A semi-nested PCR assay for molecular detection of Paracoccidioides brasiliensis in tissue samples

INTRODUCTION: Paracoccidioidomycosis is a systemic infection caused by Paracoccidioides brasiliensis. METHODS: In this study, a semi-nested PCR for paracoccidioidomycosis diagnosis was developed. The primers ITS1 and ITS4 were used in the first reaction, while the primers MJ03 and ITS1 primer were used in the second reaction. The semi-nested PCR was used to investigate biopsies of five patients with oral lesions that resembled paracoccidioidomycosis. RESULTS: The semi-nested PCR was positive for four samples and negative for a sample from a patient later diagnosed with leishmaniasis. CONCLUSIONS: The new semi-nested PCR describe is useful for paracoccidioidomycosis diagnosis.

Pandemic influenza A (H1N1) 2009: epidemiological analysis of cases in a tropical/semi-arid region of Brazil

IntroductionThe year 2009 marked the beginning of a pandemic caused by a new variant of influenza A (H1N1). After spreading through North America, the pandemic influenza virus (H1N1) 2009 spread rapidly throughout the world. The aim of this study was to describe the clinical and epidemiological characteristics of cases of pandemic influenza in a tropical/semi-arid region of Brazil.MethodsA retrospective study analyzed all suspected cases of pandemic influenza (H1N1) 2009 reported in the Ceará State through the National Information System for Notifiable Diseases during the pandemic period between 28 April, 2009 and November 25, 2010.ResultsA total of 616 suspected cases were notified, 58 (9.4%) in the containment phase and 558 (90.6%) in the mitigation phase. Most cases were of affected young people resident in the City of Fortaleza, the largest urban center in the State of Ceará. The most frequent symptoms presented by the cases with confirmed infection were fever, cough, myalgia, arthralgia, and nasal congestion. Mortality rate was 0.0009/1,000 inhabitants and lethality was 5.6%. Deaths were observed only in the mitigation phase. Mortality rates were similar for both sexes but were higher in the age group under 5 years.ConclusionsThe study suggests that the influenza A (H1N1) pandemic in this tropical/semi-arid region had a lower magnitude when compared to states in the Southern and Southeastern regions of Brazil.

An optimized one-tube, semi-nested PCR assay for Paracoccidioides brasiliensis detection

Introduction Herein, we report a one-tube, semi-nested-polymerase chain reaction (OTsn-PCR) assay for the detection of Paracoccidioides brasiliensis. Methods We developed the OTsn-PCR assay for the detection of P. brasiliensis in clinical specimens and compared it with other PCR methods. Results The OTsn-PCR assay was positive for all clinical samples, and the detection limit was better or equivalent to the other nested or semi-nested PCR methods for P. brasiliensis detection. Conclusions The OTsn-PCR assay described in this paper has a detection limit similar to other reactions for the molecular detection of P. brasiliensis, but this approach is faster and less prone to contamination than other conventional nested or semi-nested PCR assays.

Assessment of schistosomiasis in the semi-arid Northeast region of Brazil: the São Francisco River large-scale water transposition project

Abstract: INTRODUCTION Risk of schistosomiasis expansion to semi-arid northeastern Brazil under the influence of the Integration Project of the São Francisco River (IPSFR) was assessed. METHODS: Stool examinations of schoolchildren, epidemiological investigation, and survey of the local host snail Biomphalaria straminea were performed in five IPSFR municipalities. RESULTS Six of 4,770 examined schoolchildren were egg-positive for Schistosoma mansoni. Biomphalaria straminea was widespread, but not naturally infected with S. mansoni. Snails experimentally exposed to two laboratory S. mansoni strains yielded infection indices of 1-4.5%. CONCLUSIONS: There is evidence of active schistosomiasis transmission in the area; thus, intensive surveillance actions are required.

Elaboração de uma semi-conserva de pescado de água doce "Picles de Peixe". I. Tempo de cura, acidificação, textura e nível de sal

Neste trabalho são estudadas as condições para a correta combinação entre o tempo de cura, acidificação e nível de sal para produzir uma semi-conserva de pescado de de água doce acondicionada em vidro, utilizando o efeito da combinalção sal/ácido. As espécies utilizadas foram jaraqui (Semaprochilodus spp.), Curimatá (Prochilodus nigricans), Dourado (Brachyplastistoma flavicans) e Pirarucu (Arapaima gigas). Na salmora de cura prelimiar o tempo indicado para se obter uma melhor textura foi de 4 semanas, a acidificação até 4,5 foi alcançada na solução contendo 5% de ácido/100 gramas de pescado e o nível adequado de sal foi de 15% (p/v). Na salmora flavorizante a proporção de ácido foi de 1% (v/v) o que torna o produto de sabor agradável, sal na concentração de 2% (p/v) e a adição de 1% de condimentos.

DESENVOLVIMENTO NINFAL DO GAFANHOTO NEOTROPICAL SEMI-AQUÁTICO Stenacris fissicauda fissicauda (BRUNER, 1908) (ORTHOPTERA:ACRIDIDAE) EM CONDIÇÕES CONTROLADAS

Estudou-se a influência da temperatura e do fotoperíodo no desenvolvimento ninfal do gafanhoto semi-aquático Stenacris fissicauda fissicaudaproveniente de uma região de várzea, perto de Manaus. Ninfas recém-eclodidas foram coletadas no campo na macrófita aquática Paspalum repens (Gramineae-Poaceae)e criadas sob condições controladas em câmaras de criação (8, 12 e 24 horas de luz, 27°C e 27/21°C de temperatura) e sob condições naturais. Esta espécie apresenta 5 estádios ninfais para os machos e 6 para as fêmeas sob condições de dia longo no laboratório e durante o período com menos precipitação (estação "seca") sob condições naturais. No entanto, observou-se um estádio extra para machos (6o) e fêmeas (7o) sob condições de dia curto no laboratório. Este estádio ocorreu durante o período com mais precipitação (estação chuvosa) sob condições naturais. Constatou-se que a temperatura e o fotoperíodo interagiram no desenvolvimento ninfal sob condições controladas: 1) O número de estádios (especialmente em fêmeas) foi principalmente influenciado pelo fotoperíodo; 2) O tempo de desenvolvimento ninfal (em ambos os sexos) sobretudo foi influenciado pela temperatura. Os resultados estão sendo discutidos sob o ponto de que a luz pode atuar como fator de controle (ecofator) no número de estádios ninfais de insetos em ecossistemas tropicais, mesmo sendo situados perto do equador, devido à mudanças sazonais de insolação e/ou intensidade de luz durante o ano.

Aspectos da Biologia e Etologia de Paulinia acuminata (De Geer), 1773 (Orthoptera: Pauliniidae), um gafanhoto semi-aquático, na Amazônia Central

Paulinia acuminata (Orthoptera: Pauliniidac) desenvolve todo seu ciclo vital em macrófitas aquáticas. Entre 17 macrófitas e 5 hortaliças testadas, a oviposição foi constatada somente em Salvinaceae (Salvinia auriculata, S. minima, S. sprucei, Azolla cf. microphylla e Araceae (Pistia stratiotes). O período médio de incubação, em laboratório, foi de 18,7 (+/- 1,8) dias, com uma média de 7,3 (+/- 2,8) ovos por postura. O desenvolvimento dos seis estádios ninfais durou 47,12 (+/-1,2) dias. O ciclo de vida completo, ovo-adulto, foi de 93,2 dias sob uma temperatura do ar em torno dc 29 °C. Observações etológicas de laboratório e de campo são apresentadas.

Características bioquímicas e hematológicas do pirarucu Arapaima gigas Schinz, 1822 (Arapaimidae) de cultivo semi-intensivo na Amazônia

O presente estudo comparou os níveis plasmáticos de glicose, proteínas totais, uréia, triglicerídeos e colesterol, a contagem de eritrócitos, leucócitos e trombócitos entre alevinos e juvenis de Arapaima gigas (Osteoglociformes, Arapaimidae) de uma piscicultura semi-intensiva de Manaus, estado do Amazonas, Brasil. Os alevinos de A. gigas apresentaram níveis significativamente (p<0,05) menores de proteínas totais, triglicerídeos, uréia e Volume Corpuscular Médio (VCM) e maior concentração de glicose, colesterol e hemoglobina, contagem de eritrócitos, hematócrito e Concentração da Hemoglobina Corpuscular Média (CHCM) quando comparados aos juvenis. Porém, não houve diferença significativa (p>0,05) no número de trombócitos e leucócitos totais entre alevinos e juvenis. Os juvenis de A. gigas apresentaram menor quantidade de linfócitos e maior quantidade de monócitos, neutrófilos e eosinófilos, quando comparados aos alevinos. Em estudos futuros, espécimes de A. gigas com outras idades também deverão ser comparados para melhor entendimento dos efeitos da idade neste peixe amazônico, pois estas informações, além de possibilitarem uma melhor compreensão da fisiologia desta espécie, poderão auxiliar no estabelecimento de estratégias para seu manejo.

Quantificação da massa infartada do ventrículo esquerdo pela ressonância magnética cardíaca: comparação entre a planimetria e o método de escore visual semi-quantitativo

OBJETIVO: Validar um novo método de escore visual semi-quantitativo contra a planimetria digital quantitativa para a determinação da massa infartada do ventrículo esquerdo pela ressonância magnética cardíaca com técnica de realce tardio. MÉTODO: Estudados 77 pacientes com infarto miocárdico prévio em aparelho de ressonância magnética de 1,5T utilizando técnica de realce tardio para avaliação da viabilidade miocárdica e cálculo da massa infartada. Para avaliação da função ventricular esquerda pelo método de Simpson utilizamos técnica de cine-ressonância. O cálculo da massa infartada foi realizado nas imagens de realce tardio de duas formas: planimetria e método de escore. Utilizamos métodos de regressão linear simples, correlação e concordância entre métodos e observadores segundo a análise de Bland-Altman. RESULTADOS: Em todos os 77 pacientes as áreas de infarto foram detectadas pela ressonância magnética cardíaca utilizando a técnica de realce tardio. O tamanho do infarto medido pela planimetria foi semelhante ao obtido pelo método de escore, com a média das diferenças entres as medidas de apenas 1,03% da massa do ventrículo esquerdo. As variabilidades inter (0,41%) e intra-observador (0,34%) evidenciaram excelente reprodutibilidade do método de escore. A massa infartada apresentou boa correlação com a fração de ejeção e volumes distólico e sistólico finais indexados, r=-0,76, r=0,63 e r=0,67, respectivamente. CONCLUSÃO: A avaliação de pacientes com infarto agudo do miocárdio prévio pela ressonância magnética cardíaca, utilizando a técnica de realce tardio, permite a determinação reprodutível do tamanho do infarto, tanto pelo método de planimetria, quanto pelo modelo semi-quantitativo de escore.

Composição de Heteroptera aquáticos e semi-aquáticos na área de abrangência da U.H.E. Dona Francisca, RS, Brasil: fase de pré-enchimento

Neste estudo, foi analisada a composição dos Heteroptera do curso médio da bacia do rio Jacuí, RS, Brasil, previamente à construção da U.H.E. Dona Francisca, bem como alguns fatores abióticos que poderiam afetar a distribuição e a abundância destes organismos. Nos ambientes lênticos, amostragens quantitativas foram realizadas utilizando-se peneiras, em seis localidades (janeiro 2000). Nos ambientes lóticos, as coletas foram feitas através de amostrador de Surber (de maio a outubro de 2000), privilegiando-se a captura de espécies tipicamente bentônicas. Em cada estação, pH, oxigênio dissolvido, precipitação mensal, temperatura do ar e da água e profundidade foram medidos. Nos rios e riachos, a velocidade da corrente também foi registrada. Quinze espécies foram registradas nos ambientes lênticos, sendo Belostoma sp. e Notonecta sp. as dominantes (70%). A abundância, a riqueza e os índices de diversidade foram mais altos nos locais com maiores dimensões. Nos ambientes lóticos, foram assinaladas duas espécies de Naucoridae, Ambrysus teutonius La Rivers, 1951 e Cryphocricus vianai De Carlo, 1951, sendo a primeira dominante (65%). A abundância foi maior nos pontos com maior sombreamento, presença de árvores e/ou com detritos vegetais, ou com a macrófita Podostemum sp. (Podostemaceae) no fundo, e mais baixa em locais com curso semi-regulado. Possivelmente, fatores como temperatura e precipitação acumulada estejam relacionados com a abundância mensal dos Naucoridae. Os resultados deste estudo servirão de subsídio para futuros estudos de impacto ambiental após o enchimento do reservatório da U.H.E. Dona Francisca.

The importance of dietary calcium consumption in two species of semi-terrestrial grapsoid crabs

Calcium (Ca) is essential for crustaceans, due to calcium carbonate (CaCO3) deposition in the new exoskeleton to harden it. The purpose of this work was to study short term Ca balance in terms of dietary Ca ingestion in two phylogenetically related crabs (Superfamily Grapsoidea) showing different degrees of terrestrial adaptations: Sesarma rectum Randall, 1840 and Neohelice granulata (Dana, 1851). Dietary Ca ingestion was studied using purified diets with different Ca concentrations (0, 2.2 and 6.66 % Ca), together with measurements of Ca excretion and Ca hemolymph levels. The results showed that both crabs had the same response to foods containing different levels of Ca, with both species eating more of the high Ca diet. However, S. rectum consumed more per mg body mass at all Ca concentrations (6 mg.g-1 for S. rectum against 3 mg.g-1 for N. granulata). Both species excreted/egested Ca differently: S. rectum excreted Ca proportionally to ingestion, whereas N. granulata maintained constant faecal Ca output at all dietary Ca levels. Moreover, Ca hemolymph levels for crabs fed the different diets were independent of dietary Ca. In conclusion, both S. rectum and N. granulata seem to regulate the consumption of diets containing more Ca, which suggests a fine balance for Ca intake.

Diversity and structure of microcrustacean assemblages (Cladocera and Copepoda) and limnological variability in perennial and intermittent pools in a semi-arid region, Bahia, Brazil

Temporary wetlands undergo recurrent drought due to the scarcity of water, which disrupts the hydrological connectivity with adjacent aquatic systems. However, some environments retain water for longer periods, allowing greater persistence of the community. The current study evaluated differences in the microcrustacean assemblages and limnological variability between perennial and intermittent pools in a semi-arid region of Brazil. The abiotic features (water temperature, pH, total alkalinity, electrical conductivity and depth) of intermittent pools were affected more than perennial pools due to loss of water volume. This may have contributed to a higher average richness and diversity index in some intermittent pools and differences in the structure of the assemblages. The lowest species richness and diversity were recorded where physical factors, such as a large quantity of suspended solids and variability in the electrical conductivity of the water and pH, make the environment unsuitable for these organisms. These results suggest that community development in intermittent pools is interrupted by the dry season; when the water returns, due to rainfall or rising groundwater, each pond undergoes a different process of colonization. In these circumstances, the biological importance of temporary aquatic environments is clear, since such pools provide shelters and have an important role in the maintenance of the regional diversity of aquatic environments.

Space-time variation of the relative abundance of Limnoperna fortunei in deep zones of São Gonçalo Channel, Rio Grande do Sul, Brazil

This work describes the spatial-temporal variation of the relative abundance and size of Limnoperna fortunei (Dunker, 1857) collected in São Gonçalo Channel through bottom trawl with a 0.5 cm mesh, at depths between 3 and 6 m. The estimative of mean relative abundance (CPUE) ranged from 2,425.3 individuals per drag (ind./drag) in the spring to 21,715.0 ind./drag in the fall, with an average of 9,515.3 ind./drag throughout the year. The estimated mean density of L. fortunei for the deep region of São Gonçalo Channel ranged from 1.2 to 10.3 ind./m², and it was recorded a maximum density of 84.9 ind./m² in the fall of 2008. The method of sampling using bottom trawl enabled the capture of L. fortunei under the soft muddy bottom of the channel, in different sizes ranging from 0.4 to 3.2 cm. This shows that the structure of the L. fortunei adult population under the bottom of the São Gonçalo Channel is composed mostly of small individuals (<1.4 cm), which represent up to 74% of the population collected.