Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel

O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").

Integração de dados em estudos de diversidade genética de tomateiro

O objetivo deste trabalho foi integrar dados de caracteres quantitativos, multicategóricos, moleculares e fitopatológicos para a avaliação da diversidade genética de subamostras de tomateiro do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (BGH-UFV). Foram utilizados dados de 67 subamostras de tomateiro do BGH-UFV, caracterizadas quanto a 19 caracteres quantitativos, 30 multicategóricos, 52 locos ISSR e à reação a três patógenos (Alternaria solani, Pseudomonas syringae pv. tomato e Tomato yellow spot virus). Inicialmente, a avaliação da diversidade entre as subamostras foi realizada para cada conjunto de caracteres individualmente, e indicou que a diversidade baseada em qualquer um dos conjuntos de dados não reflete a diversidade dos demais. Para a integração dos dados, codificaram-se os de natureza quantitativa em multicategóricos, por meio de cinco estratégias diferentes. A estratégia de divisão equitativa da amplitude dos dados em três classes foi a mais indicada, com correlação de 0,78 entre as matrizes de dissimilaridade dos dados codificados e originais. A análise de diversidade genética a partir da integração dos dados resultou em grupos com maior correspondência às origens das subamostras de tomateiro avaliadas, o que indica que a integração de dados de diferentes naturezas pode ser realizada com êxito pela conversão dos dados quantitativos em multicategóricos.

Divergência genética entre cultivares comerciais de repolho quanto à preferência do pulgão‑da‑couve

O objetivo deste trabalho foi avaliar a divergência genética entre cultivares de repolho quanto à preferência alimentar do pulgão‑da‑couve (Brevicoryne brassicae). O experimento foi realizado com 27 cultivares, em casa de vegetação, com determinação da preferência do afídeo em ensaios com ou sem chance de escolha. Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com 27 tratamentos e cinco repetições. Estimaram-se as distâncias generalizadas de Mahalanobis e as cultivares foram agrupadas pelo método de Tocher, com formação de sete grupos. As cultivares Chato de Quintal, Ryuho e Taishita foram as menos preferidas pelo afídeo. A distância máxima foi verificada entre as cultivares Das 4 Estações e Suki, e a mínima ocorreu entre Chato de Quintal e Astrus Plus. O número de ninfas é a variável que permite maior diferenciação entre as cultivares. Há variabilidade entre as cultivares comerciais de repolho quanto à preferência alimentar do pulgão.

Divergência genética entre acessos de Passiflora cincinnata mast com base em descritores morfoagronômicos

Este trabalho teve como finalidade estimar a divergência genética entre acessos de maracujazeiro (Passiflora cincinnata Mast.) conservados na coleção de trabalho da Embrapa Semi-Árido, em Petrolina-PE. O experimento foi conduzido em delineamento de blocos ao acaso, com quatro repetições. A avaliação foi realizada em 32 acessos, com base em 23 caracteres: dois relativos à planta, três às folhas, seis às flores, quatro aos frutos, quatro às sementes, dois às características químicas dos frutos e dois à produção. O comportamento dos acessos foi pesquisado pelas análises univariada e multivariada, com estimativas das dissimilaridades obtidas pela distância generalizada de Mahalanobis (D²) e formação do agrupamento pelo método de Tocher. Os acessos apresentaram variabilidade genética para todos os descritores utilizados na avaliação. As distâncias genéticas entre pares de acessos variaram de 17 a 598, com média 152. O acesso 18-D0542 foi indicado como o mais divergente e o mais produtivo, devendo compor programas de intercruzamentos e ser recomendado para cultivos experimentais por produtores. As características de maior importância para a divergência genética foram: a massa total dos frutos (42,29%), a viabilidade de pólen (8,62%) e a área foliar (7,16%). O agrupamento dos acessos não se correlaciona às Unidades Geoambientais originais de coleta.

Desempenho silvicultural de clones de Eucalyptus grandis em relação às árvores matrizes

Objetivando avaliar a eficiência da seleção inicial de 13 árvores-matriz para clonagem de Eucalyptus grandis e o desempenho delas em teste clonal, foram mensuradas as características dap, altura total (Ht), volume com casca (V CC), sem casca (V SC) e volume de casca (V C), bem como as cinco árvores "co-dominantes" em um raio de 10 m da matriz selecionada, para verificar a sua superioridade em relação aos seus pares. O desempenho silvicultural dos clones dessas matrizes foi avaliado aos sete anos de idade, em teste clonal instalado no delineamento em blocos ao acaso, com três repetições e parcela quadrada de 25 plantas, em espaçamento de 3 x 2 m. Com base nos resultados deste trabalho, pode-se concluir que a avaliação da superioridade em Ht da árvore-matriz em relação às árvores co-dominantes do local de seleção é um parâmetro importante para a escolha inicial de árvores-matriz. A análise multivariada foi eficaz para a alocação das matrizes em grupos divergentes, bem como para a classificação de árvores-matriz selecionadas posteriormente dentro dos grupos pré-definidos pelo método de Tocher. Existe relação significativa entre as características utilizadas para a seleção inicial das árvores-matriz e o desempenho dos clones dessas matrizes na avaliação final do teste clonal. Esses resultados possibilitam a redução do número de material genético a ser avaliado. No entanto, a instalação dos testes é imprescindível no processo de seleção, principalmente devido à existência da interação do genótipo com os efeitos ambientais.

Diversidade genética entre indivíduos de Spondias lutea L. procedentes do baixo são francisco sergipano, por meio de marcadores rapd

A recuperação de matas ciliares com mudas que apresentam o máximo de diversidade genética possível é de suma importância para a conservação das espécies. Assim, este estudo foi realizado com o objetivo de caracterizar geneticamente, por meio de marcadores RAPD, indivíduos de Spondias lutea L. (cajá), com a finalidade de elaborar estratégias de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar. O estudo foi realizado em uma área de mata ciliar no Baixo São Francisco sergipano, onde foi coletado material foliar de 17 indivíduos para a análise de RAPD. A extração de DNA foi realizada por meio de tampão CTAB 2%, e para a geração de polimorfismo foram empregados 17 oligonucleotídios. A matriz binária construída com presença (1) e ausência de bandas (0) foi usada para o cálculo da estimativa de similaridade genética e, a partir desta, foi feita a representação simplificada das similaridades, pelo método de agrupamento UPGMA, e a estabilidade dos agrupamentos foi testada pela análise "bootstrap". Para visualização da divergência entre os indivíduos, realizou-se o agrupamento dos indivíduos pelo método de Tocher. A matriz de distância genética foi comparada com a matriz de distância geográfica pelo teste de Mantel, com a finalidade de verificar se há correlação entre as mesmas. A similaridade genética média entre os indivíduos foi de 46,8%, e a amplitude das similaridades variou de 21 a 78%. Não houve associação entre as distâncias genéticas e geográficas (r = 0,08). Com o método de agrupamento de Tocher, houve a formação de cinco grupos e o valor mínimo de similaridade calculado, acima do qual os indivíduos são considerados geneticamente iguais, foi igual a 91%. Assim, os indivíduos analisados são considerados divergentes e podem ser utilizados como matrizes porta-sementes em programas de produção de sementes para a recuperação de mata ciliar.

Variabilidade físico-química da farinha de mandioca

Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade físico-química da farinha de mandioca comercializada no município de Cruzeiro do Sul - AC por meio da análise multivariada. Foram analisadas 18 amostras de diferentes farinhas de mandioca, quanto às variáveis: umidade, cinzas, lipídios, proteína bruta, fibra bruta, carboidratos totais, acidez e pH. A aplicação da análise multivariada de agrupamento segundo o método de Tocher permitiu o estabelecimento de cinco grupos de farinhas. Os grupos IV e V foram considerados de alta qualidade, o primeiro por apresentar o menor teor de cinzas e o maior de proteína bruta, e o segundo por apresentar o menor teor de umidade e o maior teor de carboidratos dentre os grupos. As técnicas de análise multivariada foram coerentes para identificar as farinhas mais heterogêneas. A identificação de grupos distintos indica a existência de variabilidade nas farinhas de mandioca comercializadas na região de Cruzeiro do Sul - AC, podendo esta variabilidade estar relacionada, especialmente com o processo de produção.

Uso da rinometria acústica como método diagnóstico

A avaliação da patência nasal de forma clara e objetiva tem sido motivo de investigação há mais de 100 anos. O desenvolvimento de métodos objetivos de medida confiáveis tem sido lento, e mesmo com várias tentativas, nenhum tem sido aceito de forma geral, permanecendo pela maioria do rinologistas o diagnóstico baseado em dados da história clínica e a rinoscopia. Rinometria acústica é uma técnica que permite a medida da relação entre a área transversal com a distância da cavidade nasal. OBJETIVO: Estudar a patência nasal através da rinometria acústica em pacientes brasileiros normais. FORMA DE ESTUDO: Clínico-prospectivo. MATERIAL E MÉTODO: Avaliamos vinte pacientes, com idade variando entre 21 e 60 anos. Todos foram submetidos ao exame de rinometria acústica antes e após teste de vasoconstrição nasal e as medidas de ATM (área transversal mínima) e distância foram analisadas. RESULTADOS: Foram encontrados os valores médios de ATM 0.59 antes e 0.60 pós-vaso. CONCLUSÕES: Concluímos ser a rinometria acústica um método diagnóstico objetivo, simples, rápido, reprodutível, confiável, não-invasivo para avaliação da patência nasal. Ela permitiu evidenciar diferenças numéricas na amostra analisada, transformando-se em um parâmetro objetivo de comparação.

Imunohistoquímica como método de estudo das fibras elásticas em prega vocal humana

OBJETIVO: O objetivo deste trabalho é o de verificar a aplicabilidade do método imunohistoquímico na quantificação das diferentes formas das fibras elásticas em prega vocal humana. FORMA DE ESTUDO: coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: Foram seguidos os seguintes critérios de inclusão: idade entre 25 e 40 anos, gênero masculino, cor branca, morte causada por ferimento de arma de fogo, menos de doze horas de morte, ausência de intubação traqueal e de trauma na região cervical e que, por análise microscópica, não apresentassem qualquer alteração da mucosa das pregas vocais. Por estes critérios dez pregas vocais foram obtidas e selecionou-se, aleatoriamente, uma prega vocal que pertencia a um indivíduo de 28 anos. A prega vocal foi transversalmente seccionada em nove regiões e três cortes de cada fragmento foram utilizados para a realização das colorações Verhoeff e resorcina-fuchsina de Weighert e para a realização do estudo imunohistoquímico. Realizou-se quantificação colorimétrica das fibras elásticas. RESULTADO: As camadas intermediária e profunda da prega vocal apresentam valores muito superiores aos da camada superficial, nas colorações histológicas. A quantidade de tropoelastina identificada pelos anticorpos não apresentou grandes diferenças entre os valores da camada superficial e os da camada intermediária e profunda. CONCLUSÃO: A imunohistoquímica é uma técnica que identifica, em prega vocal humana, todas as formas de fibras elásticas e que também possibilita a realização de medidas objetivas.

Avaliações audiométrica e vestibular em mulheres que utilizam o método contraceptivo hormonal oral

OBJETIVO: Correlacionar o uso de contraceptivo hormonal oral com possíveis alterações auditivas e vestibulares. MÉTODOS: Aplicou-se anamnese, teste audiométrico e teste vestibular em 60 mulheres entre 14 e 35 anos, sendo que 30 mulheres faziam uso do método contraceptivo hormonal oral composto por estrógeno e progesterona (grupo de risco), por um período igual ou superior a 6 meses, sem queixas auditivas e vestibulares anteriores ao uso do mesmo; e 30 mulheres que nunca fizeram uso desses hormônios (grupo controle), sem queixas auditivas e vestibulares. A anamnese foi utilizada como critério de seleção da amostra. RESULTADOS: Com base nos achados otoneurológicos através de uma pesquisa quantitativa, pode-se verificar uma prevalência da Síndrome Vestibular Periférica Irritativa e de zumbidos no grupo de risco, sem alterações audiométricas. CONCLUSÃO: O uso do método contraceptivo hormonal oral pode ocasionar alterações funcionais na orelha interna, principalmente zumbido e Síndrome Vestibular Periférica Irritativa no grupo de risco, mas não evidenciou alterações de limiares auditivos.

Biomembrana de látex: novo método para o revestimento da cavidade aberta nas timpanomastoidectomia

As neocavidades pós-timpanomastoidectomias de cavidade aberta (TMCA) são normalmente preenchidas por cadarço ou fita cardíaca untados com pomada antibiótica. A remoção deste tampão usualmente causa sangramento e desconforto para o paciente. Propomos para tanto a utilização de uma biomembrana de látex natural para forrar a neocavidade, servindo como uma interface entre o osso cruento e o material de tamponamento. FORMA DE ESTUDO: Clínico prospectivo. OBJETIVOS: Estudar o desempenho da biomembrana como uma interface entre o osso cruento e o material de tamponamento e analisar seu papel na epitelização da neocavidade. MATERIAL E MÉTODO: Foram analisadas 64 orelhas de pacientes submetidos à TMCA e meatoplastia. A biomembrana foi utilizada em 54 das orelhas operadas, sendo que nas outras 10 orelhas o tamponamento da cavidade foi realizado somente com fita cardíaca. RESULTADOS: Na maioria das 54 orelhas onde a biomembrana foi utilizada observou-se maior facilidade na remoção do curativo tampão (sem sangramento ou desconforto para o paciente), menor demanda de tempo para sua retirada, além da epitelização mais precoce da neocavidade. CONCLUSÃO: A utilização da biomembrana de látex revelou-se método eficaz no revestimento da neocavidade, facilitando a remoção do tampão e a epitelização da neocavidade.

Detecção de receptor de ácido hialurônico em prega vocal humana por método imunohistoquímico

O receptor do ácido Hialurônico é uma glicoproteína da membrana plasmática, sendo o principal o CD44, e está expresso em vários tipos de células onde possui a função de adesão celular. OBJETIVO: Estudar a possibilidade de empregar o método imunohistoquímico para identificar a distribuição dos receptores de ácido hialurônico ao longo da prega vocal humana. MATERIAL E MÉTODOS: Foram ressecadas as pregas vocais normais de um indivíduo de 23 anos, sexo masculino, cor negra. As lâminas foram analisadas por meio de estudo histomorfométrico, comparando-se a intensidade das cores nas camadas superficial, média e profunda da lâmina própria. Nas lâminas silanizadas foi utilizado método imunohistoquímico, sendo avaliadas através de microscopia óptica com aumento 40 vezes, obtendo coloração marrom onde houve a reação com receptor para ácido hialurônico. RESULTADOS: Os achados imunohistoquímicos mostraram presença de receptores para ácido hialurônico no epitélio de cobertura da prega vocal tendo maior concentração na região central da prega vocal. CONCLUSÃO: A técnica de imunohistoquímica, utilizada para avaliar a distribuição dos receptores para ácido hialurônico na pregas vocais humanas, mostrou sua disposição em epitélio da prega vocal e predomínio no terço médio, em relação às demais regiões na prega vocal estudada.

Método para medida do comprimento da cóclea por meio de ressonância magnética

Sabe-se que a deficiência auditiva afeta boa parte da população. Nos casos em que a surdez é profunda e bilateral, podem ocorrer problemas na aquisição de fala nas crianças, bem como na comunicação e socialização do indivíduo. O implante coclear vem sendo utilizado como opção terapêutica para esses casos. Na atualidade a Ressonância magnética da orelha interna é exame obrigatório na avaliação pré-operatória destes pacientes. No dia-a-dia, nos perguntamos se a ressonância magnética pode fornecer dados não só qualitativos como também quantitativos, com medidas lineares reais na cóclea reconstruída em imagens em três dimensões. OBJETIVO: O objetivo deste estudo é propor uma técnica para obtenção de medidas do comprimento da cóclea em imagens de ressonância magnética obtidos de ossos temporais de cadáveres. MATERIAL E MÉTODO: Foram avaliadas imagens de reconstrução em três dimensões da cóclea de seis cadáveres. Por meio de sobreposição de réguas digitalizadas sobre estas imagens foi possível medir o comprimento coclear. RESULTADO: Estas medidas variaram de 17 a 26,5 milímetros. CONCLUSÃO: Conclui-se que foi possível medir o comprimento da cóclea em imagens em três dimensões de ressonância magnética pelo método proposto.

Proposta de método para estimação de tamanho de parcela para culturas agrícolas

Dentre as formas reconhecidas para redução do erro experimental, destaca-se o tamanho ótimo da parcela experimental para aplicação dos tratamentos, existindo vários métodos para sua estimação, baseados em diferentes princípios. O objetivo deste trabalho é propor um método alternativo para a estimação do tamanho ótimo de parcela, para culturas agrícolas, compará-lo com métodos clássicos para esse fim e identificar com quais parâmetros seus resultados estão correlacionados. Realizou-se a validação dos resultados, utilizando-se dados de quatro experimentos com plantas de pimentão, em que se avaliou a produção de frutos, acumulada nas várias colheitas, cultivado em estufa com cobertura plástica. Os resultados obtidos pelo método proposto, denominado Método da Máxima Distância, são coerentes, mas fracamente associados aos resultados observados pelos demais métodos clássicos. O tamanho ótimo da parcela, estimado pelo Método da Máxima Distância, é fortemente influenciado pelo índice de heterogeneidade da produção, que mede a correlação entre as produções de parcelas contíguas. Há, ainda, as características de ser de fácil aplicação, praticamente invariável à acumulação da produção em diversas colheitas, adequando-se para culturas com duas ou mais colheitas nas mesmas plantas, como em experimentos com culturas olerícolas ou forrageiras.

Estimação da área foliar por método não destrutivo, utilizando medidas lineares das folhas de espécies de Passiflora

Objetivou-se, com este trabalho, desenvolver uma equação confiável, que possibilite calcular a área foliar de forma rápida e não destrutiva, utilizando medidas lineares da folha, para as diferentes espécies de Passiflora (P. alata, P. coccinea, P. gibertii, P. ligularis, P. misera, P. mucronata, P. nitida, P. setacea). Foram coletadas trezentas folhas, de diferentes tamanhos, de cada espécie. Realizaram-se análises de regressão da área foliar versus comprimento da nervura principal, maior largura da folha e o produto destas. A área foliar foi medida com um dispositivo de medição automática e as medidas lineares foram determinadas utilizando-se régua. O modelo linear escolhido, para todas as espécies, foi o que utiliza o produto das variáveis independentes, por apresentar maior coeficiente de determinação (R²) e maior significância do coeficiente de regressão. Os modelos apresentaram coeficiente de determinação ajustado superior a 0,927 e índice de desempenho ótimo, segundo a classificação de Camargo e Sentelhas. No processo de validação do modelo, mostrou-se que a correlação da área foliar medida com a área foliar observada foi muito alta. Os resultados obtidos neste estudo demonstram que a área foliar das espécies de Passifloras podem ser preditas, usando-se as determinações do comprimento e da largura das folhas.