A complete molecular biology assay for hepatitis C virus detection, quantification and genotyping

Introduction Molecular biology procedures to detect, genotype and quantify hepatitis C virus (HCV) RNA in clinical samples have been extensively described. Routine commercial methods for each specific purpose (detection, quantification and genotyping) are also available, all of which are typically based on polymerase chain reaction (PCR) targeting the HCV 5′ untranslated region (5′UTR). This study was performed to develop and validate a complete serial laboratory assay that combines real-time nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques for the complete molecular analysis of HCV (detection, genotyping and viral load) in clinical samples. Methods Published HCV sequences were compared to select specific primers, probe and restriction enzyme sites. An original real-time nested RT-PCR-RFLP assay was then developed and validated to detect, genotype and quantify HCV in plasma samples. Results The real-time nested RT-PCR data were linear and reproducible for HCV analysis in clinical samples. High correlations (> 0.97) were observed between samples with different viral loads and the corresponding read cycle (Ct - Cycle threshold), and this part of the assay had a wide dynamic range of analysis. Additionally, HCV genotypes 1, 2 and 3 were successfully distinguished using the RFLP method. Conclusions A complete serial molecular assay was developed and validated for HCV detection, quantification and genotyping.

Detection of codon 12 mutation in the k-ras oncogene in pancreatic tumors

Mutations at codons 12, 13, or 61 of the H-ras, K-ras, and N-ras have been detected in human neoplasias by a variety of techniques. Some of these techniques are very sensitive and can detect K-ras mutation in 90% of the cases of pancreatic adenocarcinomas. We analyzed 11 samples of pancreatic adenocarcinoma, three samples of pancreatic mucinous cystadenoma, and two samples without tumors in formalin-fixed paraffin embedded tissue sections. K-ras mutations at codon 12 were detected by a two-step PCR-enriched technique in all the samples of pancreatic adenocarcinoma, but not in cystadenoma or control samples. This technique may be useful for early detection of pancreatic cancer.

Caracterização de uma doença fúngica na Castanha-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.)

Neste trabalho, objetivou-se a caracterização de uma enfermidade ainda nova para o Estado do Acre, na castanha-do-brasil (Bertholletia. excelsa), onde, após, exames macro e microscópios, foi constatado que tal doença era causada pelo fungo do gênero Colletotrichumsp. Em pesquisas de laboratório, foi testada a eficiência de quatro produtos químicos: MONCOZEB, BENOMYL, TIABENDAZOLE e PCNB, na inibição do desenvolvimento micelial "in vitro" do fungo Colletotrichumsp. Os resultados indicaram que apenas o Moncozeb não apresentou efeito inibidor sobre o crescimento do fungo. Os demais inibiram totalmente o crescimento micelial do fungo estudado.

Composição de Flores Masculinas de Pupunha (Bactris gasipaes H. B. K., Palmae)

Composition of the male flowers of peach palm(Bactris gasipaes H.E.K., Palmae). Male flowers of, peach palm ore occasionally consumed as a vegetable 0r, mixed with other ingredients, as a condiment. Three sample were analysed to discover their nutritional values. These flowers contain law levels of protein (1.2% and fats (2.8%)and reasonable levels of able levels of carboidrates (15%); nutritional value is low.

Observações sobre autocompatibilidade em pupunha (Bactris gasipaes H.B.K., Palmae)

A pupunha aparentemente, possui duas estratégias que asseguram a sua polinização cruzada. Uma delas parece ser um fator genético quantitativo que inibe a auto-polinização. Para estudar este fator, duas series de polinização controlada foram feitas em duas diferentes populações juvenis. A primeira população apresentou uma media, de 19,2% de auto-compatibilidade, medida em percentagem de frutos férteis produzidos em relação a todas as flores. Entretanto, o coeficiente de variação foi extremamente alto. A polinização aberta em algumas plantas produziu 22% de frutos férteis, com um coeficiente de variação menor, sugerindo que, o " fruit set" foi, em geral, baixo nutria população, naquela vez. A segunda população, apresentou em media 37,62% de auto-compatibilidade, com um coeficiente de variação menor. Variação entre as árvores foi também detectada e mostrou ser considerável. Além do mais, a auto-compatibilidade variou de 0 a 81%, em distribuição normal. 0 uso de plantas juvenis pode ser a razão da alta variabilidade entre plantas. Apesar da pouca auto-compatibilidade encontrada nestas populações, esta característica é recomendada como descritor para bancos de germoplasma e deve ser obtida em plantas adultas para evitar a alta variabilidade juvenil.

Comparação preliminar da área foliar de três acessos depupunha(Bactris gasipaes H.B.K. PALMAE) oriundos de três populações distintas da Amazônia Ocidental

A área foliar é um importante parâmetro de crescimento e está diretamente relacio nada com a produção de frutos. Neste trabalho estimou-se a área foliar da pupunheina (Bactris gasipaes H.B.K.) em três diferentes acessos que representam as populações de Benjamin Constant, Coari e Rio Preto da Eva, no Estado do Amazonas,Brasil. Primeiro com parou-se o coeficiente de regressão entre a área verdadeira e a área retangular dos folíolos para determinar a similaridade entre as pupunheiras da Amazônia e as da América Central. A seguir, estimou-se a área foliar de três folhas/plantas e três plantas/acesso para cada população. O número de folíolos, a média do comprimento e da largura máxima de uma amostra de seis folíolos e um fator de correção, permitem fazer esta estimativa. Determinou-se que os três acessos são significativamente diferentes quanto a este parâme tro, sugerindo que a área foliar e seus componentes são descritores de importância, tan to na descrição de populações como no melhoramento genético da espécie.

Reconnaissance study of macrofossils from the upper purus river - Western Amazônia.

Fossils of wood, bone and teeth found along the Upper Purus River οf Amazonia. were studied using conventional microscopy and scanning electron microscopy. Mass spectometry was also used to investigate minor and trace element signatures of bone samples.The microsopy studies showed that there was little alteration of original textures. In the fossil wood samples, identified In thin section as tropical hardwood trees, the replacement of the original material with siderite suggests that fossilization occured in shallow sediments in which interstitial waters were saturated with respect to iron carbenate. In samples of both fossilized bone and wood, precipitation of secondary iron phases was commonly observed in cracks and voids. Other secondary phases Included silica, iron oxides, manganese carbonate. The intimate assοciation οf these secondary phases with the original biological structures could be evidence for a microbiological role in the formation of these phases. The similarity in rare earth element (REE) signatures for 2 fossil bone samples from different modern locations indicates their having shared similar diagenetic histories.The virtually complete preservation of original textures suggests that microscοpic studies could be useful in classifying fossil and even in identifying original materials. Rare carth signatures in fossilized bone may reflect ground water compositions at the time of fossilization.

Aspectos sobre a polinizaçâo do "Dendezeiro" Elaeis guineensis Jacq. e do "Caiaué" Elaeis oleifera (H.B.K.) Cortés. (ARECACEAE).

Este trabalho tem como objetivo a identificação dos insetos visitantes e polinizadores das flores do "dendê" Elaeis guineensis Jacq., e do "caiaué" Elaeis oleifera (H.B.K) Cortés, atráves de coletas em locais e horários diferentes, quando as inflorescências masculinas das plantas encontravam-se em plena antese. Um total de 159 insetos foram observados tendo sido constatado dentre os diversos tipos de visitantes, os meliponídeos: Trigona sp. ("dendê" e "caiaué"), Apis mellifera adansonni e Partamona sp. ("dendê"). Constatou-se ainda a presença de uma quantidade razoável de insetos da família Curculionidae do gênero Elaeidobius, que voavam em torno das inflorescências, sendo evidente a sua participação na polinização das espécies estudadas. Além disso, verificou-se a presença de larvas de um coléoptero da família lycidae, junto as inflorescências das plantas.

Variação centesimal na progênie 318P de pupunha (Bactris gasipaes H. B. K.)

^aPejibaye (Bactris gasipaes H.B.K., Palmae) has considerable potential as an oil crop and breeding programs are being planned. Fruit mesocarp centesimal variation within a fraction of the oiliest progeny found to date (318P) is presented, with an analysis of the correlations among these components. None of the progeny approached the maternal level of 61.7% of dry weight. Fats and carbohydrates are highly and negatively correlated.

Um método prático para germinar sementes de pupunha (Bactris gasipaes H. B. K.)

The pejibaye heart of palm is becoming an agro-industrial export crop in Latin America. The nurseryman needs an efficient, cheap method for germinating large quantities of seed that are currently difficult to obtain. A new method is described for germinating large quantities of seed, in small areas, with 90+% germination within a month. This is better than previously used methods and is recommended for agro-industry scale enterprises.

PRELIMINARY RESULTS OF A LARGE-SCALE TREE INVENTORY OF UPLAND RAIN FOREST IN THE CENTRAL AMAZON

A large-scale inventory of trees > 10cm DBH was conducted in the upland "terra firme" rain forest of the Distrito Agropecuário da SUFRAMA (Manaus Free Zone Authority Agricultural District) approximately 65Km north of the city of Manaus (AM), Srasil. Thegeneral appearance and structure of the forest is described together with local topography and soil texture. Thepreliminary results of the Inventory provide a minimum estimate of 698 tree species in 53 families in the 40Km radius sampled, including 17 undescribed species. Themost numerically abundant families, Lecythidaceae, Leguminosae, 5apotaceae and Burseraceae as also among the most species rich families. One aspect of this diverse assemblage is the proliferation of species within certain genera, Including 26 genera In 17 families with 6 or more species or morphospecies. Most species have very low abundances of less than 1 tree per hectare. While more abundant species do exist at densities ranging up to a mean of 12 trees per ha, many have clumped distributions leading to great variation in local species abundance. The degree of similarity between hectare samples based int the Coefficient of Community similarity Index varies widely over different sample hectares for five ecologically different families. Soil texture apparently plays a significant role In determining species composition in the different one hectare plots examined while results for other variable were less consistent. Greater differences in similarity indices are found for comparisons with a one hectare sample within the same formation approximately 40Km to the south. It is concluded that homogeneity of tree community composition within this single large and diverse yet continuous upland forest formation can not be assumed.

DESENVOLVIMENTO DE ÁRVORES NATIVAS EM ENSAIOS DE ESPÉCIES. 4. CASTANHA-DO-BRASIL (Bertholletia excelsa Η. B. K.), DEZ ANOS APÓS O PLANTIO

Três parcelas experimentais de Bertholletia excelsa (Castanha-do- Brasil) foram implantadas na Estação Experimental de Silvicultura Tropical do INPA/Manaus, em 1980, com o objetivo de obter dados sobre o crescimento da espécie com fins de produção de madeira e frutos. O sistema de plantio adotado foi em plena abertura, sobre Latossolo vermelho-amarelo, no espaçamento de 3,0 x 3,0 m. Foram observados, aos 10 anos, os seguintes resultados, diâmetro médio (DAP) de 13,9 cm e a altura total média de 15,41 m; os valores máximos de diâmetros e alturas encontrados foram de 21,7 cm e 23,0 m. respectivamente; a área basal média por hectare foi de 11,7098 nr. correspondendo a um volume médio de 117391 m3/ha; a espécie apresentou ótima desrama natural, boa adaptação ao Latossolo vermelho - amarelo, 69,44% de sobrevivência média, boa forma de fuste, não tendo sido verificadas doenças ou pragas.

Arthropods obtained from the Amazonian tree species "Cupiuba" (Goupia glabra) by repeated canopy fogging with natural Pyrethrum

Two canopies of a widely distributed Amazonian tree species, Goupia glabra Aubl. (Celastraceae, height 38 and 45m) were fogged several times with 1% natural pyrethrum during the rainy and dry seasons (1991-1994) in the Adolpho Ducke Forest Reserve near Manaus/Brazil. Between 50 and 158 ind./m2 of arthropods were obtained per tree and fogging event. Hymenoptera, mostly Formicidae, and Diptcra dominated. A total of 95 ant species occurred on a single tree. Most ants were permanently foraging in the canopy and their recolonization after fogging seems to follow stochastic pathways. Data indicated an interaction between - 1) predating Formicidae and gall building Cecidomyiidae and - 2) Cecidomyiidae and the parasitic Hymenoptera.

Balanço dos nutrientes Ca+2, Mg+2, Na+, K+e NO3, em uma bacia de primeira ordem com vegetação Natural na Amazônia Central

O estudo foi conduzido em uma bacia hidrográfica experimental de primeira ordem de aproximadamente 3,5 km2 localizada próximo ao km 16 da estrada secundária ZF-02, do km 60 da rodovia BR-174 que liga Manaus - Boa Vista. O principal objetivo foi quantificar o balanço dos nutrientes Ca+2, Mg+2 Na+, K+e NO3 através da entrada via precipitação e saída via deflúvio. As coletas de água e os cálculos do fluxo de nutrientes foram feitos em base mensal por um período de um ano. Observou-se que as concentrações iônicas apresentaram pouca variação ao longo do tempo. As maiores concentrações na precipitação ocorreram em função do acúmulo de aerosóis na atmosfera, após um período longo sem chuva. Aparentemente a vegetação exerceu influência mais evidente sobre o nitrato em relação aos demais nutrientes. O fluxo dos nutrientes foi variável, onde principalmente a entrada total destes deu-se em função de eventos individuais de chuva de grande magnitude. O balanço em kg.ha-1.ano-1 foi positivo para todos os nutrientes com os seguintes ganhos líquidos: Ca+2 (2,33); Mg+2 (1,66); Na+ (2,07); K+ (l,80) e NO3 (5,84).

Substituição do fubá de milho (Zea Mays, L.) por farinha de pupunha (Bactris Gasipaes, H. B. K.) em rações para Alevinos de Tambaqui (Colossoma Macropomum, Cuvier 1818)1

São apresentados os resultados da substituição do fubá de milho por farinha de pupunha, através do desempenho em crescimento e composição corporal de alevinos de tambaqui, alimentados durante 112dias com quatro dietas, constituídas de uma ração padrão e três níveis de substituição do fubá de milho. Osresultados demonstram que a farinha de pupunha pode substituir completamente o fubá de milho nas dietas para estes alevinos, sem afetar seu desempenho e composição corporal.