assay in detecting RIF resistance was 99%. The median time to complete the RT-PCR assay was three-four hours. The specificities for tests were both 100%. Our results confirm that RT-PCR can detect INH and RIF resistance in less than four hours with high sensitivity.

Detection of replication-defective hepatitis A virus based on the correlation between real-time polymerase chain reaction and ELISA in situ results

ELISA in situ can be used to titrate hepatitis A virus (HAV) particles and real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) has been shown to be a fast method to quantify the HAV genome. Precise quantification of viral concentration is necessary to distinguish between infectious and non-infectious particles. The purpose of this study was to compare cell culture and RT-PCR quantification results and determine whether HAV genome quantification can be correlated with infectivity. For this purpose, three stocks of undiluted, five-fold diluted and 10-fold diluted HAV were prepared to inoculate cells in a 96-well plate. Monolayers were then incubated for seven, 10 and 14 days and the correlation between the ELISA in situ and RT-PCR results was evaluated. At 10 days post-incubation, the highest viral load was observed in all stocks of HAV via RT-PCR (10(5) copies/mL) (p = 0.0002), while ELISA revealed the highest quantity of particles after 14 days (optical density = 0.24, p < 0.001). At seven days post-infection, there was a significant statistical correlation between the results of the two methods, indicating equivalents titres of particles and HAV genome during this period of infection. The results reported here indicate that the duration of growth of HAV in cell culture must be taken into account to correlate genome quantification with infectivity.

Use of sodC versus ctrA for real-time polymerase chain reaction-based detection of Neisseria meningitidis in sterile body fluids

We evaluated the use of a newly described sodC-based real-time-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for detecting Neisseria meningitidis in normally sterile sites, such as cerebrospinal fluid and serum. The sodC-based RT-PCR assay has an advantage over ctrA for detecting nongroupable N. meningitidis isolates, which are commonly present in asymptomatic pharyngeal carriage. However, in our study, sodC-based RT-PCR was 7.5% less sensitive than ctrA. Given the public health impact of possible false-negative results due to the use of the sodC target gene alone, sodC-based RT-PCR for the diagnosis of meningococcal meningitis should be used with caution.

Detection of respiratory viruses by real-time polymerase chain reaction in outpatients with acute respiratory infection

Viruses are the major contributors to the morbidity and mortality of upper and lower acute respiratory infections (ARIs) for all age groups. The aim of this study was to determine the frequencies for a large range of respiratory viruses using a sensitive molecular detection technique in specimens from outpatients of all ages with ARIs. Nasopharyngeal aspirates were obtained from 162 individuals between August 2007-August 2009. Twenty-three pathogenic respiratory agents, 18 respiratory viruses and five bacteria were investigated using multiplex real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and indirect immunofluorescence assay (IIF). Through IIF, 33 (20.4%) specimens with respiratory virus were recognised, with influenza virus representing over half of the positive samples. Through a multiplex real-time RT-PCR assay, 88 (54.3%) positive samples were detected; the most prevalent respiratory viral pathogens were influenza, human rhinovirus and respiratory syncytial virus (RSV). Six cases of viral co-detection were observed, mainly involving RSV. The use of multiplex real-time RT-PCR increased the viral detection by 33.9% and revealed a larger number of respiratory viruses implicated in ARI cases, including the most recently described respiratory viruses [human bocavirus, human metapneumovirus, influenza A (H1N1) pdm09 virus, human coronavirus (HCoV) NL63 and HCoV HKU1].

Molecular diagnosis of strongyloidiasis in tropical areas: a comparison of conventional and real-time polymerase chain reaction with parasitological methods

This study aimed to evaluate the use of conventional polymerase chain reaction (cPCR) and real-time quantitative PCR (qPCR) in the diagnosis of human strongyloidiasis from stool samples in tropical areas. Stool samples were collected from individuals and were determined to be positive for Strongyloides stercoralis (group I), negative for S. stercoralis (group II) and positive for other enteroparasite species (group III). DNA specific to S. stercoralis was found in 76.7% of group I samples by cPCR and in 90% of group I samples by qPCR. The results show that molecular methods can be used as alternative tools for detecting S. stercoralis in human stool samples in tropical areas.

A sensitive, specific and reproducible real-time polymerase chain reaction method for detection of Plasmodium vivaxandPlasmodium falciparum infection in field-collected anophelines

We describe a simple method for detection of Plasmodium vivaxand Plasmodium falciparum infection in anophelines using a triplex TaqMan real-time polymerase chain reaction (PCR) assay (18S rRNA). We tested the assay on Anopheles darlingi and Anopheles stephensi colony mosquitoes fed withPlasmodium-infected blood meals and in duplicate on field collected An. darlingi. We compared the real-time PCR results of colony-infected and field collected An. darlingi, separately, to a conventional PCR method. We determined that a cytochromeb-PCR method was only 3.33% as sensitive and 93.38% as specific as our real-time PCR assay with field-collected samples. We demonstrate that this assay is sensitive, specific and reproducible.

An in-house real-time polymerase chain reaction: standardisation and comparison with the Cobas Amplicor HBV monitor and Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV tests for the quantification of hepatitis B virus DNA

This study aimed to standardise an in-house real-time polymerase chain reaction (rtPCR) to allow quantification of hepatitis B virus (HBV) DNA in serum or plasma samples, and to compare this method with two commercial assays, the Cobas Amplicor HBV monitor and the Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV test. Samples from 397 patients from the state of São Paulo were analysed by all three methods. Fifty-two samples were from patients who were human immunodeficiency virus and hepatitis C virus positive, but HBV negative. Genotypes were characterised, and the viral load was measure in each sample. The in-house rtPCR showed an excellent success rate compared with commercial tests; inter-assay and intra-assay coefficients correlated with commercial tests (r = 0.96 and r = 0.913, p < 0.001) and the in-house test showed no genotype-dependent differences in detection and quantification rates. The in-house assay tested in this study could be used for screening and quantifying HBV DNA in order to monitor patients during therapy.

Dimensionamento de pessoal de enfermagem em uma unidade especializada em transplante de fígado: comparação do real com o preconizado

O estudo foi desenvolvido em uma clínica cirúrgica de um hospital público universitário, onde, dentre as modalidades terapêuticas oferecidas, são realizados transplantes de fígado. Nessa clínica são internados pacientes que necessitam de cuidados de enfermagem de diferentes complexidades, desde intermediários até os intensivos. Teve-se como objetivo comparar o quadro de pessoal de enfermagem existente na unidade coin o preconizado pela Resolução COFEN nº 189/ 96, onde ficou demonstrado que o quadro da unidade respeita essa Resolução.

A vivência de um estudante de enfermagem em uma equipe interdisciplinar: fábrica de idéias

A experiência do Estágio Curricular em um serviço de atendimento à saúde mental, extra-hospitalar, o CAPS, levou ao desenvolvimento deste estudo na tentativa de entender e caracterizar uma equipe interdisciplinar nesta instituição, assim como, compreender a inserção de uma estudante de enfermagem nesta equipe. A análise das respostas revelou que nos discursos, encontra-se o conceito de interdisciplinaridade assim como o de multidisciplinaridade (trabalho compartimentado). A concepção que se tem do modelo assistencial e da inserção do projeto neste modelo, é compatível com as noções que fundamentam a descrição do serviço: flexibilidade, inter-relação dos projetos, a clínica ampliada e a reabilitação psicossocial. O fato do serviço ter um Programa de Integração Docente-Assistencial, "naturaliza" e valida a participação de uma estudante de enfermagem nos projetos assistenciais ou de sociabilidade.

O professor real e o ideal na visão de um grupo de graduandos de enfermagem

O presente estudo constituiu-se em uma pesquisa não experimental, do tipo "survey". Busca contribuir para o crescimento do conhecimento sobre o ensino de enfermagem caracterizando o professor real e o idealizado por um grupo de graduandos de enfermagem, identificando a área mais valorizada pelo aluno de enfermagem no desempenho docente: afetiva ou relacionada ao domínio teórico-prático do conhecimento específico e aos aspectos didático-pedagógicos, bem como identificando diferenças de atitudes entre os graduandos em relação à essa valorização. Os dados foram obtidos pela aplicação de um questionário a 69 graduandos de duas escolas distintas. Concluiu-se que os aspectos afetivos da relação professor-aluno são mediadores para que, através do domínio tanto do conteúdo da disciplina, como dos aspectos didático-pedagógicos pelos docentes, o processo ensino-aprendizagem se concretize com sucesso.

Evapotranspiração real de uma cultura de laranja em produção num Latossolo Vermelho-Amarelo

A disponibilidade de água e de nutrientes no solo em épocas e quantidades apropriadas, associada às condições edáficas e climáticas, é fator de indiscutível relevância à produção das culturas. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a evapotranspiração real de uma cultura de laranja, analisar sua variabilidade e verificar a influência deste processo de saída de água do solo na produtividade da cultura. O experimento foi realizado no município de Piracicaba (SP), num Latossolo Vermelho-Amarelo distrófico argissólico, e a evapotranspiração real foi avaliada pelo método do balanço de água no solo em 40 pontos correspondentes a 40 plantas de duas linhas adjacentes com 20 plantas cada. A cultura de laranja, plantada num espaçamento de 7 x 4 m (7 m entre linhas por 4 m entre plantas na linha), tinha 11 anos de idade. Em cada ponto, localizado na projeção da copa (2 m do tronco) de cada uma das 40 plantas ao longo da linha, foram instalados um tubo de Al até à profundidade de 1,2 m para acesso de uma sonda de nêutrons e três tensiômetros às profundidades de 1,0, 1,1 e 1,2 m. A variação da armazenagem de água no solo foi determinada a partir de leituras semanais da sonda de nêutrons. A precipitação pluvial, medida por meio de um pluviômetro com aquisição automática de dados, foi considerada normal para o período monitorado. A drenagem interna e a ascensão capilar foram estimadas pela equação de Darcy-Buckingham, a partir de leituras diárias dos três tensiômetros e da condutividade hidráulica determinada na profundidade de controle (1,1 m) em função do potencial mátrico pelo método do perfil instantâneo. A irrigação e os deflúvios foram inexistentes e a evapotranspiração real da cultura foi calculada pela diferença entre a variação de armazenagem e a soma algébrica dos outros processos avaliados. O balanço foi efetuado durante um ciclo anual da cultura de laranja, dividido em 14 períodos. Nesses 14 períodos de monitoramento, a evapotranspiração real foi analisada com base nos métodos da estatística descritiva e exploratória de dados, obtendo-se um coeficiente de variação médio desses 14 períodos de 16 %. Foi de 1.271 mm a evapotranspiração real anual desta comunidade de plantas cujos valores diários variaram de 0,4 a 8,4 mm. A eficiência de utilização da água ou a razão entre a produtividade e a evapotranspiração real por planta durante o período monitorado variou de 1,57 a 4,52 kg m-3; verificou-se que as plantas com maior produção estavam entre aquelas com maior evapotranspiração real.

Escola e fábrica: vozes de trabalhadores em uma indústria de ponta

O objetivo deste artigo é o de apresentar parte dos resultados de ampla pesquisa, na qual se estudou a qualificação como construção social, privilegiando-se dois campos de análise: a escola e a fábrica. A pesquisa focalizou uma escola pública, duas unidades do Senai e uma indústria metal-mecânica, localizada no interior do Estado de São Paulo. Neste artigo, discutem-se alguns dados obtidos no âmbito da fábrica, com destaque para o olhar dos trabalhadores sobre as contribuições da escola e da empresa para seu processo de qualificação profissional. Os resultados indicam que há consenso entre os entrevistados sobre o valor da escolarização, não só para o exercício da profissão, mas para a vida social e familiar. Os procedimentos adotados pela indústria, visando à qualificação profissional e à adesão dos trabalhadores aos objetivos empresariais, são também muito bem aceitos. A análise dos dados permitiu, todavia, desvelar conflitos, contradições e idealizações que os discursos consensuais não conseguem de todo ocultar.

Contributo para traçar o perfil do público leitor do Real Gabinete Português de Leitura: 1837-1847

Resultado de uma pesquisa que teve como objetivo identificar os critérios que propiciaram a política de seleção do acervo do Real Gabinete Português de Leitura e, a partir deles, estabelecer a Política de Seleção que foi praticada pelo Gabinete. Por uma abordagem exploratório-descritiva, utilizando características do acervo, este artigo busca delinear a figura do leitor no período de 1837-1847. Identifica ainda algumas classes de leitores e suas leituras.

Perda endógena e absorção real de fósforo em dietas para eqüinos em crescimento

O trabalho teve por objetivo avaliar os efeitos de diferentes níveis de P na dieta de eqüinos em crescimento sobre sua perda endógena fecal, e verificar qual seja a exigência mínima diária desse elemento na sua alimentação. Foram utilizados 16 eqüinos machos em crescimento, recebendo dieta basal sem suplementação de P, e dieta basal suplementada com fosfato bicálcico, para fornecer 15, 20 e 25 g P/animal/dia. No 16º dia experimental, foram injetados 30 MBq de 32P/animal e coletaram-se amostras de sangue, fezes e urina, durante sete dias. Foram determinadas as atividades específicas do P no plasma, nas fezes e na urina, e calculou-se a perda endógena fecal e a absorção real de P. A perda endógena fecal e a absorção real de P não foram afetadas (P>0,05) pelos tratamentos, e foram estimados, em média, 10,34 mg P/kg PV/dia e 47,07%, respectivamente, o que indica que, nas condições experimentais, animais com idade média de 19 meses necessitam de 21,96 mg de P/kg PV/dia para manter o balanço da perda metabólica fecal, e a quantidade diária de P de 14,75 g.

Identification of reference genes for expression analysis by real-time quantitative PCR in drought-stressed soybean

The objective of this work was to validate, by quantitative PCR in real time (RT-qPCR), genes to be used as reference in studies of gene expression in soybean in drought-stressed trials. Four genes commonly used in soybean were evaluated: Gmβ-actin, GmGAPDH, GmLectin and GmRNAr18S. Total RNA was extracted from six samples: three from roots in a hydroponic system with different drought intensities (0, 25, 50, 75 and 100 minutes of water stress), and three from leaves of plants grown in sand with different soil moistures (15, 5 and 2.5% gravimetric humidity). The raw cycle threshold (Ct) data were analyzed, and the efficiency of each primer was calculated for an overall analysis of the Ct range among the different samples. The GeNorm application was used to evaluate the best reference gene, according to its stability. The GmGAPDH was the least stable gene, with the highest mean values of expression stability (M), and the most stable genes, with the lowest M values, were the Gmβ-actin and GmRNAr18S, when both root and leaves samples were tested. These genes can be used in RT-qPCR as reference gene for expression analysis.