Whole genome sequence of Klebsiella pneumoniae U25, a hypermucoviscous, multidrug resistant, biofilm producing isolate from India

Klebsiella pneumoniae U25 is a multidrug resistant strain isolated from a tertiary care hospital in Chennai, India. Here, we report the complete annotated genome sequence of strain U25 obtained using PacBio RSII. This is the first report of the whole genome of K. pneumoniaespecies from Chennai. It consists of a single circular chromosome of size 5,491,870-bp and two plasmids of size 211,813 and 172,619-bp. The genes associated with multidrug resistance were identified. The chromosome of U25 was found to have eight antibiotic resistant genes [blaOXA-1,blaSHV-28, aac(6’)1b-cr,catB3, oqxAB, dfrA1]. The plasmid pMGRU25-001 was found to have only one resistant gene (catA1) while plasmid pMGRU25-002 had 20 resistant genes [strAB, aadA1,aac(6’)-Ib, aac(3)-IId,sul1,2, blaTEM-1A,1B,blaOXA-9, blaCTX-M-15,blaSHV-11, cmlA1, erm(B),mph(A)]. A mutation in the porin OmpK36 was identified which is likely to be associated with the intermediate resistance to carbapenems in the absence of carbapenemase genes. U25 is one of the few K. pneumoniaestrains to harbour clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) systems. Two CRISPR arrays corresponding to Cas3 family helicase were identified in the genome. When compared to K. pneumoniaeNTUHK2044, a transposase gene InsH of IS5-13 was found inserted.

Molecular epidemiology and extended-spectrum β-lactamases production of Klebsiella pneumoniae isolated from three dairy herds

The objectives of this study were to isolate Klebsiella pneumoniae from different sources in three dairy cattle herds, to use the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) to measure genotypic similarities between isolates within a dairy herd, to verify the production of extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) by the double-disk synergy test (DDST), and to use the PCR to detect the main ESBLs subgroups genes. Three dairy farms were selected based on previous mastitis outbreaks caused by K. pneumoniae. Milk samples were collected from lactating cows and from the bulk tank. Swabs were performed in different locations, including milking parlors, waiting room, soil, animal's hind limbs and rectum. K. pneumoniae was isolated from 27 cases of intramammary infections (IMI) and from 41 swabs. For farm A isolates from IMI and bulk tank were considered of the same PGFE subtype. One isolate from a bulk tank, three from IMI cases and four from environmental samples were positive in the DDST test. All eight DDST positive isolates harbored the bla shv gene, one harbored the bla tem gene, and three harbored the bla ctx-m gene, including the bulk tank isolate. Our study confirms that ESBL producing bacteria is present in different locations in dairy farms, and may be responsible for IMI. The detection of ESBLs on dairy herds could be a major concern for both public and animal health.

Research of Klebsiella pneumoniae in dairy herds

Klebsiella pneumoniae is a common environmental agent of clinical and subclinical mastitis affecting dairy herds, and may be present in the final product decreasing its quality. Mastitis caused by K. pneumoniae is even more severe due to its poor response to antibiotic therapy, rapid evolution to toxic shock and death of the animal. This paper aimed to study the prevalence of this pathogen among dairy herds in ten farms located in different municipalities of São Paulo State based on size and use of milking technology. All mammary glands of all lactating cows were screened using the California Mastitis Test (CMT) and a strip cup. A single aseptic milk sample (20mL) was collected from all CMT-positive quarters and bulk tanks, whereas swab samples were collected from feces, hind limbs of the animals, bedding and milking parlor. Identification of K. pneumoniae was performed using conventional microbiology culture, biochemical assay and Polimerase Chain Reaction. The primers were designed and tested at the Laboratory of Molecular Biology applied to Zoonoses (FMVZ, Unesp-Botucatu) targeting the 16S rRNA gene. This study included 1067 animals. Six cases of intramammary infection by K. pneumoniae were detected in six different cows in two farms. Moreover, K. pneumoniae was isolated in 77 swabs (34 from bedding in 9 farms, 7 from waiting rooms in 5 farms, 6 from milking parlors in 4 farms, 11 from rectums in six farms, and 19 from hindlimbs in 7 farms. Molecular analysis confirmed the agent was K. pneumoniae. At least one strain of the agent was identified in a certain site in all farms, showing the need of maintaining the hygiene in dairy farms.

Detection of Mycoplasma pneumoniae and Chlamydia pneumoniae in ruptured atherosclerotic plaques

This paper reports what is apparently the first observation of Mycoplasma pneumoniae in association with Chlamydia pneumoniae in thrombosed ruptured atheromas. We performed electron microscopy and in situ hybridization in specimens from three patients who died of acute myocardial infarction. These patients had typical symptoms of acute ischemic syndrome. Mycoplasmas were present mainly in the lipid core of the ruptured thrombosed plaque. Vulnerable atheromas are rich in cholesterol and may favor the growth of mycoplasmas, the only microorganisms that require cholesterol for survival. We suggest that the association of Mycoplasma pneumoniae and Chlamydia pneumoniae may increase the virulence of these microorganisms, favoring proliferation, plaque inflammation and possibly plaque rupture.

Prevalência elevada do Alloiococcus otitidis na otite média com efusão através da PCR simultânea

A etiologia da otite média com efusão (OME) não é completamente conhecida, mas agentes infecciosos podem contribuir para sua patogênese. O conhecimento sobre a epidemiologia bacteriana da OME em áreas geográficas distintas é essencial para a implementação de tratamentos racionais, quando indicados. OBJETIVO: Determinar a prevalência do Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis e Alloiococcus otitidis nas efusões da orelha média de crianças com otite média recorrente (OMR) e otite média com efusão crônica (OMEC) que foram submetidas à miringotomia e comparar os resultados obtidos por cultura e PCR. FORMA DE ESTUDO: Estudo clínico com coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: 128 efusões obtidas por timpanocentese de 75 crianças entre 11 meses e 10 anos de idade foram analisadas por cultura e PCR simultânea. RESULTADOS: Cultivaram-se bactérias em 25,1% das amostras e os patógenos principais foram encontrados em 19,6%. O A.otitidis não foi isolado em cultura. A PCR identificou bactérias em 85,9%, com os seguintes resultados individuais: A.otitidis, 52,3%; H.influenzae, 39,1%; S.pneumoniae, 12,5% e M.catarrhalis, 10,2%. A PCR foi significativamente mais sensível que a cultura (P<0,01). O S.pneumoniae foi mais encontrado em OMR do que em OMEC (P=0,038). CONCLUSÕES: A prevalência das bactérias na OME em um grupo de crianças brasileiras é semelhante àquelas relatadas em outros países, sendo o H.influenzae o mais encontrado dentre os patógenos principais da orelha média. O S.pneumoniae foi mais freqüente em OMR do que em OMEC. A PCR é mais sensível na detecção de bactérias na efusão da orelha média, comparada com cultura, e é essencial para a identificação do A.otitidis. O elevado percentual de detecção do A.otitidis sugere mais investigações sobre sua atuação no início e no prolongamento de doenças da orelha média.

Achados otomicroscópicos e histológicos da miringoesclerose induzida em ratos: estudo crítico de um modelo experimental

A miringoesclerose é caracterizada por hialinização da lâmina própria da membrana timpânica. Trabalhos experimentais têm utilizado a otomicroscopia ou a histologia para estudar a miringoesclerose em animais, porém sem correlacionar precisamente estes dois métodos de avaliação. OBJETIVO: Este estudo procura avaliar a acurácia da otomicroscopia no diagnóstico de miringoesclerose em modelo experimental com ratos. FORMA DE ESTUDO: experimental. MATERIAL E MÉTODO: Foi induzida miringoesclerose por inoculação transtimpânica de Streptococcus pneumoniae em 25 ratos Wistar, que foram examinados quinzenalmente por otomicroscopia e sacrificados após oito semanas, tendo suas membranas timpânicas examinadas por histologia. RESULTADOS: Da confrontação das alterações otomicroscópicas com os achados histológicos, houve uma sensibilidade de 80% e especificidade de 75%. CONCLUSÃO: Pelos resultados obtidos neste estudo, a otomicroscopia não representou um bom método para avaliar a miringoesclerose neste modelo experimental.

Fístula oroantral e retalho mucoso geniano: revisão de 25 casos

A fístula oroantral é a comunicação patológica entre cavidade oral e seio maxilar, quase sempre decorrentes de traumatismos durante procedimentos dentários. OBJETIVO: Apresentar experiência de 25 casos. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Realizado estudo retrospectivo de pacientes com FOA no período de 1996 a 2000. O diagnóstico incluiu exame otorrinolaringológico, endoscopia nasal ou da fístula, tomografia computadorizada das cavidades paranasais, pesquisa bacteriológica, fúngica e análise patológica. RESULTADOS: Encontrados 25 casos, sendo 10 de segundo molar, 8 de primeiro molar, 6 de segundo pré-molar e 1 de canino. Todos foram operados pela técnica de Caldwell-Luc, reavivamento das bordas da fístula, meatotomia média e rotação de retalho mucoso geniano. DISCUSSÃO: Nas fístulas de alto débito (n=14), colocou-se enxerto ósseo da própria parede anterior do seio. Todos, exceto um, tiveram resultado cirúrgico bom. A cultura bacteriológica (n=19) demonstrou estreptococos pneumoniae (13), haemophilus influenzae (6), moraxella catarrhalis (2), estafilococos aureus (2). Encontrado aspergilus niger em um caso que apresentava imagem radiológica de bola fúngica. CONCLUSÕES: Após 30 dias, os resultados foram bons em todos, exceto um dos casos. Este foi reoperado com colocação de enxerto ósseo, inicialmente não utilizado, tendo sucesso. Após 6 meses, todos os 23 pacientes localizados não apresentavam problemas.

Antibacterial activity of Baccharis trimera (Less.) DC. (carqueja) against bacteria of medical interest

Baccharis trimera (Less.) (Asteraceae), popularly know as "carqueja", is a species commonly used in folk medicine for the treatment or prevention of diseases. In this context, the purpose of this work was to study the antibacterial activity of crude hydroalcoholic extract from Baccharis trimera against Gram-positive bacterial strains (Staphylococcus aureus ATCC 29213, Staphylococcus saprophyticus ATCC 15305, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Enterococcus faecalis ATCC 19433) and Gram-negative bacteria (Escherichia coli EHEC ATCC 43895, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Klebsiella pneumoniae ATCC 27736, Salmonella typhi ATCC 19430) of clinical interest. Antibacterial susceptibility was evaluated by broth microdilution assay following the CLSI (formerly the NCCLS) guidelines. The extract from B. trimera showed antibacterial activity against Gram-positive bacteria and the most interesting result was obtained against S. epidermidis that presented Minimal Inhibitory Concentration of 250μg/mL. These results indicate that B. trimera have bacterisostatic potential against Gram-positive bacterial strains of medical interest and could serve as a base for further studies on the use of isolated compounds from this species as future antimicrobials.

Impacto da vacinação contra o Haemophilus influenzae b na redução de meningites, Goiás

OBJETIVO: Avaliar o impacto da vacinação contra o Haemophilus influenzae b na incidência de meningites em crianças menores de cinco anos de idade. MÉTODOS: Utilizou-se o delineamento tipo "antes-depois" para comparar as taxas de incidência de meningites por Haemophilus influenzae b nos períodos pré-vacinação (julho/95-junho/99) e pós-vacinação (julho/99-junho/2001) no Estado de Goiás. A definição de caso de meningite bacteriana seguiu os critérios da Organização Mundial de Saúde. As taxas de meningite por Streptococcus pneumoniae e Neisseria. meningitidis foram utilizadas para efeito de comparação. Para análise estatística foram utilizados o teste de chi2 e o t de Student. Valores de p<0,05 foram considerados estatisticamente significantes. RESULTADOS: Foi detectada meningite bacteriana aguda em 979 crianças no período de estudo. A incidência de meningite por Haemophilus influenzae b diminuiu de 10,8x10(5) no período pré-vacinal para 2,3x10(5) no segundo ano pós-vacina, significando 78% de redução no risco, principalmente na faixa etária de 7-23 meses (p<0,05). Foram prevenidos 65 casos de meningite por Haemophilus influenzae b. Observou-se aumento na incidência de meningite por S. pneumoniae. Foi observada falha vacinal em um caso. CONCLUSÕES: Expressivo declínio da incidência de meningite por Haemophilus influenzae b foi detectado, precocemente, logo após o primeiro ano de introdução da vacina contra o Haemophilus influenzae b. Assim, se faz necessária a vigilância contínua com instrumental de alta acurácia para: (i) detectar re-emergência do Haemophilus influenzae b; (ii) avaliar possibilidade de falha vacinal; (iii) identificar mudanças no padrão dos sorotipos do H. influenzae.

Hospitalization rates for pneumococcal disease in Brazil, 2004 - 2006

OBJECTIVE: To estimate hospitalization rates for pneumococcal disease based on the Brazilian Hospital Information System (SIH). METHODS: Descriptive study based on the Hospital Information System of Brazilian National Health System data from January 2004 to December 2006: number of hospitalizations and deaths for pneumococcal meningitis, pneumococcal sepsis, pneumococcal pneumonia and Streptococcus pneumoniae as the cause of diseases reported in Brazil. Data from the 2003 Brazilian National Household Survey were used to estimate events in the private sector. Pneumococcal meningitis cases and deaths reported to the Notifiable Diseases Information System during the study period were also analyzed. RESULTS: Pneumococcal disease accounted for 34,217 hospitalizations in the Brazilian National Health System (0.1% of all hospitalizations in the public sector). Pneumococcal pneumonia accounted for 64.8% of these hospitalizations. The age distribution of the estimated hospitalization rates for pneumococcal disease showed a "U"-shape curve with the highest rates seen in children under one (110 to 136.9 per 100,000 children annually). The highest hospital case-fatality rates were seen among the elderly, and for sepsis and meningitis. CONCLUSIONS: PD is a major public health problem in Brazil. The analysis based on the SIH can provide an important input to pneumococcal disease surveillance and the impact assessment of immunization programs.

Estudo da etiologia das pneumopatias agudas da infância através da aspiração pulmonar transtorácica, São Paulo, Brasil

No período de abril de 1979 a julho de 1980 foram estudadas 45 crianças, de ambos os sexos, na faixa etária de 2 meses a 5 anos de idade, selecionadas entre as atendidas no Instituto da Criança "Pedro Alcântara" do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, e acometidas de pneumopatias agudas. Dos 45 pacientes estudados, a maioria (46,7%) encontrava se na faixa de 2-12 meses de idade e, quanto ao estado nutricional, 42,2% eutróficos e 57,8% desnutridos, variando essa desnutrição do grau I ao grau III. Empregando amostras obtidas por aspiração pulmonar e examinando-as pelo método de coloração de Gram e cultura, foi possível identificar o agente etiológico de 26 (57,7%) pneumonias bacterianas nos 45 casos estudados. A identificação direta pelo método de Gram mostrou-se útil como orientação inicial para antibioticoterapia em 44,4% dos casos. Houve nítida predominância do Streptococcus pneumoniae como agente etiológico bacteriano nas pneumopatias agudas da criança nas várias faixas etárias estudadas seguido do Haemophilus influenzae e o Staphylococcus aureus. O estudo comparativo da cultura do aspirado pulmonar e da hemocultura permitiu maior precisão diagnostica (56,7%), revelando-se a hemocultura positiva em apenas 30,0% dos casos. Não foi constatada nenhuma participação de germes anaeróbios nas pneumopatias da amostragem estudada.

Estudo da suscetibilidade "in vitro" a um novo antimicrobiano (IMIPENEM) de patógenos isolados de pacientes hospitalares em vários centros

O imipenem é um novo antibiótico Beta lactâmico, carbapenêmico, altamente potente e com amplo espectro de atividade antimicrobiana. Com intuito de comprovar a eficácia "in vitro" deste fármaco em patógenos mais freqüentes em nosso meio, descrevem os autores, os resultados das provas de suscetibilidade por discos e/ou a correspondência por provas de diluição para determinação da concentração inibitória mínima (CIM) em 1230 cepas compreendendo 41 diferentes espécies bacterianas recém-isoladas, principalmente de pacientes hospitalares em 5 diferentes centros médicos de Sáo Paulo, Rio de Janeiro e Salvador. Nossos resultados preliminares com o antibiótico, em fase final de experimentação clínica e laboratorial, em nosso meio, foram muito promissores, com 96.79% de cepas suscetíveis pela prova do disco (10 μg de imipenem) e 92,31% de correspondência pela determinação do CIM (concentrações de até 4μg/ml). Das 9 espécies bacterianas mais freqüentemente isoladas, correspondendo a 1008 (82%) das 1230 cepas de nosso material, as sensibilidades pela prova do disco foram de 99% (E. coli), 93% (Pseudomonas aeruginosas), 87% (Staphylococcus aureus), 100% (Klebsiella pneumoniae), 98% (Klebsiella sp) e 100% (Streptococcus faecalis) com boa correspondência pela determinação do CIM até 8μg/ml; e 100% para o anaeróbio Bacteróides sp (CIM até 4μg/ml). Ressaltam os autores a eficácia "in vitro" contra patógenos hospitalares que apresentam elevados índices de resistência à grande maioria de antibióticos como o Pseudomonas aeruginosa e para anaeróbios, notadamente o Bacteróides sp.

Reação de coaglutinação estafilocócica na identificação de micoplasmas

A reação de coaglutinação estafilocócica foi utilizada como metodologia de identificação rápida de micoplasmas para ser aplicada em laboratórios não especializados. Amostras selvagens de micoplasmas isoladas de humanos, culturas celulares, ratos e camundongos foram identificados através da reação de coaglutinação estafilocócica utilizando-se do Staphylococcus aureus produtor de proteína A (amostra Cowan I) sensibilizado com anticorpo de coelho contra amostra padrão micoplasma. Na identificação, os micoplasmas estavam em suspensão concentrada provenientes de 4,0 ml de cultivo. Quarenta e oito amostras de M.pulmonis, 6 de M. arthritidis, 8 de M.arginini, 3 de M.orale, 15 de A.laidlawii, 8 de M.hominis e 3 de M. pneumoniae foram identificadas pela coaglutinação estafilocócica e confirmadas pela inibição de crescimento. Parâmetros ótimos no preparo do conjugado e da reação de coaglutinação foram estabelecidos; o conjugado coaglutinante manteve-se estável por 90 dias quando adicionado com acetileisteína; a coaglutinação foi visualizada sem auxílio óptico. Os soros foram absorvidos com espécies padrões heterólogas e com o precipitado de caldo estéril.

Acute respiratory infections in children from a deprived urban population from Uruguay

To obtain base line data on incidence, duration, clinical characteristics and etiology of acute respiratory infections (ARI), 276 children from deprived families living in Montevideo were followed during 32 months. The target population was divided into two groups for the analysis of the results: children aged less than 12 months and those older than this age. During the follow-up period 1.056 ARI episodes were recorded. ARI incidence was 5.2 per child/year. It was 87% higher in infants than in the older group, as was the duration of the episodes. Most of the diseases were mild. Tachypnea and retractions were seldom observed, but 12 children were refered to the hospital, and 2 infants died. Viral etiology was identified in 15.3% of the episodes. RSV was the predominant agent producing annual outbreaks. Moderate to heavy colonization of the upper respiratory tract by Streptococcus pneumoniae (32.3%) and Hemophilus sp. (18.9%) was recorded during ARI episodes. This community-based study furnish original data on ARI in Uruguay. It enabled to asses the impact of these infections on childhood.

Etiology and severity of community acquired pneumonia in children from Uruguay: a 4-year study

The 4-year study (1987-1990) covered the major clinical-epidemiological characteristics of pneumonia in children as diagnosed at the emergency service of the Children's Hospital, as well as etiologies, and factors involved in the most severe cases. Etiology was determined in 47.7% of the 541 pneumonia cases, involving 283 pathogens of which 38.6% were viruses and 12.6% bacteria. Viral and mixed etiologies were more frequent in children under 12 months of age. Bacteria predominated in ages between 6 and 23 months. Among the viruses, respiratory syncytial virus predominated (66%). The bacterial pneumonias accounted for 12.2% of the recognized etiologies. The most important bacterial agents were S. pneumoniae (64%) and H. influenzae (19%). H. influenzae and mixed infections had a relevant participation during the 1988 season, pointing to annual variations in the relative participation of pathogens and its possible implication in severity of diseases. Correlation of severity and increased percentage of etiological diagnosis was assessed: patients with respiratory rates over 70 rpm, or pleural effusion and/or extensive pulmonary parenchyma compromise yielded higher positive laboratory results. Various individual and family risk factors were recognized when comparing pneumonia children with healthy controls.