Molecular Modeling Approaches for Determining Gene Function: application to a Putative Poly-A Binding Protein from Leishmania amazonensis (LaPABP)

The great expansion in the number of genome sequencing projects has revealed the importance of computational methods to speed up the characterization of unknown genes. These studies have been improved by the use of three dimensional information from the predicted proteins generated by molecular modeling techniques. In this work, we disclose the structure-function relationship of a gene product from Leishmania amazonensis by applying molecular modeling and bioinformatics techniques. The analyzed sequence encodes a 159 aminoacids polypeptide (estimated 18 kDa) and was denoted LaPABP for its high homology with poly-A binding proteins from trypanosomatids. The domain structure, clustering analysis and a three dimensional model of LaPABP, basically obtained by homology modeling on the structure of the human poly-A binding protein, are described. Based on the analysis of the electrostatic potential mapped on the model's surface and conservation of intramolecular contacts responsible for folding stabilization we hypothesize that this protein may have less avidity to RNA than it's L. major counterpart but still account for a significant functional activity in the parasite. The model obtained will help in the design of mutagenesis experiments aimed to elucidate the mechanism of gene expression in trypanosomatids and serve as a starting point for its exploration as a potential source of targets for a rational chemotherapy.

Prevalence of blood parasites in Tyrannidae (flycatchers) in the Eastern plains of Colombia

Blood samples from 159 birds of the New-world family Tyrannidae (the flycatchers) from the eastern plains of Colombia, were examined for haematozoa parasites, in 1999-2000. Haematozoa were detected in six of 20 species. The overall prevalence was 10.1%. The most common parasites detected were microfilariae, followed by Trypanosoma and Plasmodium. The highest prevalence (9.6%) was found in the Ochre-bellied Flycatcher (Mionectes oleaginea). Mixed infections with more than one genus of blood parasite were rare and most infections encountered were of low intensity. The results of this study suggest an important role of ecologically diverse conditions determining composition, transmission, and prevalence of a blood parasite fauna, presumably through host interaction population density. Some new host parasite relationship records are presented.

Peridomiciliary colonies of Triatoma vitticeps (Stal, 1859) (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae) infected with Trypanosoma cruzi in rural areas of the state of Espírito Santo, Brazil

In Brazil, the colonization of human dwellings by triatomines occurs in areas with native vegetation of the caatinga or cerrado types. In areas of Atlantic forest such as in the Brazilian state of Espírito Santo, there are no species adapted to live in human habitations. The few autochthonous cases of Chagas disease encountered in Espírito Santo have been attributed to adult specimens of Triatoma vitticeps that invade houses from forest remnants. In recent years, the entomology unit of the Espírito Santo State Health Secretariat has recorded nymphs infected with flagellates similar to Trypanosoma cruzi in rural localities. Entomological surveys were carried out in the residences and outbuildings in which the insects were found, and serological examinations for Chagas disease performed on the inhabitants. Four colonies were found, all associated with nests of opossums (Didelphis aurita), 111 specimens of T. vitticeps, and 159 eggs being collected. All the triatomines presented flagellates in their frass. Mice inoculated with the faeces presented trypomastigotes in the circulating blood and groups of amastigotes in the cardiac muscle fibres. Serological tests performed on the inhabitants were negative for T. cruzi. Even with the intense devastation of the forest in Espírito Santo, there are no indications of change in the sylvatic habits of T. vitticeps. Colonies of this insect associated with opossum nests would indicate an expansion of the sylvatic environment into the peridomicile.

Influence of GB virus C on IFN-γ and IL-2 production and CD38 expression in T lymphocytes from chronically HIV-infected and HIV-HCV-co-infected patients

This study was designed to assess the effect of GB virus (GBV)-C on the immune response to human immunodeficiency virus (HIV) in chronically HIV-infected and HIV- hepatitis C virus (HCV)-co-infected patients undergoing antiretroviral therapy. A cohort of 159 HIV-seropositive patients, of whom 52 were HCV-co-infected, was included. Epidemiological data were collected and virological and immunological markers, including the production of interferon gamma (IFN-γ) and interleukin (IL)-2 by CD4, CD8 and Tγδ cells and the expression of the activation marker, CD38, were assessed. A total of 65 patients (40.8%) presented markers of GBV-C infection. The presence of GBV-C did not influence HIV and HCV replication or TCD4 and TCD8 cell counts. Immune responses, defined by IFN-γ and IL-2 production and CD38 expression did not differ among the groups. Our results suggest that neither GBV-C viremia nor the presence of E2 antibodies influence HIV and HCV viral replication or CD4 T cell counts in chronically infected patients. Furthermore, GBV-C did not influence cytokine production or CD38-driven immune activation among these patients. Although our results do not exclude a protective effect of GBV-C in early HIV disease, they demonstrate that this effect may not be present in chronically infected patients, who represent the majority of patients in outpatient clinics.

Ecology of cutaneous leishmaniasis in Sinai: linking parasites, vectors and hosts

Cutaneous leishmaniasis (CL) is a neglected clinical form of public health importance that is quite prevalent in the northern and eastern parts of Egypt. A comprehensive study over seven years (January 2005-December 2011) was conducted to track CL transmission with respect to both sandfly vectors and animal reservoirs. The study identified six sandfly species collected from different districts in North Sinai: Phlebotomus papatasi, Phlebotomus kazeruni, Phlebotomus sergenti, Phlebotomus alexandri, Sergentomyia antennata and Sergentomyia clydei. Leishmania (-)-like flagellates were identified in 15 P. papatasi individuals (0.5% of 3,008 dissected females). Rodent populations were sampled in the same districts where sandflies were collected and eight species were identified: Rattus norvegicus (n = 39), Rattus rattus frugivorous (n = 13), Rattus rattus alexandrinus (n = 4), Gerbillus pyramidum floweri (n = 38), Gerbillus andersoni (n = 28), Mus musculus (n = 5), Meriones sacramenti (n = 22) and Meriones crassus (n = 10). Thirty-two rodents were found to be positive for Leishmania infection (20.12% of 159 examined rodents). Only Leishmania major was isolated and identified in 100% of the parasite samples. The diversity of both the vector and rodent populations was examined using diversity indices and clustering approaches.

Adaptação para a língua portuguesa e validação do Lunney Scoring Method for Rating Accuracy of Nursing Diagnoses

O Lunney Scoring Method for Rating Accuracy of Nursing Diagnoses (LSM) é uma escala de diferencial semântico que foi desenvolvida por Lunney para estimar a acurácia dos diagnósticos de enfermagem. O objetivo deste estudo foi adaptar o LSM para a língua portuguesa e avaliar as sua propriedades psicométricas. A escala original foi traduzida para o português, revertida para o inglês e as duas versões em inglês foram comparadas para ajustar a versão em português que passou a ser denominada Escala de Acurácia de Diagnóstico de Enfermagem de Lunney - EADE. Quatro enfermeiras foram orientadas sobre a EADE e a aplicaram em 159 diagnósticos formulados para 26 pacientes de três estudos primários com base nos registros de entrevista e exame físico de cada paciente. Os índices Kappa de Cohen mostraram ausência de concordância entre as avaliadoras, o que indica que o instrumento adaptado não tem confiabilidade satisfatória. Em virtude desse resultado, não foi realizada estimativa de validade.

Realização do auto-exame das mamas por profissionais de enfermagem

Os tumores da mama, na maioria, são detectados pela mulher, portanto o autoexame das mamas (AEM) ainda é uma estratégia eficaz. Objetivou-se analisar a realização do AEM por profissionais de enfermagem e fatores que dificultam a adesão dessa prática. Estudo descritivo, quantitativo, desenvolvido com 159 profissionais, sendo 40 enfermeiras, 48 auxiliares e 71 agentes de saúde, de 19 Unidades Básicas de Saúde de Fortaleza, Ceará. Os dados foram coletados com questionário autoaplicável e analisados com base na Teoria do Autocuidado. Das 159 profissionais, 86 (54%) realizavam o AEM mensalmente. Das 73 que não realizavam, 60 (82%) referiram como motivo o esquecimento, 38 (52%) por não confiar na sua técnica/não sabiam a técnica correta, e 35 (48%) por falta de atenção à saúde. Constatou-se que, apesar da maioria declarar fazer o AEM, as profissionais se sentiam inseguras e gostariam de aperfeiçoar esta prática.

Internação domiciliar: risco de exposição biológica para a equipe de saúde

Estudo exploratório e prospectivo, de abordagem quantitativa que visou caracterizar as ações que envolviam risco biológico durante o atendimento de profissionais no Serviço de Internação Domiciliar do Hospital Municipal de São Carlos, SP. No acompanhamento das 159 visitas, realizadas no período de junho de 2008 a janeiro de 2009, foram observados 347 procedimentos sendo que, entre os com risco de exposição biológica, foram identificados curativos (31,1%), glicemia capilar (14,4%) e acesso vascular (3,1%). A ocorrência de adesão à higienização prévia das mãos foi de 21,5%, 66,3% no uso de luvas e de 83,5% no descarte adequado do perfurocortante. Conclui-se que esses profissionais estão sujeitos a riscos semelhantes aos encontrados na área hospitalar, uma vez que também manipulam sangue e material perfurocortante com muita frequência e apresentam baixa adesão às precauções padrão. Estudos que avaliem a influência das características dos domicílios nesse risco devem ser estimulados.

Risco cardiovascular em profissionais de saúde de serviços de atendimento pré-hospitalar

Avaliar os fatores de risco cardiovascular, com ênfase na hipertensão, e estratificá-los de acordo com o Escore de Risco de Framingham (ERF). Estudo com 154 profissionais que atuavam em aten-dimento pré-hospitalar na cidade de São Paulo e rodovia Br-116. Foi considerado significante o valor de p<0,05. A prevalência de hipertensão foi de 33%, sendo que 20,1% eram tabagistas, 47% ingeriam bebidas alcoólicas, 64% eram sedentários, 66% apresentaram obesidade/sobrepeso e 70% cintura abdominal alterada, glicemia>110mg/dL- 11%, colesterol total>200mg/dL- 36%, LDL-c>130mg/dL- 33%, HDL-c<60mg/dL- 89%, triglicérides>150mg/dL- 30% e proteína C reativa>0,5mg/dL- 16%. O ERF foi médio em 10,3% e alto em 1,3%. Na análise de regressão logística verificou-se que a hipertensão associou-se com as variáveis: HDL-c (odds ratio: 0,257) e ERF (odds ratio: 23,159). Houve forte associação entre ERF e hipertensão. Os dados chamam a atenção, por se tratar principalmente de profissionais da área da saúde relativamente jovens.

Extração de nutrientes por macrófitas cultivadas com lixiviado de aterro de resíduos sólidos urbanos

A absorção de nutrientes por plantas tem sido utilizada para remoção de íons em solos ou outros meios contaminados. Neste trabalho, avaliou-se a capacidade de extração de nutrientes das macrófitas taboa (Typha sp.) e junco (Eleocharis sp.), cultivadas em monocultivo e consorciadas, em meio contendo brita e lixiviado de aterro de resíduos sólidos urbanos. O cultivo foi em caixas de madeira, contendo brita e lixiviado, em estufa plástica, durante cinco meses. Foram avaliados os teores e as quantidades extraídas, por planta e por área, de macro (N, P, K, Ca, Mg e S) e micronutrientes (Fe, Mn, Cu e Zn) das macrófitas, além da produção de matéria seca e população de plantas. Essas variáveis foram determinadas na parte aérea das plantas, coletada em cinco cortes, efetuados uma vez por mês. Em geral, os teores e as quantidades extraídas de nutrientes, por planta e por área, não variaram entre o monocultivo e o consórcio, exceto as quantidades extraídas por área de P, K e Zn, que foram maiores no consórcio. A extração de macronutrientes foi maior na taboa e decresceu na ordem: K > N > Ca > P ~ Mg > S (taboa) e K > N > P ~ Ca ~ Mg ~ S (junco), e a de micronutrientes, na ordem: Mn > Fe> Zn > Cu. A quantidade extraída de K foi 648 (taboa) e 159 kg ha-1 (junco), enquanto a de Mn foi de 6,6 (taboa) e 1,4 kg ha-1 (junco). As quantidades de nutrientes extraídas variaram de acordo com o teor deles na parte aérea e a produção de matéria seca das macrófitas, sendo secundária a importância da população de plantas, em ambos os tipos de cultivo. A quantidade de nutrientes extraídos do lixiviado pela taboa foi expressiva, principalmente de K, N e Mn.

Geoquímica de radionuclídeos naturais em solos de áreas circunvizinhas a uma Unidade de Mineração e Atividade de Urânio

Os impactos ambientais advindos da exploração e do beneficiamento de U são, em grande parte, idênticos àqueles causados por atividades minero-extrativistas em geral. Este trabalho teve o objetivo de determinar a partição geoquímica dos radionuclídeos naturais 238U, 226Ra e 210Pb em áreas circunvizinhas à Unidade de Mineração e Atividade de Urânio (URA) das Indústrias Nucleares do Brasil S.A., localizada na Província Uranífera de Lagoa Real, no município de Caetité, na região sudoeste do Estado da Bahia. Foram coletadas amostras de solo em cinco áreas circunvizinhas à URA, representando as principais classes de solos da região, na profundidade de 0-20 cm. Nas cinco áreas, foram determinados o teor de atividade total e o fracionamento geoquímico nas frações: F1 - levemente ácida, F2 - reduzível, F3 - oxidável, F4 - alcalina e F5 - residual. As atividades totais médias foram, em Bq kg-1 de solo, de 50 para 238U, 51 para 226Ra e 159 para 210Pb. Os extraídos na fase potencialmente biodisponível (F1) foram: 11 % para 238U, 13 % para 226Ra e 3 % para 210Pb. O 238U apresentou maior biodisponibilidade nos solos mais ácidos e maior afinidade pelos óxidos de Fe, o que não ocorreu para o 226Ra, tendo este apresentado a maior biodisponibilidade. O 210Pb apresentouse predominantemente associado a F5. As percentagens elevadas de 238U, 226Ra e 210Pb na fração geoquímica F5 indicam que as atividades observadas nos cinco solos estão, predominantemente, associadas ao material que deu origem a esses solos, e não a um processo de contaminação artificial em função da atividade da URA.

Soil and phytosociological characterization of an area with predominance of arnica (Lychnophora pohlii sch. bip.)

Lychnophora pohlii Sch. Bip. (Asteraceae), known as "Arnica mineira", is widely used in folk medicine and very abundant in the altitude vegetation of rocky grassland. The aim of this work was to study the density of this species and its relationship with soil parameters in rocky grassland in Diamantina, in the Upper Jequitinhonha region, Minas Gerais. Ten contiguous 20 x 50 m plots were marked (total sampled area 10,000 m²) on the campus Juscelino Kubitschek of the Federal University of Jequitinhonha and Mucuri Valleys (UFVJM). The plants in these plots were evaluated for frequency, dominance and density. The relationship between the density of this species with nine soil physical and chemical properties was analyzed by means of canonical correspondence analysis (CCA). The highest plant abundance (I) of the species Lychnophora pohlii Sch. Bip. was found in the vegetation sampling areas: plot 6 with 255 plants, plot 7 with 173, plot 8 with 189, plot 9 with 159, and plot 1 with 151 plants. In these areas, the floristic soil characteristics were similar, resulting in spatial proximity in the ACC diagrams. The density of Lychnophora pohlii was higher in plots with higher pH, P-rem and base saturation, the variables most strongly correlated with the first axis of canonical correspondence analysis.

Formas de fósforo no solo sob pastagens naturais submetidas à adição de fosfatos

A maioria das pastagens naturais no bioma Campos no sul do Brasil cresce em solos com baixa disponibilidade de fósforo (P), mas com altos teores de P total e de P orgânico. Este trabalho objetivou avaliar as alterações nas formas de P no solo, ao longo de um ciclo de crescimento de pastagens naturais, decorrentes da aplicação de fontes de fosfato. Em três experimentos instalados em áreas de pastagem natural, foi aplicado P nas formas de hiperfosfato de Gafsa, superfosfato triplo e testemunha, arranjados em blocos casualizados com três repetições. Nos experimentos instalados no município de Candiota, RS, em pastagens naturais sob Luvissolo Úmbrico e Neossolo Litólico, foram aplicados 100 kg ha-1 de P2O5 em setembro de 2010. Na pastagem sob Argissolo Vermelho no município de Santa Maria, RS, foram aplicados 180, 90, 100 e 100 kg ha-1 de P2O5 nos anos de 1997, 1998, 2002 e 2010, respectivamente. Amostras de solo foram coletadas (0-10 cm) ao longo da estação de crescimento da pastagem (0, 55, 116, 171 e 232 dias, após aplicação do fosfato em Candiota; e 0, 50, 83, 129, 159 e 186 dias, após aplicação do fosfato em Santa Maria). Foram analisados os teores de P disponível por resina de troca aniônica, o P imobilizado na biomassa microbiana do solo, o P extraído por NaOH 0,1 mol L-1, o P orgânico total e o P total. Os teores de P disponível aumentaram rapidamente com a aplicação de fosfato solúvel, mas no final do período de avaliação esses se equivaleram ao do fosfato natural, que foi semelhante à testemunha. A aplicação de fertilizantes fosfatados sob pastagens naturais com baixa disponibilidade de P aumentou a importância das frações inorgânicas lábeis às plantas, tornando-as menos dependentes da mineralização das frações orgânicas. As frações orgânicas, inclusive o P microbiano, não são bons indicadores da biodisponibilidade de P em pastagens naturais sob Argissolos, Neossolos e Luvissolos do sul do Brasil fertilizadas com fosfatos.