Spoligotyping and variable number tandem repeat analysis of Mycobacterium bovis isolates from cattle in Brazil

We performed spoligotyping and 12-mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeats (MIRU-VNTRs) typing to characterise Mycobacterium bovis isolates collected from tissue samples of bovines with lesions suggestive for tuberculosis during slaughter inspection procedures in abattoirs in Brazil. High-quality genotypes were obtained with both procedures for 61 isolates that were obtained from 185 bovine tissue samples and all of these isolates were identified as M. bovis by conventional identification procedures. On the basis of the spoligotyping, 53 isolates were grouped into nine clusters and the remaining eight isolates were unique types, resulting in 17 spoligotypes. The majority of the Brazilian M. bovis isolates displayed spoligotype patterns that have been previously observed in strains isolated from cattle in other countries. MIRU-VNTR typing produced 16 distinct genotypes, with 53 isolates forming eight of the groups, and individual isolates with unique VNTR profiles forming the remaining eight groups. The allelic diversity of each VNTR locus was calculated and only two of the 12-MIRU-VNTR loci presented scores with either a moderate (0.4, MIRU16) or high (0.6, MIRU26) discriminatory index (h). Both typing methods produced similar discriminatory indexes (spoligotyping h = 0.85; MIRU-VNTR h = 0.86) and the combination of the two methods increased the h value to 0.94, resulting in 29 distinct patterns. These results confirm that spoligotyping and VNTR analysis are valuable tools for studying the molecular epidemiology of M. bovis infections in Brazil.

Widespread nasal carriage of Mycobacterium lepraeamong a healthy population in a hyperendemic region of northeastern Brazil

A case-control study was conducted to determine the presence ofMycobacterium leprae DNA in nasal secretions of leprosy cases and nonleprosy individuals in Fortaleza, Brazil. It included 185 cases identified by physicians at the Dona Libânia National Reference Centre for Sanitary Dermatology (CDERM). A control group (Co) (n = 136) was identified among individuals from CDERM not diagnosed as leprosy cases. To augment the spatial analysis of M. leprae specific repetitive element (RLEP) positive prevalence, an external group (EG) (n = 121), a convenience sample of healthy students, were included. Polymerase chain reaction for the RLEP sequence was conducted for all participants. Prevalence of RLEP positivity for cases and Co were 69.2% and 66.9%, respectively, significantly higher than for EG (28.1%), and reported elsewhere. Male sex, belonging to a lower socioeconomic status (D/E), history of a previous contact with a case and being older, were associated with being a leprosy case. Our geographical analysis demonstrated that the bacillus is widespread among the healthy population, with clusters of RLEP positive multibacillary cases concentrated in distinct areas of the city. Our results suggest that in endemic areas, as in Fortaleza, surveillance for both nonhousehold leprosy contacts and members of the general population living in cluster areas should be implemented.

Knowledge and attitudes of nurses towards alcohol and related problems: the impact of an educational intervention

An exploratory study of quasi-experimental approach that aimed to verify the impact of an educational intervention on attitudes and knowledge of nurses towards alcohol use and associated problems. The sample included 185 nurses, divided into two groups: 84 submitted to a training course and formed the experimental group. Data were collected through a knowledge survey and an attitude scale. The attitudes of the participants of both groups were positive. There were no significant differences between groups in relation to knowledge. The strongest predictors of positive attitudes were possessed preparation to act with chemical dependents (OR = 2.18), "have received increased workload during graduation on the theme, 'alcohol and other drugs'" (OR = 1.70), and "completed graduate school" (OR = 2.59). The educational intervention had a positive impact on the attitudes of nurses towards alcoholics, work and interpersonal relationships with such clientele.

Patterns of alcohol use and related issues: analysis of nurses' knowledge


Descriptive study that aimed to identify and compare the nurses’ knowledge addressed to patterns of alcohol use and related issues. The study included 185 nurses of which 84 had attended a training course on the subject. Data were collected through a questionnaire of knowledge showing that while the trained group obtained the highest average on correct answers, there was a lack of knowledge in both groups, especially with regard to the identification of complications from alcohol use. Important definitions to nursing practice in the area of addictions are presented, suggesting that future training may consider the various dimensions involved in caring for people with problems related to alcohol.


Composição da comunidade de Formicidae (Insecta, Hymenoptera) em copas de Attalea phalerata Mart. (Arecaceae), no Pantanal de Poconé, Mato Grosso, Brasil

Três indivíduos da palmeira Attalea phalerata Mart (Arecaceae) foram amostrados durante a fase aquática (cheia) no Pantanal de Mato Grosso (fevereiro/2001) utilizando-se a metodologia de nebulização de copas "canopy fogging". Este estudo objetivou avaliar a diversidade, hábitos alimentares e a distribuição espacial da comunidade de Formicidae em copas dessa palmeira que forma adensamentos monodominantes, típicos nessa região. Cada palmeira foi nebulizada uma única vez e realizadas três coletas subseqüentes. Um total de 966 formigas, pertencentes a 6 subfamílias, 13 tribos e 29 espécies foram amostradas em 49 m² de área amostral (19,7±52,7 indivíduos/m²) representando 3,9% do total de artrópodes obtidos. Myrmicinae foi a subfamília mais representativa, com 6 tribos e 14 espécies, destacando-se Solenopsidini com 5 espécies. Formicinae foi a segunda subfamília mais abundante com 3 tribos e 8 espécies. Pheidole sp. 2 foi dominante na amostragem geral (284 indivíduos; 29,4% da captura total) seguida por Camponotus (Myrmobrachys) crassus (182 individuos; 18,8%) e Crematogaster (Orthocrema) sp. 1 pr. quadriformis (119 individuos; 12,3%). Os índices de diversidade foram consideráveis (H'=2,185; D= 0,835) apesar de demonstrarem baixos valores de equitabilidade (0,649 e 0,248, respectivamente). Este resultado demonstra a heterogeneidade da comunidade de Formicidae associada à copa dessa palmeira. A análise da distribuição espacial desmonstrou que a maior abundância e riqueza de Formicidae ocorrem na região central da copa, próximo ao caule.

Comportamento de diferentes fontes de silício no solo e na cultura do tomateiro

O objetivo deste trabalho foi estudar a ação do xisto, de duas escórias e de um termofosfato sobre a disponibilidade do Si no Argissolo Vermelho-Amarelo sob plasticultura com o tomateiro. Dois experimentos foram instalados em blocos casualizados com os seguintes tratamentos: testemunha, 6 t ha-1 de xisto, 6 t ha-1 de escória da Mannesman, 6 t ha-1 de escória da Dedini e 2,5 t ha-1 de termofosfato. As concentrações de Si (SiO2 total) nestes produtos foram: 530, 350, 273, 185 g kg-1, respectivamente, para o xisto, escória da Mannesman, Dedini e termofosfato. Os resultados indicaram que a escória da Mannesman foi o tratamento que apresentou maiores teores de Si no solo, extraídos com oxalato de amônio, e o xisto o tratamento com o menor teor. Todavia, avaliando a relação entre a quantidade de Si aplicada sobre o aumento de Si no solo, verifica-se que o termofosfato foi o tratamento que mais elevou o teor deste elemento. Os produtos aplicados forneceram Si para o tomateiro, mas não foram suficientes para aumentar a produtividade. Observou-se boa correlação entre os teores de Si na planta em relação ao Si extraído do solo com oxalato de amônio.

Variabilidade espacial de atributos físicos de solo usada na identificação de classes pedológicas de microbacias na Amazônia meridional

A região noroeste do Estado de Mato Grosso compreende paisagens de grande complexidade para amostragem de solo. Isso ocorre devido à contínua atividade geomorfológica, que contribuiu para a existência de diferentes classes pedológicas em pequenas distâncias. O trabalho foi desenvolvido em Juruena (MT), com o objetivo de identificar as classes pedológicas em microbacias sob floresta não-perturbada, por meio do estudo da variabilidade espacial da textura (relação textural) e cor (índice de avermelhamento) do solo, considerando-se ainda a altitude da paisagem. A variabilidade espacial da textura e da cor do solo foi determinada em amostras de 185 pontos georreferenciados em malha sistemática regular com espaçamento de 20 x 20 m, abrangendo quatro microbacias. Usando profundidades de 0-20 e 40-60 cm, foi possível distinguir e mapear as principais classes de solo ocorrentes na área de estudo até o segundo nível categórico do Sistema Brasileiro de Classificação de Solos, associadas ao fator relevo da paisagem. Também foi estabelecida uma correspondência bastante satisfatória entre os intervalos do índice de avermelhamento do horizonte diagnóstico e as cores das classes de solo. As microbacias apresentaram as classes Plintossolos e Argissolos (com caráter plíntico) em altitudes inferiores a 280 m e Latossolos nas cotas superiores. Dessa forma, ficou evidenciada a possibilidade do uso da geoestatística para separar classes homogêneas de solo, além de estimar a precisão de mapeamento. Contudo, são indispensáveis o conhecimento pedológico e o trabalho posterior de campo para a aplicação e o ajuste dessa modelagem.

Silicate fertilization of tropical soils: silicon availability and recovery index of sugarcane

Sugarcane is considered a Si-accumulating plant, but in Brazil, where several soil types are used for cultivation, there is little information about silicon (Si) fertilization. The objectives of this study were to evaluate the silicon availability, uptake and recovery index of Si from the applied silicate on tropical soils with and without silicate fertilization, in three crops. The experiments in pots (100 L) were performed with specific Si rates (0, 185, 370 and 555 kg ha-1 Si), three soils (Quartzipsamment-Q, 6 % clay; Rhodic Hapludox-RH, 22 % clay; and Rhodic Acrudox-RA, 68 % clay), with four replications. The silicon source was Ca-Mg silicate. The same Ca and Mg quantities were applied to all pots, with lime and/or MgCl2, when necessary. Sugarcane was harvested in the plant cane and first- and second-ratoon crops. The silicon rates increased soil Si availability and Si uptake by sugarcane and had a strong residual effect. The contents of soluble Si were reduced by harvesting and increased with silicate application in the following decreasing order: Q>RH>RA. The silicate rates promoted an increase in soluble Si-acetic acid at harvest for all crops and in all soils, except RA. The amounts of Si-CaCl2 were not influenced by silicate in the ratoon crops. The plant Si uptake increased according to the Si rates and was highest in RA at all harvests. The recovery index of applied Si (RI) of sugarcane increased over time, and was highest in RA.

Estabilidade fenotípica de novas variedades de cana-de-açúcar para o Estado de São Paulo

Cinco novas variedades de cana-de-açúcar (Saccharum officinarum L.), recomendadas para cultivo comercial pelo Programa de Melhoramento da Copersucar em 1997, foram avaliadas quanto ao nível de produtividade, estabilidade produtiva e adaptação ambiental, mediante metodologia para estimativa da estabilidade fenotípica. Os dados foram comparados com a variedade-padrão RB72454. Observou-se alta linearidade da produção em relação à melhoria ambiental, além de ótima estabilidade e nível de resposta nas variedades SP80-185, SP80-1816 e SP80-3280. A variedade SP83-5073, precoce e de alto teor de sacarose, também foi bastante estável. A variedade SP80-3480 apresentou maior dispersão dos dados, porém com alta produtividade. A variedade SP80-185 passa a ser indicada como padrão de estabilidade em futuros ensaios, sendo estável nos piores ambientes e responsiva nos melhores.

Análise discriminante dos solos por meio da resposta espectral no nível terrestre

O objetivo deste trabalho foi desenvolver e avaliar um método para discriminação das classes de solos a partir de suas respostas espectrais, utilizando-se um sensor em laboratório. Os dados espectrais foram utilizados no desenvolvimento de modelos estatísticos para discriminar as classes de solos de uma área no sudoeste do Estado de São Paulo. Equações discriminantes foram desenvolvidas para as 18 classes. A resposta espectral foi obtida em amostras da porção superficial e da porção subsuperficial dos solos da área de estudo, num total de 370 amostras. As amostras foram coletadas em 185 ha, com uma tradagem por ha. Os resultados demonstraram que as classes de solos podem ser individualizadas e distinguidas pela análise discriminante. A análise registrou índices de acerto acima de 80% de determinação da classe de solo avaliada. O acerto global foi de 90,71% quando se utilizaram todas as classes para a geração dos modelos, e 93,44% quando se utilizaram as dez classes com maior número de indivíduos. O teste estatístico simulado mostrou-se eficiente na análise discriminante, com taxa média de acerto acima de 91%, com erro global de 8,8%. A análise demonstrou redução na qualidade do modelo quando aplicado para um subconjunto de 20% das amostras, com erro global de 33,9%. O método auxilia na discriminação de classes de solos pela sua reflectância, devido às interações físicas com a energia eletromagnética.

Recuperação e distribuição do nitrogênio fornecido a videiras jovens

O objetivo deste trabalho foi estimar a recuperação e a distribuição do N fornecido a videiras jovens. O experimento foi realizado em casa de vegetação na Embrapa Uva e Vinho, Bento Gonçalves, RS. Foram utilizadas videiras da cultivar Riesling Itálico e Chardonnay, enxertadas no porta-enxerto 101-14 Mgt. Foi cultivada uma planta por vaso contendo 3,5 kg de um Neossolo Litólico. A solução de sulfato de amônio com 2% de átomos 15N, na dose de 185,60 mg de N foi aplicada na superfície do solo depois do transplante das videiras. As plantas foram coletadas em seis épocas, e separadas em folhas, porta-enxerto + enxerto, raízes grossas e finas. Todas as partes das videiras foram secadas em estufa, para determinação da produção de matéria seca e análise do N total e 15N. A maior recuperação do N do fertilizante pelas videiras jovens ocorreu em épocas próximas ao fornecimento do N. A maior quantidade de N acumulado nas videiras derivou-se de formas diferentes daquelas do N fornecido. As folhas e raízes foram o maior compartimento de N total e N derivado do fertilizante.

Identificação de marcadores microssatélites relacionados ao escurecimento de grãos em feijão

O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites ligados ao loco de características quantitativas (QTL) responsável pelo escurecimento tardio do tegumento de feijões do tipo carioca, a fim de reduzir o tempo de avaliação necessário para seleção quanto a essa característica. Foram utilizados dados de avaliação fenotípica de 185 progênies F2:3 derivadas do cruzamento VC-3 x 'BRSMG Majestoso', para o estudo do controle genético do escurecimento dos grãos. Com esses dados, foram confeccionados dois "bulks" segregantes de DNA, empregados para a avaliação de 444 pares de primers SSR. Os aplicativos computacionais GQMOL e Sisvar foram utilizados para avaliar as segregações, confeccionar um grupo de ligação e realizar análises de marca simples e de regressão múltipla pelo método "backward". Oito marcadores apresentaram polimorfismo nos "bulks". Seis desses marcadores foram agrupados em um grupo de ligação de 80,49 cM, e destes, três mostraram-se estreitamente ligados ao QTL responsável pelo escurecimento tardio dos grãos. O marcador PVM02TC116 cossegregou com o QTL em questão, e os marcadores PVESTBR-98 (2,00 cM) e PV176 (12,24 cM) flanqueiam essa região, o que sugere elevada eficiência para possível uso na seleção assistida.

Associação de marcadores moleculares SNP com o conteúdo de ácido linolênico em sementes de soja

O objetivo deste trabalho foi validar a associação de marcadores moleculares do tipo "single nucleotide polymorphism" (SNP) para os genes FAD3A, FAD3B e FAD3C com o conteúdo de ácido linolênico (18:3) em sementes de soja e analisar a influência dos parâmetros genéticos destes marcadores nesta característica. Foram genotipadas 185 progênies F2 derivadas do cruzamento entre A29 (mutante para os três genes FAD3, 1% de 18:3) e Tucunaré (genótipo selvagem, 11% de 18:3). Os marcadores moleculares para os genes FAD3A, FAD3B e FAD3C explicaram a variação do conteúdo de 18:3 nas populações segregantes F2 e F2:3. Além disso, as substituições alélicas no loco FAD3A proporcionam maiores variações no conteúdo de 18:3 que as substituições nos outros dois locos.

Mating system parameters in a high density population of andirobas in the Amazon forest

The objective of this work was to estimate the mating system parameters of a andiroba (Carapa guianensis) population using microsatellite markers and the mixed and correlated mating models. Twelve open‑pollinated progeny arrays of 15 individuals were sampled in an area with C. guianensis estimated density of 25.7 trees per hectare. Overall, the species has a mixed reproductive system, with a predominance of outcrossing. The multilocus outcrossing rate (t m = 0.862) was significantly lower than the unity, indicating that self‑pollination occurred. The rate of biparental inbreeding was substantial (t m ‑ t s = 0.134) and significantly different from zero. The correlation of selfing within progenies was high (r s = 0.635), indicating variation in the individual outcrossing rate. Consistent with this result, the estimate of the individual outcrossing rate ranged from 0.598 to 0.978. The multilocus correlation of paternity was low (r p(m) = 0.081), but significantly different from zero, suggesting that the progenies contain full‑sibs. The coancestry within progenies (Θ = 0.185) was higher and the variance effective size (Ne(v) = 2.7) was lower than expected for true half‑sib progenies (Θ = 0.125; Ne(v) = 4). These results suggest that, in order to maintain a minimum effective size of 150 individuals for breeding, genetic conservation, and environmental reforestation programs, seeds from at least 56 trees must be collected.

Cultivation of Flammulina velutipesmushroom using various agro-residues as a fruiting substrate

The objective of this work was to evaluate the feasibility of different agro-residues as a carbon source in the fruiting substrates of Flammulina velutipesmushroom and the effect of supplementation with the nitrogen sources spent brewer's yeast and rice bran. The following fruiting substrates were evaluated: rubber wood sawdust (SD), paddy straw (PS), palm empty fruit bunches (EFB), and palm-pressed fiber (PPF). Cultivation was done on each agro-residue, based on formulations consisting of two substrates at the ratios of 3:1, 1:1, and 1:3. Mycelial growth rate and basidiocarp yield were evaluated. The best fruiting substrates were PS+EFB (25:75), PS+PPF (50:50), and PPF (100), with biological efficiency of 185.09±36.98, 150.89±50.35, and 129.06±14.51%, respectively. No significant effects of supplementation with rice bran and spent yeast were observed on mycelial growth rate and biological efficiency. The cultivation of F. velutipes on oil palm wastes does not require additional nitrogen sources.