Hepatitis B genotype G and high frequency of lamivudine-resistance mutations among human immunodeficiencyvirus/hepatitis B virus co-infected patients in Brazil

In this study, we evaluated the hepatitis B virus (HBV) genotype distribution and HBV genomic mutations among a group of human immunodeficiency virus-HBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected using in-house nested polymerase chain reaction and quantified by Cobas Amplicor. HBV genotypes and mutations in the basal core promoter (BCP)/pre-core/core regions and surface/polymerase genes were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 55 reported prior use of lamivudine (LAM) or tenofovir. HBV DNA was detected in 16/22 patients, with a genotype distribution of A (n = 12,75%), G (n = 2,13%), D (n = 1,6%) and F (n = 1,6%). The sequence data of the two patients infected with genotype G strongly suggested co-infection with genotype A. In 10 patients with viremia, LAM-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V and rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in four patients. In conclusion, genotype G, which is rarely seen in Brazil, was observed in the group of patients included in our study. A high prevalence of mutations associated with LAM-resistance and mutations associated with anti-HBs resistance were also found among these patients.

Antiviral therapy against chronic hepatitis B in Brazil: high rates of lamivudine resistance mutations and correlation with HBV genotypes

The effectiveness of antiviral treatments of chronic hepatitis B has been poorly studied in Brazil. Here, hepatitis B virus (HBV) DNA positivity, drug resistance mutations and their association with HBV genotypes were evaluated in chronically HBV-infected patients under different drug regimens in Brazil. The study involved 129 patients under interferon or nucleos(t)ide analogue therapy for a median treatment time of 12 months. One hundred and five (81%) of these patients were treated with lamivudine (LAM), either in monotherapy or in combination with newer drugs, such as entecavir (ETV) or tenofovir (TDF). High (37.5-100%) rates of HBV DNA positivity were observed with all but one drug regimen (LAM + ETV). However, patients that were treated with ETV alone, TDF alone or with LAM combination therapies had a mean viral load that was 3-4 log lower than patients treated with LAM monotherapy. Of the patients treated with LAM, 47% developed resistance mutations. HBV genotypes A (59.1%), D (30.3%) and F (9.1%) were found. There was no association between the presence of LAM resistance mutations and genotypes, HBeAg status or treatment duration. Nevertheless, the rtM204V mutation was observed more frequently (12/13, 92%) in genotype A than in the others (p = 0.023). Six out of nine isolates that contained the rtM204I mutation belonged to genotype D and half of them displayed a single mutation. Genotype D isolates with the rtM204V variant preferentially displayed a triple mutation, while genotype A preferentially displayed a double mutation (p = 0.04).

Variability and resistance mutations in the hepatitis C virus NS3 protease in patients not treated with protease inhibitors

The goal of treatment of chronic hepatitis C is to achieve a sustained virological response, which is defined as exhibiting undetectable hepatitis C virus (HCV) RNA levels in serum following therapy for at least six months. However, the current treatment is only effective in 50% of patients infected with HCV genotype 1, the most prevalent genotype in Brazil. Inhibitors of the serine protease non-structural protein 3 (NS3) have therefore been developed to improve the responses of HCV-infected patients. However, the emergence of drug-resistant variants has been the major obstacle to therapeutic success. The goal of this study was to evaluate the presence of resistance mutations and genetic polymorphisms in the NS3 genomic region of HCV from 37 patients infected with HCV genotype 1 had not been treated with protease inhibitors. Plasma viral RNA was used to amplify and sequence the HCV NS3 gene. The results indicate that the catalytic triad is conserved. A large number of substitutions were observed in codons 153, 40 and 91; the resistant variants T54A, T54S, V55A, R155K and A156T were also detected. This study shows that resistance mutations and genetic polymorphisms are present in the NS3 region of HCV in patients who have not been treated with protease inhibitors, data that are important in determining the efficiency of this new class of drugs in Brazil.

Plasmid-based controls to detect rpoB mutations in Mycobacterium tuberculosis by quantitative polymerase chain reaction-high-resolution melting

Quantitative polymerase chain reaction-high-resolution melting (qPCR-HRM) analysis was used to screen for mutations related to drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. We detected the C526T and C531T mutations in the rifampicin resistance-determining region (RRDR) of the rpoB gene with qPCR-HRM using plasmid-based controls. A segment of the RRDR region from M. tuberculosis H37Rv and from strains carrying C531T or C526T mutations in the rpoB were cloned into pGEM-T vector and these vectors were used as controls in the qPCR-HRM analysis of 54 M. tuberculosis strains. The results were confirmed by DNA sequencing and showed that recombinant plasmids can replace genomic DNA as controls in the qPCR-HRM assay. Plasmids can be handled outside of biosafety level 3 facilities, reducing the risk of contamination and the cost of the assay. Plasmids have a high stability, are normally maintained in Escherichia coli and can be extracted in large amounts.

In house reverse membrane hybridisation assay versus GenoType MTBDRplus and their performance to detect mutations in the genes rpoB, katG and inhA

Drug-resistant tuberculosis (TB) threatens global TB control and is a major public health concern in several countries. We therefore developed a multiplex assay (LINE-TB/MDR) that is able to identify the most frequent mutations related to rifampicin (RMP) and isoniazid (INH) resistance. The assay is based on multiplex polymerase chain reaction, membrane hybridisation and colorimetric detection targeting of rpoB and katG genes, as well as the inhA promoter, which are all known to carry specific mutations associated with multidrug-resistant TB (MDR-TB). The assay was validated on a reference panel of 108 M. tuberculosis isolates that were characterised by the proportion method and by DNA sequencing of the targets. When comparing the performance of LINE-TB/MDR with DNA sequencing, the sensitivity, specificity and agreement were 100%, 100% and 100%, respectively, for RMP and 77.6%, 90.6% and 88.9%, respectively, for INH. Using drug sensibility testing as a reference standard, the performance of LINE-TB/MDR regarding sensitivity, specificity and agreement was 100%, 100% and 100% (95%), respectively, for RMP and 77%, 100% and 88.7% (82.2-95.1), respectively, for INH. LINE-TB/MDR was compared with GenoType MTBDRplus for 65 isolates, resulting in an agreement of 93.6% (86.7-97.5) for RIF and 87.4% (84.3-96.2) for INH. LINE-TB/MDR warrants further clinical validation and may be an affordable alternative for MDR-TB diagnosis.

Oseltamivir-resistant influenza A(H1N1)pdm2009 strains found in Brazil are endowed with permissive mutations, which compensate the loss of fitness imposed by antiviral resistance

The 2009 pandemic influenza A virus outbreak led to the systematic use of the neuraminidase (NA) inhibitor oseltamivir (OST). Consequently, OST-resistant strains, carrying the mutation H275Y, emerged in the years after the pandemics, with a prevalence of 1-2%. Currently, OST-resistant strains have been found in community settings, in untreated individuals. To spread in community settings, H275Y mutants must contain additional mutations, collectively called permissive mutations. We display the permissive mutations in NA of OST-resistant A(H1N1)pdm09 virus found in Brazilian community settings. The NAs from 2013 are phylogenetically distinct from those of 2012, indicating a tendency of positive selection of NAs with better fitness. Some previously predicted permissive mutations, such as V241I and N369K, found in different countries, were also detected in Brazil. Importantly, the change D344N, also predicted to compensate loss of fitness imposed by H275Y mutation, was found in Brazil, but not in other countries in 2013. Our results reinforce the notion that OST-resistant A(H1N1)pdm09 strains with compensatory mutations may arise in an independent fashion, with samples being identified in different states of Brazil and in different countries. Systematic circulation of these viral strains may jeopardise the use of the first line of anti-influenza drugs in the future.

A molecular platform for the diagnosis of multidrug-resistant and pre-extensively drug-resistant tuberculosis based on single nucleotide polymorphism mutations present in Colombian isolates of Mycobacterium tuberculosis

Developing a fast, inexpensive, and specific test that reflects the mutations present in Mycobacterium tuberculosis isolates according to geographic region is the main challenge for drug-resistant tuberculosis (TB) control. The objective of this study was to develop a molecular platform to make a rapid diagnosis of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant TB based on single nucleotide polymorphism (SNP) mutations present in therpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA genes from Colombian M. tuberculosis isolates. The amplification and sequencing of each target gene was performed. Capture oligonucleotides, which were tested before being used with isolates to assess the performance, were designed for wild type and mutated codons, and the platform was standardised based on the reverse hybridisation principle. This method was tested on DNA samples extracted from clinical isolates from 160 Colombian patients who were previously phenotypically and genotypically characterised as having susceptible or MDR M. tuberculosis. For our method, the kappa index of the sequencing results was 0,966, 0,825, 0,766, 0,740, and 0,625 forrpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA, respectively. Sensitivity and specificity were ranked between 90-100% compared with those of phenotypic drug susceptibility testing. Our assay helps to pave the way for implementation locally and for specifically adapted methods that can simultaneously detect drug resistance mutations to first and second-line drugs within a few hours.

Novel point mutations in the ERG11 gene in clinical isolates of azole resistant Candida species

The azoles are the class of medications most commonly used to fight infections caused by Candida sp. Typically, resistance can be attributed to mutations in ERG11 gene (CYP51) which encodes the cytochrome P450 14α-demethylase, the primary target for the activity of azoles. The objective of this study was to identify mutations in the coding region of theERG11 gene in clinical isolates of Candidaspecies known to be resistant to azoles. We identified three new synonymous mutations in the ERG11 gene in the isolates of Candida glabrata (C108G, C423T and A1581G) and two new nonsynonymous mutations in the isolates of Candida krusei - A497C (Y166S) and G1570A (G524R). The functional consequence of these nonsynonymous mutations was predicted using evolutionary conservation scores. The G524R mutation did not have effect on 14α-demethylase functionality, while the Y166S mutation was found to affect the enzyme. This observation suggests a possible link between the mutation and dose-dependent sensitivity to voriconazole in the clinical isolate of C. krusei. Although the presence of the Y166S in phenotype of reduced azole sensitivity observed in isolate C. kruseidemands investigation, it might contribute to the search of new therapeutic agents against resistant Candida isolates.

Expressão imuno-histoquímica dos marcadores pcna, KI67 e p53 em carcinomas epidermóides do trato aerodigestivo superior

OBJETIVO: Os carcinomas epidermóides do trato aerodigestivo superior são tumores de comportamento biológico heterogêneo. O objetivo deste trabalho é verificar se a expressão imuno-histoquímica dos marcadores Ki67, PCNA e P53 apresenta correlações com parâmetros prognósticos clínico-patológicos. MÉTODOS: Determinação da expressão imuno-histoquímica dos antígenos Ki67, PCNA e P53 em espécimes tumorais fixados e embebidos em parafina de 53 pacientes com carcinoma epidermóide em diferentes sítios primários do trato aerodigestivo superior. RESULTADOS: Os marcadores tiveram altos índices de expressão imuno-histoquímica, sendo 46,5% para o Ki67, 66,5% para o PCNA e 36,5% para o P53. Não houve correlação da expressão do Ki67 e do PCNA com o estadiamento TNM (AJCC), nem com o grau de malignidade. A expressão do Ki67 apresentou correlação positiva com a expressão do PCNA (p = 0,037). O mesmo aconteceu para o PCNA e o número de mitoses por campo (p = 0,001). CONCLUSÕES: De acordo com estes resultados, concluiu-se que a determinação da imunorreatividade dos marcadores Ki67 e PCNA é um método objetivo e quantificável para avaliar proliferação celular que pode subsidiar as informações prognósticas.

Expressão da proteína P53 no adenocarcinoma gástrico: correlação clínica, anatomopatológica e significância prognostica

OBJETIVO: Avaliar a expressão da proteína p53 no adenocarcinoma gástrico e correlacioná-la com variáveis clínicas e anatomopatológicas, tais como: idade, sexo, infiltração da parede gástrica (T), tipo histológico (Laurén), grau de diferenciação histológica, comprometimento linfonodal, estadiamento (TNM) e sobrevida. MÉTODO: Foram analisados os registros médicos e reestudadas as lâminas de peças cirúrgicas de 45 doentes com adenocarcinomas gástricos submetidos à gastrectomia parcial e total no Serviço de Cirurgia Oncológica da Santa Casa de Misericórdia de Maceió-AL e no Hospital Universitário da Universidade Federal de Alagoas, no período de 1991 a 2002. A expressão da proteína p53 foi avaliada pelo método imunohistoquímico com o anticorpo monoclonal DO-7 e comparada com idade, sexo, infiltração na parede gástrica, tipo histológico, grau de diferenciação, comprometimento linfonodal, estadiamento e sobrevida. RESULTADOS: Dos 45 doentes, 27 eram do sexo masculino (60%). A média das idades foi 53,9 anos (26 - 75 anos), e mediana de 57 anos. Em 40 doentes (88,9%) o tumor foi classificado como bem diferenciado. Quanto à infiltração na parede gástrica, em 28 doentes (62,2%) foram classificados como profundos. Em 25 doentes (55,6%) não havia comprometimento linfonodal. O estudo histológico revelou que 29 doentes (64,4%) apresentavam tumores classificados como tipo intestinal de Laurén. O estadiamento TNM demonstrou que 33 (73,3%) doentes apresentavam tumores avançados. Quanto à expressão da p53, 18 doentes (40%) foram considerados positivos. O tempo médio de seguimento foi de 1020,4 dias (63 - 3920 dias) e mediana de 798 dias. Trinta e um (68,9%) doentes evoluíram para óbito. As variáveis: idade, estadiamento, comprometimento linfonodal e infiltração do tumor na parede gástrica, foram fatores prognósticos relacionados à sobrevida com significado estatístico (p<0,05). Não houve correlação estatística significativa da proteína p53 com as variáveis estudadas. A análise estatística multivariada identificou apenas o comprometimento linfonodal como fator prognóstico independente. CONCLUSÕES: Os autores concluíram que dezoito (40%) dos doentes expressaram a reação imunohistoquímica para p53. Não houve correlação estatística significativa da expressão da proteína p53 com os fatores prognósticos estudados. A expressão da proteína p53 não foi fator prognóstico independente.

Expressão do p53 no carcinoma epidermóide do lábio

OBJETIVO: Verificar o valor da expressão do p53 no carcinoma epidermóide (CEC) de lábio. MÉTODO: O estudo imunohistoquímico foi feito em material fixo em formol e mantido em bloco de parafina, corado com anticorpos anti-p53, segundo técnica da Streptavidina-Biotina-Peroxidase. Para análise estatística, foi empregado o teste de Fisher para a diferenciação de grupos em relação às variáveis do estudo. RESULTADOS: A expressão do p53 foi positiva em 87,5% do CEC bem diferenciado, 60% no moderadamente diferenciado e 91,67% no pouco diferenciado. Nas margens de ressecção cirúrgica foi negativa em 94,23% e positiva em 5,77%, havendo associação entre o grau de diferenciação e a expressão do p53 (p=0,05). CONCLUSÃO: A expressão do p53 foi positiva na lesão primária e negativa na margem de ressecção cirúrgica, mas não é determinante de mudanças no paradigma cirúrgico.

Influência da localização do tumor na expressão tecidual da proteína p53 em doentes com câncer colorretal: estudo de 100 casos

OBJETIVO: O objetivo do presente estudo foi verificar, se existem diferenças na expressão tecidual da proteína p53 segundo a localização do tumor em doentes com câncer colorretal. MÉTODO: Foram estudados 100 doentes (54 mulheres), com média de idade de 59,8 anos com adenocarcinoma colorretal. A expressão da proteína p53 foi analisada por imunoistoquímica, com anticorpo monoclonal anti-p53 pela técnica da estreptavidina-biotina-peroxidase. A expressão tecidual da proteína p53 foi relacionada às variáveis: gênero, idade, grau histológico, tipo histológico, tamanho do tumor, estadiamento TNM, profundidade de invasão da parede intestinal, comprometimento linfonodal, invasão angiolinfática, localização do tumor no intestino grosso em relação à flexura esplênica. Na avaliação estatística da relação entre expressão da proteína p53 e as variáveis consideradas empregou-se o teste qui-quadrado, estabelecendo-se nível de significância de 5% (p<0,05). RESULTADOS: A proteína p53 foi positiva em 77% dos casos. Com relação as diferentes variáveis consideradas verificou-se maior tendência de expressão da proteína mutante quando se considerava a idade (p=0,001), grau histológico (p=0,001), tipo histológico (p=0,001), estádios tardios da classificação TNM (p=0,001), maior profundidade de invasão na parede cólica (p=0,001), comprometimento linfonodal (p=0,001), invasão angiolinfática (p=0,02), localização após a flexura esplênica (p=0,001), não se encontrando relação com gênero (p=0,49) e tamanho do tumor (p=0,08). CONCLUSÃO: Os resultados do presente estudo permitem concluir que a expressão da proteína p53 mutante ocorre com maior freqüência nos tumores localizados a partir da flexura esplênica.

Immunohistochemical evaluation for P53 and VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor) is not prognostic for long term survival in end stage esophageal adenocarcinoma

OBJECTIVES: To correlate the expression of p53 protein and VEGF with the prognosis of patients submitted to curative resection to treat esophageal adenocarcinoma. METHODS: Forty-six patients with esophageal adenocarcinoma, submitted to curative resection, were studied. The expressions of p53 protein and VEGF were assessed by immunohistochemistry in 52.2% and 47.8% of tumors, respectively. RESULTS: P53 protein and VEGF expressions coincided in 26% of the cases, and no correlation between these expressions was observed. None of the clinicopathological factors showed a significant correlation with p53 protein or VEGF expressions. There was no significant association between p53 protein and VEGF expressions and long-term survival. CONCLUSION: The expression of p53 protein and VEGF did not correlate with prognosis in esophageal adenocarcinoma patients submitted to curative resection.

Expressão imunohistoquímica de P53 e Ki-67 na carcinogênese esofágica induzida pela dietilnitrosamina: modelo experimental

OBJETIVO: Avaliar a expressão imunohistoquímica de p53 e ki-67 na carcinogênese esofágica induzida quimicamente através do uso de dietilnitrosamina, em um grupo de 100 camundongos fêmeas. MÉTODOS: O estudo experimental foi realizado com quatro grupos de animais, onde os grupos I e II foram considerados controles, sendo diferenciados por gavagem esofágica, uma vez semana, com água fria (temperatura ambiente) ou quente (60º-70ºC). E os grupos III e IV foram considerados estudos, os quais receberam dietilnitrosamina por três dias consecutivos semanalmente, também sendo diferenciados por gavagem, uma vez por semana, com água fria ou quente. O estudo apresentou datas progressivas de sacrifícios com coleta de peças esofágicas, que iniciava aos 30 dias de experimento e terminava aos 150 dias. Demonstrou-se que não houve diferença na incidência tumoral quando foi acrescida a variável temperatura da água; provavelmente devido ao episódio único semanal que era adicionado ao animal em experimentação. RESULTADOS: A análise imunohistoquímica do p53 não evidenciou diferença estatística durante a evolução da carcinogênese até 150 dias, porém quando analisado a relação com alterações patológicas demonstra-se que apresenta significância em relação à patologia baixo grau de displasia, alto grau e carcinoma. CONCLUSÃO: A análise imunohistoquímica do ki-67 demonstrou diferença estatística durante a evolução da carcinogênese a partir do dia 120 de experimento e quando analisada a relação com alterações patológicas demonstrou-se que apresenta significância também em relação à lesão intraepitelial de alto grau e carcinoma.

Neoplasias uroteliais papilíferas superficiais da bexiga (pTa e pT1): correlação da expressão do p53, KI-67 E CK20 com grau histológico, recidiva e progressão tumoral

OBJETIVO: Investigar a expressão imunoistoquímica dos marcadores p53, Ki-67, CK20 em neoplasias uroteliais papilíferas superficiais da bexiga e correlacionar com o grau histológico, progressão tumoral e recidiva. MÉTODOS: Foram selecionadas amostras de 43 pacientes portadores de carcinoma de células transicionais superficiais da bexiga. Elas foram distribuídas em dois grupos, um denominado recorrente, de 18 indivíduos e outro não recorrente, com 25 casos. Foram confeccionados blocos multiamostrais. A técnica imunoistoquímica empregada foi de imunoperoxidase e os anticorpos foram: p53 (clone DO7), o Ki-67 (clone SP6) e CK20. RESULTADOS: A expressão do p53 foi observada em 11 casos, todos tumores de alto grau (p=0,0001). A progressão histológica ocorreu em seis indivíduos (p=0,0076). Dos 18 casos recorrentes, seis apresentaram imunorreação para o p53 e 12 foram negativos para este anticorpo (p=0,1715). O Ki-67 foi positivo em 17 dos 18 casos do grupo recorrente (p=0,0001) e dos 20 tumores de alto grau, 18 apresentaram reação para este anticorpo (p=0,0001). Dos 18 indivíduos que tiveram recorrência, 13 apresentaram expressão anômala para CK20 (p=0,0166). Nos carcinomas de alto grau, dos 20 casos, 16 apresentaram expressão anômala para este anticorpo, enquanto que 18 dos 23 indivíduos com tumores de baixo grau mostraram expressão habitual para a CK20 (p=0,0002). CONCLUSÃO: O p53 mostrou boa correlação com a progressão histológica e grau histológico. O Ki-67 apresentou forte associação com a recidiva e grau histológico, e a CK20 também associou-se com estas variáveis.