Optimization of the Sybr Green real time PCR for the detection of Human Herpes Virus type 6 (HHV-6)

HHV-6 is the etiological agent of Exanthem subitum which is considered the sixth most frequent disease in infancy. In immuno-compromised hosts, reactivation of latent HHV-6 infection may cause severe acute disease. We developed a Sybr Green Real Time PCR for HHV-6 and compared the results with nested conventional PCR. A 214 pb PCR derived fragment was cloned using pGEM-T easy from Promega system. Subsequently, serial dilutions were made in a pool of negative leucocytes from 10-6 ng/µL (equivalent to 2465.8 molecules/µL) to 10-9 (equivalent to 2.46 molecules/µL). Dilutions of the plasmid were amplified by Sybr Green Real Time PCR, using primers HHV3 (5' TTG TGC GGG TCC GTT CCC ATC ATA 3)'and HHV4 (5' TCG GGA TAG AAA AAC CTA ATC CCT 3') and by conventional nested PCR using primers HHV1 (outer): 5'CAA TGC TTT TCT AGC CGC CTC TTC 3'; HHV2 (outer): 5' ACA TCT ATA ATT TTA GAC GAT CCC 3'; HHV3 (inner) and HHV4 (inner) 3'. The detection threshold was determined by plasmid serial dilutions. Threshold for Sybr Green real time PCR was 24.6 molecules/µL and for the nested PCR was 2.46 molecules/µL. We chose the Real Time PCR for diagnosing and quantifying HHV-6 DNA from samples using the new Sybr Green chemistry due to its sensitivity and lower risk of contamination.

A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

MULTIPLEX SYBR® GREEN-REAL TIME PCR (qPCR) ASSAY FOR THE DETECTION AND DIFFERENTIATION OF Bartonella henselae AND Bartonella clarridgeiae IN CATS

A novel SYBR® green-real time polymerase chain reaction (qPCR) was developed to detect two Bartonellaspecies, B. henselae and B. clarridgeiae, directly from blood samples. The test was used in blood samples obtained from cats living in animal shelters in Southern Brazil. Results were compared with those obtained by conventional PCR targeting Bartonella spp. Among the 47 samples analyzed, eight were positive using the conventional PCR and 12 were positive using qPCR. Importantly, the new qPCR detected the presence of both B. henselae and B. clarridgeiae in two samples. The results show that the qPCR described here may be a reliable tool for the screening and differentiation of two important Bartonella species.

QUANTITATIVE REAL-TIME PCR (Q-PCR) FOR SPUTUM SMEAR DIAGNOSIS OF PULMONARY TUBERCULOSIS AMONG PEOPLE WITH HIV/AIDS

Objective: To assess quantitative real-time polymerase chain reaction (q-PCR) for the sputum smear diagnosis of pulmonary tuberculosis (PTB) in patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB.Method: This is a prospective study to assess the accuracy of a diagnostic test, conducted on 140 sputum specimens from 140 patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB, attended at two referral hospitals for people living with HIV/AIDS in the city of Recife, Pernambuco, Brazil. A Löwenstein-Jensen medium culture and 7H9 broth were used as gold standard.Results: Of the 140 sputum samples, 47 (33.6%) were positive with the gold standard. q-PCR was positive in 42 (30%) of the 140 patients. Only one (0.71%) did not correspond to the culture. The sensitivity, specificity and accuracy of the q-PCR were 87.2%, 98.9% and 95% respectively. In 39 (93%) of the 42 q-PCR positive cases, the CT (threshold cycle) was equal to or less than 37.Conclusion: q-PCR performed on sputum smears from patients living with HIV/AIDS demonstrated satisfactory sensitivity, specificity and accuracy, and may therefore be recommended as a method for diagnosing PTB.

Inquérito sorológico para o diagnóstico da Doença de Chagas entre doadores de um banco de sangue do Recife

Os autores, efetuando um inquérito sorológico baseado na reação de Guerreiro-Machado para o diagnóstico da doença de Chagas em 136 candidatos não selecionados a doadores do Banco de Sangue do Hospital das Clínicas da FM.U.F.Pe., Brasil, encontraram seis (4,41%) com reações positivas.

Prevalência da doença de Chagas no banco de sangue do Hospital das Clínicas de Goiânia: possibilidade de falha da reação de Guerreiro e Machado na seleção de doadores

Os AA. fazem, inicialmente, breve revisão bibliográfica a respeito do problema da transmissão da doença de Chagas por transfusão de sangue; enfocam aspectos como o alerta dado sobre a possibilidade da ocorrência do fato, confirmação dessa possibilidade no homem, prevalência da infecção chagásica em candidatos à doação em vários Bancos de Sangue e medidas profiláticas adotadas. No Banco de Sangue do Hospital das Clínicas de Goiânia, observaram que a prevalência da infecção chagásica em candidatos a doadores, avaliada através da reação de Guerreiro e Machado, foi de 10,43%. Com vistas à verificação da sensibilidade da reação de Guerreiro e Machado na seleção dos candidatos à doação, repetiram o referido exame em 452 doadores, uma ou mais vezes, em diferentes épocas, sempre por ocasião do comparecimento dos mesmos para nova doação. Observaram resultados concordantes da reação em 427 (94,47%) e discordantes em 25 (5,53%). Ressaltam o risco de se proceder à seleção de doadores de sangue com base na reação de Guerreiro e Machado, mesmo quando repetida mais de uma vez. Terminam considerando que, no momento, o método ideal de prevenção da transmissão da doença de Chagas por transfusão de sangue é representado pela adição de violeta de genciana a todo e qualquer sangue a ser transfundido, tanto em áreas endêmicas como fora delas, desde que o doador apresente antecedente epidemiológico.

Prevalência da doença de Chagas em banco de sangue através da reação de fixação de complemento e imunofluorescência indireta: discrepâncias entre as reações e possibilidade de falhas na seleção de doadores

Utilizando a Reação de Fixação de Complemento (FC) e Imunofluorescência Indireta (IF) os AA. encontraram no Banco de Sangue do Hospital Universitário de Londrina, Paraná, Brasil, 7,4% de reações sorológicas positivas para doença de Chagas em 3.000 candidatos a doadores de sangue sendo concordantes em 97,1% e discordantes em 2,9%. A IF se mostrou mais sensível que a FC, sendo o risco de se encontrar um resultado positivo na IF quando esse era negativo ou duvidoso na FC estimado como sendo 15 vezes maior que o risco de se encontrar um resultado positivo na FC quando esse era negativo ou duvidoso na IF. A segurança das provas sorológicas aumentam quando se consideram os resultados duvidosos ou anticomplementares como positivos. Em outro grupo de candidatos a doador que já haviam doado sangue anteriormente, 450 tinham de uma a seis reações de FC prévias feitas em outro laboratório. Desses encontraram-se 10 indivíduos (2,2%) com reação positiva ou duvidosa em pelo menos uma oportunidade, o que mostra a relatividade da seleção de doadores apenas pela reação sorológica, discute-se a utilização alternativa da violeta de genciana pelos serviços de hemoterapia.

Carga proviral do HTLV-1 e HTLV-2: um método simples através da PCR quantitativa em tempo real

Os vírus linfotrópicos de células T humanas, quando integrados ao genoma da célula hospedeira, provírus, têm como marcador de replicação seu DNA proviral. A carga proviral parece ser um importante fator no desenvolvimento de patologias associadas a estes retrovírus. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia para quantificação absoluta da carga proviral dos HTLV-1 e HTLV-2 através da PCR em tempo real. Cinqüenta e três amostras de doadores de sangue com teste de ELISA reagente foram submetidas à metodologia, que utilizou o sistema TaqMan® para três seqüências alvo: HTLV-1, HTLV-2 e albumina. A quantificação proviral absoluta foi determinada através da proporção relativa entre o genoma do HTLV e o genoma da célula hospedeira, levando em consideração o número de leucócitos. O método apresentado é sensível (215 cópias/mL), prático e simples para quantificação proviral, além de eficiente e adequado para confirmação e discriminação da infecção pelos tipos virais.

Evaluation of the use of real-time PCR for human T cell lymphotropic virus 1 and 2 as a confirmatory test in screening for blood donors

INTRODUCTION: HTLV-1/2 screening among blood donors commonly utilizes an enzyme-linked immunosorbent assay (EIA), followed by a confirmatory method such as Western blot (WB) if the EIA is positive. However, this algorithm yields a high rate of inconclusive results, and is expensive. METHODS: Two qualitative real-time PCR assays were developed to detect HTLV-1 and 2, and a total of 318 samples were tested (152 blood donors, 108 asymptomatic carriers, 26 HAM/TSP patients and 30 seronegative individuals). RESULTS: The sensitivity and specificity of PCR in comparison with WB results were 99.4% and 98.5%, respectively. PCR tests were more efficient for identifying the virus type, detecting HTLV-2 infection and defining inconclusive cases. CONCLUSIONS: Because real-time PCR is sensitive and practical and costs much less than WB, this technique can be used as a confirmatory test for HTLV in blood banks, as a replacement for WB.

Malacological survey of Biomphalaria snails in municipalities along the Estrada Real in the southeast of the State of Minas Gerais, Brazil

INTRODUCTION: The increasing practice of ecotourism and rural tourism in the State of Minas Gerais, Brazil, highlights the importance of studies concerning the occurrence of potential intermediate hosts of Schistosoma mansoni. This study aimed to identify species of Biomphalaria snails in municipalities along the Estrada Real, an important Brazilian tourism project. METHODS: The specimens were collected in different water collections of 36 municipalities along the Estrada Real in the southeast of the State of Minas Gerais. Biomphalaria species were characterized using both morphological and molecular approaches. The research was conducted between August 2005 and September 2009 and all the sites visited were georeferenced using GPS. RESULTS: Six Biomphalaria species were found in 30 of the 36 municipalities studied: glabrata, tenagophila, straminea, peregrina, occidentalis and schrammi. The first three species of Biomphalaria, recognized as intermediate hosts of S. mansoni, were present in 33.3%, 47.2% and 8.3% of the municipalities studied, respectively. The mollusks were found in different types of water collections and no infection by S. mansoni was detected. The highest occurrence of Biomphalaria concentration was verified in the area covered by the Caminho Novo route (Diamantina/MG to Rio de Janeiro/RJ). CONCLUSIONS: Considering the occurrence of schistosomiasis in the State of Minas Gerais and the socioeconomic repercussions involved in the Estrada Real Project, this work focuses on the vulnerability of water collections due to the presence of Biomphalaria mollusks and emphasizes the need for epidemiological surveillance and sanitary and educational measures integrated with the local community and tourism sectors.

Rapid detection of Van genes in rectal swabs by real time PCR in Southern Brazil

INTRODUCTION: Laboratory-based surveillance is an important component in the control of vancomycin resistant enterococci (VRE). METHODS: The study aimed to evaluate real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) (genes vanA-vanB) for VRE detection on 115 swabs from patients included in a surveillance program. RESULTS: Sensitivity of RT-PCR was similar to primary culture (75% and 79.5%, respectively) when compared to broth enriched culture, whereas specificity was 83.1%. CONCLUSIONS: RT-PCR provides same day results, however it showed low sensitivity for VRE detection.

Conservação de recursos genéticos de plantas medicinais em banco ativo de germoplasma

Em agosto de 1983, o Centro Nacional de Recursos Genéticos (GENARGEN) iniciou um projeto de estabelecimento de um Banco Ativo de Germoplasma de Plantas Medicinais. Sua finalidade é a conservação permanente de importantes espécies de plantas bem como o estudo de aspectos biológicos relacionados ao melhoramento genético. Uma coleção ativa de plantas no campo, já ocupa uma área de 6.000m2, contendo mais de duzentos acessos. As espécies sendo conservadas são aquelas usadas pela população do Distrito Federal, mas serão também conservadas as 10-20 espécies mato importantes de cada região do país, além de 20 espécies introduzidas. A coleção ativa está sendo estudada para se obter suficientes informações e material a ser distribuído aos centros de pesquisas farmacológicos, agronômicos e outros relacionados. As informações sendo obtidas incluem biologia reprodutiva e tecnologia de sementes. Rotinas de manipulação de germoplasma tal como documentação, registro, fitossanidade, quarentena e empacotamento de sementes estão sendo empregadas. Espera-se que esse banco ativo de germoplasma seja um protótipo para outros que deverão ser criados ροr todo o país, para evitar o desaparecimento de espécies importantes de plantas produtoras de drogas.

Fitogeo - um banco de dados aplicado à fitogeografia

Análises comparativas vêm sendo cada vez mais utilizadas para definir e relacionar os tipos de vegetação existentes no Brasil. Para tanto, cada pesquisador vem montando seu próprio banco de dados, usualmente elaborando um sistema com uma finalidade imediata e descartado ao término do projeto ou pesquisa. Essa prática leva ao desperdício de tempo, esforço, dinheiro e, principalmente, informação. Então, um sistema de banco de dados específico para armazenar e gerenciar informações advindas de levantamentos florísticos e, ou, fitossociológicos poderia padronizar, estruturar logicamente, evitar ou eliminar sobreposição de esforços, reduzir os custos e também promover oportunidade para que cientistas de diversas áreas compartilhem informações. Com esses objetivos e para suprir uma necessidade imediata de organizar uma base de dados, foi desenvolvido o FITOGEO. O sistema foi elaborado com a finalidade de gerenciar informações oriundas de listas florísticas ou de levantamentos fitossociológicos, variáveis ambientais associadas a estas listas e taxonômicas. O FITOGEO mantém a integridade dos dados, é centrado na ‘espécie’ e tem a capacidade de integrar dados e metadados de várias fontes. Apresenta duas interfaces: uma de características florísticas ou fitossociológicas, com todas as informações oriundas do levantamento em si, tanto das espécies quanto da metodologia adotada, e das variáveis ambientais associadas, como coordenadas geográficas, altitude, temperatura e precipitação. E outra taxonômica, resgatando informações como nome corrigido e o nome válido das espécies cadastradas e níveis hierárquicos supra-específicos.